MiSeq -Probenblatt Kurzanleitung ®

MiSeq®-Probenblatt
Kurzanleitung
NUR FÜR FORSCHUNGSZWECKE
Einführung
3
Konfigurieren des Probenblatts
5
Probenblattparameter
7
Analyse-Workflow
Technische Unterstützung
ILLUMINA EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT
Teile-Nr. 15031825 Rev. A
Dezember 2011
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Dieses Dokument und dessen Inhalt sind Eigentum von Illumina, Inc. und verbundenen Unternehmen
(„Illumina“) und ausschließlich für den bestimmungsgemäßen Gebrauch durch den Kunden in Verbindung
mit dem Gebrauch des hier beschriebenen Produkts (der hier beschriebenen Produkte) und für keinen
anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Handbuch und dessen Inhalt dürfen ohne schriftliches
Einverständnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw. anderweitig
übermittelt, offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden. Illumina überträgt mit diesem
Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent, Markenzeichen, Urheberrecht oder bürgerlichem Recht bzw.
ähnlichen Rechten an Drittparteien.
Die Anweisungen in diesem Dokument müssen genau durch qualifiziertes und entsprechend ausgebildetes
Personal ausgeführt werden, damit die in diesem Dokument beschriebene Anwendung der Produkte sicher
und ordnungsgemäß erfolgen kann. Vor der Verwendung dieser Produkte muss der Inhalt dieses
Dokuments vollständig gelesen und verstanden worden sein.
FALLS NICHT ALLE HIERIN AUFGEFÜHRTEN ANWEISUNGEN VOLLSTÄNDIG GELESEN UND
BEFOLGT WERDEN, KÖNNEN PRODUKTSCHÄDEN, VERLETZUNGEN DER BENUTZER UND
ANDERER PERSONEN SOWIE SACHSCHÄDEN EINTRETEN.
ILLUMINA ÜBERNIMMT KEINERLEI HAFTUNG FÜR SCHÄDEN, DIE AUS DER
UNSACHGEMÄSSEN VERWENDUNG DER HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE
(EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE) ENTSTEHEN, ODER JEDER
ANDEREN ART DER VERWENDUNG DER PRODUKTE AUSSERHALB DES
GÜLTIGKEITSBEREICHS DER AUSDRÜCKLICHEN SCHRIFTLICHEN LIZENZEN ODER DER
DURCH ILLUMINA GENEHMIGTEN ZULASSUNGEN IN VERBINDUNG MIT DEM ERWERB DER
PRODUKTE DURCH DEN KUNDEN.
NUR FÜR FORSCHUNGSZWECKE
© 2011 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.
Illumina, illuminaDx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cBot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco,
GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, Infinium,
iSelect, MiSeq, Nextera, Sentrix, SeqMonitor, Solexa, TruSeq, VeraCode, die orangene Farbe und das
Genetic Energy-Streaming-Basen-Design sind Marken oder eingetragene Marken von Illumina, Inc. Alle
anderen hierin enthaltenen Marken und Namen sind Eigentum der jeweiligen Eigentümer.
Einführung
Einführung
Das Probenblatt ist eine kommagetrennte Datei (*.csv), in der die zum Einrichten,
Durchführen und Analysieren eines Sequenzierungslaufs erforderlichen
Informationen gespeichert werden.
Bevor Sie einen Lauf starten, kopieren Sie Ihr Probenblatt in den Gerätecomputer oder
an den Ort im Netzwerk, der in den Setup-Optionen angegeben ist. Wenn Sie ein
neues Probenblatt hinzufügen möchten, verwenden Sie die Funktion "Manage Files"
(Dateien verwalten). Weitere Informationen finden Sie im MiSeq-System
Benutzerhandbuch.
Wenn der Lauf beginnt, kopiert die Software das Probenblatt in das
Stammverzeichnis des Laufordners.
Am Ende des Laufs wird das Probenblatt von der MiSeq® Reporter-Analysesoftware
für eine Sekundäranalyse verwendet.
