Rapport Annuel 2013 - Institut Pasteur de Dakar

Transcription

Rapport 2013, Institut Pasteur de Dakar
Fondation Institut
Pasteur de Dakar
Rapport annuel 2013
36, avenue Pasteur
BP 220
Dakar
Sénégal
www.pasteur.sn
1 sur 137
Réseau International des Instituts Pasteur et Instituts Associés
S O M M A I R E
INTRODUCTION
Préambule
Organigramme
Le personnel de l’Institut au 31 décembre 2013
4
8
10
ACTIVITES DE RECHERCHE, D’EXPERTISE ET DE SANTE PUBLIQUE
Unité des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques
Unité de Virologie Médicale
Unité d’Immunologie
Unité d’Immunogénétique
Unité d’Epidémiologie
Unité d’Entomologie Médicale
Unité de Bactériologie Expérimentale
Laboratoire d’Analyses Médicales
Laboratoire de Sécurité Alimentaire et Hygiène de l’Environnement
Centre Médical : service médical, CAR, CVI
16
26
37
48
58
71
84
94
99
103
UNITE DU VACCIN FIEVRE JAUNE
106
SERVICES COMMUNS
Service Informatique
Service Qualité
Service Métrologie / Plateau Commun Technique
107
110
112
ENSEIGNEMENTS ET FORMATIONS
115
PUBLICATIONS ET COMMUNICATIONS
126
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Introduction
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Préambule
Membre du réseau international des Instituts Pasteur, l’Institut Pasteur de Dakar (IPD) est depuis
2010 une fondation privée de droit sénégalais, à but non lucratif et reconnue d’utilité publique.
Son objectif est de contribuer à la santé publique, en Afrique et en particulier au Sénégal, en
menant des activités de recherche, d’enseignement, de formation, d’expertises médicales,
épidémiologiques et biologiques et de production de vaccin amaril.
Les missions de l’IPD s’articulent autour de cinq composantes : recherche, santé publique,
services, production de vaccins et enseignement.
Les principales thématiques des programmes de recherche concernent (i) les arbovirus et les
virus des fièvres hémorragiques, (ii) le paludisme, (iii les infections respiratoires et diarrhéiques,
(iv) les infections bactériennes avec notamment l’étude des mécanismes de résistance aux
antibiotiques.
Ces thématiques notamment celles relatives à des agents pathogènes ayant un cycle complexe
faisant intervenir l’homme, un animal et un arthropode ne peuvent être abordées que grâce à la
complémentarité des équipes pluridisciplinaires présentes au sein même de l’Institut Pasteur de
Dakar (virologue, entomologiste, médecin, vétérinaire, immunologiste, épidémiologiste…) et à la
qualité d’un plateau technique : laboratoire et insectarium de sécurité de niveau 3, animalerie…
En 2013, les activités de recherche ont été valorisées par les scientifiques de l’IPD 39
publications (articles parus dans des revues scientifiques internationales référencées à comité de
lecture ou chapitres de livres) dont 19 en tant que premier ou dernier auteur. Ce nombre est en
augmentation sensible par rapport à 2012 (32 publications dont 19 en premier ou dernier auteur).
Cette année a été marquée par la tenue du premier 1er Conseil Scientifique de l’IPD qui s’est réuni
du 28 au 30 janvier 2013. L’objectif de ce Conseil était de faire un état des lieux des activités des
différentes unités de recherche (l’existant, les projets et les axes possibles), et de l’organisation de
la recherche à l’IPD. Le Conseil a désigné le Pr Roger SALAMON, Président, et le Pr Ogobara
DOUMBO, Secrétaire du Conseil. Les 7 unités de recherche et le LABM ont été auditionnées à
tour de rôle. Le Conseil scientifique a souligné des points saillants, parmi lesquels : (i) la
moyenne d’âge élevée des chercheurs, (ii) la taille des différentes équipes jugée trop faible, (iii)
l’insuffisance des lieux de rassemblement, (iv) certaines difficultés matérielles et en personnel,
(v) une transversalité à améliorer.
Le Conseil Scientifique a recommandé à la Direction (i) de promouvoir la vie scientifique et la
transversalité en organisant des réunions scientifiques pluridisciplinaires plus nombreuses et la
création de pôles thématiques, (ii) d’améliorer les plateformes techniques communes).
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Sous l’égide du Directeur Scientifique, le Dr Amadou SALL, 2013 a été le début d’une réflexion
pour la mise en place d’un plan stratégique pour la recherche à l’Institut Pasteur de Dakar.
L’élaboration de celui-ci s’appuie sur une approche participative et le plus consensuelle possible
et une synergie avec les partenaires et priorités du Sénégal et de l’Afrique. Une consultation très
large des personnels de l’IPD (chefs d’unités et personnel scientifique, techniciens supérieurs des
unités de recherche, étudiants des unités de recherches) a débuté dès la fin 2012.
L’élaboration de ce plan stratégique passe par un un certain nombre d’étapes : réalisation d’une
analyse situationnelle et prospective, définitions des grandes orientations, actions et stratégies
pour atteindre les objectifs. Le plan d’actions pour la mise en œuvre du plan stratégique devra
intégrer une estimation financière et une mobilisation des ressources. Ces plans constitueront la
feuille de route de l’Institut jusqu’en 2025. La méthode a consisté en des réunions de travail à
l’IPD avec les institutions partenaires, pour leur présenter l’IPD, la réflexion sur le plan
stratégique, discuter des axes potentiels de collaboration et définir le mécanisme de suivi.
En interne, cinq groupes thématiques ont été constitués : paludisme, pathogènes émergents,
infections respiratoires et diarrhéiques, résistance aux anti-infectieux et aux insecticides, essais
cliniques et vaccinologie. Chaque groupe a travaillé sur la base de termes de références que sont :
les programmes prioritaires, les plateformes technologiques et les infrastructures, les compétences
et ressources humaines, les partenariats à renforcer ou à mettre en place, les projets structurants.
Différents partenaires institutionnels, universités et institutions de recherche ont ainsi été associés
à la réflexion : Centre de suivi écologique, l’Université Cheick Anta Diop de Dakar, le Ministère
de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, l’Organisation Mondiale de la Santé à Dakar, le
Ministère de la Santé et de l’Action Sociale, l’Université Gaston Berger de Saint-Louis.
La réflexion en interne a permis d’analyser les forces, les faiblesses, les opportunités et les
menaces pour la recherche à l’IPD. Le plan stratégique pour la recherche devra être soumis pour
approbation en 2014 en Conseil de Fondation.
Simultanément à leurs activités de recherche, les laboratoires sont engagés dans des activités de
santé publique à travers les centres de référence qu’ils hébergent : centres nationaux de référence
pour la grippe et les virus respiratoires, la rougeole, la poliomyélite et les virus entériques, les
rotavirus, les entérobactéries, la rage et le centre collaborateur OMS pour les arbovirus et les
fièvres hémorragiques virales.
Parmi ces activités menées en 2013, citons : (i) le renforcement du réseau de surveillance
sentinelle de la grippe animé en partenariat avec le Ministère de la santé et de l’action sociale (13
centres ouverts à la fin de l’année), (ii) la surveillance des poliovirus et entérovirus non polio chez
les patients présentant une paralysie flasque aigue, (iii) la surveillance des arbovirus dans la faune
culicidienne et de vertébrés sauvages, (iv) la confirmation virologique des cas de rage humains, v)
l’évaluation de l’efficacité des aspersions intradomiciliaires dans différents districts sanitaires du
Sénégal.
Les équipes de l’IPD sont également intervenues lors des investigations des épidémies de Fièvre
de la vallée du Rift au Sénégal en novembre 2013 mais également de l’épidémie de fièvre jaune
(juillet 2013) et de dengue (décembre 2013) en Ethiopie.
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L’IPD propose également des activités de services au bénéfice de la population à travers : le
laboratoire d’analyses médicales, le laboratoire de sécurité alimentaire et d’hygiène de
l’environnement qui est le seul laboratoire de ce type au Sénégal accrédité par le Comité français
d’accréditation pour la microbiologie des aliments et dont l’accréditation a été renouvelée cette
année, le centre de traitement antirabique et le centre de vaccinations internationales.
L’Institut a, depuis 1937, une mission originale de production de vaccin antiamaril. Il est le
seul des quatre producteurs de vaccins antiamarils dans le monde pré-qualifiés par l’OMS :
Sanofi-Pasteur (France), Bio Manguinhos (Brésil), l'Institut Chumakov (Russie), à être situé en
Afrique. L’année 2013 a été marquée par la reprisee de la production de vaccin fièvre jaune.
Le projet de construction d’une nouvelle unité de production pour remplacer l’unité actuelle,
mise en service depuis près de 30 ans, qui atteint aujourd’hui ses limites malgré une
modernisation régulière et qui risque à terme de ne plus répondre aux exigences de l’OMS a mûri
mais a été freiné par les difficultés budgétaires rencontrées par l’IPD. Le projet de nouvelle unité
a débuté par le lancement de la sélection d’une assistance à la maîtrise d’ouvrage au cours du 4ème
trimestre 2013. La pérennisation de cette activité de production vaccinale à l’IPD est en
cohérence avec les activités d’expertise et de recherche menées dans le domaine du virus amaril.
Elle est également une source de financement et, à ce titre, contribue très largement au soutien
des activités de recherche de l’IPD.
L’Institut Pasteur de Dakar participe à différents enseignements de l’Université Cheikh Anta
Diop de Dakar (faculté de médecine et de pharmacie, master en épidémiologie, master en
entomologie, master d'immunologie des maladies infectieuses) et de l’Université Gaston Berger
de Saint Louis, ainsi qu’à l’Institut Pasteur à Paris. En 2013, l’Institut a accueilli 90 étudiants et
stagiaires sénégalais et étrangers jusqu’au niveau post doctorant ainsi que des stagiaires des
universités françaises et étrangères. L’IP Dakar a organisé avec l’OMS l’atelier sur la
différentiation intratypique des poliovirus organisée par l’OMS et l’IPD (23 - 27 septembre) et du
03 au14 décembre 2013, en partenariat avec l’Institut Pasteur (Dr Hevé Bourhy) un atelier
international sur la surveillance et le contrôle de la rage.
Enfin parmi les faits marquants de 2013, on peut noter :
-‐ les visites de plusieurs autorités :
o le 1er juillet : Mme Christina Fontes LIMA, Ministre santé de la République du
Cap-Vert
o le 10 octobre : Pr EL MDAGHRI, nouvelle Directrice de l’IP Maroc
o le 24 octobre : Mr Monsieur José Maria Pereira NEVES, Premier ministre du
Cap-Vert
-‐ les éléments de visibilité et de reconnaissance de l’IPD :
o le 23 avril : remise du « Jambar de la lutte contre le paludisme » lors d’une
cérémonie organisée par le Ministère de la Santé et de l’Action Sociale,
o le 28 mai : renouvellement par l’OMS du label « Centre Collaborateur OMS
pour arbovirus et virus des Fièvres Hémorragiques » de l’Unité des Arbovirus et
VFH,
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o
o
o
le 30 juin : signature d’un accord avec le laboratoire National de Santé Publique
du Soudan, pour appuyer leurs activités sur les arbovirus et la grippe,
le 16 octobre : admission de l’IPD en la personne du Dr SALL au Steering
Committee du GOARN,
du 22 au 24 octobre 2013 : lors de la 4ème réunion des ministres de la santé des
pays islamiques à Jakarta (Indonésie), invitation de l’Administrateur Général
pour présenter l’unité de production de vaccin de l’IPD.
Dans un contexte budgétaire toujours difficile, l’Institut a réussi en 2013 à préserver l’essentiel et
mener à bien ses missions prioritaires dans le domaine de la recherche et de la santé publique au
profit des populations du Sénégal et de l’Afrique.
En 2014, l’Institut Pasteur de Dakar devra s’attacher à :
- renforcer ses activités de recherche sur ses thématiques traditionnelles (arboviroses et
paludisme et pathologies respiratoires entériques…)
- entretenir et améliorer ses plateaux techniques de recherche (LSB3, …),
- maintenir opérationnel ses stations de recherches de terrain,
- contractualiser les missions de l’IPD avec le Ministère de la santé et de l’action sociale et
le Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche afin de pouvoir mobiliser des
fonds nécessaires à ses missions.
- augmenter sa capacité de production de vaccin contre la fièvre jaune, tout en continuant à
améliorer les infrastructures de l’unité actuelle et continuer à mettre en œuvre le projet
de nouvelle unité
Pr André SPIEGEL
Administrateur Général de l’Institut Pasteur de Dakar
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Organigramme de l’Institut Pasteur de Dakar
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Personnel de l’Institut Pasteur de Dakar
La Direction générale de la Fondation Institut Pasteur de Dakar (IPD) est sous la responsabilité
d’un Administrateur Général qui s’appuie sur une Direction scientifique (DS), une Direction
Administrative et Financière (DAF), et une Direction des Ressources Humaines (DRH).
La DRH est organisée autour d’un directeur des ressources humaines et de son assistante qui ont
en charge l’administration et la gestion des ressources humaines : pilotage du recrutement,
gestion des contrats de travail, gestion de la paie, planification et suivi de la formation, missions,
planification et administration des congés, planification et suivi des visites médicales annuelles et
d’embauche, gestion des stagiaires, suivi du contentieux social, relations avec les partenaires
sociaux, etc.
Pour mener toutes ces activités, la DRH a été renforcée par deux stagiaires au courant de l’année
2013.
Effectif au 31.12.2013
PSRL EXPAT
Techniciens
Autres personnels
CAT
Infirmiers
(1)
(2)
laboratoire
de laboratoire
Personnel
administratif
Autres
Personnels Total
support
Direction
1
2
1
0
0
0
9
3
16
Unités de recherche
12
2
1
13
1
14
1
0
44
LAM (4)
0
1
2
15
6
5
9
0
38
LSHAE (5)
0
0
0
5
0
2
3
0
10
Centre medical
0
0
2
0
1
0
0
0
3
Unité vaccin FJ
0
1
4
10
0
5
0
0
20
Service support
0
0
5
1
0
0
6
7
19
Ferme de Mbao
0
0
0
0
0
0
TOTAL
13
6
15
44
8
26
1. Personnel scientifique de recrutement local
2. EXPAT : statut expatrié
3. CAT : Cadres administratifs et techniques
4. LAM Laboratoire d’analyses médicales
5. Laboratoire salubrité alimentaire, hygiène de l’environnement
1
29
5
15
6
156
9 sur 137
Etat nominatif du personnel au 31 décembre 2013
DIRECTION GENERALE
Mr SPIEGEL André
ADMINISTRATEUR GENERAL, Pr, MAEE
Mme ABBEY Camille
ASSISTANTE DE DIRECTION
SERVICE MAINTENANCE
Mr MENDY Luc Serge
RESPONSABLE DU SERVICE
Mr MBAYE Malick
TECHNICIEN SUPERIEUR MAINTENANCE
Mr NDIAYE Simon
OUVRIER FRIGORISTE
DIRECTION SCIENTIFIQUE
Mr SALL Amadou Alpha
DIRECTION ADMINISTRATIVE &
FINANCIERE
Mr VIREY Jean Pierre
DIRECTION DES RESSOURCES
HUMAINES
Mr FALL Abdoulaye
DRH
Mme SECK Jeanine
SECRETAIRE
DAF, IPP
Mr NDIAYE Pape Moussa
CONTROLEUR DE GESTION
Mme DIOUF GUEYE Khoudia
COMPTABLE
Mme DIAGNE Jeanne Aguida
COMPTABLE
Mme DIENG NDIAYE Fama
COMPTABLE
Mme POSATI AWADI Jocelyne
SECRETAIRE
Mme SOUMAH Amy
Mr BODIAN Yancouba
STANDARDISTE
Mr BODIAN Assane
VAGUEMESTRE
BIBLIOTHEQUE
Mr NDIAYE Mame Biram
AGENT D'ADMINISTRATION
SERVICE GENERAL
Mr KANE Gabriel
AGENT DE SERVICE
SECRETAIRE
Mr SANTIAGO Léonildo
CAISSIER
SERVICE APPROVISIONNEMENTS
Mr SOW Alioune
RESPONSABLE APPROVISIONNEMENT
Mr CORREA Jean
RESPONSABLE MAGASIN
Mme TEXEIRA FORTEZ Christine
LINGERE (mi-temps)
Mr KONATE Mohamed Kaba
MANŒUVRE SPECIALISE
Mr DIALLO Alpha Bocar
ANIMALERIES DE MBAO
Mr NIANG Alassane
Mr CAMARA Ndiaye
AGENT D'ELEVAGE - CHEF D'EQUIPE
Mr SOW Ibrahima
AGENT D'ELEVAGE
Mr DIALLO Seydou
AGENT D'ELEVAGE
Mr KA Abdoulaye
AGENT D'ELEVAGE
SERVICE TRANSIT
Mr DIAGNE Malick
Mr SALL Seydina Issa
Mme SEYE DIOUF Mame Coumba
DECLARANT EN DOUANE
Mr SONKO Alioune
SERVICE MEDICAL
Mr DIALLO Mamadou Korka
MEDECIN CHEF DU SERVICE
CHAUFFEUR
Mme THIAM DICKO Anta
SERVICE ATELIERS & GARAGE
Mr TALL Cheikh Amadou Tidiane
MEDECIN
Mlle BADJI Fatou Binetou
INFIRMIÈRE
Mr DIOP Abdoulaye
CHAUFFEUR
Mr MBODJ Ndiaga
MECANICIEN CHAUFFEUR
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LABO. BIOLOGIE MEDICALE
Mr BERCION Raymond
RESPONSABLE DU SERVICE, Dr Med, MAE
Mr SECK Abdoulaye
PHARMACIEN BIOLOGISTE, CAT, Dr Ph
Mme DOUALA DJEMBA MAHOU Chantal
PHARMACIEN BIOLOGISTE, CAT, Dr Ph
Mr CISSE Ousmane
TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO., Major
Mr DIENG Falilou
TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO.
Mme NIATI Ivina Estelle
RESPONSABLE QUALITE
Mr SAMATEY Hassan Léopold
Mme SANKARE Jocelyne
Mme TALL GUISSE Awa
SECRETAIRE
Mme DJIGUEMDE B. Piyalo Yolande
SECRETAIRE
Mme MBODJ NDECKY Delphine
SECRETAIRE
Mr KONATE Samba
AIDE DE LABORATOIRE
Mr GNINGUE Djibril
AGENT DE LABORATOIRE
Mr BOLY Mamadou
Mr DIALLO Mamadou Chérif
Mr DIENG Mamadou
TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO.
Mme DIAGNE LOUM Fatou Kiné
Mr MBAYE Alioune Badara
Mme SENGHOR WILLIAM Anne Marie
Mr BADIANE Diogoye
Mr BISSILA Armel Vivien
Mme NDIAYE DIALLO Rouguiétou
TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO
Mme DJIGUEUL MBAYE Rokhaya
Mr DRAME Khadim
Mme THIAM Mame Fakha Yamilé
Mme DIEYE MBAYE Fatimatou B.R.
Mme FALL MBODJ Ndèye Marième
INFIRMIERE
Mme SARR Geneviève
INFIRMIERE (mi-temps)
Mme BA SY Ndèye Marième
LABORATOIRE de SECURITE
ALIMENTAIRE ET d’HYGIENE DE
L’ENVIRONNEMENT
Mme SOW GASSAMA Amy
CHEF D’UNITE, Pr, PhD, Chargée de recherche
Mme MBOW SARRE Maram
RESPONSABLE TECHNIQUE
Mme MANSALY GOMIS Colette
RESPONSABLE QUALITE
Mr GAYE Ibra Fall
CHARGÉ CLIENTÈLE
Mme DEME NDIAYE Mame Fatou
Mr DEME Saïdou Nourou
Mlle DIEBATE Ndèye Mossane
Mme SARR KA Ndèye Adama
Mlle BASSE Catherine Marie
SECRETAIRE
Mr DASYLVA Vincent
AIDE DE LABORATOIRE
Mr CABO Joseph Gabriel
Mme FALL GUEYE Bouya
Mme NDENE MANGA Stella Maris
INFIRMIERE
Mme SANE COLY Amy
Mr FALL El Hadji Malick
CHARGE CLIENTELE
Mme PINA Patricia
SECRETAIRE - CHEF D'EQUIPE
Mme LY DEME Astou
SECRETAIRE
Mme FAYE DIAM Henriette
SECRETAIRE
Mme AGNE YACINE Nadia
SECRETAIRE
UNITE VACCIN FIEVRE JAUNE
Mme ROBINEAU Nathalie
PHARMACIEN RESPONSABLE, FEI
RESP CELLULE ASSURANCE QUALITÉ
Mme DIA SY Marième
RESP CELLULE ASSURANCE QUALITÉ
LABO. DE PRODUCTION VACCIN
FIEVRE JAUNE
Mr NDIAYE Djibril
RESPONSABLE DE PRODUCTION, CAT
Mme NDIAYE SARR Adama
11 sur 137
Mr SOUMARE Assane
Mr SECK El Hadji Oumar
Mr SYLLA Chérif Nehma
Mr CISSE El Hadji Khadir
Mlle CAMARA Adama
Mr SAMBOU Lamine
Mr NDIAYE Maguèye
Mr DIA Moussa
Mr NDIAYE Oumar
Mme NDIAYE DANFAKHA Mama
SECRETAIRE
Mr FORTEZ Carlos
AGENT TECHNIQUE DE LABO.
Mr BADIANE Idrissa
AIDE DE LABORATOIRE
Mr DIONE Ndick
AIDE DE LABORATOIRE
Mr DIALLO Ibrahima
AIDE DE LABORATOIRE
Mr SENE Demba
Mr NDIAYE Modou
AIDE DE LABORATOIRE
Mr DIA Amadou
Mr GUEYE Mbaye
LABO. DE CONTROLE DE QUALITE
Mr DIATTA Antoine-Marie
PHARMACIEN CONTROLEUR
Mme DIALLO FALL Ramata
Mme GADJI COUNDOUL Khadidiatou
Mme FAYE COULIBALY Nd. Nas.
Mr FAYE Serge Isaac Amdy
Mr DIA Mamadou
UNITE DE VIROLOGIE MEDICALE
Mme NIANG NDIAYE Mbayame
CHARGEE DE RECHERCHE, PhD
Mr NDIAYE Abdel Kader
ASSISTANT DE RECHERCHE, Dr Med
Mr DIA Ndongo
ASSISTANT DE RECHERCHE
Mme FALL DIOUF Aïchatou
Mr FALL Hamet
Mr FAYE El Hadj Abdourahmane
CELLULE PROJET
Mr SENE Lamine
Mme GOUDIABY GUEYE Déborah
INGENIEUR TRAVAUX
Mr SY Atab
UNITE DE BACTERIOLOGIE
EXPERIMENTALE
Mr KEITA Moussa
Mme SOW GASSAMA Amy
CHEF D’UNITE, Pr, PhD, Chargée de recherche
Mr WANE Abdoul Aziz
Mr GUEYE Amadou Moctar
AIDE DE LABORATOIRE
UNITE D'ENTOMOLOGIE
MEDICALE
Mr DIALLO Mawlouth
CHEF D’UNITE
Mr BA Yamar
CHARGE DE RECHERCHE
UNITE DES ARBOVIRUS & VIRUS
DES FIEVRES HEMORRAGIQUES
Mr SALL Amadou Alpha
CHEF D’UNITE, PhD, Chargé de recherche
Mr FAYE Ousmane
CHARGE DE RECHERCHE, PhD
Mr FAYE Oumar
STAGIAIRE DE RECHERCHE
Mr DIA Ibrahima
CHARGE DE RECHERCHE
Mr THIAW Amadou
AGENT TECHNIQUE DE LABO.
Mr BODIAN Abdou Karim
MANGA Maodo Malick
Mme SYLLA BA Rouguiétou
Mme MONDO Mireille
12 sur 137
UNITE D'EPIDEMIOLOGIE
Mr TALL Adama
CHEF D’UNITE, Chargé de recherche, Dr Med,
PhD (disponibilté au 01.07.13)
Mr RICHARD Vincent
CHEF D’UNITE pi (à compter du 01.07.13),
Dr Med, HDR, MAEE
Mme ESPIE Emmanuelle
Epidémiologiste, Dr Vet, MAEE
Mme DIENE SARR Fatoumata
MEDECIN
CONTRATS DE PROJET
UNITE DE VIROLOGIE MEDICALE
Mr KIORI Davy Evard
Mr KEBE Ousmane
Mme CAMARA Oumou
QUALITICIENNE
UNITE DES ARBOVIRUS & V.F.H.
Mme FOFANA SOW Fatoumata Bintou
Mr FAYE Joseph
Mr BADIANE Abdoulaye
INFIRMIER
Mr DIAKHABY Gaoussou
AIDE DE LABORATOIRE
TECHNICIENNE SUPERIEURE QUALITE
Melle BA Arame
Melle MBAYE Khardiata
Mme FALL DRAME Gamou
CHERCHEUR
UNITE D'IMMUNOLOGIE
Mme TOURE Aïssatou
CHEF D’UNITE
UNITE DES ARBOVIRUS & V.F.H. (Station de
Kédougou)
Mr SOW Abdourahmane
MEDECIN
Mr DIOUF Babacar
Mr SAMB El Hadji Oumar
AIDE DE LABORATOIRE
Mr DIOP Malick
Mr SADIO Bacary Djilokalisse
UNITE D'ENTOMOLOGIE MEDICALE
Mr DIALLO Diawo
CHERCHEUR
Mr FALL Bidiel
UNITE D’IMMUNOGENETIQUE
Mr DIEYE Alioune
CHAUFFEUR
UNITE D’IMMUNOLOGIE
CHEF D’UNITE
Mr NIANG Makhtar
Mr THIAM Alassane
CHERCHEUR
UNITE DE BACTÉRIOLOGIE EXPÉRIMENTALE
Mlle NIANG Aïssatou
SERVICE INFORMATIQUE
Mme NJIWA SARR Haby
CHERCHEUR
RESPONSABLE DU SERVICE, CAT
Mr DIOUM Demba
INGENIEUR INFORMATICIEN, CAT
METROLOGIE
Mr DIAKITE Mamadou
Mr FAYE Michel Matar
Départs à la retraite au 31 décembre 2013
DIENG Falilou
LABM
MONDO Mireille
Unité des Arbo. & VFH
TALL Cheikh Tidjane
ATELEIRS & GARAGE
SOUMAH Amy
DAF
SERVICE QUALITE
Mme DIOP Maimouna
NDIAYE DANFAKHA Mama
Unité des Arbo. & VFH
RESPONSABLE DU SERVICE, CAT
Mr GNING Babacar
NDIAYE Mame Birame
BIBLIOTHEQUE
CADRE - ASSISTANT QUALITE, CAT
SAMBOU Lamine
Labo. Production Vaccin FJ
NIANG Alassane
FERME DE MBAO
DIAGNE Malick
SERVICE TRANSIT
13 sur 137
Arrivées 2013
NDIAYE Pape Moussa
DAF
ROBINEAU Nathalie
UVFJ
DIA SY Marième
UVFJ
SYLLA Chérif Nehma
UVFJ
CISSE El Hadji Khadir
UVFJ
CAMARA Adama
UVFJ
SENE Lamine
UVFJ
FAYE Serge Isaac Amdy
LCQ
NIANG Mame Libasse
LABM
DIEBATE Ndèye Molssane
LSAHE
SARR KA Adama
LSAHE
BADJI Fatou Binetou
SERVICE MEDICAL
14 sur 137
Activités de recherche, d’expertise
et de santé publique
15 sur 137
Unité des arbovirus et des virus des fièvres hémorragiques
Personnel de l’unité
Responsable scientifique : Amadou Alpha SALL, Chef de laboratoire, PhD
Adjoint : Ousmane Faye, Chargé de recherche, PhD
Autres personnels scientifiques : Oumar Faye, Assistant de recherche, PhD, Gamou Fall Dramé, Post
doctorant, PhD, Abdourahmane Sow, MD
Technicien(ne)s : Rouguietou Ba Sylla, Moussa Dia, Mireille Mondo, Maguèye Ndiaye, Oumar
Ndiaye, Bakary Djilocalisse Sadio, Khardiata Mbaye, Arame Ba
Etudiants : Martin Faye (Thèse), Fatim Bâ (Thèse), Henriette Diokh
Secrétaire : Mama Ndiaye
Animaliers : Carlos Fortez
Manœuvres : Idrissa Badiane, Ibrahima Diallo, Mbaye Guèye, Modou Ndiaye.
Collaborations et partenariats
Institut Pasteur de Dakar
- Unité d’entomologie médicale : Dr Mawlouth Diallo, Dr Yamar Ba, Dr Ibrahima Dia
- Unité de virologie médicale : Dr Mbayame Niang, Dr Kader Ndiaye
- Unité d’épidémiologie : Dr Vincent Richard, Dr Adama Tall, Dr Fatoumata Diène – Sarr
- Unité d’immunologie : Dr Aissatou Touré
- Centre de vaccination anti-rabique : Dr Korka Diallo
Au niveau national :
- Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Pr Mbacké Sembène
- Université de Thiès : Pr Cheikh Saadibou Boye.
- Institut Sénégalais de Recherches Agricoles : Moustapha Lô
- IRD : Jean Marc Duplantier, Khalilou Ba, Laurent Grangeon
- Ministère de la santé et de la prévention médicale : Dr Aboubakry Fall, Dr Oumar Ba, Dr
Mamadou Ndiaye, Dr Youssoupha Ndiaye, Dr Cheikh Saadibouh Senghor, Dr Doudou Sène,
Dr Ndao (Ninefecha), Mr Mansaly, Mr Faty
- Ministère de l’élevage : Dr Baba Sall, Dr Mbargou Lo, Dr Ismaël Seck
- Service de Santé des armées : Mr Tine, Mr Aziz Ndiaye
- Hôpital de Fann Clinique des Maladie Infectieuses : Pr Bernard DIOP, Sylvie Diop,
- Hopital Principal de Dakar : Pr Bakary Diatta, Dr Mansour Fall, Dr Khalifa Wade, Dr Khady
Ba Fall
- Hopital Aristide le Dantec : Pr Thérèse Moreira
- Ecole Inter états de Science et Médecine Vétérinaire : Pr R. Alambedji, Dr Philippe Koné
- Représentation nationale de l’OMS à Dakar : Dr M Coly
Au niveau international :
- Columbia University of New york: Pr Ian Lipkin, Pr Amit Kapoor
- University of Sidney (Australia) : Dr E. C. Holmes
- Université de Sao Paulo (Brésil) : Dr P. M. de A. Zanotto, CCM Freire
- Centre National d’Hygiène, Nouakchott (Mauritanie) : Dr Hampaté Bâ
- Institut Pasteur Paris: Dr Hervé Bourhy, Dr Laurent Dacheux
- Institut Pasteur de Côte d’Ivoire : Dr Edgar Adjoua
- Institut Pasteur de Bangui : Dr Emmanuel Nakouné
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-
Université de Gottingen : Dr Manfred Weidmann et Dr Frank Hufert
Université de Galveston au Texas : Pr Scott Weaver, Dr Nikolas Vasilakis
Université du nouveau Mexique : Pr Kathy Hanley
John Hopkins University : Pr Derek Cummings
Université de Vienne : Tim Skern
Robert Koch Institute : Matthias Niedrig
Réseau des laboratoires Fièvre Jaune de l’OMS, Région Africaine : Dr Annick Dosseh
SOUTIEN FINANCIERS
-
Projets de recherche : Direction des affaires internationales, Union Européenne, GIZ, Institut
Pasteur de Dakar
Activités de santé publique : OMS AFRO et Genève (GOARN, VPD, TDR)
Activités de formation : Direction des affaires internationales, Bourse de la direction des
affaires internationales.
Introduction
L’unité des arbovirus et virus des fièvres hémorragiques (UAVFH) est un Centre Collaborateur OMS
pour les arbovirus et virus de fièvres hémorragiques, Centre régional de référence pour le réseau OMS
des laboratoires de diagnostic de la fièvre jaune et Centre d’expertise FAO pour la fièvre de la vallée
du Rift. L’unité abrite aussi le centre national de référence sur la rage. En 2013, cette unité compte 23
membres incluant 6 cadres scientifiques nationaux (un chef de laboratoire, un chargé de recherche, un
assistant de recherche, 1 médecin chargé des activités de terrain, 1 post-doctorant, une responsable de
la qualité), 8 techniciens supérieurs, 1 étudiante en thèse, 2 étudiants en master, 5 agents techniques de
laboratoire et 1 assistante administrative.
En 2013, les priorités de l’unité ont porté sur i) le développement et le renforcement des missions de
l’unité dans les domaines la recherche et les activités de santé publique – investigations d’épidémie de
fièvre jaune et évaluation de risque de fièvre jaune- et ii) le renforcement de la démarche qualité au
niveau de l’unité notamment pour les activités de diagnostic, de l’isolement et de l’identification des
arbovirus mais aussi dans certains projets de recherche. Aussi, 2 master de biologie animale et un
master de santé publique ont été soutenus sur les cinétiques de réplication des virus West Nile et Zika
et sur l’enquête de couverture vaccinale du virus de la fièvre jaune respectivement.
1. Activités de recherche
Les activités de recherche en 2013 peuvent être regroupés en 4 thématiques: développement et
amélioration d’outils de diagnostic, l’évolution moléculaire des arbovirus, les interactions virusvecteurs et modélisation et évaluation des risques d’émergence, la découverte de pathogènes
nouveaux.
1.1. Développement et amélioration d’outils de diagnostic
1.1.1. Développement de tests rapides de terrain pour le diagnostic, le contrôle et la gestion des
épidémies de fièvre hémorragique virales (VHF-Diagnostics)
Ce projet de recherche avait été financé par le programme FP6 – INCO de la commission européenne.
Il s’agit d’une collaboration entre 3 laboratoires européens (Institut de virologie de l’Université de
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Gottingen en Allemagne, Institut Pasteur à Paris, Institut pour le contrôle des maladies infectieuses en
Suède) et 4 laboratoires africains (IPD, Centre de surveillance pluri-pathologique de l’OMS à
Ouagadougou, le Centre Charles Mérieux au Mali et l’Institut de Microbiologie à la faculté de
médecine à l’Université de Conakry) et une PME allemande (Mikrogen) spécialisée dans les tests de
diagnostic sur bandelettes. La co-coordination du projet est assurée par les Dr Manfred Weidmann de
l’Université de Gottingen et Amadou Alpha Sall. Au sein de l’UAVFH, le Dr Amadou A Sall et
Ousmane Faye (chargé de recherche) sont chargés de la mise œuvre technique.
Objectifs : i) Développer des tests rapides destinés aux postes de santé comme outil de première ligne
sous forme de bandelettes pour le diagnostic de 7 FHV (FJ, LAS, DEN, MAR, EBO, FVR, fièvre de
Crimée- Congo) et ii) une plateforme mobile de RT-PCR en temps réel pour le diagnostic et la prise en
charge des cas de FHV.
Etat d’avancement : la plateforme mobile de RT-PCR en temps réel est opérationnelle et validée à
Kédougou et utilisée au Cap vert, en Mauritanie et en Ouganda pour des épidémies de dengue, fièvre
de la Vallée du Rift et fièvre jaune. Une évaluation multicentrique sur le terrain des bandelettes a été
effectuée dans 5 pays d’Afrique (Burkina Faso, Guinée, Mali, République démocratique du Congo et
Sénégal) sur 25 sites grâce à un financement de la coopération allemande GIZ. Au cours du 1er
trimestre 2013, les différents sites de terrain au niveau des pays ont finalisé la validation du second
prototype. Pour la RDC, une équipe de l’UAVFH composée des Dr Gamou Fall et Ousmane Faye
s’est rendue à Kinshasa du 16 au 23 mars 2013 pour la formation du personnel à l’utilisation des LA et
leur évaluation sur le terrain. L’étude multicentrique a révélé la nécessité d’optimiser la bandelette et
la production d’un 3eme prototype compte tenu de la persistance de certaines réactions croisées
notamment avec le virus Marbourg. Aussi le 8 Avril 2013, une journée d’information a été organisée
et réunissait l’IPD, l’université de Göttingen, la GIZ, l’OMS, tous les ministères de la santé des
différents pays où les tests ont été évalués pour faire connaître le test de diagnostic en question et
favoriser son utilisation dans ces pays.
Conclusion et perspectives : La négociation de la mise en œuvre d’un troisième prototype a commencé
avec Mikrogen et du matériel pour la communication sur ces tests va être élaboré et diffusé auprès des
pays concernés.
1.1.2. Développement d’un laboratoire mobile pour le déploiement au chevet des malades (point
of care) lors d’épidémies de fièvres hémorragiques virales au Sénégal et en Afrique
Ce projet financé par le coopération allemande (GIZ) est une collaboration entre les universités
Göttingen, l’Institut Robert Koch en Allemagne et l’UAVFH.
Objectif : L’objectif général est de mettre au point des méthodes de détection des FHV et
d’amélioration de la logistique (collecte, conservation, manipulation et transport des prélèvements,
sources d’énergie) pour le déploiement d’un laboratoire mobile de diagnostic des FHV au chevet du
malade dans des conditions de ressources et d’infrastructures limitées. Les objectifs spécifiques sont
de: i) tester le stockage et le transport sous forme lyophilisée des réactifs et des échantillons ii) créer
des malles d’équipements pour le déploiement sur le terrain transportable par air ou terre vers le site
des épidémies avec une autonomie de 3 semaines au moins iii) tester un générateur à alimentation
solaire pour assurer l’indépendance énergétique des laboratoires mobiles.
Méthodologie: Une malle contenant du matériel d’inactivation d’échantillons, d’extraction d’acide
nucléique avec de billes magnétiques, un thermocycleur isothermal fonctionnant à 12 volts, une mini
centrifugeuse, des réactifs/kits pour l’amplification du virus et transportable à température ambiante et
un générateur à alimentation solaire a été constitué. Elle a ensuite été transportée dans un laboratoire
de district équipé sommairement et en zone rurale sans électricité pour simuler un déploiement. Aussi,
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des souches de virus de la dengue et de la fièvre jaune ont été utilisées pour tester la méthode de
détection in situ.
Résultats : L’évaluation de la stabilité des virus et réactifs a été réalisée au laboratoire à Dakar tandis
que l’exercice de déploiement a été effectué au district sanitaire de Mbour (dans un centre de santé) et
à la Pointe Sarène (en zone rural sans électricité) où les appareils ont été alimentés par le générateur
combiné au panneau solaire. Les résultats obtenus sur le terrain ont été superposables à ceux du
laboratoire.
Conclusions et perspectives : Les expériences de validation de la stabilité des virus et réactifs, et de
déploiement ont permis d’améliorer le prototype de laboratoire mobile déjà utilisé dans plusieurs
épidémies. Cette mise à niveau pourra être utilisée lors d’un prochain épisode de déploiement en 2014.
1.2. Séquençage et évolution moléculaire des arbovirus et virus de fièvres
hémorragiques
En 2013, les projets de cette thématique ont porté sur l’étude de la variabilité du virus West Nile, du
virus Bunyamwera et la caractérisation moléculaire des Nairovirus.
1.2. 1. Evolution moléculaire du virus West Nile
Ce projet EuroWest Nile financé par l’Union Européenne dans le cadre du FP7 est un consortium de
16 instituts européens et l’IPD. Il est coordonné au niveau de l’IPD par Dr Amadou Alpha Sall et
Mme Gamou Fall Dramé, post-doctorant en est le responsable technique au niveau de l’UAVFH.
Objectif: L’objectif est d’analyser la diversité des souches de WN en séquençant les génomes
complets des souches des lignées 1, 2, 8, et Koutango.
Méthodologie: Elle consiste à séquencer les régions codantes des protéines de l’enveloppe (E), de la
polymérase NS5 et de la zone NS5/ 3’NC de souches des souches de WN de diverses régions du
Sénégal et d’Afrique, d’hôtes et contextes épidémiologiques différents puis à partir de ces séquences
préliminaires de séquencer les génomes complets de ces virus en générant des produits PCR
chevauchants pour couvrir la totalité du génome.
Résultats: En 2013, 25 génomes complets de lignées 1, 2 et Koutango et lignées 8 ont été séquencés et
sont en cours d’analyse phylogénétique et phylodynamique.
Conclusion et perspectives : L’analyse approfondie des séquences des souches du virus West Nile au
Sénégal devraient nous permettre de mieux comprendre sa circulation au Sénégal et le rôle du parc
ornithologique du Djoudj (Dakar Bango) - site d’entrée des oiseaux migrateurs en provenance
d’Europe - sur les liens entre les souches africaines et européennes.
1.2.2. Caractérisation génétique des virus Ilesha et Ngari
Ce travail a été mené en collaboration avec l’Université de Göttingen en Allemagne et concerne le
séquençage des virus Ilesha et Ngari du serogroup Bunyamwera non encore caractérisée à ce jour.
Objectif: Il est de déterminer les génomes complets des virus Ilesha et Ngari et de les comparer aux
autres orthobunyavirus.
Méthodologie: Les souches des virus Ilesha et Ngari isolées en 1972 et 1980 au CRORA à Dakar ont
été cultivées et l’ARN extrait et caractérisé par séquençage à haut débit.
Résultats: L’analyse des souches Ilesha et Ngari a montré qu’il est une espèce virale bien distincte des
virus Batai, Bunyamwera et Ngari et confirment les études sérologiques.
Conclusion: Les résultats obtenus ont fait l’objet d’une publication dans Virus Genes.
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1.2.3. Caractérisation moléculaire des Nairovirus:
Ce projet mené en collaboration avec le laboratoire de Virologie Médicale de l’Université de
Göttingen en Allemagne. Le Dr Oumar Faye, assistant de recherche est responsable de la mise en
oeuvre technique. Ce projet est une première étape d’un programme visant à identifier de nouveaux
pathogènes et de caractériser les différents virus dans la collection du Centre Collaborateur OMS.
Objectif: L’objectif est l’analyse des génomes complets des souches des nairovirus Bandia, Thiafora,
Bakel et Crimée-Congo (VFHCC).
Méthodologie: Des stocks viraux de nairovirus de 12 souches de Bandia, 9 souches de Crimée Congo,
1 souche de Bakel et 1 souche de Thiafora isolées de divers contexte épidémiologique, ont été préparés
sur cellules Vero. L’ARN viral a été extrait puis un séquençage haut débit a été réalisé à l’aide de la
technologie de Roche (454). Les séquences obtenues ont été ensuite assemblées avec les logiciels GS
De Novo Assembler et Seqman Pro. L’alignement des séquences et l’analyse phylogénétique ont été
réalisés avec les logiciels Clustalw et Neighbor-Joining.
Résultats: L’analyse des séquences obtenues a permis de mettre en évidence :
- un nouveau Rhabdovirus dans un des prélèvements. La caractérisation de cette souche
chez le souriceau est en cours.
- le génome complet d’une souche du virus Bandia et des séquences partielles de 6 autres.
L’analyse des séquences de la polymérase a permis de quantifier l’homologie avec les
virus Erve, Crimée Congo, Hazara, Nairobi Sheep Disease, Dugbe et Kupe. L’assemblage
des séquences des autres souches de Bandia ainsi que celles de la souche de Thiafora est
en cours.
