PubMed - BioKemika

Transcription

PubMed - BioKemika
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
1
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
2
Literatur auf NCBI
PMC
PubMed Central
• Öffentlich frei zugängliche Volltext-Literatur => Volltext-Datenbank.
• Alle durch NIH-Mittel (National Institutes of Health) geförderte Forschungen müssen in PMC
frei zugänglich gemacht werden (Open Access-Gesetz seit 2008).
MEDLINE
Medical Literature Analysis and Retrieval System Online
• Von NCBI entwickelte bibliographische Datenbank der NLM (National Library of Medizine).
• umfasst bibliographische „Zitate“ aus allen Bereichen der Biomedizin.
• Wahl der indexierten Journals durch Literature Selection Technical Review Committee.
• Statistik: >19 Millionen Zitate aus >5600 Journals. ~2k neue Referenzen pro Tag.
• Die Zitate umfassen zum großen Teil auch Zusammenfassungen der Artikel (Abstracts).
• seit 1966
OLDMEDLINE
• Zwischen 1946-1965.
• Etwa 2 Millionen Zitate.
3
Literatur auf NCBI
PubMed
• Primäres System für Literatur-Suche im biomedizinischen Bereich => Suchmaschine
• Kostenlose Recherche von Zitaten in verschiedenen Datenbanken.
• MEDLINE
• OLDMEDLINE
• PMC
• Journal-Archive
• PubMed enthält Verlinkungen zu den Volltext-Artikeln in PMC (kostenlos) oder den LifeScience Journals (teilweise kostenpflichtig).
• PubMed verwaltet Kreuz-Referenzen zu anderen Datenbanken => Referenz-Datenbank.
Assoziierte Daten:
Nucleotide
Gene
Protein
PubChem
…
PubMed
Verlinkungen
Referenz-Datenbank
Volltext:
PMC
Journal Archive
Suche
Suchmaschine
Zitation:
MEDLINE
OLDMEDLINE
PMC
Journal Archive
4
Das MEDLINE Format
PMID = PubMed ID
VI = Volume | IP = Issue
DP = Date Published
(Veröffentlichungsdatum)
TI = Title
PG = Pages
AB = Abstract
In PubMed suchbare Felder*
5
*nicht alle Felder sind in PubMed durchsuchbar
Das MEDLINE Format
AD = Affiliation
(Instituts-Zugehörigkeit)
AU = Author
PT = Pubilkations-Art
(Artikel, Review, …)
TA = Journal Titel (Kürzel)
JT = Journal Titel
JID = Journal ID
AID = Artikel ID (doi)
PST = Publication status
• ppublish – Print-Version publiziert.
• epublish – ausschließlich elektronische Version publiziert.
• aheadofprint – elektronische Version publiziert, Print-Version folgt.
Kreuz-Referenzen sind im SI = Secondary Source ID Feld, z.B.
• SI - GENBANK/AF306859
• SI - SWISSPROT/P13209
6
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
7
Suchen mit PubMed
trial-and-error
willkürliche, unstrukturierte Eingabe von Stichworten, Autoren, Jahreszahlen etc.
Google-ähnliche Methode, mit der man oft schon sehr weit kommt.
8
Ergebnis Ausgabe
Summary-Format
• Ergebnis-Filter: zeigt nur Reviews oder nur Zitationen mit Links zu kostenlosem Volltext an.
• Titles with your search terms: zeigt Ergebnisse, bei denen Suchbegriffe im Titel vorkommen.
• Search Details: zeigt die Interpretation der Suchanfrage an.
• Find related data: Kreuz-Referenzen zwischen Ergebnissen und anderen NCBI-Datenbanken.
• Recent activity: zeigt den Suchverlauf an.
9
Ergebnis Ausgabe
Andere Formate wählbar
Ergebnis markieren
Ergebnis Nr.
Journal
(Abkürzung)
PubMed ID
Link zur Liste
verwandter Artikel
Summary Format
Titel der Publikation
Autoren
Seitenzahl
Volume(Issue) Nummer
Datum der Publikation
10
Ergebnis Ausgabe
Abstract-Format
Related Citations: Liste mit verwandten
Artikeln, die neuer sein können als der
ausgewählte. Option: Reviews zeigen.
