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3rd USA-Mexico Workshop in Biological
Chemistry:
Protein Folding, Dynamics and Function
Cuarto Congreso de la Rama de
Fisicoquímica, Estructura y Diseño de
Proteínas de la Sociedad Mexicana de
Bioquímica
November 5-9, 2013
Guanajuato, México
3RD USA-MEXICO WORKSHOP IN BIOLOGICAL CHEMISTRY:
PROTEIN FOLDING, DYNAMICS AND FUNCTION
CUARTO CONGRESO DE LA RAMA DE FISICOQUÍMICA, ESTRUCTURA Y
DISEÑO DE PROTEÍNAS DE LA SOCIEDAD MEXICANA DE BIOQUÍMICA
LIST OF SPEAKERS
Claudia Benitez
IPN
Luis Brieba
Cinvestav
Ismael Bustos
UNAM
Silvia Cavagnero
U. of Wisconsin-Madison
Patricia Clark
U. of Notre Dame
Luis del Pozo
INMEGEN
Jorge Alegre Cebollada
Columbia University
Angel E. García
Rensselaer Polytechnic Institute
Bertrand García-Moreno
Johns Hopkins University
Lila Gierasch
U. of Massachusetts Amherst
Michael L. Gross
Washington U. St. Louis
Jonathan King
MIT
Rosario Muñoz
UNAM
Luis Olguín
UNAM
Rohit V. Pappu
Washington U. St. Louis
Nina Pastor
UAEM
Kevin Plaxco
UCSB
Adela Rodríguez
UNAM
Alfredo Torres
UNAM
Jonathan Wall
The University of Tennessee
Rafael Zubillaga
UAM
3rd USA-Mexico Workshop in Biological Chemistry
Cuarto Congreso de Rama de Fisicoquímica, Estructura y Diseño de Proteínas de la SMB
Program page 2
Symposium Overview
Tuesday 5
Registration
12:00 – 17:30 hrs
Wednesday 6
Thursday 7
Friday 8
Conference 3
Rosario Muñoz Clares
8:30 – 9:10
Conference 8
Claudia Benítez
Cardoso
8:30 – 9:10
2 Oral Presentations
Lilian GonzálezSegura
César AguirreMartínez
9:10– 9:40
Sagar V. Kathuria
Haven A. López
Sánchez
9:10– 9:40
Conference 14
Luis Brieba
9:00 – 9:40
Coffee break
9:40 - 9:55
Coffee break
9:40 - 9:55
Coffee break
9:40 – 9:55
Conference 4
Rohit V. Pappu
9:55 – 10:35
Conference 9
Rafael Zubillaga
9:55 – 10:35
Maripaz Márquez
Viviana Zomosa
Signoret
Nancy O. Pulido
Mayoral
10:35 – 11:20
Andrea GutiérrezQuezada
Sergio RomeroRomero
Charles Emglish
10:35 – 11:20
Koga Nobuyasu
Anna J. Simon
Cristina Dezi
10:35 – 11:20
Coffee break
11:20 – 11:35
Coffee break
11:20 – 11:35
Coffee break
11:20 – 11:35
Conference 5
Nina Pastor
11:35 – 12:15
Conference 10
Bertrand GarcíaMoreno
11:35 – 12:15
Conference 16
Adela Rodríguez
11:35 – 12:15
Conference 6
Luis del Pozo
12:15 – 12:55
Conference 11
Luis Olguin
12:15 – 12:55
Conference 17
Alfredo Torres
12:15 – 12:55
Lunch
13:00 – 15:00
Lunch
13:00 – 15:00
Lunch
13:00 – 15:00
Conference 15
Kevin W Plaxco
9:55 – 10:35
Program page 3
Welcome Message
17:30 – 17:45
Conference 1
Silvia Cavagnero
17:45 – 18:25
Conference 2
Patricia Clark
18:25 – 19:05
Cocktail de
bienvenida
19:05-
Conference 7
Jonathan King
15:00– 15:40
Conference 12
Michael Gross
15:00 – 15:40
Conference 18
Angel García
15:00 – 15:40
Carolina SánchezLópez
Roberto Carlos Maya
Martínez
Gilberto ValdésGarcía
15:40 – 16:25
Leticia Ramírez Silva
Mariel Zarco-Zavala
Richard N. Besingi
15:40 – 16:25
Daniel-Adriano Silva
Gilberto Velázquez
Juárez
Annia RodriguezHernandez
15:40 – 16:25
Coffee break
16:25 – 16:40
Coffee break
16:25 – 16:40
Coffee break
16:25 – 16:40
Conference 13
Ismael Bustos
16:40 – 17:20
Conference 19
Jonathan Wall
16:40 – 17:20
Conference 20
Jorge Alegre
Cebollada
17:20 – 18:00
Conference 21
Lila Gierash
18:00 – 18:40
Laura Dominguez
Oksana A. Sergeeva
Adriana Espinosa
16:40 – 17:25
Conference Agilent
Ginger Cooper
17:25 -17:40
Poster Session
17:30 – 19:30
Closing Remarks
Poster Session
17:40 – 19:40
Callejoneada
21:00 -
18:40 - 19:00
Program page 4
TUESDAY, NOVEMBER 5, 2013
Time
Event
12:00 – 17:30
Registration
17:30 – 17:45
Welcome note
17:45 - 18:25
1
The ribosome at the crossroad between protein folding and
aggregation
Silvia Cavagnero
University of Wisconsin, Madison, USA
Effects of Vectorial Folding on Protein Energy Landscapes
18:25 – 19:05
2
Patricia L. Clark
University of Notre Dame, Notre Dame, USA
19:30
Welcome Cocktail
Program page 5
WEDNESDAY, NOVEMBER 6, 2013
Time
8:30 - 9:10
Event
3
Structural determinants of the aldehyde specificity of plant ALDH10
enzymes: Implications for the synthesis of the osmoprotectant glycine
betaine
Rosario A. Muñoz Clares
Facultad de Química, UNAM, México
Oral Contributions:
9:10 – 9:40
Structural and catalytic roles of Glu464 in the betaine aldehyde
dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa
Lilian González Segura. Facultad de Química, UNAM, México
Kinetic and thermodynamic characterization of PaSDSA1 sulfatase
César Aguirre Martínez. Facultad de Química, UNAM, México
9:40 – 9:55
9:55 – 10:35
Coffee break
4
Unmasking the roles of N- and C-terminal flanking sequences from
exon 1 of the huntingtin protein as modulators of polyglutamine
aggregation
Rohit V. Pappu
Washington University in St. Louis, USA
Oral Contributions:
10:35 - 11:20
Amyloid-beta aggregation: Evaluating the effect of a bifunctional peptide and
Cu2+
Maripaz Márquez. Departamento de Química, Cinvestav, México
Effect of Beta amyloid peptide on Herpes Simplex Virus Type 1 infection
(VHS-1)
Viviana Zomosa Signoret. Facultad de Medicina, UANL, México
Thermodynamic characterization of aminoacid binding to LAO-Binding
Protein
Nancy O. Pulido Mayoral. Facultad de Medicina, UNAM, México
11:20 – 11:35
11:35 – 12:15
Coffee break
5
What makes an Ig domain amyloidogenic? A tale of two patients
Nina Pastor
Facultad de Ciencias, UAEMor, México
Program page 6
WEDNESDAY, NOVEMBER 6, 2013
Time
12:15 – 12:55
Event
6
From primary sequence to conformational changes in light chain
amyloidogenesis
Luis del Pozo Yauner
Instituto Nacional de Medicina Genómica, México
13:00– 15:00
15:00 – 15:40
Lunch time
7
Folding, Unfolding, and Domain Swapping of Human D-crystallin in
Relation to Cataract
Jonathan King
Massachusetts Institute of Technology, USA
Oral Contributions:
15:40 - 16:25
Cu(II) binding to islet amyloid polypeptide (IAPP) and its effect on
fibrillization
Carolina Sánchez López. Departamento de Química, Cinvestav, México
Conformational dynamics of amyloidogenic protein 6aJL2
Roberto Carlos Maya Martínez. Laboratorio de Bioquímica y Resonancia
Magnética Nuclear, UAEMor, México
6aJL2 and R24G amyloidogenic proteins populate pro-fibril states
differently
Gilberto Valdés García. Facultad de Ciencias, UAEMor, México
16:25 – 16:40
Coffee break
Oral Contributions:
16:40 – 17:25
The effect of sequence dimerization and membrane composition in the
structure of APP-C99
Laura Dominguez. Chemistry Department, Boston University, USA
Characterization of the substrate recognition and subunit assembly
properties of homo-oligomeric human CCT subunits of TRiC
Oksana A. Sergeeva. Department of Biology, Massachusetts Institute of
Technology, USA
Systematic identification of moonlighting proteins in yeast metabolism
Adriana Espinosa. Langebio, Cinvestav, México
17:25 – 17:40
Single Crystal X-Ray Diffraction for Protein Crystallography
Ginger Cooper. Agilent Technologies
17:40 – 19:40
POSTER SESSION 1
Program page 7
THURSDAY, NOVEMBER 7, 2013
Time
8:30 - 9:10
Event
8
From protein folding to drug design. Studies on triosephosphate
isomerase from Trichomonas vaginalis
Claudia G. Benítez Cardoso
Escuela Nacional de Medicina y Homeopatía, IPN, México
Oral Contributions:
9:10 – 9:40
Off-pathway intermediates and frustration in the microsecond folding
reactions of CheY
Sagar V. Kathuria. University of Massachusetts Medical School, USA
The folding pathway of 6aJL2
Haven A. López Sánchez. Facultad de Medicina, UNAM, México
9:40 – 9:55
9:55 – 10:35
Coffee break
9
Sensing Molecular Interactions through Binding Heat Capacity:
Triosephosphate Isomerase Binding Phosphorylated Inhibitors
Rafael A. Zubillaga
Departamento de Química, UAM-Iztapalapa, México
Oral Contributions:
The Structural Basis of Protein Kinetic Stability: the Trypanosomatidae's
TIMs case
Andrea Gutiérrez Quezada. Facultad de Química, UNAM, México
10:35 - 11:20
Kinetic and thermodynamic control in the thermal unfolding of bacterial
Triosephosphate Isomerases
Sergio Romero Romero. Facultad de Medicina, UNAM, México
Effects of Charge Perturbations on the Structural Ensemble of the TC5b
Trp-cage
Charles A. Emglish. Rensselaer Polytechnic Institute
11:20 – 11:35
Coffee break
pH dependent processes in proteins
11:35 – 12:15
10
Bertrand Garcia-Moreno E
Department of Biophysics, Johns Hopkins University, USA
12:15 – 12:55
11
Enzyme promiscuity as a tool to characterize enzymatic mechanisms
of sulfate and phosphate hydrolysis
Luis Olguin
Facultad de Química, UNAM, México
Program page 8
THURSDAY, NOVEMBER 7, 2013
Time
Event
13:00– 15:00
15:00 – 15:40
Lunch time
12
Can Mass Spectrometry Play a Role in Protein Biophysics?