Illumina Experiment Manager
Mit dem Experiment Manager können Sie Ihr Probenblatt erstellen. Der Experiment
Manager ist eine assistentenbasierte Anwendung, die Sie anhand des AnalyseWorkflows für Ihren Lauf durch die Schritte zum Erstellen Ihres Probenblatts führt.
Der Experiment Manager bietet eine Funktion zum Aufzeichnen der Parameter für
Ihre Probenplatte, z. B. der Proben-ID, der dualen Indizes und weiterer Parameter, die
für die folgenden Protokolle zur Bibliotheksvorbereitung auf Ihre 96-Well-Platte
angewendet werden können:
} Nextera
} TruSeq DNA
} TruSeq RNA
} Small RNA
} TruSeq Custom Amplicon
Mit dem Experiment Manager können Sie die Parameter der Probenplatte in Ihr
Probenblatt importieren.
Der Experiment Manager kann auf jeder Windows-Plattform ausgeführt werden. Sie
können den Experiment Manager von der Illumina-Website unter
http://www.illumina.com herunterladen. Gehen Sie zur MiSeq-Supportseite und
klicken Sie auf Downloads. Hierfür ist ein MyIllumina-Konto erforderlich.
Probenblattvorlage
Sie können die Probenblattvorlage in Excel oder im Windows-Editor öffnen und
bearbeiten. Eine Probenblattvorlage steht auf der Illumina Website unter
http://www.illumina.com zum Download bereit. Gehen Sie zur MiSeq-Supportseite
und klicken Sie auf Downloads. Hierfür ist ein MyIllumina-Konto erforderlich.
ANMERKUNG
Verwenden Sie keine Kommas, Leerzeichen oder andere ungültigen Zeichen in
einem Feld des Probenblatts.Wenn in einem Feld ein Komma enthalten ist,
wird Ihr Probenblatt von der Software nicht korrekt ausgelesen. Illumina
empfiehlt die Verwendung von Illumina Experiment Manager für die
ordnungsgemäße Erstellung Ihrer Probenblätter.
MiSeq-Probenblatt Kurzanleitung
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Benennen des Probenblatts
Während der Vorprüfung sucht die Software automatisch nach einem Probenblatt,
das der Reagenzienkartusche zugeordnet ist, die im vorherigen Schritt zum
Einrichten des Laufs in das Gerät geladen wurde.Illumina empfiehlt daher, dass Sie
Ihr Probenblatt mit der Barcodenummer der für den Sequenzierungslauf verwendeten
Reagenzienkartusche und der Erweiterung *.csv benennen. Die Barcodenummer
befindet sich auf dem Etikett der Kartusche direkt unterhalb des Barcodes.
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Teile-Nr. 15031825 Rev. A
ANMERKUNG
Illumina empfiehlt, dass Sie ihr Probenblatt mit der Barcodenummer der
Reagenzienkartusche benennen, die Sie für den Sequenzierungslauf
verwenden. Die Barcodenummer befindet sich auf dem Etikett der Kassette.
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Benennen Sie Ihr Probenblatt nach der Barcodenummer der Reagenzienkartusche,
gefolgt von der Erweiterung ".csv". In diesem Beispiel würde das Probenblatt den
Namen MS0001082-50.csv erhalten.
Abbildung 1 Etikett der Reagenzienkartusche
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Erstellen Sie Ihr Probenblatt außerhalb des Geräts mit dem Illumina Experiment
Manager oder der Probenblattvorlage. Geben Sie die folgenden optionalen
Informationen ein: Name des Prüfers, Projektname, Name des Experiments und
Datum.
3
Geben Sie den entsprechenden Analyse-Workflow ein (keine Leerzeichen):
Resequenzierung, Amplikon, DenovoAssembly, SmallRNA, Metagenomik oder
LibraryQC. Weitere Informationen zur Workflow-Festlegung finden Sie in der
nachfolgenden Tabelle.
4
Geben Sie die Chemie für Ihren Lauf an:
• Geben Sie für dual indizierte Läufe amplicon an.
• Für alle anderen Läufe kann dieses Feld leer bleiben oder Sie können "default"
eingeben.
5
Geben Sie die Anzahl der Zyklen für jeden Read ein.