Conclusions et perspectives:
La caractérisation moléculaire par séquençage haut débit montrent les limites des tests d’isolement et
identification de virus actuellement utilisée. Elle invite à une réflexion sur l’évolution et l’intégration
des méthodes moléculaires dans ces processus et la mise en œuvre d’un programme spécifique sur la
découverte et la caractérisation des pathogènes émergents nouveaux.
1.3. Interaction des arbovirus avec leurs vecteurs
En 2013, cette thématique a porté essentiellement sur les interactions des virus West Nile avec ses
vecteurs ou cellules - hôtes. Ce projet fait l’objet d’un post-doctorat mené par Dr Gamou Fall Dramé
au sein de l’unité des Arbovirus et Virus de Fièvres Hémorragiques, en collaboration avec l’unité
d’entomologie médicale de l’Institut Pasteur de Dakar.
Objectif: L’objectif principal est l’étude des interactions du VWN avec son vecteur sauvage (Culex
neavei) et domestique (Culex quinquefasciatus) et l’impact de la diversité du virus à travers les
différentes lignées et de la glycosylation de la protéine d’enveloppe.
Méthodologie: Des stocks viraux été préparés en infectant des cellules AP61 (Aedes pseudoscutellaris,
clone 61). Des moustiques Culex sauvages et domestiques ont été infectés avec les stocks viraux pour
l’analyse des compétences vectorielles. Pour cela, des dissections de moustiques ont été effectuées à
différents temps après infection, suivis de broyage et PCR pour voir l’infection des moustiques, la
dissémination des virus, et leur transmission dans la salive. En parallèle, des cellules AP61 vont être
infectées avec les surnageants issus des broyages, et la présence de virus va être confirmée par des
tests d’immunofluorescence indirecte. Par ailleurs, des cellules de moustiques (AP61) et de
mammifères (Vero) qui ont été infectés aves les lignées du VWN testés avec les moustiques pour
analyser leur cinétique de réplication in vitro.
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Principaux résultats: Les infections expérimentales réalisées ont confirmé la compétence vectorielle
des 2 espèces de moustiques testées pour la lignée 1. Cependant, une variabilité d’une souche à une
autre au sein de la lignée 1 et la transmission de la lignée 8 par Culex neavei a été notée. L’étude in
vitro a montré des profils comparables dans les cellules de moustiques (AP61) popur ces 2 dernières
lignées tandis que dans les cellules de mammifères (Vero) la lignée 8 présente des taux de réplication
significativement plus bas.
Conclusion et perspectives: L’ensemble des résultats montre donc un impact de la diversité génétique
sur le plan biologique avec un effet type cellulaire ou espèce de moustique dépendant.
L’approfondissement des mécanismes impliqués dans ces processus sera examiné du point de vue de
l’ARNi, l’évolution intra-hôte, le microbiome du moustique pour expliquer ces différences.
1.4. Modélisation et évaluation des risques d’émergence des arbovirus et virus de fièvres
hémorragiques
En 2013, cette thématique est abordée au travers le projet sur l’impact de l’invasion du rat noir dans
les populations humaines des régions de Kédougou et Tambacounda (acronyme : CHANCIRA).
Ce projet de recherche financé par l’Agence Nationale de Recherche (ANR) est mené en collaboration
avec l’UMR IRD-INSERM - U2 de Marseille, le CBGP, Montpellier (France), le PRODIG de Paris
(France) et l’IPD. L’investigateur principal est le Dr Pascal Handshumacher et au niveau de l’IPD,
c’est le Dr Mawlouth Diallo qui en est le coordonnateur. Au niveau de l’UAVFH, les Dr Ousmane
Faye et Abdourahmane Sow sont chargés des activités relatives aux enquêtes séro-épidémiologiques et
les isolements des virus à partir des rongeurs et arthropodes. Mr Moussa Moise Diagne, un étudiant en
thèse est chargé des analyses des prélèvements.
Objectif : Il s’agit de comprendre quel est l’impact de l’invasion des populations de rats noirs Rattus
rattus - commensal de l’homme et se propageant le long de axes routiers en relation avec le transport
des marchandises - sur la santé des populations des régions de Kédougou et Tambacounda et
l’émergence d’anthropozoonoses.
Méthodologie: A partir de Tambacounda au sud est du Sénégal, 2 axes routiers Tambacounda- Kidira
et Tambacounda-Kédougou très fréquentés pour le transport de marchandises, ont été prospectés au
niveau de plusieurs villages pour la présence du rat noir et l’exposition des populations humaines aux
virus présents chez ce dernier. Ainsi, dans chaque village visité, les populations humaines ont été
prélevées et les rongeurs et arthropodes en milieu domestique et péri-domestique ont été collectés pour
rechercher les virus ou les marqueurs de leur circulation afin d’établir les cycles de transmission
existants.
Un total 960 rongeurs appartenant à 10 espèces ont été capturés au niveau de 21 localités et 2885 lots
comprenant des organes et des sérums de rongeurs ont été constitués L’espèce Rattus rattus a été
identifiée au niveau de 9 localités et représente 24% des captures. Par ailleurs, 877 lots monospécifiques de moustique ont été constitués et 995 prélèvements humains sanguins a été obtenu au
niveau de deux axes : Tambacounda-kidira et Tambacounda-kédougou. Chez les rongeurs, les virus
Gabek forest et Koutangou ont été isolés et de l’ARN des virus du genre Hantavirus et Alphavirus a
été détecté par PCR chez le rat noir.
Chez les moustiques testés, la lignée 1 du virus West Nile et le virus Ndumu ont été identifiés chez un
pool d’Aedes vittatus. Chez la population humaine, une infection récente (IgM) du virus Zika et des
marqueurs des infections anciennes (IgG) pour les virus Zika, West Nile, Dengue, YF, RVF et CCHF
ont été mises en évidence.
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Les virus qui seront identifiés chez les rongeurs feront l’objet d’une recherche spécifique dans les
populations qui ont été exposées à ces rongeurs et fera l’objet des activités en 2014. Une confirmation
des sérologies positives et la poursuite du criblage des autres virus sont aussi à poursuivre.
1.5. Détection de virus inconnus responsables des encéphalites chez l’homme (DEVINE)
Ce projet est financé dans le cadre des programmes transversaux de recherche (PTR). Il fait intervenir
6 équipes de l’IPP et 3 équipes du RIIP (Dakar Abidjan et Bangui).il est coordonné au niveau de l’IPD
par le Dr Ousmane Faye.
Problématique: Malgré l'utilisation des nouvelles technologies moléculaires pour le diagnostic des
infections virales du système nerveux central, environ 30 à 70% des cas d'encéphalite restent
inexpliqués. En Afrique, peu d'études systématiques pour la confirmation étiologique de cas
d'encéphalites virales sont effectuées.
Objectif: L'objectif de ce projet est d'identifier de nouveaux agents virologiques potentiellement
impliqués dans les syndromes d'encéphalite en Afrique en utilisant des outils permettant de mettre en
place un test de diagnostic, s'appuyant sur une gamme de virus pathogènes pour l'homme.
Sites d’étude: Pour le Sénégal, le recrutement des patients a été réalisé dans les trois grands hôpitaux
de Dakar : L’hôpital Fann, hôpital Aristide le Dantec et à l’hôpital principal de Dakar.
Méthodologie: Ce projet comprend 4 parties que sont (1) Inclusion, la collecte des informations, (2)
Collecte d'échantillons biologiques, et réalisation de tests préliminaires (3) Analyse par séquençage à
haut débit des échantillons provenant de patients et (4) Analyse des résultats.
Etat d’avancement: L’année 2013 est marquée par la fin des recrutements au niveau des structures de
santé. Un total de 66 patients a été obtenu au niveau de 2 sites. Pour les tests de première ligne, les
infections suivantes ont été identifiées chez les patients : le paludisme (12/66), les virus herpétiques
(HSV1, CMV, EBV) (8/66), la grippe (3/66), les arbovirus (RVF et YF) (3/66) et une bactérie du
genre Borrelia burgdorferi (1/66). A l’IPP, le virus Dézidougou (DEZV) a été détecté chez un patient
à l’aide du séquençage à haut débit sur la moitie des échantillons.
Perspectives: Les objectifs pour l’année 2014 sont (1) la valorisation des résultats obtenus et (2) la
poursuite de l’analyse des séquençages à haut débit à Paris. Un projet similaire pour l’identification
des causes d’encéphalite chez les enfants est en cours de discussion.
2. Activités de santé publique
Les activités de santé publique et services concernent surveillance, de diagnostic, d’isolement et
d’identification des virus, les investigations d’épidémies, l’évaluation du risque de fièvre jaune et le
diagnostic de la rage.
2.1. Surveillance de la fièvre jaune dans le cadre du réseau OMS des laboratoires de
fièvre jaune
Objectifs : Depuis 2003, le bureau régional de l’OMS (AFRO) a mis en place un réseau de laboratoires
FJ dont le but est d’appuyer la surveillance de cette maladie dans plusieurs pays d’Afrique. Dans ce
réseau de 20 laboratoires, l’UAVFH joue le rôle de laboratoire régional de référence.
Méthodologie : La surveillance de la FJ repose sur l’identification de cas suspects de FJ (i.e. ictère
fébrile avec une fièvre évoluant depuis moins de 2 semaines) par les structures de santé des différents
pays appartenant au réseau OMS. Pour chaque cas suspect, un prélèvement de sérum ou plasma est
adressé au laboratoire national de référence OMS pour la recherche par ELISA d’anticorps IgM
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dirigés contre le VFJ. Lorsque le résultat est positif ou douteux, le sérum est envoyé à l’UAVFH pour
une confirmation du résultat et des investigations supplémentaires.
Principaux résultats : En 2013, les faits marquants concernant la surveillance de la FJ sont les
suivants :
- 171 cas d’ictères fébriles provenant de l’Angola (31), Gambie (23), Libéria (12), Tchad
(33), Niger (71) ont été adressés à l’UAVFH pour rechercher la présence d’IgM
antiamarils pour les virus de la fièvre jaune, de la fièvre de la vallée du Rift, du West Nile,
du Chikungunya et de la fièvre hémorragique de Crimée Congo. Au Sénégal pour la
même demande, 206 sérums de patients provenant des différents districts ont permis
d’identifier que 2 prélèvements provenant des districts sanitaires de Bakel et Touba ont été
trouvés positif en IgM et pour lesquels l’investigation a indiqué qu’il s’agissait de cas
sporadiques en lien avec la région de Kédougou où le niveau d’immunité des population
contre la fièvre jaune est très élevé.
- 170 sérums de cas présumés positifs de fièvre jaune ont été adressés à l’UAVFH pour
confirmation ; ce qui a été possible pour 84 cas provenant de 16 pays que sont le Angola
(2), Burkina (11), Cameroun (47), Centrafrique (3), Tchad (9), Cote d’ivoire (9), Congo
(3), Gambie (3), Ghana (6), Guinée (3), Mali (4), Niger (5), Nigéria (13), RDC (15), Siérra
léone (1), Togo (1) et Uganda (10).
Conclusions et perspectives : En 2013, les performances dans le délai des rendus de résultats du
laboratoire ont été améliorés passant de 74% à 83% entre 2012 et 2013. Aussi en 2013, une enquête
sera mise en œuvre pour évaluer le niveau de satisfaction des clients de l’UAVFH pour le diagnostic.
2.2. Surveillance des arbovirus dans la faune culicidienne et de vertébrés sauvages
Objectif : Ce programme a pour but i) de mettre en évidence la circulation des arbovirus et virus de
fièvres hémorragiques dans la faune culicidienne et chez les vertébrés sauvages ii) de comprendre les
cycles naturels des principaux virus pathogènes et les mécanismes conduisant à leur émergence et
amplification au Sénégal et dans des pays de la sous-région.
Méthodologie : Au Sénégal, deux zones géographiques sont étudiées en priorité depuis plusieurs
années et font l’objet d’un suivi longitudinal systématique la population culicidienne mais aussi de
populations de vertébrés divers (rongeurs, petits ruminants, bétail et humains). Les zones ciblées sont
i) la région de Kédougou dans le sud-est du Sénégal, choisie pour ces caractéristiques écologiques
typique de zones de transition entre la forêt et la savane et très favorables à l’émergence des virus de la
fièvre jaune, la dengue, Zika…ii) la région du Fleuve et le Ferlo qui sont propices à la circulation des
virus de la Fièvre de la Vallée du Rift, West Nile ou Sanaar. Par ailleurs des souches peuvent être
transmis au CRORA pour identifier ou confirmer l’identification de virus isolés.
Principaux résultats : Les investigations virologiques à partir de lots de moustiques et tiques capturés
dans les zones d’étude ont conduit à l’isolement de souches des virus de la fièvre de la vallée du Rift,
West Nile et du nouveau virus appelé Barkedji .
Perspectives : Au cours de l’année 2014, un projet d’amélioration de l’identification sera initié avec
l’introduction des méthodes moléculaires de détection des virus à partir des moustiques, phlébotomes
et rongeurs.
2. 3. Investigation de l’épidémie de fièvre de la vallée du Rift (FVR) au Sénégal
Suite à la confirmation de plusieurs foyers d’animaux sauvages et domestiques de FVR dans plusieurs
régions du Sénégal, la confirmation de 2 cas humains sévères dans 2 hôpitaux de Dakar entre
Septembre et Novembre, une investigation a été effectué en décembre dans les régions d’origine des
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cas humains (Mbour et Joal) ) pour i) investiguer l’entourage et les contacts des patients chez qui le
VFVR a été confirmé ii) faire un inventaire des moustiques vecteurs de la FVR présents dans les
différentes localités concernées iii) vérifier la circulation du virus chez les vecteurs dans les zones
investiguées et iv) évaluer la seroprévalence de la FVR dans la population animale au niveau des
zones où des cas confirmés ont été identifiés.
La prévalence globale des anticorps récents (IgM) de la FVR dans les localités visitées était de 4.1% et
les sujets de 16-30 ans et les bergers de notre échantillon étaient significativement plus exposés au
virus de FVR. Une séroprévalence d’anticorps de type IgG de 75% a été retrouvée chez les animaux
dont ceux qui avaient récemment avortés (87.5%) étaient significativement associés à la présence
d’anticorps de type IgG (p=0.001). Sur le plan entomologique, aucune des espèces de moustiques
collectées au cours de cette investigation n’est connu comme vecteur de la FVR dans la sous région.
2.4. Investigation de l’épidémie de fièvre jaune en Ethiopie
A la demande de l’OMS et du ministère de la santé d’Ethiopie, une enquête multidisciplinaire
(entomologie, épidémiologie et virologie) a été effectuée dans la région de South Omo en Ethiopie en
juin 2013. Cette investigation a permis de montrer i) l’épidémie qui a débuté en décembre 2012 était
toujours actif en juin 2013 ii) les zones les plus affectés étaient South Ari, Bena stamey, Geza,
Aykamer, Shepi, Jinka town et Ayida, iii) Aedes africanus et Aedes bromeliae ont été les vecteurs
majeurs de cette épidémie. Les recommandations qui ont été formulées ont permis d’orienter la
vaccination dans les régions voisines de South Ari.
2.5. Evaluation du risque de la fièvre jaune en Zambie
Au cours de l’année 2013, la Zambie a organisé une évaluation du risque de la fièvre jaune. J’ai
coordonné le diagnostic virologique en Zambie et à Dakar. Au total 3640 échantillons ont été collectés
dans les provinces Ouest et Nord-Ouest du pays. La présence des anticorps de type IgG et/ou IgM
confirmé par séroneutralisation a été observée chez 6 individus dont 5 vivent au Nord Ouest. Cette
situation a favorisée la mise en place de la surveillance de la fièvre jaune dans la région.
2.6. Activités du centre national de référence de la rage
Le centre de référence rage a poursuivi ses activités pour l’année 2013 en matière de diagnostic de la
rage chez les populations humaine et animale. Trois cas de rage humaine confirmés par les tests
d’immunofluorescence directe et de RT-PCR ont été notés. Onze animaux infectés par le virus rabique
ont été diagnostiqués. Le centre continue de travailler en étroite collaboration avec (1) le ministère de
la santé pour la sensibilisation et la formation des agents de santé (2) le centre de vaccination de l’IPD
pour l’amélioration de la prise en charge des personnes mordues par des animaux suspects.
Le centre a co-organisé du 03 au 14 décembre 2013, un atelier sur la surveillance et le contrôle de la
rage avec le soutien de l'Institut Pasteur de Paris, le Département de Biochimie de l'Université de
Lausanne en Suisse, la Fondation HSeT (Health Sciences eTraining), l'Organisation Mondiale de la
Santé et le consortium européen PREDEMICS. Cet atelier a réuni 31 stagiaires de 14 pays d’Afrique
dont 5 membres du Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP). L’atelier a eu lieu à l'Ecole Inter Etats des Sciences et Médecine Vétérinaire de Dakar et les activités de formation pratique se sont
déroulées dans les laboratoires et le centre de traitement antirabique de l'IPD et à l'hôpital Fann de
Dakar. Une enquête sur les connaissances, attitudes et pratiques en matière de rage co-organisée par
l'Unité d'épidémiologie de l'IPD, des enquêtes de population canine et des campagnes de vaccination
de chien ont été réalisées dans la commune de Mbour. Cet important atelier a été financé par l’Union
européenne, le RIIP et l'OMS.
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3. Assurance qualité au niveau de l’unité
L’Unité des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques est engagée dans la démarche qualité
depuis 2007, par le choix du respect des exigences relatives à la norme ISO 9001. Trois processus ont
été mis en place au sein de l’unité : le diagnostic, l’isolement/identification et la recherche. En 2013,
en étroite collaboration avec le service « audit- qualité » de l’IPD et avec l’animation de Mme
Fatoumata Sow Fofana, responsable qualité de l’UAVFH, les activités d’audit des différents processus
se sont poursuivis et une réflexion a été initiée pour une certification à la norme ISO 9001 à l’horizon
2015.
4. Activités d’expertise ou de représentation
En 2013, les personnels de l’UAVFH ont sollicités pour des activités d’expertises ou de représentation
suivantes i) à la demande du ministre de l’enseignement supérieur et de la recherche, la participation
au groupe d’experts nationaux chargé de la réflexion sur la recherche et l’innovation dans la cadre de
la concertation nationale sur la réforme de l’enseignement supérieur au Sénégal (AA Sall) ii)
Evaluation du risque de fièvre jaune au Soudan (Janvier 2013) (AA Sall) iii) Investigation épidémique
de fièvre jaune en Ethiopie (Juin 2013) (AA Sall) iv) Consultant pour l’évaluation des laboratoires en
ouganda, en tanzanie et au Kenya (Aout 2013) (AA Sall) v) Consultant pour l’évaluation du risque de
fièvre jaune en Zambie (Ousmane Faye) vi) représentation de l’Institut Pasteur de Dakar au comité de
pilotage de l’alliance mondiale pour l’alerte et la réponse aux épidémies coordonné par l’OMS
(GOARN).
5. Mobilisation de ressources financières
Au cours de l’année 2013, l’UAVFH a eu à mobiliser des ressources, seule ou avec l’équipe de
l’entomologie médicale, auprès de l’OMS (divers Technical services agreements), de l’Institut Pasteur
à Paris (ACIP), de l’Union Européenne (ERANet) et la GIZ.
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Unité de virologie médicale
Personnel scientifique de l’Unité
Chef d’Unité pi : Dr Amadou A. SALL, chef de laboratoire, PhD
Adjoints :
Responsable adjoint : Mbayame Ndiaye NIANG, chargée de recherche, Pharm D, PhD.
Responsable adjoint : Abdou K Ndiaye, Assistant de recherche, MD
Collaborateur scientifique : Ndongo DIA, Assistant de recherche, PhD.
- Unité d’épidémiologie des maladies infectieuses : Dr Adama Tall, Dr Fatoumata Diène Sarr, Dr
Vincent Richard
- Unité des arbovirus et des virus responsables de fièvres hémorragiques : Dr Amadou Sall, Dr
Ousmane Faye
- Laboratoire d’analyses médicales : Dr Abdoulaye Seck, Dr Raymond Bercion
- Laboratoires de bactériologie expérimentale : Dr Amy Gassama Sow
Nationales
-
Ministère de la Santé et de l’Action Sociale : Dr Mamadou Ndiaye, Dr Ibrahima Oumar Ba
Université Cheikh Anta DIOP (Dakar)
Université Gaston Berger (St Louis)
Ecole Inter Etats de Médecine Vétérinaire : Dr Philippe Koné
Office National de l’Assainissement du Sénégal (ONAS)
Institut Santé et Développement : Pr Anta Tall Dia
Représentation Nationale OMS à Dakar : Dr Malang Coly
Internationales
- Genève, Organisation Mondiale de la Santé (OMS) : Dr Wenquing, Dr Ousmane DIOP
- France, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP) : Dr Victoir Kathleen, Dr Herault JM,
Dr Njoum R, Dr Kadio H.
- USA, Program for Appropriate Technology in Health (PATH), USA : Victor Chris
- Londres, Royaume Uni, CCOMS Grippe : Dr Mc Cauley J, Dr Rod,
- France, Caen, Laboratoire de virologie, Dr Asrid Vabret,
- France, Dijon, CNR des virus entériques, Pr Pothier P,
- National Institute for Communicable Diseases (NICD), Afrique du Sud
- Centers for Diseases Control and Prevention (CDC-Atlanta)
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Introduction
L’unité de virologie médicale (UVM) abrite 4 Centre nationaux de Références (CNR) et est organisé
actuellement en 2 pôles d’activités :
- le pôle virus entériques avec les CNR polio et rotavirus,
- le pôle virus respiratoires avec les CNR grippe et CNR rougeole.
Les activités de l’UVM reposent en grande partie sur la mise en œuvre des termes de références
inhérents aux CNR. Il s’agit principalement :
- d’activités diagnostiques chez les cas suspects de maladie
- d’activités d’expertises et de formation du personnel de santé en vue d’un déroulement
optimal des activités de surveillance épidémiologique,
- d’activités de recherche visant à mieux comprendre la maladie et aider ainsi la prise de
décisions dans le domaine de la santé publique.
Le personnel de l’UVM est composé actuellement de 3 scientifiques, 2 agents de maitrise, 2
techniciens titulaires, 3 techniciens contractuels, 2 thésards et 3 manœuvres dont 2 titulaires. Il faut
noter que suite à la vacance du poste de chef de l’UVM consécutive au départ du Dr Ousmane Diop
titulaire du poste, l’UVM a été dirigé par des chefs de service intérimaires : Dr Mbayame Niang (Juin
2010 à Février 2013) et Dr Amadou Sall (depuis mars 2013).
L’UVM dispose d’une importante collection de souches virales (polio, grippes) et d’une sérothèque
d’IgM et d’IgG anti virus de la rougeole et de la rubéole.
Les faits marquants en 2013 :
- l’extension du réseau de surveillance de la grippe aux autres régions du pays en
collaboration avec l’Unité d’épidémiologique des maladies infectieuses et le ministère de
la santé,
- le démarrage du projet pilote sur : Etude contrôlée par placebo, randomisée, en double
insu sur l'efficacité clinique du vaccin antigrippal vivant atténué (LAIV) trivalent chez des
enfants au Sénégal.
1.1.Évaluation de l'efficacité d'un vaccin grippal trivalent saisonnier chez les enfants
sénégalais
Ce projet d’essai Clinique d’efficacité vaccinale initié depuis 2009 a été clôturé en mai 2013. C’est un
projet financé par le CDC, sponsorisé par le PATH et exécuté par l’Institut de Recherche et
développement (IRD) pour la partie épidémiologie et l’Institut Pasteur de Dakar pour la partie
laboratoire.
Problématique, objectifs et méthodologie (cf. Rapport précédent 2012)
Niveau d’avancement
Le projet s’est terminé en mai 2013. L’analyse des résultats préliminaires montre que parmi les 11 626
enfants admissibles à la vaccination de l'étude, 5840 provenaient des villages VTI (village ou le vaccin
trivalent était administré) et 5786 des villages VPI (villages vaccinés avec le vaccin polio injectable).
A partir du 26 mai 2009, 3929 et 3851 enfants vivant respectivement dans les villages VTI et VPI ont
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été enrôlés. Les taux médians de participation des villages étaient 73 % (TIV) et 74 % (VPI). Au cours
de la première année de surveillance (mi- Juillet 2009 - Juin 2010) 1 465 cas confirmés en laboratoire
de grippe saisonnière ont été identifiés. Un total de 1445 (99 %) de ces cas était A/H3N2, et presque
tous ont été observés de Juillet à Novembre 2009 (environ 28 % des cas d’infections respiratoires
aigus fébriles détectés pendant cette période). La caractérisation antigénique d'un sous-ensemble
d'échantillons a montré avec une forte probabilité que tous étaient des A/Perth/16/2009 la souche
(H3N2) dérivé de celui inclus dans TIV disponible. Vingt cas de grippe B ont été détectés en 2010.
Chez les enfants éligibles participant à la vaccination, 812 cas de A/H3 ont été détectés, chez les
enfants éligibles non vaccinés 238 cas ont été dépistés, et dans le reste de la population 395 cas de
grippe ont été détectées. Le taux d'attaque moyen chez les enfants éligibles participant à la vaccination
dans les villages VTI était de 8 %, tandis que dans les villages VPI il était de 13%.
Conclusion et perspectives
L’analyse complète des résultats est en cours. Les données de cet essai sur l'efficacité du vaccin
grippal trivalent sont parmi les premiers du genre à être produite sur le continent africain chez les
enfants de milieux à faible ressource et seront particulièrement utiles pour les autorités en charge de la
santé publique au Sénégal et en Afrique de l’Ouest.
1.2.Etude contrôlée par placebo, randomisée, en double insu sur l'efficacité clinique du
vaccin antigrippal vivant atténué (LAIV) trivalent chez des enfants au Sénégal
Objectif principal : Estimer l'efficacité du LAIV en termes de réduction des taux d'infection par le
virus de la grippe symptomatique et confirmée en laboratoire chez les enfants recevant le LAIV par
rapport aux enfants recevant un placebo.
Méthodologie :
Cette étude est un essai individuel randomisé, en double insu et contrôlé par placebo portant sur
l'efficacité clinique avec deux groupes, LAIV et placebo. Pour apporter un bénéfice potentiel à la
majeure partie des participants, cet essai a été randomisé selon un rapport de 2:1 entre le LAIV et le
placebo. Sont vaccinés les enfants âgés de 2 à 5 ans de la région de Niakhar pour lesquels un
consentement a été obtenu et répondant aux critères d'inclusion. Le recrutement est stratifié par âge
afin de garantir dans la mesure du possible un équilibre entre les tranches d'âge.
La définition de cas correspond aux syndromes grippaux (SG), avec les symptômes suivants :
- apparition soudaine de fièvre >37,5 °C (axillaire) OU apparition soudaine de fébrilité
(fièvre subjective déterminée par l'enfant ou le soignant)
- toux ou maux de gorge
Niveau d’avancement : L’étude pilote mai 2013 à avril 2014 est en cours de finalisation. Au total,
2464 prélèvements ont été reçus et traités au niveau du CNR. Les résultats du typage et sous typages
par RT-PCR montrent que le type B était prédominant (11,5%) suivis de H1N1 pandémique (4%) et
H3N2 (1,5%). L’analyse des données est en cours.
1.3. Caractérisation moléculaire des souches de rougeole ayant circulé au Sénégal entre
2009 et 2012.
L’objectif de ce travail initié depuis l’année dernière est d’étudier l’épidémiologie moléculaire de la
rougeole au cours des dernières années (2009-2012). Ce travail fait en ce moment l’objet d’une
valorisation dans laquelle les résultats de la surveillance de la rougeole depuis 2004 seront analysés.
L’analyse phylogénique des séquences obtenues montre la présence du génotype B3 au Sénégal (B3.1
et B3.2).
28 sur 137
1.4. Caractérisation moléculaire des rhinovirus et entérovirus respiratoires au Sénégal
entre 2012 et 2013.
L’objectif de ce travail est de voir les taux de détection des Picornaviridae à tropisme respiratoire
(rhinovirus et entérovirus) entre 2012 et 2013, leur profil de circulation annuel et enfin faire une
caractérisation moléculaire des souches en circulation.
Les résultats montrent que sur les 2515 échantillons passés en diagnostic avec la technique RT-PCR
en temps réel 462 (18%) sont positifs pour les rhinovirus, et 417 (17%) pour les entérovirus. 167 cas
(7%) ont été diagnostiqués en co-détection rhinovirus/entérovirus. Par comparaison aux autres virus
détectés (dans la même étude de surveillance des autres virus respiratoires), les rhinovirus et les
entérovirus respiratoires représentent les 3e et 4e groupes de virus prédominants derrières les
adénovirus respiratoires (23.6%) et les virus grippaux (22.6%). Les Picornaviridae respiratoires
(rhinovirus et entérovirus respiratoires) représentent la première étiologie virale des syndromes
grippaux dans la présente étude.
Les rhinovirus sont identifiés majoritairement chez les enfants âgés de 0 à 5 ans avec un taux de
détection de 72% (par rapport au total de positifs en rhinovirus).
Les Picornaviridae respiratoires montrent un profil de circulation sur fond endémique au Sénégal avec
des pics épidémiques dont l’intensité semble être liée aux pluies (humidité, eau de ruissellement).
L’identification du groupe des entérovirus par séroneutralisation (après isolement par culture
cellulaire) a montré la présence exclusive de coxsackievirus de type B dans les prélèvements
respiratoires.
La caractérisation moléculaire des rhinovirus a montré la présence des 3 sous-groupes (A, B et C) au
Sénégal (arbre phylogénique ci-dessous).
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En perspective de ce travail, des outils moléculaires (RT-PCR classique et séquençage d’une région de
1500 pb dans la région P1) seront mis à contribution pour une caractérisation moléculaire plus fine des
entérovirus respiratoires au Sénégal.
1.5. Circulations de poliovirus vaccinaux dans l’environnement
L’objectif principal de ce projet est la mise en place d’une méthode d’étude des eaux de surface et des
eaux usées (prélèvement, transport, concentration) au laboratoire et son application pour l’étude de la
circulation des poliovirus et entérovirus non polio dans l’environnement.
293 échantillons d’eaux usées à différent niveau de traitement ont été prélevés sur la période d’étude.
Le taux d’isolement viral est de 83,7% (244/293) correspondant à 101 poliovirus tous vaccinaux
(34,4%) et 124 entérovirus non poliomyélitique (42,3%).
Les entérovirus de type C (HEV-C) correspondent à 26,53% de l’ensemble des entérovirus non polio
suivi des Entérovirus du groupe A (HEV-A) correspondant à 22,4% de l’ensemble, des HEV-B
(12,24%) et des HEV-D (6,12%). Nous nous intéressons aux liens entre la qualité physico chimique,
les données climatiques et la survie des entérovirus dans l’environnement ainsi qu’à leur diversité
génétique et à l’émergence de nouveau entérovirus.
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1.6. Détection de nouveaux virus impliqués dans les encéphalites chez l’homme en
Afrique Centrale et de l’Ouest (PTR)
L’objectif de ce projet est l’identification de nouveaux agents viraux potentiellement responsables
d’encéphalite aiguë chez l’homme en Côte d’Ivoire, en République Centrafricaine et au Sénégal, par
l’utilisation de nouvelles technologies permettant une analyse à la fois globale, à haut débit et
permettant un large spectre de détection (séquençage à haut débit et puces à ADN de reséquençage à
haute densité).
66 patients ont été inclus sur 2 sites d’étude.
La recherche de Plasmodium falciparum était positive chez 12 patients (18%)
La bactériologie du LCR a permis de détecter Borrelia Burgdorferi chez un patient
Diagnostic virologique :
- La recherche des entérovirus, des virus rabiques, rougeoleux étaient négatifs pour
l’ensemble des échantillons recueillis.
- Deux virus grippaux ont été identifiés chez 2 patients (Myxovirus Influenzae A et B)
- Le cytomégalovirus a été détecté dans 3 LCR, le HSV1 chez un patient et l’Epstein Barr
Virus dans 4 LCR
- Un patient était positif en IgM pour la fièvre jaune (confirmé par les tests de neutralisation
sur plaque)
- Un patient était positif en IgM pour la Fièvre de la Vallée du Rift
- Le virus Dézidougou (DEZV) a été détecté dans un prélèvement après séquençage à haut
débit (NGS: Next Generation Sequencing).
Elles concernent les activités de surveillance, de diagnostic, d’identification des virus et d’expertise.
2.1. CNR grippe et autres virus respiratoires
La grippe est un problème majeur de santé publique par la morbidité et la surmortalité importante
observées au cours des épidémies et pandémies. La pandémie A(H1N1) de 2009 a montré l’extrême
nécessité de disposer d’un système de surveillance performant dans la détection des premiers cas. En
2013. L’IPD a continué à bénéficier du programme d’appui du Department of Health and Human
Service (DHHS) des USA qui a pour objectifs de :
- Renforcer le plan national de préparation et de réponse à une pandémie grippale en
relation avec les engagements du RSI ;
- Renforcer le réseau de surveillance de la grippe des syndromes grippaux (ILI) en y
intégrant la surveillance des cas sévères (SARI) ;
- Renforcer les capacités humaines dans les domaines de la surveillance et du RSI.
C’est ainsi qu’en 2012, le Centre national de référence en collaboration avec l’unité d’épidémiologie et
la direction de la prévention médicale au ministère de la santé à procéder à une révision du programme
national de surveillance sentinelle et au renforcement du réseau.
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Surveillance virologique
Les virus grippaux
En 2013, 1519 prélèvements provenant du réseau de surveillance sentinelle ont été reçus et traités au
CNR grippe et autres virus respiratoires. L’analyse de la provenance des échantillons montre que la
majeure partie provenait de Dielmo/Ndiop, (33%) et de Dakar (30%).
Le traitement des échantillons par RT_PCR en temps réel en utilisant le kit CDC pour la détection des
virus grippaux a montré 462 cas de syndrome grippaux positifs en grippe. La répartition de ces positifs
a montré que 23% sont du type B, 7% du type A/H1N1p. Un seul cas positif en H3N2 a été détecté. La
majeure partie (69,5%%) des prélèvements étaient négatives. Les résultats de la surveillance sentinelle
et syndromique sont représentés sur le graphique ci-dessous. Les syndromes fébriles représentent 24%
des motifs de consultations. Parmi ces syndromes fébriles les syndromes grippaux constituaient les
28%.
L’isolement cellulaire a été effectué sur 64 prélèvements positifs en type B et 46 souches ont été isolés
et envoyés au Medical Research Center à Londres pour caractérisation antigénique et génétique.
Les résultats de la caractérisation génétique ont montré que les deux lignées Yamagata et Victoria ont
circulés au Sénégal en 2013 avec une prédominance de la lignée Victoria. L’analyse phylogénétique
du gène NA des souches de la lignée Victoria montrent que sur les 6 souches analysées les 5 se
retrouvent dans le même cluster (clade 3) à la différence de la souche B/Dakar19/2013 qui s’est
retrouvée dans le clade 1A. Ce fait est inhabituel et des analyses plus poussées sont en cours
Les résultats des tests antiviraux montrent que les souches étaient toutes sensibles à l’oseltamivir et à
la zanamivir.
Autres virus à tropisme respiratoire
La recherche de virus respiratoires autres que grippaux a été effectuée sur l’ensemble des 1519
prélèvements collectés en 2013 par RT-PCR temps réel en utilisant le kit RV 16 (seegene). Les virus
détectés sont par ordre d’importance, les rhinovirus (26%), les entérovirus respiratoires (24%), les
adénovirus (23%), les VRS (12%), les parainfluenza (7%), les bocavirus (4%), les métapneumovirus
humain et les coronavirus (2%). En plus de cette grande diversité, une circulation tout au long de
l’année a été remarquée. Il faut noter qu’en 2012 les adénovirus étaient les plus détectés (20%) suivis
des rhinovirus (16%).
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Une circulation plus accentuée de ces virus grippaux a été notée pendant le deuxième semestre de
l’année 2013, surtout pendant la saison des pluies ce qui a été déjà noté avec les virus grippaux.
Plusieurs cas de co-détections ont été notés (65%).
Surveillance épidémiologique
(cf. rapport unité d’épidémiologie des maladies infectieuses)
Démarche qualité
Le CNR participe deux fois par an aux tests de qualité organisés par l’OMS. Un score de 100 a été à
chaque fois obtenu. L’analyse des critères de performance du CNR concernant surtout le processus
diagnostic a montré que des améliorations devraient être apportées dans l’acheminement des
prélèvements car la majeure partie des prélèvements provenant de l’intérieur du pays sont arrivés au
laboratoire au delà des 3 jours.
Le réseau de surveillance de la grippe a été renforcé. Une surveillance intégrée avec d’autres maladies
fébriles a été mise en place en collaboration avec l’unité d’épidémiologie des maladies infectieuses.
Nous allons continuer le renforcement de ce réseau de surveillance surtout avec la surveillance des cas
sévères au niveau des hôpitaux. Il faut noter que des difficultés sont rencontrées concernant
l’ouverture et le maintien des sites hospitaliers
Nous allons aussi développer le plateau technique par l’introduction de nouvelles techniques de
diagnostic par la surveillance de la résistance aux antiviraux pour un meilleur positionnement du CNR
au niveau national et international et aussi pour une meilleure complétude et promptitude des activités.
Nous prévoyons aussi de développer des projets de recherche pour répondre à la question de l’impact
des virus dans les infections respiratoires.
2.2. CNR Rougeole
Missions
Les missions du CNR rougeole sont : (1) Confirmer les cas suspect de rougeole et de rubéole, par la
sérologie. (ELISA) en utilisation des kits fournis par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), (II)
Partager les résultats avec le ministère de la santé et l’OMS.
Il faut noter que le nombre de cas de rougeole rapportés par le CNR ne représente qu’une proportion
du nombre de suspicions cliniques de rougeole déclarées par les médecins. Néanmoins, ils illustrent
parfaitement l’évolution de la rougeole au Sénégal.
Activités de l’année 2013
En 2013, 527 prélèvements sanguins ont été reçus et traités au CNR (338 en 2013) soit une
augmentation de 189 cas suspects de rougeole. La répartition géographique des cas suspects montre
que 52% provenaient des régions de Dakar, Thiès, Fatick et Matam (cf. figure ci-dessous).
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Distribution du nombre de cas suspects de rougeole par région (2013)
L’état sérologique des 527 cas suspects a été confirmé par tests ELISA. Parmi eux, 14 (2,7%) étaient
positifs en IgM anti-rougeole et 33 en IgM anti-rubéole (6,3%). %).
Démarche qualité
Le CNR reçoit des visites d’accréditation de l’OMS tous les deux ans. Il participe aussi aux tests de
contrôle de qualité externe du réseau des laboratoires rougeole et envoie tous les trimestres au
laboratoire régional à Abidjan 10% des sérums testés. Un score de 100% a été obtenu à chaque fois.
Au niveau interne le CNR rougeole comme les autres CNR est sous démarche qualité. L’analyse des
indicateurs de performance a montré que :
- 99% des résultats rougeole ont été envoyés dans les 7 jours suivant l’arrivée des
échantillons au laboratoire (cible : au moins 80%)
- 99.2% des prélèvements ont été reçus dans de bonnes conditions. (cible : au moins 80%)
- 50% des échantillons ont été renvoyés au labo dans les 3 jours suivant la collecte de
l’échantillon montrant ainsi la mauvaise performance du terrain (cible : au moins 80%).
Le renforcement du plateau technique par la capacité de mettre en œuvre les tests moléculaires de
même que la mise en place d’un réseau de surveillance de la rubéole congénitale en collaboration avec
le MSAS et l’hôpital Albert Royer restent toujours d’actualité.
2.3. Centre inter-pays de référence OMS pour la poliomyélite (CIPR)
Le CIRP de l’Institut Pasteur de Dakar sert de référence pour 7 pays de l’Afrique de l’Ouest : Sénégal
(SEN), Gambie (GAM), Mauritanie (MAU), Guinée (GUI), Guinée Bissau (GUB), Cap-Vert (CAV)
et Niger (NIG).
Les taches du CNR sont :
- l’isolement et l’identification des poliovirus et entérovirus non polio sur des échantillons de
selles recueillies chez des patients présentant une paralysie flasque aigue (PFA) ;
- la différentiation intratypique des souches isolées par RT-PCR et par méthode
immunoenzymatique (ELISA).
- le séquençage des souches par envoi à un laboratoire régional de référence.
- la caractérisation des entérovirus non polio.
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Le CNRP a reçu pour l’année 2013, 1841 échantillons correspondant à 928 cas de PFA. On note une
légère hausse par rapport à 2013 où le laboratoire avait reçu 1637 échantillons correspondant à 821 cas
de PFA.
Résultats de la culture cellulaire Nombre
%
Poliovirus suspects
207 11,2
Entérovirus non Polio (ENP)
192 10,4
Poliovirus suspects + ENP
4
0,2
Négatifs
1438 78,1
Total
1841
Tableau 1 : Résultats de l’isolement viral
Le Niger a envoyé 36,7% des échantillons, suivi par le Sénégal (24,7%) et la Guinée (24,2%)
(figure1).
Aucun poliovirus sauvage n’a été identifié en 2013 au laboratoire. 239 poliovirus vaccinaux (dont 128
sous forme de mélange bivalent et 7 sous forme de mélange trivalent) ont été caractérisés par
différentiation intratypique.
Fig.1 : Distribution des échantillons reçus par pays en 2013
Les indicateurs de performance du laboratoire ont été maintenus à de bons niveaux :
- 99,9% des résultats du laboratoire ont été envoyés aux responsables du programme élargi de
vaccination dans les 14 jours ayant suivi la notification (cible=80%).
- Pour la différentiation intratypique des souches de poliovirus, 100% des résultats ont été
notifiés dans les 7 jours suivant la réception des isolats (cible=80%).
- Les plateaux d’isolement et de différenciation intratypique ont eu un score de 100% aux tests
d’habilitation (proficiency test) soumis par l’OMS.
- Le CIPR suite à l’audit d’accréditation du mois de mai2013 a obtenu un score sur site de 97%
et son accréditation a été renouvelée.
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3. Conclusion et Perspectives
L’UVM joue aussi un rôle très important au niveau de la sous région en servant de laboratoires à
plusieurs pays de la sous région.
Nos perspectives à court et moyen terme restent les mêmes que celles de 2012, à savoir :
- continuer à maintenir les critères de performance des CNR
- continuer à asseoir la démarche qualité au niveau de l’unité
- continuer l’extension des sites de surveillances de la grippe à l’intérieur du pays
- mettre en place un réseau de surveillance des IRA en collaboration avec des cliniciens
- travailler en collaboration avec le ministère de la santé et l’OMS pour l'intégration de cette
surveillance au domaine plus général de la surveillance et notamment à celui du RSI
- travailler en collaboration avec l’unité d’UEMI pour créer une plate forme d'échange entre les
différents acteurs du réseau de surveillance sentinelle.
- élargir le plateau technique à d’autres virus d’intérêt médical comme les HPV
- étudier la saisonnalité des virus respiratoires autres que grippaux (VRS, Rhinovirus,
Adénovirus, hMPV).
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Unité d’immunologie
Responsable scientifique : Aissatou TOURE, Chargée de Recherche, Dr Pharm.