Michael L. Gross
Departments of Chemistry, Immunology and Medicine, Washington
University in St. Louis, USA
Oral contributions:
Role of allosteric activators in the catalytic expression of two isoforms of
pyruvate kinase present in Vibrio cholerae
Leticia Ramírez Silva. Facultad de Medicina, UNAM, México
15:40 - 16:25
A novel control mechanism of the F1FO-ATP synthase nanomotor of proteobacteria exerted by the inhibitory ζ subunit
Mariel Zarco Zavala. Facultad de Química, UNAM, México
An alternative mechanism for efficient outer membrane secretion for an
autotransporter protein lacking a C-terminal stable core
Richard N. Besingi. Department of Chemistry and Biochemistry,
University of Notre Dame, USA
16:25 – 16:40
16:40 – 17:20
Coffee break
13
Parvovirus B19 virus-like particles: surface-presentation of
molecules and assembly competence
Ismael Bustos
Facultad de Medicina, UNAM, México
17:30 – 19:30
21:00
POSTER SESSION 2
CALLEJONEADA
Program page 9
FRIDAY, NOVEMBER 8, 2013
Time
9:00 - 9:40
Event
14
Evolution drive studies in Nucleic Acid polymerases
Luis G. Brieba
Langebio, Cinvestav, México
9:40 – 9:55
9:55 – 10:35
Coffee break
15
How I hope to save the world through folding
Kevin W. Plaxco
University of California in Santa Barbara, USA
Oral Contributions:
Principles for designing ideal protein structures
Koga Nobuyasu. University of Washington, USA
10:35 - 11:20
The rational design of high sensitivity biomolecular receptors via reverse
engineering of allosteric cooperativity
Anna J. Simon. University of California, Santa Barbara, USA
Theoretical systematic study of polyglutamine chains (from 7 until 45 units):
influence of environment and temperature on conformational dynamics
Cristina Dezi. Departamento de Química, Cinvestav, México
11:20 – 11:35
11:35 – 12:15
Coffee break
16
Structural and functional insights into plant defense proteins considered
as cross-reacting allergens.
Adela Rodríguez Romero
Instituto de Química, UNAM, México
12:15 – 12:55
17
Bacterial glycyl tRNA synthetase and Ribonuclease P: the before and
after of a crystal structure
Alfredo Torres Larios
Instituto de Fisiología Celular, UNAM, México
13:00– 15:00
15:00 – 15:40
Lunch time
18
Simulations of the folding unfolding of proteins under different solvent
and confinement condition
Angel E. Garcia
Rensselaer Polytechnic Institute, New York, USA
Program page 10
FRIDAY, NOVEMBER 8, 2013
Time
Event
Oral Contributions:
Millisecond Dynamics of RNA Polymerase II Translocation
Daniel Adriano Silva. Department of Chemistry, The Hong Kong University of
Science and Technology, Hong Kong
15:40 - 16:25
Conservation of promoter melting mechanisms in divergent regions of the
single-subunit RNA polymerases
Gilberto Velázquez Juárez. Langebio, Cinvestav, México
Structural and Mechanistic Basis for Enhanced Translational Efficiency by 2Thiouridine at the tRNA Anticodon Wobble Position
Annia Rodriguez Hernandez. University of California at Santa Barbara, USA
16:25 – 16:40
16:40 – 17:20
Coffee break
19
Design and characterization of amyloid-reactive peptides using small
animal molecular imaging and correlative studies
Jonathan Wall
The University of Tennessee, USA
17:20 – 18:00
20
Physiology of protein folding and unfolding under force
Jorge Alegre Cebollada
Columbia University, New York, USA
18:00 – 18:40
21
Exploring the Relationship between the Folding Properties of a Protein
and Its Dependence on the Proteostasis Network
Lila M. Gierasch
Departments of Biochemistry and Molecular Biology and Chemistry,
University of Massachusetts, USA
18:40 – 19:00
CLOSSING REMARKS
Program page 11
Program page 12
POSTER SESSION 1. WEDNESDAY, NOVEMBER 6, 2013
Poster
Number
Title/Authors
1A
A protein from Trypanosoma cruzi similar to proteins with RNase P activity
Sergio Aguirre-Sampieri, Adelaida Diaz-Vilchis, Alfredo Torres-Larios. Instituto de Fisiología
Celular.
2A
Thermodynamic study of the weak interactions between proteins and nonspecific ligands
Oscar Arroyos Rosales, Miguel Costas.
Laboratorio de Biofisicoquímica, Departamento de Fisicoquímica, Facultad de Química, UNAM.
3A
The thermal characterization of monoTcTIM
Reyna Miriam Bastida Santoyo1, Misrain Gurrola1, María Elena Chánez Cárdenas2 and Edgar
Vázquez Contreras1. 1 Departamento de Ciencias Naturales, Universidad Autónoma
Metropolitana Unidad Cuajimalpa. 2 Laboratorio de Patología Vascular Cerebral, Instituto
Nacional de Neurología y Neurocirugía “Manuel Velasco Suárez”.
4A
Alda-1 protects ALDH2 against inactivation by lipid aldehydes
Javier Belmont*1 and José S. Rodríguez-Zavala1. 1Departamento de Bioquímica, Instituto
Nacional de Cardiología.
5A
A combined integrative genomics and protein structure-function approach to inferring
biologically relevant genes in cancer
Shirley Bikel, Karla Backhoff, Xavier Soberón and Adrián Ochoa-Leyva. INMEGEN.
6A
Design and characterization of consensus Rossmann domain
Iris Bravo B1, Lorenzo Segovia1. 1Departamento de Ingeniería Celular y Biocatálisis, Instituto de
Biotecnología, UNAM.
7A
Effects of carboxy-terminal mutations on the oligomerization and activity of the nitrilase
from R. pyridinovorans
Alejandro E. Cáliz Rodríguez, Julio C. Quintana Rojas, Georgina Garza-Ramos. Lab.
Fisicoquímica e Ingeniería de Proteínas. Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina,
Universidad Nacional Autónoma de México.
8A
Crystallographic and biochemical studies evidencing the dimeric formation in solution of
thioredoxin 1 from white leg shrimp Litopenaeus vannamei
Adam A. Campos-Acevedo and Emrique Rudiño-Piñera. Departamento de Medicina Molecular y
Bioprocesos. Instituto de Biotecnología, UNAM.
9A
Structural determinants of amyloid fibril formation in Triosephosphate isomerase
M. en C. Edson Norberto Cárcamo Noriega, Dra. Gloria Saab Rincón. Instituto de Biotecnología
de la Universidad Nacional Autónoma de México
10A
Influence of cavities on the stability and pressure sensitivity of proteins
José A. Caro1, Mariano Dellarole2, Jamie L. Schlessman1, Catherine A. Royer2, Bertrand GarcíaMoreno E1*.1Department of Biophysics, Johns Hopkins University, 2Centre de Biochimie
Structurale, CNRS.
Program page 13
11A
Homology modeling and molecular dynamics of Helicobacter pylori enolase
Normandé Carrillo Ibarra1,2, Dr. César Augusto S. López Rayes1, Dr. José Correa-Basurto2 y
Claudia Benítez-Cardoza1. 1Escuela Nacional de Medicina y Homeopatía, 2Laboratorio de
Modelado Molecular y Bioinformática de la Escuela Superior de Medicina, Instituto Politécnico
Nacional.