Zusammenfassung (Abstract)
MeSH Terms: Keywords, die
Inhalte der Artikels beschreiben
Liste mit PMC-Artikeln, die
ausgewählten Artikel zitieren.
LinkOut: Links zu Datenbanken,
die den Volltext enthalten
11
Das kannst du mit PubMed nicht finden…
• Namen, die mehr als 10 Buchstaben enthalten und in Autor-Listen älterer
Paper stehen (vor 1995)
• Abstracts und Referenzen für Einträge von älteren Papern (vor 1976)
• Alte Paper können überhaupt nicht gefunden werden (vor 1965)
Hier hilft nur der Weg in die Bibliothek!
Dies ist allerdings meist nur beim Schreiben
historischer Reviews notwendig.
12
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
ATM
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
13
ATM
• Eingabe von Keywords ohne Feld-Definition => ATM (automatic term mapping)
• Vergleich der Suchbegriffe mit drei Datenbanken in definierter Reihenfolge.
MeSH-Database
(Medical Subject Headings)
• standardisiertes System von Stichworten (Vokabular), nach denen alle MEDLINE/PubMedEinträge katalogisiert bzw. indexiert werden.
• ermöglichen die inhaltliche Erschließung der Artikel.
Journals-Database
• Liste mit Journals aus PubMed und NCBI, deren Abkürzungen (abbrevations) und ISSNNummern sowie weitere Informationen wie der Zeitraum, in dem das Journal erschien.
Autoren-Tabellen
• 4 Verschiedene Tabellen mit Autoren-Namen.
• Wenn alle Suchbegriffe gefunden wurden, wird das atm vorzeitig beendet.
• Die entsprechenden Begriffe werden dann mit den Feldern erweitert
• [MeSH Terms]
[Journal]
[Author]
14
ATM
Die eigentliche Suche erfolgt dann mit den gefundenen standardisierten Einträgen
oder der Sucheingabe im Feld [All Fields].
Tatsächliche Suchanfrage (Interpretation der
Sucheingabe) ist unter „Search Details“ sichtbar.
All Fields = Durchsucht wird ein Teil der Felder im MEDLINE-Format, dazu zählen u.a.
• Titel
• Abstract
• Keywords
• Autor
• Journal
• Dazu zählt nicht der Volltext!
ATM bei einer Serie von Suchbegriffen
(1) Suche nach der gesamten Begriffsfolge („“) und seinen MeSH-Termen.
(2) Die Begriffsfolge wird von rechts um je einen Begriff verkürzt + Neue Suche der
kürzeren Begriffsfolge
(3) Suche der Einzelbegriffe mit UND-Verknüpfung.
(4) Sortierung der Ergebnisse nach Gewichtung.
15
ATM
Beispiel
Eingabe:
abergel c dUTPase
Interpretation:
abergel c[Author] AND ("dUTP pyrophosphatase"[Supplementary Concept] OR
"dUTP pyrophosphatase"[All Fields] OR "dutpase"[All Fields])
“dUTP pyrophosphatase” stammt aus der MeSH-Übersetzungstabelle
 Die einzelnen Suchbegriffe werden AND-verknüpft
 Aus derselben Sucheingabe abgeleitete Terme werden OR-verknüpft
 Beachte: Klammersetzung
16
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
17
MeSH Database
Medical Subject Headings
Standardisiertes Vokabular für Literatur
vgl. Gene Ontology für Gene/Proteine.
Da MeSH-Begriffe PubMedArtikeln zugeordnet werden,
können Artikel in PubMed über
MeSH-Begriffe gesucht
werden.
18
Ergebnis Ausgabe
• Stichwort-Suche nach standardisiertem Vokabular (insgesamt ca. 25.000 Einträge)
• Summary Format der Suchausgabe liefert MeSH-Begriffe mit Definition.
19
Ergebnis Ausgabe
Abstract / Definition des MeSH
Subheadings sind Unterbegriffe des
MeSH, z.B. History, Trends, Methods
Entry Terms sind alternative
Bezeichnungen, über die der MeSH
gefunden werden kann.