ANMERKUNG
Geben Sie bei indizierten Läufen für jede Probe im Abschnitt "Data" eine
Indexsequenz an. Geben Sie für Index 1 eine i7-Indexsequenz ein. Geben Sie für
Index 2 (speziell für die Amplikon-Chemie) eine i5-Indexsequenz ein.
6
Vervollständigen Sie die für den Analyse-Workflow relevanten
Probenblattabschnitte. Jede Probe muss über eine eindeutige Proben-ID verfügen.
Probennamen können identisch sein.
MiSeq-Probenblatt Kurzanleitung
5
Konfigurieren des Probenblatts
Konfigurieren des Probenblatts
Analysis
Workflow
(AnalyseWorkflow)
Manifests
(Manifestdateien)
SiteReports
(Berichte zu
Arbeitsbereichen)
Data (Daten)
Resequencing
(Resequenzierung)
Nicht zutreffend
Optional
Erforderlich:
SampleID,
GenomeFolder
Optional: Index,
Index 2
Amplikon
Erforderlich
Optional
Erforderlich:
SampleID, Manifest
Optional: Index,
Index 2,
GenomeFolder
DenovoAssembly
Nicht zutreffend
Nicht zutreffend
Erforderlich: SampleID
Optional: Index,
Index 2,
GenomeFolder
SmallRNA
Nicht zutreffend
Nicht zutreffend
Erforderlich:
SampleID,
Contaminants,
miRNA, RNA
Optional: Index,
Index 2,
GenomeFolder
Metagenomik
Nicht zutreffend
Nicht zutreffend
Erforderlich: SampleID
Optional: Index,
Index 2
LibraryQC
Nicht zutreffend
Nicht zutreffend
Erforderlich:
SampleID,
GenomeFolder
Optional: Index,
Index 2
ANMERKUNG
Die entsprechenden Indexsequenzen für TruSeq Custom AmpliconProbenblätter finden Sie im TruSeq Custom Amplicon Library Preparation Guide.
Die entsprechenden Indexsequenzen für Nextera DNA-Probenblätter finden
Sie im Nextera DNA Sample Preparation Guide .
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6
Kopieren Sie das Probenblatt an den dafür vorgesehenen Netzwerk-Speicherort,
der in den Setup-Optionen angegeben ist, oder kopieren Sie es mit einem USBStick und der Funktion "Manage Files" (Dateien verwalten), die über den
Begrüßungsbildschirm verfügbar ist, auf das Gerät.
Weitere Informationen finden Sie im MiSeq-System Benutzerhandbuch.
Teile-Nr. 15031825 Rev. A
Das Probenblatt ist in die Abschnitte "Header", "Reads", "Manifests" (Manifestdateien)
und "Data" (Daten) unterteilt. Bei den Überschriften der einzelnen Abschnitte muss
die Groß-/Kleinschreibung beachtet werden. Bei allen anderen Feldern wird nicht
zwischen Groß- und Kleinschreibung unterschieden.
Abbildung 2 Beispiel für ein Probenblatt in Excel
Es werden nicht alle Abschnitte des Probenblatts bei jeder Art von Lauf angewendet.
Welche Abschnitte jeweils relevant sind, hängt von dem für Ihren Lauf angegebenen
Analyse-Workflow ab.
Header
Der Abschnitt "Header" des Probenblatts enthält Informationen über Ihren Lauf.
Zusätzliche Felder werden ignoriert.
Parameter
Investigator Name
(Name des Prüfers)
Project Name
(Projektname)
Experiment Name
(Name des Experiments)
Date (Datum)
Workflow
Chemistry (Chemie)
MiSeq-Probenblatt Kurzanleitung
Beschreibung
Ihr Name
Gewünschter Projektname
Gewünschter Experimentname
Datum des Experiments
Erforderlich
Bei den Namen des Analyse-Workflows muss die genaue
Schreibweise eingehalten werden. Verwenden Sie eine der
folgenden Optionen: "Resequencing" (Resequenzierung),
"Amplicon" (Amplikon), "DenovoAssembly","SmallRNA",
"Metagenomik" oder "LibraryQC". Weitere Informationen finden
Sie unter Analyse-Workflow auf Seite 12.