12A
Docking studies of peptides anti-HSV derived of the fusion glycoproteins gB and gH of
HSV-1 and HSV-2
Cetina Abraham, López Uriel, Barrón Blanca. Laboratorio de Virología, Departamento de
Microbiología, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas (ENCB), IPN.
13A
A method for the identification of residues responsible for switching protein specificity
based on fold space neighboring structures
R. Corral Corral, Gabriel del Rio. Department of Biochemistry and Structural Biology, Instituto
de Fisiología Celular, Universidad Nacional Autónoma de México.
14A
Comparative analysis of gp21 gene of the brucellaphages BFM1, Iz, Bk, Pr and Tb.
Cuatepotzo-Burgos Francisco Manuel1; Flores-López Victor Missael2; López-Merino
Ahidé1.1Laboratorio de Microbiología Especializada, Dpto. Microbiología, ENCB. IPN.
2
Departamento de genética y biología molecular, CINVESTAV.
15A
Why is the hypertermophilic pyruvate kinase from Thermofilum pendens K+independent?
Gustavo De la Vega-Ruiz1, AlfredoTorres-Larios2, Leticia Ramírez Silva1*.Departamento de
Bíoquimica. Facultad de Medicina1, Instituto de Fisiología Celular2, UNAM.
16A
The binding of lactose and biological ligands to β-lactoglobulin at the calyx and the
dimer interface: a theoretical study
Lenin Domínguez-Ramírez 1*, Elizabeth Del Moral-Ramírez 2, Paulina Cortes-Hernández 1,
Mariano García-Garibay 3, Judith Jiménez-Guzmán 3,* 1Departamento de Ciencias de la Salud,
Universidad Autónoma Metropolitana-Lerma. 2Departamento de Ciencias de la Alimentación,
Universidad Autónoma Metropolitana-Lerma. 3Departamento de Biotecnología, Universidad
Autónoma Metropolitana, Iztapalapa.
17A
Constructing a methylmalonyl Co-A mutase and MMA oligomer using crystallographic
data, bioinformatics and the human mutation database
Fernández-Lainez C1,2, Takahashi-Iñiguez T2, Vela-Amieva M1, Flores ME2, Domínguez L3.
1
Instituto Nacional de Pediatría. 2Instituto de Investigaciones Biomédicas. 3Universidad
Autónoma Metropolitana.
18A
Location and sequencing of the gene encoding the expression of Bacillus sp amidases.
degrade charged acrylamide
Ricardo Flores Romero, María del Carmen Oliver‐Salvador, Marina Olivia Franco‐Hernández.
Unidad Profesional Interdisciplinaria de Biotecnología.
19A
Development of FRET approaches to study protein folding on the ribosome
Andrew M. Fuchs, Teddy S. Jennaro and Silvia Cavagnero. University of Wisconsin, Madison.
20A
Deciphering the ligand-binding energetic strategies of the lipocalin -lactoglobulin
Gabriel Gutiérrez-Magdaleno, Martiniano Bello, Alfonso Labra-Núñez and Enrique GarcíaHernández. Departamento de Química de Biomacromoléculas, Instituto de Química, UNAM.
Program page 14
21A
Biochemical Studies of Arginine Kinase from white shrimp Litopenaeus vannamei
Karina D. Garcia-Orozco, José Max Hernandez-Flores, Rogerio R. Sotelo-Mundo. Laboratorio de
Bioquímica de Proteínas Recombinantes. Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo,
A.C. (CIAD).
22A
Omeprazole and its derivatives as new candidates to inactivate triosephosphate
isomerase from Giardia lamblia
Itzhel García-Torres, Sergio Enríquez-Flores, Adriana Castillo-Villanueva, Saúl Gómez-Manzo,
Sara Teresa Méndez, Ignacio De la Mora de la Mora, Jaime Marcial Quino, Angélica TorresArroyo, Jesús Oria-Hernández, Gabriel López-Velázquez, Gabriel Navarrete-Vázquez and
Horacio Reyes-Vivas. Laboratorio de Bioquímica-Genética, Instituto Nacional de Pediatría.
23A
Role of allosteric activators in the catalytic expression of two isoforms of pyruvate kinase
present in Vibrio cholerae
1
Carlos Guerrero-Mendiola, 2Alfredo Torres-Larios and 1*Leticia Ramírez-Silva. 1Departamento
de Bioquímica, Facultad de Medicina, UNAM, 2IFC, UNAM.
24A
Structural and functional characterization of three pathologic variants causing Glucose-6phosphate dehydrogenase deficiency in humans
Saúl Gómez-Manzo Ignacio De la Mora-De la Mora, Sergio Enríquez-Flores, Itzhel GarcíaTorres, Jaime Marcial-Quino, Sara Teresa Méndez, Adriana Castillo-Villanueva, Jessica TerrónHernández, Sandra Tobón-Cornejo, Angélica Torres-Arroyo, América Vanoye-Carlo, Gabriel
López-Velázquez, Horacio Reyes-Vivas, Jesús Oria-Hernández. Laboratorio de Bioquímica
Genética, Instituto Nacional de Pediatría.
25A
Conformational dynamics of the protein triosephosphate isomerase: a simulation study
Norma Elizabeth González Díaz1, Ponciano García-Gutiérrez2, Jorge López-Lemus1, Roberto
López-Rendón1. 1Facultad de Ciencias, Universidad Autónoma del Estado de México. 2Depto. de
Química, Universidad Autónoma Metropolitana-Iztapalapa.
26A
Biochemical characterization of thymidine monophosphate kinase from white spot
syndrome virus: a functional domain from the viral ORF454
Eduardo Guevara-Hernandez 1, Luis G. Brieba2, Karina D. Garcia-Orozco 1, Rogerio R. SoteloMundo 1.1 Laboratorio de Bioquímica de Proteínas Recombinantes. Centro de Investigación en
Alimentación y Desarrollo, A.C. (CIAD). 2 Laboratorio Nacional de Genómica para la
Biodiversidad (LANGEBIO), Centro de Investigación y Estudios Avanzados-Unidad Irapuato.
27A
Improved thermostability of triosephosphate isomerase by rational proline substitutions
Valeria Guzmán1, Andrea Gutiérrez2, Nallely Cabrera1, Jessica Díaz2, Ruy Pérez-Montfort1,
Miguel Costas2. 1Instituto de Fisiología Celular, UNAM. 2Facultad de Química, UNAM.
28A
How catalase recognizes H2O2 in a sea of water
Laura Domínguez1, Alejandro Sosa-Peinado1, Wilhelm Hansberg2. 1Departamento de
Bioquímica, Facultad de Medicina, UNAM. 2Departamento de Biología Celular y Desarrollo,
Instituto de Fisiología Celular, UNAM.
29A
Optimizing peroxidase and nanoparticle immobilization for enhanced enzymatic
functionality
Iker Iñarritu1, Eduardo Torres2, José Campos-Terán1. 1 Departamento de Procesos y Tecnología,
DCNI, Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Cuajimalpa. 2 Benemérita Universidad
Autónoma de Puebla.
Program page 15
30A
Voltage gating and electromechanical coupling in the Kv1.2 potassium channel
Itzel G. Ishida, Gisela E. Rangel-Yescas, León D. Islas. Departamento de Fisiología, Facultad de
Medicina, UNAM.
31A
Protein engineering with immunoglobulin-like fold
Pedro Jimenez-Sandoval, Luis G. Brieba. Laboratorio Nacional de Genómica para la
Biodiversidad, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico
Nacional.
32A
The effect of the neutral drift on the evolution of substrate specificity and protein stability
Ana Juárez-Vázquez and Francisco Barona-Gómez. Evolution of Metabolic Diversity Laboratory.
LANGEBIO.
33A
Theoretical and spectroscopic study of Cu(I) binding to the fragment 106-115 of the human
prion protein
Arcos Trinidad1, Qayyum Munzarin2, Rivillas-Acevedo Lina1, Miotto Marco3, Grande-Aztatzi
Rafael1, Fernandez Claudio O.3, Vela Alberto1, Solomon Edward I.2, Quintanar Liliana1,*
1
Departamento de Química, Cinvestav. 2Department of Chemistry, Stanford Universit. 3IBR,
Universidad Nacional de Rosario.
34A
Spectroscopic study of wheat germ agglutinin denaturalization by guanidine
hydrochloride
Itzel López-González, Enrique García-Hernández , Patricia Cano-Sánchez, Eduardo LeyvaHernández. Departamento de Química de Biomacromoléculas, Instituto de Química, UNAM.
35A
Biochemical characterization of Helicobacter pylori recombinant enolase
María de J. López- Lopez1, Claudia G. Benítez-Cardoza2, Xianwu Guo1. 1Centro de Biotecnología
Genómica, IPN. 2Escuela Nacional de Medicina y Homeopatía, IPN.
36A
Adsorption kinetics of triosephosphate isomerase to the air/water interface using dynamic
surface tension
Adriana Lozoya Colinas, Miguel Costas. Laboratorio de Biofisicoquímica, Departamento de
Fisicoquímica, Facultad de Química, UNAM.
37A
Structural modeling of peptides with anticancer activity and assays of their effects in the
cell line mcf-7 of breast cancer
Carlos Francisco Madrazo Moya1, Ezra Michelet Garcia Romero1,Nidia Briseyda Domínguez
Jiménez, Carolina Barrientos-Salcedo1,2, Catalina Soriano-Correa3. 1Laboratorio de Investigacion
en Química Médica, Facultad de Bioanálisis Región Veracruz, Universidad Veracruzana.
