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Unité de recherche
Sujet de thèse
EA 4655 Unité de Recherche Risques Microbiens
Petits ARN régulateurs et virulence chez Enterococcus faecalis
Contact : Alain RINCE
[email protected], Tél. : 02-31-56-55-23, Université de Caen
Les entérocoques sont des pathogènes opportunistes
fréquemment isolés d’infections nosocomiales. Ces
microorganismes peuvent survivre dans des
environnements rudes pour les autres bactéries et font
partie des pathogènes les plus résistants aux
traitements connus.Ces microorganismes ont besoin
d’un contrôle très précis de l’expression de leurs
gènes impliqués dans la virulence et la réponse au
stress, comme les petits ARN (sARN). Ces sARN sont
des régulateurs post-traductionnels qui interagissent
avec leur ARN messagers cibles (ARNm) pour
moduler leur stabilité ou leur traduction. Afin d’identifier
des sARN chez E. faecalis, des expériences de RNASeq ont été réalisées avec des ARN extraits de
cellules cultivées en milieu de culture ou incubées
dans le péritoine de souris. Plus de 20 sARN putatifs
ont été identifiés dans les régions intergéniques du
génome d’E. faecalis, induits dans les conditions
d’infection, suggérant un rôle important dans la
virulence.
Ainsi, le principal objectif de cette thèse sera de
caractériser le rôle de certains sARN dans les
capacités d’infection d’E. faecalis. La première étape
sera de sélectionner les meilleurs candidats par des
analyses
bioinformatiques :
environnement
génomique, analyse des homologies de séquences
avec d’autres sARN déjà identifiés chez d’autres
pathogènes, identification des séquences promotrices
et de cibles potentielles. Puis, l’expression des sARN
choisis sera suivie par RT-PCR quantitative ou
Northern blots. Des mutants seront construits et des
études physiologiques seront réalisées afin de
déterminer le rôle de ces riborégulateurs dans la
cellule. Nous nous intéresserons également à l’impact
de ces sARN sur l’adaptation d’E. faecalis à son hôte
lors d’étude in vivo. Ces différentes approches nous
permettront de mieux comprendre le contrôle de
l’expression de gènes impliqués dans la virulence, afin
d’aboutir à plus long terme à des applications efficaces
pour le traitement des infections à entérocoques.
Le candidat, titulaire d’un M2R, devra
posséder une bonne expérience pratique dans les
domaines de la microbiologie et de la biologie
moléculaire. La maîtrise des techniques de PCR, de
clonage, de mutagenèse, d’extraction d’acides
nucléiques et de physiologie bactérienne est
souhaitable. En outre, des connaissances en
bioinformatique et/ou en exploitation d’analyses
globales en génomique et en transcriptomique seraient
un atout supplémentaire.
Enterococci have emerged as important opportunistic
pathogens commonly isolated from nosocomial
infections worldwide. They can survive in harsh
environments that are lethal for other bacteria and are
among the most drug resistant pathogens known.
These microorganisms require tight control of stress
and virulence gene expression which is accomplished,
among other regulators, by small RNAs. These sRNA
are post-transcriptional regulators that interact with
their mRNA targets to modulate mRNA stability or
translation. In an effort to identify sRNAs in E. faecalis,
RNA-Seq experiments were performed with RNA
extracted from cells grown in laboratory medium and
after incubation in the mouse peritoneum. We
identified more than 20 potential sRNAs in intergenic
regions of the E. faecalis genome that are induced
during infection, suggesting an important role in
pathogenesis.
Consequently, the main objective of this PhD project is
to characterize the roles of sRNA in E. faecalis
capacity of infection. The first step will be to select best
sRNA candidates by bioinformatics analysis: genome
environment, Blast analysis against other human
pathogens genomes, promoter identification, and
potential target sequences. Then, we will follow the
expression pattern of the different sRNA of interest, as
well as their potential target, by qRT-PCR or Northern
blot analysis. Mutants will be constructed and
physiological assays will be performed to determine
the roles of these riboregulators, including during
adaptation inside an infected host using appropriate in
vivo mouse models.
These approaches will allow on the long run to a better
understanding of the control of virulence gene
expression and help to develop new strategies to
counteract infections by E. faecalis.
The applicant, holder of a Master of Science, must
have good experience in the fields of microbiology and
molecular biology. The candidate should have good
experiences in PCR, cloning, mutagenesis, nucleic
acids extraction techniques and bacterial physiology.
In addition, knowledge in bioinformatic and/or genomic
and transcriptomic analyses would be appreciated.
Unité de recherche
Sujet de thèse
U 1199 INSERM Biologie et thérapies innovantes des cancers localement
agressifs
Caractérisation des cibles de microARNs tueurs et des réseaux de régulation
associés dans les cancers de l’ovaire (ApoptomiRs).
Contact : Christophe DENOYELLE
La découverte des miARNs, en révolutionnant la vision
des modalités de régulation génique du fait de leur
mode d’action multi-cibles, ouvre de nouvelles
perspectives thérapeutiques. Alors que l’utilisation des
miARNs en tant qu’agents thérapeutiques représente
un véritable défi, l’identification des cibles de miARNs
impliqués dans la chimiorésistance et des réseaux de
régulation associés pourrait permettre d’exploiter ces
pistes pour proposer des stratégies combinatoires
innovantes. Ce transfert conceptuel d’une étude
fonctionnelle concernant le miR-491-5p vers une
application pharmacologique (association d’un antiEGFR et d’un BH3-mimétique) vient d’être décrit par
notre équipe et fait la preuve de son efficacité.
Le projet ApoptomiRs s’inscrit dans la continuité de la
réalisation d’un criblage fonctionnel d’une banque de
1200 miARNs sur des lignées cancéreuses ovariennes
chimiorésistantes, celui-ci ayant permis d’identifier des
miARNs tueurs (caractère cytotoxique). Il s’agira de (i)
valider la pertinence des miARNs tueurs par des
études fonctionnelles individuelles, (ii) d’identifier les
cibles directes de ces miARNs, ainsi que les
modifications
qu’ils
induisent
au
niveau
transcriptomique et protéomique, (iii) poser des
hypothèses de régulation qui seront modélisées sous
forme de réseaux d’interaction et (iv) valider la
pertinence des cibles identifiées, offrant ainsi la
possibilité de les atteindre à l’aide de molécules
disponibles en clinique ou en développement.
Outre son intérêt fondamental (très peu de cibles de
miARNs identifiées), ce projet a pour objectif
d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour
permettre le développement rationnel de stratégies
basées
sur
de
nouvelles
associations
pharmacologiques pertinentes pour le traitement des
cancers ovariens. Ce projet présente un fort potentiel
de valorisation, ses retombées concernant à la fois la
connaissance de la biologie des cancers de l’ovaire et
le développement de thérapies nouvelles.
The discovery of miRNA, by revolutionizing gene
regulation concepts through their action on multitargets, offers new therapeutic insights. Whereas
miRNAs utilization as novel therapeutic agent is a real
challenge, identification of both miRNA targets
involved in chemoresistance and associated regulation
networks could allow to explore these ways to finally
propose new strategies on the basis of
pharmacological combinations. The proof of this
concept related to the transfer from the functional
study of the miR-491-5p to a pharmacological
application (combination of an EGFR inhibitor with a
BH3-mimetic molecule) has been recently described in
our laboratory and was shown to be effective.
This project entitled “ApoptomiRs” will take place in the
continuation of a high-throughput screening of 1200
miRNAs on chemoresistant ovarian cancer cell lines,
which led us to the identification of killer miRNAs
(cytotoxic effect). It will consist in (i) approving the
relevance of the killer miRNAs thanks to functional
studies, (ii) identifying direct targets, as well as
proteomic and transcriptomic modifications induced by
these miRNAs, (iii) setting regulation hypothesis which
will be modeled as interaction networks and (iv)
validating the relevance of identified targets, thus
offering the opportunity to reach them by molecule(s)
already clinically available or in development.
Besides its fundamental interest (to date few miRNA
targets have been identified), this project will aim to
identify new therapeutic targets to allow the rational
design of new strategies based on relevant
pharmacological combinations to cure ovarian
cancers. This project has great development potential,
its impact relating on both the knowledge of the biology
of ovarian cancer and the development of new
therapies.
Le candidat devra être titulaire d’un master en Biologie
Cellulaire et Moléculaire ou de Cancérologie. Il devra
maîtriser les bases de la biologie cellulaire
oncologique. Il devra être capable de prendre très
rapidement en main les techniques de culture
cellulaire, de mise en évidence de l’apoptose et
d’étude de l’expression génique. La manipulation
préalable d’ARN interférents et une expérience en
expérimentation
animale
seraient
également
appréciées. Le candidat devra présenter une aptitude
au travail en équipe, et s’intégrer dans le cadre d’un
projet faisant appel à diverses collaborations
multidisciplinaires.
The candidate must hold a master’s degree in Cellular
and Molecular Biology or Oncology. He or she will
have gained the basics of oncology and
cellular/molecular biology. He or she should be able to
quickly manage with cell culture, apoptosis and gene
expression studies. Previous experience in the field of
RNAi and of animal experimentation would be
appreciated. Applicants should present an ability to
work with different teams in the context of a
multidisciplinary collaborative work.
Unité de recherche
Sujet de thèse
EA 4650 Signalisation, électrophysiologie des lésions d'ischémie-reperfusion
18
Intérêt de l’imagerie multimodale par TEP/TDM au F-NaF pour l’évaluation
de l’activité de minéralisation des lésions vasculaires et valvulaires aortiques.
Contact : Ludovic BERGER
[email protected], Tél. : 02 31 06 44 45, Université de Caen
La rupture d'une plaque d'athérosclérose est à l'origine
de l'infarctus du myocarde et des accidents
vasculaires
cérébraux.
Plusieurs
mécanismes
physiopathologiques sont impliqués dans la formation
et la progression des plaques d'athérosclérose,
associant inflammation, apoptose, et minéralisation.
L'imagerie moléculaire TEP/TDM a été utilisée pour
caractériser les processus de formation de la plaque.
Des données récentes suggèrent que la TEP/TDM au
18
18
F-fluorure de sodium ( F-NaF) pourrait être un
marqueur de l'activité de calcification vasculaire ou
valvulaire chez des patients porteurs d'un
rétrécissement aortique ou d'une sténose carotide
symptomatique.
18
Le F-NaF est un traceur PET qui détecte les zones
de formation ou de remodelage osseux. Dans le tissu
18
osseux, le F-NaF est directement incorporé dans les
cristaux d'hydroxyapatite par échange avec un groupe
hydroxyle. Il a été récemment suggéré que l'analyse
18
compartimentale (quantitative) d'une TEP/TDM au FNaF serait plus sensible pour la caractérisation des
phénomènes de cicatrisation osseuse sur un modèle
préclinique d'ostéoporose. D'après les informations
mécanistiques extrapolées à partir de la captation
18
osseuse du F-NaF, son incorporation vasculaire ou
valvulaire
reflète
l'activité
de
minéralisation.
Cependant, la validation histologique de cette
hypothèse fait encore défaut.
L'objectif de ce travail de thèse est (1) de confirmer
18
histologiquement que la captation du F-NaF par la
paroi du vaisseau est lié à un phénomène de
minéralisation et non pas l'apoptose sur un modèle
animal de calcification vasculaire (souris apoE-/urémique), (2) d'évaluer l'utilité de la PET/TDM
18
dynamique au F-NaF pour quantifier l'activité de
minéralisation valvulaire sur un modèle préclinique de
rétrécissement aortique, et (3) évaluer le lien entre
l'homéostasie calcique et la fixation vasculaire et
18
valvulaire aortique du F-NaF chez l'homme.
Atherosclerotic plaque rupture is the major precipitant
of acute myocardial infarction and stroke. Various
pathophysiologic processes are involved in the
formation and progression of atherosclerotic plaque,
including inflammation, apoptosis, and mineralization.