Previous Indexing: veraltete
Zuordnung des MeSH
Die MeSH-Terme sind in 15 thematische
Hauptkategorien geordnet und
polyhierarchisch aufgebaut (eignet sich
zur Suche von verwandten Themen und
Unterthemen). Ein MeSH kann mehrmals
innerhalb der Hierarchie auftauchen.
20
Suche in der MeSH-Datenbank
Related Informations
PubMed – zeigt alle PubMed-Einträge mit
diesem MeSH.
PubMed – Major Topic – zeigt alle
PubMed-Einträge, die den MeSH als
Hauptthema haben.
NLM MeSH Browser – zeigt den MeSHEintrag auf NLM, inklusive einer
vollständigeren Baum-Hierarchie
21
Suche in der MeSH-Datenbank
Aufbau einer Suchanfrage für PubMed
• Entsprechende Häkchen setzen,
Operator auswählen, dann Add to
Search Builder klicken.
• Wenn Suchanfrage steht, Search
PubMed klicken.
Klickbare Häkchen:
• verschiedene MeSH.
• Subheadings – weitere Einschränkung
eines gewählten MeSH (Spezifizierung).
• Restrict Search to Major Topic – MeSH
als Major Topic einschränken, wodurch
nur Artikel gefunden werden, die diesen
MeSH als zentralen Aspekt haben.
• Do not explode this Term – MeSHEinträge unterhalb der Hierarchie des
ausgewählten MeSH aus Suche
ausschließen.
Wichtig: Bei PubMed-Suchen mit MeSHBegriffen werden ältere Artikel nicht gefunden.
Grund: fehlende Annotierung!
22
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
23
NLM Katalog
• Zur erfolgreichen PubMed-Suche werden entweder die korrekten Journal
Bezeichnungen oder offiziellen Kürzel benötigt.
• Der NLM Katalog enthält bibliographische Daten für Journals, Bücher, Software,
elektronische Ressourcen etc. pp.
24
NLM Katalog
• Einschränkungen möglich, für PubMed-Suchen nach aktueller Literatur sinnvoll:
• Material Type / Journals (Currently Published)
• Journal Subsets / Only PubMed Journals
• Links to Full Text
25
NLM Katalog
• Sucht in NLM Katalog mit Limit:
Material Type / Journals (All)
• Einfachere Suche nach Journals:
Autocomplete Funktion
Journals nach Themen-Gebieten
• Browsing von Themen-Gebieten
• Weiterleitung zur Liste aller
Journals zum Thema in NLMKatalog Ergebnis Übersicht.
26
NLM Katalog
Sortierung nach Publikationsdatum:
Neue Journals vorne!
Aufbau einer Suchanfrage für PubMed
• Entsprechende Häkchen setzen, dann
Add to Search Builder klicken.
• Wenn Suchanfrage steht, Search
PubMed klicken.
27
NLM Katalog
Katalog-Eintrag
• Titel und offizielle Abkürzung des
Journals
• Erste Veröffentlichung
• Frequenz der Veröffentlichung
• Publisher
• ISSN
•
•
•
•
Link zur Homepage des Journals
Indexierung in MEDLINE, PubMed…
Assoziierte MeSH
Art der Publikationen
28
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
29
Suche nach Autoren
Nomenklatur für Autoren-Namen
Vor 2002
[Nachname] [Initialen der ersten beiden Vornamen] [Suffix-Abkürzung]
Meyer DJ jr
Seit 2002 zusätzlich
[Nachname], [Vorname]
Abele, Rupert
Trunkierung
Gottschalk A findet auch Gottschalk AR
„Gottschalk A“ unterbindet Trunkierung
Umlaute
Dötsch => Dotsch; Doetsch wird daher nicht gefunden.
Beide Varianten sollten ausprobiert werden, da Journals Namen unterschiedlich speichern.