2
Escuela de Medicina Campus Calasanz, UCC.
38A
An exotic mechanism of allosteric regulation: The GlcN6P deaminase of S. oneidensis
(NagBII)
Jorge Marcos-Viquez, Laura Alvarez-Añorve y Mario L. Calcagno. LFQIP, Depto. de Bioquímica,
Facultad de Medicina, UNAM.
39A
Theoretical studies and pharmacological characterization of a new antagonist "C9" of
vasopressin receptors
Marlet Martinez-Archundia 1,2, Gilles Guillon2 and Jose Correa Basurto 1. 1 Molecular Modeling
and Drug Design Laboratory, IPN. 2 Institut de Genomique Fonctionelle.
Program page 16
40A
Energetic basis of multidomain structural organization of the WGA: study of the isolated
domains
Jorge L. Medrano-Cerano, Patricia Cano Sánchez, Enrique García Hernández. Departamento de
Química de Biomacromoléculas, Instituto de Química, UNAM.
41A
Hereditary amyloidosis and their correlation with structural changes in the molten globule
of lipid free-ApoAI
Paola Mendoza-Espinosa, Enrique García Hernández. Instituto de Química, Universidad
Nacional Autónoma de México.
42A
Structure-Activity relationship of the expansin-like protein PcEXP of the plant pathogen
Pectobacterium carotovorum
Mendoza-Nuñez Mario1, Olarte-Lozano Miguel2,Segovia Lorenzo1 and Martinez-Anaya Claudia1.
1
Instituto de Biotecnología, UNAM. 2Centro de Investigación en Biotecnología, UAEM.
43A
Design, synthesis and in silico evaluation of compounds as inhibitors of H1N1
hemagglutinin and neuraminidase
Elaheh Mirzaeicheshmeh , 1Dr Babak Khalili Haddad and 2Dr.Federico Martinez 3José Correa
Basurto. Laboratorio de Modelado Molecular y Bioinformática de la Escuela Superior de
Medicina, Instituto Politécnico Nacional, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas and Islamic
Azad University of Roudehen.
44A
Theoretical study of molecular evolution of a duplicate thioredoxin peroxidase in
Saccharomyces cerevisiae
Muñoz González, Z. M. y Delaye Arredondo, L. J.vCINVESTAV Unidad Irapuato.
45A
Assessing non covalent interactions in the crystal of the GNNQQNY peptide
Jorge Nochebuena y Joel Ireta. Departamento de Química. UAM-I.
46A
Catalytic promiscuity in the metallo-β-lactamase superfamily: the case of tRNase Z
José Eduardo Olea Hernández, Luis Olguín. Laboratorio de Biofisicoquímica, Facultad de
Química, UNAM.
47A
Functional characterization of EhCFIm25 from Entamoeba histolytica: identification of
amino acid residues involved in RNA binding
Juan David Ospina-Villa1, Absalom Zamorano-Carrillo1,2, María Esther Ramírez-Moreno1,2, César
López-Camarillo3, and Laurence A. Marchat1,2. 1Posgrado en Biomedicina Molecular, 2Doctorado
en Biotecnología en Red, ENMH-IPN. 3Posgrado en Ciencias Genómicas, Universidad Autónoma
de la Ciudad de México (UACM).
48A
Characterization of polyphenol oxidase from mango (Mangifera indica cv. Manila)
Gisela Palma-Orozcoa,b, Hugo Nájerab. a Unidad Profesional Interdisciplinaria de Biotecnología –
IPN, Departamento de Bioprocesos. b Universidad Autónoma Metropolitana – Cuajimalpa,
Departamento de Ciencias Naturales.
49A
Search for 6a-R25G inhibitors for the amyloid fibril formation process
Ángel E. Peláez Aguilar, Roberto Carlos Maya Martínez, Carlos Amero Tello, Laboratorio de
Bioquímica y Resonancia Magnética Nuclear, Centro de Investigaciones Químicas, UAEM.
50A
NAL aldolase family: History and evolutionary diversification of a chemical reaction and a
protein fold – Searching for ancestral promiscuity
Bernardo Pérez-Zamorano1, Arturo Carlos II Becerra-Bracho1, Fernanda Artemisa EspinozaHernández1, Alejandro Sosa-Peinado2. 1Depto. de Biología Evolutiva, UNAM. 2LFQIP UNAM.
Program page 17
51A
Thermodynamic study of Triosephosphate isomerases from Trichomonas vaginalis:
comparisons of the stability between dimeric mutants of residue 45 in WT1 and WT2
María del Carmen Portillo-Téllez1, Priscila Estrella Hernández, Claudia G. Benítez-Cardoza2, Luis
G. Brieba de Castro1. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad, Centro de
Investigación y de Estudios Avanzados del IPN1. Laboratorio de Investigación Bioquímica,
Programa Institucional en Biomedicina Molecular ENMyH-IPN2.
52A
Molecular modeling studies evidence mutations that alter the ligand recognition by
neuraminidase from influenza A H1N1
Ramírez-Salinas Gema L1, Quiliano Miguel, Mirko Zimic2, Verónica Briz3, Correa-Basurto J1 .
1
Laboratorio de Modelado Molecular y Bioinformática, Sección de Estudios de Posgrado e
Investigación, Escuela Superior de Medicina, Instituto Politécnico Nacional.
53A
Modeling of the early stages of protein-ligand interactions using differential evolution
Laura Reyes-Ortega1, Astrid E. Viveros-Pedraza1, José Correa-Basurto2, Absalom ZamoranoCarrillo3, Claudia Benítez-Cardoza3, Miriam Pescador-Rojas4, Rosaura Palma-Orozco1, Jorge L.
Rosas-Trigueros1. 1Laboratorio Transdisciplinario de Investigación en Sistemas Evolutivos SEPIESCOM-IPN. 2Escuela Superior de Medicina, IPN. 3Escuela Nacional de Medicina y Homeopatía,
IPN. 4Departamento de Ciencias de la Computación.
54A
Molecular Dynamics simulations of GIPR protein embedded in a lipid bilayer membrane
Angel Rivera-Delgado1, Jonatan H. Sánchez-Álvarez1, Irene Mendoza-Lujambio3, Jesús I.
Murillo-Álvarez4, Eleazar Lara-Padilla3, Miriam Pescador-Rojas2, Jorge L. Rosas-Trigueros1,
Rosaura Palma-Orozco1. 1Laboratorio Transdisciplinario de Investigaciones en Sistemas
Evolutivos, SEPI-ESCOM-IPN. 2Departamento de Ciencias de la Computación, IPN. 3Escuela
Superior de Medicina, IPN. 4Centro Interdisciplinario de Ciencias Marinas, IPN.
55A
Structure-function relationship of recombinant vasoinhibins
Robles, JP, Cruces-Solís, H, Jeziorski, MC, Martínez de la Escalera, G, Moreno-Carranza, B,
Clapp, C. Instituto de Neurobiología, UNAM.
56A
Activation of Human Aldehyde Dehydrogenase 1A1 by Tamoxifen
José S. Rodríguez-Zavala. Departamento de Bioquímica, Instituto Nacional de Cardiología.
57A
Aβ monomers transiently sample oligomer and fibril-like configurations: ensemble
characterization using a combined MD/NMR approach
David J. Rosenman1, Christopher Connors2, Wen Chen1, Chunyu Wang1,2, Angel E. García1,3.
1
Department of Biology. 2Graduate Program in Biochemistry and Biophysics. 3Department of
Physics, Applied Physics and Astronomy. 1-3Rensselaer Polytechnic Institute.
58A
Catalytic promiscuity in Choline-O-sulfatase from Sinorhizobium meliloti
Juan José Sánchez Romero, Luis Olguín. Laboratorio de Biofisicoquímica, Facultad de Química,
UNAM.
59A
The two subdomains of the DNA-binding domain of TBP display different responses to
increasing temperature
José Ángel Santiago-Terrones, César Millán-Pacheco, Nina Pastor. Facultad de Ciencias,
UAEMor.
60A
Structural and kinetic studies of choline monooxygenase from Spinacia oleracea
Hugo Serrano-Posada1, Sara Centeno-Leija2, Enrique Rudiño-Piñera2, Rosario A. MuñozClares1. 1Facultad de Química, UNAM. 2Instituto de Biotecnología, UNAM.
Program page 18
61A
Redesign of ligand binding interaction constrained by protein evolution and
conformational dynamics
Alejandro Sosa Peinado, Jesús Agustín Banda Vázquez, Karina Marisol Maya Ramírez, Andrés
Escandón Flores, Tania Raquel Berrocal Gama. Bernardo Pérez Zamorano. LFQIP, Depto.
Bioquímica, Facultad de Medicina (UNAM).
62A
Biochemical characterization of an active chimeric Shikimate dehydrogenase
Gustavo Tapia-Urzúa, Lorenzo Segovia. Instituto de Biotecnología, UNAM.
63A
Structural analysis of plant Tau-class Glutathione S-Transferase (GSTU) involved in
anthocyanin transport
Ignacio Valenzuela-Chavira1, Carmen A. Contreras-Vergara1, Karina García-Orozco2, Aldo A.