Molecular imaging using PET/CT have been applied to
further characterize pathophysiologic processes in
atherosclerotic plaque. Recent data suggested that
18
18
PET-CT with F-sodium fluoride ( F-NaF) may be a
marker of valvular and vascular calcification activity in
patients with aortic stenosis, or with symptomatic
carotid disease.
18
F-NaF is an established PET tracer that detects
novel areas of bone formation and remodeling. In bone
18
tissue, F-NaF is directly incorporated into exposed
hydroxyapatite crystal via an exchange mechanism
with hydroxyl groups. It was recently suggested that
18
compartimental analysis of dynamic F-NaF PET/CT
was more sensitive for the characterization of healing
process in an animal model of osteoporosis. Based on
18
mechanistic information extrapolated from
F-NaF
uptake in bone, vascular and valvular uptake is
believed to reflect active calcification. However,
histological validation of this hypothesis is lacking.
The goal of this PhD work is (1) to confirm
18
histologically that vascular F-NaF uptake is related to
mineralization activity and not to apoptosis in an
animal model of vascular calcification (uremic apoE-/18
mice), (2) to assess the usefulness of dynamic FNaF PET/CT to quantify the calcification activity in a
preclinical model of aortic stenosis, and (3) to evaluate
the relationship between calcium homeostasis and
18
both aortic vascular and valvular F-NaF uptake in
humans.
Le candidat devra être titulaire d’un master en
physiologie ou en imagerie, et être intéressé à
l’expérimentation animale comme aux investigations
chez l’homme. Une expérience des techniques
d’immunohistochimie sera appréciée.
The candidate must hold a master in physiology or in
biomedical imaging, and have a scientific interest in
both preclinical and clinical investigations. Skills in
immunohistochemistry will be appreciated.
Unité de recherche
Sujet de thèse
EA 4651 ABTE
Le concept d'espèce microbienne sentinelle : une approche novatrice
d'évaluation de l'authenticité des matrices alimentaires ?
Contact : Nathalie DESMASURES
Une communauté d’organismes vivants - par
disparition/apparition d’espèces ou variation densitaire
- permet de caractériser l’état d’un écosystème et de
mettre en évidence ses modifications, naturelles ou
provoquées. Ainsi sont les espèces sentinelles, dont la
sensibilité sert d'indicateur précoce de la dégradation
de l'environnement. La notion d’espèce sentinelle est
aujourd’hui principalement utilisée au sein des règnes
animal et végétal.
Nous souhaitons évaluer la pertinence de la notion
d’espèce sentinelle pour qualifier, à travers les
communautés microbiennes, la qualité et/ou
l’authenticité d’écosystèmes alimentaires. En effet, la
plupart des aliments sont caractérisés par des
communautés de densité et de complexité variables,
que les actions anthropiques le long de la chaîne
alimentaire peuvent venir perturber sous l’effet de
divers types de stress.
Le projet se décompose en trois parties afin de valider
le concept sur une matrice alimentaire modèle :
- A partir d’une banque de séquences d’ADNr :
détermination
d’un
coeur
spécifique
de
microorganismes sentinelles caractéristique de la
matrice et mise au point d’une méthode pour la
détection et la quantification in situ des entités le
composant
- Etude physiologique et moléculaire de la résistance
et de la résilience du coeur spécifique face à des
facteurs anthropiques intervenant lors des étapes
précoces de production de la matrice (stress oxydant,
thermique, polluants)
- Validation du concept sur matrices alimentaires de
référence et altérées/frauduleuses.
Le modèle retenu est le lait cru, dont la microflore
initiale a majoritairement pour habitat la peau et les
muqueuses (glande mammaire notamment) de
l’animal et subit de nombreux stress au cours de la
production du lait (résidus de produits de nettoyage et
désinfection, conservation du lait à basse température)
lorsqu’elle s’éloigne des conditions de son habitat.
Le candidat devra être titulaire d’un Master en
Sciences des aliments ou en microbiologie et avoir eu
une première expérience significative dans un
laboratoire de recherche. Il devra avoir de bonnes
connaissances et une expérience pratique en
microbiologie alimentaire et en biologie moléculaire
des procaryotes. Il devra maîtriser les techniques de
PCR ainsi que des outils d’analyse de séquences
nucléotidiques et de design d’amorces. Un intérêt pour
l’écologie microbienne sera apprécié.
Through loss/gain of species or density variation,
biological
communities
allow to
characterize
ecosystems status and to highlight their modifications,
either naturally occurring, or induced. Sentinel species
are thus used, whose sensitivity may early indicate
environment deterioration. Currently the concept of
sentinel species is mainly applied within animal and
plant kingdoms.
We propose to evaluate how relevant is this concept
when applied through microbial communities to
authenticate or to assess quality of food ecosystems.
Most foods are characterized by communities varying
in size and complexity. Anthropization encountered
along the food chain may disturb them by generating
various stresses.
In order to validate the concept of microbial sentinel
species for characterizing a food matrix used as a
model, the following tasks will be realized:
- rDNA sequences will be investigated to define a
specific core of sentinel microorganisms characteristic
of the food matrix and a method will be focused in
order to detect and quantify the core components in
situ
- physiological and molecular studies will be designed
in order to assess stability and resilience of this
specific core in response to anthropogenic factors
involved during the early steps of food production
(oxidative and thermal stresses, pollutants)
- a proof of concept will be realized by using reference
and adulterated food matrix.
The food model will be raw milk, whose initial
microflora mainly originates from animal skin and
mucosa (mammary gland) and undergoes various
stresses during milk production (chemical residues due
to washing and disinfecting steps, cold storage of
milk).
The candidate is titular of a Master degree in Food
Sciences or in Microbiology, and have had a first
significant research experience in an academic
research laboratory. He/She has deep knowledge and
practical experiment in food microbiology and
molecular biology of prokaryotes. His/her skills include
mastering PCR techniques as well as tools for analysis
of nucleotide sequences and primer design. An
interest for microbial ecology would be appreciated.
Unité de recherche
Sujet de thèse
EA 4652 Microenvironnement cellulaire et pathologies
Les agonistes des récepteurs aux estrogènes de type β, une nouvelle
stratégie thérapeutique du lymphome B à cellules du manteau et du myélome
multiple
Contact : Brigitte SOLA
Le lymphome du manteau (MCL) est une hémopathie
maligne agressive, relativement rare, qui est
actuellement incurable. Les cellules tumorales sont
des cellules B matures qui portent la translocation
t(11;14). Cette translocation entraine l'expression de
cycline D1, protéine majeure de régulation du cycle
cellulaire. Le myélome multiple (MM) est une
pathologie plus fréquente, qui touche aussi le lignage
lymphoïde B puisqu'il est caractérisé par la
prolifération de plasmocytes B matures synthétisant
des immunoglobulines. C'est encore une pathologie
incurable. Malgré l'utilisation de nouvelles drogues et
des effets incontestables sur la survie des patients,
presque tous rechutent. Le MM est caractérisé au
niveau moléculaire par des translocations concernant
le gène IGH entrainant l'expression d'une des trois
cyclines D et par une hyperdiploïdie. Ces deux
pathologies ont aussi en commun d'être très
dépendantes de leur microenvironnement. Dans le cas
du MCL et du MM, les nouvelles thérapies proposées
ciblent à la fois les cellules tumorales et leur
microenvironnement.
Toutes les cellules du lignage B, y compris les
plasmocytes, expriment les récepteurs aux estrogènes
de type β (ERβ). Cette propriété peut être utilisée pour
tester les effets d'agonistes sélectifs des ERβ sur des
cellules tumorales B.
Nous nous proposons de tester : a/in vitro les effets du
diarylpropionitrile (DPN) et d’un autre ligand agoniste
de ERβ (ERB 041), sur quatre lignées de MM et quatre
lignées de MCL afin de caractériser les mécanismes
de l'inhibition de la prolifération; b/in vivo les effets du
DPN (et/ou de ERB 041) sur des xénogreffes des
mêmes lignées mais dans des modèles murins plus
proches des pathologies humaines. Les souris
immunodéprimées seront injectées dans la veine
caudale avec les lignées de MM et de MCL exprimant
la GFP et la luciférase pour pouvoir suivre l'évolution
de la maladie par bioluminescence. Le ligand de ERβ
injecté en i.p. devrait entrainer une inhibition ou un
ralentissement de la croissance tumorales. Les cibles
de l’activation de ERβ caractérisées in vitro seront
confirmées in vivo. Dans un second temps, nous
vérifierons les effets antiprolifératifs de ces agonistes
de ERβ sur des cellules primaires isolées de patients
et testerons une éventuelle synergie/additivité en
association avec les molécules utilisées en pratique
clinique.
Notre étude devrait permettre la validation d'un modèle
murin original de MCL, la démonstration de l'intérêt
des agonistes des ERβ en clinique, utilisés seuls ou en
association avec d'autres drogues.
Le candidat doit connaitre les techniques de biologie
cellulaire classiques : culture cellulaire, analyse de la
Mantle cell lymphoma (MCL) is an aggressive
hematologic malignancy, relatively rare, currently
incurable. Tumor cells are mature B cells which carry
the t(11;14). This translocation leads to the expression
of cyclin D1, a major protein of cell cycle regulation.
Multiple myeloma (MM) is a common condition, which
also affects the lymphoid lineage B since it is
characterized by the proliferation of mature plasma B
cells synthesizing immunoglobulins. It is still an
incurable disease. Despite the use of new drugs and
undeniable impact on the survival of patients, almost
all of relapse. MM is characterized at the molecular
level by translocations concerning the IGH gene
resulting in the expression of one of the three cyclin D
and hyperdiploidy. Both conditions have in common to
be very dependent on their microenvironment. In the
case of MCL and MM, the proposed new therapies
target both tumor cells and their microenvironment.
All cells of the B lineage, including plasma cells
express the receptor β type estrogens (ERβ). This
property can be used to test the effects of ERβ
selective agonists on tumoral B cells. We propose to
test: a / in vitro, the effects of diarylpropionitrile (DPN)
and another ERβ agonist ligand (ERB 041) on four MM
and MCL cell lines to characterize the mechanisms of
proliferation inhibition; b / in vivo the effects of DPN
(and/or ERB 041) on the same cell lines in xenografts
mouse models. Immunocompromised mice will be
injected into the tail vein with MM and MCL cell lines
expressing GFP and luciferase in order to follow the
evolution of the disease by bioluminescence. The ERβ
ligand injected i.p. should lead to an inhibition or
slowing of tumor growth. The targets of ERβ,
characterized in vitro, will be confirmed in vivo. In a
second step, we will check the antiproliferative effects
of ERβ agonists in isolated primary cells from patients
and will test a possible synergistic/ additive effects of
ERβ agonists in combination with the molecules used
in clinical practice. Our study should enable validation
of an original mouse model of MCL, demonstrate the
interest of ERβ agonists used alone or in combination
with other drugs in clinical practice.
prolifération, de l'apoptose.
Unité de recherche
EA 4259 Groupe mémoire et plasticité comportementale
Sujet de thèse
effets de stress prénatals sur les capacités d’apprentissage embryonnaire et
post-embryonnaire chez la seiche Sepia officinalis
Contact : Anne-Sophie DARMAILLACQ
[email protected] , Tél. : 02.31.56.68.79, Université de Caen
Ce projet de thèse fait partie et sera pris en charge par
le programme Presto’Cog (ANR Blanc-2014-17). Il vise
à déterminer l’influence de stress artificiels ou naturels
perçus par l’embryon de seiche sur ses capacités
d’apprentissage avant l’éclosion, juste après l’éclosion
et quelques semaines plus tard. Les nouveau-nés de
seiches ne bénéficiant d’aucun soin parental, leurs
chances de survie en milieu naturel dépendent de
leurs capacités à éviter les prédateurs, trouver des
proies, et s’adapter rapidement aux caractéristiques de
l’environnement de la ponte. Cela repose sur de
bonnes capacités d’apprentissage très tôt dans le
développement alors que le cerveau est encore
immature. Plusieurs travaux dans notre laboratoire ont
montré l’influence cruciale de l’expérience prénatale
des embryons dans l’expression des comportements
post-natals (choix des proies, des abris, optimisation
des comportements défensifs). D’autre part, les
données de la littérature apportent des conclusions
contradictoires sur effets délétères ou bénéfiques des
stress perçus par l’embryon sur les comportements du
jeune.