Scientifiques :
Ronald PERRAUT, Dr Pharm, PhD
Makhtar NIANG, PhD, Annick Mansourou, PhD (vacataire)
Marie Louise VARELA DOS REIS, PhD (contrat projet)
Etudiants : Fodé Diop (doctorant), Oumy Niass (doctorant), Mohammadou Makhtar Diop (master 2).
- Unité d’Epidémiologie : Dr Tall A., Dr Diène Sarr F., Dr Espié E, Dr Richard V.
- Unité d’Entomologie : Dr Diallo M., Dr Dia I.
- Unité d’Immunogénétique : Pr Dièye A., Dr Mbengue B., Dr Diop G.
- Unité d’Arbovirologie : Dr Sall A.A., Dr Faye O., Dr Faye O, Dr Loucoubar C., Dr Sow A.
Au niveau national
- IRD : Dr Trape JF, Dr Sokhna C., Dr Diagne N.
- Laboratoire Bactériovirologie, HALD: Pr Mboup S.(Coordonnateur projet Network of
Excellence du réseau WANETAM),
- Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie HALD : Pr Ndiaye D.
- Institut Santé et Développement : Pr Tall Dia A.
- Comité National d’Ethique de la Recherche en Santé, Ministère Santé et Action Sociale,
Au niveau international
- Institut Pasteur Paris : Dr Puijalon O., M.
- Malaria Research and Training Center (MRTC), Mali : Pr Ogobara D., Dr Thera, Pr Djimde A.
- Centre National de Recherche et de Formation sur le Paludisme, Ouagadougou, Burkina : Dr
Sodiomon S., Dr Nebié Ouedraogo I.
- European Vaccine Initiative : Dr Leroy O.
- Harvard School of Public Health : Pr D. Wirth, Pr S. Volkmann
Introduction
L’unité d’Immunologie a pour axe principal l’étude des déterminants du paludisme essentiellement
basée sur la plate-forme Dielmo Ndiop où un suivi longitudinal mené depuis plus de 20 ans permet de
disposer de données évolutives sur la transmission, l’épidémiologie du paludisme ainsi que de
prélèvements biologiques permettant des études immunologiques, parasitologiques, génétiques…
En 2013, les priorités de l’unité ont porté sur l’étude de différents aspects de l’outil
« séroépidémiologie » comme outil d’évaluation de l’épidémiologie du paludisme, ceci aussi bien par
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le biais de techniques classiques comme l’ELISA ou par le biais d’une technologie Multiplex qui a été
mise en place en 2012 par Dr Ronald Perraut.
Grâce à une collaboration avec l’Université Gaston Berger, une étudiante en thèse de Mathématiques
Appliquées, a été recrutée après avoir fait son master dans l’unité, en vue d’étudier différents modèles
mathématiques basés sur les évolutions des réponses immunes comme outil de prédiction de
l’épidémiologie du paludisme et entres autres, de la transmission.
Le test ADRB après son optimisation et sa standardisation est en cours d’évaluation comme outil
prédictif en parallèle avec les tests sérologiques cités plus haut.
Par ailleurs les études en vue de déterminer les données paludométriques, immunologiques,
entomologiques dans l‘arrondissement de Toubacouta, (zone située autour des villages de Dielmo et
Ndiop), ont été poursuivies et finalisées en Décembre 2013
La collaboration entre l’unité d’immunologie et celle d’arbovirologie, initiée dans le cadre d’un master
en cotutelle s’est poursuivie dans le cadre d’un travail de thèse dont l’objectif est d’analyser
l’épidémiologie du virus de la dengue dans la zone Dielmo-Ndiop en 1999, 2000 et 2001 et dans un
deuxième temps, de rechercher les facteurs génétiques en cause dans les formes fébriles et graves.
Cette collaboration se poursuit avec l’étude réalisée Dr Makhtar Niang visant à étudier la génétique et
entre autres le polymorphisme des parasites responsables d’infection palustres dans le cadre des
coïnfections dengue-paludisme versus paludisme isolé, ceci chez des patients vivant dans la région de
Kédougou.
Les travaux de rénovation des locaux et l’entretien d’un certain nombre d’équipements indispensables
aux études en cours ont été à la source d’un fort ralentissement de certaines activités de recherche, du
fait de l’indisponibilité des locaux en particulier pour la culture parasitaire. Cependant, cela nous a
permis de disposer aujourd’hui d’espaces de travail (bureaux, salles de réunion…) plus adéquats et à la
mise en place d’une nouvelle salle de culture parasitaire avec installation d’un mélangeur de gaz. Cette
installation va permettre une amélioration du rendement des cultures parasitaires en vue de couvrir les
besoins de production en extraits parasitaires, ou en formes parasitaires indispensables à différents
projets en cours.
2.1. Préparation d’un site d’essai clinique. évaluation des données paludométriques,
biologiques et immunologiques des enfants de moins de dix ans dans
l’arrondissement de Toubacouta
Coordonnateur IPD: Aissatou Touré
Investigateurs : Toure A, Diop F, Tall A, Diène Sarr A, Espié E, Dia I, Niang EHA, Diallo M.
Objectif principal : Déterminer les données paludométriques de la zone d’étude et établir les
caractéristiques immunologiques des réponses antipaludiques et les caractéristiques de paramètres
biologiques, ceci afin de disposer des données nécessaires en d’évaluer la possibilité que cette zone
puisse abriter un site d’essai clinique vaccinal dans le cadre de l’infection palustre.
Objectifs spécifiques :
- Déterminer l’incidence de la morbidité du paludisme chez les enfants âgés de moins de 10 ans
de la zone d’étude ;
- Déterminer le niveau de transmission ainsi que les vecteurs responsables de la transmission ;
- Déterminer les caractéristiques et le niveau de réponses immunes vis-à-vis de certains antigènes
considérés comme marqueurs d’exposition ou associés à la protection ;
38 sur 137
- Déterminer les caractéristiques de certains paramètres biologiques chez les enfants de moins de
10 ans de la zone d’étude
- Caractériser les souches plasmodiales en circulation dans la zone d’étude.
Méthodes :
Constitution d’une cohorte de 1367 enfants, pour lesquels, ont été déterminés au cours d’une enquête
transversale: différentes données paludométriques, les intervalles de référence pour certains
paramètres biologiques, les réponses immunes vis-à-vis d’antigènes palustre. Un suivi et recueil des
épisodes pathologiques survenus sur près de 2 ans a été mis en place avec la collaboration des deux
postes de santé de la zone aux fins de déterminer l’incidence du paludisme. Des études
entomologiques ont réalisées afin de déterminer les niveaux de transmission ainsi que les types de
vecteurs présents. Des études des souches parasitaires circulantes sont en cours
Résultats
Résultats épidémiologiques : Le suivi clinique passif mis en place avec la collaboration des deux
postes de santé de la zone, s’est poursuivi jusque fin Décembre 2013. Une enquête a permis de
documenter l’usage de moustiquaires imprégnées. Les résultats obtenus au cours de ces deux années et
demie de suivi ainsi que ceux du prélèvement transversal du début d’étude ont été analysés.
Un article concernant les résultats obtenus a été soumis.
Résultats entomologiques : Les résultats des études entomologiques ont fait l’objet d’une publication
et montrent l’existence d’une transmission relativement variable (de 3,75 à 30 piqûres infectantes
/personne/nuit) dans la zone en raisons de conditions micro-géographiques différentes.
Résultats immunologiques : Un échantillon de 300 enfants représentatifs des 1367 enfants recrutés a
fait l’objet d’études avec une comparaison selon les villages, selon l’âge réponses IgG contre des
extraits bruts des souches de Plasmodium falciparum: Palo Alto (une souche de référence utilisée dans
de nombreux laboratoires) et FPf15 (une souche adaptée dans notre laboratoire). Nous avons
également étudié les réponses IgG dirigées contre des antigènes candidats vaccins MSP1, MSP3,
AMA1 et GLURP. L’évolution de ces réponses à deux ans d’intervalles a également été étudiée.
La variation géographique constatée par les études entomologiques, se retrouve dans les réponses
immunologiques. Les résultats obtenus montrent que les enfants répondent différemment selon leur
âge, selon l’antigène considéré et selon le village. Une analyse multivariée est en cours pour évaluer la
relation entre ces réponses et la survenue d’accès cliniques. Un article est en préparation concernant
ces résultats.
2.2. Détermination de marqueurs d’exposition, de transmission et/ou de corrélats de
protection
Responsable scientifique: Aissatou TOURE
Investigateurs : Touré A, Diop F, Niang M, Niass O, Tall A, Richard V, Diop G.
Objectif : Analyser les réponses immunologiques qui ont accompagnées les changements
épidémiologiques ainsi que les changements de traitement au cours des dix dernières années.
Ces interventions ont eu un impact important sur la morbidité. Il s’agit d’évaluer les réponses
immunes vis-à-vis d’un certain nombre d’antigènes de différents stades parasitaires. Le but est de
déterminer des marqueurs, d’exposition, de transmission et/ou de protection en se basant sur la
sérothèque et les données cliniques recueillies depuis plus de 20 ans.
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Méthodes et résultats
Différentes études ont été menées dont certaines en cours.
Une première étude a porté sur la caractérisation des réponses immunes par une évaluation des
réponses anticorps de type IgG (Immunoglobulines de type G), vis-à-vis d’antigènes de formes
asexuées de Plasmodium falciparum (P. falciparum) ceci à dix ans d’intervalle (en 2000 et en 2010) et
à Dielmo et à Ndiop. Les résultats obtenus ont montré baisse significative de la séroprévalence entre
2000 et 2010 ainsi qu’un changement de profil de la séroprévalence à Dielmo dont le profil se
rapproche de celui de Ndiop. Il a éte montré également une diminution de l’intensité des réponses
ainsi qu’une perte de l’immunité acquise en parallèle avec un retard à l’acquisition d’immunité. Ces
résultats ont fait l’objet d’une publication.
Une deuxième étude a été menée pour sur un groupe d’enfants aux fins d’évaluer l’impact de
l’introduction des moustiquaires imprégnés d’insecticides (MII) sur la dynamique d’acquisition des
anticorps contre des antigènes de P. falciparum. Ainsi, les réponses anticorps de type IgG vis-à-vis
d’antigènes de formes asexuées de P. falciparum ont été déterminées chez 30 enfants qui ont été
inclus dans la période allant de 1991 à 1998 et suivis pendant une quinzaine d’années à Dielmo
(jusqu’en 2010-2013).
Pour chaque enfant, les prélèvements à l’inclusion (0 à 1 an), 3 ans, 5 ans, 10 ans et 15 ans ont été
utilisés pour évaluer l’évolution des réponses anticorps contre les antigènes de P. falciparum.
Des extraits bruts de schizontes obtenus à partir de la souche 0703 isolée à Dielmo et adaptée à la
culture au laboratoire ont été utilisés comme source d’antigènes. L’analyse des réponses anticorps IgG
globales en fonction de l’âge et suivant les années a montré une augmentation progressive de la
prévalence des répondeurs qui est passée de 13,33% à l’inclusion (0-1an) à 66,67% à l’âge de 15 ans
lorsque la transmission est maintenue (jusqu’en 2008). Cependant, la période qui a suivi la mise en
place des MII a été marquée par une réduction de la prévalence des répondeurs qui est passée de
46.67% en 2005-2008 à 13.33% en 2010-2013. L’analyse comparative de la prévalence des réponses
anticorps chez les enfants âgés de 15 ans sur 2 périodes séparées (avant et après introduction des MII
en 2008) révèle une réduction significative (p=0,009) de la prévalence des réponses anticorps
(13,33%) au cours de la seconde période (2009-2013) comparée à la première période (1991-2008)
(prévalence de 66,67%).
La baisse drastique des réponses anticorps IgG contre P. falciparum observée pendant la période qui a
suivi l’implémentation des MII pourrait être due à la réduction des contacts homme-moustiques
vecteurs, un facteur déterminant dans l’acquisition d’anticorps anti-Plasmodium.
Perspectives : Des analyses plus détaillées seront effectuées pour corréler les réponses anticorps IgG
obtenus avec les accès palustres et la parasitémie. Il est aussi envisagé une étude comparative des
réponses anticorps IG obtenues avec les antigènes somatiques (extraits bruts de schizontes) et les
antigènes recombinants comme MSP-1, AMA-1 et GLURP plus couramment utilisés comme
marqueurs sérologiques.
Une troisième étude a consisté à évaluer pour l’ensemble de la population de Dielmo, les réponses
immunes vis-à-vis tout d’abord d’un extrait brut de schizontes, ceci à différents intervalles et en
particulier après la mise en œuvre de certaines interventions. Cette étude servira de support aux études
visant à étudier (valider, infirmer, modifier) différents modèles prédictifs de l’épidémiologie palustre.
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2.3. Mise en place d’une plate-forme d’analyse des biomarqueurs de l’infection palustre
Responsable scientifique : Ronald Perraut
Investigateurs : Varela DosReis ML, Touré A., Tall A, Richard V, Espié E, Mbengue B, Dièye A.
Collaborations :
- Hôpital Principal, Service de Réanimation, Pr B Diatta– Service Pathologie Infectieuse MC KB
Fall
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes [URMITE] IRD (ex
ORSTOM), Dakar, Drs J.F. Trape, C. Sokhna.
- Institut Pasteur, Paris:
o Unité de d'Immunologie moléculaire du Parasite (Dr. O. Puijalon) [jusqu’en Mars
2013]
o Laboratoire de Vaccinologie Parasitaire CNRS URA 2581 (Dr S. Longacre) [jusqu’en
Juillet 2013]
o Unité de Biologie des Interactions Hôte-Parasite (Pr A Sherf, Dr S Mecheri)
- Institut Pasteur de Madagascar (IPM) : Dr R Jambou, I Vigan-Womas
- Institut Pasteur de Côte d’Ivoire (IPCI) : Dr A Offianan,
Objectif
Le projet vise à mettre à profit des études longitudinales de communautés déjà ciblées (projet
Ndiop/Dielmo) pour étudier la dynamique des réponses au cours du temps et rechercher les
biomarqueurs signant une réduction de l’immunité anti-plasmodium et du risque accru d'accès grave.
L’objectif est de pouvoir analyser un nombre élargi de biomarqueurs de l’immunité des populations
afin d’identifier les marqueurs associés à la phase précoce du regain de susceptibilité au paludisme
clinique. L'identification de ces biomarqueurs est l'étape essentielle pour suivre les conséquences
immunologiques des mesures de contrôle et proposer des moyens de protection individuelle mieux
adaptés aux changements de l'épidémiologie du paludisme au Sénégal. De nouvelles technologies sont
maintenant disponibles pour mesurer des réponses anticorps contre de nombreux antigènes en parallèle
(système multiplex) en utilisant des petits volumes de sang. C'est ce type de technologie que nous
avons mis en place à l'Institut Pasteur de Dakar.
Méthodes
Le projet repose sur la mise en place d’un nouveau système d’analyse ELISA Multiplex sur
microsphères magnétiques avec la technologie Xmap system® de Millipore. L’appareil développé
récemment, le MAGPIX®, est basé sur une capture magnétique des billes, éclairées par 2 systèmes
LED d’identification et une caméra CCD pour mesurer la fluorescence. C’est un appareil compact,
robuste, plus simple d’emploi et moins onéreux que ceux utilisant la technologie laser actuellement en
place dans les divers laboratoires. En ce qui concerne le choix des antigènes cible, ils regroupent : (i)
une batterie d'antigènes parasitaires des différents stades étudiés par les équipes de l'IP Paris et par des
collaborateurs internationaux, y compris des candidats vaccins; (ii) des antigènes du moustique
vecteur comme ceux de la salive (marqueur d’exposition). Les mises au point et la standardisation des
techniques ont été la première étape, les réponses Ac contre diverses combinaisons d’Ag sont ensuite
analysées par rapport aux données clinico-parasitologiques. L’objectif est de définir une combinaison
optimale de biomarqueurs à la fois d’exposition et de susceptibilité potentiellement utilisable sur de
larges cohortes d’individus à un coût raisonnable.
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Résultats
Les premières mises au point de la technique ont débuté fin 2012 (IP Paris –ACIP 2012): quantité
optimale d’Ag au couplage, analyses de spécificité, fiabilité, validation de la procédure, nombres de
billes par test, matériel et réactifs
Une deuxième série d’analyses et de validations a été menée sur l’appareil du Plateau Technique
d’Immunologie à Paris sur les prélèvements transversaux de 217 villageois de Ndiop (2002) en
comparant ELISA vs Multiplex avec un mix de 2 Ag recombinants (MSP1p19 et PF13). Cette analyse
avancée a permis de montrer que les 2 techniques donnent des résultats analogues (corrélation >80%)
aussi bien pour ce qui concerne le niveau des réponses Ac (et leur distribution en fonction de l’âge)
que la prévalence de répondeurs, mais également de relation avec la morbidité.
La procédure ainsi mise au point, a été transférée à l’IP Madagascar (formation sur place par I Vigan projet ACIP 2012) au début 2013. Le Magpix a été acquis dans le cadre du projet MEDALI. Le
développement de cette technique dans le cadre de ce projet MEDALI a fait l’objet de la
communication 2.
L’appareil Magpix (financement Rotary) est arrivé à Dakar en juin 2013. Nous avons préparé et évalué
un mix décaplex qui a permis de mesurer la variation du niveau des réponses Ac à Ndiop et Dielmo,
sachant que les actions du programme national de lutte ont fait chuter considérablement la morbidité
dans ces 2 villages. Nous avons analysé les réponses chez 800 villageois (200/village prélevés en
juillet 2002 vs juillet 2013). Les analyses de ces 10000 données sont en cours. On montre déjà une
chute considérable du niveau d’immunité générale (technique ELISA, chute de 40-46%), sous tendue
par une baisse comparable des réponses contre et selon les différents biomarqueurs. Il est important de
noter que les populations les plus jeunes sont devenues pratiquement non immunes mais répondent
cependant contre certains biomarqueurs.
Figure 1: Histogramme (+SE) des réponses IgG contre MSP1-p19 and PF13-DBL1α1 en valeurs
d’OD et en OD ou MFI ratio par groupe d’âge.
Les valeurs en OD (a) et OD et MFI ratios (b, c) des IgG contre PF13-DBL1α1 and to MSP1-p19 sont
représentés en fonction de 4 groupes d’âge (<8, 8-14, 15-29 and >30 y – incolore, gris pâle, gris foncé
et noir, respectivement). Les astérisques soulignent les différences significatives de réponses (P<0,05)
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Conclusion et Perspectives
Nous avons centré nos analyses sur un panel d’une quinzaine d’Ag des divers stades parasitaire, il
manque cependant d’autres Ag cibles, par exemple ceux des stades sexués pouvant contribuer à une
signature de portage asymptomatique. Une stratégie commune (avec les acteurs RIIP) est à prévoir
pour recentrer le choix des biomarqueurs les plus ‘utiles’ dans le cadre d’analyses immunoépidémiologique, notamment pour la détection des porteurs asymptomatiques. D’une manière
générale, l’utilisation de protéines recombinantes est la meilleure alternative pour le choix des Ag
comme cela a été constaté avec PfMSP1 (PfMSP4), PvMSP1 et PF13 très fortement reconnus et ont la
conjugaison aux microsphères est reproductible. Cette même tendance est à vérifier avec l’Ag AMA1.
Les peptides restent une alternative très utile, il est donc important de conjuguer et de synchroniser les
efforts de l’ensemble du groupe paludisme RIIP pour une optimisation maximale de cette approche.
Dans le moyen terme, la dernière partie de ce projet comprend une analyse longitudinale des individus
de Dielmo sur les 5 dernières années afin de différencier les chutes respectives des Ac contre les
diverses cibles envisagées.
Les perspectives de développement sont très étendues, elles incluent d’autres développements
méthodologiques (biomarqueur type Ag somatique purifié, mesures des classes et sous-classes Ig, tests
sandwich [ex: antigénémie HRPII], banque contrôles d’Ac monospécifiques …).
Les applications de la méthodologie multiplex sont très larges :
- analyses prospectives – portage asymptomatique – signature immunologique de la transmission
- contact parasitaire et vectoriel
- analyse du background immunologique de sites d’essais cliniques et de l’impact
- suivi de cohortes vaccinales: réponses contre les Ag vaccinant + mesure des réponses aux autres
Ag dans le même prélèvement
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2.4. Optimisation, standardisation et validation du test de chimioluminescence
dépendante d’anticorps ».
Responsable scientifique: Touré A,
Investigateur : Mansourou A, Niang M, Niass O, Varela ML.
Objectifs
Ce projet, financé par EDCTP à hauteur de 196.000 Euros a pour but l’optimisation et la
standardisation du test ADRB en vue de disposer d’un test fonctionnel spécifique, reproductible, et
qui puisse corréler avec la protection contre l’infection à P. falciparum.
Méthodes et résultats : Le test ADRB consiste à mettre en présence des mérozoïtes de Plasmodium
falciparum, du sérum ou des anticorps purifiés provenant de personnes exposées ou non au paludisme
et des cellules effectrices (monocytes/macrophages ou polynucléaires) et à mesurer la lumière émise
(activité ADRB ou Antibody Dependant Respiratory Burst). Les essais d’optimisation ont permis
d’optimiser les conditions de conservation et de quantification des mérozoïtes, de déterminer les
quantités optimales d’utilisation des mérozoïtes et des cellules effectrices, le pH optimal de
réalisation du test.
Par ailleurs différentes méthodes d’analyse de l’ADRB ont été évaluées et un coefficient de variabilité
satisfaisant a été trouvé. Les résultats de ces travaux ont été soumis à publication.
A présent, ce test optimisé est en cours d’évaluation quant à sa capacité à évaluer des conditions
épidémiologiques différentes qui auraient eu un impact sur la protection/l’exposition. Ainsi deux
cohortes de Dielmo à deux périodes d’endémicité différentes (2000 et 2010) ont été testées afin de
d’investiguer/confirmer l’intérêt de ce test comme outil d’évaluation du niveau de l’immunité antipalustre. Les analyses sont en cours.
Les études sont en cours également pour trouver des cellules de lignées susceptibles de remplacer le
polynucléaire dans le test. Ainsi la lignée PLB985, qui est une lignée myéloïde pouvant se différencier
en cellules de type polynucléaire est en cours d’évaluation.
2.5. Immunobiologie du parasite et phénotypes parasitaires
Coordonnateur : Touré Aissatou
Investigateur : Makhtar Niang
Collaborateurs : Bercion R, Sall AA, Ndiaye D, Ahouidi A. (Hopital Aristide Le Dantec ), Siby T.
(Laboratoire Bio 24), Wirth D., Volkmann S., Harvard School of Public Health
Problématique de la recherche
Le profil épidémiologique du paludisme a considérablement évolué ces dernières années du fait des
différentes stratégies de lutte mises en place par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme
telles que les changements de molécules de traitement, l’introduction de moustiquaires imprégnées
entre autres. Ce changement du profil épidémiologique particulièrement marqué par une baisse de la
transmission dans plusieurs zones endémiques aura comme conséquences (i) un risque accru d'accès
grave; (ii) un risque étendu à toutes les strates d’âge de la population, notamment les jeunes et les
adultes; (iii) la perte de l'apport de l'immunité à l’efficacité des traitements antipaludiques et à la
prévention individuelle de la survenue d’accès graves et de la mortalité palustre. Parallèlement à la
diminution de la transmission, la complexité des infections (COI) sera réduite pendant que la
transmission diminue. En outre, on peut s’attendre à détecter des signatures moléculaires
indépendantes en réponse aux changements épidémiologiques avec l'apparition de nouveaux clones
parasitaires lorsque la transmission est extrêmement faible.
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Deux approches méthodologiques préalablement utilisées dans les études d’associations entre la COI
et l’intensité de la transmission vont être utilisées : 1/ le génotypage des gènes msp1, msp2 et glurp ; 2/
la technologie du barcoding.
Objectifs
Le projet se propose d’évaluer la relation entre les changements des profils épidémiologiques du
paludisme et les phénotypes parasitaires par la détermination de la complexité des infections et la
cartographie génétique des souches circulantes dans différentes zones du Sénégal.
Résultats
Les protocoles pour la caractérisation des souches par le génotypage des gènes msp1 et msp2 sont déjà
mis au point et validés.
Une première caractérisation génétique de souches sauvages adaptées à la culture in vitro au
laboratoire a été réalisée par la technique du barcoding (collaboration HALD).
La caractérisation génétique des souches de P. falciparum recueillies à partir de 106 enfants à
Toubacouta dans le cadre d’un projet EDCTP (Préparation d’un site d’essai clinique : Evaluation des
données paludométriques, biologiques et immunologiques des enfants de moins de dix ans dans
l’arrondissement de Toubacouta) est en cours de réalisation.
Perspectives
Pour la cartographie génétique des souches circulantes, le recueil des souches va se poursuivre avec
les différents collaborateurs.
Concernant la caractérisation de la dynamique des populations parasitaires et son impact sur
l’immunité, l’inventaire des souches isolées à Dielmo et Ndiop sur une vingtaine d’années de suivis
longitudinaux et transversaux est en cours. Ces souches seront génétiquement caractérisées par
génotypage msp1, msp2 et glurp et si nécessaire par le barcoding (collaboration HALD). Les résultats
obtenus seront analysés en relation avec les profils épidémiologiques mais aussi avec les résultats
sérologiques déjà obtenus sur la dynamique des réponses immunes au cours du temps.
2.6. Etude des co-infections paludisme-arboviroses
Coordonnateurs : Amadou Alpha Sall, Aïssatou Touré,
Investigateurs : Makhtar Niang (Immunologie), Cheikh Loucoubar, Abdourahmane Sow
(Arbovirologie)
Problématique de la recherche : Ce projet s’inscrit dans le renforcement de la collaboration initiée il y
a quelques années entre les unités d’immunologie et d’arbovirologie à travers un master en co-tutelle
qui avait permis de montrer que certaines arboviroses étaient impliquées dans les pathologies à
l’origine de fièvre à Dielmo et à Ndiop. Cette collaboration est étendue à travers ce projet visant à
déterminer si des différences génétiques existent entre les souches plasmodiales présentes dans les
coïnfections paludisme-arbovirose comparées à celles des infections palustres simples mais aussi de
diagnostiquer la présence d’espèces plasmodiales autres que P. falciparum dans la zone de Kédougou.
Objectifs : Les objectifs de ce présent travail sont de :
- Faire un diagnostique rétrospectif par PCR de paludisme à partir de sérums d’individus infectés aux
arbovirus
- Investiguer la circulation d’espèces plasmodiales autres que P. falciparum
- Déterminer si les souches présentes dans les co-infections paludisme-arboviroses sont génétiquement
distinctes de celles des infections palustres uniques.
Résultats préliminaires : Les protocoles pour l’extraction de l’ADN parasitaire à partir de sérums sont
déjà validés. Il en est de même pour le diagnostic par PCR des infections palustres à P. falciparum et
P. vivax.
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Les résultats préliminaires semblent indiquer une sous estimation de la prévalence de l’infection
palustre à P. falciparum par les méthodes classiques de diagnostique (tests de diagnostique rapide et
goutte épaisse). En effet, le diagnostique PCR a permis détecter de nouvelles infections palustres aussi
bien sur des échantillons initialement déclarés négatifs au diagnostique palustre mais aussi sur des
échantillons infectés aux arboviroses augmentant de ce fait le nombre de cas de co-infections
paludisme- arboviroses.
Perspectives : La présente étude va être poursuivie pour l’ensemble des 147 échantillons de cette
première cohorte d’étude avec éventuellement une extension de l’étude sur d’autres cohortes déjà
constituées au niveau de l’unité des arbovirus. Nous envisageons aussi des études prospectives sur les
déterminants de l’infection palustre dans la zone de Kédougou et concerneraient la cartographie
génétique des souches et espèces circulantes ainsi que les déterminants immunologiques (analyse de
réponses anticorps, détermination de marqueurs d’exposition et/ou de protection à l’infection
palustre).
3. Missions scientifiques, expertise, atelier et congrès
Au niveau national
Mme Aïssatou TOURE
- membre du CNERS (Comité National d’Ethique pour la Recherche en Santé), participation
régulière de Mme A. Touré aux sessions mensuelles du CNERS ainsi qu’à d’autres activités du
CNERS.
- Journée Scientifique sur le Paludisme organisée par le Programme Nationale de Lutte contre le
Paludisme du Sénégal, 29 Janvier 2013.
- EDCTP II, Dakar, 24-25 Juin 2013.
- atelier de Révision/Réactualisation Du Plan Stratégique National à l’invitation du Programme
National de Lutte contre le Paludisme, Thiès du 12 au 16 Aout 2013.
- 3ème Réunions annuelles du Réseau Ouest africain pour la Tuberculose, le VIH et le Paludisme
(WANETAM), Dakar 25-26 Octobre 2013
- atelier de révision et finalisation des priorités de recherche en santé au Sénégal (2013-2016),
Mbour du 12 au 14 Décembre 2013.
Au niveau international
Mme Aïssatou TOURE
- consultation régionale des experts sur le financement et la coordination de la recherche et
développement comme membre de la délégation du Sénégal sur invitation du Ministre de la
Santé du Sénégal. Brazzaville 14-15 Mai 2013.
- 20ème session du Comité International de Bioéthique, 19-21 Juin 2013, Séoul, Corée
- EDCTP stakeholder meeting on Ethics, 28 Novembre 2013, Bruxelles, Belgique
- Comité scientifique EVI (European Vaccine Initiative)
o Réunion comité scientifique: Heidelberg, Allemagne, 03 et 04 Décembre 2013
o Forum Scientifique EVI : Heidelberg, Allemagne, 04 Décembre 2013
- membre au groupe de travail du CIOMS (Conseil des Organisations Internationales des
Sciences Médicales) pour la révision des Lignes directrices internationales d’éthique pour la
recherche biomédicale impliquant des sujets humains. Réunions : Genève 11-12 Février 2013,
Utrecht, Pays-Bas, 26-28 Juin 2013.
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4. Financements obtenus
- Projet EDCTP Network of Excellence : En cours 150.000 Euros (2010-2012) Extension
Décembre 2014.
- Projet EDCTP Senior Fellowship : 192.000 Euros (2011-2013).
5. Perspectives
Des résultats intéressants ont été obtenus particulièrement dans le domaine de l’étude des réponses
immunes en relation avec les changements de profil épidémiologique et un important travail est en
train d’être mené pour la valorisation de ces travaux. Par ailleurs, pas moins de 4 projets de recherche
ont été rédigés pour la mobilisation de ressources financières indispensables à la poursuite des
activités. Il s’agira de développer les outils à l’étude (sérologie multiplex et ELISA, tests fonctionnels)
et à les appliquer à des études diverses (analyses prospectives en vue de déterminer une signature
immunologique de la transmission, suivi de cohortes vaccinales, ….).
Par ailleurs, grâce à l’arrivée de M. Niang dans l’unité, l’axe sur la biologie du parasite a démarré et
devrait se traduire dans l’immédiat par le développement des études portant sur le typage des souches,
l’étude des polymorphismes parasitaires, l’étude sur la complexité des infections en relation avec
l’épidémiologie.
De plus, des thématiques liées au contexte de pré-élimination sont à l’étude sur un plus long terme.
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Unité d’immunogénétique
Responsable scientifique : Alioune DIEYE, Chef de Laboratoire, PharmD, DSc, Professeur Titulaire
de classe exceptionnelle en Immunologie
Personnel scientifique :
Babacar MBENGUE, Maître-Assistant en Immunologie, PharmD, PhD, FMPO, UCAD
Gora DIOP, Maître-Assistant Génétique, Biologie moléculaire, PhD, FST, UCAD
Rokhaya Ndiaye DIALLO, Maître-Assistant Génétique Humaine, PharmD, PhD, FMPO, UCAD
Personnel technique : M. Alassane THIAM, Technicien supérieur
Etudiants en thèse d’exercice et en Master d’Immunologie : Aissata BASSE NDIAYE, Malick
BADIANE, Mountaga DIALLO, Oumar KA, Amavi Fafa Amavigan, Jean Pascal Demba DIOP,
CHARIF Hamidou Saadati, KIFIA Mouzdalfat Ali Said, Biaicha Said ALI SAID, Hachim LIHOMA
- Unité d’Immunologie : Perraut R, Touré A
- Unité d’Epidémiologie : Tall A, V Richard, E Espié
Collaborations nationales
- Hôpital Principal de Dakar :
o Services de Réanimation : Pr Diatta B, Dr Niang B
o Service Pathologie Infectieuse: Drs Fall Ba K et BA PS
o Service Biologie Clinique : Dr Fall B
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes [URMITE] IRD,
Dakar, Dr Sokhna C.
- UCAD / Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie (HALD) : Pr Daouda Ndiaye D ;
- UCAD / Unité d’Immunologie (Laboratoire de Bactériologie et Virologie (HALD) : Pr Dièye
T N.
- UCAD, / Laboratoire de Bactériologie et Virologie (HALD) : Dr Aouidi A
Collaborations internationales
- Institut Pasteur Paris :
o Unité d'Immunologie Moléculaire du Parasite : Dr Vigan-Womas I, Puijalon O
o Unité de Biologie des Interactions Hôte-Parasite : Pr Sherf A, Dr Mecheri S
- CNRS URA 2581 : Laboratoire de Vaccinologie Parasitaire: Dr Longacre S
- Institut de Génétique et de Biologie moléculaire-CEPH (IGBM Paris) : Professeur Lathrop M
- Centre National de Génotypage (CNG, Génopole Evry) : Dr Zelenika D
- Institut Pasteur de Lille : Pr Philippe Froguel, Directeur de l'Equipex LIGAN-Médecine
personnalisée, Institut Pasteur de Lille.
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Introduction
L’Unité d’Immunogénétique a pour missions de :
- développer des activités de recherche dans le domaine des maladies infectieuses en particulier
l’étude des aspects immunogénétiques et immuno-pathologiques de l’interaction hôte-parasite
dans le paludisme.
- mener des activités enseignement et formation dans le cadre de partenariats avec des
institutions de recherche et d’enseignement notamment avec l’Université Cheikh Anta Diop de
Dakar et les autres universités du Sénégal.
- mener des activités de santé publique et d’expertises dans le cadre des programmes nationaux
de recherche pour la santé établis par le Ministère de la santé et de l’action sociale.
Les activités ont réellement débuté au mois de novembre 2012. Ce qui a permis à l’Unité d’accueillir
ses premiers étudiants en thèse d’exercice de pharmacie et en master Immunologie et infection. Ces
derniers sont encadrés par le personnel enseignants-chercheurs de l’UCAD. Des résultats préliminaires
issus de deux axes majeurs de l’Unité sont présentés dans ce rapport 2013.
1.1. Evaluation de la réponse inflammatoire et des réactions immuno-allergiques dans la
physio-pathogenèse des manifestations cliniques du paludisme
Principal Investigateur (PI) : Dr Babacar Mbengue PharmD, PhD, Maître-Assistant en
Immunologie, FMPOS UCAD / Unité d’Immunogénétique (IPD).
Institut Pasteur de Dakar : Unité d’Immunogénétique : Pr Alioune Dièye, Chef d’Unité
Unité d’Immunologie : Dr Ronald Perraut
Collaborations nationales et internationales concernant ce projet
Co Investigateur Nord du projet : Dr Salah Mecheri, Chef de Laboratoire de l’Unité de Biologie des
Interactions Hôte-Parasite, Institut Pasteur, Paris.
Hôpital Principal, Service de Réanimation : Pr Bacary Diatta, Chef du Service et Dr Birahim Niang
adjoint au Chef de Service.
Hôpital Principal : Service Pathologie Infectieuse : Dr Khady Ba FALL, Chef du Service ; Dr Pape
Samba BA, Adjoint au Chef de Service.
Hôpital Principal : Service Biologie Clinique : Dr Bécaye Fall, Chef de Service du laboratoire de
biologie de l’Hôpital Principal de Dakar.
Contexte, justification, problématique de la recherche et objectifs
La composante allergique du paludisme et le rôle des IgE dans survenue des formes graves de
paludisme chez l’homme sont mal documentés et les résultats controversés. Plusieurs constatations
suggèrent que les IgE pourraient jouer un rôle néfaste. Des données récentes ont montré que les
niveaux d'IgE sont significativement plus faibles chez les patients atteints de paludisme simple par
rapport à ceux qui souffrent de paludisme grave.
Cette étude vise à répondre à deux questions (i) identifier chez des sujets vivant en zone endémique
l’existence et la fréquence relative des polynucléaires neutrophiles (PN) circulants exprimant le FcεRI
et portant des IgE à leur surface ; (ii) établir si l’apparition de cette population de cellules est associée
à la parasitémie et/ou à un degré de sévérité de la maladie.
49 sur 137
Approche méthodologique et expérimentale.
Plusieurs groupes de patients sont recrutés à l’hôpital Principal de Dakar et les sujets témoins au
LABM de l’IPD : (i) patients présentant des accès graves, (ii) patients atteints de paludisme simple
(non compliqué), (iii) patients hospitalisés pour des infections autres que le paludisme, (iv) sujets
témoins donneurs asymptomatiques afin de définir le niveau de base d’expression du récepteur FcεRI
dans la population.
Les polynucléaires neutrophiles (PNN) isolés sont analysés par marquage et lecture en cytométrie de
flux.
Résultats :
Caractéristiques clinicobiologiques de la population d’étude
Les données sont regroupées dans le tableau I.
Tableau I : Caractéristiques épidémiologiques et clinicobiologiques des cas et des témoins à
l’inclusion.
Caractéristiques
Effectifs (N)
Sexe M/F
Age moyen (ans)
Hémoglobine
(g/100ml)
Hématocrite (%)
Globules
rouges
(million/µl)
Globules
blancs
(µl)
Plaquettes (Giga/l)
Basophiles (Giga/l)
Neutrophiles
(Giga/l)
Eosinophiles
(Giga/l)
Lymphocytes
(Giga/l)
Monocytes (Giga/l)
Parasitémie (P/µl)
Accès palustres
Simple
12
7/5
0,001
17 (5 - 33)
0,0008
Témoins
Non infectés
18
12/6
31,06 (23 - 50)
13,1 (11,3 - 15,7)
ns
14,20 (11,3 - 16,5)
0,032
38,77 (32,5 - 46,3)
0,05
42,08 (33,6 - 48,3)
3 ,23 (2,2 - 4,48)
0,04
4,59 (4,02 - 5,41)
ns
5,03 (4,16 - 5,78)
10,29 (4,79 - 29,22)
0,04
6,74 (4,2 - 11,3)
0,001
5,58 (3,7 - 8,8)
93,35 (12 – 375)
0,07 (0 – 0,2)
0,008
ns
157,71 (80 -239)
0,08 (0,02 – 0,17)
ns
ns
260 (202 – 321)
0,05 (0 – 0,1)
9,09 (4,6 - 13,54)
0,08
4,58 (1,94 – 8,73)
0,03
2,54 (1.47 – 4.51)
0,02 (0,01 – 0,02)
0,04
0,15 (0,02 – 0,33)
ns
0,31 (0.02 – 0.79)
-
ns
1,35 (0,62 – 1,88)
ns
2,26 (1,51 – 3,8)
ns
0,59 (0,07 – 1,1)
4812,62
(80 – 24652)
ns
0,38 (0,09 – 0,89)
Grave
22
16/5
38 ,09 (15 - 80)
p*
10,94(6,7 - 15,9)
ns
30,88 (19,2 - 43,7)
30814,08
(40 – 324000)
ns
p**
ns
-
p* = Test de Mann-Whitney, comparaison formes graves versus accès simple et témoins
p** = Test de Mann-Whitney, comparaison paludisme simple versus témoins
ns = différence non significatif (P > 0,05)
Pourcentages de PNN FcεRI+IgE+suivant la gravité et l’issue du paludisme
La figure 1 (a) montre l’expression des FcεRI par les PNN, suivant les différentes populations d’étude.
Le pourcentage de PNN exprimant ces récepteurs est significativement plus élevé dans le cas de
formes graves du paludisme. Comme précédemment, nous avons identifié les PNN exprimant à leur
surface des IgE. La tendance est la même pour les PNN fixant les IgE à leur surface comme le montre
la figure 1 (b).
50 sur 137
Figure 1 : Variations des pourcentages de PNN–FcεRI+ (a) et de PNN–IgE+ (b) suivant la gravité du
paludisme.
Niveaux d’activation lymphocytaire T
La variation des niveaux d’activation lymphocytaire T est évaluée selon la gravité (entre formes
graves du paludisme et accès simple) et chez les individus non-infectés (figure 2).
Figure 2 : Variations des niveaux d’activation suivant la gravité des accès palustres et chez les témoins
51 sur 137
Elle montre une différence significative entre les groupes comparés de l’expression du marqueur
CD69 par les cellules CD3 (P < 0,01) (Figure 2a). Parmi les sous groupes de cellules T CD3, ce
marqueur précoce de l’activation cellulaire (CD69) est surtout retrouvé à la surface des lymphocytes T
CD4+ avec un pourcentage d’environ 5% chez les patients hospitalisés pour des formes graves de
paludisme (Figure 2b) (P = 0,002). Pour les cellules TCD8+CD69+, leurs proportions ne varient pas
significativement entre les trois groupes étudiés (Figure 2b)
Concernant l’expression de HLA-DR, considéré comme un marqueur tardif de l’activation
lymphocytaire T, les taux sont plus importants dans les formes graves de paludisme que chez les accès
simples (P = 0,02) dont les cellules T expriment moins ce marqueur que celles des témoins (P = 0,04)
(Figure 2a).
Calendrier : Décembre 2012 – Novembre 2014
Financement : 45 050 USD ; Grant Clayton Dedonder
1.2. Analyse des biomarqueurs du risque de survenue de formes graves de paludisme
Investigateurs principaux : Pr Alioune Dièye et Dr Babacar Mbengue, Institut Pasteur de Dakar et
Université CA Diop de Dakar
Collaborations nationales et internationales concernant ce projet
Chercheurs IP Dakar : Dr R. Perraut (Unité d’Immunologie)
Hôpital Principal, Service de Réanimation, Pr B Diatta – Service Pathologie Infectieuse MC KB Fall
Institut Pasteur, Paris :
- Unité de d'Immunologie Moléculaire du Parasite (Dr. O. Puijalon)
- Lab. de Vaccinologie Parasitaire CNRS URA 2581 (Dr S. Longacre)
- Unité de Biologie des Interactions Hôte-Parasite (Pr A Sherf, Dr S Mecheri)
Contexte et justification, problématique de la recherche et objectifs
Dans le cadre d’une approche analytique du paludisme hospitalier, il a été étudié un certain nombre
d’antigènes cibles retrouvés à la surface du globule rouge parasité (GRp). L’implication des GRp dans
l’immuno-pathogenèse des accès cliniques sévères à P falciparum a été largement rapportée dans la
littérature particulièrement par les phénomènes de cytoadhérance et de rosetting. Ces derniers
mécanismes seraient reliés aux protubérances ou knobs présents à la surface des GRp et renfermant
plusieurs antigènes dont certains étudiés dans le cadre de ce travail.
L’étude a pour objectif de fournir des données sur les déterminants immunologiques anti-GRp
impliqués dans la pathogenèse des manifestations graves du paludisme. La question fondamentale
posée est de savoir si dans le cadre du paludisme de réanimation confirmé, si la létalité pourrait être
rapprochée d’une réponse IgG déficiente contre les protéines R23, GST-5, RESA, PfEB200 ou PF13
des GRp par P falciparum.