Arvizu-Flores3 and María A. Islas-Osuna1. 1Genética y Biología Molecular de Plantas,
2
Laboratorio de Bioquímica de Proteínas Recombinantes; Centro de Investigación en
Alimentación y Desarrollo, A. C. 3Ciencias Químico-Biológicas, Universidad de Sonora.
64A
The folding mechanism of the lysine, arginine, ornitine binding protein (LAO)
Jesús Renan Vergara Gutiérrez1, Haven A. López Sánchez1, Alejandro Sosa Peinado1, D.
Alejandro Fernández Velasco1. Facultad de Medicina1. Universidad Nacional Autónoma de
México.
65A
Rational search for a compound that selectively inhibits the triose phosphate isomerase
from Trichomonas vaginalis
Vique Sanchez JL 1, Benitez Cardoza C1, Brieba Luis2 Priscilla Estrella2 Rossana Arroyo3, Jaime
Ortega3, Arturo Rojo4, Ponciano Garcia4. 1ENMH-IPN, 2LANGEBIO, 3CINVESTAV, 4UAMIztapalapa.
66A
Analysis of the susceptibility of the binding site of NAD+ of ALDH3 by lipoperoxidation
products
Yoval-Sánchez Belem and Rodríguez-Zavala José S. Departamento de Bioquímica, Instituto
Nacional de Cardiología “Ignacio Chávez”.
67A
Intrinsically disordered regions as factors involved in protein-protein interactions in
interactomes.
Alejandra Zavala-Castillo y León-Patricio Martínez-Castilla. Laboratorio de Bioinformática,
Departamento de Bioquímica, Facultad de Química. UNAM.
68A
Biophysical characterization of the 6 amyloidogenic protein AR.
Luis del Pozo-Yauner1, Martín González-Andrade1, Baltazar Becerril-Luján2, Rosana SánchezLópez2, Héctor Ceceña-Álvarez3, Julio I. Pérez-Carrión1, Ernesto Ortiz-Surí2, D. Alejandro
Fernández-Velasco 3. 1Instituto Nacional de Medicina Genómica. 2Instituto de Biotecnología,
UNAM. 3Facultad de Medicina, UNAM.
69A
The functional incorporation of Tyr-coumarin into proteins synthesized by HEK293T cells
Ximena Steinberg1, Jason Galpin2, Samuel Goodchild3, Christopher.Ahern2 and Sebastián
Brauchi1,3. Universidad Austral de Chile1. University of Iowa2 and University of British Columbia3.
70A
Influence of trapped interfacial water on the binding thermodynamics of phosphorylated
inhibitors to triosephosphate isomerase
Serratos Iris N. 1, Gerardo Pérez-Hernández 2 , Garza-Ramos G. 3, Millán-Pacheco C.4 and Rafael
A. Zubillaga1. 1Depto. de Química, UAM-Iztapalapa. 2Depto. de Ciencias Naturales, UAM–
Cuajimalpa. 3Depto. de Bioquímica, Facultad de Medicina, UNAM. 4Departamento de BioquímicaBiología Molecular, Facultad de Ciencias, UAEMor.
Program page 19
71A
Interaction beetwen the soluble receptor for advanced-glycation-endproducts (sRAGE)
and neurotoxins
Iris N. Serratos1, Dulce Galicia1, Nina Pastor2, César Millán-Pacheco2, Nallely Cabrera3, Ruy
Pérez Montfort3, Ponciano García1, Abel Santamaría4, Francisco Reyes1 and Rafael A.
Zubillaga1.1Depto. de Química, UAM-Iztapalapa. 2Facultad de Ciencias UAEMor. 3Instituto de
Fisiología Celular, UNAM. 4Instituto Nacional de Neurología y Neurocirugía.
72A
Towards a primordial TATA binding protein
Juan Antonio Arias-del Angel1, César Millán-Pacheco2, Nina Pastor2. 1Licenciatura en Ciencias
Genómicas, Instituto de Biotecnología, UNAM. 2Facultad de Ciencias, UAEMor.
73A
Biosynthesis expression and characterization of three mutants of defensin 1
Federico del Río-Portilla, Laura Andrea Rodríguez-Solano, Fátima Carolina Escobedo-González,
David Flores-Solís, Patricia Cano-Sánchez. Instituto de Química, Universidad Nacional
Autónoma de México.
74A
Structural and functional characterization of Indian tarantula venom Poecilotheria regalis
Luis Fernando Díaz-Peña, Alejandro García-Arredondo, Alejandra Rojas-Molina. Departamento
de Investigación Química y Farmacológica de Productos Naturales, Universidad Autónoma de
Querétaro.
75A
Specific activity increase of a beta-propeller phytase
Juan Antonio Gallegos-López, José Eduardo Almeyda-Carbajal, Miguel Castillo-Galván, Martha
Guerrero-Olazarán, José María Viader-Salvadó. Universidad Autónoma de Nuevo León, Facultad
de Ciencias Biológicas, Instituto de Biotecnología.
76A
The minimalist landscapes of proteins and amino acids
Enrique Lemus Fuentes. Universidad Tecnológica de la Mixteca.
77A
Identification and characterization of proteins with protease and lipase activities in
jackfruit latex
Mónica Elizabeth Martínez González. Yolotzin Apatzingán Palomino Hermosillo. Ma. Teresa
Sumaya Martínez. Rosendo Balois Morales. Edgar Iván Jiménez Ruiz. Leticia Mónica Sánchez
Herrera. Universidad Autónoma de Nayarit. Unidad de Tecnología de Alimentos.
78A
Mapping folding pathway of Ig-like domains: Folding studies of ICPs domains suggest that
they fold by conserved folding/unfolding mechanisms
Itzel Rentería González1, L.G Brieba de Castro1, Claudia Benítez Cardoza2. 1Laboratorio
Nacional de Genómica para la Biodiversidad, Cinvestav. 2 Escuela Nacional de Medicina y
Homeopatía del I.P.N.
79A
Comparing the sequence of the oncoproteins 2OQS and 2FK4, determine their possible
connection in the human papilloma virus
Ronquillo Téllez A. Lazcano Hernández M., Melgoza Palma N. Ivon Pérez Xochipa. Facultad de
Ciencias Químicas, BUAP.
Program page 20
POSTER SESSION 2. THURSDAY, NOVEMBER 7, 2013
Poster
Number
Title/Authors
1B
Identification of novel chemical antagonists for two differential markers of cancer stem
cells by virtual screening
Charmina Aguirre-Alvarado1, Carlos A. García-Pérez2, Aldo Segura-Cabrera3, Marco A. VelascoVelázquez1. 1Departamento de Farmacología Facultad de Medicina UNAM. 2Centro de
Biotecnología Genómica IPN. 3Cincinnati Children's Hospital Medical Center, USA.
2B
Characterization of Triosephosphate isomerase dimerization mutants of Trichomonas
vaginalis (TvTIM) by Prephenate dehydrogenase activity as reporter
Emma L. Arévalo-Salina1, Joel Osuna2, Luis G. Brieba3. 1Escuela de Ciencias, UABJO.
2
Departamento de Ingeniería Celular y Biocatálisis, Instituto de Biotecnología, UNAM.
3
Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad, Centro de Investigación y de Estudios
Avanzados del IPN.
3B
The improvement of the alcoholytic activity of the alpha-amylase AmyA of Thermotoga
maritima. Tailoring enzyme selectitivity through thermodynamics
Rodrigo A. Arreola-Barroso, Humberto Flores-Soto, Gloria Saab-Rincón. Departamento de
Ingeniería Celular y Biocatálisis, Instituto de Biotecnología, UNAM.
4B
Crystal structure of cis-dimer of human CRTAM/CD355
1
Barragan-Galvez J., 2Ortiz-Navarrete V., 1Brieba-Castro L.1LANGEBIO,
CINVESTAV.2Departamento de Biomedicina Molecular, Centro de Investigación y de Estudios
Avanzados del Instituto Politéctico Nacional.
5B
Characterization of the Triosephosphate isomerase from Zea Mays
Luis Arturo Becerril Sesín, Mariana Schulte-Sasse, Fátima Pardo Ávila, Sergio Romero Romero,
D. Alejandro Fernández Velasco. Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina,
Universidad Nacional Autónoma de México.
6B
Molecular interactions between bio-active molecules and T-type calcium channels
Nidia Beltrán1 Osbaldo López-Charcas2, Teresa Hernández-Segura1, Jacaranda RosendoPineda1, Jerome Verleyen3, Alejandro Sánchez3, Juan Carlos Gómora2 & Manuel Rivera1
1
Laboratorio de Tecnología de Proteínas de Membrana, Facultad de Medicina-Universidad
Autónoma del Estado de Morelos. 2Departamento de Neuropatología Molecular, División de
Neurociencias, Instituto de Fisiología Celular-Universidad Nacional Autónoma de México.
3
Unidad Universitaria de Apoyo Bioinformático, Instituto de Biotecnología-Universidad Nacional
Autónoma de México.