Nous nous proposons de soumettre les embryons de
seiche à des stress naturels (odeurs de prédateur) ou
artificiels (éclairage fort) et de mesurer les
conséquences de ces stimulations sur les capacités
d’apprentissages associatif et non associatif à
différentes étapes clés du développement : prénatale,
néonatale et postnatale.
Pour chaque type d’apprentissage, nous étudierons
l’implication éventuelle de structures cérébrales
d’intérêt (lobes vertical et optiques) à l’aide de
marqueurs d’activation cellulaire.
Ces données seront cruciales tant sur un plan
fondamental pour mieux comprendre les effets de
stress sur les développements cérébral et cognitif, que
sur le versant appliqué, pour envisager des
programmes de réintroduction de juvéniles compétents
en nature et compenser les 30 à 50% d’œufs de
seiche détruits en Basse-Normandie car pondus sur
les casiers relevés par les pêcheurs.
le candidat devra posséder de solides bases en
éthologie et particulièrement en cognition animale.
Une expérience dans le domaine du développement
des comportements sera appréciée. Le candidat devra
pouvoir impulser des idées pour la mise au point de
nouveaux protocoles et être autonome dans l’analyse
des comportements.
This project is part and will be supported by the
Presto’Cog program funded by the ANR (programme
blanc 2014-2017). It aims to determine the effect of
artificial and natural prenatal stress on learning
capabilities in cuttlefish before and after hatching, as
well as later in development. Newly-hatched cuttlefish
do not benefit from parental care and hence their
chances of survival depend on their ability to avoid
predators, to find prey and to rapidly adapt to
characteristics of their environment. This depends on
good learning capabilities that develop while their brain
is still immature. In our lab, we showed that embryonic
experience is crucial to the development of behavior
after hatching (prey and shelter selection, optimization
of defensive behavior). In the literature, it is still
unclear whether embryonic stress has beneficial or
deleterious effects on juveniles’ behaviors.
Embryos will be exposed to natural and artificial stress
(predator odors and strong light respectively). The
effects of these two stressors on associative and
nonassociative learning will be studied at different key
periods of the development: prenatal, neonatal and
postnatal.
For each type of learning, the brain structures
potentially involved in this learning (vertical and optic
lobes) will be studied by measuring the level of
expression of a cellular activity marker.
These data will contribute to a better fundamental
understanding of the effects of stress on brain
development and on learning mechanisms. In addition,
this research will have applications for the
reintroduction of behaviorally-competent juveniles into
the field in order to mitigate the loss of thousands of
eggs laid on traps destroyed during harvest by
fishermen in Basse-Normandie.
the applicant will need to be well-versed in ethology,
particularly in animal cognition. Experience in
analyzing
behavioral
development
would
be
appreciated. The applicant must be proactive in
creating new paradigms and autonomous in their
behavioral analysis.
Unité de recherche
Sujet de thèse
UMR CNRS 7208 BOREA
Variabilité inter-spécifique et intra-spécifique des réponses physiologiques
chez les diatomées toxiques du genre Pseudo-nitzschia : influence du cycle
de vie.
Contact : Pascal CLAQUIN
[email protected], Tél. : 0231565112, Université de Caen
Certaines diatomées du genre Pseudo-nitzschia
(Straménopiles, Bacillariophyceae) produisent une
neurotoxine, l’acide domoïque. L’accumulation de
cette toxine dans les réseaux trophiques engendre des
risques sanitaires importants et des impacts socioéconomiques sur les filières conchylicoles et la pêche
(1). Les réponses physiologiques des espèces de
Pseudo-nitzschia aux facteurs environnementaux sont
encore
difficilement
prévisibles,
limitant
la
compréhension de ces phénomènes. L’importance des
variabilités inter- et intra-spécifique des réponses
physiologiques est peu explorée et le cycle de vie
semble influencer la physiologie de ces diatomées,
notamment au travers des changements de taille
cellulaire (2, 3, 4). En effet, les diatomées de par leur
mode de division singulier sont caractérisées par une
diminution de leur taille cellulaire durant la
multiplication végétative. La reproduction sexuée
permet de restaurer des cellules de grande taille. Il
existe actuellement très peu de connaissances sur
l’influence du cycle de vie sur la physiologie des
diatomées (5). Ce projet propose de caractériser la
diversité inter- spécifique et intra-spécifique au sein du
genre Pseudo-nitzschia. Les objectifs sont donc: 1)
étudier la reproduction sexuée chez quatre espèces et
obtenir des cultures à différents stades du cycle de vie
et 2) caractériser différents indices physiologiques
(taux de croissance, paramètres photosynthétiques,
constantes d’absorption des éléments nutritifs,
production d’acide domoïque) chez différentes
souches pour chaque espèce, à différents stades du
cycle de vie. Les indices physiologiques obtenus
permettront une meilleure paramétrisation des
modèles écologiques de Pseudo-nitzschia et de
production de toxine en intégrant la diversité
spécifique. Ce projet apportera de plus des
connaissances sur les régulations physiologiques
associées au cycle de vie chez les diatomées en
général et la variabilité de ces réponses aux échelles
intra et interspécifiques.
Some marine diatoms of the Pseudo-nitzschia genus
(Stramenopiles, Bacillariophyceae) produce domoic
acid, a neurotoxin. The accumulation of this toxin in
food webs poses a threat to human health and
shellfish industries and fisheries (1). Physiological
responses of different Pseudo-nitzschia species to
environmental factors are still difficult to predict,
hindering the understanding of these toxic blooms. The
importance of inter-specific and intra-specific variability
in physiological responses is still poorly understood
and life cycle also appears to influence the physiology
of these diatoms, through cell size changes (2, 3, 4).
Diatoms, because of their unique division mode, are
characterized by a decrease in cell size during their
vegetative growth phase. Cell size is restored through
sexual reproduction. Few information actually exists on
the influence of life cycle on diatom cell physiology (5).
This project proposes to characterize the inter-specific
and intra-specific diversity in the Pseudo-nitzschia
genus. The main objectives are: 1) to study sexual
reproduction processes for four species and to
produce strains at different stages of the life cycle and
2) to estimate different physiological indices (growth
rate, photosynthetic parameters, constants for nutrient
absorption, domoic acid production) for different
strains of each species at different stages of the life
cycle. The specific physiological indices developed will
help parameterize ecological models of Pseudonitzschia dynamics and toxin production. This project
will also provide innovative results on intra-specific
diversity in diatoms and the influence of their peculiar
life cycle on cell physiology.
Le ou la candidat(e) doit avoir une formation en
biologie marine ou en écophysiologie végétale avec
une expérience du milieu marin. Il/elle doit montrer un
intérêt pour l’écologie et la physiologie des microalgues et les études en laboratoire. Une expérience
de la culture des micro-algues est souhaitée.
The candidate should have studied marine biology or
plant ecophysiology with experience in marine
environment. The candidate should show an interest in
microalgae ecology and physiology and in laboratory
studies. Some experience in culture of microalgae is
required.
Unité de recherche
Sujet de thèse
UMR CNRS 7208 BOREA
Structure et fonctionnement de la niche germinale chez un hermaphrodite
alternatif, l’huître creuse Crassostrea gigas.
Contacts : Kristell KELLNER et Clothilde HEUDE
[email protected], Tél. : 02-31-56-51-14
Les cellules germinales souches (CGS) animales, clés
de la transmission générationnelle, constituent un axe
majeur de recherche fondamentale (1). Leur
microenvironnement (niche germinale) permet le
contrôle de leur devenir, autorenouvellement et
différenciation (2, 3). Les acteurs du système insuline
assurent, par une action paracrine, un contrôle sur le
devenir des cellules souches (4). En outre le maintien
de la pluripotence des CGS mâles ou femelles en lien
avec une production locale d’insuline est retrouvé chez
de nombreuses espèces (5, 6, 7). Si ce contrôle
paracrine est confirmé chez les lophotrochozoaires, il
apparaitrait comme fondamentalement conservé d’un
point de vue évolutif.
L’originalité de Crassostrea gigas (lophotrochozoaire,
mollusque) tient dans l’extrême plasticité de la niche
germinale, capable de générer alternativement une
lignée mâle ou femelle chez un même individu
(hermaphrodisme alternatif). Des marqueurs de CSG
sont connus et leur expression validée dans la niche
(Vasa, Piwi 1 et 2) (8, 9). Notre équipe a décrit certains
acteurs du système insuline et leur rôle dans le
contrôle de la reproduction (10, 11, 12, 13).
La thèse explorera la structure, le fonctionnement
de la niche germinale et l’implication du signal
insuline chez ce lophotrochozoaire. Elle s’appuiera
sur des marqueurs structurels (cadhérine, alphatubuline), de pluripotence (Sox, Gata 1, Klf) et de CSG
(Vasa, Piwi 1,2), retrouvés chez l’huître (14) par HIS et
immunofluorescence, pour préciser les étapes de
renouvellement, de différenciation et de possible
dédifférenciation. L’ensemble des acteurs du signal
insuline sera identifié et leur expression caractérisée
au sein de la niche. Des outils fonctionnels seront
développés pour établir le rôle d’effecteurs du signal
insuline sur le statut des CSG à partir
d’enrichissements de tris cellulaires ou de culture
d’explants, ils viendront en appui aux méthodes de
transgenèse développées dans notre équipe.
Germline stem cells (GSC) are key to genome
transmission to future generations and constitute a
major
focus
of
fundamental
research
(1).
Microenvironment of GSC termed the germinal niche
controls their self-renewal or differentiation (2, 3).
Local insulin signaling plays a critical role in regulating
stem cell behavior (4). GSC pluripotency is maintained
by the paracrine secretion of insulin in the niche in
various vertebrates and invertebrates species (5, 6, 7).
If confirmed in lophotrochozoan species the
modulation of stem cell function by insulin signaling
would appear to be an evolutionary conserved
mechanism.
The originality of the lophotrochozoan mollusc
Crassostrea gigas holds in the extreme plasticity of
germinal niche which can generate male or female line
in a reversible way according with every annual
reproductive cycle (alternative hermaphrodism). GSC
markers have been identified and their expression
characterized in the niche (Vasa, Piwi 1 and 2) (8, 9).
Our research group has also identified some insulin
pathway effectors and their role was assessed in the
control of reproduction (10, 11, 12, 13).
This PhD aims to explore structure and functioning
of the germinal niche and to define implication of
insulin pathway over the reproductive cycle in this
lophotrochozoan species. On the basis of ISH and
immunolabelling approaches using markers of
structure (cadherin, alpha-tubulin), pluripotency (Sox,
Gata1, Klf) and GSC (Vasa, Piwi 1 and 2) identified in
C.gigas (14), the mechanisms of self-renewal,
differentiation and de-differentiation will be specified.
We will describe the whole insulin pathway and the
expression of insulin effectors in germinal niche. To
establish the role of insulin signaling in modulating
stem cell function, functional tools will also be
developed (cell enrichments, cell sorting and explants
culture, use of pathway inhibitors) in complement with
the transgenic methods currently developed in our
team.
Le candidat devra avoir de solides bases en
physiologie de la reproduction animale. Il devra
disposer de connaissances sur la physiologie des
organismes marins, notamment des mollusques
marins. Une expérience en biologie moléculaire (PCR
quantitative, hybridation in situ), en microscopie
confocale et en culture cellulaire animale sera un atout
pour développer ce projet au sein de notre équipe.