Wenn Sie den Illumina Experiment Manager verwenden, wählen
Sie Ihren Workflow in der Dropdown-Liste aus.
Dieses Feld legt die Rezepturbestandteile fest, die zur Herstellung
der laufspezifischen Rezeptur verwendet werden. Enthält dieses
Feld keinen Eintrag, verwendet das System die
Standardrezepturbestandteile.
Optional – Bei TruSeq RNA- oder TruSeq DNA-Bibliotheken
kann dieses Feld leer bleiben und es können die
Standardeinstellungen verwendet werden.
Erforderlich – Bei allen Workflows, die die Dual-Indizierung
einsetzen, insbesondere bei Nextera und TruSeq Custom
Amplicon, muss das Feld "Chemistry" (Chemie) ausgefüllt
werden. Geben Sie amplicon (Amplikon) in dieses Feld ein.
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Probenblattparameter
Probenblattparameter
Reads
Reads geben die Anzahl der Sequenzierungszyklen in jedem Read an.
Parameter
Anzahl der Zyklen für
Read 1
Anzahl der Zyklen für
Read 2
Beschreibung
Read-Länge einer Target-Sequenz.
Die Anzahl der Zyklen für den Index-Read wird durch die im
Abschnitt [Data] (Daten) definierte Index-Sequenz angegeben.
Read-Länge einer Target-Sequenz.
ANMERKUNG
Die Anzahl der Zyklen für den Index-Read wird durch die im Abschnitt [Data]
(Daten) definierte Index-Sequenz angegeben.
Manifests (Manifestdateien)
Dieser Abschnitt des Probenblatts ist für den Analyse-Workflow "Amplicon"
(Amplikon), insbesondere für die Sequenzierung der TruSeq Custom AmpliconBibliotheken, erforderlich. Sie brauchen diesen Abschnitt nicht auszufüllen, wenn Sie
mit anderen Analyse-Workflows arbeiten.
Parameter
Name der Manifestdatei
Beschreibung
Name der von Illumina mit dem kundenspezifischen Assay (CAT)
bereitgestellten Manifestdatei. Die Manifestdatei befindet sich im
Manifestordner.
Geben Sie den Namen der Manifestdatei ohne die
Dateierweiterung (*.txt) ein.
Sie können mehrere Manifestdateien angeben: Ein Manifest für
Ihr kundenspezifisches CAT und ein Manifest für das KontrollCAT. Die separaten Manifeste werden auf dem Probenblatt
unterhalb des Abschnitts [Manifest] als "A" und "B" definiert.
Laden Sie Ihre Manifestdatei mit Hilfe der Funktion "Manage
Files" (Dateien verwalten) auf den angegebenen Speicherort.
Weitere Informationen finden Sie im MiSeq-System
Benutzerhandbuch.
Abbildung 3 Beispiel eines Probenblatts mit mehreren angegebenen Manifestdateien
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Teile-Nr. 15031825 Rev. A
Dieser Abschnitt der Probenblatts wird von den Analyse-Workflows "Resequencing"
(Resequenzierung) und "Amplicon" (Amplikon) verwendet.
Parameter
Name der Eingabedatei
für den SiteReport
Beschreibung
Jede Zeile im Abschnitt "SiteReports" (Berichte zu
Arbeitsbereichen) enthält den Namen einer SiteReportEingabedatei. Diese Datei bezeichnet Positionen auf einem
bestimmten Chromosom, um den an dieser Position gefundenen
Genotyp auszuweisen. Es handelt sich um eine
benutzergenerierte Datei.
Sie können mehr als eine Eingabedatei für einen Lauf verwenden.
Die SiteReport-Eingabedatei muss sich im selben Ordner wie das
Probenblatt befinden.
Die Werte in SiteReport-Eingabedateien (*.csv-Dateien) werden
durch Kommas getrennt. Dabei muss das folgende Format
eingehalten werden:
• Die erste Zeile enthält Spaltennamen. Erforderliche Spalten
sind "Position" und "Chromosome".