Cette analyse est basée sur l’hypothèse que le recrutement de malades hospitalisés, malgré son
hétérogénéité individuelle, est bien cadré et que tous les individus ont les mêmes chances de se rétablir
du fait d’un suivi médico-clinique dans un service de réanimation de haute qualité. Une issue fatale
peut-être considérée comme liée au malade et donc à son état immuno-parasitologique à l’entrée car
tout a été mis en œuvre pour permettre un rétablissement du patient.
52 sur 137
Approche méthodologique et expérimentale
Patients :
Ils ont été recrutés à l’Hôpital Principal de Dakar pendant les périodes de fortes incidences d’accès
palustre, sur la base des critères de définition élaborés par l’OMS en 2000 et qui concernent les
différentes formes cliniques du paludisme. Ce recrutement a reposé sur une étroite collaboration entre
les chercheurs de l’IPD, les cliniciens et les laboratoires d’analyses médicales de cette structure
hospitalière.
Les prélèvements étudiés ont été réalisés entre les mois d’Août et d’Octobre en 2003, en 2004 et en
2005. De Novembre 2012 à Janvier 2013, de nouveaux échantillons ont été collectés.
Sur l’ensemble des patients, seuls 251 patients ont été sélectionnés pour l’étude. Il s’agit de 110
individus consultant pour un accès palustre simple et de 141 patients hospitalisés pour un accès
palustre grave. La sélection des patients a reposé sur les antécédents, l’historique de la maladie et sur
la recherche des pathologies infectieuses associées au paludisme et pouvant interférer sur nos dosages
effectués.
Antigènes étudiés :
- Extrait de mérozoïtes de P. falciparum et ses antigènes de surface (MSP1p19 et AMA1)
- Protéines recombinantes associées à la surface du globule rouge parasité: R23, GST-5,
PfEB200, RESA et PF13.
Résultats :
Caractéristiques de la population d’étude
Le tableau II résume les données générales de la population d’étude qui est composée de 110
personnes souffrant d’un accès palustre simple et de 141 patients hospitalisés pour des formes graves
de paludisme.
Le sex-ratio est en faveur des hommes dans les différents groupes de patients. L’âge moyen est de 28,
7 ans pour les accès simples et de 33,5 pour les survivants des formes graves et 29,2 pour les décédés.
Les délais d’admission c'est-à-dire le nombre de jour entre la première apparition des signes cliniques
et la date d’hospitalisation ou de consultation, s’avère plus court dans les accès simples (3 jours). Dans
le paludisme de réanimation, on note une moyenne de 5 jours. Toutefois, il est plus long chez les
patients qui décèdent de formes graves (6 jours).
Tableau II : Données générales de la population d’étude
Formes graves
Caractéristiques
Survivants
Décédés
Total
Effectifs (N)
103
38
141
Sexe M/F
68/35
20/18
88/53
Age moyen (ans)
33,5 (11 – 80)
29,2 (1 – 77)
30,4 (8 – 80)
Délai admission / consulta (j)
4 (1 - 12)
6 (2 - 21)
5 (1 - 21)
Traitement antérieur (%)
71,5
57,9
67,8
Accès simples
110
60/50
28,7 (1 – 77)
3 (2 - 10)
49,3
Analyse des réponses anticorps
Evolution suivant la gravité dans les deux groupes de patients
Le tableau III regroupe les incidences des réponses aux antigènes de mérozoïtes et AMA1 dont les
présentant des ratios de DO sont ≥ 2.
53 sur 137
Tableau III : Incidences de répondeurs dans les différents groupes
Formes graves
Caractéristiques
Survivants
p*
Décédés
Global
p*
Accès
simples
IgM antimérozoïtes
IgG anti-mérozoïtes
IgG anti-MSP1p19
IgG anti-AMA1
ns
ns
<0,05
ns
36%
51%
46%
91%
37%
68%
89%
91%
<0,05
ns
ns
ns
07%
57%
76%
89%
29%
65%
86%
90%
Test de Mann-Whitney, ns = différence non significatif (P > 0,05)
Les antigènes MSP1-p19 et AMA-1 sont fortement reconnus avec des incidences de réponses
positives qui tournent au tour de 80%. Cependant, seule la variation des pourcentages de répondeurs
en IgG anti-MSP1p19 est discriminante entre les patients souffrant de formes graves de paludisme
(86%) et ceux présentant un accès palustre simple (46%) (Tableau II).
Le tableau IV regroupe les incidences des réponses IgG aux antigènes du GRp dont les ratios de DO
sont > 2.
Tableau IV : Incidences de réponses IgG dans les différents groupes de patients
Formes graves
Caractéristiques
Survivants
p*
Décédés
Global
p*
IgG anti-R23
13%
ns
11%
13%
ns
IgG antiPfEB200
73%
< 0,05 52%
68%
ns
IgG anti-GST5
62%
< 0,05 44%
58%
< 0,05
IgG anti-RESA
21%
ns
22%
21%
ns
IgG anti-PF13
59%
< 0,05 45%
55%
< 0,05
IgG anti-GST
13%
< 0,05 3%
7%
ns
Accès simples
20%
69%
50%
24%
64%
3%
p* = Test de comparaison de Mann Withney, ns = non significative.
Seules les incidences des réponses IgG dirigées contre Pf13et l’Ag GST5 sont significativement
différentes (p<0,05) entre les accès simples et les formes graves de paludisme.
Comparaison des niveaux de réponses anticorps suivant la gravité
Les niveaux de réponses en IgM et IgG dirigées contre les différents Ag de mérozoïtes sont comparés
en fonction de la gravité du paludisme (figures 3a et 3b). En moyenne, les amplitudes de réponses en
IgG anti-mérozoïtes sont plus élevées dans les formes graves que dans les accès simples (p = 0,003)
(Figure 3a).
54 sur 137
Figure 3: Comparaison suivant la gravité des accès palustres des niveaux réponses en IgM et IgG antimérozoïtes: (a) ou en IgG anti-MSP1p19 et anti-AMA-1 (b)
Concernant les taux d’IgG anti-MSP1p19, aucune variation importante n’est observée entre les deux
types d’accès cliniques. Cependant une baisse significative est notée pour les taux d’IgG anti-AMA-1
chez les patients souffrant de formes graves comparés à ceux souffrant d’accès simple (p < 0,01).
Les niveaux de réponses en IgG dirigées contre les différents antigènes du GRp testés sont comparés
entre les groupes de patients (formes graves versus accès simples). (Figure 4).
Aucune variation significative n’est observée entre les taux d’IgG anti-R23, anti-GST-5, anti-PfEB200
et anti-RESA pour les deux groupes de patients. Seule la réponse IgG antiPf 13 dirigées contre le
candidat vaccin Pf13 a permis de déceler une baisse est significativement abaissée dans les formes
graves de paludisme (p < 0,01).
55 sur 137
Figure 4 : Comparaison suivant la gravité des accès palustres des niveaux réponses en IgG antiantigènes de globules rouges parasités
Calendrier : 2013-2014
Financement : Les antigènes testés ont été obtenus dans le cadre du financement Grant Rotary
International.
56 sur 137
2. Missions scientifiques, expertise, atelier et congrès
Pr Alioune DIEYE
- Réunion EDCTP General Assembly et Commission européenne, Bruxelles, Belgique, 1721.02. 2013
- COHRED Colloquium, Geneva, Switzerland, 26-27.03.2013
- Réunion EDCTP Scientific Advisory Committee (SAC) members, La Haye, Pays Bas, 1112.04.2013
- Réunion de l’Assemblée Générale du programme EDTCP, Bruxelles, Belgique, du 27 au
31.05.2013
- EDCTP Stakeholder Meeting on Negleted Infectious Diseases, La Haye, Pays Bas, les 2728.06.2013
- Congrès International de l’Union Internationale des sociétés d’Immunologie, Milan, 2227.08.2013
- Réunion de préparation EDCTP2 sur les réseaux d’excellence (CANTAM et WANETAM),
Dakar, 24-25.06.2013 (Organisateur)
- EDCTP Stakeholder Meeting on malaria, Vienna, Autriche, 19-20.09.2013
- Réunion EDCTP Scientific Advisory Committee (SAC) members, La Haye, Pays Bas,1011.10.2013
- High Level Meeting sur EDCTP2, Dakar, Sénégal, 21 Octobre 2013. (Participants: Ministres
de la santé; Ministres Sciences et Technologie, la Recherche de 9 pays africains)
- EDCTP Stakeholders meeting on Ethics and Regulatory affairs, Anvers, Belgium, 28-29.11.
2013
- Annual Meeting of EDCTP-WANETAM, Dakar, Sénégal, 16-17.12.2013
- Colloque International Droit, Sciences sociales, Santé Publique, Dakar 1-2 juillet 2013
(Modérateur)
- 6ème Congrès de l’Association sénégalaise des gynécologues-obstétriciens, Dakar 2-4.07.2013
(Conférencier)
- Congrès International de l’Union Internationale des sociétés d’Immunologie, Milan, 2227.08.2013
- Réunion EDCTP sur les réseaux d’excellence (CANTAM et WANETAM), Dakar, 2324.06.2013 (Organisateur)
- Journées scientifiques, Faculté de Médecine, de Pharmacie et d’Odontologie, UCAD les 1112.12. 2013 (Conférencier et Président de session).
Budget : 45 050 USD Financement : Grant Clayton Dedonder
Début Projet : Décembre 2012 ; durée : 2 ans
4. Perspectives
L’année 2013 a été l’année de démarrage réel des activités de l’Unité d’Immunogénétique, activités
basées sur des projets de recherche financés par des grants extérieurs.
Le concours de personnel enseignants-chercheurs de l’UCAD, les étudiants en thèse d’exercice ou en
masters et les collaborations établies ont été décisifs dans le déroulement de ses activités.
La faiblesse des équipements de laboratoire demeure toujours préoccupante.
57 sur 137
Unité d’épidémiologie des maladies infectieuses
Responsable scientifique :
- Adama Tall, chargé de recherche, MD, MPH, PhD (jusqu’au 30 juin 2013)
- Vincent Richard, MD, MPH, HDR (à partir du 1er juillet 2013)
Collaborateurs scientifiques
Emmanuelle Espié, Dr Vet, MPH, PhD
Collaborateurs techniques statutaires
Fatoumata Diene Sarr, Cadre Administratif et Technique, MD, MPH
Joseph Faye, Technicien supérieur
Abdoulaye Badiane, Infirmier
Gaoussou Diakhaby, Aide laboratoire
Collaborateurs techniques contractuels
Marie-Louise Senghor, infirmière, monitrice d'étude clinique
Alpha Oumar Diallo, biostatisticien, agent de recherche clinique
Diamilatou Thiam, médecin, monitrice d'étude clinique
Virologie médicale (Niang B, Dia N, Ndaye K), Arbovirologie (Sall A, Faye O), Immunologie (Touré
A, Perraut R), Centre medical (Daillo K), LAM (Bercion R), Entomologie (Dia I), Bactériologie
expérimentale (Gassama A)
Nationale
Ministère de la santé et de l'action sociale (Ba IO)
Internationale
Madagascar, Institut Pasteur de Madagascar (Heraud JM, Randremanana R)
Centrafrique, Institut Pasteur de Bangui (Nakouné E)
Cameroun, Centre Pasteur du Cameroun (Njouom R), RIIP (Victoir K)
58 sur 137
Financements
ACF
IRD
Autre I.Pasteur
I.Pasteur Paris
C. med, CTA
X
Arbov, Rgae
Sokone (8 villages)
Entomologie
X
Virologie Méd.
X
Bacterio Exp
Immuno genet.
Dielmo et Ndiop
LAM
Immuno
Paludisme
X
X
IPD, IRD,
Rotary
X
EDCTP
Rage
Observance
X
X
IPD
Ecologie canine
X
X
RIIP
Inf Resp Virales
Réseau 4S
X
PORHUMINF
X
Diagnostic fièvres
Dielmo/Ndiop
Mal. entériques
X
TYSAP
X
DHHS
X
RIIP
DHHS
X
IVI
Portage BLSE
Porcs
Perpectives
X
IPD
CHARLI
X
X
X
X
MALNUTRITION
X
X
X
X
TOTAL
X
MAEE
Introduction
L'unité d'épidémiologie de l'Institut Pasteur de Dakar se caractérise par la grande diversité des
programmes qu'elle développe soit en qualité d'unité leader soit en qualité de collaborateur d'autres
unités. Elle offre à travers les programmes qu'elle mène aujourd'hui des plateformes (Dielmo et Ndiop,
Réseau 4S, Elevage de porcs du quartier Bignona) sur lesquels les autres unités ont la possibilité de se
positionner pour réaliser des activités de recherche.
La transversalité qui a été
développée ces dernières années
place l'unité au cœur du dispositif de
recherche de l'institut Pasteur de
Dakar.
Elle
doit
cependant
poursuivre son évolution afin
d'offrir des services de qualité qui
permettront
d'ouvrir
des
perspectives de financement dans le
domaine des essais cliniques.
59 sur 137
1.1. Surveillance syndromique au Sénégal
Investigateur principal: Richard Vincent
Collaborateurs : Fatoumata Diene Sarr, Mbayame Niang, Ndongo Dia, Ibrahim Omar Ba (Ministère de
la santé et de l'action sociale), Malang Coly (OMS pays).
Financement : Ministère de la santé des USA (DHHS)
Le renforcement des activités de surveillance de la grippe au Sénégal a conduit l'IPD à développer en
partenariat avec le ministère de la santé depuis
mars 2012, un réseau de surveillance basé sur le
principe de la surveillance sentinelle visant non
seulement les syndromes grippaux mais
également
élargi à d'autres syndromes en
relation avec de possibles pathologies à potentiel
épidémique. La caractéristique originale de ce
système de surveillance repose sur l'envoi
quotidien d'information par SMS, données qui
sont entrées et analysées également chaque jour
par les personnels de l'unité d'épidémiologie.
Cette activité de surveillance se fait au bénéfice du Ministère de la santé et de l’action sociale mais
permet aussi de montrer la nécessité dans les pays où les capacités diagnostiques sont limitées de
mettre en oeuvre à moindre frais un système de surveillance pouvant s'approcher au mieux de la
surveillance en temps reel et pouvant améliorer la réactivité vis-à-vis des risques épidémiques liés aux
maladies transmissibles, Appuyé par un financement du Ministère de la santé américain (DHHS), ce
réseau s’est appuyé sur la dynamique mise en place dans le cadre de la surveillance de la grippe depuis
1996.
La surveillance sentinelle s’appuie sur des centres de santé de base, des définitions de cas bien
codifiées, reprenant les recommandations de l'OMS en matière de surveillance.
D’autres maladies ou syndromes pourraient être aisément inclus dans les pathologies surveillées,
comme par exemple les cas de morsures pour essayer de documenter à l'échelon national le risqué lié
aux morsures d'animaux. Ce réseau ne se substitue pas au système de surveillance de routine déjà en
place, mais se présente comme un outil supplémentaire dont s’est doté le ministère pour identifier plus
précocement le risque épidémique et y apporter une réponse plus rapide.
60 sur 137
Ce programme apporte aussi une information sur la part du paludisme dans la consultation febrile. Le
programme national de lutte contre le paludisme a apporté son soutien avec la dotation pour 2014 d'un
stock de test de diagnostic rapide afin de permettre la réalisation de tests systématiques pour chaque
cas de fièvre. Ainsi, il sera possible d'avoir dans chacun des sites, un même indicateur reproductible
autorisant les comparaisons entre sites. Il permettra aussi au PNLP d'avoir une source d'information
supplémentaire pour valider les informations déjà collectées à son niveau.
Ce réseau est opérationnel dans le cadre du réseau de surveillance de la grippe et des virus
respiratoires avec possibilité d’effectuer des prélèvements à la demande en cas d'apparition de cas
graves dans les régions du pays couvertes par le réseau. Il a permis en 2013 de mettre en exergue le
rôle des virus, autres que grippaux, dans la symptomatologie respiratoire au Sénégal.
(cf. publication : Influenza-like illnesses in Senegal : Not only focus on Influenza viruses. Dia N, Sarr
FD, Thiam D, Faye Sarr T, Espié E, Ba IO, Coly M, Niang M, Richard V. Plos One 2014)
1.2. Paludisme
1.2.1. Plateformes de Dielmo et Ndiop
Investigateur principal : Richard Vincent
Collaborations : Aissatou Touré, Ronald Perraut, Jean-François Trape (IRD), Cheikh Sokhna (IRD)
Financement : Institut Pasteur de Dakar, IRD, Rotary
Les plateformes de Dielmo et Ndiop qui ont été mises en place respectivement en 1990 et 1993 ont
pour objectif d'étudier l'histoire naturelle du paludisme.
L'étude de cohorte dynamique menée sur ces deux villages, ayant à l'origine un niveau d'endémicité
palustre différent, est basée sur un suivi quotidien des habitants et des événements pathologiques
survenant chez ces populations, un suivi systématique d'indicateurs palustres (parasitologique,
immunologique, entomologique).
Durant toute l’année 2013, les cas de paludisme ont connu une légère augmentation comparée aux
données des deux années précédentes, cependant l'incidence est loin de connaître les pics historiques
du début du programme (près de 1200 cas annuels).
La conséquence de l’utilisation massive de moyens de lutte contre le vecteur et du traitement
systématique et précoce des accès palustres est une baisse générale du niveau de l’immunité acquise
dans ces 2 villages.
Les données immunologiques récentes et en cours d'exploitation montrent que le profil
épidémiologique de Dielmo semble aujourd'hui se rapprocher de celui de Ndiop avec des réponses
sérologiques identiques dans chacun des villages et dans chacune des classes d'âge considérées.
61 sur 137
Dans un contexte de pré-élimination, la plateforme de Dielmo et Ndiop devrait permettre de
comprendre les raisons de la persistence d'accès palustre dans une partie de la population alors que les
mesures de prévention et de prise en charge sont identiques chez tous les habitants de ces deux
villages.
Les sites de Dielmo et Ndiop participent également au réseau de surveillance sentinelle 4S et dans ce
cadre bénéficient d'un renforcement de la surveillance avec des données journalières sur le paludisme
mais aussi des syndromes en rapport avec des syndromes fébriles et/ ou diarrhéiques.
1.2.2. Détermination des paramètres paludométriques chez les enfants de l’arrondissement de
Toubacouta, District de Sokone, Sénégal
Investigateur principal: Aissatou Touré
Collaborations: Adama Tall, Emmanuelle Espié, Joseph Faye, Fatoumata Diene Sarr, Ibrahima Dia
Financement : EDTCP
Les objectifs de ce projet sont de décrire les données paludométriques, immunologiques, et
biologiques d'enfants de moins de dix ans vivant dans l'arrondissement de Toubacouta, en vue de
déterminer la pertinence de mise en place d'un site d'essai clinique de vaccins antipaludiques dans
cette zone.
Un recensement a eu lieu du 17 août au 14 septembre 2010, 396 concessions ont été identifiées dans
les 8 villages sélectionnés. Parmi ces 1443 enfants de moins de 10 ans recensés, 1367 enfants (94.7%)
ont été finalement inclus dans l’étude. Sur les 1367 enfants inclus dans l’étude, 683 étaient des filles et
684, des garçons. L’âge médian était de 5 ans (extrêmes: 10 mois - 10 ans ; moyenne = 4.8 ans). La
splénomégalie et l’hépatomégalie ont été observées respectivement chez 0,7% et 1,1% et 1,3% avaient
de la fièvre (température axillaire ≥ 37,5°C) à l’examen initial d’inclusion.
Un suivi clinique a été mené de novembre 2010 à octobre 2013, avec une surveillance passive des cas
consultant dans les structures de santé parmi les enfants inclus. En cas d'allégation de fièvre ou de
fièvre avérée, un test de diagnostic rapide de paludisme était alors réalisé et un traitement instauré par
ACT en cas de positivité du test.
Tableau 1: Distribution annuelle des causes de consultations au niveau des centres de santé
Infections respiratoires
Paludisme confirmé par TDR
Diarrhées
Autres diagnostics
Syndromes fébriles isolés
Diagnostic inconnu
Total
Année 1
n (%)
312 (42)
134 (18)
71 (10)
155 (21)
24 (3)
40 (6)
741 (100)
Année 2
n (%)
147 (51)
30 (11)
24 (8)
54 (19)
10 (3)
21 (7)
287 (100)
Année 3
n (%)
170 (39)
110 (26)
18 (4)
51 (12)
76 (17)
10 (2)
435 (100)
En mars 2013, une étude transversale type CAP a été menée pour determiner le niveau d'information
des familles sur le paludisme et le niveau d'utilisation des moustiquaires.
62 sur 137
Tableau 2 : Proportion de personnes possédant et utilisant des moustiquaires dans chacun des 8
villages de la région de Sokone en mars 2013.
Utilisation
Village
Disponibilité
la nuit précédente
%
%
Aidara
88,2
58,8
Daga Ndoup
83,8
63,9
Keur Ndianko
88,6
68,6
Keur Saloly Bouya
98,0
84,3
Keur Samba Guéye
99,0
93,2
Nema Nding
83,3
79,6
Passy Ndinderling
85,7
50,0
Touba Nding
50,0
50,0
Total
89,9
75,0
Conclusion : Il a été montré une grande diversité des profils épidémiologiques dans la zone de Sokone
au travers de l'étude de ces 8 villages proches les uns des autres. La nécessité d'avoir une cartographie
détaillée des risques dans une même region permettrait de mieux orienter les stratégies et les moyens
en fonction du risque.
1.3. Maladies entériques
1.3.1. Programme de Surveillance de la Fièvre Typhoïde en Afrique (TYSAP)
Investigateur Principal : Amy Gassama
Collaborateurs : Adama Tall, Joseph Faye
Financement : IVI (Fondation Bill and Melinda Gates)
Le programme mené au Sénégal entre dans le cadre d'un programme multicentrique qui a pour objectif
principal d'établir une surveillance de la fièvre typhoïde, paratyphoïde et des autres salmonelloses
invasives non typhiques (SNT). Les objectifs spécifiques sont : i) obtenir des données d'incidence
comparables de la fièvre typhoïde et des salmonelloses invasives non typhiques (SNT) en Afrique subsaharienne grâce à une surveillance standardisée dans plusieurs pays, ii) étudier les facteurs de risque
de gravité de la fièvre typhoïde.
En 2013, le programme a porté plus spécifiquement sur l’étude du portage asymptomatique qui vise à
identifier des porteurs chroniques de salmonelles en examinant les selles de sujets adultes
asymptomatiques ainsi que ceux de patients et de proches parents ayant eu un antécédent de
salmonellose afin de comparer les proportions et d'évaluer les facteurs de transmission des
salmonelles.
Les espèces identifiées au cours de cette phase de l'étude ont été peu nombreuses: Salmonella Spp
(n=15), Shigella flexneri (n=1), Escherichia Coli (n=1).
63 sur 137
Tableau 3: Répartition des cas porteurs de germes entériques en fonction du lieu
Lieu
Nombre de
concessions
Tysap +
11
Pikine ouest
53
Pikine Nord
37
Pikine Est
42
Guinaw Rail Nord
41
Guinaw Rail Sud
16
Djedah
64
Total
264
Sujets
recencés
126
559
250
312
332
164
525
2268
Sujets
inclus
95
381
195
262
257
124
419
1733
Positifs
1
4
4
3
0
0
5
17
Tableau 4 : Répartition des cas porteurs de germes entériques en fonction du sexe
Sexe
Nombre de sujets
Salmonelle spp
Shighella flexneri
Escherichia Coli
Féminin
1106
10
0
1
Masculin
627
5
1
0
Tableau 3 : Répartition des cas porteurs de germes entériques en fonction du groupe d'âge
Classe d'âge
Nombre de sujets
Salmonelle spp
Shighella flexneri
Escherichia Coli
[0-5[
283
2
0
0
[5-10[
255
4
1
0
[10-15[
223
0
0
0
>=15
972
9
0
1
1.3.2. Portage d'entérobactéries productrices de BLSE
Investigateur Principal : Richard Vincent
Collaborateurs : Raymond Bercion, Abdoulaye Seck, Korka Diallo.
Financement : Institut Pasteur de Dakar
Plusieurs facteurs peuvent expliquer la prévalence élevée de la résistance bactérienne dans les pays à
faibles ressources, parmi eux, l'usage incontrôlé des antibiotiques mais aussi les mauvaises conditions
d'hygiène. La flore intestinale représente une source potentielle de germes multi résistants puisqu’elle
est un site favorable pour le transfert des gènes résistants à partir des flores commensales vers les
microorganismes virulents. L'augmentation de portage dans la communauté augmente la dissémination
dans l’environnement des bacilles multirésistants et facilite ainsi la transmission interhumaine. Aussi,
les études sur le portage de germes multirésistants en dehors des hôpitaux sont nécessaires pour
connaître leur diffusion dans la communauté et les facteurs de risque associés et pour proposer des
mesures de prévention afin de limiter leur introduction dans le milieu hospitalier.
Les objectifs de l’étude sont d’estimer la fréquence du portage asymptomatique (intestinal)
d’entérobactéries productrices de BLSE et d’étudier les facteurs de risque, notamment le niveau socioéconomique, et l’importance du risque fécal dans la transmission de ces bactéries.
Les selles de l’ensemble des travailleurs de la ferme de Bignona ont été collectées au cours d'une visite
médicale de travail en septembre 2013. Des données socio-économiques et un examen clinique ont été
realisé pour chacun d'eux.
64 sur 137
Pour les porcs, un prélèvement du contenu du tube digestif a été collecté au moment de l’abattage
d’octobre 2013 à janvier 2014 sur un échantillon représentatif, par tirage aléatoire.
Chez les travailleurs de la ferme, le portage initial de EBLSE était de 9,5%, il a été de 38% chez les
porcs Durant la période de suivi.
L'étude se poursuit en 2014 avec un nouveau prélèvement transversal de selles chez les éléveurs en
Mars 2014 pour évaluer des modifications de portage en lien avec la circulation des souches EBLSE
chez les porcs.
Ce travail qui a fait l'objet d'un stage de DESC en maladies infectieuses et tropicales fera l'objet d'une
publication à soumettre au cours de l'année 2014.
1.4. Les infections respiratoires
Avec près de 17 millions de victimes par an sur un total de 57 millions en rapport avec des maladies
infectieuses, l’Afrique est de loin le continent qui paie le prix le plus important.
Les infections respiratoires aigues sont l’une de deux principales causes de mortalité parmi les enfants
de moins de 5 ans. Sur cette thématique les champs de recherche ont souvent concerné la tuberculose.
Mais depuis ces dernières années, les virus respiratoires sont pris en compte avec le développement de
programmes de surveillance et de recherche notamment avec la récente pandémie liée au virus
A(H1N1).
Si l’épidémiologie des virus grippaux est bien documentée dans les pays industrialisés, la grippe a
longtemps été laissée pour compte dans les pays en voie de développement où toute fièvre était alors
considérée comme paludisme. Le fardeau mondial de la grippe influenza A et B sur la morbidité, la
mortalité et l’économie est considérable, avec une estimation de près de 1 million de décès annuels
dans le monde entier survenant essentiellement aux âges extrêmes. La grippe influenza A classée en
deux sous type AH3N2 et AH1N1 est généralement plus répandue et conduit à une plus grande
mortalité chez les humains alors que la grippe influenza B est source d’une morbidité plus importante.
Le risque pandémique du virus aviaire H5N1 et plus récemment du virus H1N1 pandémique ont fait
resurgir le spectre de la grippe, souvent considérée par les populations comme une maladie courante.
Le réseau 4S décrit précédemmenet prend en compte la dimension surveillance des infections par les
virus grippaux mais il ne permet pas aujourd'hui de répondre à l'ensemble des questions qui se posent
pour l'établissement de recommandations vis-à-vis de la vaccination.
1.4.1 Etudes des infections respiratoires d'origine virale à Dielmo et Ndiop
Collaborateurs : Mbayame Niang, Ndongo Dia
Financement : DHHS
Deux études ont été menées en 2013, l’une s’appuyant sur les données et prélèvements réalisés sur les
sites de Dielmo et Ndiop qui visent par des études sérologiques à étudier la diffusion des virus
grippaux saisonniers et pandémiques au sein des populations et à mesurer la part des formes
asymptomatiques, une autre s'intéresse sur ces mêmes sites à mesurer l'incidence de la grippe et les
populations à risque d'infection par un virus grippal saisonnier.
La surveillance clinique menée depuis dans les villages de Dielmo et Ndiop a été renforcée par une
surveillance virologique systématique ciblant tous les cas de syndromes fébriles.
Depuis 2012, l deux écouvillons naso-pharyngés et des échantillons de sang ont été prélevés chez
chaque patient fébrile (température > = 38 °C). Un cas de syndrome grippal (SG) a été défini par un
patient fébrile avec toux ou maux de gorge. Les écouvillons ont été testés pour la détection de 16 virus
respiratoires en temps réel RT -PCR
65 sur 137
Du 1er Mars 2012 au 31 Mars 2013, un total de 2440 consultations médicales ont été effectuées et 567
cas de syndrome avec fièvre (23,2%) ont été déclarés: 302 (53,3%) à Dielmo, 265 (46,7%) à Ndiop .
Les Syndromes de grippaux représentaient 33,7% en Dielmo et 17,2% en Ndiop de l'activité de prise
en charge globale.
Un total de 486 échantillons de prélèvements (85,7%) ont été recueillis parmi tous les patients fébriles.
Parmi ces échantillons, 310 (63,8 %) étaient positifs: 178 mono-infection, 88 doubles infections et 44
infections avec plus de deux virus.
Au total, 499 virus ont été identifiés : 114 adénovirus (22,8%), 91 entérovirus (18,2%), 90 rhinovirus
(18,0%), 56 A ( H3N2) (11,2%) pour le virus, 49 virus influenza B (9,8%), 32 virus respiratoire
syncytial (6,4%) (28 de type A et 4 de type B), 20 métapneumovirus (4,0%), 20 coronavirus (4,0%)
(14 OC43, 3NL63, 3 229E), 18 bocaviruses (3,6%), 9 virus humain d'influenza (1,8%) (2 HPIV -1 et 7
HPIV-4) .
Parmi les cas de fièvre, 329 étaient des syndromes grippaux (SG) (58,0 %): 183 à Dielmo (60,6%) et
146 à Ndiop (55,1%). Parmi ces patients, 284 (86,3 %) ont été prélevés et 209 (73,6%) étaient positifs
pour au moins un virus respiratoire.
Parmi les 238 patients fébriles et qui ne présentaient pas de syndrome grippal, 202 (84,9 %) ont été
prélevés et 101 (50%) étaient positifs pour au moins un virus respiratoire.
Le taux de positivité était statistiquement différente entre les patients avec un SG et les patients sans SG (OR = 2,7, IC 95%: [1,8-4,2 ] , p <0,001). Cependant, 32,5% des échantillons positifs provenaient
des patients fébriles sans SG. Parmi les tous échantillons positifs en grippe A et B, les échantillons
positifs sans - SG représentaient respectivement 17,8% et 22,5%.
La proportion de virus détectés était statistiquement différente entre les patients avec un SG et sans SG
pour la grippe A (respectivement 16,2% et 4,9% , OR = 3,7 , IC 95%: [ 1.8 à 8.5 ] , p <0,001) et
Influenza B ( respectivement 13,4 % et 5,4% , OR = 2,7 , IC 95%: [ 1.3 à 5.9 ] , p < 0,01), mais pas
pour d'autres virus.
La circulation diversifiée des virus respiratoires est bien documentée. Toutefois, pour mesurer l’impact
de ces virus, il faudrait étendre l'identification parmi les habitants sains par une étude sérologique. À
cet égard, la cohorte est un outil intéressant pour documenter l'épidémiologie des infections virales
respiratoires.
Les données de ces deux études feront l'objet de publication au cours de l'année 2014.
1.4.2. Surveillance et risque de transmission des virus influenza dans la filière d'élevage des
porcs à Dakar.
Collaborateurs : Mbayame Niang, Ndongo Dia, Jean-Michel Heraud (IP Madagascar), Soatiana
Rajatonirina (IP Madagascar), Emmanuel Nakouné (IP Bangui).
Financement : ACIP, RIIP.
Cette étude s’intéresse à mettre en place et à valider un outil de surveillance dans la filière d’élevage
des porcs à Dakar. Elle est basée sur les principes de la thématique « one health ». La surveillance
animale est couplée à une surveillance humaine deux fois par semaine. Le projet vise à améliorer la
connaissance sur l’histoire naturelle des virus grippaux, et plus particulièrement sur la transmission
entre le porc et l’homme, les risques de diffusion de virus grippaux émergents ou non entre les deux
espèces et les risques de réassortiments. Les résultats attendus sont du domaine de la santé publique et
de la recherche. Ils serviront (i) à valider des stratégies de surveillance des élevages de porcs pour un
meilleur contrôle de l’émergence de virus grippaux, (ii) à mesurer le niveau de risque d’infection chez
les professionnels exposés aux porcs en vue de recommander une stratégie de prévention par la
66 sur 137
vaccination, (iii) à identifier précocement des virus grippaux animaux adaptés à l’homme pour alerter
les autorités publiques afin de mettre en place des mesures barrières, (iv) à identifier les déterminants
de la transmission d’espèce à espèce.
L'étude est en cours et sera terminée en Septembre 2014.
1.5. Rage
1.5.1. Ecologie Canine / Connaissance, Attitude, Pratique sur la rage à Mbour
Investigateur principal : Emmanuelle Espié
Collaborateurs : Ousmane Faye, Korka Diallo, Vincent Richard, Amadou Sall, Hervé Bourhy (IP
Paris)
Financement : RIPP et partenaires de l'atelier de formation à la lute contre la rage
Pour répondre à un des objectifs pédagogiques de l'atelier sur la lutte contre la rage qui s'est tenu à
Dakar en décembre 2013, il a été mis en place une activité de terrain avec une enquête transversale
dans les différents quartiers de la ville de Mbour.
Cette étude avait pour objectif (i)
d'évaluer les connaissances attitudes et
pratiques de populations vis-à vis de la
rage (ii) d'estimer la population canine de
la ville de Mbour (iii) de connaitre les
habitudes des propriétaires de chiens en
rapport avec la vaccination antirabique de
leurs animaux.
Au total 1527 foyers ont été inclus dans
l'étude, dont 87 (6%) étaient des
propriétaires de chiens. Des antécédents
de morsures ont été retrouvés dans 88
foyers (6%). Cinquante cinq pour cent
des sujets interrogés savaient que la rage
pouvait être transmise par une morsure et 48% connaissaient l'existence du traitement post exposition
de la rage. En cas de morsure 91% des sujets interrogés iraient demander un avis médical.
Bien que 42% des chiens de propriétaires étaient dits vaccinés mais seul 9% avaient un certificat de
vaccination disponible et vérifié au cours de l'étude.
Au cours de l'étude, 236 chiens ont pu être recensés, 119 chiens de propriétaire et 117 chiens errants.
La ration chien/humain était de 1 pour 64 habitants, et le ratio chien/foyer de 1 chien pour 6,5 foyers.
Cette étude a montré l'importance des chiens errants dans la ville de Mbour et la faible connaissance
des populations vis-à-vis du risque en lien avec la rage.
Cette étude nécessiterait d'être menée dans d'autres sites du Sénégal afin de mieux documenter le
risque dû aux morsures de chiens. Elle permet aussi d'évaluer la cible d'une vaccination qui ciblerait
les chiens et révèle la nécessité de s'intéresser aux chiens de propriétaires et également aux chiens
errants dans le cadre d'une stratégie de vaccination canine.
67 sur 137
1.5.2 Etude des facteurs de non observance de la prophylaxie post exposition au centre de
traitement antirabique de l'IPD
Investigateur principal : Emmanuelle Espié
Collaborateurs : Ousmane Faye, Korka Diallo
Financement : Institut Pasteur de Dakar
Au Sénégal, la prophylaxie antirabique post-exposition administrée au Centre de traitement
antirabique de l’Institut Pasteur de Dakar correspond à un protocole de 4 doses au total: deux doses à
J0, une dose à J7 et une dose à J21. Or en 2011, le Centre de traitement antirabique de l’Institut
Pasteur de Dakar a reçu 875 cas humains d’exposition à la rage, mais n'a seulement administré que
2803 doses sur les 3500 attendus, si le protocole complet avait été respecté. Ces chiffres laissent donc
supposer qu’un certain nombre de patients n’a pas reçu le traitement complet et donc une prise en
charge correcte et efficace.
L’objectif principal de l’étude est d'étudier les facteurs en lien avec la non-observance de la
prophylaxie post-exposition suite à une morsure au centre de traitement antirabique de l'IPD en
décrivant les conditions de mise en œuvre et de suivi d’une prophylaxie antirabique post-exposition
chez les personnes qui ont été mordues et de ce fait potentiellement exposées au virus de la rage.
Cette étude se déroule au Centre antirabique de l’Institut Pasteur de Dakar, et permet de décrire les
conditions de mise en œuvre et de suivi d’une prophylaxie antirabique post-exposition chez des
personnes qui ont été mordues par un animal potentiellement infecté.
De mars 2013 à novembre 2013, sur les 839 patients vus en consultation suite à une morsure 750 ont
été inclus dans l'étude (89%).
Tableau 1 : Répartition des traitements PPE suivis par les patients
Traitements suivis
n
PPE (4 doses)
389
PPE (J0 et J7)
82
Incomlet (J0 et J7)
87
J0 seul
139
Pas de traitement
53
%
52
11
12
19
6
Figure 1: Distribution des niveaux d'observance de la PPE en fonction des mois de mars à novembre
2013.
100% 80% 60% Pas de PPE 40% J0 seul 20% J0 & J7 incomplet 0% J0 & J7 PPE PPE(4inj) 68 sur 137
Cette étude vient en appui aux activités de surveillance épidémiologique de la rage chez l’homme au
Sénégal et ses résultats devraient permettre d'appuyer le plaidoyer pour une prise en charge des cas
car l'accessibilité financière semble être le principal frein à une bonne observance de la prophylaxie
post exposition.
2. Activités d’enseignement et de formation
L'unité d'épidémiologie développe également des activités de formation en termes de gestion et
d’analyse de données.
Sous le code d’unité de recherche 172 «Epidémiologie des maladies infectieuses », l’UEMI est
membre de l’Ecole Doctorale « Sciences de la vie et de l’Environnement » de l’UCAD de Dakar.
L’UEMI participe à l’enseignement de l’épidémiologie et des biostatistiques dans plusieurs masters à
l’UCAD de Dakar, à l’UGB de Saint-Louis mais également en collaboration avec l’Agence de
Médecine Préventive, dans la sous région à l’Institut Régional de Santé Publique de OMS à Ouidah
(Bénin).
L'atelier de formation qui a été mené en Mai 2012 pour les scientifiques du réseau des Instituts Pasteur
sur un financement de la division internationale des Instituts Pasteur a donné suite à un enseignement
sous forme de visioconférence principalement avec l'Institut Pasteur de Madagascar sur l'année 2013.
Cette formation se focalise sur l’utilisation d’éléments des bases théoriques en statistique à partir d’un
logiciel libre. Nous avons retenu de travailler avec le logiciel R qui est un logiciel gratuit utilisable et
accessible donc à tous, répondant ainsi aux besoins et aux ressources financières des pays en
développement.
Formation à l'utilisation du logiciel R – RIIP – 20.000€ - Année 2014
Organisateur : Vincent Richard
Réseau de surveillance des infections respiratoires – DHHS – 98.000€ - Années 2011-2014
Principal investigateur : Vincent Richard
Projet CHARLI : infection sdu jeunes enfants – Fondation TOTAL – 200.000€ - Années 2014-2015
Principal investigateur : Vincent Richard
4. Perspectives
Thématique : Surveillance syndromique
Investigateur principal: Richard Vincent
Collaborateurs: Fatoumata Diene Sarr, Mbayame Niang, Ndongo Dia, Ibrahim Omar Ba (Ministère de
la santé et de l'action sociale), Malang Coly (OMS pays).
Financement : Department of Health and Human Services (USA). 95 000€
Le programme de Réseau de Surveillance Sentinelle Syndromique au Sénégal va se poursuivre en
2014 et verra l’ouverture de nouveaux centres pour élargir la couverture géographique dans des zones
où les risques de diffusion de phénomènes épidémiques auraient des conséquences importantes sur les
populations et l’économie du pays. Le système va également renforcer les indicateurs sur le paludisme
afin d'enrichir l'information épidémiologique au profit du programme national de lutte contre le
paludisme.
69 sur 137
Thématique portant sur l'antibiorésistance – Projet CHARLI
Collaborateurs : Raymond Bercion, Amy Gassama, Pr Sarr (IPS), Dr Diallo (IPS)
Financement : Fondation Total - 400.000€ sur 2 ans
Alors que la résistance aux antibiotiques augmente le risque de mortalité associée à de nombreuses
infections bactériennes, et se présente de ce fait comme un déterminant majeur pour la prise en charge
des infections, le nombre d'études portant sur les profils de résistance des bactéries à l’origine
d’infections chez les jeunes enfants dans les pays en développement reste limité et ne permet pas
d'orienter les politiques de santé sur ce domaine de santé prioritaire.
Les objectifs du projet CHARLi sont (i) d'estimer l’incidence des infections bactériennes résistantes
aux antibiotiques : infection néonatale (<28 jours de vie), infections du nourrisson et de l’enfant
(28jours à <2ans) (ii) de décrire les profils de résistance des pathogènes responsables de ces infections,
(iii) d'identifier les facteurs de risque d'acquisition des bactéries multirésistantes chez les nouveau-nés
et les jeunes enfants.
Il s’agit d’une étude de cohorte dynamique, incluant des nouveaux nés à la naissance avec un suivi
jusqu’à l’âge de 12 mois. L'étude sera menée sur deux sites, l'un urbain et l'autre rural, et dans chacun
des sites il sera nécessaire d'inclure 300 naissances vivantes. L'identification des naissances se fera en
amont de l’accouchement lors du suivi de grossesse des femmes enceintes, phase de pré-inclusion
pour cette étude.
Thématique portant sur la Malnutrition
Collaborateurs : Raymond Bercion, Amy Gassama, Pr Sarr (IPS), Dr Diallo (IPS), Yann Dutertre
(ACF)
Financement : MAEE (Fonds de Solidarité Prioritaire) – 300.000€ sur deux ans
Pour mieux comprendre les facteurs d’évolution de la malnutrition aiguë modérée, ce projet à pour
objectif, grâce à la multidisciplinarité des partenaires réunis, de poser des questions claires sur les liens
avec l’écologie microbienne du tube digestif et la malnutrition. Il proposera au travers d’un essai
clinique d’améliorer la prise en charge en validant de nouvelles stratégies incluant la modification de
la flore intestinale, par l’ajout de probiotiques à la prise en charge habituelle.
L’intérêt de ce projet est de créer une plateforme de recherche-action incluant des institutions très
différentes comme ACF, le GRET, le réseau des instituts Pasteur et les acteurs de santé nationaux pour
formaliser un groupe de travail qui poursuivra ses travaux au-delà de ce projet en s’appuyant sur les
résultats obtenus pour rechercher des financements auprès d’autres bailleurs de fonds. A moyen terme
la plateforme du Sénégal conduira à developper des questions sur l’impact neuropsychologique de
l’alimentation, qui intéresse aussi les pays industrialisés, et qui va permettre d’établir des ponts entre
les équipes du nord et du sud et développer des interactions pour poser des questions communes,
dépassant largement les seuls projets sur la malnutrition au Sud.