The candidate should have a solid experience in
physiology of animal reproduction. He should have
also knowledge on the physiology of marine
organisms, in particular marine molluscs. An
experience in molecular biology (quantitative PCR, in
situ hybridization), confocal microscopy and animal cell
culture techniques would be an asset to develop this
project in our team.
Unité de recherche
Sujet de thèse
UMR 6301 Imagerie et stratégies thérapeutiques
Etude de l’unité neuro-glio-vasculaire en microscopie biphotonique chez le
primate non-humain.
Contact : O. TOUZANI
Les vaisseaux sanguins cérébraux appartiennent à un
plus grand réseau de cellules, y compris les neurones,
les astrocytes et la microglie appelé unité
neurovasculaire (UNV). La régulation du débit sanguin
cérébral nécessite l'activation coordonnée et précise
des neurones, des cellules gliales et des vaisseaux qui
constituent l’UNV fonctionnelle. Durant les 10
dernières années, plusieurs études réalisées chez le
rongeur, ont montré que les astrocytes jouent un rôle
très important dans le couplage entre l’activation
neuronale et la réponse vasculaire. Ces résultats ont
complètement changé le concept classique selon
lequel les changements vasculaires induits par une
stimulation cérébrale sont uniquement le résultat d’une
activité neuronale. Cependant, il reste à définir si
l’implication des astrocytes dans le couplage
neurovasculaire est aussi significative chez l’Homme
qui possède un système astrocytaire différent de celui
des rongeurs (en termes de densité, de morphologie et
de fonction).
Pour adresser cette issue, le projet de thèse sera basé
sur l’utilisation d’un primate non-humain : le
marmouset connu pour avoir un système astrocytaire
plus proche de celui de l’Homme. L’implication des
astrocytes dans le couplage neurovasculaire sera
analysée à l’aide de la microscopie biphotonique dans
des conditions physiologiques et après une
ischémie cérébrale ou des tumeurs cérébrales. En
effet, La microscopie biphotonique représente une
technique récente de choix permettant de réaliser, de
manière séquentielle, des images structurelles et
fonctionnelles in vivo à l’échelle cellulaire, avec une
grande résolution spatiale (~1 µm) et temporelle (1-10
Hz).
Ces études devraient contribuer à une meilleure
interprétation des signaux issus de techniques
d’imagerie fonctionnelle (IRMf) utilisées de façon
grandissante en recherche et en clinique chez
l’Homme afin de cartographier fonctionnellement le
cerveau dans des conditions physiologiques ou après
des désordres neurologiques tels que l’ischémie
cérébrale.
Cerebral blood vessels belong to a larger network of
cells, including neurons, astrocytes and microglia
named the neurovascular unit (NVU). The regulation of
cerebral blood flow requires the coordinated activation
of neurons, glial cells and blood vessels that constitute
the functional NVU. During the last 10 years, several
studies in rodents have shown that astrocytes play a
very important role in the coupling between neuronal
activation and vascular response. These results have
completely changed the traditional concept that
vascular changes induced by brain stimulation are
solely the result of neuronal activity. However, it
remains to be determined whether the involvement of
astrocytes in neurovascular coupling is also significant
for the man who has a different astrocytic system
compared to that of rodents (in terms of density,
morphology and function).
To address this issue, the thesis project will be based
on the use of a non-human primate: marmosets known
to have an astrocyte system closer to that of man. The
significance of astrocytes in neurovascular coupling
will be analyzed through the use of two-photon
microscopy in physiological conditions as well as
fllowing the induction of cerebral ischemia or brain
tumour. Indeed, the two-photon microscopy is a recent
technique of choice that allows the acquisition, in a
sequential manner, of, structural and functional images
in vivo at the cellular level with high spatial (~ 1
micron) and temporal (1-10 Hz) resolutions.
These studies should contribute to a better
interpretation of signals from functional imaging
techniques (fMRI) increasingly employed in man to
functionally map the brain under physiological
conditions or after neurological disorders such as
cerebral ischemia.
Le candidat devra avoir une formation forte en
neurosciences et physiopathologie. Des compétences
techniques en chirurgie chez l’animal et en imagerie
microscopique seront appréciées
The successful applicant should have a strong
background in neuroscience and pathophysiology.
Technical skills in surgery in animals and imaging with
microscopy will be appreciated.
Unité de recherche
Sujet de thèse
UMR 950 INRA Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutrition NCS
Etude fonctionnelle des systèmes protéolytiques impliqués dans la
remobilisation de l’azote au cours de la sénescence foliaire du colza.
Contact : Philippe ETIENNE
La compréhension des mécanismes régissant la
sénescence foliaire est un prérequis
pour
l’amélioration de l’efficience de remobilisation de l’N
(ERA) du colza. Cependant, les protéines impliquées
restent encore méconnues chez le colza.
De nombreuses études révèlent l’importance des
protéases (ex SAG12) au cours de la sénescence.
Toutefois, la sénescence foliaire de mutants sag12
d’Arabidopsis thaliana (At) est comparable à celle de
plantes sauvages, ce qui suggère que la nonfonctionnalité de la protéase SAG12 serait compensée
par d'autres protéases. Le premier axe visera donc à
identifier de nouveaux systèmes protéolytiques
impliqués dans la remobilisation de l'N au cours de la
sénescence. Ces analyses seront réalisées via l’étude
du protéome de mutants sag12 d’At afin de
caractériser les protéines compensant l'absence de
cette protéase. Ces candidats feront l’objet d’une
étude fonctionnelle chez At et leur rôle lors de la
sénescence sera précisé chez des génotypes de colza
3
présentant des ERA contrastées .
D’autres études suggèrent que les inhibiteurs de
protéases (IP) jouent aussi un rôle important dans
l’initiation et la progression de la sénescence. Ainsi il a
été montré que la protéine BnD22, une Water Soluble
Chlorophyll Binding Protein (WSCP) qui présente une
4
activité IP en plus d’une fonction de protection des
chlorophylles, est réprimée lors de l’initiation de la
senescence foliaire chez le colza. Une autre WSCP
(WSCP1), aussi réprimée lors de l’initiation de la
sénescence, présente le même motif Kunitz-trypsin
inhibiteur que BnD22, suggérant une activité IP restant
à démontrer. Le deuxième axe de ce projet consistera
donc à réaliser une étude fonctionnelle de la
protéine WSCP1 à l’aide de surexpresseurs réalisés
chez At. Par ailleurs, de par sa double fonction,
WSCP1 pourrait permettre un allongement de la durée
de vie de la feuille conduisant à une meilleure ERA.
Cette hypothèse sera vérifiée sur des variétés de colza
présentant des ERA contrastées.
Le candidat devra être titulaire d’un diplôme de Master
2 Recherche en Biologie cellulaire ou équivalent. Une
solide formation en Sciences du végétal et plus
particulièrement en physiologie moléculaire des
plantes est requise. La connaissance des
méthodologies relevant de la biochimie et de la
protéomique serait fortement appréciée. Une
expérience dans la génération, la culture et le
génotypage de plantes transgéniques constituera un
point fort pour le recrutement en thèse. Un esprit
d’équipe et d’innovation sera particulièrement
apprécié.
Understanding the mechanisms regulating leaf
senescence is a prerequisite for improving the N
remobilization efficiency (NRE) of rapeseed.
Nevertheless the proteins involved are still unknown in
oilseed rape.
Many studies shown the importance of proteases (eg
SAG12) during the sénescence. However, leaf
senescence of sag12 mutants in Arabidopsis thaliana
(At) is similar to that of wild type plants, suggesting
that the non-functionality of the SAG12 protease would
be offset by other proteases. Therefore the first axis
will be to identify new proteolytic systems involved in
the remobilization of N during senescence. These
analyzes will be carried out through the study of the
proteome of At sag12 mutants to characterize the
proteins compensating for the absence of this
protease. These candidates will be functionally
characterized and their role in senescence will be
specified in rapeseed genotypes with contrasted ERA
3
.
Other studies suggest that protease inhibitors (PI) also
play a significant role in the initiation and progression
of senescence. Thus it has been shown that the
protein BnD22 a Water Soluble Chlorophyll Binding
4
Protein (WSCP), which present IP activity and a
protective function of chlorophylls, is repressed at the
initiation of leaf senescence in rapeseed. Another
WSCP (WSCP1), also repressed at the initiation of the
senescence, present the same Kunitz trypsin-inhibitor
motif that BnD22, suggesting an IP activity which
remains to be demonstrated. The second focus of this
project will be to conduct a functional study of the
WSCP1 (activity, cellular localization ...) using At overexpressors. Furthermore, by its dual function WSCP1
could allow a longer lifespan of the leaf, leading to a
better ERA. This hypothesis will be tested on rapeseed
varieties with contrasting ERA.
The candidate must hold a Master's degree in Cell
Biology Research 2 or equivalent. A strong
background in plant sciences and especially in
molecular plant physiology is required. Knowledge of
methodologies appropriate to biochemistry and
proteomics would be highly appreciated. Experience in
the generation, culture and genotyping of transgenic
plants will be considered as a strength for the
recruitment in thesis. Team and innovation spirit will be
particularly appreciated
Unité de recherche
Sujet de thèse
U 1075 INSERM Mobilités: attention, Orientation & Chronobiologie
Syndrome d’Ehlers-Danlos de type hypermobile : physiopathologie,
recherche de marqueurs cliniques à visée diagnostique et évaluation de
contre-mesures physiques contre les manifestations douloureuses et pour
l’amélioration de la qualité de vie des patients.
Contact : Boris BIENVENU et Stéphane BESNARD
[email protected], Tél. : +33 (0)2 31 06 45 79
[email protected], Tél. : +33 (0)2 31 06 53 32, Université de Caen
Le syndrome d’Ehlers-Danlos (SED) est une maladie
génétique rare, liée à une anomalie du collagène
(fibrine). Ce syndrome est encore très mal connu,
sous-diagnostiqué (plus de 2500 cas recensés dans le
grand Ouest en France), très tardif (20 à 30 ans en
moyenne d’errance diagnostic), et touche en majorité
les femmes (35 ans en moyenne). La forme
« hypermobile » de ce syndrome est la plus fréquente
et la plus invalidante sur le plan fonctionnel,
caractérisée par une hypermobilité articulaire. Vue
l’importance du collagène dans la structuration
histologique des tissus et organes, le SED a une
symptomatologie clinique multisystémique : instabilité
à la marche et troubles de la proprioception et du
schéma
corporel,
altérations
sensorielles
(hypersensorialité, maladie de Ménière, mal des
transports) et neuropsychologiques, douleurs diffuses
et état de fatigue important et permanent. Ces
symptômes ont un impact majeur sur la qualité de vie
des
patients
(répercussions
fonctionnelles,
psychologiques et sociales) et leur autonomie.
Ce projet de thèse vise à: 1) déterminer des
marqueurs cliniques essentiels à un diagnostic plus
précis et plus précoce, 2) mieux comprendre les
mécanismes neurophysiologiques impliqués dans ce
syndrome (troubles des capteurs périphériques et /ou
trouble de l’intégration sensorielle), 3) corriger
l’asymétrie musculaire pour réduire la douleur et les
troubles sensoriels en agissant sur le système visuel
(e.g., port de lunettes à prismes, traitement
orthoptique), l’appareil manducateur (e.g., gouttière
dentaire en cas de bruxisme, traitement orthodontique)
et le système proprioceptif (e.g., port de semelles
proprioceptives et de vêtements proprio-compressifs
sur mesure).
Ce projet s’intègre parfaitement dans nos thématiques
de recherche (Stéphane Besnard, Leslie M. Decker,
Chantal Chavoix) en collaboration avec le Service de
Médecine Interne du CHU de Caen (Boris Bienvenu),
le Centre de Recherche Clinique (Audrey Sultan) et
des orthopédistes-orthésistes (Elodie Vlamyck et
Sébastien Sellier), et en lien étroit avec les Centres
Nationaux de Référence (Pr Claude HAMONET) et du
Groupe de Recherche sur le SED (GERSED).
