Lehrstuhl für Bioinformatik

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Lehrstuhl Bioinformatik
Jahresrückblick 2015
Aufnahme vom 14. Oktober 2015
Stand: 18.12.2015
Übersicht
• Publikationen 2015/16
• Zahl der Publikationen 2003-2015
• Impact-Faktoren der Zeitschriften, in denen wir 2015
publiziert haben
• Die 10 meistzitierten Publikationen 2011-2015
• Die 11 meistzitierten Publikationen insgesamt
• Publikationen auf der Fakultätsseite
• Verteidigungen 2015
• Chefhund und andere Bilder 2015
• Bilder der Weihnachtsfeier 2015
• Ausblick 2016
Publikationen 2015?
(fettgedruckt: Lehrstuhlmitarbeiter, lila: Alumni)
Martin Hölzer, Verena Krähling , Fabian Amman , Emanuel Barth , Stephan
Bernhart , Victor Carmelo, Gero Doose , Florian Eggenhofer , Jan Ewald , Jörg
Fallmann , Lasse Moritz Feldhahn, Markus Fricke , Juliane Gebauer , etc.
Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in cells
from bats and humans.
Nicht in Nature erschienen.
Folien dazu: http://www.rna.uni-jena.de/martin/talks/hoelzer_bochum_2015.pdf
Publikationen 2016
M.T.E. Prauße, S. Schäuble, R. Guthke, S. Schuster
Computing the various pathways of penicillin synthesis and their molar yields
Biotechnology and bioengineering 113 (1), 2016, 173-181
First published: 19 August 2015
Publikationen 2015
Samay Pande, Filip Kaftan, Stefan Lang, Aleš Svatoš, Sebastian Germerodt and
Christian Kost.
Privatization of cooperative benefits stabilizes mutualistic cross-feeding interactions
in spatially structured environments.
ISME Journal, 2015, Advance online publication 1 December 2015
Johannes Mansfeld, Nadine Urban, Steffen Priebe, Marco Groth, Christiane Frahm,
Nils Hartmann, Meenakshi Ravichandran, Anne Dommaschk, Sebastian
Schmeisser, Doreen Kuhlow, Shamci Monajembashi, Sibylle Bremer-Streck, Peter
Hemmerich, Michael Kiehntopf, Juliane Gebauer, etc.
Branched-Chain Amino Acid Catabolism is a Conserved Regulator of Physiological
Ageing“.
Nature Communications 6, 2015, 10043-
Publikationen 2015
• M. Bartl, M. Pfaff, A. Ghallab, D. Driesch, S. G. Henkel, J. G. Hengstler, S.
Schuster, C. Kaleta, R. Gebhardt, S. Zellmer ,P. Li
Optimality in the zonation of ammonia detoxification in rodent liver
Archives of Toxicology 89 (11), 2015, 2069-2078
• S. Schuster, D. Boley, P. Möller, C. Kaleta
A minimal model for explaining the higher ATP production in the Warburg
effect
Proceed. GCB 2015, PeerJ PrePrints 3, 2015, e1609
• K. Kupczik, H. Stark, R. Mundry, F.T. Neininger, T. Heidlauf, O. Röhrle
Reconstruction of muscle fascicle architecture from iodine-enhanced
microCT images: A combined texture mapping and streamline approach
Journal of Theoretical Biology 382, 2015, 34-43
Publikationen 2015 (2)
• T. Hinze, K. Kirkici, Patricia Sauer, Peter Sauer, J. Behre
Membrane Computing Meets Temperature: A Thermoreceptor Model
as Molecular Slide Rule with Evolutionary Potential
In: Membrane Computing. Proceedings of the 16th International
Conference (eds. ), 2015, accepted
• P. Sauer, T. Hinze, P. Hofstedt
Dynamic Ad-hoc Topologies for Mobile Robot Navigation Based on
Non-Uniform Grid Maps
International Journal of Mechanical and Mechatronics Engineering
2(6), 2015, 92-101
• S. Dühring, S. Germerodt, C. Skerka, P. F. Zipfel, T. Dandekar, S.