30
Suche nach Autoren
Für das ATM dienen vier Datenbanken
• Full Author translation table (ab 2002)
• Author-Index
• Full Investigator translation table (ab 2002)
• Investigator Index
Dies hat Konsequenzen bei der Suche von Artikeln auf Basis von Autoren-Namen:
„Rupert Abele“ oder „Abele, Rupert“
„Abele R“
=ATM=> Abele, Rupert[Full Author Name]
=ATM=> Abele R[Author]
Im ersten Fall werden nur Artikel gefunden, die seit 2002 veröffentlicht wurden.
Im zweiten Fall werden auch Artikel von Rupert Abele gefunden, die älter sind.
31
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
32
PubMed: Advanced Search
Advanced Search Builder baut
Suchanfrage stetig auf.
Auswahl des Feldes für den Suchbegriff
Auswahl des Operators zur
Verknüpfung der Suchbegriffe
Autocomplete-Funktion / Show index list
je nach Feld wird auf verschiedene Indices
zurück gegriffen und alle Begriffe gelistet, die
den eingegebenen Wortstamm haben.
Tipp: Wenn zuvor Teil-Suchanfragen für PubMed in MeSHDatenbank oder NLM-Katalog aufgebaut wurden, nutze
die Nummer in der History, um diese miteinzubeziehen.
33
Felder in PubMed
Eine kleine Auswahl
• [ALL] = [all fields] – alle Terme, die im automatic term mapping zu keinem spezifischen tag passen erhalten diesen tag.
Der Suchbegriff wird in der gesamten MEDLINE-Zitation gesucht.
• [TW] = [Text Word] • [TI] = [Title] – Der Begriff muss im Titel der Publikation vorkommen.
• [TIAB] – Der Begriff muss im Titel oder Abstract der Publikation vorkommen.
• [RN] = [EC/RN Number] – sucht Publikationen über das Enzym mit dieser EC-Klassifizierung.
• [MH] = [MeSH Terms]
• [MAJR] = [MeSH Major Topic]
• [SH] = [MeSH Subheadings]
• [AU] = [Author] – findet Autoren (Nomenklatur: Meyer DJ jr)
• [Full Author Name] – findet Autoren (Nomenklatur: Meyer, James)
• [PT] = [Publication Type] – Beispiele: Review, Biography, Comment, Journal Article, Letter etc.
• [IP] – Issue (Heft)
• [VI] – Volume (Band)
• [TA] – Titel des Journals (Format: Title Abbreviation, voller Titel oder ISSN Nummer)
• [DP] – Pubilationsdatum (Formate: YYYY/MM/DD, YYYY/MM, YYYY, „last x days“, „last x months“, „last x year“)
34
Suchen mit Limits
Sinnvolle Einschränkungen:
• Sprache des Artikels
• Filter (z.B. nur Artikel mit freiem Volltext)
Limit-Funktion ist teilweise redundant
• Artikel-Typ (Paper, Review…)
mit der Advanced-Search Funktion…
• Publikationsdatum
• sogar Such-Felder! Achtung! Wird für alle Suchbegriffe angewendet!
35
Filter als Feld in PubMed
(Ersatz und Erweiterung der Limits)
[SB] = [Filter]
Viele Möglichkeiten die Ergebnisse zu filtern, hier eine winzige Auswahl:
Literatur mit Link-Out Ressourcen
• loall – Zitationen mit LinkOut Links in PubMed.
• free full text – Zitationen mit einem Link zu einem freien Volltext.
• full text – Zitationen mit einem Link zu einem Volltext.
Artikel-Typ:
• Comment | Review | Letter | News …
Aktuelle Literatur
• Entered last month – Artikel, die im letzten Monat in MEDLINE aufgenommen wurden.
• future ppdat – Artikel, die noch nicht in Print Version publiziert wurden.
Alte Literatur
• oldmedline – Artikel vor 1966
36
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
37
Link-Out
Merke: Alle Verlinkungen auf NCBI zu externen
Ressourcen werden über das Link-Out System verwaltet
• LinkOut ist eine Entrez Datenbank, die Verlinkungen enthält.
• LinkOut-Einträge müssen von den NCBI-externen Datenbanken beantragt werden.
• Verlinkung von Entrez-Datenbanken zu anderen Informationssystemen.
