PLA 1.2 Analyse von Parallel-Line Assays
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PLA 1.2 Analyse von Parallel-Line Assays - Dokumentation - Version vom 04.08.2000 © 2000 Stegmann Systemberatung Auestraße 31 D – 63110 Rodgau Telefon Telefax +49 (61 06) 82 61 9 – 0 +49 (61 06) 82 61 9 – 2 www.rs-system.de Software Lizenzvertrag der Stegmann Systemberatung Auestraße 31 D – 63110 Rodgau Alle Produkte der Stegmann Systemberatung oder mit ihr verbundener Unternehmen, einschließlich Demonstrations-Sets, Hardware, Medien und Handbüchern (nachfolgend zusammen als "Produkt" bezeichnet) sowie alle zukünftigen Bestellungen unterliegen den unten angeführten Bestimmungen. Falls Sie diese Bestimmungen nicht akzeptieren, senden Sie bitte das Produkt mit Handbuch innerhalb von sieben (7) Tagen nach Erhalt an uns zurück. Sie erhalten dann von uns den von Ihnen bezahlten Kaufpreis, abzüglich Transportkosten und Bearbeitungsgebühr. 1. Lizenz Die Stegmann Systemberatung ist Inhaberin aller Rechte am Produkt und überträgt Ihnen hiermit ein nicht übertragbares, nicht ausschließliches Nutzungsrecht, das Produkt entsprechend der nachfolgenden Bedingungen zu verwenden. Sie sind nicht berechtigt das Produkt oder Teile davon Dritten zu übertragen oder in anderer Weise zugänglich zu machen, oder die Software oder andere Teile des Produkts zu verändern, zu zerlegen, zu dekompilieren, reverse engineering durchzuführen, zu überarbeiten, zu verbessern oder, außer unter den Voraussetzungen von § 69e UrhG, den Quellcode der Software herauszufinden. Sie haben das Recht die Software auf einem (1) Computersystem zu installieren und auf diesem System zu nutzen. Wenn Sie das Produkt auf anderen Computern installieren oder nutzen wollen, müssen Sie für jeden Computer eine Lizenz erwerben und sie diesem Computer zuordnen. Sie haben das Recht eine (1) Kopie der Software anzufertigen, um diese zu archivieren. 2. Weitere Rechte und Bestimmungen Falls das Produkt als Upgrade bezeichnet ist, müssen Sie über eine gültige Lizenz über ein Produkt verfügen, das von der Stegmann Systemberatung als für das Upgrade berechtigend bezeichnet wurde, um das Produkt nutzen zu dürfen. Ein Produkt, das als Upgrade bezeichnet wird, ersetzt und/oder ergänzt das Produkt, das die Basis für die Upgrade-Berechtigung bildet. Sie dürfen das resultierende, aktualisierte Produkt nur in Überstimmung mit diesen Lizenzbestimmungen verwenden. Falls das Produkt eine Aktualisierung einer Komponenten eines Pakets von Softwareprogrammen ist, die Sie als ein einziges Produkt lizenziert haben, dürfen Sie das Produkt nur als Teil dieses Pakets von Softwareprogrammen nutzen oder übertragen und es nicht separieren um es auf mehr als einem Computer zu nutzen. Sie dürfen das Produkt nicht mieten, leasen oder vermieten. Sie dürfen alle Ihre Rechte, die sich aus diesen Lizenzbestimmungen ergeben, vollständig auf einen Dritten übertragen, sofern Sie keine Kopien des Produkts aufbewahren, Sie das vollständige Produkt (inklusive aller Komponenten, den Medien und Drucksachen, allen Upgrades und diesen Lizenzbestimmungen) übertragen, und der Dritte diesen Lizenzbestimmungen zustimmt. Falls dieses Produkt ein Upgrade ist, muss die Übertragung alle vorherigen Versionen des Produkts einschließen. 3. Garantie © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de v Die Stegmann Systemberatung garantiert Ihnen für zwölf (12) Monate ab Auslieferungsdatum folgendes: (a) dass die Leistung der Software in allen wesentlichen Merkmalen der im Handbuch gegeben Beschreibung entspricht, vorausgesetzt sie wird auf einer geeigneten Hardware eingesetzt und (b) dass das Medium, auf der die Software gespeichert wird, im wesentlichen frei von Material- und Herstellungsfehlern ist. 4. Haftungseinschränkungen Im Falle der Verletzung dieser Garantie ist die Stegmann Systemberatung ausschließlich verpflichtet, nach eigener Wahl das Produkt oder Teile davon kostenlos zu reparieren oder zu ersetzen. Im Falle, dass die Stegmann Systemberatung nicht in der Lage sein sollte dieser Verpflichtung nachzukommen, sind Sie berechtigt vom Kaufvertrag zurückzutreten. Garantieansprüche müssen innerhalb der Garantiezeit und spätestens sieben (7) Tage nach Auftreten des Defekts schriftlich an die Stegmann Systemberatung gemeldet und belegt werden. Die defekten Produkte sollen an den Distributor zurückgesandt werden, bei dem sie bezogen wurden, falls sie nicht direkt bei der Stegmann Systemberatung erworben wurden. Die Kosten für Versand und Transportversicherung sind von Ihnen zu übernehmen. AUSSER DER OBEN ANGEFÜHRTEN GARANTIE, WERDEN VON DER STEGMANN SYSTEMBERATUNG, WEDER AUSDRÜCKLICH NOCH STILLSCHWEIGEND, KEINE WEITEREN ZUSICHERUNGEN GEGEBEN BEZÜGLICH DES PRODUKTS, INSBESONDERE NICHT BEZÜGLICH DESSEN WIRTSCHAFTLICHEN VERWERTBARKEIT UND VERWENDBARKEIT FÜR BESTIMMTE ZWECKE. 5. Schadensersatz Sollte die Stegmann Systemberatung gegenüber Ihnen oder Dritten, aus welchen Gründen auch immer, sei es aus Vertrag oder deliktischen Ansprüchen, einschließlich leichter Fahrlässigkeit, schadenersatzpflichtig sein, so wird die Höhe des zu leistenden Schadensersatzes auf die Summe beschränkt, die für das Produkt, das den Schaden verursacht hat oder aufgrund dessen die Schadenersatzpflicht der Stegmann Systemberatung entstanden ist, in Rechnung gestellt wurde. Diese Beschränkung gilt jedoch nicht, falls die Stegmann Systemberatung den Schaden wegen Vorsatz oder grober Fahrlässigkeit zu vertreten hat. Auf keinen Fall haftet die Stegmann Systemberatung für Schäden, die auf von Ihnen zu vertretenden Pflichtverstößen beruhen, für Folgeschäden, Vermögensschäden, Schäden aufgrund Datenverlusts, oder für Ansprüche die von Dritten gegen Sie geltend gemacht werden. 