Schuster
Host-pathogen interactions between the human innate immune system and
Candida albicans - Understanding and modeling defense and evasion
strategies
Frontiers in Microbiology 6 (625), 2015,
• G.M.de Hijas-Liste, E.Balsa-Canto, J. Ewald, M. Bartl, P.Li, J.R.Banga,
C. Kaleta
Optimal programs of pathway control: dissecting the influence of pathway
topology and feedback inhibition on pathway regulation
BMC Bioinformatics 16, 2015, 163
• T. Weise, S. Schuster, M. Pfaff
Mikroalgen-Kultivierung im tubulären Photobioreaktor: BiomasseProduktivität von Nannochloropsis salina im dis- und semikontinuierlichen
Bioprozessregime
In: Tagungsband 16. Nachwuchswissenschaftlerkonferenz der mittel- und
ostdeutschen Hochschulen für angewandte Wissenschaften (eds. ), 2015,
257-262
• J. Ewald, M. Kötzing, M. Bartl, C. Kaleta
Footprints of Optimal Protein Assembly Strategies in the Operonic
Structure of Prokaryotes
Metabolites 5 (2), 2015, 252-269
• J.A. Nyakatura, H. Stark
Aberrant back muscle function correlates with intramuscular architecture of
dorsovertebral muscles in two-toed sloths
Mammalian Biology - Zeitschrift für Säugetierkunde 80, 2015, 114-121
• S. Schuster
The Golden Ratio as a proposed solution of the Ultimatum Game: An
explanation by continued fractions
arXiv:1502.02552, 2015
• J. Schleicher; C. Tokarski; E. Marbach; M. Matz-Soja; S. Zellmer; R.
Gebhardt; S. Schuster
Zonation of hepatic fatty acid metabolism - the diversity of its regulation
and the benefit of modeling
BBA - Molecular and Cell Biology of Lipids 1851, 2015, 641-656
• J. Linde, S. Duggan, M. Weber, F. Horn, P. Sieber, D. Hellwig, K. Riege,
M. Marz, R. Martin, R. Guthke, O. Kurzai
Defining the transcriptomic landscape of Candida glabrata by RNA-Seq.
Nucleic acids research 43, 2015, 1392-1406
• T. Hinze, K. Grützmann, B. Höckner, P. Sauer, S. Hayat
Categorised Counting Mediated by Blotting Membrane Systems for
Particle-Based Data Mining and Numerical Algorithms
Lecture Notes in Computer Science 8961, 2015, 241-257
Zahl Publikationen
2003: 6
2004: 5
2005: 8
2006: 5
2007: 10
2008: 9
2009: 17
2010: 32
2011: 21
2012: 23
2013: 19 (einschl. 3 von T. Hinze)
2016: 1
Artikel Prauße et al. 2016:
Onlinepublikation August 2015
Impact-Faktoren der Zeitschriften, in denen
wir 2015 publiziert haben
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Nature Communications: 11,470
ISME Journal: 9,302
Nucleic acids research: 9,112
Archives of Toxicology: 5,980
BBA-Molecular and Cell Biology of Lipids: 5,162
Biotechnology and Bioengineering: 4,126
Frontiers in Microbiology: 3,989
Plos One: 3,234
Biochemical Society Transactions: 3,194
Biochimie: 2,963
BMC Bioinformatics: 2,576
Journal of Theoretical Biology: 2,116
Mammalian Biology - Zeitschrift für Säugetierkunde: 1,478
International Journal of Mechanical and Mechatronics: Metabolites: Lecture Notes in Computer Science: -
Die 10 meistzitiertenPublikationen 2011-2015
1. F. Wessely, M. Bartl, R. Guthke, P. Li, S. Schuster, C. Kaleta
Optimal regulatory strategies for metabolic pathways in Escherichia coli depending on protein
costs.