Kinetic control in protein folding for light chain amyloidosis and the differential effects of
somatic mutations
Luis. M. Blancas-Mejía1, Alexander Tischer1,2, James R. Thompson3, Jonathan Tai4, Lin Wang1,
Matthew Auton1,2, Marina Ramirez-Alvarado1. 1Department of Biochemistry and Molecular
Biology, 2Division of Hematology, 3Department of Physiology and Biomedical Engineering, Mayo
Clinic, 200 First St. SW, Rochester, MN 55905. 4Department of Chemistry, University of Illinois.
7B
8B
Biosynthesis, expression and purification of the spider venom recombinant toxin Magi 6
Andrea Cabrera-Peralta, David Flores-Solís, Patricia Cano-Sánchez, José Federico del RíoPortilla. Departamento de Bioquímica, Instituto de Química, UNAM.
Program page 21
9B
Identification of the residues involved in the inactivation of human aldehyde
dehydrogenases by lipid peroxidation products
Luis Francisco Calleja, Belem Yoval-Sánchez, José Salud Rodríguez-Zavala. Departamento de
Bioquímica, Instituto Nacional de Cardiología (Ignacio Chávez).
10B
QCM adsorption study of peroxidases increased functionality when adsorbed at
nanoparticles surfaces
Iker Iñarritu1, Eduardo Torres2, José Campos-Terán1. 1Departamento de Procesos y Tecnología,
DCNI, Universidad Autónoma Metropolitana-Cuajimalpa. 2Centro de Química-ICUAP, Benemérita
Universidad Autónoma de Puebla (BUAP).
11B
Structural analysis of anti-apoptotic proteins of the Bcl-2 family
Luis A. Caro-Gómez1, Ian Illizaliturri-Flores1, Jorge Luis Rosas-Trigueros2, José Correa-Basurto3,
Claudia G. Benítez-Cardoza1, and Absalom Zamorano-Carrillo1. Laboratorio de Investigación
Bioquímica, 1Escuela Nacional de Medicina y Homeopatía, 2Escuela Superior de Computo y
3
Escuela Superior de Medicina. Instituto Politécnico Nacional.
12B
Crystal structure of the crustacean proliferating cell nuclear antigen: structural
complementarity with WSSV DNA polymerase
Jesus S. Carrasco-Miranda1, Rogerio R. Sotelo-Mundo1, Alonso A. Lopez-Zavala1, Luis G. Brieba
2
, Enrique Rudiño-Piñera 3. Laboratorio de Bioquímica de Proteínas Recombinantes, Centro de
Investigación en Alimentación y Desarrollo, A.C. 2Laboratorio Nacional de Genómica para la
Biodiversidad. 3Departamento de Medicina Molecular y Bioprocesos, Instituto de Biotecnología
UNAM.
13B
Identification of bioactive peptides from germinated soybean protein with anticancer
activity
Xareni Centeno-Espidio, Marcela González-Montoya, María del Carmen Robles-Ramírez,
Rosalva Mora-Escobedo. Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico
Nacional.
14B
Stability and folding of human leptin
Chimal Vega B.,* Padilla Zúñiga J. ~ Marchat Marchau L.* Zamorano Carrillo A.* Reyes López
C. A. * Paniagua Castro N- y Benítez-Cardoza C.G.* Laboratorio de Investigación Bioquímica,
ENMyH-IPN ~ Laboratorio de Biofiscoquímica, Universidad Autónoma Metropolitana-Iztapalapa,
Laboratorio de Farmacología del Desarrollo ENCB-IPN.
15B
Identification of folding subunits in TIM barrels by random circular permutation
Yazmín Damián-Almazo, Filiberto Sánchez-López, Paul Gaytan-Colin, Gloria Saab-Rincón.
Departamento de Ingeniería Celular y Biocatálisis, Instituto de Biotecnología, UNAM.
16B
Deciphering the role of the N-terminal segment of the light chain in the mechanism of
fibrillogenesis
Luis del Pozo-Yauner1, Martín González-Andrade1, Héctor Ceceña-Álvarez2, Baltazar BecerrilLuján3, Julio I. Pérez-Carrión1, Rosana Sánchez-López3, Leopoldo Güereca3, D. Alejandro
Fernández-Velasco2. 1Instituto Nacional de Medicina Genómica. 2Facultad de Medicina, UNAM.
3
Instituto de Biotecnología, UNAM.
17B
RNA DEAD-box helicases from Bacillus subtilis: functional and structural
characterization
Díaz-Jiménez Diana Fabiola1, López-Ramírez Varinia2, Olmedo-Álvarez Gabriela1 and Briebade Castro Luis Gabriel3. 1Cinvestav Unidad Irapuato. 2Escuela Nacional de Medicina y
Homeopatía IPN. 3Langebio.
Program page 22
18B
Non-catalytic glycogen-binding site and its functional role in glycogen synthase
Adelaida Díaz1, Carlos Martínez-Pons1, Ignacio Fita2, Juan C. Ferrer3, Joan J. Guinovart1,
1
Departament of Molecular Medicine, Institute for Research in Biomedicine. 2The Molecular
Biology Institute, CSIC. 3Universitat de Barcelona.
19B
Study of Triosephosphate isomerases from Trichomonas vaginalis (TvTIMs): The role of
inter-subunit interactions in enzyme function and stability
Priscila Estrella-Hernández1, Samuel Lara2, María del Carmen Portillo-Téllez3, Armando Gómez
Puyou4, Claudia Benítez3, Rossana Arroyo5, Jaime Ortega6, Luis G. Brieba1. 1LANGEBIO,
CINVESTAV-Irapuato. 2División de Biología Molecular, IPICYT. 3Laboratorio de Investigación
Bioquímica, ENMyH-IPN. 4Instituto de Fisiología Celular, UNAM. 5Departamento de Infectómica y
Patogénesis Molecular, CINVESTAV-Zacatenco. 6Departamento de Biotecnología y
Bioingeniería, CINVESTAV-Zacatenco.
20B
Expression and in vitro folding of two cysteine rich neurotoxins from the venoms of spider
and coral snake
Vianey Flores-Lara, Herlinda Clement, Gerardo Corzo. Instituto de Biotecnología, UNAM.
21B
Overexpression and characterization of a type m thioredoxin from mango plastids
Leonardo Y. Fox-Uribe 1, Mitzuko Dautt-Castro 1, Carmen A. Contreras-Vergara 1, Karina D.
García-Orozco 2, Emmanuel Aispuro Hernández 3, María A. Islas-Osuna 1. 1 Laboratorio de
Genética y Biología Molecular de Plantas, 2 Laboratorio de Proteínas Recombinantes, 3
Laboratorio de Fisiología Vegetal, Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A. C.
22B
Structural study of allergens present in manufactured latex gloves
Christian Galicia Díaz Santana, Guillermo Mendoza Hernández, José Federico del Río Portilla,
Adela Rodríguez Romero. Instituto de Química, UNAM.
23B
Energetic basis of the recognition of Bcr-Abl tyrosine kinase to adenosine nucleotides and
its competitive inhibitor Imatinib (STI-571)
Manuel B. García-Curiel, Axel Luviano-Jardon, Enrique García-Hernández. Department of
Chemistry of Biomacromolecules, Institute of Chemistry, UNAM.
24B
Study of the conformational changes of the Mdm2 protein depending of the
phosphorylation state
Karla García, Vanesa Olivares. Laboratorio de interacciones biomoleculares y cáncer, Instituto
de Física. UASLP.
25B
Kinetic stability of Triosephosphate isomerase from Schizosaccharomyces pombe
Georgina Garza-Ramos and Alma Jessica Díaz-Salazar. Lab. Fisicoquímica e Ingeniería de
Proteínas. Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad Nacional Autónoma
de México.
26B
NMR studies on immunoglobulin lambda 3 light-chain fibril formation
Paloma Gil-Rodríguez1, Roberto Maya-Martinez, Nina Pastor and Carlos Amero2. Centro de
investigaciones Químicas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos.
27B
Studies of the Litopenaeus vannamei Thioredoxin by Nuclear Magnetic Resonance
Hugo A. Gómez Uribe, Paloma C. Gil Rodríguez, Carlos Amero Tello, Centro de Investigaciones
Químicas, Laboratorio de Bioquímica y Resonancia Magnética Nuclear, UAEM.
Program page 23
28B
Models of pores formed by oligomers of variable domains of antibody light chains as
possible cytotoxic species
Diego S. Granados1, César Millán-Pacheco2, Nina Pastor2. 1Unidad Profesional Interdisciplinaria
de Ingeniería, IPN Guanajuato. 2Facultad de Ciencias, UAEMor.
29B
Self-assembly of a chimeric protein into virus-like particles displaying lipase activity
Isabel Alejandra Gutiérrez Landa, Ismael Bustos Jaimes. Laboratorio de Fisicoquímica e
Ingeniería de Proteínas, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad
Nacional Autónoma de México.
30B
Salmonella Phage P22 Tailspike-C-Terminus is an Intra-Molecular Chaperone that Assists
Assembly of the Triple B-helical Protein
Cameron Haase-Pettingell, Takumi Takata, and Jonathan King. MIT.
31B
The role of Thr120 in the K+-dependent pyruvate kinase family
Gloria Herández-Alcántara, Carlos Guerrero-Mendiola, Leticia Ramírez-Silva. Departamento de
Bioquímica, Facultad de Medicina, UNAM.