Le candidat devra avoir un Master II en Sciences des
Comportements ou en Neurosciences,
- être capable de travailler auprès des patients,
- enrichir ses connaissances médicales,
- avoir la capacité de maîtriser plusieurs
méthodologies (méthodes d'analyse de la posture et
du mouvement, évaluation neuropsychologique),
- avoir un esprit d’équipe et travailler en coordination
avec plusieurs experts de médicaux et para-médicaux,
- facultatif : avoir déjà eu une approche clinique.
Ehlers-Danlos syndrome (EDS) is a rare genetic
disease caused by an abnormality of the collagen
(fibrin). This syndrome still remains poorly known,
under-diagnosed and delayed (over 2,500 cases in the
Far West in France and about 25 years of wandering),
affecting mostly women (mean age 35 years old). The
type "hypermobile" of this syndrome is the most
common
and
most
functionally
debilitating
characterized by joint hypermobility. Given the impact
of the collagen in the histological structure of all
tissues and organs, the SED is a multi-systemic
disease with a broad spectrum of clinical symptoms
reported by patients: unstable walking and impaired
proprioception and body schema, sensory impairments
(hypersensoriality,
Meniere's
disease,
motion
sickness), neuropsychological and cognitive troubles,
severe diffuse pain and significant and permanent
tiredness. Patients suffer from a major deterioration of
their quality of life (functional, psychological and social
changes) and of their self-reliance.
This PhD project aims to: 1) identify promising clinical
marker candidates for more accurate and earlier
diagnosis; 2) better understand the neurophysiological
mechanisms involved in this syndrome (peripheral
receptor dysfunction and/or sensory integration
dysfunction); 3) correct the asymmetry of the muscular
tone observed in those patients in order to relieve pain
and sensory disturbances by acting on the visual
system (e.g., wearing prism glasses, orthoptic
treatment), on the manducatory system (e.g., splint for
treating bruxism, orthodontic treatment) and the
proprioceptive system (e.g., customized proprioceptive
insoles and compression garments).
This project fits perfectly into our research topics
(Stéphane Besnard, Leslie M. Decker, Chantal
Chavoix) in collaboration with the Department of
Internal Medicine of the University Hospital of Caen
(Boris Bienvenu), the Clinical Research Center
(Audrey Sultan) and specialized orthopedist-orthotist
(Elodie Vlamynck and Sébastien Sellier), andclosely
associated with National Reference Centers (Pr
Claude HAMONET), and the GERSED (The Ehlers
Danlos Syndrome Study Group).
Requirements for student applicant:
To have a
Master's degree in Behavioral Sciences or
Neurosciences. To be able to work with patients,
To
enrich
his
medical
knowledge,
- To have expertise in numerous methodologies
(posture and movement analysis, neuropsychological
assessment),
- To have a strong team spirit and to be able to work in
coordination with several medical and paramedical
experts. - Optional: experience in clinical research.
Unité de recherche
Sujet de thèse
U 919 Sérine protéases et physiopathologie de l'unité neurovasculaire
Rôle du système d’activation du plasminogène dans les leukodystrophies
d’origine astrocytaire.
Contact : Fabian DOCAGNE
[email protected], Tél. : 0231470102, Université de Caen
Plusieurs leucodystrophies (maladie de la substance
blanche
(SB) conduisant
à
des
troubles
psychomoteurs), telles que la maladie d'Alexander
sont dues à des dysfonctionnements astrocytaires. La
principale caractéristique de ces maladies est
l'accumulation de la protéine acide fibrillaire gliale
(GFAP) menant à une gliose caractérisée par la
présence de fibres de Rosenthal (agrégats
cytoplasmiques de protéines ubiquitinées). Cependant,
le mécanisme exact du lien entre le dysfonctionnement
astrocytaire et l’atteinte de la SB n’est pas encore
1
élucidé .
De précédentes études de l’équipe ont mis en
évidence que les astrocytes jouaient un rôle dans le
2
système d'activation du plasminogène , une cascade
enzymatique régulant la protéolyse extracellulaire. Ils
peuvent recapter l’activateur du plasminogène (tPA)
extracellulaire, servir de surface d'activation du
plasminogène et produire des inhibiteurs du tPA. Nous
faisons l'hypothèse que le dysfonctionnement
astrocytaire peut conduire à la perturbation de ce
système, modifiant ainsi les fonctions essentielles à
l'intégrité de la SB comme la migration/maturation des
oligodendrocytes, ou le maintien de la barrière
hémato-encéphalique (BHE). Grâce à des cultures
primaires d'astrocytes de modèles animaux de ces
pathologies nous étudierons si le système d'activation
du plasminogène est modifié dans des conditions
physiologiques (au cours du développement pré et
post-natal) et pathologiques (perturbation de la BHE,
défaut de (re)myélinisation, ...).
Les agrégats cytoplasmiques, caractéristiques de ces
leucodystrophies, conduisent à un stress du réticulum
3
endoplasmique (RE) . Lors de ce stress, la protéine
Bip/GRP78 est adressée à la surface des cellules où
4
elle se lie au plasminogène et module son activation .
Il est donc pertinent d’étudier les liens entre le
dysfonctionnement des astrocytes, le stress du RE et
l'activation du plasminogène, ainsi que leurs
conséquences sur la physiopathologie de la SB.
Astrocytic dysfunctions have been characterized in
different leukodystrophies (diseases of the white
matter leading to psychomotor perturbations) such as
Alexander disease or vanishing white matter disease.
The major hallmark of these diseases is an
accumulation of the glial fibrillary acidic protein (GFAP)
leading to gliosis characterized by the presence of
Rosenthal fibers (cytoplasmic aggregates of several
ubiquitinated proteins). However, the exact mechanism
of astrocyte dysfunction and its link with white matter
1
damage is not understood yet .
Our previous studies showed that astrocytes act as a
2
crossroad for the plasminogen activation system , an
enzymatic cascade regulating extracellular proteolysis.
Astrocytes can uptake extracellular tPA, serve as a
surface for plasminogen activation and produce the
tPA inhibitor PAI-1. In this project, we hypothesize that
astrocytes dysfunction can lead to the perturbation of
plasminogen activation, which would impair several
functions important for white matter integrity:
oligodendrocyte
migration/maturation,
intraparenchymal fibrinolysis and blood brain barrier
maintenance.
Using cultures of astrocytes derived from transgenic
models of astrocyte-related leukodystrophy as well as
animal models, we will investigate whether the
plasminogen activation system is modified, and the
consequences in physiological conditions (pre and
post-natal development) and pathological processes
leading to white matter damage (BBB disruption,
impaired
parenchymal
fibrinolysis,
defect
in
(re)myelination…).
Cytoplasmic aggregates, characteristic of these
leukodystrophies, lead to endoplasmic reticulum (ER)
3
stress . One feature of ER stress is the addressing of
the ER protein Bip/GRP78 to the extracellular surface.
Noteworthy, Bip/GRP78 can bind plasminogen and
4
modulate its activation . We will thus focus on the links
between astrocyte dysfunction, ER stress and
plasminogen activation, and their consequences in
white matter physiopathology.
Le(a) candidat(e) devra justifier d’une formation en
Neurosciences, avec un intérêt particulier pour les
pathologies de la substance blanche. Il (elle) devra
justifier d’une expérience dans un ou plusieurs des
domaines suivants : modèles animaux de pathologie
de la substance blanche, biologie moléculaire (PCR
quantitative, transfection de cellules…), biologie
cellulaire (culture de cellules nerveuses).
The candidate should have a background in
Neuroscience, with a particular interest in white matter
pathology. He (she) should justify of an experience in
one or several of the following fields: animal models of
white matter diseases, molecular biology (quantitative
PCR, cell transfection…), cell biology (neural cell
culture).
Unité de recherche
Sujet de thèse
EA 2656 Groupe de recherche sur les antimicrobiens et microorganismes
Recherche de déterminants potentiels de virulence de Staphylococcus
lugdunensis par analyse comparative de génomes complets de souches
invasives et de portage.
Contact : Martine PESTEL-CARON
[email protected], Tél. : 02.35.14.86.54, Université de Rouen
Alors que de nombreux staphylocoques à coagulase
négative sont quasiment avirulents pour l’homme,
Staphylococcus lugdunensis est doué d’un pouvoir
pathogène proche de celui de S. aureus, cette espèce
étant à l’origine d’infections graves de la peau, des
tissus mous et des valves cardiaques (endocardites).
En dehors de la description de quelques facteurs de
virulence, peu de données moléculaires expliquent à
ce jour l’agressivité de cette espèce. Par ailleurs, à
côté des souches isolées d’infections graves, d’autres,
non
distinguables
phénotypiquement
et
génotypiquement par MultiLocus Sequence Typing,
sont isolées en situation de simple portage cutané.
Dans ce contexte, un séquençage à haut débit du
génome complet de 3 souches de portage et de 3
souches pathogènes de S. lugdunensis a été entrepris
lors d’un Master 2 Recherche. Ce travail mérite
maintenant de se poursuivre dans le cadre d’un
Doctorat avec pour objectif l'analyse comparative bioinformatique des séquences des 6 génomes obtenus
pour
identifier
des
déterminants
génétiques
spécifiques des souches pathogènes. Leur spécificité
et leur prévalence seront ensuite analysées au sein
d'une collection plus large de souches, invasives et de
portage, humaines et animales, par séquençage selon
la méthode de Sanger.
Si un ou plusieurs gènes étaient significativement
associés aux souches pathogènes, des expériences
de mutagénèse dirigée et une caractérisation des
mutants obtenus seraient entreprises. L'implication de
ce(ces) gène(s) dans la virulence serait alors
investiguée in vivo par l'analyse comparée de la
virulence de la souche parentale et de la souche
mutante dans un modèle d'endocardite expérimentale
chez le lapin, modèle le plus adapté au pouvoir
pathogène de l'espèce chez l'homme. Selon les
fonctions putatives du(des) gène(s) décelées in silico,
d'autres investigations seraient menées in vitro
(analyse de la capacité à former du biofilm…).
While many coagulase-negative staphylococci are
virtually avirulent for humans, Staphylococcus
lugdunensis is known to cause aggressive infections
similar
to
S. aureus, such as severe skin and soft tissue
infections and heart valves infections (endocarditis).
Apart from the description of some virulence factors,
few molecular data explained so far the aggressive
pathogenicity of this species. Furthermore, besides the
strains isolated from serious infections, other strains
that are phenotypically and genotypically by
MultiLocus Sequence Typing indistinguishable are
isolated as carriage strains of the cutaneous flora.
In this context, a high-throughput sequencing of the
complete genome of 3 carriage and 3 virulent strains
of S. lugdunensis was undertaken during the course of
a master 2 degree. This work needs now to continue
as part of a PhD with the comparative bioinformatics
analysis of the 6 genomes obtained to identify genetic
determinants specific of the invasive strains.
Then, specificity and prevalence of theses genetic
determinants will be analyzed by Sanger sequencing
in a broader collection of invasive and carriage strains
isolated from humans and animals.
If one or more genes were significantly associated with
pathogenic
strains,
site-directed
mutagenesis
experiments and characterization of mutants obtained
would be undertaken. The implication of this (these)
gene (s) in virulence would be investigated in vivo by
the comparative analysis of the virulence of the
parental and the mutant strains in an experimental
endocarditis rabbit model corresponding to the
pathogenicity of this species in humans. According to
the putative functions of (the) gene(s) identified in
silico, further investigations would be conducted in
vitro (analysis of the ability to form biofilm…).
Le candidat doit avoir obtenu un Master 2 Recherche
de microbiologie, dans le domaine de la bactériologie.
Il doit avoir des compétences en bactériologie
conventionnelle, en biochimie bactérienne et avoir la
maîtrise des outils moléculaires classiques (extraction
et purification d'ADN, PCR et séquençage d'ADN).
Des connaissances en analyse bio-informatique
(analyse des données de séquence, en particulier
issues du séquençage haut débit) et en techniques
moléculaires telles que la mutagénèse dirigée et la
complémentation seraient appréciées.