• Vernetzung von Informationen – keine erneute Suche notwendig.
38
Link-Out
• Link-Out Ressourcen sind mit vielen
PubMed-Einträgen verknüpft.
• Link-Out / Full Text Sources häufig
kostenpflichtig
• Wenn keine Link-Out Ressource
vorhanden, heißt dies nicht, dass kein
digitaler Volltext existiert.
Verlinkungen auf NCBI-externen Ressourcen
Volltexte, Kommentare zum Artikel, Support-Infos, BioDatenbanken…
39
Link-Out
Schnell-Link zum Volltext
Tipp: Von welchem Journal das Icon angezeigt wird, kann
eingestellt werden, sodass bevorzugt die Journals verlinkt
werden, welche die Goethe Uni abonniert hat (MyNCBI).
3 Typen von Icon-Volltext-Links
Priorität der
Anzeige
PMC
Free full text
Full text
kostenlos auf PMC
kostenlos auf Journal-Seite
kostenpflichtig auf Journal-Seite
40
Link-Out
Link-Out
Startseite
Link-Out Provider verlinken
zwischen Entrez und der
externen Ressource. Sie sind für
die Verlinkungen verantwortlich.
Alphabetische Liste nach Journal-Titel oder Provider möglich
41
Link-Out
Sortiert nach Provider
Liste von Providern mit zugeordneten Journals
Provider
Kürzel in Klammern
Vom Provider in LinkOut
verlinkte Journals.
Merke: Ein Provider verlinkt mehrere Journals
und dasselbe Journal kann durch mehrere
Provider verlinkt werden!
Sortiert nach Titel
Liste von Journals mit zugeordneten Providern
Journal-Titel
Provider, welche das
Journal verlinken.
42
Link-Out
PubMed-Suche mit Link-Out Filter
Such-Einschränkung über LinkOut-Ressourcen möglich:
loprovNameAbbr [filter]
NameAbbr = Kürzel des Providers
Alle Ergebnisse enthalten Links zu Volltext-Artikeln von diesem LinkOut-Provider!
43
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
44
PubMed Central
• >10% der PubMed indexierten Artikel haben in PMC den
Volltext hinterlegt. Dieser ist dann frei zugänglich.
• Eine Suche in PMC ist nicht notwendig, da Kreuz-Referenzen in
PubMed existieren.
45
Freier Volltext aus PMC
LinkOut-Icons für PMC-Artikel
46
Freier Volltext aus PMC
Author-Manuscript in PMC
Warum?
• Durch NIH geförderte Wissenschaftler müssen Ergebnisse in PMC veröffentlichen.
• Viele publizieren jedoch in Journals, die nicht in PMC verfügbar sind.
• In PMC wird ersatzweise das finale Manuskript des Artikels veröffentlicht.
Was ist das?
• Ergebnis des Review-Prozesses durch Gutachter und Editoren des Journals
• Das finale Manuskript vor der Publikation => Dieselben Inhalte wie der publizierte Artikel.
• Formatierung und Style unterscheiden sich im Vergleich zum publizierten Artikel.
47
Freier Volltext aus PMC
Bei Autor Manuskript:
=> Verweis auf den publizierten Artikel.
Bei PMC-Artikel:
=> Link zur Journal-Seite auf PMC.
Anzeige im HTML-Format,
Download im pdf-Format möglich
Zeigt PubMed Artikel der Autoren
Struktur eines PMC-Artikels
Zeigt Eintrag des Artikels in PubMed
Keywords: Die hier angezeigten
Begriffe werden zusätzlich von der
Suche indexiert.
Anzeige verwandter Artikel, auch zu
Inhalten von Artikel-Abschnitten.
