Bruk av eDNA i kartlegging Muligheter og

Bruk av eDNA i kartlegging av
storsalamander (Triturus cristatus)
Muligheter og begrensninger
Jens Thaulow, NIVA
Jens Thaulow
1
Vanskelig å identifisere arter med
lav densitet
• Destruktivt
• Tidskrevende/dyrt
• Har man undersøkt
tilstrekkelig, og når er
det?
• Fagkompetanse for hver
art
Jens Thaulow
2
Miljø DNA eller environmental DNA (eDNA)
Alle organismer avgir DNA til omgivelsene
såsom: celler, slim, urin, avføring, osv…
DNA kan «overleve» i 2 uker eller mer
Tidsbesparende metode!
• Deteksjon av invasiv Asiatisk sølvkarpe i
USA med elektrofiske krevde 93 persondager
• eDNA 0,174 person-dager (Jerde et al.
2011)
Jens Thaulow
3
“Conservation in a cup
of water”
5/6 historiske lokaliteter positive for
Storsalamander med eDNA, men
kunne ikke påvises på vanlig vis
91 % suksess med eDNA
Jens Thaulow
4
Filtrering og sekvensering:
Jens Thaulow
5
• Fant 17/19 positive qPCR fra kjente lokaliteter
• Transport av prøven kritisk for deteksjons mulighet
• Viste at vannprøver utenfor «vanlig salamander
prøvetakingsperiode» også kunne brukes
• Denne publikasjonen var første steg (validering) mot en
større kartlegging av storsalamander i UK
Jens Thaulow
6
Innsendelse av
vannprøver fra
frivillige
• Bedre enn vanlig feltundersøkelse for 140 dammer
• eDNA 99,3%
Versus:
• Flaske feller 76%
• Lykte telling 75%
• Egg søkning 44%
• 239 dammer analysert fra innsendte prøver og identifiserte
storsalamander i 91,3% av disse!
Jens Thaulow
7
Biomasse / antall
individer tilstede
• Gjort flere forsøk på å
bestemme biomasse av en
art, men primært på
labben
• Feltforsøk upresise
(Thomsen
et al 2012; Pilliod et al. 2013)
• Pålitelig bestemmelse av
biomasse er ennå ikke
mulig
Jens Thaulow
Idaho Giant Salamander
(Dicamptodon aterrimus)
R2 = 0,24
Pilliod et al. 2013
R2 = 0,40; P < 0,05
Thomsen et al. 2012
8
Begrensninger
• Falske positiver - deteksjon av arten uten at den er tilstede:
• Uspesifikke primere
• Kontaminering (i felt eller lab)
• Lang levetid for eDNA
• Falske negativer – manglende deteksjon av arten selv om
at den er tilstede:
• Dårlig sampling
• Dårlig ekstraksjon av eDNA
• PCR inhibering
• For lite eDNA i prøven
Jens Thaulow
9
En svart og en rød hos NIVA
Elvemusling
(Margaritafera margaritafera)
Solabbor
(Lepomis
gibbosus)
Jens Thaulow
10
Takk for oppmerksomheten
Jens Thaulow
11