70 sur 137
Unité d’entomologie médicale
Responsable : Dr Mawlouth Diallo, Chef de laboratoire, PhD
Scientifique : Dr Yamar Ba, Chargé de recherche, PhD
Scientifique : Dr Ibrahima Dia, Chargé de recherche, PhD
Scientifique : Dr Diawo Diallo, Post-doctorant, PhD
Personnels (techniques) de l’Unité
Agent Technique : Mr Amadou Thiaw
Agent de laboratoire 1ère Classe : Mr Abdou Karim Bodian
Agent de laboratoire Adjoint et manœuvre spécialisé : Mr Maodo Malick Manga
Collaborateurs : Diawo DIALLO, Cheikh TALLA, Cheikh Tidjane DIAGNE, Badara SAMB, El Hadji
Amadou NIANG, El Hadji NDIAYE, El Hadji Malick NGOM, Alioune GAYE, Faty Amadou SY,
Libasse SALL.
- Unité des arbovirus et virus de fièvres hémorragiques : Dr Sall AA ; Dr Faye O, Dr Faye O,
Dr Drame GF.
- Unité d’Immunologie : Dr Touré A
Nationales
- Laboratoire d’Écologie Vectorielle et Parasitaire, Département de Biologie Animale.
Université de Cheikh Anta Diop de Dakar (LEVP-UCAD) : Dr Konaté L, Pr Faye O.
- Centre de Suivi Ecologique (CSE) : Dr Ndione JA, Dr Faye A, Mr Ba T.
- Laboratoire Physique de l’Atmosphère et de l’Océan – Siméon Fongang (LPAO-SF-UCAD) :
Pr Gaye T, Dr Dème A, Dr Kébé CMF
- UFR Sciences Appliquées et Technologie, Université Gaston Berger de Saint Louis (UGB) :
Pr Diop A.
- Centre de Gestion et de Biologie des Populations (CBGP), Institut de Recherche pour le
Développement (IRD) : Dr Granjon L, Mr Ba K
- Service de Lutte Anti Parasitaire (SLAP) : Dr Sy N.
- Progamme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP) : Dr Ba M, Dr Cisse M, Dr Ba-Fall
F
- Ministère de l’élevage, Direction des Services Vétérinaires (DSV) : Dr Sall B, Dr Ndiaye Y.
Internationales
Italie
- Institut Pasteur à Paris : Dr Failloux AB, Dr Choumet V
- Centre de Gestion et de Biologie des Populations (CBGP), Institut de Recherche pour le
Développement (IRD), Montpellier Italie : Dr Duplantier JM,
- IRD- Université Strasbourg : Dr Handschumacher P
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USA
-
Centre National d’Etudes Spatiales (CNES), Service Applications et Valorisation : Dr Lafaye
M, Dr Vignolles C
Association Reflets : Mme Gauthier H
Météo-Italie : Dr Tourre Y
Institute for Human Infections and Immunity, Center for Biodefense and Emerging Infectious
Diseases, and Department of Pathology, University of Texas, Medical Branch of Galveston
(UTMB): Pr Weaver SC, Dr Chen R, Dr Guerbois M
- University of Texas, El Paso, Texas: Dr Watts D.
- USA New Mexico State University, Las Cruces, New Mexico: Dr Hanley K, Dr Buenemann
M, Benefit B.
- Department of Epidemiology, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore :
Dr Althouse B, Dr Cummings D.
- CDC, Fort Collins : Dr Stepler E.
- CDC Atlanta : Dotson E,
Grande Bretagne
- Imperial College, Londres : Pr Andrea Crisanti
- University of Liverpool : Dr Morse A, Dr Caminade C
- Université de Glasgow : Dr Kohl A
OMS, Suisse, Genève
- Dr Sergio Y, Dr Perea W.
Uruguay
- Institut Pasteur de Montevideo : Batthyany C, Duran R
Italie
- Institut Supérieur de la santé de Rome : Dr Roberto Romi
- Institut Pasteur-Fondation Cenci-Bolognetti : Dr Scagnolari Carolina
Introduction
L’unité d’entomologie médicale (UEM) partage ses activités entre recherche, activités d’expertise,
activités d’enseignement et d’appui technique. Les deux «pôles» qui la composent développent des
activités : i) de recherche sur les vecteurs des maladies d’intérêt médical et vétérinaire au Sénégal et en
Afrique notamment sur la transmission vectorielle du paludisme et l’écologie des vecteurs d’arbovirus
principalement les virus de la fièvre jaune, de la dengue 2, de la fièvre de la vallée du Rift et autres
arbovirus ayant un intérêt médico-vétérinaire réel ou potentiel. ii) de service et de santé publique en
appuyant les autorités sanitaires du Sénégal et des pays de la sous-région, en partenariat avec les
organismes internationaux, dans l’investigation et le contrôle des épidémies iii) et de formation par
l’organisation ou la participation à des enseignements, l’accueil d’étudiants ou de stagiaires.
En 2013, le personnel de l’unité était composé de : 3 scientifiques, un agent technique de laboratoire,
2 manœuvres en charge respectivement de l’animalerie et de l’entretien des locaux, 7 doctorants, 1
post-doctorant et 2 masters.
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1.1. Écologie des arbovirus transmis par les moustiques
1.1.1. « Quantifying Weather and Climate Impacts on Health in Developing Countries » : cas de
la Fièvre de la Vallée du Rift (FVR)
Investigateur Principal : Dr Mawlouth Diallo
Collaborations : Talla C, Ndiaye E, Ba Y, Dia I (UEM-IPD), Morse A, Caminade C (University of
Liverpool), Ndione JA (Centre de Suivi Ecologique), Kebe CMF (Ecole Supérieure Polytechnique),
Deme A (Ecole Supérieure Polytechnique), Gaye AT (Ecole Supérieure Polytechnique).
Ce travail s’inscrit dans le volet santé-environnement des thématiques de l’UEM pour une meilleure
connaissance de l’impact des changements climatiques sur les maladies à transmission vectorielle. Son
objectif principal est de mettre en place des méthodes ou modèles permettant de quantifier les impacts
du climat sur la santé dans les pays en voie de développement. Il porte au Sénégal sur deux maladies
majeures à transmission vectorielle à savoir le paludisme et la fièvre de la vallée du Rift (FVR). Pour
la FVR, même si des approches de modélisation prometteuses ont été proposées en Afrique de l'Est
(où des systèmes de prédiction des épidémies sont disponibles 5 mois à l’avance), leur application à
l'Afrique de l'Ouest reste à ce jour peu satisfaisant, car les données disponibles sont rares et la
dynamique d'émergence semble être différente. Par ailleurs, les rares modèles développés en Afrique
de l’Ouest sont exclusivement limités à l’analyse de la pluviométrie et n’intègrent pas la dimension
spatiale.
En utilisant des données provenant de 80 sites appartenant à différents types écologiques (mares
temporaires, sols nus, savane arbustive, savane arborée, steppes et villages) et des paramètres
climatiques (température, humidité, pluviométrie), un modèle bayésien spatio-temporel a été
développé pour une prédiction dans le temps et dans l’espace des zones à risque. L’année 2013 a
essentiellement été mise à contribution pour la finalisation des activités de laboratoire, l’analyse et
l’interprétation des données obtenues.
Plus précisément, l’impact des facteurs climatiques et environnementaux sur la probabilité
d’apparition de hot spots de densités d’Aedes vexans et de Culex poicilipes, les deux principaux
vecteurs de FVR en Afrique de l’Ouest a été étudié. Des modèles linéaires généralisés mixtes ont été
utilisés tenant en compte l’autocorrélation spatiale afin de pallier le défaut de seuil pour les zones de
fortes densités de moustiques identifiées par ces modèles. La détection des hot spots a été faite grâce à
la statistique de Getis-ord Gi* (d). Pour Culex poicilipes la diminution de la température minimale
favoriseraient l’occurrence de hot spotsalors que pour Aedes vexans, l’occurrence de ces hot spots est
corrélée négativement avec l’humidité relative, la température maximale et la température minimale.
Pour les deux vecteurs, la proximité aux points d’eau augmenterait le risque de se situer dans une zone
de hot spots. Ces résultats peuvent constituer un outil supplémentaire dans l’élaboration et
l’amélioration d’un système de surveillance et de contrôle. Ils peuvent aussi aider à réduire le contact
entre hôtes et les principaux vecteurs de la FVR.
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1.1.2. CHANgements environnementaux, CIrculation de biens et de personnes : de l’invasion de
réservoirs à l’apparition d’anthropozoonoses. Le cas du RAt noir dans l’espace sénégalomalien (CHANCIRA).
Investigateur Principal : Dr Mawlouth DIALLO
Collaborations : Faye O, Faye O, Sall AA (UAVFH-IPD), Ba Y, Gaye A (UEM-IPD)
Handschumacher P, UMR 912 SESSTIM INSERM - IRD - U2, Faculté de géographie UdS,
Duplantier JM, Granjon L, CBGP, UMR SE4S, (IRD, CNRS, INRA, Université Strasbourg) de
l’IRD ; PRODIG (Unité mixte CNRS, IRD)
L’objectif global de ce projet vise à comprendre comment les modifications qui affectent les pays de la
bande soudano-sahélienne interagissent pour créer des conditions propices à la diffusion du rat noir
(Rattus rattus), réservoir redouté d’anthropozoonoses car proche de l’homme, et au passage des
pathogènes à l’homme dans des conditions spécifiques de transmission. Le projet s’appuie sur une
approche temporelle, spatiale, dynamique et systémique ainsi que sur plusieurs disciplines (géographie
de la santé, des transports, aménagement, climatologie, rodontologie, entomologie médicale,
virologie).
L’IPD intervient spécifiquement sur les deux derniers volets (entomologie médicale et virologie).
L’objectif spécifique du volet entomologie est de rechercher dans les zones anciennement colonisées
ainsi que celles d’extension récentes du rat noir, les vecteurs potentiels des arbovirus et leur
implication dans la transmission entre rat noir et l’homme.
Ce projet a été mis en place en 2012 avec la sélection des sites d’études et la collecte de vecteurs
(moustiques et phlébotomes) dans 7 villages de la région de Tambacounda, 2 villages de la région de
Kédougou et les 6 quartiers de la ville de Kédougou. En 2013, l’échantillonnage des vecteurs a été
reconduit sur ces mêmes sites. Il a en plus été étendu à 9 villages dont 2 sur l’axe TambacoundaKidira, 3 sur l’axe Tambacounda-Kédougou (zone jouxtant le parc), et 4 sur l’axe TambacoundaKolda. Dans chaque site, au moins dix concessions ont été prospectées suivant toujours un transect
incluant les concessions situées à la périphérie, en milieu intermédiaire et central. L’échantillonnage
des vecteurs a été fait à l’aide de pièges lumineux de type CDC avec CO2, de captures sur homme et
de papiers huilés pour le cas des phlébotomes. Pour l’étude sélective des moustiques et phlébotomes,
un piège à appât rat a été mis au point et testé.
Au total, 10795 moustiques appartenant 58 espèces (dont 65 gorgés), 4645 phlébotomes et 73
ceratopogonides ont été collectés et constitués en 2903 lots monospécifiques. La prédominance et
l’agressivité des vecteurs a varié selon le site. L’étude de la dynamique des vecteurs a révélé un relais
entre les phlébotomes plus abondants en début de saison et les moustiques en fin de saison. Parmi les
espèces de phlébotomes présentant un intérêt dans la transmission des pathogènes humains dans l’aire
de répartition du rat noir, Sergentomyia dubia et S. schwetzi ont été les espèces les plus abondantes.
L’identification des repas de sang a révélé l’association des moustiques (Culex. quinquefasciatus,
Aedes minutes, et Anopheles rufipes) ainsi que des phlébotomes (Sergentomyia dubia et S. schwetzi)
avec plusieurs hôtes dont l’homme, le rat, le poulet et le bœuf.
Ainsi, le passage des pathogènes du rat aux populations humaines pourrait se faire facilement à travers
les vecteurs si ces derniers sont infectés.
Les tests virologiques réalisés sur une partie des échantillons collectés ont permis l’isolement d’une
souche du virus West Nile associée au virus Ndumu.
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1.1.3. Vector competence of European and African mosquitoes to Rift Valley fever
virus « RiftVectors»
Investigateur principal : Dr Mawlouth DIALLO
Collaborations : Ba Y, Ndiaye E, Diallo D (UEM-IPD) ; Sall AA, Faye O, Drame GF (UAVFHIPD) ; Failloux AB, Laboratoire Arbovirus et Insectes Vecteurs, Institut Pasteur à Paris Université,
Kohl A, Edinburgh, Scotland UK, Department of Zoology University of Oxford, UK.
Les objectifs de ce projet sont i) de réaliser une étude comparative de la compétence vectorielle de
moustiques cosmopolites comme Ae. vexans et Cx. pipiens d’origine africaine et européenne vis-à-vis
du virus de la fièvre de la vallée du Rift (VFVR), ii) d’identifier les facteurs immunitaires qui
influencent la capacité des vecteurs à s’infecter et à transmettre (réponse immune (RNAi) et iii)
d’étudier le rôle des bactéries symbiotiques modulant la réplication du virus de la FVR chez les
moustiques. Nous avions spécifiquement comme tâche spécifique de tester la compétence vectorielle
des moustiques ouest africains (Ae. vexans, Cx. quinquefasciatus, Cx. poicilipes entre autres),
d’évaluer leur potentiel rôle de réservoir de la FVR et d’étudier l'impact des facteurs
environnementaux sur le processus de maintien et d’émergence du virus.
Ae. vexans et Cx. poilicipes ont été choisis pour avoir régulièrement été trouvé infectés par la FVR en
Afrique de l'Ouest. Leur abondance, et interaction étroite avec les hôtes vertébrés ainsi que le caractère
cosmopolite (chez Ae. vexans), soulignent le rôle important que ces espèces pourraient jouer dans la
transmission de la FVR. Concernant Cx. quinquefasciatus sa proximité avec Cx. pipiens pipiens
(responsables de flambées de FVR en Égypte et dans la péninsule arabique), sa large répartition
géographique dans la région tropicale, son abondance et sa présence toute l'année en font un bon
candidat à la transmission de la FVR en milieu urbain. Concernant les virus, 3 souches du virus FVR
d’origine humaine, animale et de moustiques et appartenant du point de vue phylogéntique aux lignées
Ouest et Est africaine ont été utilisées. Les moustiques femelles ont été infectés artificiellement puis
admis à saliver dans des tubes capillaires contenant du milieu de culture après 5, 10, 15 et 20 jours
d’incubation extrinsèque. Le virus a été recherché sur les pattes/ailes, les et salive des moustiques RTPCR à temps réelle.
Les taux d’infection, de dissémination et de transmission ont été calculés et comparés entre les
espèces, temps d’incubation et souches de virus utilisés.
Au total 420 Ae. vexans, 563 Cx. quinquefasciatus et 380 Cx. poicilipes ont été testés pour leur
capacité à s’infecter, disséminer et transmettre 3 souches du virus de la FVR après des temps
d’incubation de 5, 10, 15, 20 jours. Les résultats ont révélé que l’ensemble de ces espèces s’infectent
et disséminent toutes les souches de virus mais que seule la lignée d’Afrique de l’Est est transmise.
Même si toutes les espèces sont sensibles aux différentes souches virales, les Culex sont moins
sensibles à l'infection au virus FVR comparé aux Aedes. La souche "animale" a été moins infectieuse
que les souches d’origine humaine ou d’arthropode. Seule la souche humaine (lignée Afrique de l’est)
a été transmise. Les variations observées ne semblent pas dues aux titres viraux puis qu’aucune
corrélation significative n'a été observée entre les titres viraux et les taux d’infection obtenus. Par
conséquent la variabilité génétique (à prouver) des souches virales pourrait expliquer ces différences
de taux d’infection de dissémination et surtout de transmission.
Ces résultats montrent ainsi la capacité de ces espèces de moustiques à s’infecter disséminer mais
également à transmettre le virus de la FVR.
L’étude de la transmission verticale chez les Aedes et de l’impact de l'infection sur la longévité de Cx.
quinquefasciatus est en cours. Chez Cx. poicilipes, l’étude de l’impact de l'infection sur la longévité
sera réalisée au cours de la prochaine saison des pluies.
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1.1.4. Étude pilote sur le rôle de la salive de moustique dans la transmission du virus de la Fièvre
de la Vallée du Rift (ACIP-Salive)
Investigateur Principal : Dr Amadou A SALL
Collaborations : Diallo M, Ba Y, Ndiaye E, (UEM-IPD) ; Faye O, Drame FG, Faye O (UAVFHIPD); Valerie Choumet, Unité Interactions moléculaires Flavivirus-Hôtes, Institut Pasteur à Paris,
Batthyany C, Duran R, Institut Pasteur de Montevideo, Uruguay.
L’objectif global de ce projet est d’analyser le rôle de la salive des moustiques vecteurs connus du
virus de la FVR au Sénégal dans la modulation de la transmission aux vertébrés. Cet objectif s’appuie
sur les résultats obtenus indiquant des propriétés immunomodulateurs de la salive d’Ae. aegypti et
d’Ae. vexans. Notre tâche spécifique est de fournir les extraits de glandes salivaires de moustiques
infectés et non infectés pour l’estimation de la modulation des protéines salivaires des moustiques en
présence du virus de la FVR.
Des extraits de 300 glandes salivaires d’Ae. vexans et 100 glandes salivaires d’An. gambiae (témoin)
non infectés ont été obtenus et fournis aux équipes de l’IPP et de l’IP Montvidéo. De même des
extraits de 200 glandes salivaires non infectées et de 100 glandes salivaires de moustiques infectées
d’Ae. vexans ont été préparés et remis à l’équipe de l’UAVFH de l’IPD. En 2013, plusieurs missions
de terrain ont également été effectuées pour la collecte de Cx. poicilipes. Pour cette espèce, des extraits
de 300 glandes salivaires ont été recueillis pour le compte de l’IPD, l’IP Montvideo et l’IPP.
L’infection et la dissection de 754 femelles de Cx. poicilipes ont permis de collecter respectivement
dans du PBS 1x, et un tampon spécifique, 78 et 50 extraits de glandes salivaires de spécimens infectés
de l’espèce.
1.1.5. Epidémiologie des virus USUTU et WN : aspects moléculaires et caractérisation des
systèmes immunitaires
Principal Investigateur à l’IPD : Dr Diawo Diallo (UEM)
Partenaire à l’IPD : Diallo D, Diallo M, Dia I, Ba Y (UEM) et Sall AA (UAVFH)
Collaborations : Scagnolari C, Caputo B (Institut Pasteur- Fondation Cenci-Bolognetti) et Ceianu C.
(Institut Cantacuzène)
Les virus Usutu (VUSU) et West Nile (VWN) (Flaviviridae : Flavivirus) sont des arbovirus transmis
principalement dans un cycle impliquant les oiseaux et des moustiques du genre Culex. Le VUSU a
été isolé de plusieurs espèces de moustiques et oiseaux en Afrique et plus récemment dans plusieurs
pays Européens. Le virus n’a été détecté que très rarement chez l’homme aussi bien en Afrique qu’en
Europe. Contrairement au VUSU, le VWN présente un spectre d’hôtes plus large. En effet, il infecte
en plus des oiseaux, d’autres mammifères. L’homme est beaucoup plus touché par ce virus qui a été
responsable de plusieurs flambées dans le monde. Malgré le risque que pose ces virus pour la faune et
la santé publique en Afrique et en Europe, de nombreuses inconnues persistent quand aux vecteurs
(composition spécifique, distribution spatiale, taux d’infection, etc.), aux spectres d’hôtes, aux cycles
de transmission et á l’épidémiologie. Au Sénégal, les données disponibles sur les vecteurs du VWN et
USUTU proviennent d’isolements occasionnels dans le cadre de projets portant sur l’investigation
d’autres arbovirus comme la FVR, mais à ce jour, peu de données existent concernant l’écologie de
ces vecteurs.
L’objectif principal de ce projet est d’étudier la transmission vectorielle des VUSU et VWN.
Spécifiquement, nous avons évalué l’efficacité des différentes méthodes de collecte des vecteurs et
collecté des moustiques pour des tentatives d’isolement virologique mais également des femelles
gorgées pour investiguer le comportement trophique des vecteurs.
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Les études ont été menées à Kédougou, Barkedji, Djoudj situés respectivement au sud-est, au centre
et au nord-ouest du Sénégal de septembre à décembre 2013. Les collectes ont été effectuées á l'aide de
pièges lumineux de type CDC+CO2, de 2 pièges á appât poulet et 2 pièges á appât pigeon. Pour
chaque nuit de collecte, 2 pièges CDC+CO2, 1 piège á appât poulet et 1 piège á appât pigeon ont été
placés au bord de mares temporaires simultanément dans la canopée et au niveau du sol.
Des spécimens de moustiques gorgés ont été collectés par les pièges décrits ci-dessus, et à l’aide d’un
aspirateur électrique de type back au niveau des lieux de repos naturel à l'intérieur et à l'extérieur des
habitations.
Au total, 14553 spécimens (1065 lots), constitués de 93,9% de femelles, appartenant à 38 espèces ont
été collectés. Mansonia uniformis était l'espèce la plus abondante (n = 6177 ; 45,3 %), suivis par Culex
poicilipes (n = 2 692 ; 19,7 %), Culex tritaeniorhynchus (n = 1096 ; 8.0 %), Culex neavei (n = 900 ;
6,6 %), Culex perfuscus (n = 752 ; 5,5 %), Culex antennatus (n = 719 ; 5,3%) et Mansonia africana (n
= 280 ; 2,0 %). L'abondance relative et la densité de ces vecteurs a varié selon le type de piège et le
site de collecte considéré. Les tentatives d’isolement virologique sont en cours.
À Djoudj, nous avons collecté 300 femelles gorgées, appartenant á 9 espèces et 4 genres (Anopheles,
Culex, Mansonia et Uranotaenia). Culex tritaeniorhynchus était l'espèce la plus abondante (n = 134 ;
44,7%), suivis par Culex poicilipes (n = 70 ; 23,3%), Mansonia uniformis (n = 50 ; 16,7%), Mansonia
africana (n = 23 ; 7,7%) et Culex antennatus (n = 10; 3,3%). À Kédougou, 110 femelles gorgées ont
été recueillies comprenant 13 espèces appartenant à 6 genres (Aedes, Anopheles, Culex, Mansonia,
Mimomyia et Uranotaenia). Mansonia uniformis était l'espèce la plus abondante (n = 51 ; 46,4 %),
suivis par Cx. antennatus (n = 15 ; 13,6%) et Cx. poicilipes (n = 13 ; 11,8 %). L’identification
moléculaire des repas de sang est en cours.
1.1.6. Titre du projet : European West Nile collaborative research project
Principal Investigateur à l’IPD : Amadou Alpha Sall (UAVFH)
Partenaires à l’IPD : Faye O, Drame G, Sall AA (UAVFH-IPD), Diallo M, Ba Y (UEM-IPD)
L’UEM intervient dans ce projet dans le WP5 «vecteurs-host-transmission» dont l’objectif principal
est d'améliorer les connaissances sur le cycle naturel du virus WN, la biologie des vecteurs et des
hôtes, et d'obtenir des données utiles pour le contrôle biologique. Plus spécifiquement l’UEM a
comme tâche : i) de décrire les sites choisis pour l’échantillonnage (localisation, paysage, l'humidité,
la température, la densité / abondance des oiseaux), ii) et d’étudier la bio- écologie et les préférences
trophiques de chacune des espèces autochtones dans les sites sélectionnés.
En 2013, les activités de ce projet ont été menées en synergie avec celles de l’ACIP sus mentionné sur
«l’épidémiologie des virus USUTU et WN » avec lequel il partage le site du parc national du Djoudj
(site de nidification des oiseaux migrateurs en provenance de l’Europe).
1.2. Transmission vectorielle du paludisme
1.2.1. « Quantifying Weather and Climate Impacts on Health in Developing Countries » : cas du
paludisme
Investigateur principal : Dr Ibrahima DIA
Collaborations : Ngom M, Ba Y, Talla C, Diallo M, (UEM-IPD), Morse A. (University of Liverpool),
Ndione J. A. (Centre de Suivi Ecologique), Kebe C. M. F. (Ecole Supérieure Polytechnique), Deme A.
(Ecole Supérieure Polytechnique), Gaye A. T. (Ecole Supérieure Polytechnique).
Ce travail débuté depuis 2010, s’est achevé au cours de l’année 2013. Les principales activités
conduites concernaient une poursuite des échantillonnages de terrain (dans six villages appartenant à 4
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types d’occupation des sols dans la zone sylvopastorale du Ferlo) et des analyses au laboratoire (tests
de sensibilité aux insecticides et étude de la dynamique des pontes au cours d’un cycle gonotrophique)
et une analyse des résultats produits. Pour rappel, l’objectif général de ce projet était d’étudier en zone
sahélienne du Sénégal, les impacts des conditions météorologiques et du climat sur les maladies à
transmission vectorielle en particulier le paludisme. Les résultats obtenus avaient permis de mettre en
évidence que même situés dans une aire de répartition restreinte à de courtes distances, de fortes
variations non supposées pouvaient exister entre villages situés dans différents types d’occupation de
sol.
Les résultats obtenus montrent que les femelles commencent leur activité de ponte deux jours après un
repas sanguin et pondent tous les deux jours soit quatre et six jours post-gorgement. Aucune activité
de ponte n’est ensuite observée. Le nombre moyen d’œufs pondus diminuent de façon graduelle entre
le second jour, le quatrième jour et sixième jour après le repas sanguin. Cependant, le nombre moyen
d’œufs pondus a été similaire entre les 4e et 6e jour après le repas sanguin mais a été significativement
différent par rapport au 6e jour.
Les tests de sensibilité aux insecticides ont été réalisés sur des femelles âgées entre 2-5 jours
provenant de stades aquatiques collectés dans la zone selon le protocole standard de l’OMS. Parmi
les 5 insecticides testés, une résistance au DDT et aux pyréthrinoïdes (deltaméthrine et
lambdacyhalothrine) a été observée. Cependant, les populations ont été sensibles au Bendiocarb et au
Fénitrothion. Les tests moléculaires sont en cours pour rechercher le gène kdr responsable de la
résistance aux pyréthrinoïdes.
Ces résultats montrent ainsi que contrairement à ce qui est habituellement avancé, plusieurs pontes
sont possibles au cours d’un même cycle gonotrophique. Cette stratégie permet ainsi aux femelles de
préserver leurs descendances contre d’éventuels prédateurs. Ces observations méritent cependant
d’être confirmées et approfondies, ce qui permettrait de revoir et réviser les modèles épidémiologiques
basés sur un cycle avec une seule ponte. Des expériences supplémentaires sont en cours pour étudier la
disponibilité des gîtes et surtout la durée d’éclosion des œufs et le développement des stades larvaires
en fonction de la température.
Compte tenu du rôle vectoriel prouvé dans la zone d’étude, les résistances observées peuvent
compromettre les opérations de contrôle dans la zone (utilisation de moustiquaires imprégnées de
pyréthrinoïdes) mais également les objectifs de pré-élimination. Cependant, la sensibilité complète aux
carbamates (bendiocarb) et organophosphates (Fenitrothion) peut être une bonne alternative pour la
gestion de la résistance observée aux pyréthrinoïdes notamment dans le cadre d’aspersions
intradomiciliaires.
1.2.2. Titre du projet : Research Capacity for the Implementation of genetic control of
mosquitoes
Collaborations : Crisanti A. (Imperial College, Londres), Diallo M, Niang E (UEM-IPD)
Ce projet débuté depuis 2010 s’est poursuivi au cours de l’année 2013. Pour rappel, les résultats
obtenus au cours des années précédentes confirmaient les résultats obtenus dans d’autres contextes
africains avec un isolement reproductif partiel entre les formes moléculaires M et S d’An. gambiae.
Cependant, l’excès d’hétérozygotes observé dans certains sites, suggérait que dans l’extrême limite
ouest de distribution de ces formes, il existe quelques sites où la différenciation génétique est
minimale. Les formes M et S pouvaient ainsi être confondues respectivement aux nouvelles espèces
récemment décrites à savoir An. coluzzii et An. gambiae.
C’est ainsi qu’au cours de l’année 2013, nous avons conduit une étude de biologie comparative de ces
espèces dans 4 villages de sympatrie situés au sud-est du Sénégal. Les résultats obtenus mettent en
78 sur 137
évidence une prédominance d’An. gambiae dans 3 des 4 sites. Par ailleurs, An. gambiae présente des
densités plus élevées par rapport à An. coluzzii et est significativement plus représenté dans les
collectes sur sujets humains que dans celles au repos dans les habitations humaines (OR=1,85, IC
95%=1,29-2,64, p=0,003). Cependant les taux de parturité, d’infection et d’anthropophilie ont été
similaires entre les deux espèces (OR=0,95, IC 95%=0,60-1,50, p=0,42 ; OR=0,79, IC 95%=0,351,76, p=0,28 ; OR=0,53, IC 95%=0,13-2,14, p=0,19 respectivement). Les deux espèces ont été
impliquées dans la transmission, An. gambiae assurant 83% de la transmission du fait de ses fortes
densités observées.
Du fait de l’implication des deux espèces dans la transmission, nous avons poursuivi ce travail par des
études de sensibilité aux insecticides communément utilisés mais également la prévalence du gène kdr
responsable de la résistance croisée au DDT et aux pyréthrinoïdes. Les résultats montrent une
résistance au DDT et aux pyréthrinoides (deltaméthrine, perméthrine et lambdacyhalothrine) mais une
susceptibilité complète aux carbamates (bendiocarb) et aux organophosphates (malathion). Les
fréquences du gène kdr chez les deux espèces ont été estimées à 22,6% et 31,5% respectivement chez
An. coluzzii et An. gambiae (p=0,07).
Ces résultats montrent ainsi une meilleure implication d’An. gambiae dans la transmission.
Cependant, si les populations d’An. coluzzii parvenaient à trouver des conditions optimales permettant
de produire de fortes densités agressives, elle pourrait compliquer la situation du paludisme dans la
zone. Bien qu’ayant montré une sensibilité/résistance comparable ainsi qu’un statut similaire par
rapport au gène Kdr pour les deux espèces récemment décrites, les résultats de cette étude sont d’une
importance capitale pour les programmes de lutte actuels et futurs. En effet, ils suggèrent un
monitoring plus poussé de la sensibilité des vecteurs vis-à-vis des pyréthrinoïdes, De plus, cette étude
aura permis de disposer d’une alternative quant à une éventuelle gestion de la résistance aux
pyréthrinoides par l’utilisation d’insecticides de la classe des organochlorés et/ou carbamates ayant des
mécanismes d’action différente et vis-à-vis desquels la majorité des populations des trois espèces ont
présenté une bonne sensibilité.
1.2.3. Titre du projet : Détermination des paramètres paludométriques et des caractéristiques
immunologiques et biologiques chez les enfants de l’arrondissement de Toubacouta,
District de Sokone, Sénégal
Investigateur principal : Dr Aissatou Toure
Collaborations : Tall A. (Unité d’épidémiologie), Touré A. (Unité d’immunologie)
Ce travail a été initié en 2010 en prélude à la préparation et la caractérisation de sites d’essais cliniques
dans le cadre du partenariat EDCTP (European & Developing Countries Clinical Trials Partnership).
L’objectif du volet entomologie était de fournir des données sur le niveau et la saisonnalité de la
transmission du paludisme, lesquels peuvent influencer le calendrier des essais. En 2011, une étude
longitudinale de la transmission avait été effectuée dans trois villages (parmi les 11 villages
sélectionnés pour les essais) et avait montré des variations de niveau de transmission liées à des
différences micro-géographiques entre les villages étudiés. Ces résultats avaient également montré que
l’essentiel de la transmission se faisait en septembre. C’est ainsi qu’un échantillonnage exhaustif a été
effectué en septembre 2012 en utilisant la méthode de collecte au repos dans les habitations humaines
afin d’étudier les variations spatiales des niveaux de la transmission dans l’ensemble des 11 villages
retenus dans la zone.
Les résultats obtenus dans ces 11 villages montrent que parmi les trois espèces (An. funestus, An.
arabiensis et An. coluzzii) présentes dans la zone, An. arabiensis et An. coluzzii ont été les espèces
79 sur 137
dominantes respectivement dans 9 et 2 des 11 villages. Une variabilité spatiale des préférences
trophiques a été observée avec des proportions de repas pris sur homme relativement plus élevées dans
la partie nord-ouest de la zone d’étude caractérisée par des activités agricoles en comparaison à la
partie sud-est (activités principalement dominées par l’élevage) où les proportions de repas pris sur
bœuf et cheval ont été plus élevées. Les taux d’anthropophilie estimés ont été significativement
différents entre les 11 villages. Les taux d’agressivité estimés variaient entre 0,82 et 1,70 piqûres par
homme par nuit. Bien que relativement comparables entre certains villages, ils ont été très faibles dans
d’autres. La transmission n’a été perceptible que dans deux villages avec respectivement 1,08 et 2,22
piqûres infectées par homme par nuit. Cette étude a ainsi permis de démontrer l’effectivité de la
transmission mais également ses faibles niveaux dans les villages où elle s’effectue. Pour une
meilleure estimation, il serait nécessaire de conduire une étude longitudinale en utilisant la méthode de
capture sur sujet humain afin de disposer d’échantillons appropriés pour mieux évaluer l’agressivité
des anophèles mais aussi estimer les niveaux la transmission. Ceci permettrait de disposer de données
précises pouvant guider la mise en place des essais cliniques prévus dans cette zone.
2.1. Évaluation entomologique des aspersions intradomiciliaires dans les districts
sanitaires de Richard Toll, Nioro du Rip, Vélingara, Koumpentoum, Malem
Hodar, Guinguinéo, Kaffrine et Kolda
Collaborations : Pr Faye O., Dr Konaté L. (UCAD), Dr Ba M. (PNLP), Dr Dotson E. (CDC Atlanta)
Comme au cours des années précédentes, l’UEM a été impliquée dans le President’s Malaria Initiative
(PMI) dont bénéficie le Sénégal pour inclure les aspersions intradomiciliaires d’insecticides (AID)
dans la gamme des outils de lutte contre le paludisme. Trois districts sanitaires avaient été retenus pour
la phase pilote qui a débuté depuis 2007 (Richard Toll, Nioro et Vélingara). Du fait des résultats
satisfaisants obtenus notamment à Richard Toll et Nioro, trois nouveaux districts avaient été inclus à
partir de 2010 (Malem Hodar, Koumpentoum et Guinguinéo) puis deux nouveaux districts en 2012
(Kolda et Kaffrine).
Au cours de l’année 2013, les activités conduites concernaient l’identification des espèces et formes
moléculaires du complexe An. gambiae ainsi que la recherche du gène kdr dans le district de Vélingara
où les résultats obtenus des opérations de contrôle n’étaient pas satisfaisants. Des activités de terrain
ont été également conduites (entre octobre et novembre 2013) dans les districts nord du Sénégal dans
le cadre de l’étude de l’efficacité résiduelle des moustiquaires imprégnées à longue durée d’action
(MILDA). Les districts sélectionnés étaient : Matam, Bakel, Podor, Linguère, Ranérou.
Les résultats obtenus montrent dans le district de Vélingara une prédominance d’An. arabiensis dans
les trois villages sélectionnés quelque soit le mois après traitement avec des fréquences plus élevées
vers la fin du suivi. An. coluzzii a été prédominant dans les premiers mois après traitement (1e et 2e
mois) alors que An. gambiae était plus fréquent durant les trois mois suivant. Ainsi, à l’image de ce
qui a été observé dans d’autres contextes africains An. arabiensis semble être ainsi adapté aux
traitements insecticides.
Les résultats de terrain ont montré une prédominance d’An. gambiae quelque soit le district considéré.
An. pharoensis a présenté une distribution focalisée puisqu’il n’a été collecté que dans les districts
situés le long du fleuve Sénégal (Matam, Bakel, Podor et Kanel) contrairement aux districts du centre
où seul An. gambiae a été collecté. Les densités agressives les plus élevées ont été observées dans les
80 sur 137
districts situés dans l’extrême ouest (Bakel et Kanel) et les plus faibles dans les districts du centre
(Linguère et Ranérou). Ainsi, malgré la présence des moustiquaires imprégnées, il existe encore une
exposition résiduelle des populations aux piqûres des vecteurs. Cette exposition est cependant
hétérogène entre les différents sites. Une étude longitudinale pourrait ainsi permettre de mieux cerner
ces variations et évaluer de façon plus précise la transmission pour mieux orienter les opérations et les
stratégies de contrôle dans cette zone.
2.2. Investigation d’une épidémie de fièvre jaune en Ethiopie, juillet 2013.
Depuis la première épidémie de 1960, aucune autre flambée n’a été signalée en Ethiopie. Mais en
décembre 2012, l’Ethiopie a fait face à une épidémie de FJ qui a affecté plusieurs localités de la zone
de South Ari. Suite à la déclaration de l’épidémie, le ministére de la santé d’Ethiopie, en collaboration
avec l’OMS et l’IPD a initié une investigation entomologique pour évaluer le risque épidémique dans
les zones affectées et proposer des actions de contrôle appropriées.
Les investigations entomologiques ont été faites dans 7 localiés où des cas de Fièvre jaune ont été
notifiés (Arkisha, Tenadan, Ay Kamer, Geza, Key Afer et Salamago). L’habitation de chaque cas et
son voisinage ont été prospectés : le nombre d’unités d’habitations et les gîtes larvaires sont
répertoriés, les culicidés immatures récoltés. Ces renseignements permettent le calcul des indices de
risque connus comme l’Indice Maisons, l’Indice de Breteau et l’Indice Récipients. Les moustiques
adultes ont été échantillonnés par aspiration de la faune au repos à l’intérieur et à l’extérieur des
habitations mais aussi dans la végétation de l’environnement péri domestique. Des pulvérisations
d’insecticides ont été effectuées pour la collecte des moustiques au repos à l’intérieur des habitations.
Les échantillons provenant de chaque collecte ont été mis en lot de 1 à 25 individus qui ont été broyés
puis testés par PCR en temps réel et sur culture cellulaire en vue de rechercher le virus de la FJ.
Au total, 87 habitations et 67 récipients de stockage d’eau ont été examinés. Les gîtes artificiels,
constitués essentiellement de jéricanes en plastique servant d’eau de boisson pour les populations,
étaient généralement à l’extérieur et exempts de larves de moustiques. Les gîtes naturels constitués
pour l’essentiel par les plantes engainantes (Faux bananiers et taros) ont été les principaux gîtes
trouvés positifs en larves de moustiques. Les indices stégomiens ont été supérieurs au seuil de risque à
Key Afer, à Ay Kamer et à Arkkisha. Aedes aegypti, Ae bromeliae et Ae africanus ont été les trois
vecteurs collectés à l’état adulte.
2.3. Investigation d’une épidémie de Dengue en Ethiopie, décembre 2013
À la suite de la confirmation de cas de dengue en Ethiopie, à Dire Dawa en Août-Septembre 2013, les
autorités du pays avaient sollicité une assistance internationale. C’est ainsi que l’UEM a été sollicitée
par l’OMS pour conduire et coordonner une mission d’investigation entomologique avec les objectifs
d’identifier les vecteurs, d’estimer leur densité et les indices de risques épidémiques et formuler des
recommandations sur les meilleures approches stratégiques de contrôle anti- vectoriel. Compte tenu du
grand nombre de cas enregistrés (> 9000), l'investigation entomologique a été limitée aux
communautés où des cas confirmés en laboratoire avec des tests (IgM ou PCR) ont été enregistrés
notamment les Kebeles 9, 8, 2, 3.
Les résultats obtenus ont montré, malgré une saison sèche bien installée, des indices de Bretau [19.327] et récipient [8.1-25.2] largement au-dessus du seuil de risque épidémique indiquant une
transmission continue. Ae. aegypti a été l’unique vecteur de la dengue parmi les espèces de
moustiques répertoriées. Ces résultats ont guidé les recommandations faites aux autorités sur les
approches de contrôle les plus adaptées.
81 sur 137
2.4. Investigation de deux épidémies de Fièvre de la vallée du Rift au Sénégal en
novembre 2013
A la suite de la mise en évidence de 2 cas confirmés de fièvre de la vallée du rift (FVR) diagnostiqués
en Novembre 2013 dans les départements de Mbour et Joal, nous avons mené une investigation
entomo-épidémiologique du 26 au 27 Décembre 2013 dans ces localités. Les résultats ont confirmé la
circulation du VFVR dans ces deux départements. La prévalence globale des anticorps récents (IgM)
de la FVR était de 4.08% (8/196) chez l’homme et des anticorps de type IgG de 75% chez les
animaux. Aucune des espèces de moustiques collectées au cours de cette investigation n’est connue
comme vecteur de la FVR dans la sous région. Toutefois, Culex quinquefasciatus qui est un vecteur
compétent de la FVR a été très abondant dans la zone de Mbour et pourrait y être un bon vecteur.
3. Missions scientifiques, ateliers et congrès
Dr Mawlouth Diallo
- réunion annuelle du projet CHANCIRA qui eu lieu à Paris le 18 Février 2013.
- réunion annuelle du projet RiftVectors qui eu lieu à Rome le 19 Mars 2013.
- réunion de bilan du projet QweCI qui a eu lieu à Barcelone 16 au 17 mai 2013 (Ibrahima Dia
et Mr Cheikh Talla).
Dr Ibrahima Dia
- atelier de standardisation des SOPs pour le suivi entomologique des aspersions
intradomiciliaires d’insecticides organisé par le PNLP au Département de Biologie Animale
de l’UCAD du 10 au 12 avril 2013.
- atelier d’évaluation de la campagne des aspersions intradomiciliaires d’insecticides 2012 au
PNLP, le 02 avril 2013.
- réunion de préparation de EDCTP II les 24 et 25 juin 2013, Dakar, Sénégal.
4. Financements des projets en cours en 2013
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«Quantifying Weather and Climate Impacts on Health in Developing Countries (QWeCi)». PI
Dr Mawlouth Diallo. Financement : UE FP7 Call ENV.2009.1.2.1.2. (Juillet 2010 – Août
2013) Montant pour l’UEM-IPD : 285 550 euros.
«Impact des facteurs environnementaux sur la transmission vectorielle du paludisme au
Sénégal». PI : Dr Ibrahima Dia. Financement : Fond d’Impulsion de la Recherche, Ministère
de la Santé du Sénégal (FIRST). (2009 – 2012 ; montant pour l’UEM- IPD : 20.000.000 F
CFA)
Research Capacity for the Implementation of genetic control of mosquitoes (INFRAVEC).
PI : Dr Ibrahima Dia. UE-FP7, Financement : UE- FP7- Call FP7-INFRASTRUCTURES2008-10. Montant pour l’UEM- IPD 100 450 euros.
OMS / USAID : President Malaria Initiative. PI : Dr Ibrahima Dia. Financement :
USAID/OMS, Montant annuel pour l’UEM- IPD : 30 000 dollars (debut 2007 - fin non
précisé).