48
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
49
STM-Bereich
Science, Technology, Medicine
Überblick: Wichtige Volltext-Datenbanken
ScienceDirect
http://www.sciencedirect.com
>2000 Journals | >20.000 Bücher | >11 Millionen Artikel
Nature Publishing Group
http://www.nature.com
Science AAAS
Wiley Interscience
http://onlinelibrary.wiley.com
>2000 Journals | >11.000 Bücher
http://www.sciencemag.org
Thieme Connect
http://www.thieme-connect.de
Springer Online
http://www.springerlink.com/books
>30.000 Bücher | Jährlich 4500 neue Bücher
Thomson Scientific
http://www.thieme-connect.de
Merke: Die Volltext-Datenbanken beschränken
sich nicht nur auf den Bereich Biomedizin
Merke: Volltext-Datenbanken enthalten selten kostenfreie Inhalte.
Es sind Logins über Instituts-Accounts nötig, die Lizenzen für ihre Mitarbeiter gekauft haben
– oder über Universitäts-Account für Studenten.
50
Die Volltextdatenbanken können auch direkt durchsucht werden.
PubMed ist nur ein Umweg. Gründe FÜR diesen Umweg:
• Jede Volltextdatenbank „funktioniert“ anders.
• Wozu all das Lernen, wenn man alles über PubMed erreichen kann?
Man muss an vielen Stellen suchen
• Meist keine Spezialisierung auf biomedizinische Artikel.
• Nur Artikel aus dem jeweiligen Verlag/Journal.
Das was man sucht ist nicht vorhanden
• Größtenteils kostenpflichtige Artikel.
• Oft weniger Möglichkeiten der Spezifizierung von Suchanfragen.
Das was man sucht findet man nicht
oder der Zugang wird verwehrt
• Keine Verlinkungen zu anderen Ressourcen.
Ähnliche Artikel? Struktur des Proteins?
Fehlanzeige!
51
Gliederung
PubMed
Suchanfrage
aufbauen
Einführung
Volltext
Wiederholung
Bonus
Literatur auf NCBI: PubMed, MEDLINE, PMC
PubMed Suche
-------------------------------------MeSH Datenbank
Journal Datenbank
Autor Tabellen
-------------------------------------Advanced Search, Felder, Limits, Filter
-------------------------------------Entrez Link-Out
Pubmed Central
Volltext-Datenbanken
-------------------------------------Zusätzliche Features und My NCBI
52
PubMed: Clipboard
• Im Clipboard können
Suchergebnisse (max. 500)
zwischengespeichert
werden.
• Nach 8h Inaktivität wird
das Clipboard gelöscht.
• Auswahl der Zitate über
Check-Boxen  „Send to“
 Clipboard
• Das Clipboard ist dann auf
jeder Seite innerhalb der
PubMed-Suchmaschine
erreichbar.
• Einzelne Einträge können
dann wieder aus dem
Clipboard gelöscht werden.
53
PubMed: Speichern der Ergebnisse
• Über das Menü „Send to“ können aus dem Clipboard oder der normalen Ergebnis-Anzeige
markierte Zitationen in eine Datei gespeichert werden.
• Um Zitation in eine persönliche Literaturdatenbank (wie Citavi) aufzunehmen ist MEDLINE
Format erforderlich.
54
PubMed: Kreuz-Referenzen
Related Information
Von PubMed aus erhält man
sämtliche mit dem Artikel
assoziierte Daten.
Artikel mit sehr viele Kreuz-Referenzen
Tipp: Notiere immer die PMID. Über diese kannst du in anderen
Datenbanken direkt assoziierte Informationen finden!
55
My NCBI
• Jede NCBI-Seite ermöglicht das Login zu My NCBI. My NCBI umfasst alle NCBI-Datenbanken.
• Registrierung erfordert lediglich
Benutzername/Passwort und eMailAdresse. Sehr schnell…
Features (Auswahl):
• Speicherung von Suchanfragen
(Recent Activity: 6 Monate)
• Speicherung von Suchergebnissen in
einer selbst verwaltbaren OrdnerStruktur (Collections).
• Veröffentlichung der Collections
möglich (Direkt-Link kann per email
versandt werden).
• eMail Benachrichtigung, wenn
Suchanfrage Ergebnis liefert (z.B. neues
Review zu einem spezifischen Thema).
• Personifizierte Such-Filter anlegen (z.B. sodass nur Artikel aus Journals angezeigt werden,
56
die entweder in PMC oder von der Uni FFM abonniert wurden).