• Zusätzliche benutzerdefinierte Spalten werden an den
resultierenden Analysebericht für diese Position angehängt.
Geben Sie den Namen der SiteReport-Eingabedatei ohne die
Datei-Endung (*.csv) ein.
Data (Daten)
In diesem Abschnitt werden Probeninformationen aufgeführt. Dabei steht jeweils eine
Zeile pro Probe zur Verfügung. Dieser Abschnitt muss mindestens eine Probe
enthalten. Für jeden Analyse-Workflow sind andere Spalten in diesem Abschnitt
erforderlich. Die Reihenfolge der Spalten ist nicht von Bedeutung.
Parameter
SampleID
Sample_Name
Index
Index2
MiSeq-Probenblatt Kurzanleitung
Beschreibung
Erforderlich
Es handelt sich normalerweise um einen Barcode, jedoch sind
auch andere eindeutige Werte möglich.
Optional
Dieser Wert wird auf der Berichts-Webseite verwendet.
Erforderlich für Mehrfachproben-Assays mit Single- oder DualIndizierung.
Nukleotidsequenz – Gültige Zeichen sind A, C, G, T und N, wobei
N für eine beliebige Base steht. Geben Sie die Indexsequenz "i7"
ein.
Erforderlich für Mehrfachproben-Assays mit Dual-Indizierung,
beispielsweise für die Illumina Nextera-Probenvorbereitung oder
die TruSeq Custom Amplicon-Sequenzierung.
Nukleotidsequenz – Gültige Zeichen sind A, C, G, T und N, wobei
N für eine beliebige Base steht. Geben Sie die Indexsequenz "i5"
ein.
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Probenblattparameter
SiteReports (Berichte zu Arbeitsbereichen)
Zusätzliche Spalten im Abschnitt "Data" (Daten) für den Workflow
"Resequencing" (Resequenzierung)
Parameter
GenomeFolder
Beschreibung
Erforderlich
Der Ordner mit den FASTA-Dateien des Referenzgenoms, die im
Alignment-Schritt verwendet werden.
Dieser Ordner kann sich an einem Speicherort im Netzwerk oder
auf einem lokalen MiSeq-Laufwerk befinden. Optimale Ergebnisse
erzielen Sie, wenn die Genome auf der lokalen Festplatte
gespeichert sind oder BaseSpace verwendet wird.
Der Parameter "GenomeFolder" sollte auf den Ordner mit den
FASTA-Dateien verweisen. Ein Dateipfadbeispiel:
D:\Illumina\MiSeq
Reporter\Genomes\PhiX\Illumina\RTA\Sequence\Chromosomes
Zusätzliche Spalten im Abschnitt "Data" (Daten) für den Workflow
"Amplicon" (Amplikon)
Parameter
GenomeFolder
Manifest
Beschreibung
Empfohlen
Wird für die Bereitstellung von Variantennotationen (falls
verfügbar) und für die Definition der Chromosomengrößen in
der Ausgabedatei (*.bam) verwendet.
Erforderlich
Geben Sie die von dieser Probe verwendete Manifestdatei für das
Assay (CAT) an.
Zusätzliche Spalten im Abschnitt "Data" (Daten) für den Workflow
"DenovoAssembly"
Parameter
GenomeFolder
(oder Genome)
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Beschreibung
Optional
Wenn Sie dieses Feld ausfüllen, geben Sie den absoluten Pfad zum
Genomordner an.
• Wenn der aufgeführte Ordner nicht vorhanden ist,
kombiniert MiSeq Reporter die Konfigurationseinstellung
"GenomePath" mit der Genomzeichenfolge.
• Falls der Pfad nicht existiert, beendet MiSeq Reporter die
Verarbeitung.
Teile-Nr. 15031825 Rev. A
Parameter
GenomeFolder
Contaminants
miRNA
RNA
Beschreibung
Optional
Falls angegeben, werden Cluster anhand des vollständigen
Referenzgenoms ausgerichtet.
Erforderlich
Der Pfad zum Ordner, der die FASTA-Dateien für die
Kontaminierungen enthält.
Erforderlich
Der Pfad zum Ordner, der die FASTA-Dateien für die mature
miRNAs enthält.