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«CHANgements environnementaux, CIrculation de biens et de personnes : de l’invasion de
réservoirs à l’apparition d’anthropozoonoses. Le cas du RAt noir dans l’espace sénégalomalien (CHANCIRA)». PI : Dr Mawlouth Diallo. Collaborations : UAVFH –IPD, Unités
mixtes CBGP, UMR SE4S, (IRD, CNRS, INRA, Université Strasbourg) de l’IRD ; PRODIG
(Unité mixte CNRS, IRD) et l’UAVHF-IPD. Financement : ANR (2011 –2014 ; montant
pour l’IPD (UEM&UAVFH) : 96 300 euros).
«Vector competence of European mosquitoes to Rift Valley fever virus». Collaboration :
UAVFH –IPD, Université d’Edinburgh, Scotland UK, Department of Zoology University of
Oxford, UK Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Regioni Lazio e Toscana (IZSRLT),
Roma, Italian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Economic
Development (ENEA) Italy, Institut Pasteur à Paris. Financement : UE - Emida-EraNet
(2012 – 2015 ; montant pour l’IPD (UEM&UAVFH) : 126 000 euros).
Exploring the role of mosquito’s saliva in the transmission of Rift Valley fever (ACIP-Salive)
Collaboration : UAVFH & UEM, Institut Pasteur de Dakar ; Unité Interactions moléculaires
Flavivirus-Hôtes, Institut Pasteur à Paris, Institut Pasteur de Montevideo, Uruguay.
Financement : ACIP (2012 - 2013 ; montant pour l’IPD (UEM-UAVFH) : 16000 euros pour
l’année 2013).
Epidémiologie des virus USUTU et WN : aspects moléculaires et caractérisation des systèmes
immunitaires. Collaboration : Carolina Scagnolari & B. Caputo (Institut Pasteur-Fondation
Cenci-Bolognetti) et C. Ceianu (Institut Cantacuzène). Coordination dans l’unité: Dr Diawo
Diallo. Financement ACIP (2013-2015) montant pour l’UEM : 15840 euros/an.
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Unité de bactériologie expérimentale
Personnel scientifique de l’unité
Responsable scientifique : Amy GASSAMA SOW, chargée de recherche, PharmD, PhD, MCA
Microbiologiste : Dr Aissatou Ahmet Niang
Technicien : Abdoul Aziz wane
Aide Laboratoire : Amadou Moctar Guèye
- Unité d’Epidémiologie: Dr Tall A., Dr Espié E.
- Laboratoire d’Analyses et de Biologie Médicale (LABM) : Dr R. Bercion, Dr A. Seck
- Laboratoire de Sécurité Alimentaire et d’Hygiène de l’Environnement
Niveau National
- Centre de Santé Baye Talla Diop de Pikine : Dr Marème Dia Ndiaye
- Centres de Santé Sicap Mbao, Gaspard Camara, Roi Baudoin, Dispensaire St Martin
Niveau International
- Corée du Sud, Institut International du Vaccin (IVI), Dr Marks, F.
- Suisse, Organisation Mondiale de la Santé (OMS), Dr Aidara Kane, A.
- France, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses Tropicales Emergentes (URMITE),
Pr Raoult
- France, unité de recherche“Biologie cellulaire et moléculaire des micro-organismes”
(EA3175), Pr Marie Cécile Ploy
- Afrique du Sud, National Institut for Communicable Diseases, NICD, Dr Anthony Smith
Introduction
Les activités de l’Unité de Bactériologie Expérimentale se sont poursuivies autour d’axes de recherche
centrés sur la lutte contre les maladies transmissibles par les aliments et infections entériques. Le
Programme de Surveillance de la Fièvre Typhoide / Typhoid Fever Surveillance in Africa Program
(PSFTA/TSAP) démarré en 2011 s’est achevé en Avril 2013.Le projet AGISAR (WHO Advisory
Group on Integrated Surveillance of Antimicrobial Resistance (WHO/AGISAR), axé sur la
surveillance intégrée et l’antibiorésistance des salmonelles d’origine humaine, animal et alimentaire
s’est poursuivi et consolidé en 2013. La caractérisation moléculaire des souches de salmonelles isolées
se poursuivra en 2014.
L’étude des porteurs chroniques de Salmonelles en Afrique/Carriers of Invasive Salmonella in Africa
Survey (EPCSA/CISAS) dans la zone de recrutement du PSFTA (District de Pikine) financé par
l’Institut International du Vaccin (IVI) a pu démarrer en Janvier 2013. La PSFTA ainsi que le EPCSA
sont conjointement menés avec l’équipe d’Epidémiologie des maladies Infectieuses de l’Institut
Pasteur de Dakar. Ces deux programmes sont associés à l'Enquête d'Utilisation des Structures de
Santé/Health-Care Utilization Survey (EUSS/HCUS) afin d'ajuster le dénominateur dans les calculs
d'incidence de cas d’infections à Salmonella spp.
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L’équipe que je dirige est constituée d’un chercheur, d’un technicien de laboratoire ainsi que d’un aide
de laboratoire. Grâce aux financements obtenus, nous avons pu recruter un Microbiologiste pour le
PSFTA et EPCSA. L’équipe est renforcée par trois étudiants en thèse et quatre Master II.
En janvier 2013, le ministère français des Affaires étrangères (MAE) a développé un « Programme
d’Appui à la Recherche en Réseau en Afrique (PARRAF), dont la gestion et la coordination sont
assurées par l’Agence Inter-établissements de Recherche pour le Développement (AIRD). L’enjeu de
ce programme est, d’une part, de favoriser l’émergence de réseaux de recherche autour de projets
fédératifs et régionaux et, d’autre part, de renforcer les capacités de recherche des pays africains les
moins développés. Suite à l’appel à projets 2013, sept projets de réseaux ont été retenus, dont le réseau
d’excellence pour la recherche sur les maladies entériques à potentiel épidémique (REMENTA) dans
cinq pays d’Afrique de l’Ouest (Burkina Faso, Guinée Conakry, Mali, Niger, Sénégal), proposé par
l’Institut Pasteur de Dakar. La coordination du REMENTA est assurée par un comité de coordination
constituée de trois équipes de l’IPD (Bactériologie Expérimentale, Epidémiologie des Maladies
Infectieuses et Virologie médicale).
L’unité de Bactériologie Expérimentale participe à EQAS (External Quality Assurance System), un
programme d'assurance qualité externe lancé par le programme OMS Global Salm-Surv pour aider à
renforcer les capacités des laboratoires participants au sérotypage et à l'étude de la résistance aux
antibiotiques. L’unité est également certifié par le NICD (National Institut for Communicable
Diseases, Afrique du Sud) pour l’Electrophorèse en Champ Pulsé des salmonelles et reçoit tous les ans
des tests de contrôle qualité.
L’unité ne dispose que de deux personnes pour l’encadrement des étudiants (Pr Amy Gassama Sow et
Mr Abdout Aziz Wane au plan technique à cela s’ajoute les activités de service du Pr A. Gassama Sow
au niveau du Laboratoire de Sécurité Alimentaire et d’Hygiène de l’Environnement qui ne consacre
finalement que 45% de son temps à la recherche. Il s’avère donc nécessaire de renforcer l’effectif de
l’Unité.
1.1. Etude du microbiote digestif sénégalais : Détection et caractérisation des pathogènes
entériques
Ce projet a fait l’objet d’une thèse (PhD), préparée en alternance entre l’URMITE du Pr Didier Raoult
et l’Unité de Bactériologie Expérimentale. La première partie du travail a porté sur les étiologies des
diarrhées à Dakar et a permis la publication d’un article à BMCinfectious diseases (Sambe-Ba
Bissoume, Espié Emmanuelle, Faye Mamadou Elimane, Timbiné Lassina Gadi, Sembene Mbacké,
Gassama-Sow Amy. 2013. Community-acquired diarrhea among children and adults in urban setting
in Senegal: clinical, epidemiological and microbiological aspects BMC Infectious Diseases 2013;
13:580-7)
Population d’étude
L’étude a porté sur 301 prélèvements de selles diarrhéiques et 210 selles non diarrhéiques obtenus
d’enfants et d’adultes consultants dans 7 centres de santé à Dakar entre 2009 et 2010. Les analyses
descriptives ont été faites sur les 223 patients diarrhéique : il s’agit de la sous population de patients
venus en consultations externes ou hospitalisés (<48h) et qui n’avaient pas pris d’antibiotique ou
d’antiparasitaire avant l’inclusion. Notre échantillonnage était majoritairement composée d’enfants
(112/223) avaient moins de 5 ans.
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Pathogènes entériques isolés
Dans 19,3% (43/223) des cas, aucun agent pathogène n’a été identifié. Un total de 257 agents
pathogènes entériques potentiels ont été isolés à partir des 180 autres échantillons de selles : 115
(44,7%) étaient des parasites, 87 (33,8%) étaient des bactéries et 54 (21%) étaient des virus. Ces
derniers étaient majoritairement isolés chez les enfants de moins de 5 ans avec une prédominance nette
du rotavirus (voir tableau ci-dessous). Shigella spp et E. coli pathogènes sont les bactéries les plus
souvent isolées (32,2 %, 28 /87); les bactéries pathogènes non répertoriés Citrobacter freundii,
Klebsiella spp, Morganella morganii, Aeromonas spp, Providencia rettgeri, et Enterobacter cloacae
ont également été trouvés (20,7%, 18 /87). Vingt-deux (78,6 %) des 28 souches de Shigella spp
appartenaient à l’espèce flexneri. Vingt -et-un (75%) de 28 souches de E. coli pathogènes étaient
EPEC et EAggEC; ETEC et VTEC ont également été trouvés. 12 souches de Salmonella enterica
appartenant aux sérotypes suivants ont été isolées : Enteritidis (n = 3), Typhimurium (2), Typhi (2),
Hillingdon (1), Poona (1), Putten (1), Nima (1), et Somone (1). Ascaris lumbricoides (38/115, 31,4 %)
a été le parasite le plus souvent identifié, et le rotavirus (50,0 %, 27 /54) le virus entérique le plus
fréquent.
Des co-infections étaient également retrouvées dans 32 échantillons : ces co-infections parasites bactéries (n = 8), des parasites -virus (n = 3), bactéries - virus (n = 5), mais aussi deux virus différents
(n = 14), et les deux bactéries différentes (n = 2). Les agents pathogènes le plus souvent impliqués
dans la co-infection étaient E. coli pathogènes pour les bactéries, Trichomonas intestinalis pour les
parasites et Rotavirus pour les virus. Chez un patient de 22 ans, une co-infection EAggEC - Giardia
Lambia -Calicivirus a été retrouvée.
Etude du microbiote digestif
Cette partie du travail a été réalisée à l’URMITE de Marseille par Bissoum Samb Ba, thésarde dans
l’unité.
Les prélévements de selles étudiées dans la première partie du projet ont fait l'objet de travaux à
Marseille dans le but de connaître la composition du microbiote digestif du type sénégalais. Cette
recherche a été réalisée par la méthode de spectrométrie de masse appelée MALDI-TOF (Matrix
Assisted Laser Desorption Ionisation- Time Of Flight). C’est une technique nouvelle, rapide et fiable
et permettant une bonne identification bactérienne.
Les selles ont été diluées de 10-1 à 10-10 et inoculées sur des milieux gélosés et soumis à des conditions
de température variées. Chaque gélose était observée après 48h ou 7 jours après l'ensemencement.
Toute colonie bien isolée était prélevée et déposée sur deux spots de la cible Microflex MALDI-TOF
(Bruker Daltonik, Wissembourg, France) et recouverte de 2 ml de solution de matrice (solution saturée
d'acide α-cyano-4-hydroxycinnamique dans 50% d'acétonitrile et d'acide trifluoroacétique 2,5%). La
préparation était séchée à l'air libre et à température ambiante pendant 5 minutes. Pour les colonies de
bactéries anaérobies, un bouillon au thioglycolate était utilisé. Le spectromètre de masse MALDI-TOF
analyse le contenu protéique de la colonie bactérienne sous forme de spectres. Le logiciel Biotyper
compare le profil protéique de la colonie obtenu avec les profils de bactéries déjà constitués dans une
base de données (base de Bruker et celle de l'hôpital Timone régulièrement mise à jour à partir des
résultats du diagnostic clinique. Il prend en compte un maximum de 100 pics et de masse comprise
entre 3000 et 15000 Da (Daltons). Le résultat apparaît sur l'écran sous un nom de bactérie. Un score
>1,9 indique une bonne identification du genre et de l'espèce. Un score >1,7 indique une identification
du genre seulement et un score inférieur à 1,7 montre qu'il n'y a aucune identification bactérienne.
Après deux tentatives de dépôt, s'il n'y a pas d'identification par MALDI-TOF, les colonies sont
analysées par séquençage en ciblant l'ARN 16S.
86 sur 137
Globalement, le nombre d'espèces de bactéries dans les selles était significativement plus fréquent
chez les patients sans diarrhée que ceux avec (P = 0,0003) (fig2)
Patients avec
diarrhée
Prevalenc
e (%)
Patients sans
diarrhée
Prevalenc
e (%)
64
.2
84
.9
6
3
83
.2
3
7
53
.5
Clostridium
bifermentans
32
.7
53
.5
Clostridium
perfringens
7.
4
16
.2
Clostridium
orbiscindens
5
16
.2
6.
2
13
.5
Clostridium
symbosium
Enterococcus
casseliflavus
Escherichi
a coli
Enterococcus
faecium
Bacillus
pumilus
11
.7
3.
8
Bacillus
licheniformis
6.
2
Staphylococcus
aureus
6.
2
1.
6
1
Staphyloc epider
occus
midis
4.
9
Staphylococcus
haemolyticus
3
6.
2
13
.5
Finegoldia
magna
2.
5
2.
5
11
.3
Lysinibacillus
fusiformis
Bacillus
mojavensis
2.
5
3.
7
10
.8
Collinsella
aerofaciens
Bacillus
breve
2.
5
Streptococcus
anginosus
2.
5
Propionibcateriu
m acnes
2.
5
0.
5
2.
5
1.
2
1.
2
10
.3
8.
7
5.
9
2.
7
Bacteroides
uniformis
Eggerthella
lenta
Bacteroides
vulgatus
Kurthia
gibsonii
Eubacterium
limosum
Figure 2 : Diversité des bactéries chez les patients diarrhéiques/ non diarrhéiques
Deux nouvelles espèces bactériennes ont été identifiés au Sénégal : Bacillus casamancensis
(N°Genbank AF519462.1) et Clostridium dakarense (N °Genbank KC517358)
Cela confirme le fort potentiel de culturomic permettant d'observer de nouvelles espèces bactériennes
associées à l'homme. 1,2% des isolats non identifiés par MALDI-TOF.
Bissoume Samb-Ba, Catherine Mazenot, Amy Gassama Sow, Grégory Dubourg, Hervé Richet, Perrine Hugon, JeanChristophe Lagier, Didier Raoult, Florence Fenollar. 2013. MALDI-TOF identification of human gut microbiome of people
with and without diarrhea Senegal, Plos One (accepté).
Antibiorésistance des bactéries isolées
Un total de 18 souches de Salmonella enterica sérotypes [Enteritidis ( n = 6), Typhimurium ( n = 3),
Typhi ( n = 2) , Hillingdon ( n = 1), au Chili ( n = 1), Miami ( n = 1), Poona ( n = 1), Somone ( n = 1),
Putten ( n = 1) et Nima ( n = 1) ] et 30 Shigella spp . [ Shigella flexneri ( n = 24), Shigella sonnei ( n =
4), Shigella dysenteriae A2 ( n = 1) et Shigella boydii ( n = 1) ] isolées de 2009 à 2012 ont été
étudiées. L’étude de la sensibilité aux antimicrobiens a révélé que quatre souches de S. Enteritidis et
une souche de S. Hillingdon (27,7% ; 5 /18) étaient résistantes à l'acide nalidixique (CMI > 256 mg /
ml). Une souche de S. Enteritidis résistante à l'acide nalidixique (2 % ; 1/48) était également résistante
aux bêtalactamines. Parmi les 30 souches de Shigella, seulement 1 souche de S. flexneri (2% ; 1/30),
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isolée chez un enfant d'un ans, a montré une multirésistance à l'acide nalidixique (CMI> 256 mg / ml)
et aux bêtalactamines (CMI > 32 mg / ml). Toutes les souches résistantes à l’acide nalidixique ont
montré une sensibilité réduite à la ciprofloxacine (0,94 < CMI< 1,9 mg / ml).
Les gènes qnr censés être portés par intégrons et le gène qep codant pour une pompe d'efflux n’ont pas
été dans cette étude. Le gène aac (6’)-Ib était présent chez la souche de S. flexneri résistante à l'acide
nalidixique et cette souche était également résistante aux bêtalactamines. Les résultats de séquençage
ont montré qu'aucun des communes mutations associées à la résistance aux fluoroquinolones dans les
QRDRs des gènes gyrB, parE et parC n’ont été détectées dans les isolats. Cependant, la souche de S.
flexneri résistante à l'acide nalidixique possédait une mutation dans gyrA à la position 87 (substitution
Asp87/Thr).
B Sambe-Ba, A Seck, LG Timbine, AA Wane, A Gassama-Sow. Emergence of quinolone resistance in Salmonella and
Shigella strains isolated from diarrhoea in Senegal.J Global Antimicrob Resist 2013; 1:231-232
1.2. Programme de Surveillance de la Fièvre Typhoide en Afrique (PSFTA)
Contexte
Les infections mortelles dues à S. Typhi sont souvent attribuées à tort au paludisme à cause de la non
disponibilité en routine du diagnostic bactériologique. Par conséquent, à la suite de manifestations
cliniques non spécifiques de la FT, le diagnostic définitif repose sur l'isolement de S. Typhi du sang,
faisant de l’hémoculture la méthode de diagnostic de référence.Les principaux objectifs de cette étude
sont d’obtenir des données d'incidence comparables de la fièvre typhoïde et des salmonelloses
invasives non typhiques (SNT) en Afrique sub-saharienne grâce à une surveillance standardisée dans
plusieurs pays et d’étudier les facteurs de risque de gravité de la fièvre typhoïde.
Tous les patients fébriles, ou ayant eu des antécédents de fièvre dans les 72 heures précédentes,
indépendamment de l'âge, hospitalisés au Centre de Santé (CS) Baye Talla Diop de Pikine ont été
inclus. A partir d’Avril 2012, quatre postes de santé (PS) appartenant au district de Pikine ont été
inclus dans l’étude en raison d’une faiblesse du recrutement au CS de Pikine : il s’agit des PS de
Degoo, Sant Yalla, Pikine Guinaw rail, Institut de Pédiatrie Sociale.
Afin d'ajuster le dénominateur dans les calculs d'incidence de cas d’infections à Salmonella spp
l'Enquête d'Utilisation des Structures de Santé (EUSS) a été incluse dans le PSFTA. Il s’agit de
déterminer la fréquence d'utilisation des centres de santé et poste de santé concernés par l'étude en
fonction des résidents qui ne fréquentent pas ces structures de santé. Pour obtenir des données ajustées
de chacune des structures de santé participant à l'étude sur l'incidence, des informations fiables
concernant la description de la population du secteur cu CS ou PS sont nécessaires. Le secteur de
chaque structure de santé est la zone géographiquement définie d'où sont originaires les patients
consultant dans cette structure ; il peut être défini en consultant les archives du CS ou PS. Les données
de recensement de la population peuvent aussi être utilisées pour obtenir la classification par tranches
d'âge des habitants de cette zone.
Dans le but d'estimer la taille de la population consultant dans la structure de santé du PSFTA, l’EUSS
utilise la procédure d'échantillonnage par grappes pour choisir les ménages à interviewer. Le nombre
d’unités d'échantillonnage du secteur et la taille de la population dans chaque unité est nécessaire pour
calculer le nombre de questionnaires à déployer. Dans chaque ménage de la zone de recrutement, le
chef désigne la personne à interviewer après l'obtention du consentement éclairé. Les données
recueillies du questionnaire de l’EUSS caractérisent le statut socio-économique du ménage.Ce projet
est réalisé de façon conjointe avec l’Unité d’Epidémiologie.
88 sur 137
Résultats
Pathogènes isolés
En Avril 2013, nous avons recruté 1713 patients ; Le paludisme reste l’étiologie dominante des fièvres
avec une prévalence de 34,3 (588/1713). 44 bactéries ont été isolées soit un pourcentage de 2,57%.
Parmi les bactéries retrouvées, on note une prédominance des salmonelles (8 souches de S. Typhi, 3
souches de S.Paratyphi et une souche de S. Enteritidis), suivi de E. coli (11 souches ), 3 souches de S.
aureus, 2 souches de N. meningitidis Y/W135, 7 souches de streptocoques (2 S. pneumoniae, 1
Strepocoque groupe G, 1 Strepocoque groupe D et 3 streptocoques spp), 1 souche de Burkolderia
cepacia, 1 souche de Pantoea agglomerans, 2 souches de Raoultella terrigina, 2 souches de
Enterobacter cloacae, une souche de K. pneumoniae,1 souche d’Haemophilus actinomycetocomitans
et une souche de Proteus mirabilis.Cette étude a permis l’isolement de la première souche de
Neisseria meningitidis Y/W135 au Sénégal.
Analyses préliminaires de l'Enquête d'Utilisation des Structures de Santé (EUSS)
Les analyses préliminaires de l’EUSS ont révélé que dans l'ensemble, les établissements de soins de
recrutement sont le premier choix pour 33% de la population enquêtée dans le district sanitaire de
Pikine. Les résultats montrent que pour le site de Dakar, les populations de la zone de recrutement ne
se font pas soigner uniquement aux CS et PS du district sanitaire de Pikine.
Ces résultats peuvent aider à identifier les établissements de soins qui sont plus adéquats pour la
surveillance des maladies fébriles ainsi que les obstacles à l'accès aux établissements sanitaires. La
faiblesse de la fréquentation de ces structures sanitaires pourrait être liée aux caractéristiques
spécifiques au site tels que la densité de population, la disponibilité et l'accès aux établissements de
soins, l'existence ou l'absence de mécanismes financiers pour couvrir les frais médicaux et les facteurs
culturels et éducatifs. Une connaissance approfondie de l’EUSS est cruciale pour permettre aux
autorités de santé publique d’améliorer les systèmes de santé existants.
1.3. CISAS/ EPCSA : Etude des porteurs chroniques de salmonelles en Afrique
Cette étude vise à identifier les porteurs de salmonelles en examinant les selles d’adultes
asymptomatiques ainsi que les patients ayant précédemment eu des antécédents de FT et leurs proches
parents afin de comparer et d'évaluer les facteurs de transmission importants pour la persistance des
espèces de Salmonella dans trois les pays africains où se déroule le PSFTA.
Les participants à l'étude seront choisis selon deux voies distinctes : 1. Étude communautaire des
ménages participant à l’EUSS et 2. Surveillance hospitalière des cas de salmonelloses dans le cadre
du PSFTA. Concernant l'étude communautaire, les porteurs sont identifiés par une analyse des
échantillons de selles des adultes interrogés issus des ménages participant à l’EUSS. Pour ce qui est de
la surveillance hospitalière, les ménages comportant des cas confirmés de salmonelloses, identifiés
dans le cadre du PSFTA feront l'objet d'une visite de dépistage par l'analyse d'échantillons de selles
des membres adultes. Les porteurs de salmonelles seront traités ou non avec des antibiotiques en
fonction de l'évaluation du médecin et des recommandations des autorités sanitaires locales. La
collecte d'échantillons de selles chez les porteurs identifiés sera poursuivie en vue d'une analyse de
l'intermittence de l’excrétion bactérienne. Pour les deux voies, les souches seront soumis à un test de
sensibilité aux antibiotiques et une analyse génétique. En raison du retard de mise en place du projet,
nous n’avons pu réaliser que l’étude communautaire.
89 sur 137
Résultats
En décembre 2013, 1378 échantillons de selles provenant de 207 concessions ont été analysés. 14
souches de salmonelles ont été identifiées, soit un portage de 1% ; parmi elles, 3/14 soit 21,4% des
souches résistaient aux quinolones.
L'identification d'une population de porteuse de Salmonella spp. dans une région endémique apporte la
preuve que la prévention de la transmission devrait passer par la sensibilisation et l'application de
mesures d'assainissement des populations à risque.
1.4. AGISAR/GFN : Surveillance intégrée et antibiorésistance des souches de
salmonelles isolées des aliments, animaux et humains.
Les objectifs principaux de cette étude sont de :
- Développer et pré-tester un système de surveillance intégré et efficace pour les pathogènes
d'origine alimentaire à Dakar
- Recueillir dans une période déterminée des souches de salmonelles d’origine humaine,
alimentaire et animale.
- Etudier la sensibilité aux antibiotiques des souches de salmonelles isolées des trois secteurs.
- Créer une banque d'isolats pour la caractérisation moléculaire et l’étude des mécanismes
moléculaires de la résistance aux antibiotiques.
Résultats préliminaires
Secteur animal (Elevages)
20 fermes avicoles (14 à Sangalkam et 6 à Keur Massar) ont été sélectionnées sur la base du type de
production, de l’effectif des élevages, de la fréquence de production et du consentement des
propriétaires. Ainsi, les fermes choisies devraient produire régulièrement des poulets de chair et avoir
un effectif minimum de 200 sujets par bâtiment.
268 échantillons ont été collectés, durant la période d’étude (juin 2013 à juillet 2013). Chaque
échantillon correspondait à 5 pools de fientes prélevées dans un bâtiment. Les analyses
microbiologiques ont été faites suivant la norme ISO 6579 : 2002/Amd.1 : 2007.
Des salmonelles ont été retrouvées au moins une fois, dans 14 élevages sur les 20 (70% des élevages).
Au total, 84 souches de salmonelles ont été isolées. Mais seules 76 souches ont été sérotypées du fait
de la non-disponibilité des sérums. 16 sérovars différents ont été identifiés parmi lesquels les plus
prévalents ont été Salmonella Brancaster (22%), Salmonella Urbana (20%), Salmonella Kentucky
(16%), et Salmonella Sandiego (10%). (Figure 1). S. Typhimurium qui est un pathogène majeur en
santé publique dans les pays développés, a été isolé dans 2 élevages, mais ne présente pas de danger
particulier car étant résistante à un seul antibiotique.
90 sur 137
3% 4%
3%
4%
8%
Sérovar
s Brancaster
22%
2%
8%
20%
10%
16%
Urbana
Kentucky
Sandiego
Offa
Typhimurium
Give
Virchow
Kaapstad
Chester
Autres
Figure 1 : Distribution des sérovars dans les différentes fermes
Profils de résistance aux antibiotiques et sérovars
Les souches de S. Kentucky sont toutes multirésistantes. Dix d’entre elles sont résistantes à plus de 10
antibiotiques, avec une souche présentant une résistance à 14 antibiotiques. 14 souches de S.
Brancaster, 3 de S. Urbana, 8 de S. Sandiego, 2 de S. Offa, de S. Chester et de S. Give, une de S.
Typhimurium, de S. Kaapstad, de S. Rissen ont présenté une résistance multiple (entre 2 et 5
antibiotiques) (Tableau VII). Toutes les souches résistent à l’érythromycine, un antibiotique largement
utilisé en antibioprophylaxie dans les élevages de poulets.
Secteur alimentaire
300 échantillons ont été prélevés de Juillet 2012 à Juillet 2013 dans 8 marchés à Dakar. Chaque
échantillon correspondait à 10-20 poulets. Les analyses microbiologiques ont été faites suivant la
norme ISO 6579.
53,3% des échantillons (soit 160/300) étaient contaminés par Salmonella. 305 souches de salmonelles
ont été isolées. 38 souches ont été sérotypées, le reste est en cours. Le sérotype Kentucky a été
retrouvé chez 12 souches sérotypées, 7 Senftenberg, 3 Give, 2 Hadar, 2 Ouakam, 1 Brancaster, 1
Rissen, 1Johanesburg, 1 Corvalis, 1 Yeerongpilly, 1 Abony, 1 Benfica. 62,5% (40 sur 64) des
souches étaient résistantes à l’acide nalidixique.
Secteur humain
35 souches de salmonelles ont été isolées chez des patients diarrhéiques prélevés de Juillet 2012 à
Juin 2013. Les sérotypes retrouvés étaient très diversifiés. 2 souches sur le 35 étaient résistantes à
l’acide nalidixique.
1.5. PARRAF/REMENTA : Programme d’Appui à la Recherche en Réseau en Afrique :
Réseau Ouest Africain pour la Recherche sur les maladies entériques à potentiel
épidémique
Afin de contribuer sensiblement aux efforts de prévention et de lutte contre les maladies entériques en
Afrique de l’Ouest, l’Institut Pasteur de Dakar propose de développer et coordonner un réseau
d’excellence pour la recherche sur les maladies entériques à potentiel épidémique dans 5 pays
d’Afrique de l’Ouest (Burkina Faso, Guinée Conakry, Mali, Niger, Sénégal), en partenariat avec des
équipes de recherche françaises. Dans un premier temps, le réseau se focalisera sur les bactéries
suivantes (Vibrio, Salmonella, Shigella et E. coli entéropathogènes), les rotavirus et norovirus.
91 sur 137
La finalité de ce réseau ouest africain pour la recherche sur les maladies entériques à potentiel
épidémique est de renforcer les capacités des pays en termes de recherche en épidémiologie et en
microbiologie (biologie moléculaire améliorée sur les isolats bactériens et viraux d’origine clinique,
alimentaire et environnementale), conformément aux priorités nationales, aux relations pré-établies, et
aux infrastructures de santé publique et de recherche déjà existantes dans les pays.
Les objectifs spécifiques sont les suivants :
- de développer un réseau de haute qualité basé sur la mise en œuvre et l’harmonisation de
protocoles, en s’appuyant sur les méthodes, procédures et outils pour le diagnostic des
maladies entériques existants déjà dans les équipes partenaires ;
- de mettre en place des sites sentinelles de surveillance des maladies entériques en milieu
urbain pour estimer la charge de morbidité de la maladie dans les différents pays ;
- de renforcer durablement les capacités et le transfert de connaissances dans les domaines
suivants : bactériologie, virologie et épidémiologie des maladies entériques ;
- d’apporter une expertise collective dans l’apparition de nouvelles souches, en particulier les
souches bactériennes multi-résistantes ;
- de développer une plateforme de communications, permettant les échanges entre équipes
partenaires, la diffusion d’informations et de publications sur les maladies entériques, etc.
Activités envisagées
De façon globale, le renforcement des capacités et la mobilisation des ressources humaines et
matérielles passent, d’une part, par la formation de personnes dédiées et compétentes, et d’autre part,
par la mise en place et la maintenance de plateaux techniques adaptés. C’est dans ce contexte que le
projet envisage la mise en œuvre de quatre activités complémentaires :
Ces activités majeures durant les deux années du projet PARRAF incluent une réunion de lancement
(8-9 octobre 2013), un atelier de formation de 10 jours en épidémiologie, en bactériologie ou virologie
(avril 2014), la création d’un site web, la mobilité des jeunes chercheurs, et une réunion scientifique de
fin de projet (2015).
Le réunion de lancement du réseau a permis la participation d’une vingtaine de personnalités incluant
les autorités sanitaires du Sénégal (Conseiller technique n°1 du Ministère de la Santé), l’OOAS, la
Direction de laboratoires, l’ambassade de France au Sénégal, le secrétariat exécutif du PARRAF,
PATH, et deux participants de chaque pays inclus dans le réseau.
Valorisation des souches du Centre National Sénégalais des Entérobactéries : Etude de la
sensibilité aux antibiotiques et supports génétiques de la résistance des souches de Shigella flexneri
isolées à Dakar de 2001 à 2010.
Cent quatre vingt dix (190) souches de Shigella flexneri provenant du Centre National Sénégalais des
Entérobactéries sis à l’Institut Pasteur de Dakar isolées entre 2001 et 2010 ont été étudiées. L’étude de
la sensibilité des souches aux antibiotiques a été réalisée par antibiogramme. La détection et
caractérisation des intégrons et gènes de résistance a été faite par amplification génique en utilisant
des amorces spécifiques et séquençage.
92 sur 137
L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a montré des taux de résistance élevés vis-à-vis des
cyclines : 95%, du cotrimoxazole : 60%, de l’ampicilline : 55%. Dix neuf souches résistaient aux
céphalosporines (10 %). Deux souches étaient résistantes aux quinolones et une souche résistait à
l’imipénème. L’étude du support génétique de ces résistances a permis de détecter les gènes tetB, dfr,
cat, bla-tem, blaoxa, blashv, CTX-M, kpc, gyrA, gyrB, parC et parE. Les intégrons de classe 1 étaient
majoritaires suivis des intégrons de classe 2. Les cassettes oxa 30, aadA1/aadA2 dfrA1, dfrA7 ont été
retrouvés sur les intégrons de classe 1. Les intégrons de classe 2 présentaient trois types d’organisation
de cassettes. Aucun intégron de classe 3 n’a été détecté.
L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a montré qu’en plus des résistances classiques observées
chez les souches de S. flexneri, des résistances vis-à-vis des céphalosporines de 3éme génération et des
fluoroquinolones émergent. Ces molécules doivent être utilisées avec prudence dans le traitement des
shigelloses.
Samb- Ba B., Seck A, Wane A.A., Fall-Niang NK., Gassama-Sow A. Sensibilité aux antibiotiques et supports génétiques de
la résistance des souches de Shigella flexneri isolées à Dakar de 2001 à 2010. Bull. Soc. Pathol. Exot. (2013) 106:89-94.
2. Missions scientifiques, ateliers, congrès
Pr Amy Gassama-Sow
-
Technical meeting of African Codex Experts on Food Hygiene, Nairobi, 23-25 September
2013, sponsor : AU-IBAR
45th session CCFH, Hanoi, Vietnam, 11-15 November 2013, sponsor, AU/IBAR
Organisation de l’atelier de lancement du REMENTA (8-9 Octobre 2013)
3. Conclusions et perspectives
Les activités de l’Unité de Bactériologie expérimentale augmentent de façon régulière grâce aux
projets, les publications suivent également, même si les effectifs en terme de chercheurs reste
insuffisant (1/2 chercheur). Il est donc nécessaire d’augmenter le nombre de chercheurs de l’unité afin
de maintenir le niveau de production scientifique de l’unité.
La thématique de notre unité porte sur les bactéries entéropathogènes et les programmes que nous
avons mis en place et ceux qui le seront auront pour objectif la mise en place d’un réseau de
surveillance intégrée de l’antibiorésitance chez les bactéries zoonotiques. Cet objectif visé a été à
l’origine de la mise en place du Réseau Ouest Africain de Recherche sur les maladies entériques à
potentiel épidémique en 2013 (REMENTA). Il est donc important de redynamiser le centre National
Sénégalais des Salmonelles et Shigelles pour qu’il puisse se positionner en leader dans le domaine des
maladies entériques et de pouvoir répondre aux sollicitations des pays de la sous-région.
93 sur 137
Laboratoire d’analyses médicales
Personnel
Responsable : Raymond Bercion (Médecin Biologiste)
Adjoints : Abdoulaye Seck (Pharmacien Biologiste), Chantal Mahou épouse Djemba-Douala
(Pharmacienne Biologiste)
Responsable qualité : Estelle Niati
Major Technique : Ousmane Cissé
Chargé de clientèle : Malick Fall
Chef d’équipe secrétariat : Patricia Pina
Chef d’équipe infirmières : Marième Fall
Collaborations
- Unité d’épidémiologie des maladies infectieuses
- Unité de Bactériologie Expérimentale
Nationales
- Hôpital Le Dantec
- Hôpital d’Enfants Albert Royer
- Hôpital Principal de Dakar
- Centre Hospitalier de l’Ordre de Malte
- Université Cheikh Anta Diop
Internationales
- Institut Pasteur de Paris, France
- France, Centre National de Référence des Staphylocoques, F. Laurent
- Université de Limoges
- Instituts du RIIP
Introduction
Laboratoire polyvalent, le LABM de l’IPD accueille environ 300 patients par jour. Sa mission
première est de satisfaire aux demandes d’analyses de biologie médicale prescrites par des cliniciens
des secteurs privé et public. Pour remplir cette mission, le laboratoire dispose d’une équipe de 37
personnes dont 3 biologistes, 7 secrétaires, 6 infirmières, 13 techniciens supérieurs, 5 agents de
laboratoires auxquels s’ajoutent un chargé de clientèle, une référente qualité et un major technique. Le
LABM est doté d’un parc d’automates de dernière génération en biochimie et sérologie, ainsi qu’en
hématologie. A cela, s’ajoute son expertise dans le diagnostic et la surveillance de nombreuses
pathologies, notamment infectieuses.
Le LABM développe actuellement une importante démarche de qualité dans l’objectif d’obtenir une
accréditation COFRAC selon la norme ISO 15 189 en fin d’année 2014 ou au début de 2015.
Par ailleurs le laboratoire a développé une activité de recherche et de santé publique axée sur les
infections bactériennes et virales et notamment sur la résistance aux antibiotiques.
94 sur 137
Une seule étude a pu être mise en œuvre au LABM en 2013 : Etude du portage digestif des
Entérobactéries productrices de bétalactamase à spectre étendu (EBLSE) en milieu communautaire,
dans la filière d’élevage de porcs à Dakar. Ce travail financé sur fonds propres de l’IPD a permis
l’inclusion de plus de 100 éleveurs et de 100 porcs au niveau de la ferme de Bignona dans la banlieue
de Dakar à partir d’octobre 2013. Les inclusions, le recueil des données et la partie technique au
laboratoire ont été réalisés en collaboration entre l’unité d’épidémiologie et le LABM. Ce travail
constitue le sujet de mémoire de DESC en pathologie infectieuse et tropicale d’une stagiaire de
l’université de Strasbourg qui a obtenu une bourse de la fondation Ledoux pour réaliser ce projet.
Les résultats préliminaires montrent un taux de portage d’EBLSE de 9,4% (10/106) chez les éleveurs
et de 31.4% (32/102) chez les animaux. La caractérisation moléculaire des BLSE est en cours de
même que l’analyse des facteurs de risques de portage d’EBLSE chez les personnels et les animaux.
Ces premiers résultats feront l’objet d’une communication aux JNI de Bordeaux en juin 2014
(accepté).
Le laboratoire apporte son expertise dans le domaine de l'identification des entérobactéries,
particulièrement le sérotypage et la réalisation de l'antibiogramme des souches de Salmonelles, de
Shigelles, et d’E. coli entéropathogènes qui lui sont adressées par les différents laboratoires de
microbiologie du territoire national et de la sous-région.
Le LABM participe également à la surveillance de la résistance aux antibiotiques des bactéries isolées
dans le cadre du réseau national des laboratoires.
Dans ce domaine des collaborations existent avec le réseau national des laboratoires, l’Université
(UCAD), les hôpitaux de Dakar.
Cet important travail de surveillance de la résistance aux antibiotiques justifie la nécessaire
modernisation de nos équipements dans ce domaine. Il est en effet primordial de pouvoir financer le
remplacement du système de lecture interprétation de l’antibiogramme OSIRIS actuellement hors
service de façon à pouvoir participer aux importants projets sur lesquels nous nous sommes engagés
pour 2014 (projet ChARLI, ACIP Klebsiella pneumoniae).
3. Activités de service
3.1. L’activité en quelques chiffres
En 2013, l’activité d’analyses médicales évaluée en nombre de dossiers clients était de 77 309 soit en
augmentation de 1,3 % par rapport en 2012. L’activité en lettre clé B est de 12,2 millions dont 16%
sont sous traitées auprès des laboratoires BIOMNIS et CERBA.
3.2. La démarche qualité
Cette importante activité ne peut se concevoir en dehors de la mise en œuvre concomitante d’une
démarche de qualité au laboratoire. Ainsi le LABM s’est fixé comme objectif majeur l’obtention de
l’accréditation COFRAC selon la norme ISO 15189 en fin 2014 avec comme portée d’accréditation le
secteur de la biochimie. Depuis 2011, le LABM a mené des actions permettant de clôturer certains
écarts constatés lors de l’audit à blanc du TUNAC (Tunisian Accreditation Council) dans le cadre de
la politique d’accompagnement des laboratoires de la sous-région à l’accréditation de l’UEMOA.
95 sur 137
En février 2013, l’ensemble des personnels du laboratoire a reçu une formation d’une semaine sur la
norme 15 189 version 2012. Plusieurs audits et évaluation ont également été menés : 2 audits internes
(gestion de stock, matériels et réactifs) un audit externe (réseau des laboratoires du Sénégal), un audit
de suivi TUNAC, et le bilan a été présenté au cours d’une revue de direction.
L’ensemble du processus gestion des stocks a été revisité (remise en état et sécurisation des magasins,
généralisation des fiches de stocks, audits…). Le processus évaluation externe de la qualité a
également été optimisé. Nous avons participé à plus d’une centaine de contrôles externes de la qualité
en 2013 (PROBIOQUAL, CTCB, ANSM, Biologie Prospective). Le taux de réponse est > à 85% en
nette amélioration par rapport à 2012. De même 72% des paramètres testés ont obtenu des scores
≥7.5/10.
Afin de dynamiser le secteur aide médicale à la procréation et de nous positionner comme un
laboratoire de référence dans le domaine, nous avons modernisé notre prestation en spermiologie :
passage de 2 à 4 box de prélèvements, modernisation des infrastructures, de la qualité de l’accueil et
de l’accompagnement mais aussi formation d’un biologiste référent au CECOS de Strasbourg, mise en
place d’un contrôle de qualité. En 2014 l’équipement sera complété par un analyseur de sperme
humain.
3.3. Profil de résistance aux antibiotiques des pathogènes bactériens
3.3.1.
Entérobactéries
Les taux de résistances aux antibiotiques des souches d’Entérobactéries isolées au LABM en 2013
(méthode de diffusion en milieu solide) sont présentés dans le tableau 1.
Souches
n
AMX
AMC
TIC
CF
FOX
CTX
CAZ
IMP
NA
CIP
SXT
GE
FOS
E. coli*
471
85,7
60
84
44,1
10,4
30,1
30,5
0,6
62,6
56,6
82,1
35
1,6
K. pneumoniae
127
-
70
-
66,9
15,7
51,1
51,9
3,1
66,9
67,7
88,1
51,9
15,7
E. cloacae
34
-
-
61,7
-
-
52,9
50
11,7
52,9
52,9
70,5
44,1
20,5
Salmonella sp
68
2,9
1,4
2,9
0
0
0
0
14,7
14,7
39,7
5,8
1,4
0
AMX : amoxicilline, AMC : amoxicilline + acide clavulanique, TIC : ticarcilline, CF : céfalotine, FOX : céfoxitine, CTX : céfotaxime, CAZ :
ceftazidime, IMP: imipénème, NA : acide nalidixique, NOR : norfloxacine, CIP : ciprofloxacine, SXT : cotrimoxazole, GE : gentamicine,
FOS : fosfomycine.
* : souches isolées d’infection urinaire
Tableau 1 : % de résistances (R+I) des entérobactéries isolées en 2013 au LABM
Les 68 souches de salmonelles ont été isolées par coproculture. Les sérotypes les plus fréquement
identifiés étaient : S. Kentucky (n=10), S. Istanbul (n=4), S. Schwarzengrund (n=3).
Six (6) souches de Shigella flexneri ont été isolées en 2013 dont deux étaient résistantes aux amino et
ureidopéncillines et trois au cotrimoxazole.