The candidate should have obtained a Master degree
in Microbiology (Bacteriology). He must have skills in
conventional
bacteriology
(culture
methods),
biochemistry applied to bacteria and skills in
conventional molecular biology (DNA extraction and
purification, PCR, DNA sequencing). Knowledge in
bioinformatics (DNA sequence data analysis,
especially from Next Generation Sequencing) and in
molecular
techniques
such
as
site-directed
mutagenesis and complementation would be
appreciated.
Unité de recherche
Sujet de thèse
EA 4358 Glyco-MEV
Immunité végétale : Rôle des cellules bordantes et des exsudats dans la
défense de la racine
Contact : Maïté VICRE-GIBOUIN
[email protected], Tél. : 0235136768, Université de Rouen
Les plantes de grande culture sont soumises à
l’attaque de nombreux pathogènes de la rhizosphère
occasionnant des pertes économiques considérables.
Toutefois, la réponse immunitaire du système racinaire
reste très peu étudiée. Une meilleure connaissance
des mécanismes cellulaires et moléculaires régissant
l’interaction des racines et de la microflore du sol est
un pré-requis indispensable pour la mise au point de
nouvelles stratégies de biocontrôle pour la protection
des cultures. Le projet de thèse proposé s’appuie sur
les résultats précédemment obtenus au sein du
laboratoire Glyco-MEV montrant l’importance des
glycoprotéines
(arabinogalactane-protéines,
extensines) des exsudats dans la défense racinaire
(*Cannesan et al., 2012 ; Plancot et al., 2013). Par
ailleurs, le Pr. M. Hawes
(U-Arizona, USA) de
renommée internationale pour ses travaux sur les
cellules bordantes a montré la présence d’ADN
extracellulaire dans les exsudats et son importance
dans la protection de la racine. Par analogie avec le
système immunitaire des mammifères, nous avons
proposé la notion d’un réseau extracellulaire (RET) ou
cellules bordantes et exsudats racinaires agiraient
conjointement pour piéger et neutraliser les
pathogènes du sol (publication en commun avec le Pr.
M. Hawes : Driouich et al., 2013). L’objectif de ce
projet (en collaboration avec le Pr . M. Hawes) vise à
tester cette hypothèse et à étudier l’action synergique
entre
ADN
extracellulaire,
glycoprotéines
et
polysaccharides en réponse aux pathogènes. Les
pathosystèmes
retenus
sont
Arabidopsis
thaliana/Phytophtora parasitica et soja /P. sojae. Ce
projet fait appel à des techniques d’imagerie cellulaire
(microscopie confocale à balayage laser, microscopie
électronique à transmission, immunocytochimie), des
approches
biochimiques
(analyse
des
monosaccharides…) et de biologie moléculaire
(quantification du pathogène, expression de gènes de
défense).
*Les publications citées figurent sur le site
http://glycomev.univ-rouen.fr/
Crops are subjected to many devastating diseases
caused by soil-borne pathogens responsible for
considerable economic losses. It is therefore
necessary to develop new strategies for crop
protection in a more sustainable manner (respectful of
the environment and human health). To this end, it is
necessary to improve our knowledge on the cellular
and molecular mechanisms controlling root-microbe
interaction in the rhizosphere. To date, there is
relatively little information on the specificity of the root
immune response. Our recent data highlight the
importance of glycoproteins such as arabinogalactan
proteins and extensin of root border cells and exudates
in root-microbe interactions (*Cannesan et al., 2012 ;
Plancot et al., 2013). Furthermore, Pr. Martha Hawes
(University of Arizona, USA) internationally recognized
for her research on root border cells has demonstrated
the presence of extracellular DNA in root exudates and
provided evidence for its importance in root protection
against pathogens. We hypothesized that root
exudates together with root border cells could function
in root defense in a way similar to that of recently
characterized
neutrophil
extracellular
trap
in
mammalian cells (see Driouich et al. 2013; published
with Pr. M. Hawes). The main objective of this project
is to investigate the synergy between ex-DNA, root
border cells and glycomolecules to counteract root
infection by trapping and neutralizing soil-borne
pathogens (in collaboration with Pr. M. Hawes). The
pathosystems used in this project are Arabidopsis
thaliana/Phytophtora parasitica and soybean /P. sojae.
This project relies multiple techniques including cell
imaging (confocal microscopy, transmission electron
microscopy,
immunocytochemistry),
biochemical
characterization of root exudates and molecular
biology (pathogen quantification, regulation of defense
gene expression).
*References
are
available
on
the
website
http://glycomev.univrouen.fr/Englishversion/PublicationsEnglish.html.
Le candidat doit être titulaire d'un diplôme de Master
(Sciences du végétale/Santé des plantes/ Biologie
cellulaire et moléculaire végétale) ou équivalent. Il doit
posséder
une
bonne
connaissance
en
phytopathologie, biologie cellulaire et immunité
végétales ainsi qu’une solide expérience en
laboratoire. Une expérience en imagerie cellulaire
(glycomolécules) en analyses biochimiques des
polysaccharides et en biologie moléculaire est requise.
Enfin, le candidat devra témoigner de bonnes qualités
en communication écrite et orale en anglais et en
français.
The candidate should have a Master degree in Plant
Science (or an equivalent diploma). He / she must
have a good knowledge and lab experience in plant
immunity and pathology. Experience in plant cell wall
biology and carbohydrate research together with good
skills in immuno-microscopy are desirable. Good
written and oral communication skills in English and
French are required.
Unité de recherche
Sujet de thèse
EA 4312 Laboratoire de microbiologie du froid "signaux et microenvironnement"
Etude de l'implication de la protéine AmiR de Pseudomonas aeruginosa dans
l'activité anti biofilm d'une hormone humaine: Validation "in vivo" du potentiel
thérapeutique.
Contact : Olivier LESOUHAITIER
[email protected], Tél. : 02 32 29 15 42, Université de Rouen
Nous avons démontré que le C-type Natriuretic
peptide (CNP) possède une forte activité anti-biofilm
vis-à-vis de la bactérie Pseudomonas aeruginosa et ce
après liaison à une protéine bactérienne AmiC, qui
joue un rôle de senseur chez P. aeruginosa. La
protéine AmiC est codée par le gène amiC, gène qui
appartient à l'opéron ami. L’opéron ami contient
plusieurs gènes dont un codant pour la protéine AmiR
qui se fixe à l'ADN et qui possède une activité antiterminaison de transcription. Nous avons accumulé
assez de données mettant en évidence que la liaison
du CNP au récepteur bactérien AmiC déclenche une
cascade d’événements intra-bactériens à l’origine des
effets de l’hormone sur la virulence et sur la capacité
de la bactérie à former un biofilm. Dans ce contexte il
apparaît évident qu’AmiC sert uniquement de
récepteur pour le CNP et que la libération de la
protéine AmiR, consécutive à la liaison du CNP, est
probablement
responsable
des
modifications
phénotypiques de la bactérie. L’objectif de ce projet de
thèse est de valider cette hypothèse.
Dans un premier temps, des souches de P.
aeruginosa soit sur-exprimant la protéine AmiR soit ne
l’exprimant plus seront construites pour évaluer
l'implication de la protéine AmiR dans les effets
bactériens du CNP, en utilisant plusieurs tests de
physiologie bactérienne (Biofilm, mobilités, virulence).
De plus, une double approche de transcriptomique et
d'étude du protéome total des souches d'intérêts sera
réalisée. Ceci permettra d’identifier les cibles gèniques
de la protéine AmiR, ce facteur favorisant la
transcription de l'opéron ami. En parallèle et en nous
appuyant sur les résultats de nos travaux menés « in
vitro », nous chercherons à valider "in vivo", en
collaboration avec des médecins, qu’une hormone
produite par les poumons (i.e. le CNP) empêche
fortement la formation de biofilm par la bactérie P.
aeruginosa et que la protéine AmiR est effectivement
indispensable aux effets du CNP.
Le candidat devra posséder des connaissances
transdisciplinaires, avec une compétence soit en
microbiologie soit en biologie cellulaire des cellules
eucaryotes (liaison aux récepteurs et transduction du
signal). Le candidat devra posséder une connaisance
théorique de la Microbiologie et de la Biologie
Moléculaire. Le candidat devra maitriser l'anglais et
présenter les qualités nécessaire au travail en équipe.
La connaissance de la langue française n'est pas une
condition obligatoire.
We have recently demonstrated that the C-type
natriuretic peptide (CNP) possesses a strong antibiofilm activity after binding on the P. aeruginosa AmiC
sensor protein. The AmiC protein is encoded by amiC
gene which belongs to ami operon. This operon
contains a couple of gene including one that encodes
for AmiR protein a factor able to bind DNA in order to
have a transcriptional anti-terminator activity. We have
now numerous data showing that AmiC is the sensor
for CNP which after binding triggers intra-bacterial
events. It’s clear that AmiR realizing after CNP binding
is probably the regulator explaining CNP effects on
both virulence and biofilm formation. The mean aim of
this thesis is to validate this hypothesis.
First, using P. aeruginosa mutant strain that
overexpresses AmiR protein or is impaired in amiR
gene, it will be necessary to check the involvement of
AmiR on the bacterial physiological parameters
(Biofilm, mobility, virulence). In addition, a whole
transcriptomic study and global proetomic approaches
will be use for identifying AmiR DNA targets. In
addition, starting from our in vitro results, in
collaboration with doctor colleagues, we will validate in
vivo, that CNP prevents P. aeruginosa biofilm
formation and that AmiR protein is absolutely
necessary to observe CNP bacterial effect.
We are looking for a candidate with skills both in
microbiology and eukaryotic cells (receptor binding
and signal transduction). The candidate should
possess a great skill in microbiology, molecular biology
and in tools using for cellular and molecular
identification (confocal microscopy, biopuces, SPRiArrayer and mass-spectrometry). Skills in animal
experimentation will be appreciate. The candidate
should also have very good communication skills (in
English) and good capacities to work with other
people. Knowledge of French would be useful but is
not required.
Unité de recherche
Sujet de thèse
ERI 28 - Endothelium microvasculaire et lésions cérébrales néonatales
Etude de la spécificité vasculaire du nouveau-né. Approches structurales
comparées chez la Souris et chez l’Homme et modélisation d’une vasculoprotection dans un modèle murin d’hémorragie cérébrale du prématuré.
Contact : Bruno GONZALEZ
Les extrêmes prématurés montrent une incidence
élevée d’hémorragies cérébrales aux conséquences
dramatiques sur leur chance de survie et leur
développement ultérieur. Des études menées au
laboratoire NeoVasc (ERI-28) ont permis de
développer un modèle de ces hémorragies du
prématurissime chez la Souris à un stade précis du
développement. Utilisant des approches globales de
protéomique et de transcriptomique réalisées en
collaboration avec les plateformes PISSARO et l’UMR
1079 de génétique, les chercheurs de l’ERI 28 ont
montré des différences majeures de constitution des
microvaisseaux cérébraux chez la souris selon l’âge,
qui concernent différents agents de signalisation et
des protéines de structures, de la lame basale en
particulier. La conjonction de facteurs délétères
d’environnement (instabilité hémodynamique, hypoxie,
infections…) et de ce substratum immature serait
responsable de la rupture vasculaire à l’origine des
hémorragies chez le prématurissime. Le travail
envisagé consistera à confirmer chez l’Homme les
observations structurales décrites chez la souris et à
valider des hypothèses fonctionnelles dans le modèle
animal par des approches moléculaires et
pharmacologiques. Le travail chez l’Homme reposera
sur une collection de cerveaux d’enfants décédés à
des âges allant de 24 à 43 semaines post-conception,
en cours de constitution au CHU de Rouen. Les
études chez l’animal auront pour but i) la vérification
de l’impact effectif des voies glutamatergiques et
d’effecteurs enzymatiques (t-PA, MMP) dans le
phénomène hémorragique chez la souris et ii)
l’estimation de possibilités de vasculo-protection. Ces
dernières seront évaluées aux niveaux tissulaires à
court terme par des approches histologiques,
moléculaires (shRNA) et enzymatiques, et à long
terme par des études comportementales des
performances motrices et cognitives chez l’animal
ayant atteint l’âge adulte.
