Det vitenskapelige gjennombrudd – Nye muligheter åpnes

Det forskningsmessige
gjennombruddet
Thomas Moen, Aqua Gen/CIGENE
Hva er en QTL?
Quantitative
Trait
Locus
Kvantitative egenskaper
Egenskaper som styres av mange gener. Egenskapen
(normal) fordelt utover en skala
Kvalitative egenskaper
Egenskaper som styres av ett eller et fåtall gener.
”Enten-eller” egenskaper
Locus : Sted, område
Genområde som er assosiert med en definert egenskap
- Avgrenset av genmarkører
….ACGTTAA…
….ACGTGAA…
Genmarkør = Locus med
variasjon, som kan
genotypes
Salmon Louse
resistance gene ????
PD resistance
Gene (?)
Gen markør – ”kartmerke” i
Q: IPN resistens gen
genomet
Sannsynlighet
for QTL
QTL plot
Genetisk distanse (cM)
DNA-markører
Kromosom
Gen X, forårsaker
QTLen!
Stor QTL for resistens mot IPN funnet
(2005-2008)
900
800
700
600
LRT
500
400
300
200
100
0
0
500
1000
Position (cM)
• QTL med stor effekt funnet på
kromosom 26
• Forklarer 80 % av den
genetiske variasjonen
• P-verdi = 10-140
F (post-smolts)
0
10
20
30
40
50
Ssa0428BSFU
Ssa0562BSFU
Ssa0646BSFU
CL10332
Alu333
Ssa0374BSFU/ii
Ssa0680BSFU
Ssa0285BSFU
80
60
5
50
4,5
40
30
20
60
F (fry)
70
OMM1197
Omi27TUF
Rsa354
BX867151/ii
Omy1002UW
CL68994
SsaD157
OmyRGT44TUF
Ssa0800BSFU
BHMS217
Rsa476
CL18304
Ssa0279BSFU
QTLen viste seg å ha samme effekt på yngel
som på post-smolt
7
6,5
6
5,5
4
3,5
3
2,5
2
cM
QTL-testing av
stamfisk
q
q
Q
Q
Q
q
Q
Q
Q
q
q
q
Veldig
resistent laks!
Ny versjon av QTL-testen fra 2011
Versjon 1
•
•
•
•
•
•
Versjon 2
2009 Kan brukes på nesten all Aqua Gen–
fisk, ikke begrenset til enkelte familier
Bygger på et omfattende, AGspesifikt, referansedatasett
Gir manglende svar for noen dyr
Kombinasjon av flere DNA-markører
I praksis en gentest!
QQ, Qq, qq
•
•
•
•
Kan brukes på all Aqua Gen-fisk
En enkelt SNP-markør
Resultat av 6 års FoU-arbeide
En enda sikrere gentest!
Gentesten er sterkt korrelert med IPN-resistens i
smitteforsøk
100
Overlevelse yngeltest 2005
90
80
?
70
60
50
40
30
20
10
0
0
1
2
3
4
qq
qq
Qq
QQ
QQ
qq
Qq
Qq
Qq
QQ
I et pågående prosjekt leter vi etter ”IPN-genet”, som
forårsaker QTLen
”Andregenerasjons
sekvensering” av
QQ- og qq-dyr
Identifisering og
sortering av BACkloner i QTL-område
”Andregenerasjons
sekvensering”
av BAC-kloner
”Assembly”
av genomisk
sekvens
Identifisering av
polymorfismer (SNPer
osv) i QTL-området
IPN- gen!
Sekvensannotering
Sekvensering av
laksegenomet (NFR, FHF,
Canada, Chile..)
Ekspresjonsanalyse
(microarray/rna-seq)
IPNQTL-suksessen skyldes stor innsats fra
mange…
Forskere…
Laksesekvenseringsprosjektet…
Lab-ingeniører…
Takk for oppmerksomheten!