Erforderlich
Der Pfad zum Ordner, der die FASTA-Dateien für kleine RNAs
enthält.
Zusätzliche Spalten im Abschnitt "Data" (Daten) für Library QCWorkflows
Parameter
GenomeFolder
Beschreibung
Erforderlich
Der Ordner mit den FASTA-Dateien des Referenzgenoms, die im
Alignment-Schritt verwendet werden.
Settings (Einstellungen)
Die Einstellungen im Probenblatt sind optional. In diesem Abschnitt werden die
möglichen Einträge im Abschnitt "Settings" (Einstellungen) beschrieben.
Parameter
FilterPCRDuplicates
MinQScore
OnlyGenerateFastq
Adapter
MiSeq-Probenblatt Kurzanleitung
Beschreibung
Mögliche Werte sind 0 oder 1. Der Standardwert ist 1 (Filterung).
Wenn der Wert "1" eingestellt ist, werden die PCR-Duplikate
markiert und nicht für das Varianten-Calling verwendet.
Duplikate werden als Paired-End-Reads definiert. Dabei haben
beide Reads dieselbe Alignment-Position.
Gibt den Q-Score-Schwellenwert für das Varianten-Calling an.
Mögliche Werte sind 0 oder 1. Der Standardwert ist 0.
Ist der Wert "1" eingestellt, generiert MiSeq Reporter FASTQDateien und beendet anschließend den Workflow. Diese Option
kann zur Abkürzung des Verfahrens genutzt werden, wenn Sie
für die Verarbeitung von FASTQ-Dateien CASAVA oder Tools
von Drittanbietern bevorzugen.
Hinweis: Auch wenn Sie die Daten nicht ausrichten, muss im
Abschnitt "Sample" der Parameter "GenomeFolder" auf den Pfad
zu einem Genom-Ordner verweisen.
Es ist möglich, dass einige Cluster über die Proben-DNA hinaus
sequenziert werden und Basen aus dem Adapter lesen.
Geben Sie hier die Adaptersequenz an, um sie zu maskieren. Die
Maskierung der Adaptersequenz erhöht die Genauigkeit der
Sekundäranalyse und beschleunigt sie.
Hinweis: Im Workflow "smallRNA" wird das Adapter-Trimming
standardmäßig durchgeführt. Darüber hinaus empfiehlt Illumina
die Adapter-Maskierung für Proben, die unter Verwendung des
Illumina Nextera-Probenvorbereitungskits vorbereitet wurden.
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Probenblattparameter
Zusätzliche Spalten im Abschnitt "Data" (Daten) für den Workflow
"SmallRNA"
Analyse-Workflow
Beim Analyse-Workflow handelt es sich um ein von MiSeq Reporter, der
Sekundäranalysesoftware auf dem MiSeq, durchgeführtes Verfahren. Die
Sekundäranalyse beginnt, nachdem die Software für die Echtzeitanalyse (RTA) die
primäre Analyse abgeschlossen hat.
MiSeq unterstützt sechs Analyse-Workflows. Der Analyse-Workflow für Ihren Lauf
wird im Probenblatt angegeben. Wenn Sie den Analyse-Workflow in das Probenblatt
eintragen, geben Sie den Namen so ein, wie unten in der Spalte "Workflow"
angegeben.
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Workflow
Anwendungen
Leistung
Gezielte
Resequenzierung
Geben Sie Folgendes ein:
Resequencing
Die Sequenzierung eines
angereicherten Teils des
Humangenoms oder eines kleinen
Genoms wie E. coli.
Reads werden anhand der Referenz
ausgerichtet und Varianten werden
vermerkt.
Ausgerichtete Reads
im *.bam-Format.
Varianten-Calls im
.vcf-Format.
AmplikonSequenzierung
Geben Sie Folgendes ein:
Amplicon
Sequenzierung von TruSeq Custom
Amplicons aus Proben, die auf
bestimmte Genompositionen
abzielen (bis zu ca. 384 Loci von bis
zu ca. 96 Proben).