The population of extreme preterm children exhibits a
high incidence of intracerebral hemorrhage with bad
prognostic for survival or subsequent development.
Studies carried out in the NeoVasc Laboratory (ERI28) in collaboration with the PISSARO platform and
the UMR 1079 allowed characterizing an animal model
of these extreme preterm hemorrhages at a specific
stage of development. The use of global proteome and
transcriptome approaches allowed the ERI-28
investigators to reveal major differences in brain
microvessels constitution depending on age of mice,
and affecting signalization systems and structural
proteins of basal lamina. The co-incidence of
deleterious environmental factors (hypoxia, blood
pressure instability, infections…) and particular
substratum during a short developmental window likely
account for vascular rupture in extreme preterm
babies. The project is aimed at a confirmation in
human tissues of mice data on structure proteins
transient constitution as observed in the mouse, and at
the validation in the animal model of functional
hypotheses using molecular and pharmacological
approaches. The study performed in human will be
done on a collection of brain tissues from infants aged
from 24 to 43 weeks post-conception, being presently
constituted in the Rouen University Hospital. Animal
studies will tbe used to test i) the involvement of
specific signalization pathways identified in “omic
studies” related to transient glutamate receptor
expression and enzymatic effectors (t-PA, MMP) in the
hemorrhage onset and ii) vasculo-protection
strategies. This prospective will be validated at a tissue
level early in development using histological molecular
(shRNA) and enzymatic approaches, and in grow-up
former hemorrhagic pups using behavior study
paradigms to assess motor and cognitive performance.
Le candidat devra nécessairement être titulaire d’un
Master en Neuroscience ou en Physiopathologie avec
une orientation Neurovasculaire.
De plus, il serait souhaitable qu’il ait suivi certaines
formations en relation avec la thématique : Biologie du
développement, Ischémie cérébrale, Physiopathologie
neurologique, Physiologie vasculaire. En plus d’une
expérience en neurochirurgie et en neurosciences
cellulaires et moléculaires, une part importante du
projet nécessitera d’acquérir le maniement d’outils
statistiques et informatiques. Le candidat devra
montrer de l’organisation et de la rigueur pour
l’accomplissement de ces tâches. Des compétences
linguistiques (anglais) et rédactionnelles seront
indispensables pour la finalisation du travail doctoral.
The student must have validated the degree of Master
in Neuroscience or in Physiopathology with a
neurovascular focus.
It would be suitable that he (she) had attended
formations in relation with the following thematic:
Biology
of
development,
Cerebral
ischemia,
Neurological physiopathology, Vascular physiology. In
addition to a practical experience in animal studies
(neurosurgery) and in molecular and cellular
neurosciences, a large part of the research project will
require the use of statistic and numeric tools. The
candidate would be able to self-organization and rigor
in the management of large amounts of data.
A good level in English (oral and redaction) will be
necessary.
Unité de recherche
Sujet de thèse
UMR 6143 Morphodynamique continentale et côtière
Formation de Biofilm d’Escherichia coli en milieu karstique (observation in
situ et expérimentation en chemostat)
Contacts : Fabienne PETIT et Nicolas Massei
[email protected], Tél. : 02 35 14 66 84
[email protected], tel : 02 32 76 94 43, Université de Rouen
A l’échelle internationale, les aquifères karstiques
représentent près de 25% de la ressource en eau
destinée à la consommation humaine. Dans cet
environnement, la compréhension du devenir des
bactéries Escherichia coli (E.coli), dont les souches
pathogènes ou antibiorésistantes, est nécessaire pour
évaluer le risque pour la santé humaine. La survie des
souches d’E. coli dans les aquifères karstiques est
principalement liée à leur capacité à s’associer aux
particules. L’adhésion des bactéries d’origine fécale
aux particules minérales est consécutive à la formation
de biofilms par des cellules métaboliquement actives,
ou à des liaisons électrostatiques dues aux potentiels
zeta de la bactérie. L’objectif de ce projet de thèse, qui
associe l’écologie microbienne, la géomicrobiologie et
l’hydrologie karstique, est d’étudier l’aptitude des
souches d’ E. coli à former des biofilm sur différents
minéraux présents dans les aquifères. Des
expérimentations seront menées en chemostat, en
présence ou non de la communauté microbienne
autochtone, parallèlement à des observations in situ
dans deux aquifères karstiques. Un des karst est un
site atelier de l’USGS, Université d’Austin au Texas (
collaboration Pr P. Benett), le second l’un des sites du
Système National d’Observation de l’INSU/CNRS ;
SNO Karst ( Norville, 76) . Les connaissances
acquises depuis 10 années sur les modalités de
transfert des substances dissoutes et particulaires sur
le site de Norville par l’UMR M2C, seront mises à profit
pour extrapoler , les résultats acquis sur le transfert et
la persistance d’ E. coli, à des aquifères similaires.
Among aquatic environments, karst aquifers represent
one of the most important freshwater resources: water
from karst is used by 25% of the global population. In
this water environment, persistence of Escherichia
coli, including antibiotic-strains resistant and
pathogenic ones, is relevant to assess the health risk.
In karst aquifer, survival of E. coli is greatly influenced
by their association to particles. Indeed, attachment of
E. coli to minerals could be due (i) to the biofilm
formation by metabolically active E. coli or (ii) to
electrostatic bonds with minerals which mainly
depends on the zeta potential of E.coli. The goal of
this research project, which combines environmental
microbiology, geomicrobiology and hydrology, is to
investigate the ability of E.coli to form biofilm related to
the mineral composition in karst aquifers. This project
was based (i) on reactors experiments, with and
without a competitive autochtonous microbial
community, and (ii) on field studies in France (Norville)
and in the USA ( P.Bennett, Geomicrobiology, Austin
University, Texas). The French aquifers that serve as
a basis for this study, are part of a INSU/CNRS
national observatory network on karst hydrology
system. Indeed, water, particle and solute transfer in
this karst system have already been well characterized
for the past 10 years. Thus, the results obtained in this
project, concerning transfer and persistence of E.coli
in karstic aquifer, would be generalized to similar
aquifers.
Ecologiste microbien ou géo-microbiologiste (master
ou ingénieur), avec une formation ou un intérêt pour
l’hydrologie et les expérimentations de terrain. Maîtrise
du français et de l’anglais.
microbial-ecologist or geo-microbiologist (Master
Degree or Engineer), with a formation or interest in
hydrology and field experiments. Mastery of French
and English is required.
Unité de recherche
Sujet de thèse
U INSERM 1079 Génétique du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques
Caractérisation des mécanismes physiopathologiques impliqués dans la
maladie d’Alzheimer et les démences apparentées et identification de
nouvelles molécules d’intérêts thérapeutiques
Contact : Magalie LECOURTOIS
[email protected], Tél. : 0235148304, Université de Rouen
La maladie d'Alzheimer et les dégénérescences
lobaires frontotemporales sont les deux formes les
plus courantes de la démence présénile, affectant plus
de 40 millions de personnes dans le monde.
Actuellement,
les
médicaments
disponibles
ralentissent l'évolution (améliorent sensiblement les
symptômes), mais n’empêchent ni ne stoppent la
progression de la maladie. Ces maladies se
caractérisent par l'accumulation, dans le cerveau des
patients, de protéines spécifiques et pathologiques
sous forme d'inclusions. Malgré de très nombreuses
études, les mécanismes physiopathologiques sousjacents à la neurotoxicité de ces protéines
pathologiques (β amyloïde, TDP-43 ou FUS) restent
encore très largement incompris, empêchant une
conception rationnelle d’interventions thérapeutiques
pouvant arrêter ou même inverser la perte progressive
de la fonction neurologique. Au cours de ces dix
dernières années, l’introduction d’organismes simples
tels que la drosophile, comme modèles d’étude pour
les maladies neurodégénératives a permis une
accélération des recherches dans ce domaine.
Récemment au laboratoire, nous avons développé et
caractérisé de nouveaux modèles transgéniques de
drosophile pouvant exprimer ces protéines humaines.
De manière remarquable, leur accumulation dans les
neurones de la mouche permet de récapituler
plusieurs caractéristiques de ces pathologies
humaines (une dégénérescence neuronale, une mort
prématurée…). Notre projet de recherche a donc deux
objectifs principaux : (i) une meilleure compréhension
des mécanismes physiopathologiques impliqués dans
ces maladies neurodégénératives et (ii) l’identification
de nouvelles molécules d’intérêts thérapeutiques, en
utilisant la drosophile comme modèle d’étude.
Alzheimer's disease and fronto-temporal lobar
degeneration are the two most common forms of
senile dementia, affecting more than 40 million people
in the world. Available medications offer relatively
small symptomatic benefit for some patients but do not
prevent nor stop disease progression. These
neurodegenerative diseases are characterized by the
accumulation, in the brain of patients, of diseasespecific proteins in the form of inclusions. Despite
numerous studies, the mechanisms underlying the
neurotoxicity associated with these pathological
proteins (β-amyloid, TDP-43 and FUS) are still widely
misunderstood, preventing rational design of
therapeutic interventions that can stop or even reverse
the progressive loss of neurological function. Over the
past decade, the introduction of simple organisms
such as Drosophila, as study models for
neurodegenerative diseases has accelerated research
in this area. Recently, in the laboratory, we have
developed and characterized new transgenic
Drosophila models that can express these human
pathological proteins. Remarkably, these flies
exhibited several key features of the human disorder,
including progressive neurodegeneration and early
death.
The main objectives of our project will be therefore (ii)
to better understand the physiopathology of the
diseases and (ii) to identify small molecule
therapeutics for Alzheimer’s disease and related
dementia, using Drosophila as a model system
Nous souhaitons recruter un candidat ayant une
formation solide en Neuroscience et, si possible, une
connaissance des bases moléculaires de la Maladie
d’Alzheimer
et
les
démences
lobaires
frontotemporales. Une expérience en biologie
moléculaire, culture cellulaire, en biochimie (extraction
protéine, western …), génétique de la drosophile et en
imagerie cellulaire serait souhaitable.
We wish to recruit a candidate with a strong
background in Neuroscience and, if possible,
knowledge of the molecular basis of Alzheimer's
disease and Frontotemporal dementia. Experience in
molecular biology, cell culture, biochemistry (protein
extraction, Western ...), Drosophila genetics and cell
imaging is desirable.
Unité de recherche
Sujet de thèse
U INSERM 1079 Génétique du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques
DEVELOPPEMENT DE STRATEGIES DE CRIBLAGE DE MUTATIONS D’EPISSAGE DANS
DES GENES DE PREDISPOSITION AUX CANCERS
Contact : Alexandra MARTINS
Un des défis majeurs en génétique médicale est
l’interprétation des variations de signification inconnue
(VSI). Cette problématique est particulièrement
importante en oncogénétique, notamment dans le
contexte des deux formes les plus fréquentes de
cancer héréditaire : le syndrome de Lynch et le
syndrome seins-ovaires. Ces syndromes résultent
respectivement des mutations des gènes MMR et
BRCA, les VSI représentant ~30% des variations
détectées. Nous avons démontré, grâce à des tests
fonctionnels basés sur l’utilisation de minigènes,
qu’une fraction importante de ces VSI est à l’origine de
défauts d’épissage. Cependant, la plupart des VSI
reste à analyser. Nos travaux récents suggèrent qu’un
nouvel algorithme développé par notre groupe pourrait
permettre de prédire l’impact de certaines VSI sur
l’épissage, et de stratifier les analyses fonctionnelles.
Ce projet vise, en prenant comme modèles d’études
les gènes BRCA et MMR, à évaluer la performance de
cette nouvelle approche bioinformatique de prédiction
d’altérations
d’éléments
exoniques
régulateurs
d’épissage (ESRs) basée sur des scores ESRseq.