Molecular Systems Biology 7, 2011, 515 (40, 61, IF 10,872)
2. K. Schmeisser, J. Mansfeld, D. Kuhlow, S. Weimer, K. Zarse, S. Priebe, I. Heiland, M. Birringer
M. Groth, A Segref, C. Werner, S. Schmeisser, S. Schuster, et al.
Role of sirtuins in lifespan regulation is linked to methylation of nicotinamide
Nature Chemical Biology 9, 2013, 693-700 (37, 51, IF 12,996 )
3. A. Rezola, L. F. de Figueiredo, M. Brock, J. Pey, A. Podhorski, C. Wittmann, S. Schuster, A.
Bockmayr, F.J. Planes
Exploring metabolic pathways in genome-scale networks via generating flux modes.
Bioinformatics 27 (4), Feb, 2011, 534-540 (25, 40, IF 4,981)
4. S. Pande, H. Merker, K. Bohl, M. Reichelt, S. Schuster, L.F. de Figueiredo, C. Kaleta , C. Kost
Fitness and stability of obligate cross-feeding interactions that emerge upon gene loss in
bacteria
ISME Journal 8, 2014, 953–962 (17, 33, IF 9,302)
5. C. Kaleta, L.F. de Figueiredo, S. Werner, R. Guthke, M. Ristow, S. Schuster
In silico evidence for gluconeogenesis from fatty acids in humans
PLoS Computational Biology 7, 2011, e1002116 (15, 28, IF 4,620 )
6. C. Kaleta, S. Schäuble, U. Rinas, S. Schuster
Metabolic costs of amino acid and protein production in Escherichia coli
Biotechnology Journal 8, 2013, 1105-1114 (16, 15, IF 3,490)
7. M. Pohl, R. H. Bortfeldt, K. Grützmann, S. Schuster
Alternative splicing of mutually exclusive exons - a review
BioSystems 114, 2013, 31-38 (13, 9, IF 1,548)
8. G. G. Zampar, A. Kümmel, J. Ewald, S. Jol, B. Niebel, P. Picotti, R. Aebersold, U.
Sauer, N. Zamboni, M. Heinemann
Temporal system-level organization of the switch from glycolytic to gluconeogenic
operation in yeast.
Molecular Systems Biology 9, 2013, 651 (13, 21, IF 10,872)
9. G. Beuster, K. Zarse, C. Kaleta, R. Thierbach, M. Kiehntopf, P. Steinberg, S.
Schuster, et.al
Inhibition of alanine aminotransferase (ALAT) in silico and in vivo promotes
mitochondrial metabolism to impair malignant growth
Journal of Biological Chemistry 286 (25), 2011, 22323-22330 (13, 21, IF 4,573)
10. H. Stark, S. Schuster
Comparison of various approaches to calculating the optimal hematocrit in
vertebrates.
Journal of Applied Physiology 113, 2012, 355-367 (12,18, IF 4,396)
9.
S. Schuster, L. de Figueiredo, A. Schroeter, C. Kaleta
Combining Metabolic Pathway Analysis with Evolutionary Game Theory. Explaining
the occurrence of low-yield pathways by an analytic optimization approach
BioSystems 105, 2011, 147-153 (10, 18, IF 1,548)
Die 11 meistzitierten Publikationen insgesamt
(blau: Anzahl Zitationen Web of Science, Google Scholar, lila: Impact Faktor)
1.
2.
3.
4.
S. Schuster, DA. Fell, T. Dandekar
A general definition of metabolic pathways useful for systematic
organization and analysis of complex metabolic networks.
Nature Biotechnology 18, 2000, 326-332 (527; 881; 41,514)
J. Stelling, S. Klamt, K. Bettenbrock, S. Schuster, E.D. Gilles
Metabolic network structure determines key aspects of
functionality and regulation.
Nature 420 (6912), 2002, 190-193 (464; 717; 41,456)
S. Schuster, T. Dandekar, D.A. Fell
Detection of elementary flux modes in biochemical networks: a
promising tool for pathway analysis and metabolic engineering.