32B
The effect of swapping the backbone handedness and flipping the peptide plane on
protein folding
Joel Ireta. Departamento de Química, Universidad Autónoma Metropolitana-Iztapalapa.
33B
Construction by chemical conjugation of an immunotoxin containing the ribosomeinactivating protein curcin, and the anti-HER2 monoclonal antibody
Lidia P. Jaramillo1, Andrés Romero2, Alma L. Martínez3. 1CIBA-IPN. 2FES Cuautitlán, UNAM.
3
CEPROBI-IPN.
34B
Zo-peroxidase: crystal structure and sequence of a highly glycosylated peroxidase
resistant to hydrogen peroxide from japanese radish
Nizaá Jiménez-Arroyo, Paloma Gil-Rodríguez, Sonia P. Rojas-Trejo, Brenda Valderrama,
Enrique Rudiño-Piñera. Departamento de Medicina Molecular y Bioprocesos, Instituto de
Biotecnología, UNAM.
35B
Structural studies of the influenza virus neuraminidase: searching for a second binding
site to sialic acid
Juárez Martínez Ariadna B1,2, Rudiño Piñera Enrique1. 1Departamento de Medicina Molecular y
Bioprocesos. Instituto de Biotecnología, UNAM. 2Facultad de Ciencias, UAEM.
36B
Conformational plasticity of ankyrin repeat domain of transcient receptor potential
vanilloid 1 (ARD-TRPV1) ion channel in complex with cysteine reactive agonist allicin
Ernesto Ladrón-de-Guevara1, Jorge Romero-Estrada1, Margarita Romero-Ávila2, Gisela RangelYescas1, Leon D Islas1. 1Departamento de Fisiología, Facultad de Medicina, UNAM.
2
Departamento de Química Organica. Facultad de Química. UNAM.
37B
The hidden energetics of ligand binding to Wheat Germ Agglutinin
Eduardo Leyva-Hernández, Enrique García-Hernández, Jorge L. Medrano-Cerano, Patricia
Cano-Sánchez, Itzel L. González. Departamento de Química de Biomacromoléculas, Instituto de
Química, UNAM.
38B
Structural characterization of three Triosephosphate isomerase (TIM) enzyme isoforms
from Arabidopsis thaliana
Margarita López-Castillo1, Robert Winkler1, Luis G. Brieba de Castro2.1Departamento de
Biotecmología y Bioquímica, Cinvestav-Irapuato. 2Cinvestav-LANGEBIO.
Program page 24
39B
Determination of different enolases expression in Trichomonas vaginalis
Marisol López-Hidalgo1, Elibeth Mirasol-Meléndez1, Elisa E. Figueroa-Angulo2, Rossana ArroyoVerástegui2, Claudia G. Benítez-Cardoza1. 1Laboratorio de Investigación Bioquímica, Escuela
Nacional de Medicina y Homeopatía, IPN. 2Departamento de Infectómica y Patogénesis
Molecular, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN.
40B
Crystal structure of shrimp arginine kinase in binary complex with arginine
Alonso A. López-Zavala1, Rogerio R. Sotelo-Mundo 1, Enrique Rudiño-Piñera2. Laboratorio de
Bioquímica de Proteínas Recombinantes, Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo,
(CIAD). 2Departamento de Medicina Molecular y Bioprocesos, (IBT-UNAM).
41B
Interactions of DPPC liposomes with two TIM proteins
Miguel Magaña and Miguel Costas. Laboratorio de Biofisicoquímica, Departamento de
Fisicoquímica, Facultad de Química, UNAM.
42B
Identification of IgG and IgE binding epitopes on Profilin (Hev b 8) from Hevea brasiliensis
José Israel Mares-Mejía, Enrique Ortega-Soto, Adela Rodríguez-Romero. Instituto de Química, e
Instituto de Investigaciones Biomédicas, UNAM.
43B
Dynamic and structural effects of cumulative mutations on the variable domain of the
lambda 3r germline immunoglobulin light chain
Liliana Martínez-Ávila, César Millán-Pacheco, Nina Pastor.
Facultad de Ciencias, UAEMor.
44B
Study of the protease-prosegment electrostatic interactions in natural and chimerical
complexes of Cathepsins K, L and S
Juan Carlos Martínez-Hernández1, Iris N. Serratos-Álvarez1, Arturo Rojo-Domínguez2 y A.
Jaqueline Padilla-Zúñiga1. 1 Departamento de Química, Universidad Autónoma MetropolitanaIztapalapa 2 Departamento de Ciencias Naturales, UAM-Cuajimalpa 2
45B
Proteomic and structural analysis of the enolases of Trichomonas vaginalis
Elibeth Mirasol Meléndez1, Claudia Guadalupe Benítez Cardoza1, Luis Gabriel Brieba de Castro2,
Rossana Arroyo Verástegui3, Absalom Zamorano Carrillo1. 1Laboratorio de Investigación
Bioquímica, Escuela Nacional de Medicina y Homeopatía, Instituto Politécnico Nacional,
2
LANGEBIO, CINVESTAV-Irapuato, 3Departamento de Infectómica y patogénesis molecular,
CINVESTAV.
46B
Structure and biochemical characterization of Lactobacillus plantarum Beta-fructosidase
E. Omar Mendoza-Llerenas1, Vrani Ibarra-Junquera1, Pilar Escalante-Minakata1, Juan A. OsunaCastro3, Giuseppe Spano4, Daniela Fiocco5. 1Facultad de Química, Universidad de Colima (U d
C). 2Facultad de Ingeniería Civil, U de C. 3Facultad de Ciencias Biológicas y Agropecuarias, U de
C. 4Department of Food Science, (FU). 5Department of Biomedical Science, FU.
47B
Entamoeba histolytica: the oxidative folding of chitinase is assisted by the 38-kDa protein
disulfide isomerase
Alexis Z. Minchaca, Rosa E. Mares, Marco A. Ramos. Laboratorio de Biotecnología, Facultad de
Ciencias Químicas e Ingeniería, Universidad Autónoma de Baja California.
48B
Bioinformatics analysis of the interaction among ehcpadh112 protein of Entamoeba
histolytica with tight juntion proteins of epithelial cells
Maricela-Montaño1, Abigail-Betanzos1, Mario-Rodriguez1, Michael- Schnoor1, José-Correa2, and
Esther-Orozco1,. 1Centro de investigación y de estudios avanzados, 2Escuela Superior de
Medicina-IPN.
Program page 25
49B
Effect of guanidine hydrochloride on activity and stability of the amoebic chitinase
Patricia L.A. Muñoz, Rosa E. Mares, Marco A. Ramos. Laboratorio de Biotecnología, Facultad
de Ciencias Químicas e Ingeniería, Universidad Autónoma de Baja California.
50B
Alternative splice variants in TIM barrel proteins from human genome correlate with the
structural modularity of this versatile protein fold
Adrián Ochoa-Leyva1, Gabriela Montero-Morán2, Gloria Saab-Rincón3, Luis G. Brieba2 and
Xavier Soberón1,3. 1INMEGEN-México, 2Langebio-CINVESTAV, 3IBT-UNAM.
51B
Linoleic acid isomerases in Lactobacillus plantarum. A multi-enzyme system that
produces a bioactive conjugated linoleic acid isomer
Joanna Ortega-Anaya, Alejandra Hernández-Santoyo. Departamento de Química de
Biomacromoléculas, Instituto de Química, UNAM.
52B
Modeling the interaction between the α and β 1 subunits of the sodium channel Nav 1.4
Paiz B1; Scior T1; Islas A2; Millán L3; Salinas-Stefanon E2. 1Facultad de Ciencias Químicas,
BUAP. 2Laboratorio de Biofísica cardiaca, Instituto de Fisiología, BUAP. 3Centro de Química,
Instituto de Ciencias, BUAP.
53B
Inhibition of amyloid fibril formation of hen egg lysozyme
Laura García Alvarado1, Mariana Peimbert1, Hugo Nájera 1. 1Departamento de Ciencias
Naturales, Universidad Autónoma Metropolitana Cuajimalpa.
54B
In silico study on the selectivity of new silicon containing ibuprofen derivatives towards
ciclo-oxygenase 1 and 2
David Pérez-Gómez1, Irene Díaz-Reval2, Fernando Obledo-Benicio1, Zeferino Gómez-Sandoval1,
Rodrigo Razo-Hernández1, César Millán-Pacheco3, Nina Pastor3, Uzma I. Zakai4, Robert West4,
and Ángel Ramos-Organillo1*. 1Facultad de Ciencias Químicas, UCOL. 2Centro Universitario de
Investigaciones Biomédicas, UCOL. 3Facultad de Ciencias, UAEMOR. 4Organosilicon Research
Center, Department of Chemistry, University of Wisconsin-Madison.
55B
Unolding Mechanism Study for Human Triose Phosphate Isomearase
Carolina Perusquía Hernández, Dra. Gloria Saab Rincón. Departamento Ingeniería Celular y
Biocatálisis, Instituto de Biotecnología (UNAM).
56B
Binding study of antiinflammatory cycloartanes to COX-2
Ramírez-Cisneros M. Angeles, Aguilar-Guadarrama A. Berenice, Domínguez Blanca E.
Centro de Investigaciones Químicas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos.