Pour l’année 2013, 192 souches d’entérobactéries productrices de BLSE ont été isolées réparties
comme suit : E. coli (n=112), K. pneumoniae (n=64), E. cloacae (n=13), et une souche pour P.
mirabilis, M. morganii et C. koserii.
96 sur 137
3.3.2.
Bacilles à Gram négatif non fermentaires
Les taux de résistance aux antibiotiques de Pseudomonas aeruginosa et de d’A. baumannii isolés en
2013 au LABM (méthode de diffusion en milieu solide) sont présentés dans le tableau 2
Souche
n
PIP
TZP
TIC
TCC
AZT
CAZ
FEP
IMP
RA
CIP
AN
GE
Ps. aeruginosa
101
24,7
22,7
48,5
46,5
49,5
13,8
25,7
6,9
99
36,6
0,9
39,6
A.baumanniii
21
71,4
61,9
61,9
61,9
100
100
85,7
28,5
47,6
66,6
23,8
52,3
PIP : pipéracilline, TZP : pipéracilline + tazobactam, TIC : ticarcilline, TCC : ticarcilline + ac. clavulanique, AZT : aztréonam, CAZ :
ceftazidime, FEP : céfépime, IMP: imipénème, RA : rifampicine, PEF : pefloxacine, CIP : ciprofloxacine, AN : amikacine, GE : gentamicine.
Tableau 3 : % de résistance (R+I) des souches de P.aeruginosa et A.baumanii isolées en 2013
3.3.3.
Staphylococcus aureus
Les taux de résistance aux antibiotiques de S. aureus (méthode de diffusion en milieu solide) observés
en 2013 sont rapportés dans le tableau 3. Les souches résistantes à la méthicilline (SARM)
représentaient 7,8 % des isolats.
Souche
n
P
FOX
CIP
GE
PST
CLI
LIN
LZL
FOS
VAN
TET
S. aureus
115
86
7,8
7,8
4,3
0
1,7
1,7
0
1,7
0
42,5
P : pénicilline, FOX : cefoxitine, CIP : ciprofloxacine, GE : gentamycine, ERY : érythromycine, PST :
pristinamycine, CLI : clindamycine, LIN : lincomycine, LZL: linezolide, FOS : fosfomycine, FUC : fucidine,
RIF : rifamycine, VAN : vancomycine, TET : tétracycline.
Tableau 3 : % de résistances aux antibiotiques(R+I) des souches de S.aureus isolées en 2013
3.3.4.
Mycobactéries
698 prélèvements ont été examinés en 2013 provenant de 494 patients. Quatre vingt sept % étaient
d’origine pulmonaire (n=607) dont 594 expectorations.
67 Souches de Mycobactéries ont été isolées :
- M. tuberculosis (n=53)
- M. africanum (n=7)
- Mycobactéries atypiques (n=7)
L’antibiogramme a été effectué par la méthode des proportions sur 3 souches de M. tuberculosis,
toutes sensibles aux quatre antituberculeux de première ligne.
4. Perspectives
Malgré les efforts entrepris pour une bonne prise en charge des patients, le LABM a atteint sa capacité
limite d’accueil notamment dans la tranche horaire 7H30-11H30. L’ouverture de centre(s) de
prélèvements en périphérie ou d’une annexe à l’Institut destinée à augmenter les capacités d’accueil
sont une solution à envisager, tout comme l’extension de l’activité prélèvements à domicile.
La mise en place de la politique d’assurance qualité entreprise depuis quelques années doit se
poursuivre en 2014 pour aboutir à l’accréditation du laboratoire selon la norme ISO 15189. Cette
accréditation est fondamentale pour l’Institut dans un marché de la biologie médicale de plus en plus
concurrentiel. L’appropriation de cette démarche de qualité par l’ensemble des personnels du LABM,
la politique volontariste dans le domaine et le soutien du service qualité et de la direction de l’Institut
Pasteur sont des éléments qui nous permettent d’être optimistes dans la réalisation de cet objectif.
97 sur 137
Les thématiques de santé publique et de recherche du laboratoire doivent être déclinées en fonction des
besoins nationaux et centrées sur les infections bactériennes et virales. Ces travaux font appel à une
approche multidisciplinaire associant études cliniques, études de génétique des populations
bactériennes, de la pathogénie et des résistances aux antibiotiques. La thématique résistance aux
antibiotiques qui sera développée au travers de projets comme le suivi des infections bactériennes de
l’enfant (projet ChARLI) l’analyse des populations clonales de Klebsiella pneumoniae et l’étude de la
diffusion communautaire des EBLSE, demeure un sujet prioritaire pour la recherche au LABM. Le
renforcement en 2014 de l’équipe des biologistes et la modernisation de nos équipements seront des
éléments clés dans la réalisation de nos objectifs de développement d’activité et de participation aux
projets de recherche.
98 sur 137
Laboratoire de sécurité alimentaire et
hygiène de l’environnement
Personnel
Responsable du laboratoire : Pr Amy Gassama Sow
Secrétariat : Catherine Basse
Chargé Clientèle : Ibra Fall Gaye
Responsable Technique : Maram Sarre Mbow
Responsable Qualité : Colette Gomis-Mansaly
Techniciens de laboratoire : Mame Fatou Dème, Saidou Nourou Dème, Ndèye Mossane Diébaté,
Adama Sarr Ka
Aides laboratoire : Vincent Dasylva, (préleveur et préparateur de milieux de culture), Amadou
Makhtar Guèye (Suppléant préparateur de milieux de culture) Gilbert Mendy (préleveur-prestataire)
Manœuvre spécialisé: Joseph Cabo
Collaborations
- Unité de production du vaccin contre la fièvre jaune
- Laboratoire d’analyses médicales
- Unité de Bactériologie Expérimentale
Nationales
- Ministère du Commerce, Laboratoire du Commerce Intérieur
- Direction de l’Elevage, Dr Coumba Kébé Guèye
- Direction des Industries de Transformation des produits de la Pêche (DITP), Mr Diène Faye
- Association Sénégalaise de Normalisation, Mme Mame Sine Mbodj-Ndiaye
- Ecole InterEtats des Sciences et Médecines Vétérinaires, Laboratoire de Microbiologie,
Immunologie et Pathologie Infectieuse, Pr Rianatou Alambédji
Agréments
- Laboratoire officiel des autorités compétentes du Sénégal pour les analyses microbiologiques
des produits de la pêche destinés à l’exportation
International
- Global Foodborne Network (GFN / WHO)
- Programme EDES/UE (formations au système de sécurité alimentaire dans les pays ACP)
99 sur 137
Introduction
En 2013, le volume d’analyses effectuées par le laboratoire de Sécurité Alimentaire et d’Hygiène de
l’Environnement (LSAHE) est de 17951 soit une augmentation de 11,5% par rapport à 2012. Cette
augmentation de l’activité s’est traduite par une progression du chiffre d’affaires de 30%, dépassant
largement les prévisions (10%). La microbiologie reste l’activité dominante du LSAHE (88%).
Quatre (04) audits ont été réalisés [1audit de diagnostic, concernant la microbiologie de l’eau, 02
audits internes (un complet et un suivi), une évaluation de renouvellement pour l’accréditation en
microbiologie des aliments par le COFRAC].
A l’issue de l’audit de réévaluation COFRAC, le LSAHE a obtenu le renouvellement de
l’accréditation pour 5 ans. Ce renouvellement de l’accréditation selon selon la norme ISO 17025
démontre que le LSAHE donne confiance tant au point de vue technique que qualité dans sa capacité à
réaliser de façon fiable les analyses de sa portée d’accréditation.
Dans l’amélioration continue du système, une évaluation des risques pour les méthodes d’analyses
qualitative et quantitative en microbiologie des aliments a été initiée en 2013.Deux revues de direction
ont été réalisées réalisées dans la même année.
Le LSAHE collabore avec l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar et participe à l’encadrement des
étudiants inscrits en Master de contrôle de Aliments et des médicaments de la FMPOS, ainsi que les
étudiants inscrits en Industries Agro-alimentaires à l’ESP et de l’Institution Sainte Jeannne D’Arc
Post Bac en Licence Professionnelle Qualité, Sécurité Environnementale et Alimentaire. Le LSAHE
accueille des stagiaires des pays de la sous-région (Burkina Faso et Mauritanie) dans le cadre de
renforcement des capacités des techniciens des laboratoires de la sous-région.
En ce qui concerne les activités de recherche, le projet WHO/AGISAR/GFN sur la surveillance
intégrée et l’antibiorésistance des salmonelles d’origine humaine, animal et alimentaire financé par
l’OMS se sont poursuivies en 2013.
1.1. Analyses
Le bilan technique est basé sur l’activité de routine du laboratoire. En 2013, le LSAHE a traité 36474
dossiers contre 5721 en 2012. L’activité en microbiologie (88%) reste l’activité principale du LSAHE.
La figure ci-dessous montre une augmentation considérable de l’activité microbiologique de l’eau
(54%), suivi de la microbiologie des aliments (17%), de l’environnement (10%), la chimie des eaux
(8,5%), puis la chimie des aliments (0,7%).
100 sur 137
9,8% 0,7% Microbiologie des Aliments 8,5% 9,9% Microbiologie des Eaux 53,9% 17,3% Environnement Chimie des Eaux Chimie des Aliments 1.2. Essais interlaboratoires
Une des exigences de l’accréditation (§5.9 de la norme ISO/CEI 17025) est que le laboratoire qui a
cette reconnaissance doit être à même de pouvoir apporter la preuve de la qualité des prestations
analytiques réalisées et ceci par sa participation à des essais d’aptitude organisés par des organismes
de comparaison inter-laboratoires (OCIL).
Le LSAHE est abonné à 04 contrôles qualité : RAEMA, LGC et BIPEA (aliments), AGLAE, BIPEA
(eaux). Le laboratoire a enregistré un nombre de 105 EILS satisfaisants sur 124 soit un pourcentage de
84,67%.
2. Activités commerciales
Les objectifs fixés pour l’année 2013 ont été les suivantes:
- la fidélisation des clients,
- l’augmentation du porte feuille clientèle
- l’augmentation du chiffre d’affaires de 10%.
A cet effet les 6 contrats suspendus ont été renouvelés et 13 nouveaux contrats ont été négociés pour
l’année 2013 soit un total de 38 contrats en janvier 2014.
Dans une perspective de croissance, le LSAHE a ciblé le marché de la sous région qui peut augmenter
notre chiffre d’affaires pour l’année 2014.
Par rapport à 2012, le chiffre d’affaires a augmenté de 30%, le LSAHE a dépassé les objectifs qui lui
ont été assignés (10% pour 2013). Le cumul des chiffres d’affaires 2011, 2012 et 2013 montre une
nette progression.
2.1. Point qualité
La norme NF EN ISO/CEI 17025 est un outil destiné à assurer :
- L’adéquation du service proposé par le laboratoire aux besoins des clients et des prescripteurs,
- La pérennité du système,
- La fiabilité des résultats produits
Le laboratoire s’est fixé des indicateurs de performance dans les catégories suivantes :
- Satisfaction des clients
- Relation clientèle
- Qualité des prestations
- Délai de rendus des résultats
- Coût des prestations
101 sur 137
Selon les pourcentages enregistrés, le laboratoire assure une bonne qualité au niveau des offres de
service et de la relation clientèle. Cependant il doit améliorer les délais de rendu résultat et les coûts
qui affichent respectivement 60,7% et 41.7%.
L’exploitation de l’enquête a permis d’identifier les besoins des clients à savoir :
- Identification de 02 nouveaux contrats
- 07 réclamations clients
- Nécessité d’accréditation de l’eau (demande du client)
- Accès à l’information (renseignements sur les prestations).
2.2. Amélioration continue
Les actions réalisées dans le plan d’amélioration continue définit par le laboratoire sont les suivants.
- 11 non conformités au total ont été relevés en routine pour l’année 2013.
- Une évaluation des risques pour les méthodes d’analyses qualitative et quantitative en
microbiologie des aliments.
- 02 revues de direction réalisées
- Quatre (04) audits ont été réalisés au niveau du laboratoire :
o 1audit de diagnostic concernant la microbiologie de l’eau
o 02 audits internes (un complet et un suivi)
o une évaluation de renouvellement pour l’accréditation en microbiologie des aliments
par le COFRAC.
En collaboration avec l’Unité de Bactériologie Expérimentale, le projet WHO/AGISAR. Les activités
ont démarré en juillet 2012 et se sont poursuivies jusqu’en juin 2013. Cette étude porte sur la
surveillance intégrée et antibiorésistance des souches de Salmonelles isolées des aliments, animaux et
humains. L’objectif de cette étude est de développer et de pré-tester un système de surveillance intégré
et efficace pour les pathogènes d'origine alimentaire (salmonelles) à Dakar. Pour le LSAHE, il s’est
agit de rechercher Salmonella chez les poulets, vendus en étalage dans huit marchés polyvalents de
Dakar (Castors, Tilène, Parcelles Assainies, Colobane, Fass, Grand Yoff, Grand Dakar, Sandaga).
Etat d’avancement
Les résultats préliminaires de l’étude ont montré que 53% des poulets commercialisés dans les
marchés de Dakar étaient contaminés par les salmonelles (160/300). En Juin 2013, sur 300
échantillons de poulets, 305 souches de salmonelles ont été isolées. L’antibiogramme et le sérotypage
sont en cours.
4. Conclusion
Les activités du laboratoire doivent être développées afin maintenir l’équilibre financier de ce service.
Il s’agira notamment de :
- renforcer l’équipement de l’Unité de chimie.
- collaborer avec les acteurs du secteur de la restauration scolaire et universitaire
- renforcement de la collaboration institutionnelle : demande d’agrément / convention au niveau
des institutions (Ministères, Directions)
- préparer l’accréditation de la microbiologie de l’eau.
102 sur 137
Centre médical
Service médical, Centre antirabique
Centre international de vaccinations
Personnel du service
Responsable : Dr Mamadou Korka Diallo
Collaboration technique : Dr N.A.Thiam Dicko
Infirmière : Mlle Fatou Bintou Badji
Introduction
Le centre médical regropue différents activités :
- le service médical chargé de la prise en charge médical du personnel de l’Institut Pasteur de
Dakar et de leu famille
- la médecinde du travail
- le centre antirabique
- le centre de vaccination internationale
1. Activités du service médical
Il fonctionne tous les jours ouvrables du lundi au vendredi conformément aux horaires en vigueur à
l’Institut Pasteur de Dakar. Le suivi médical du personnel et des ayants droit obéit à une procédure
rédigée par le service médical, vérifiée par les différents intervenants dont le service qualité et validée
par la Direction de l’Institut.
1.1. Bilan des activités de médecine générale en 2013
Consultations
médicales du
personnel
Consultations
famille de
personnel
Consultations
de médecine du
travail
Personnels
adressés en
consultation
spécialisée
Jan
Fev
Mars
Avr
Mai
Juin
Juil
Aout
Sept
Oct
Nov
Dec
Total
83
67
87
73
72
71
94
83
106
97
80
130
1 043
89
77
83
80
80
83
78
76
97
114
71
99
1 027
5
8
8
21
15
26
34
16
11
21
8
13
186
20
5
9
9
4
9
8
3
6
5
9
7
94
Tableau 1 : Bilan des activités de médecine générale et de médecine du travail en 2013
103 sur 137
1.2. Bilan des activités de médecine du travail en 2013
-
Participation aux réunions du CHS
7 visites de poste de travail
11 visites d’embauche
92 visites d’aptitude stagiaires
15 enquêtes d’accidents de travail
186 visites annuelles systématiques.
2. Activités du Centre Antirabique
Il fonctionne tous les jours ouvrables du lundi au samedi conformément aux horaires en vigueur à
l’Institut Pasteur.
En 2013, 1197 patients (1090 en 2012) ont été reçus en consultation dont 87% en post exposition soit
une moyenne 86 consultants par mois.
Fig 1: Evolution mensuelle du nombre de patients en fonction du type de prophylaxie
En 2013, 3663 doses de vaccins antirabiques et 56 flacons d’immunoglobuline ont été injectés contre
3028 en 2012.
L’évolution du nombre de personnes prise en charge de 2010 à 2013 est présentée ci-dessous.
Nb de consultants
Nb de doses de vaccins injectées
2010
933
2900
2011
875
2803
2012
1099
3028
2013
1197
3663
104 sur 137
3. Activités du centre de vaccinations internationales
Il fonctionne tous les jours ouvrables du lundi au jeudi de 14H à 16H, vendredi de 15H à 17H et
samedi de 09H à 11H.
Les vaccins pratiqués sont : BCG, fièvre jaune, hépatite B, méningite et typhoïde. Par ailleurs des tests
d’intradermo-réaction à la tuberculine y sont effectués tous les mercredis en même temps que le BCG.
Vaccins
Fièvre jaune
Hépatite B
BCG
Fièvre typhoïde
Méningite
IDR
Janv
339
67
86
21
37
313
Fev
330
95
90
30
38
374
Mars
371
94
94
29
52
448
Avr
310
96
88
35
38
421
Mai
331
101
74
72
60
439
Juin
413
93
69
95
79
634
Juil
689
118
88
79
199
501
Aout
484
128
0
18
88
0
sept
369
134
0
0
98
0
Oct
351
126
47
0
56
230
Nov
506
103
101
57
214
274
déc
430
99
70
95
64
220
Total
4 923
1 254
807
531
1 023
3 854
Tableau 2 : bilan des activités de vaccinations en 2013
A noter une rupture d’approvisionnement en vaccin BCD (aout à septembre) et en tuberculine du fait
d’un problème d’approvisionnement auprès du fournisseur.
105 sur 137
Unité du vaccin fièvre jaune
Laboratoire de production (LP)
Laboratoire de contrôle qualité (LCQ)
Assurance qualité
Personnel de l’Unité
Direction et Pharmacien Responsable : Dr Nathalie Robineau
Responsable Production : Djibril Ndiaye
Chef d’équipe : Adama Sarr Ndiaye
Techniciens supérieurs : Assane Soumaré, El Hadji Oumar Seck
Techniciens supérieurs arrivés en 2013 : Adama Camara, Kader Cissé, Cherif Sylla
Agents de laboratoire : Lamine Sambou, Ndick Dione, Demba Sene
Manœuvre : Amadou Dia
Responsable LCQ : Dr Antoine Marie Diatta
Techniciens supérieurs : Ramata Fall Diallo, Nassanssou Faye Coulibaly, Khadidiatou
Coundoul Gadji
Technicien recruté en 2013 : Serge Isaac Amdy Faye
Manœuvre : Mamadou Dia
Stagiaires : Jeannot Francis Maiga Bassène
Responsable AQ-UVFJ : Mme Marième Dia
Responsable projet : Lamine Sene
L’Institut a, depuis 1937, une mission originale de production de vaccin antiamaril. Il est le seul des
quatre producteurs de vaccins antiamarils dans le monde pré-qualifiés par l’OMS : Sanofi-Pasteur
(France), Bio Manguinhos (Brésil), l'Institut Chumakov (Russie), à être situé en Afrique.
L’année 2013 a été marquée en février par l’autorisation l’OMS autorisant l’IPD à reprendre la
distribution des vaccins. Cette décision a été prise suite à l’audit de suivi de l’OMS mené du 11 au 14
Septembre 2012.
Le projet de construction d’une nouvelle unité de production pour remplacer l’unité actuelle, mise en
service depuis près de 30 ans, qui atteint aujourd’hui ses limites malgré une modernisation régulière et
qui risque à terme de ne plus répondre aux exigences de l’OMS a débuté par le lancement de l’appel
d’offres pour la sélection d’une assitance à la maîtrise d’ouvrage au cours du dernier trimestre.
Les activités de l’unité du vaccin fièvre jaune font l’ojet d’un rapport spécifique.
106 sur 137
Service informatique
Personnel
Responsable
Adjoint
Technicien
:
:
:
Mme Haby Sarr Njiwa
M. Demba Dioum
M. Mamadou Moustapha Thiaw
Introduction
La mission principale du Service informatique est d'assurer la disponibilité, la sécurité et l’évolution
du système d’information et des moyens de télécommunications pour l’ensemble des unités et services
de l’Institut Pasteur de Dakar.
Le Service s'occupe plus particulièrement des activités suivantes:
- l'étude, la conduite et la réalisation de projets liés à l'informatique.
- l'acquisition des biens et services informatiques.
- l'exploitation des infrastructures qui comprend :
o la définition et la maintenance des configurations hardware et software.
o la disponibilité et la sécurité du réseau et des installations.
o la sauvegarde, la restauration et l'archivage des données
o la gestion des équipements.
- la formation et l'assistance aux utilisateurs.
Pour assurer ces tâches, le Service Informatique compte 3 collaborateurs : le chef du service, un
administrateur systèmes et réseaux (adjoint au chef de service) et un technicien helpdesk.
L’année 2013 a été marquée par l'amélioration notable de la bande passante réseau grâce à
l'installation de la fibre optique entre le Service Informatique et les différents bâtiments et par
l'organisation de séances de formations sur les outils mis en place par le service.
1. Activités principales
Les activités principales du service informatique tournent autour de l’administration des systèmes et
réseaux, la gestion du parc informatique, le développement de logiciels et d’applications spécifiques,
le support aux utilisateurs et la mise sous assurance qualité des services offerts aux clients.
1.1. Administration des systèmes
Les activités d’administration des systèmes ont essentiellement été :
- Gestion et mises à jour automatique des services nécessaires au fonctionnement du réseau
(contrôleurs de domaine, DNS, Serveur Antivirus, Serveur d’impression, Serveur de mise à
jour des clients Windows, Serveurs de fichiers et partage de données communes) sous
Windows 2008 Server.
- Gestion et mises à jour automatique du serveur d’antivirus réseau avec Kaspersky (migration
vers la version 10 du logiciel au mis de juillet 2013) pour les serveurs sous Windows 2008
Server et pour toutes les machines de l’Institut pour une meilleure détection des virus
informatiques et leur élimination.
107 sur 137
Gestion et mises et à jour du serveur sous Linux CentOS 5 et des services nécessaires au
fonctionnement de la messagerie électronique, du service web, du filtre anti-spam, du serveur DNS et
du filtre des connexions internet.
- Gestion et mise à jour de VMware Virtual Center pour l’administration de l’infrastructure des
machines virtuelles.
- Gestion et mise et à jour du serveur sous Linux CentOS 6 et des services nécessaires au
fonctionnement d’un serveur d’applications, du serveur WEB intranet et d’outils
d’administration réseaux.
- Etude pour la mise en place d'un centre de données (Datacenter) et la virtualisation des
ressources (serveurs, stockage et machines clientes). L'avantage de la mise en place d'un
centre de données est :
o la consolidation des serveurs (réduction du nombre de serveurs physiques avec la
possibilité de faire fonctionner plusieurs OS sur le même serveur physique) et leur
regroupement au niveau du Service Informatique
o la réduction des coûts induits (maintenance, électricité, climatisation)
o la portabilité des machines Virtuelles (possibilité de les déplacer d’une machine
physique vers une autre)
o la facilité de déploiement de nouveaux serveurs sans investissement supplémentaire
o le renforcement de la sécurité des données avec leur centralisation sur les serveurs
o la Sauvegarde plus facile des données qui seront centralisées.
1.2. Administration des réseaux
Les principales activités d’administration du réseau local ont été :
- La gestion et le suivi des commutateurs CISCO du réseau local et des interconnexions interbâtiments et du paramétrage pour les VLAN.
- La gestion et suivi de la ligne LS dédiée au trafic des serveurs et de la ligne ADSL 2 Mo
dédiée au trafic Internet sur le routeur CISCO
- La gestion et suivi du matériel CISCO ASA 5550 pour la DMZ et pour la sécurité des
serveurs et du réseau.
- La gestion des tunnels VPN entre CODAT et l’IPD pour la télémaintenance du LABM par
CODAT, entre IRD et l’IPD pour l’unification des bases de données de DIELMO.
Par ailleurs, une avancée majeure a eu lieu avec le projet de remplacement des liaisons inter-bâtiments
en fibre optique qui a été déployé au mois de novembre. La migration s'est faite de façon transparente
pour les utilisateurs. Il n'y a eu aucune interruption du service et les mesures faites après installation de
la fibre ont donné des résultats satisfaisants. Le transfert d'un fichier d'une taille de 30 Mo entre une
machine du SI et le serveur de la comptabilité par exemple nécessitait une durée de 4mns, alors que ce
transfert après installation de la fibre se fait maintenant en 35s.
L'accès au WIFI a été simplifié avec le développement d'un script de configuration automatique des
paramètres du serveur proxy. De plus la procédure de configuration manuelle du proxy a été éditée
sous forme de brochure et mise à disposition au niveau des salles de réunion.
108 sur 137
1.3. Gestion du parc informatique
Le parc informatique a aussi connu une amélioration. En effet, 32 nouvelles machines ont été
installées. Ce qui a permis le remplacement d'une bonne partie des machines obsolètes.
Tous les matériels informatiques disponibles sur le campus ont été inventoriés et intégrés à la base de
données de gestion du matériel informatique (disponible sous GLPI) et au fichier de gestion des
immobilisations.
Les licences de produits Microsoft utilisés dans le campus ont également faits l'objet d'un audit interne
afin de procéder à la régularisation des licences manquantes.
1.4. Développement de logiciels et mise en place d’applications spécifiques
Le Service Informatique a aussi adapté le logiciel GLPI pour la gestion du matériel scientifique et des
demandes d'intervention adressées au Servie Maintenance.
Nous avons également installé Google Analytics, un outil d'analyse d'audience, sur le site Web afin de
disposer de différentes statistiques, notamment le nombre de visites enregistrées sur le site sur une
période déterminée, leur origine géographique, etc. Un rapport est émis régulièrement et diffusé à tous
les utilisateurs.
1.5. Support aux utilisateurs
Le support aux utilisateurs reste une part d'activité importante au niveau du Service Informatique.
221 demandes d'interventions ont été enregistrées via la procédure normale de gestion du helpdesk,
mais les interventions sont beaucoup plus importantes que ce chiffre du fait du non respect de la
procédure par les utilisateurs.
1.6. Poursuite de la mise sous assurance qualité du Service Informatique
L'écart relevé en 2011 et portant sur la gestion du helpdesk a été clôturé.
Deux autres écarts ont été révélés par l'audit 2013 : "absence de processus d'intégration, d'habilitation
et d'évaluation du personnel nouveau" et "défaut d'application de la procédure de gestion des
fournisseurs et sous traitants". Les actions correctives sont en cours.
2. Perspectives
L'année 2013 a été globalement satisfaisante pour le Service Informatique. Des projets importants ont
pu être financés et réalisés (mise en place de la fibre optique, rajeunissement du parc d'ordinateurs).
Cependant, d'autres financements seront nécessaires pour mettre à niveau le système informatique :
Mise en place du Datacenter, acquisition de Sharepoint ou d'un logiciel équivalent pour mettre en
place des outils de travail collaboratif, mise en place de la Gestion Electronique de Documents, sans
oublier la formation du personnel informatique.
Il n’en demeure pas moins que le Service Informatique doit rester en veille et à l’écoute de ses clients
internes pour la mise en place de services conformes à leurs besoins métiers et une amélioration
continue de ses services.
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Service Qualité
Responsable : Mme Maïmouna Diop
Responsable Adjoint : M. Babacar Gning
Introduction
Avec l’arrivée en 2013 d’une qualiticienne uniquement dédiée à l’Unité de Vaccin Fièvre Jaune, le
service qualité a recentré ses activités sur l’ensemble des services et plus particulièrement sur les
unités de recherche, où un important travail de sensibilisation à la qualité a été réalisé.
Au niveau général, le service :
- pilote et coordonne le système qualité niveau général,
- participe aux activités de coordination (réunions, séance de travail),
- vérifie l’ensemble de la documentation qualité des différents services,
- planifie et coordonne le programme d’audits internes dont 20 audits réalisés en 2013 sur 24
programmés
- participe à la réalisation des audits en tant qu’auditeurs internes
- planifie et coordonne les revues de Direction, dont 11 réalisés sur 11 programmés
- coordonne et participe au traitement des fiches de non-conformité impliquant plusieurs
services (14 dossiers traités en 2013)
- participe aux activités du CHS
1.2. Au niveau de l’Unité de vaccin fièvre jaune (UVFJ)
- accompagnement, sensibilisation de la nouvelle responsable qualité de l’UVFJ dans son
processus d’intégration et d’habilitation
- suppléance de la Responsable Qualité de l’UVFJ par le Responsable Adjoint du Service
Qualité de l’UVFJ pendant 15 jours en Août –Septembre 2013 et à partir du 16 décembre
2013 pour une durée de 03 mois
2. Missions scientifiques, ateliers et congrès
-
Participation aux réunions de l’Association Sénégalaise de Normalisation en tant que membre
du comité technique de Normalisation dans la qualité pour le domaine de la santé.
Participation à l’évaluation de neuf laboratoires au Sénégal selon la grille SLIPTA de l’OMS,
dans le cadre de la collaboration avec la Direction des Laboratoires :
 L’Hôpital Principal de Dakar les 13 et 14 Mai 2013
 Le Laboratoire Rochaya Niang le 22 Mai 2013
 Le Centre de Diagnostic et de Recherche en Médecine Moléculaire (CDRMM) les 22 et
23 Mai 2013
 Le Laboratoire Médical Abass NDAO les 04 et 05 Juillet 2013
110 sur 137





Le Laboratoire du Centre de Santé de Mbao les 10 et 11 Juillet 2013
Le Laboratoire du Centre de Santé de Pikine les 24 et 25 Juillet 2013
Le Laboratoire du Centre de Santé de Bambey le 26 Novembre 2013
Le Laboratoire du Centre de Santé de Mbacké le 27 Novembre 2013
Le Laboratoire du Centre de Santé de Darou Khoudoss le 28 Novembre 2013
3. Perspectives
L’année 2013 a été marquée par la sensibilisation et l’accompagnement des unités de recherche et du
Service médical dans la démarche qualité, l’encadrement des nouveaux auditeurs internes et
l’accompagnement de la responsable qualité dédiée à l’Unité du vaccin fièvre jaune.
En 2014 il s’agira de développer davantage la démarche qualité dans toutes les unités de recherche et
les services supports, de finaliser le processus d’habilitation des auditeurs internes et de développer
avec le Comité Hygiène Sécurité et les services concernés la prise en compte des problématiques
qualité, hygiène, santé-sécurité et environnement dans les différentes activités.
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Service de métrologie / plateau technique commun
Responsable : M. Mamadou DIAKITE
Technicien supérieur : M. Michel Matar FAYE
Introduction
La mission principale du service de métrologie est de mettre sous contrôle métrologique tout
l’appareillage critique des différentes unités et laboratoires de l’institut Pasteur pour les grandeurs :
température, humidité, masse, volume, comptage particulaire et vitesse.
L’accomplissement de cette mission, s’est articulé autour de faits marquants pour l’année 2013 :
- une augmentation du nombre des interventions dans les différents services
- un recrutement en personnel supplémentaire
- l’achat de nouvelles sondes thermométriques
- l’accompagnement du Laboratoire de sécurité alimentaire et d’hygiène de l’environnement
pour son audit de renouvellement COFRAC.
1. Service de métrologie
Les interventions réalisées par le service métrologie
En 2013, on remarque une augmentation des demandes d’interventions exprimées, du nombre
d’interventions réalisées et une satisfaction de ses demandes. Cela est dû d’une part à l’acquisition des
nouvelles sondes embarquées, du recrutement d’un technicien supérieur et l’amélioration du suivi du
calendrier d’intervention.
2011
2012
2013
Nb d’interventions
276
326
407
L’évolution du nombre d’intervention par laboratoire est représentée à la figure 1.
21 11 19 5 16 17 15 5 3 EXTERNE UAVFH VIRO MED LSAHE PRODUCTION 2 ENTOMO 24 EPIDEMIO 25 BACT EXP 34 IMMUNOLOGIE 67 VACCINATION 2012 77 METROLOGIE 81 2013 IMMUNO-‐
GENETIQUE 78 117 LABM 111 LCQ 140 120 100 80 60 40 20 0 Figure 1 : Nombre d’interventions du service métrologie en fonction des laboratoires (2012 -2013).
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Les interventions métrologiques effectuées au courant de l’année 2013 sont réparties comme suit
suivant le type d’appareil :
Enceintes climatiques
Thermomètres
Pipettes
Hottes
Balances
centrifugeuses
ZAC
Mano
Masses
Total
nombre
143
86
81
41
8
8
12
24
4
407
%
35
21
20
10
2
2
3
6
1
100
L’activité principale du Service de Métrologie est la thermométrie avec 56% des interventions
métrologiques suivi de la vérification des hottes et ZAC et manomètre 19% et 23% pour l’étalonnage
des masses, balances et contrôle des pipettes.
Management qualité
Audits internes et externes récents
Depuis l’audit d’Août 2012, aucun n’a été réalisé en 2013 pour des raisons d’effectif; et les écarts
documentaires non clôturés sont en cours de résolution ; l’objectif fixé avant prochain audit en juin
2014.
Satisfaction des clients
Ce qui ressort des retours d’informations clients sont : le non respect du calendrier de vérification ; le
non respect des délais de rendu des rapports ; les erreurs de transcription. Cependant l’enquête de
satisfaction est à formaliser d’avantage.
Evaluations effectuées par des organismes externes
Il s’agit de l’audit de renouvellement de l’accréditation COFRAC du LSAHE qui s’est soldé par une
réussite.
2. Plateau technique commun
L’utilisation du matériel du PCT se fait de plus en plus rare et les principales activités sont :
- la cryométrie avec le Facs calibur
- le thermocycleur pour la RT-PCR.
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3. Perspectives
Pour atteindre l’objectif premier du service de métrologie, qui est de mettre sous contrôle
métrologique tout l’appareillage critique des différentes unités et laboratoires de l’IPD, les
perspectives suivantes ont été dégagées :
- renouveler le parc matériel du service qui est obsolète,
- réaménager les aires de manipulation pour une meilleure maitrise des conditions ambiantes,
- définir et suivre les indicateurs qualité de performance :
o délai de rendu des rapports métrologiques
o délai d’intervention
o mise à jour de la documentation qualité
- mettre à jour la documentation du système qualité du service pour satisfaire à l’exigence du
référentiel,
- répondre à toute demande de prestations externes payantes afin de créer de la ressource
financière,
- élaborer et transmettre la déclaration sur les équipements de métrologie pour la division de la
métrologie nationale et établir la demande d’autorisation d’importation de matériel de mesure
avec le système GAINDE,
- réaliser une formation en métrologie des correspondants et de leurs suppléants, afin de
renforcer les compétences des acteurs de la métrologie.
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Enseignements et formations
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Enseignements
-‐
-‐
-‐
-‐
organisation un atelier sur la surveillance et le contrôle de la rage en Afrique du 3 au 13
décembre 2013 (Dr Sall, Dr Ousmane Faye)
des cours sur la biosécurité à l’attention des responsables de laboratoires du Sénégal
appartenant au Réseau national des laboratoires du Sénégal (Dr Sall)
encadrement la formation à la rédaction de publications scientifiques organisé par l’African
Society of Laboratory Medicine et le laboratoire de Virologie de l’Hopital Dantec (Dr Sall)
participation à l’enseignement de la virologie et entomologie à l’université Cheikh Anta Diop
de Dakar et à l’université de Thiès (Dr Sall).
Accueil d’étudiants et de stagiaires
Mr Moussa Moise Diagne, étudiant en thèse à l’université Cheikh Anta Diop dans le cadre du projet
Chancira.
Mlle Fatim Ba, étudiante en thèse à l’université Cheikh Anta Diop sur le sujet « Epidémiologie des
arbovirus chez le populations de Dielmo/ Ndiop : cas de la dengue».
Mr Martin Faye, étudiant en thèse à l’université Cheikh Anta Diop sur le sujet « les encéphalites au
Sénégal ».
Monsieur Abdel Gadir, technicien, stagiaire de l’institut National de santé publique de Khartoum
(Soudan) sur le «Diagnostic des fièvres hémorragiques» 19-26 Juillet 2013.
Formation continue du personnel de l’Unité
Dr Oumar Faye a effectué un stage de formation au séquençage à haut débit système 454 GS-FLX
(Roche) du 9 Avril au 8 Mai au laboratoire de virologie médicale de l’Université de
Goettingen.
Dr Gamou Fall a effectué un stage de formation à l’isolement et identification des virus à partir des
moustiques du 15 au 31 Mai 2013 au laboratoire des arbovirus de l’Institut Carlos III de
Madrid.
Enseignements
Dr Kader NDIAYE
-‐ facilitateur au 13 ème atelier de génotypage des rotavirus à Pretoria (22-26 Juillet 2013)
-‐ organisation et facilitation d’un atelier sur la différentiation intratypique des poliovirus par
PCR en temps réel pour les laboratoires francophones du réseau OMS pour la poliomyélite.
Organisé à la demande de l’OMS, cet atelier a regroupé du 23 au 27 Septembre 2013 à
l’Institut Pasteur de Dakar (Virologie Médicale) des participants de 7 pays d’Afrique de
l’Oues (Algérie, Cameroun, Centrafrique, Côte D'ivoire, Madagascar, RDC et Sénégal)
avec comme objectif principal de contribuer au Programme d‘Eradication de la Polio en
renforçant les capacités techniques du personnel des laboratoires polio des pays
francophones de la région OMS-AFRO pour une détection rapide et appropriée des poliovirus
sauvages et des virus dérivés du vaccin polio oral.
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Dr Kader NDIAYE
- réunion annuelle des Directeurs Nationaux du Programme élargie de vaccination de la région
Ouest Africaine (OMS –Ouagadougou du 11 au 15 Mars 2013).
- réunion annuelle des directeurs de laboratoire pour la poliomyélite (OMS-27-31 Mai 2013).
- atelier régional sur le génotypage des rotavirus (Accra- 18-24 Aout 2013).
Mme Aichatou DIOUF FALL
- réunion annuelle des directeurs de laboratoire pour la poliomyélite (OMS-27-31 Mai 2013).
Mme Débora GOUDIABY
- Atelier de formation dans la Région africaine Sur le transport sécurisé des matières
infectieuses. Brazzaville, Congo, 17- 18 octobre 2013.
M. Hamet Fall
- Workshop on measles and yellow fever laboratories in the African region, Harare, Zimbabwe
30th -31st may 2013
- Formation au laboratoire National de Santé du Luxembourg 22 Octobre au 20 Novembre 2013
Mr Davy KIORI
- Cours international d’initiation à la biologie moléculaire et au diagnostic moléculaire. Institut
Pasteur de Côte d’Ivoire, 25 au 29 Novembre 2013.
Enseignements
Mme Aïssatou Touré
- Cours sur l'immunologie du paludisme (Institut Santé et Développement) : 8H
- Cours sur l'éthique médicale et l’éthique de la recherche (Institut Santé et
Développement) : 20H
Mme Oumy Niass, (encadrement A.Touré) : doctorante, Université Gaston Berger Saint Louis,
Sénégal, Doctorat de Mathématiques Appliquées en co-tutelle. Sujet : Modélisation
mathématique de l’acquisition de l’immunité et de l’impact des interventions dans le contexte
du projet Dielmo-Ndiop
Mr Fodé Diop (encadrement A.Touré): doctorant, Université Cheikh Anta Diop, Dakar, Doctorat de
Parasitologie. Sujet : Caractéristiques du paludisme dans des zones de transmission
différentes du Sénégal : profil immunologique, parasitaire et clinique.
Mr Mahamadou Makhtar Diop (encadrement M.Niang) : soutenance mémoire master 2
M. Babacar Diouf et M. Fodé Diop : atelier de formation à la microscopie, 05 au 14 Septembre 2013,
Centre de Recherche et de Formation sur le Paludisme (MRTC), Bamako, Mali.
M. Makhtar Niang : grant writing workshop, 22-23 Novembre 2013. Medical Research Council,
Gambia. Financement: EDCTP WANETAM
M. Makhatar Niang : Workshop on ELISPOT and CYTOMETRY, 25-29 Novembre 2013. Banfora,
Burkina Faso. Financement: EDCTP WANETAM
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Enseignements
Pr Dieye A
- Immunologie fondamentale, 3ème Année Pharmacie (10 heures/an)
- Immunologie appliquée, 4ème Année Pharmacie Option : Biologie (5 heures/an)
- Immunologie appliquée, 5ème Année Pharmacie Option : Biologie (5 heures/an)
- UE Bioéthique et Ethique, DES Chirurgie (4 h/an)
- Module transversal «Ethique» (5 h/an) : Ecole doctorale “Sciences de la vie, de la santé et de
l’environnement, Université CA Diop de Dakar.
- UE Bioéthique et Ethique du Master d’Immunologie et Infection (20 h/an)
- UE Interactions Immunologie-Environnement, Master d’Immunologie et Infection (20 h/an).
- UE Immunologie anti-infectieuse, Master d’Immunologie et Infection (10h/an).
- UE Immunologie fondamentale, Master d’Immunologie et Infection (10 h/an).
- DES de Dermatologie (Immunologie)
Diop G.
- Cours de Génétique du développement : Licence L2 Sciences de la Vie et de la Terre : SVTL2BCGS, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar.
80h/an.
- Cours de Génétique cellulaire et moléculaire : Licence L3 Sciences de la Vie et de la Terre :
SVT-L2BCGS, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar.
80h/an.
- Cours de Parasitologie moléculaire : Master 2 Biologie animale Option : Parasitologie. 80h/an.
Mbengue B.
- Cour d’Immunologie 5ème année de pharmacie option Biologie FMPO/UCAD
- Immunité anti cancéreuse (4h), Bases Immunologiques de la Vaccination (4h), Nutrition et
Immunité (4h), Déficits Immunitaires primitifs (4h)
- Cour d’Immunologie antiparasitaire Master Immunologie et Infection FMPO/UCAD (20h)
- Maturation des lymphocytes (6h) Master d’Hématologie FMPO/UCAD
Ndiaye Diallo R :
- Enseignement de GENETIQUE en PCEM1 et PCEP1 (10H)
- Enseignement de Biologie moléculaire en PCEM2 (12H)
- Enseignement de Génie Génétique en PCEP4 (option Industrie) (10H)
Accueil d’étudiants et stagiaires
Ndiaye Basse Aissata : Préparation de thèse d’exercice de Doctorat en pharmacie, Faculté de
Médecine, de Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Titre :
Analyse des réponses anticorps IgG anti-MSP1-19 et anti-AMA-1 dans le paludisme de
recrutement hospitalier, du 05 Novembre 2012 au 28 Février 2014. Directeur de thèse : Prof.
Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr Babacar MBENGUE
Badiane Malick : Préparation de thèse d’exercice de Doctorat en pharmacie, Faculté de Médecine, de
Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Titre : Analyse des
réponses anticorps IgG dirigées contre des antigènes des globules rouges parasités dans le
paludisme de recrutement hospitalier, du 05 Novembre 2012 au 28 Février 2014. Directeur de
thèse : Prof. Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr Babacar MBENGUE
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Diallo Mountaga, Stage de Master de Biologie animale Option : Génétique des Populations.
Département de Biologie animale, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh
Anta DIOP de Dakar. Analyse de distribution de génotypes de P. falciparum chez des patients
atteints d’accès simple ou de formes graves du paludisme du 14 Janvier 2013 au 30 avril 2014.