Trends in biotechnology 17, 1999, 53-60 (395; 647; 11,958)
T. Pfeiffer, S. Schuster, S. Bonhoeffer
Cooperation and competition in the evolution of ATP-producing
pathways.
Science 292, 2001, 504-507 (393; 567; 33,611)
(blau: Anzahl Zitationen Web of Science, Google Scholar, lila: Impact Faktor)
5.
6.
7.
8.
S. Schuster, M. Marhl, T. Höfer
Modelling of simple and complex calcium oscillations. From
single-cell responses to intercellular signalling.
European journal of biochemistry 269, 2002, 1333-1355 (243; 345; keiner)
J.A. Papin, J. Stelling, N.D. Price, S. Klamt, S. Schuster, B.O.
Palsson
Comparison of network-based pathway analysis methods.
Trends in biotechnology 22, 2004, 400-405 (194, 353, 11,958)
S. Schuster, T. Pfeiffer, F. Moldenhauer, I. Koch, T. Dandekar
Exploring the pathway structure of metabolism: decomposition into
subnetworks and application to Mycoplasma pneumoniae.
Bioinformatics 18, 2002, 351-361 (135; 233; 4,981)
S. Schuster, C. Hilgetag, J.H. Woods, D.A. Fell
Reaction routes in biochemical reaction systems: algebraic
properties, validated calculation procedure and example from
nucleotide metabolism.
Journal of mathematical biology 45, 2002, 153-181 (112; 212; 1,846)
(blau: Anzahl Zitationen Web of Science; Google Scholar, lila: Impact Faktor)
9.
A. von Kamp, S. Schuster
Metatool 5.0: fast and flexible elementary modes analysis.
Bioinformatics 22, 2006, 1930-1931 (108; 213; 4,981)
10. S. Schuster, D. Kahn, H.V. Westerhoff
Modular Analysis of the Control of Complex Metabolic Pathways.
Biophysical Chemistry 48, 1993, 1-17 (84; 108; 1,986)
11. S. Schuster, T. Pfeiffer, D.A. Fell
Is maximization of molar yield in metabolic networks favoured by
evolution?
Journal Theoretical Biology 252, 2008, 497-504 (86; 133; 2,116)
Datenbanken im Web of Science ( All Databases) aus denen die
Zitierungen stammen:
Web of Science Core Collection
BIOSIS Citation Index
Chinese Science Citation Database
Data Citation Index
Russian Science Citation Index
SciELO Citation Index
Publikationen auf der Fakultätsseite
http://www.bpf.uni-jena.de/Forschung_Publikationen.html
Verteidigungen
Verteidigung von Konrad
am 1. April 2015
Verteidigung von Daniel am 30. April 2015
Chefhund
Honey ist eine Mischung
aus Golden Retriever und
Flat coated Retriever.
Partielle Sonnenfinsternis am 20.März 2015
Kaffetrinken mit dem FRZ
http://pinguin.biologie.unijena.de/pub2/AlbumFRZ2Dezember2015/index.html
Weihnachtsfeier 2015
http://pinguin.biologie.unijena.de/pub2/AlbumWeihnachtsfeier8Dezember2015/index.html
Ausblick auf das neue Jahr
- Es wird eine neue Homepage des
Lehrstuhls im neuen CMS der Uni geben.
 Die Skripte und Übungsaufgaben zur Lehre
bleiben auf dem Server Pinguin.
 Die Lit-DB bleibt auf dem Server Hades.
 Der Internetauftritt wird mit dem neuen CMS der
Uni gestaltet (inklusivem Eintrag der Mitarbeiter ins
Mitarbeiterverzeichnis der Fakultät).
- …
Frohe Weihnachten
… gute Erholung nach der
erfolgreichen Arbeit und vielen Dank
für die Aktivitäten 2015!!
Gegen Zielsetzungen ist nichts einzuwenden, sofern man sich dadurch nicht von
interessanten Umwegen abhalten lässt.
Mark Twain

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