57B
Interaction study of aminopyrimidine inhibitors with the JNK3 protein by MM-PBSA
Rodrigo S. Razo-Hernández1, Cesar Millán-Pacheco2, Manuel Villanueva-García3, Nina Pastor2,
Zeferino Gómez-Sandoval1. 1Facultad de Química, UCOL. 2Facultad de Ciencias, UAEMor.
3
Asociación de Jubilados, UG.
58B
Identification of structural changes on the bovine superoxide dismutase protein (Bos
taurus) by molecular dynamics simulation
Lourdes Reyes-Cervantes1, Ponciano García-Gutiérrez2, Benjamín Ibarra-Tandi1, Jorge LópezLemus1, Roberto López-Rendón1. 1Facultad de Ciencias, Universidad Autónoma del Estado de
México. 2Depto. de Química, Universidad Autónoma Metropolitana-Iztapalapa.
59B
Obtaining a VH fragment homodimer of the catalytic antibody 1F7, using prephenate
dehydrogenase as a dimerization reporter
Perla Rios-Flores, Joel Osuna. Depto. de Ingeniería Celular y Biocatálisis, IBT-UNAM.
Program page 26
60B
Redox chemistry of the high affinity copper binding site in alpha-synuclein:
Evaluating the role of methionines
Esaú-E. Rodríguez1, Lidia G. Trujano-Ortiz1, Andrés Binolfi2, Claudio O. Fernández2, Felipe
González1, Liliana Quintanar1. 1Departamento de Química, Cinvestav. 2IBR, CONICET,
Universidad Nacional de Rosario.
61B
Interface design of enzyme Triosephosphate isomerase
Karla Rojas-Méndez1 & Luis G Brieba1. 1Laboratorio Nacional de Genómica para la
Biodiversidad, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN.
62B
MD simulation of tau protein aggregation using DPD
Jorge L. Rosas-Trigueros1,2, Alberto Vela1. 1Departamento de Química, Cinvestav. 2Laboratorio
Transdisciplinario de Investigación en Sistemas Evolutivos, SEPI-ESCOM-IPN.
63B
Molecular dynamics study of the potential targets for the development of anti-obesity
drugs GIP and GIPR
Jonatan H. Sánchez-Alvarez1, Ángel Rivera-Delgado1, Irene Mendoza-Lujambio2, Jesús I.
Murillo-Álvarez3, Eleazar Lara-Padilla2, Miriam Pescador-Rojas4, Jorge L. Rosas-Trigueros1,
Rosaura Palma-Orozco. 1Laboratorio Transdisciplinario de Investigación en Sistemas Evolutivos,
SEPI-ESCOM-IPN. 2Escuela Superior de Medicina, ESM-IPN. 3Centro Interdisciplinario de
Ciencias Marinas, CICIMAR-IPN. 4Departamento de Ciencias de la Computación, ESCOM-IPN.
64B
The Saccharomyces cerevisiae mitochondrial DNA polymerase and interaction
Eugenia Sánchez-Sandoval, Corina Díaz-Quezada y Luis Gabriel Brieba de Castro. Cinvestav.
65B
Physicochemical characterization of two eukaryotic ancestors of the enzyme
triosephosphate isomerase
Mariana Schulte-Sasse Jiménez1, Nancy Pulido Mayorga1, Miguel Costas Basín2, Enrique García
Hernández3 and D. Alejandro Fernández-Velasco1. 1Facultad de Medicina, 2Facultad de Química
and 3Instituto de Química, Universidad Nacional Autónoma de México.
66B
Crystal structure of the triose phosphate isomerase (TIM) from shrimp Litopenaeus
vannamei
Rogerio Sotelo-Mundo 1, J. Salvador Carrasco-Miranda 1, Cesar Cardona-Felix 2, Alonso LópezZavala 1, Luis G. Brieba 2, Enrique Rudiño-Piñera 3. 1 Laboratorio de Bioquímica de Proteínas
Recombinantes. Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A.C. 2LANGEBIO,
Cinvestav-Irapuato. 3 Departamento de Medicina Molecular y Bioprocesos, IBT-UNAM.
67B
Enhancement of the alcoholytic activity of the α-amylase AmyA from Thermotoga maritima
MSB8 (DSM 3109) via directed evolution
Simon Strompen, Juanita Damián-Almazo, Rodrigo Arreola, Edmundo Castillo and Gloria SaabRincon. Instituto de Biotecnología, UNAM.
68B
Functional characterization of recombinant mannosyltransferases synthesized in Pichia
pastoris
Nahúm Valente Hernández, Héctor Manuel Mora Montes*. Departamento de Biología, División
de Ciencias Naturales y Exactas, Universidad de Guanajuato.
69B
The pH in the structure, stability and fibrillogenesis of a model amyloidogenic protein
Ma. Isabel Velázquez López1, Yazmín Frías Lucio1, Héctor Ceceña Álvarez1, Roberto Maya
Martínez3, Carlos Amero3, Miguel Costas Basín2, Nina Pastor4, y D. Alejandro Fernández
Velasco1. 1Facultad de Medicina, 2Facultad de Química, UNAM, 3Centro de Investigaciones
Químicas, 4Facultad de Ciencias, UAEMor.
Program page 27
70B
Calorimetric study of protein-protein interactions
María Teresa Vieyra Eusebio and Miguel Costas. Laboratorio de Bio-fisicoquimica.
Departamento de Fisicoquímica, Facultad de Química, Universidad Nacional Autónoma de
México.
71B
Improved specificity in the search for new drugs targeting HpENO by means of structural
alignment
Astrid E. Viveros-Pedraza1, Laura Reyes-Ortega1, José Correa-Basurto2, Absalom ZamoranoCarrillo3, Claudia Benítez-Cardoza3, Miriam Pescador-Rojas4, Rosaura Palma-Orozco1, Jorge L.
Rosas-Trigueros1. 1Laboratorio Transdisciplinario de Investigación en Sistemas Evolutivos, SEPIESCOM-IPN. 2Escuela Superior de Medicina IPN. 3Escuela Nacional de Medicina y Homeopatía
IPN. 4Departamento de Ciencias de la Computación IPN.
72B
Spectroscopic study on the interaction of cysteine protease ppEhCP-B9 with sodium
dodecyl sulfate
Olga Zamudio-Prieto1, Claudia Benitez-Cardoza2, Jaime Ortega-Lopez1. 1Departamento de
Biotecnología, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados. 2Escuela Nacional de Medicina
y Homeopatía, IPN.
73B
Interaction of the receptor for advanced-glycation-endproducts (RAGE) with HMGB1 and
S100B proteins
Iris N. Serratos1, Ambar López-Macay2, Nina Pastor3, César Millán-Pacheco3, Nallely Cabrera4,
Ruy Pérez Montfort4, Karina Martínez-Flores2 and Alberto López-Reyes2 .1Departamento de
Química, Universidad Autónoma Metropolitana-Iztapalapa. 2Laboratorio de Líquido Sinovial,
Instituto Nacional de Rehabilitación. 3Facultad de Ciencias, Universidad Autónoma del Estado de
Morelos. 4Instituto de Fisiología Celular. Universidad Nacional Autónoma de México.
74B
Strategies for stabilizing Triosephosphate isomerases of Trichomonas vaginalis (TvTIM1)
via crosslinking reactions
Ma.Eugenia Cruces Ángeles1,2, Priscila Estrella Hernández1, Claudia G. Benítez Cardoza2, Luis
G. Brieba Castro1. 1Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad, Centro de
Investigación y de Estudios Avanzados del IPN. 2Laboratorio de Investigación Bioquímica,
Programa Institucional en Biomedicina.
75B
Alternative structural solutions to iron-sulfur cluster in MutY DNA Glycosylase
Yardena M. García-Salcedo, Corina E. Díaz-Quezada, Carlos Trasviña-Arenas. Luis G. Briebade Castro. Cinvestav. Unidad Irapuato.
76B
Structural stability acidic subunit amaranth by bioactive peptides insertion
Jocksan Ismael Morales-Camacho, Silvia Luna-Suárez. CIBA - Instituto Politécnico Nacional.
77B
Is natural ethanol availability involved in the origin of alcohol- and aldehydedehydrogenases in animals
Riveros-Rosas, Héctor; Julián-Sánchez, Adriana; Hernández-Tobías, Aída; Vara-Cisneros, Paola
and Piña, Enrique. Depto. Bioquímica, Fac. Medicina, Universidad Nacional Autónoma de
México.
Program page 28
Organizing Committee and Sponsors
Organizing Committee:
Gloria Saab Rincón, UNAM
D. Alejandro Fernández Velasco, UNAM
Liliana Quintanar, Cinvestav
Silvia Cavagnero, U. of Wisconsin-Madison
Marina Ramírez-Alvarado, Mayo Clinic
Edgar Vázquez Contreras, UAM
Joel Ireta, UAM
Hugo Nájera, UAM
Local Organizing Committee:
Luis Brieba, Cinvestav
Robert Winkler, Cinvestav
Program page 29
Sponsors:
This event is funded by the following institutions:
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT)
Instituto de Biotecnología, UNAM
Facultad de Medicina, UNAM
Universidad Autónoma Metropolitana (UAM)
Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav)
Instituto de Investigación Biomédica Básica, UNAM
THE
PROTEIN
SOCIETY
Program page 30

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