Cette évaluation sera réalisée en confrontant les
prédictions obtenues à partir d’un grand nombre de
variations répertoriées dans des bases de données
nationales et internationales et les résultats
expérimentaux obtenus dans des tests minigènes. La
seconde partie du projet sera focalisée sur des
« exons modèles », correspondant à des cas extrêmes
de
concordance-discordance
entre
prédictions
informatiques et données expérimentales, avec une
analyse mutationnelle extensive. La dernière étape du
projet sera de cartographier les régions exoniques
régulatrices d’épissage de ces « exons modèles » par
une stratégie de marche sur l’exon en utilisant un test
fonctionnel « ESR-dépendant ». Ce projet permettra
d’optimiser le diagnostic moléculaire des cancers
héréditaires et devrait contribuer à l’interprétation de
VSI identifiées par séquençage à haut débit dans
d’autres pathologies.
One of the major challenges in medical genetics is the
interpretation of variants of unknown significance
(VUS). This issue is particularly important in cancer
genetics, notably in the context of the two most
common forms of hereditary cancer: Lynch syndrome
(LS) and hereditary breast and ovarian cancer
syndrome (HBOCS). These conditions are due to
germline mutations of the MMR and BRCA genes,
respectively, VUS representing ~30% of the detected
variations. We have recently shown, by using
functional minigene assays, that a large fraction of
VUS induces RNA splicing defects. However, the
majority of VUS remain to be analyzed. Importantly,
our most recent findings revealed that a new
bioinformatics approach developed by our group could
represent an efficient tool for predicting the impact of
certain VUS on RNA splicing, which in turn could help
stratifying VUS for functional analyzes.
The main goal of this project, which uses the MMR and
BRCA genes as model systems, is to evaluate the
predictive value of this new bioinformatics strategy for
detecting alterations of exonic splicing regulators
(ESRs), an approach based on ESRseq scores. The
evaluation will be performed by comparing
bioinformatics predictions obtained with a large
number of VUS reported in national and international
databases and the results of minigene assays. The
second part of the project will be focused on “model
exons” corresponding to extreme concordancediscordance cases between bioinformatics predictions
and experimental results, and will be based on an
extensive mutational analysis. The last step of the
project will be to functionally map splicing regulatory
regions within these “model exons” by using an exon
walking strategy in the context of an“ESR-dependent”
minigene assay. This project is expected to help
optimizing the molecular diagnosis of LS and HBOCS,
and to contribute to the interpretation of VUS detected
by high-throughput sequencing in other pathologies.
Le candidat devra avoir des connaissances
approfondies en Biologie Moléculaire et Génétique
Humaine. De l’expérience en biologie de l’ARN serait
souhaitable.
The candidate should have a deep knowledge in
Molecular Biology and Human Genetics. Experience in
the field of RNA Biology will be a plus.
Unité de recherche
Sujet de thèse
U INSERM 1096 Nouvelles cibles pharmacologiques du traitement de la
dysfonction endothéliale et de l'insuffisance cardiaque
Développement d'un modèle de décompensation aiguë d'insuffisance
cardiaque chronique. Caractérisation des mécanismes et évaluation de
nouvelles thérapeutiques
Contact : Vincent RICHARD
L'aggravation aiguë d'une insuffisance cardiaque (ou
décompensation aiguë) est un problème majeur de
santé publique dans les pays développés, et est
aujourd'hui le principal motif d'admission hospitalière
chez les patients de plus de 65 ans. En dépit de la
grande variété de traitements, cette décompensation
aiguë est toujours associée à une morbi-mortalité
élevée (8 à 20 % selon les cohortes dans les 2 mois
suivant l'hospitalisation).
Cette relative inefficacité thérapeutique peut être
attribuée en partie à la grande variété des étiologies à
l'origine de la décompensation, mais surtout à la
récupération incomplète à long terme des altérations
cardiovasculaires, et ce quel que soit le traitement
utilisé. De plus, les mécanismes physiopathologiques
(sub)cellulaires responsables de cette dysfonction
myocardique résiduelle à court et à long terme sont
inconnus, principalement en raison de l'absence de
modèles expérimentaux représentatifs de cette
décompensation
Nous avons récemment initié des études visant à
développer
un
modèle
expérimental
de
décompensation, et montré qu’une série de
surcharges sodées chez des rats porteurs d’un
infarctus du myocarde chronique (4 mois) déclenche
une diminution immédiate et partiellement transitoire
de la fonction cardiaque évaluée par échographie, et
surtout une récupération incomplète de cette fonction
qui persiste au moins plusieurs semaines,
caractérisant pour la première fois un modèle
expérimental de décompensation semblable à la
situation clinique. Ce projet, qui se base sur notre
expertise reconnue dans les modèles précliniques
d’insuffisance cardiaque, a pour but 1) de montrer
qu’une modélisation de la décompensation aiguë de
l’insuffisance cardiaque est possible et reproductible
chez le rat afin de pouvoir envisager une évaluation de
thérapeutiques déjà existantes ou en développement,
2) de déterminer les principaux mécanismes impliqués
dans cette décompensation au niveau cardiaque, mais
aussi vasculaire et rénal.
Candidat titulaire ou en cours d’obtention d’un Master
en physiologie, pathologie, ou dans le domaine
cardiovasculaire. Expérience dans la manipulation des
modèles animaux et connaissances au moins
théoriques
concernant
les
pathologies
cardiovasculaires indispensable. Une expérience dans
les évaluations cardiovasculaires chez le petit animal
est bienvenue.
Exacerbation of chronic heart failure (i.e. acute
decompensated heart failure) has become a major
medical problem in developed countries, and is
currently the first cause of hospital admission in
patients over 65 years old. Despite the large variety of
medical treatments, such cardiac decompensation is
still associated with a high morbidity-mortality (8-20%
within the first 2 months after hospital admission,
depending on the cohorts).
This relative inefficacy of treatments is due in part to
the large variety of the etiologies leading to
decompensation, but mostly to the incomplete longterm recovery of cardiovascular alterations whatever
the medical treatment used. Furthermore, the
pathophysiological
(sub)cellular
mechanisms
responsible for this persistent functional alteration are
still largely unknown, mostly because of the lack of
relevant pre-clinical models.
We recently initiated studies aimed at developing an
experimental model of cardiac decompensation, and
observed that a series of salt loading sequences in
rats with chronic (4 months) myocardial infarction
induced an immediate and partly transient reduction of
cardiac function, and especially an incomplete
functional recovery that persisted at least several
weeks, characterizing for the first time an experimental
model that mimic human cardiac decompensation. The
objectives of the present project, that is based on are
recognized expertise in preclinical models of heart
failure, are 1) to demonstrate that modelisation of
acute decompensated heart failure is possible and
reproducible in rats, allowing to evaluate existing or
developing new treatments, and 2) to determine the
main mechanisms involved in this decompensation at
the cardiac level, but also the vascular and renal levels
Candidate must possess or in the process of obtaining
a Master degree in physiology, pathology, or in the
cardiovascular field. Experience in handling animal
models
and
theoretical
knowledge
in
the
cardiovascular field is indispensable. Experience in
cardiovascular assessments in small animals is also
welcome.
Unité de recherche
Sujet de thèse
U INSERM 982 Différenciation et Communication Neuronale et
Neuroendocrine
Mécanismes responsables de l'expression anormale de l'ACTH dans les
surrénales au cours du syndrome de Cushing
Contact : Hervé LEFEBVRE
L'hypercortisolisme ou syndrome de Cushing peut être
dû à une hyperplasie macronodulaire bilatérale des
surrénales (HMBS) responsable d'une hypersécrétion
de
glucocorticoïde.
Les
mécanismes
physiopathologiques
responsables
de
l’hypercortisolisme sont longtemps restés inconnus.
Notre groupe a révélé des anomalies de régulation
paracrine de synthèse du cortisol. En particulier, nous
avons observé l’expression du gène de la
proopiomélanocortine (POMC) (précurseur de l’ACTH)
aboutissant à une synthèse pathologique d'ACTH au
sein des HMBS. Ces résultats ont fait l'objet d'une
publication parue dans le New England Journal of
Medicine. Des mutations du gène ARMC5, codant une
protéine de rôle encore inconnu, ont été détectées
chez la moitié des patients atteints d’HMBS par
l’équipe de J. Bertherat (Institut Cochin). Le but du
projet de thèse sera de caractériser le phénotype des
cellules corticosurrénaliennes productrices d'ACTH en
recherchant notamment l’expression de marqueurs
gonadiques
grâce
à
des
approches
immunohistochimiques et de RT-PCR. La relation
entre le statut mutationnel ARMC5 des patients et le
phénotype des cellules surrénaliennes productrices
d'ACTH sera également examinée. Des études
fonctionnelles menées à la fois in vitro sur des cellules
surrénaliennes en culture et chez la souris KO pour
ARMC5 (IRIC, Montréal), permettront d’évaluer le rôle
de l’invalidation d’ARMC5 dans l'expression anormale
d’ACTH et la surproduction de glucocorticoïdes. Les
mécanismes moléculaires impliqués dans l'expression
anormale de la POMC seront finalement recherchés.
En particulier, le rôle de facteurs de transcription, ainsi
que la méthylation de l’ADN au niveau de leurs sites
de liaison seront examinés. Le projet sera réalisé sur
la collection de tissus surrénaliens du réseau français
COMETE (J. Bertherat). Ce travail devrait permettre
d'identifier de nouvelles cibles moléculaires pour la
mise au point de traitements pharmacologiques des
hypercortisolismes.
Bilateral macronodular adrenal hyperplasia (BMAH) is
a rare cause of hypercortisolism also named Cushing’s
syndrome.
Pathophysiological
mechanisms
responsible for hypercortisolism have long remained
unknown. Our group has previously reported several
defects in the control of cortisol synthesis by BMAH
tissues. In particular, we have detected abnormal
expression of the proopiomelanocortin (POMC; ACTH
precursor) gene leading to pathological synthesis of
ACTH in BMAH. These results have been published in
the New England Journal of Medicine. Mutations of
ARMC5, a gene encoding an unknown protein, have
been identified in more than 50% of patients with
BMAH by Pr Bertherat’s team (Cochin Institute). The
aim of the project of the PhD student is to characterize
the phenotype of ACTH-producing adrenocortical cells
and to investigate expression of gonadal specific
markers by using immunohistochemical and RT-PCR
approaches. The pathophysiological links between
ARMC5 mutations and illicit expression of ACTH in
HMBS adrenocortical cells will be also investigated.
The impact of ARMC5 invalidation on abnormal
synthesis of ACTH and glucocorticoid overproduction
will be evaluated on cultured adrenocortical cells and
in ARMC5-deficient mice (IRIC, Montréal). The
molecular mechanisms involved in POMC expression
will be also studied. Especially, the role of transcription
factors and DNA methylation of their binding sites will
be examined. The research program will be carried out
on adrenocortical tissues collected by the French
national COMETE Network (J. Bertherat). The project
should allow identifying new molecular targets for
pharmacological treatments of hypercortisolism.
Le ou la candidat(e) devra être titulaire d’un Master 2
en Sciences Biomédicales avec une forte orientation
dans le domaine de la physiologie et physiopathologie.
Il (elle) devra avoir de solides connaissances en
endocrinologie. L’étudiant(e) devra avoir une bonne
expérience en immunohistologie, PCR, dosage
hormonal, culture et transfection cellulaire. Il (elle)
devra bien maitriser les systèmes d’analyse d’image
et l’utilisation des tests statistiques.
The candidate must hold a Master 2 in Biomedical
Sciences with a strong focus in the field of physiology
and pathophysiology. The candidate will need to have
good knowledge of endocrinology and to be thoroughly
experienced in immunohistochemistry, PCR, hormone
assay, cell culture and cell transfection. He (She) will
also master the use of image analysis softwares and
statistical tests.

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