Eine genomische Referenz wird
empfohlen, ist jedoch nicht
erforderlich. Das Einbeziehen einer
Referenz stellt sicher, dass die
Genomgröße in den Headern der
*.bam-Dateien korrekt angegeben ist,
und ermöglicht die Notation von
Varianten in der dbSNP oder
innerhalb von Genen.
Reads werden anhand einer im
Probenblatt angegebenen
Manifestdatei ausgerichtet. Es
können zwei Manifestdateien
angegeben werden: Eine für die
Steuerung und eine für die Probe.
Ausgerichtete Reads
im *.bam-Format.
Varianten-Calls im
.vcf-Format.
De-novo-Assemblierung
Geben Sie Folgendes
ein: DenovoAssembly
Assemblierung kleiner Genome (<20
Mb) aus Reads ohne die Verwendung
einer genomischen Referenz.
Bei Verwendung einer genomischen
Referenz wird ein Dotplot generiert,
der die Genompositionsreferenz und
Contig in Bezug setzt.
Contigs im FASTAFormat.
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Anwendungen
Leistung
Kleine RNASequenzierung
Geben Sie Folgendes ein:
SmallRNA
Sequenzierung von miRNA.
Reads werden anhand von Dateien,
die Kontaminierungen spezifizieren,
mature miRNA, smRNA und einer
genomischen Referenz unter
Einhaltung dieser Reihenfolge
ausgerichtet.
Berichte über die
relative Häufigkeit
der einzelnen
Datensätze.
Metagenomik
Geben Sie Folgendes ein:
Metagenomics
Für einen Metagenomik-Workflow
ist keine genomische Referenz
erforderlich. Reads werden mithilfe
einer Datenbank mit 16S-rRNADaten klassifiziert, die in der MiSeq
Reporter-Software enthalten ist.
ReadKlassifikationen nach
taxonomischer
Gruppierung von
Reich bis Gattung.
Bibliotheks-QC:
Geben Sie Folgendes ein:
LibraryQC
Schnelle Resequenzierung eines
Referenzgenoms für die
Qualitätskontrolle der DNABibliothek und zur Generierung
probenbasierter Statistiken.
Probenbasierter
Statistiküberblick.
MiSeq-Probenblatt Kurzanleitung
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Analyse-Workflow
Workflow
Wenn Sie technische Unterstützung benötigen, wenden Sie sich bitte an den IlluminaKundendienst.
Tabelle 1 Allgemeine Kontaktinformationen für Illumina
Illumina-Website
E-Mail
http://www.illumina.com
[email protected]
Tabelle 2 Telefonnummern des Illumina-Kundendiensts
Region
Telefonnummer
Region
Telefonnummer
Nordamerika
1.800.809.4566
Irland
1.800.812949
Andere Länder
+44.1799.534000
Italien
800.874909
Belgien
0800.81102
Niederlande
0800.0223859
Dänemark
80882346
Norwegen
800.16836
Deutschland
0800.180.8994
Österreich
0800.296575
Finnland
0800.918363
Schweden
020790181
Frankreich
0800.911850
Schweiz
0800.563118
Großbritannien
0800.917.0041
Spanien
900.812168
MSDS
Materialsicherheitsdatenblätter (MSDS, Material Safety Data Sheets) stehen auf der
Illumina-Website unter http://www.illumina.com/msds zur Verfügung.
Produktdokumentation
Sie können PDF-Dateien zusätzlicher Dokumente zum Produkt von der IlluminaWebsite herunterladen. Rufen Sie hierzu die Webseite
http://www.illumina.com/support auf und wählen Sie ein Produkt aus. Zum
Herunterladen der Dokumentation werden Sie aufgefordert, sich bei MyIllumina
anzumelden. Nach dem Anmelden können Sie eine PDF-Datei anzeigen oder
speichern. Um sich für ein MyIllumina-Konto zu registrieren, rufen Sie die Website
https://my.illumina.com/Account/Register auf.
MiSeq-Probenblatt Kurzanleitung
Technische Unterstützung
Technische Unterstützung
Illumina
Firmenzentrale in San Diego, Kalifornien, USA
+1.800.809.ILMN (4566)
+1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika)
[email protected]
www.illumina.com