Directeur de mémoire: Pr A. Dieye, Co-directeur : Dr Gora DIOP
Jean Pascal Demba Diop : Préparation de thèse d’exercice de Doctorat en pharmacie, Faculté de
Médecine, de Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Titre : Le
codon 72 du gène p53 dans le cancer du sein familial au Sénégal, du 5 Novembre 2012 au 28
Février 2014. Directeur de thèse : Prof. Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr Rokhaya NDIAYE
Oumar Ka : Interne en Pharmacie et Préparation de thèse d’exercice de Doctorat en pharmacie, Faculté
de Médecine, de Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Titre :
Evaluation des réponses anticorps dirigées contre les schizontes de Plasmodium ƒalciparum
dans le paludisme de recrutement hospitalier à Tambacounda (Sénégal), du 1er janvier 2013
au 31 mars 2014. Directeur de thèse : Prof. Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr Babacar
MBENGUE
Amavi Fafa Amavigan : Préparation du Master d’Immunologie et Infection, Faculté de Médecine, de
Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar Titre : Rôle des
polynucléaires neutrophiles FcεRI+ dans la pathogénie du paludisme de réanimation, de Juin
2013 au 28 février 2014. Directeur de thèse : Prof. Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr
Babacar MBENGUE
Charif Hamidou Saadati : Préparation du Master d’Immunologie et Infection, Faculté de Médecine, de
Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Titre : Evaluation des
réponses anticorps anti-CSP de Plasmodium faciparum dans le paludisme urbain non aggravé
Dakar (Sénégal), Juin 2013 au 28 février 2014. Directeur de thèse : Prof. Alioune DIEYE ;
Co-directeur : Dr Babacar MBENGUE
Kifia Mouzdalfat Ali Said : Préparation du Master d’Immunologie et Infection, Faculté de Médecine,
de Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Titre : Etude des
réponses IgG dirigées contre les antigènes du globule rouge parasité dans le paludisme simple
en zone urbaine, de Juin 2013 au 28 février 2014. Directeur de thèse : Prof. Alioune DIEYE ;
Co-directeur : Dr Babacar MBENGUE
Biaicha Said Ali Said : Préparation du Master d’Immunologie et Infection, Faculté de Médecine, de
Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Titre : Evaluation de
l’activation lymphocytaire T dans le paludisme de recrutement hospitalier de juin 2013 au 28
février 2014. Directeur de thèse : Prof. Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr Babacar
MBENGUE
Hachim Lihoma : Préparation du Master d’Immunologie et Infection, Faculté de Médecine, de
Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Titre : Evaluation de la
réponse anticorps anti-LSA1-41 de Plasmodium ƒalciparum dans le paludisme urbain non
aggravé à Dakar –Sénégal, de juin 2013 au 28 février 2014. Directeur de thèse : Prof. Alioune
DIEYE ; Co-directeur : Dr Babacar MBENGUE
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Enseignements
M. Vincent RICHARD, M. Adama TALL
- Master 1 de bactériologie de l'Université Cheikh Anta Diop Dakar (Epidémiologie des
maladies transmissibles, 10 heures de cours)
- DEA Statistiques Appliquées, Université Gaston Berger Saint Louis (Initiation aux statistiques
avec le logiciel R, 40 heures de cours)
- Cours AMP – Bénin (1 semaine, 8 heures de cours et encadrement des travaux dirigés)
- Participation à la formation scientifique des personnels et des stagiaires de l'Institut Pasteur
avec six séances de formation portant sur les différents types de données, leur analyse
descriptive et les tests de comparaisons à utiliser.
Accueil d’étudiants et de stagiaires, encadrement de mémoire et thèses
Fall Aissatou – Université Gaston Berger-Master 2 de statistiques appliquées – 1° septembre 2013 au
28 février 2014 - Facteurs de risque du paludisme à Dielmo et Ndiop sur la période 20082012. Mémoire soutenu le 13 mars 2014. Stage encadré par Vincent Richard
Ndoye Mamadou – Université Gaston Berger-Master 2 de statistiques appliquées – 1° septembre 2013
au 28 février 2014 - Facteurs de non observance de la prophylaxie post exposition suite à une
morsure au centre de traitement antirabique de Dakar. Mémoire soutenu le 13 mars 2014.
Stage encadré par Emmanuelle Espié puis Vincent Richard.
Enseignement
Dr Mawlouth Diallo et Dr Ibrahima Dia ont participé aux enseignements du Master II d’entomologie
agricole, vétérinaire et Médicale de l’école doctorale «Sciences de la vie et de la Santé de
l’UCAD»
Dr Ibrahima Dia a participé :
- aux enseignements en entomologie médicale des agents sanitaires de l'Ecole Nationale de
Développement Sanitaire et Social (ENDSS).
- au Cours National de Paludologie pour les cadres intermédiaires (2e et 3e session) organisé
par l’lnstitut de Santé Et Développement (ISED) et le Programme National de Lutte contre le
Paludisme (PNLP) sur «l’identification des vecteurs du paludisme» les 6 février et le 1e mai
2013.
Mr Talla Cheikh, doctorant en statistiques appliquées au vivant, Université Gaston Berger, Saint Louis
sur le thème « analyse statistique et modélisation de la dynamique spatio-temporelle des
moustiques du Sénégal». Encadrement : Dr Mawlouth Diallo.
Mr Gaye Alioune, Doctorant école doctorale «Sciences de la vie et de la Santé de l’UCAD» option
Entomologie Médicale. Les vecteurs potentiels de la dengue et des arbovirus associés au rat
noir. Encadrement : Dr Mawlouth Diallo.
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Mr Ndiaye El Hadji, Doctorant école doctorale «Science de la vie et de la Santé de l’UCAD» option
Entomologie Médicale. Thème : « Mécanismes de maintien et d’émergence du virus de la
fièvre de la vallée du Rift », (UCAD). Encadrement : Dr Mawlouth Diallo.
Mr Diagne Cheikh Tidiane, Doctorant école doctorale «Science de la vie et de la Santé de l’UCAD»
option Entomologie Médicale (UCAD). Mécanismes d’émergence du virus de la Chikungunya
et Zika à Kédougou. Encadrement : Dr Mawlouth Diallo
Mr Niang El Hadji Amadou, Doctorant école doctorale «Science de la vie et de la Santé de l’UCAD»:
"Variabilité génétique des populations d’An. gambiae s.l. au Sénégal : implications dans le
contrôle du paludisme". Encadrement : Dr Ibrahima DIA.
Mr Ngom El Hadji Malick, Doctorant école doctorale «Science de la vie et de la Santé de l’UCAD»
«Etude des déterminants climatiques et environnementaux sur la bio-écologie d’An. arabiensis
et leur implication dans la transmission et le contrôle du paludisme en zone sahélienne du
Sénégal». Encadrement : Dr Ibrahima DIA.
Mr Samb Badara, étudiant en Thèse de Troisième Cycle de Biologie Animale de l’UCAD sur le sujet :
«Génétique des néo-populations d’An. funestus de la vallée du fleuve Sénégal». Cette thèse a
été reconvertie en nouvelle thèse depuis la mise en place du système LMD à l’UCAD, de juin
2010 à décembre 2013. Encadrement : Dr Ibrahima DIA. Cette thèse a été soutenue le 28
décembre 2013.
Mlle Sy Faty Amadou, étudiante en Master II de biologie animale à l’UCAD sur le sujet «Evaluation
spatiale de la transmission du paludisme dans une future zone d’essais cliniques »
Encadrement : Dr Ibrahima DIA
Mr Sall Libasse, étudiant en Master II de génétique des Populations à l’UCAD sur le sujet : Évaluation
du rôle de Sergentomyia dubia et Sergentomyia schwetzi dans la transmission à l’homme des
pathogènes liés au rat noir dans les zones de Kédougou, Tambacounda et Kolda (Sénégal).
Encadrement : Dr Yamar BA
Mr Diouf El Hadji, étudiant en thèse de doctorat en accueil au Laboratoire d’Ecologie Vectorielle et
Parasitaire de l’UCAD sur «l’initiation aux techniques de laboratoire (ELISAs et PCR)».
Participation à des Jurys de DEA, thèses et autres mémoires
Mawlouth Diallo a participé en qualité de rapporteur au Jury de thèse de Mr Assane Gueye Fall le 18
avril 2013 à l’UCAD : «Ecologie des arbovirus au Sénégal : exemple de West Nile dans Delta
du Fleuve Sénégal et le Ferlo».
Ibrahima Dia a participé au Jury de thèse de Mr Badara Samb, soutenu le 28 décembre 2013 sur le
sujet : «Génétique des néo-populations d’An. funestus de la vallée du fleuve Sénégal».
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Enseignement
Amy Gassama-Sow
- Enseignement en Bactériologie-Virologie dispensé aux DUT AB, Département Génie
- Chimie et Biologie Appliquée, ESP, UCAD : 2-6h/semaine
- Enseignement dispensé à la Faculté de Médecine, Pharmacie et Odontologie, UCAD :
o Master de Microbiologie Fondamentale et Appliquée : Pathogénie microbienne (20h/
an)
o DU Analyses des Risques et Management de la Qualité Sanitaire et Phytosanitaire :
Risques microbiologiques (4h/ an)
Thèses de Doctorat encadrées : ED-SEV: Option : Biologie et Pathologies Humaines
Bissoum Samb Ba : Sujet : « Etiologies des diarrhées infectieuses à Dakar : Caractérisation des
pathogènes entériques », soutenue le 04 Décembre 2013
Khote Fall Niang : Sujet : « Surveillance intégrée des maladies transmises par les aliments et
l’antibiorésistance des bactéries zoonotiques à Dakar », soutenance prévue en 2014
Mr Lassina Gadi Timbiné : Sujet : Epidémiologie moléculaire de la résistance aux antibiotiques des
bactéries entériques isolées en Afrique de l’Ouest », soutenance prévue en 2014
ED-SEV : Option : Productions et Biotechnologies animales
Ignace Coly : Sujet : « Recherche des souches pathogènes du genre Vibrio dans les produits de la
pêche et dans l’environnement au Sénégal », soutenance prévue en 2014
Amy Gassama-Sow
- Formation des Formateurs sur l’organisation et la méthodologie de l’évaluation des risques,
organisation et exécution des contrôles officiels, Bruxelles, Belgique, 25 Fevrier-08 Mars
2013, Programme EDES (UE)
- Formation sur l’introduction à la mise en place d’un dispositif administratif et scientifique
d’évaluation des risques, Dakar, Sénégal, 28-30 Mars 2013, Programme EDES (UE)
- Regional Training Course on establishment and Application of Microbiological criteria,
Hanoi, Vietnam, 16 november 2013, FAO Regional Office for Asia and the Pacific, Observer
Enseignement
Dr A. Seck
- Bactériologie- virologie 3ème et 4ème année de Pharmacie (25 heures)
- Module Bactériologie-virologie du Master 1 d’immunologie (15 heures)
- Master de Microbiologie Fondamentale et Appliquée (20 heures)
- Travaux Pratiques de 3ème année de Pharmacie (48 heures)
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Trente huits étudians et stagieires ont été accueillis au LAM en 2012.
- Etudiants
o Interne des Hôpitaux de Dakar :
2
o DES-BC :
3
o 4e et 5e année Pharmacie :
4
o Ecole Vétérinaire :
1
o Etrangers :
3
o Techniciens supérieurs :
21
- Infirmières :
4
Formation continue des personnels de l’IPD
Abdoulaye Seck : formation « Outils moléculaires d’étude de la tuberculose », Institut Pasteur à Paris.
Chantal Mahou : Formation en spermiologie par le CECOS et l’Université de Strasbourg.
Biologistes et techniciens : formation pratique PCR temps réel pour la détermination des charges
virales hépatite B par la Société All Diag, Strasbourg lors de l’installation du matériel dédié
(biologistes et techniciens)
Ensemble du personnel du LAM : formation à la norme ISO 15 189 assurée par le Dr Abdelhamid
Gharbi du TUNAC
Khadim Dramé : Maintenance des matériels (formation du RESOLAB).
AB Mbaye : assurance qualité au laboratoire (formation du RESOLAB).
K. Loum, O.Cissé, R.Diallo, M.Fall : Formation d’auditeur qualité sur site.
Laboratoire salubrité, hygiène et environnement
Formations suivies par le personnel du service qualité
Mme Mbow. Atelier sur les métiers d’expert technique
Mme Mbow et Mme Gomis
- Formation sur la norme ISO 15189
- Exécution du contrôle officiel, financé par EDES (Mme Mbow, Colette Gomis)
Seydou Dème
- Incertitudes de mesures en microbiologie alimentaire, financé par EDES
Mme Colette Gomis. DU analyses des risques et management de la qualité sanitaire et phytosanitaire.
Ndèye Mossane Diébaté. Atelier international sur la sécurité sanitaire des aliments et l’innovation
technologique, financé par l’entrepreneuriat et le secteur informel-Wallonie de Bruxelles.
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Service assurance-qualité
Enseignement
Babacar Gning
- Participation en tant que formateur à l’atelier de formation sur la check-list SLIPTA organisé
par la Direction des Laboratoires, à l’Université de Formation et de Recherche (UFR) de Thiès
de janvier 2013 au 1er février 2013
- Participation en tant que facilitateur à l’atelier de formation au système de gestion de la
qualité au laboratoire, organisé par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) à Brazzaville,
du 15 au 19 Avril 2013
- A l’Institut Pasteur de Dakar
o Management de la qualité pour le personnel des unités de recherche (Immunologie,
Immunogénétique, Entomologie et Epidémiologie) et du service médical & centre de
vaccination internationale de mars à juillet 2013 ;
o Système documentaire pour le personnel des unités de recherche (Immunologie,
Immunogénétique, Entomologie et Epidémiologie) et du service médical & centre de
vaccination internationale de mars à Juin 2013 ;
o Système documentaire et les méthodes de résolution de problèmes le 21 Juin
2013 dans le cadre des activités de la Direction scientifique de l’IPD;
o Exigences de la norme ISO 17025 v 2005 pour les nouveaux techniciens supérieurs
du Laboratoire de Sécurité Alimentaire et d’Hygiène de l’Environnement (LSAHE) et
des agents de laboratoire
o Encadrements réalisés par le service qualité :
 nouveaux auditeurs internes (04 sur les 08 formés ont participé à deux audits
internes en tant qu’auditeur en formation)
 Encadrement des nouveaux référents qualité des unités de recherche et du
service médical.
Formations suivies par le personnel du service qualité
Babacar Gning et Maïmouna DIOP
- Formation à la norme ISO 15189 version 2012 et à l’audit du système de management selon
l’ISO 19011 version 2012, dispensé par le Dr. Gharbi Abdelhamid, au sein de l’IPD du 04 au
13 Février 2013
- Formation interne sur les fondements et les évolutions des BPF par l’IFIS (du 22 au 25
Octobre 2013) pour le compte de l’UVFJ
- Formations sur les Bonnes Pratiques de Fabrication (BPF) réalisées par l’expert Mr Roland
Guinet en janvier 2013 (du 21 au 25) et en décembre 2013 (du 02 au 06) pour le compte de
l’UVFJ
- Formation sur l’évaluation qualité des laboratoires de biologie médicale et l’outil SLIPTA
(Stepwise Laboratory Improvement Process Towords Accréditation) organisée par la
Direction des Laboratoires du Sénégal du 28 janvier au 1er Février 2013 à Thiès
- Modules de formations des membres du CHS réalisées par le DRH dans le cadre du
renforcement des capacités des membres
Maïmouna DIOP
- « Perfectionnement du responsable qualité » du 02 au 03 Avril 2013 à AFNOR – Paris
124 sur 137
Babacar Gning
- Système de Management Intégré Qualité- Sécurité-Environnement (SMI QSE) à Démos en
France du 27 au 31 Mai 2013
Service informatique
Enseignement
Deux sessions de formation sur l'utilisation des outils mis en place par le Service Informatique ont été
organisées en 2013 : La première a eu lieu le 22 mai avec 17 participants, la seconde le 05 juin avec
19 participants.
Grace Freddy Engobo, du 18 mars au 18 mai 2013, étudiant en 3ème année Licence Professionnelle à
l'Institut Supérieur d'Informatique sur le sujet : Etude de la mise en place d'une solution de
sauvegarde : backup Manager.
Gaoussou Leyli Diallo, du 04 au 20 Juillet 2013, étudiant en 2ème année de DST en
Télécommunication et Réseaux à l'Ecole Supérieure Polytechnique de Dakar sur le sujet :
Adaptation de GLPI pour la gestion du matériel scientifique de l'Institut Pasteur de Dakar et le
suivi des demandes d'intervention adressées au Service Maintenance.
Service de métrologie
Enseignement
Mamadou Diakité. Participation de l’encadrement à des séminaires comme animateur (module
métrologie au DU de rétrovirologie du LBV de l’hôpital Aristide le Dantec).
125 sur 137
Publications et Communications
Les noms des auteurs rattachés à l’Institut Pasteur de Dakar sont soulignés.
Les publications et communications sont regroupées par laboratoires.
Quand les auteurs d’une même publication appartiennent à différents laboratoires de l’IPD, celle-ci a
été répertoriée (i) dans le laboratoire d’appartenance du premier auteur, (ii) si le premier auteur n’était
pas rattaché à l’IPD, dans le laboratoire d’appartenance du dernier auteur, (iii), si ni le premier ni le
deernier auteur n’appartenaient à l’IPD, dans le laboratoire d’appartenance de l’auteur ayant le
meilleur rang.
126 sur 137
Publications
Biological and phylogenetic characteristics of yellow fever virus lineages from West Africa.
Stock NK, Laraway H, Faye O, Diallo M, Niedrig M, Sall AA.
J Virol. 2013 Mar;87(5):2895-907. doi: 10.1128/JVI.01116-12. Epub 2012 Dec 26.
Clarifying Bunyamwera virus riddles of the past.
Dilcher M, Sall AA, Hufert FT, Weidmann M.
Virus Genes. 2013 Aug;47(1):160-3. doi: 10.1007/s11262-013-0918-y. Epub 2013 May 18.
PubMed PMID: 23686694.
Comparative full length genome sequence analysis of Usutu virus isolates from Africa.
Nikolay B, Dupressoir A, Firth C, Faye O, Boye CS, Diallo M, Sall AA.
Virol J. 2013 Jul 1;10:217. doi: 10.1186/1743-422X-10-217. PubMed PMID: 23816256; PubMed
Central PMCID: PMC3716710.
Development of a Usutu virus specific real-time reverse transcription PCR assay based on
sequenced strains from Africa and Europe.
Nikolay B, Weidmann M, Dupressoir A, Faye O, Boye CS, Diallo M, Sall AA.
J Virol Methods. 2013 Sep 12. pii: S0166-0934(13)00386-8. doi: 10.1016/j.jviromet.2013.08.039.
[Epub ahead of print]
Development of one-step quantitative reverse transcription PCR for the rapid detection of
flaviviruses.
Patel P, Landt O, Kaiser M, Faye O, Koppe T, Lass U, Sall AA, Niedrig M.
Virol J. 2013 Feb 14;10:58. doi:10.1186/1743-422X-10-58. PubMed PMID: 23410000; PubMed
Central PMCID: PMC3616844.
Full-length genome sequence of Ntaya virus.
Dilcher M, Sall AA, Hufert FT, Weidmann M.
Virus Genes 2013 Feb;46(1):162-4. doi: 10.1007/s11262-012-0825-7. Epub 2012 Sep 21.
Quantitative real-time PCR detection of Zika virus and evaluation with field-caught Mosquitoes.
Faye O, Faye O, Diallo D, Diallo M, Weidmann M, Sall AA.
Virol J. 2013 Oct 22;10(1):311. doi: 10.1186/1743-422X-10-311.
Yellow Fever outbreak in Darfur, Sudan in October 2012; the initial outbreak investigation
report.
Soghaier MA, Hagar A, Abbas MA, Elmangory MM, Eltahir KM, Sall AA.
J Infect Public Health. 2013 Oct;6(5):370-6. doi: 10.1016/j.jiph.2013.04.007. Epub 2013 Jun 25.
PubMed PMID: 23999341.
Communications orales
Laboratoire mobile pour le diagnostic des fièvres hémorragiques virales en Afrique.
Faye O, Pranav P, Faye O, Weidmann M, Niedrig M, Sall AA.
9ème Congrès International Francophone de la Société de Pathologie Exotique UCAD 2
Dakar, Sénégal – 12-14 novembre 2013
127 sur 137
Diversité génétique du virus West Nile et Compétence vectorielle des moustiques Culex au
Sénégal.
Fall G, Diallo M, Loucoubar C, Faye O, Sall AA.
9ème Congrès International Francophone de la Société de Pathologie Exotique UCAD 2 Dakar,
Sénégal – 12-14 novembre 2013
Communications affichées
Analyse de la réplication de souches recombinantes du virus Zika sur des cellules de vertébrés et
d’invertébrés.
Zein N, Faye O, Faye O, Sall AA.
9ème Congrès International Francophone de la Société de Pathologie Exotique UCAD 2 Dakar,
Sénégal – 12-14 novembre 2013
Rapid point-of-care detection of seven hemorrhagic fever viruses using reverse transcription
recombinase polymerase amplification assay - Time to react fast to outbreaks.
El Wahed AA, Patel P, Heidenreich D, Faye O, Niedrig M, Sall AA, Hufert FT, Weidmann M
62 th Annual Meeting ASTMH, 13-17 Novembre 2013, Washington, USA. Poster primé.
Structural comparison of the antigenic characteristics of Usutu virus and West Nile virus
envelope protein.
Nikolay B, Fall G, Boye CSB, Sall AA, Skern T.
62th Annual Meeting ASTMH, 13-17 Novembre 2013, Washington, USA.
Publications
A subregional analysis of epidemiologic and genetic characteristics of influenza A(H1N1)pdm09
in Africa: Senegal, Cape Verde, Mauritania, and Guinea, 2009–2010.
Dia N, Niang Ndiaye M, de Lourdes Monteiro M, Koivogui L, Ould Bara M, and Diop OM.
Am J Trop Med Hyg. 2013 May;88(5):946-53. doi: 10.4269/ajtmh.12-0401. Epub 2013 Mar 18.
Spread of Influenza A(H1N1) oseltamivir-resistant viruses in Africa in 2008 confirmed by
multiple introductions in Senegal.
Dia N, Niang MN, Diadhiou SA, Goudiaby DG, Faye A, Kiori1 D, Bâ M, Michel R, Diop OM.
BMC Infect Dis. 2013 Feb 27;13:106. doi: 10.1186/1471-2334-13-106.
Spatiotemporal circulation of influenza viruses in five African countries 2008-2009 : a
collaborative study of the Institut Pasteur international Network
Heraud JM, Njouom R, Rousset D, Kadjo H, Caro V, Niang Ndiaye M, Victoir K, Collard JM,
Orelle A, Yekwa EL, Ekaza E, Razanajatovo NH, Adamou L, Biscornet L, Enouf V, Van der Werf
S, Diop OM.
3rd Annual World Congress of Microbes-2013 (WCM+2013) Wuhan ,China Grand, 30 July -1
August 2013.
Effectiveness of Seasonal Influenza Vaccination of Children Against H1N1 (2009) Influenza
during the First Wave of the Pandemic in Senegal.
Victor JC, Diallo A, Niang M, Ortiz JR, Diop D, Sugimoto J, Lewis K, Diarra B, Faye A, Lafond
KE, Zangeneh S, Sokhna C, Diop O, Halloran ME, Neuzil KM, Widdowson MA
Options for the Control of Influenza VIII September 6, 2013 Cape Town SA
128 sur 137
Effectiveness of seasonal influenza vaccination of children in tropical developing Africa : a
cluster-randomized trial, Options for the Control of Influenza VIII September 6, 2013
Victor J, Diallo A, Niang M, Ortiz J, Diop D, Sugimoto J, Lewis K, DiarraB, Faye A, LaFond K,
Zangenah S, Sokhna C, Diop O, Halloran M, Widdowson MA, Neuzil K
Options for the Control of Influenza VIII September 9, 2013
Prevalence and diversity of viral respiratory infections in eldery in Senegal
Dia N, Kiori D, Cisse K, Goudiaby D, Diop O, Niang MN
Options for the Control of Influenza VIII September 9, 2013
Publications
Differential production in vitro of antigen specific IgG1, IgG3 and IgA: a study in Schistosoma
haematobium chronically infected individuals.
Béniguel L, Diallo TO, Remoué F, Williams DL, Cognasse F, Charrier-Mze N, N’Diaye AA,
Perraut R, Capron M, Riveau G, Garraud O.
Paras Immunol 2013 ;25(1),39-44.
Malaria-specific antibody subclasses in immune individuals: a key source of information for
vaccine design.
Garraud O, Mahanty S, Perraut R.
Trends in Immunology 2013;24(1):30-35.
Small molecule Plasmodium FKPB35 inhibitor as a potential antimalaria agent
Harikishore A, Niang M, Rajan S, Preiser PR, Yoon HS.
Sci Rep. 2013;3:2501. doi: 10.1038/srep02501.
STEVOR-mediated rosetting properties in Plasmodium falciparum: implications for malaria
pathogenesis.
Niang M, Pelly S, Pin Yeo K, Amaladoss A, Preiser PR.
6th Multilateral Initiative for Malaria Conference, Durban, South Africa, 6 - 11 Octobre 2013.
Malaria Immunological responses in children less than 10 years in Toubacouta district, Sokone,
Senegal 2010. EDCTP/WANETAM/Clinical Sites Project.
Diop F, Espié E, Niass O, Diouf B, Faye M, Diéne Sarr , Dia I, Sokhna C, Tall A, Toure A.
VI Conférence du Multilateral Initiative for Malaria, Durban-South Africa, 6-11 Octobre 2013
Dramatic decrease of antibodies prevalence to Plasmodium falciparum crudes extracts between
2000 and 2010 in Dielmo and Ndiop, Senegal.
Diop F, Richard V, Diouf B, Sokhna C, Diagne N, Trape JF, Faye MM, Tall A, Diop G, Toure A.
Optimization of a sensitive chemiluminescence-based Antibody-Dependent Respiratory Burst
(ADRB) assay as tool to evaluate anti-malarial immunity in endemic populations.
Mansourou A, Joos C, Diouf B, Niass O, Tall A, Longacre S, Perraut R, Touré A..
129 sur 137
Assessment of the impact of malaria control programs in Madagascar using 15 serological
markers simultaneously in a single MAGPIX® (Luminex) multiplex assay.
Kesteman T, Ravaoarisoa E, Guillotte M, Perraut R, Mercereau-Puijalon O, Rogier C,
Randrianarivelojosia M, Vigan-Womas i.
Analysis in a Senegalese holoendemic setting of IgG response to MSP1-p19 and PF13-DBL1α1
domain of Plasmodium falciparum using a novel magnetic beads-based multiplex assay
(MAGPIX®-Luminex).
Perraut R, Richard V, Tall A, Trape JF, Guillotte M, Toure Balde A, Longacre S, Sokhna C,
Mercereau-Puijalon O, Vigan-Womas i.
Ethique de la prise en charge du cancer.
Dieye A.
6ème Congrès de l’Association sénégalaise des gynécologues-obstétriciens, Dakar 2-4 juillet 2013.
Antibodies to Plasmodium falciparum merozoite surface protein and neutrophil respiratory
burst activity are associated with clinical outcome in severe urban malaria.
Mbengue B, Ndiaye RD, Sylla Niang M , Diop G, Diouf B, Thiam A ,Toure A, Perraut R
& Dieye A.
15th International Congress of Immunology August 22-27, 2013, Milan, Italy.
La vaccination antipalustre.
Mbengue B, Sylla-Niang M, Dieye TN, Dieye A .
VIIIèmes Journées Scientifiques des Départements de Pharmacie, Dakar, 11 -12 Décembre 2013.
L’immunité antipalustre.
Mbengue B, Ka O, Thiam A, Ndiaye-Diallo R, Diop G, Sylla-Niang M, Diop G, Dieye TN, Dieye
A.
VIIIèmes Journées Scientifiques des Départements de Pharmacie, Dakar, 11 -12 Décembre 2013.
Evaluation des réponses IgG anti-P. falciparum chez des patients vivant en milieu urbain :
Formes graves versus accès simple.
Mbengue B, Basse A, Badiane M, Niang B, Fall B, Ka O, Diatta B, Diop G , Ndiaye RD, Thiam A,
Toure A, Longacre S, Perraut R et Dieye A .
VIIIèmes Journées Scientifiques des Départements de Pharmacie, Dakar, 11 -12 Décembre 2013.C
16.
Analyse des réponses Ac dirigées contre les antigènes PF13, LSA-41et CSP de P. falciparum dans
le paludisme urbain non aggravé dans la région de Dakar.
Mbengue B, Bah AS, Charif S, Mouzdalifat K, Ali Said B, Fafa A, Ka O, Thiam A, Diop G ,
Ndiaye RD, Sylla-Niang M, Dieye TN, Perraut R et Dieye A.
VIIIèmes Journées Scientifiques des Départements de Pharmacie, Dakar, 11 -12 Décembre 2013
130 sur 137
Analysis of antibody responses against multiple Plasmodium falciparum blood stage antigens
and their relationship with clinical outcome in severe urban malaria of Dakar.
Mbengue B, Basse A, Badiane M, Niang B, Diatta B, Toure A, Longacre S, Perraut R, Dieye A.
Publications
Assessment of vaccination coverage among travelers to areas where yellow fever is endemic
(Senegal).
Rapp C, Fall KB, Tall A, Michel R, Royon P, de Gentile L, Leroy JP, Caumes E, Bouchaud O.
Med Sante Trop. 2013 May 1;23(2):236.
Asthma and atopic dermatitis are associated with increased risk of clinical Plasmodium
falciparum malaria.
Herrant M, Loucoubar C, Bassène H, Gonçalves B, Boufkhed S, Diene Sarr F, Fontanet A, Tall A,
Baril L, Mercereau-Puijalon O, Mécheri S, Sakuntabhai A, Paul R.
BMJ Open. 2013 Jul 24;3(7) doi:pii: e002835. 10.1136/bmjopen-2013-002835.
High number of previous Plasmodium falciparum clinical episodes increases risk of future
episodes in a sub-group of individuals.
Loucoubar C, Grange L, Paul R, Huret A, Tall A, Telle O, Roussilhon C, Faye J, Diene-Sarr F,
Trape JF, Mercereau-Puijalon O, Sakuntabhai A, Bureau JF.
PLoS One. 2013;8(2):e55666. Epub 2013 Feb 6.
Looking for Tropheryma whipplei source and reservoir in rural senegal.
Keita AK, Mediannikov O, Ratmanov P, Diatta G, Bassene H, Roucher C, Tall A, Sokhna C, Trape
JF, Raoult D, Fenollar F.
Am J Trop Med Hyg. 2013 Feb;88(2):339-43. doi: 10.4269/ajtmh.2012.12-0614.
Multiplex Real-Time PCR Diagnostic of Relapsing Fevers in Africa
Elbir H, Henry M, Diatta G, Mediannikov O, Sokhna C, Tall A, Socolovschi C, Cutler SJ, Campelo
D, Barker SC, Raoult D, Drancourt M.
PLoS Negl Trop Dis. 2013 January; 7(1): e2042.
Plasmodium falciparum susceptibility to anti-malarial drugs in Dakar, Senegal, in 2010: an ex
vivo and drug resistance molecular markers study.
Fall B, Pascual A, Sarr FD, Wurtz N, Richard V, Baret E, Diémé Y, Briolant S, Bercion R, Wade
B, Tall A, Pradines B.
Malar J. 2013 Mar 20;12:107. doi: 10.1186/1475-2875-12-107.
Point-of-Care Laboratory of Pathogen Diagnosis in Rural Senegal.
Sokhna C, Mediannikov O, Fenollar F, Bassene H, Diatta G, Tall A, Trape JF, Drancourt M,
Raoult D.
PLoS Negl Trop Dis. 2013 Jan;7(1):e1999. doi: 10.1371/journal.pntd.0001999.
Survey of Naegleria fowleri in geothermal recreational waters of Guadeloupe (French West
Indies)
Moussa M, De Jonckheere JF, Guerlotté J, Richard V, Bastaraud A, Romana M, Talarmin A.
Plos One 2013;8(1): 54414. doi:10.1371.
131 sur 137
The Correlation of Q fever and Coxiella burnetii DNA in household environments in rural
Senegal
Ratmanov P, Bassene H, Fenollar F, Tall A, Sokhna C, Raoult D, Mediannikov O.
Vector Borne Zoonotic Dis.2013 Jan;13(1):70-2. doi: 10.1089/vbz.2012.1060.
What can the 2009 influenza outbreak teach us about the risk of a severe pandemic ? The
Madagascarexperience : a reply
Richard V, Rajatonirina S
Epid Infect (letter) 2013; doi:10.1017/S095026881200307X
Renforcement du réseau de surveillance sentinelle de la grippe au Sénégal.
Thiam D, Niang M, Dia N, Diene Sarr F, Goudiaby D, Senghor ML, Kiori D, Faye T, Espié E, Ba
IO, Richard V.
Congrès de la société de pathologie exotique, Dakar, Sénégal, Novembre 2013
Enhancement of the influenza sentinel surveillance network in Senegal.
Diene Sarr F, Niang M, Dia N, Thiam D, Goudiaby D, Senghor ML, Kiori D, Faye T, Espié E, Ba
IO, Richard V
Option for the control of Influenza VIII°, Capetown, Afrique du Sud, Septembre 2013
Thèses et mémoires
Facteurs de risque du paludisme à Dielmo et Ndiop sur la période 2008-2012.
Fall A
Mémoire de Master 2 de statistiques appliquées, Université Gaston Berger, Saint-Louis, Sénégal
Facteurs liés à la non-observance de la prophylaxie post exposition suite à une morsure au
centre de traitement antirabique de Dakar entre avril et septembre 2013.
Ndoye M
Mémoire de Master 2 de statistiques appliquées – Université Gaston Berger, Saint-Louis, Sénégal.
Publications
Bloodfeeding patterns of sylvatic arbovirus vectors in southeastern Senegal.
Diallo D, Chen R, Diagne CT, Ba Y, Dia I, Sall AA, Weaver SC, Diallo M.
Trans R Soc Trop Med Hyg. 2013 Mar;107(3):200-3. doi: 10.1093/trstmh/trs095.
Breakdown in the process of incipient speciation in Anopheles gambiae.
Nwakanma DC, Neafsey DE, Jawara M, Adiamoh M, Lund E, Rodrigues A, Loua KM, Konate L,
Sy N, Dia I, Awolola TS, Muskavitch MA, Conway DJ.
Genetics. 2013 Apr;193(4):1221-31. doi: 10.1534/genetics.112.148718. Epub 2013 Jan 18.
Entomological evaluation of the risk of urban outbreak of yellow fever in 2008 in Abidjan, Côte
d'Ivoire.
Kone AB, Konan YL, Coulibaly ZI, Fofana D, Guindo-Coulibaly N, Diallo M, Doannio JM, Ekra
KD, Odehouri-Koudou P.
Med Sante Trop. 2013 Jan-Mar;23(1):66-71.
132 sur 137
Malaria transmission pattern in an area selected for clinical trials in the sudanian area of
senegal (west Africa).
Niang el HA, Touré A, Ngom el HM, Konaté L, Faye O, Diallo M, Dia I.
J Trop Med. 2013;2013:907375. doi: 10.1155/2013/907375. Epub 2013 Feb 5.
Rift Valley fever dynamics in Senegal: a project for pro-active adaptation and improvement of
livestock raising management.
Lafaye M, Sall B, Ndiaye Y, Vignolles C, Tourre YM, Borchi FO, Soubeyroux JM, Diallo M,
Dia I, Ba Y, Faye A, Ba T, Ka A, Ndione JA, Gauthier H, Lacaux JP.
Geospat Health. 2013 Nov;8(1):279-88.
Spatio-temporal analysis of host preferences and feeding patterns of malaria vectors in the
sylvo-pastoral area of Senegal: impact of landscape classes.
Ngom el HM, Ndione JA, Ba Y, Konaté L, Faye O, Diallo M, Dia I.
Parasit Vectors. 2013 Nov 19;6(1):332. doi: 10.1186/1756-3305-6-332.
Yellow fever outbreak in central part of Senegal 2002: epidemiological findings.
Diallo M, Tall A, Dia I, Ba Y, Sarr D, Ly AB, Faye J, Badiane A, Diakhaby G, Faye PC, Michel R,
Diatta B, Nabeth P, Marrama L & Sall AA
Journal of Public Health and Epidemiology 2013, 5 (6), 243-256.
Advances and perspectives in the study of the malaria mosquito Anopheles funestus. In
"Anopheles mosquitoes - New insights into malaria vectors"
Dia I, Guelbeogo M & Ayala D,
edited by Sylvie Manguin. InTech Publisher, 2013, Chapter 7, 197-220.
Reproductive isolation among sympatric molecular forms of Anopheles gambiae from southeastern Senegal.
Niang E.A., Konate L., Diallo M., Faye O. & Dia I., 2013 Travel awards. 6th International Congress of the Society for Vector Ecology (SOVE). La Quinta
(Palm springs). California. September 2013, 22-28.
First report of pyrethroid Resistance in an Anopheles funestus Population from Senegal.
Samb B, Wondji C.S, Dia I, Konate L. & Faye O.
6th MIM Pan-African Malaria Conference, 2013. Durban, South Africa.
The Barkedji pilot project : entomological findings on malaria vectors.
Dia I., Ngom El. M., Ndione J.A., Ba Y. & Diallo M
QWeCI project annual meeting, Barcelona, 2013, 16-17 may.
Impact of IRS on entomological indicators and malaria prevalence in Senegal
Konate L., Sy M.D., Dia I., Diagne M., Dorson E., Twing J. & Faye O
AIRS Symposium, 6th MIM Pan-African Malaria Conference, 2013. Durban, South Africa.
Rapports techniques
Investigation d’une épidémie de fièvre jaune en Ethiopie, juillet 2013.
Y Ba.
Investigation de deux épidémies de Fièvre de la vallée du Rift au Sénégal en novembre 2013
Diallo D.
133 sur 137
Investigation d’une épidémie de Dengue en Ethiopie, décembre 2013
Diallo M.
Publications
Community-acquired diarrhea among children and adults in urban setting in Senegal: clinical,
epidemiological and microbiological aspects
Sambe-Ba B, Espié E, Faye ME, Timbiné LG, Sembene M, Gassama-Sow A.
BMC Infect Dis. 2013 Dec 9;13:580. doi: 10.1186/1471-2334-13-580.
Emergence of quinolone resistance in Salmonella and Shigella strains isolated from diarrhoea in
Senegal.
B Sambe-Ba, A Seck, LG Timbine, AA Wane, A Gassama-Sow.
J Global Antimicrob Resist 2013; 1:231-232.
Etiologies des diarrhées aiguës infantiles et antibiorésistance des bactéries enteropathogènes à
Dakar.
Fall-Niang NK, Sire JM , Samb B, Tall A, Breurec S, Ndour MM, Faye G, Garin B, GassamaSow A.
Dakar Med. 2013;58 (1) : 1-10
Identification des risques et determination des points critiques dans une restauration
collective universitaire à Dakar.
Faye S, Sow D, Gassama Sow A.
Dakar Med. 2013;58 (1) : 23-34
Non contiguous-finished genome sequence and description of Clostridium dakarense spp. nov.
Lo CI, Mishra AK, Padhmanabhan R, Samb Ba B, Gassama-Sow B, Robert C, Couderc C, Faye N,
Raoult D, Fournier PE, Fenollar F.
Stand Genomic Sci 08/2013; 9: 14-27; DOI:10.4056/sigs.4097825.
Sensibilité aux antibiotiques et supports génétiques de la résistance des souches de Shigella
flexneri isolées à Dakar de 2001 à 2010.
Samb-Ba B, Seck A, Wane A.A., Fall-Niang NK., Gassama-Sow A.
Bull Soc Pathol Exot. 2013 May;106(2):89-94. doi: 10.1007/s13149-013-0283-z. Epub 2013 Mar
12.
Sensibilité aux antibiotiques des souches de bactéries entéropathogènes isolées en Afrique de
l’Ouest (Burkina Faso, Mali, Sénégal),
Timbiné L. G., Wane A. A., Fall N. K., Abdou M., Barro N., Sangaré L., Bougoudogo F.,
Gassama Sow A. 2013.
Dakar Med 2013; 58 (2) : 80-88.
Vibrio cholerae and Vibrio parahaemolyticus detected in seafood products from Senegal
Coly I, Sow AG, Seydi M, Martinez-Urtaza J.
Foodborne Pathog Dis. 2013 Dec;10(12):1050-8. doi: 10.1089/fpd.2013.1523. Epub 2013 Oct 22.
Thèses et mémoires
Etiologies des diarrhées infectieuses à Dakar : Caractérisation des pathogènes entériques »
Bissoum Samb Ba
Thèse soutenue le 04 Décembre 2013
134 sur 137
Facteurs de virulence et sensibilité de souches de Escherichia coli isolées de selles diarrhéiques
en situation pathogène au Sénégal.
Mouhamadou Lamine Dia
Mémoire soutenu le 11 Janvier 2013. Diplôme de Master de Microbiologie Fondamentale et
Appliquée, (Université Cheikh Anta Diop de Dakar).
Contrôle microbiologique environnementale du bloc opératoire orthopédique du Centre
Hospitalier de l’Ordre de Malte au CHNU de Fann.
Abdoulaye Diop
Mémoire soutenu le 27 Mars 2013. Diplôme de Master de Microbiologie Fondamentale et
Aspects moléculaires de la résistance aux antibiotiques des souches de Escherichia coli
uropathogènes communautaires à Bamako.
Koita Mayrama Sidibé
Mémoire soutenu le 27 Avril 2013. Diplôme de Master de Microbiologie Fondamentale et
Recherche et identification de Campylobacter à partir de selles d’enfants âgés de 0-10ans à
Dakar.
Ayan Ali Ragueh
Mémoire soutenu le 26 Juillet 2013. Diplôme de Master de Microbiologie Fondamentale et
Antibiorésistance des souches d’entérobactéries uropathogènes productrices de bêtalactamases à
spectre étendu d’origine communautaire.
Ndèye Adjaratou Mohamed Diop
Mémoire soutenu le 26 Juillet 2013. Diplôme de Master de Microbiologie Fondamentale et
Publications
Community-acquired infectious diarrhoea in children under 5 years of age in Dakar, Senegal.
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Profil de résistance des souches de SARM isolées au LABM de l’Institut Pasteur de Dakar entre
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Seck A, Boye A, Mahou Ch, Diallo S, Bercion R, Boye CS, Spiegel A.
VIIIème Journée Scientifique des Départements de Pharmacie, 11 et 12 Décembre Hall Grand
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Thèses et Mémoires soutenus en 2013
Essai de modélisation de l’identification des Mycoplasma urogénitaux
Doctorat d’Etat en Pharmacie
Diop-Thiam TF
Contrôle Microbiologique Environnementale du Bloc opératoire du Centre Hospitalier Ordre
de Malte de CHUN de Fann ».
Diop A
Mémoires Master de Microbiologie Fondamentale et Appliquée
Caractérisation des souches d’entérobactéries productrices de BLSE chez des patients adultes
atteints d’infection urinaire à Dakar
Diop NAM
Mémoires Master de Microbiologie Fondamentale et Appliquée
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Rapport Annuel 2013 - Institut Pasteur de Dakar

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