6. Vertragende Sollten Sie Bestimmungen dieses Vertrages nicht einhalten, führt dies zur Beendigung Ihrer Lizenz und dieses Vertrages. Die Bestimmungen in den Paragraphen 3., 4. und 5., bleiben auch nach Beendigung des Vertrages wirksam. Fassung vom 02.09.1999. vi © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Licensing Agreement for Stegmann Systemberatung Auestraße 31 D – 63110 Rodgau (Germany) All products sold by Stegmann Systemberatung or companies associated therewith, including demonstration sets, hardware, media and manuals (hereinafter referred to collectively as "Product") as well as all future orders shall be subject to the following provisions. If you do not accept these provisions, please return the product to us within seven (7) days of having purchased or received the Product. We will refund the purchase price minus fees for shipping and processing. 1. License Stegmann Systemberatung holds all rights to the Product and herewith assigns to you a nontransferable, nonexclusive right of use to exploit/utilize the Product according to the following. You are not authorized to transfer the Product or parts thereof to third parties, or to make them accessible in any way, or to modify, disassemble, decompile, reverse engineer, process, or improve the software, or other parts of the Product, or to attempt to discover the source code of the software with the exception of the conditions as stated in Section 69e of the German copyright law. You have the right to install and use the Product on one (1) computer. 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You may permanently transfer all of your rights under this license agreement, provided you retain no copies, you transfer all of the Product (including all component parts, the media and printed materials, any upgrades, and this license agreement), and the recipient agrees to the terms of this license agreement. If the Product is an upgrade, any transfer must include all prior versions of the Product. 3. Warranty For a period of twelve (12) months after the delivery date, Stegmann Systemberatung shall guarantee: (a) that the performance of the software corresponds in all essential characteristics to the description in the manual, provided the software is used with the appropriate hardware and (b) that the medium, on which the software is to be stored, is free of material and manufacturing errors. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de vii 4. Limitation of Liability In the event of a breach of warranty, Stegmann Systemberatung shall be exclusively obligated at its own discretion to repair or replace the Product or parts thereof. In the event that Stegmann Systemberatung should not be in a position to fulfill this obligation, you are entitled to rescind the purchase agreement. Warranty claims must be submitted to Stegmann Systemberatung in writing within the warranty period and at the latest within seven (7) days of the defect's appearance, and the defect must be documented. Defective Products should be returned to the distributor from whom the Product was originally purchased, provided that the Product was not purchased directly from Stegmann Systemberatung. You shall bear all costs for shipping and shipping insurance. WITH THE EXCEPTION OF THE WARRANTY STATED ABOVE, STEGMANN SYSTEMBERATUNG GRANTS NO OTHER WARRANTIES NEITHER EXPLICIT NOR IMPLIED WITH REGARD TO THE PRODUCT, AND EXPRESSLY EXCLUDES WARRANTIES ON THE PRODUCT'S ECONOMIC EXPLOITABILITY AND USE FOR SPECIFIC PURPOSES. 5. Compensation for Damage Should Stegmann Systemberatung be liable for damages to you or a third party for any reason, whether for claims arising from this agreement or tortious liability, including ordinary negligence, the amount of the damages to be paid is limited to the sum invoiced for the Product that caused the damage or for the Product on which a claim for compensation from Stegmann Systemberatung is based. However, this limitation shall not apply if Stegmann Systemberatung is responsible for the damage due to malice aforethought or gross negligence. Stegmann Systemberatung shall in no way be liable for damages caused by violation of duty on your part, consequential damages, economic losses, damages due to loss of data or for claims from third parties put forth against you. 6. Termination of the Agreement Should you fail to comply with the provisions of this agreement, your license and this agreement shall be terminated. The provisions in paragraphs 3., 4. and 5. shall remain in full force and effect even after termination of this agreement. Version dated 02.09.1999 viii © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 1 Inhalt 1 Inhalt ..............................................................................................xi 2 Wie lese ich dieses Handbuch?....................................................15 3 Einleitung......................................................................................17 3.1 3.2 3.3 4 Parallel-Line Assays......................................................................... 18 PLA 1.2 ............................................................................................ 21 Neuerungen ...................................................................................... 24 Systemvoraussetzungen und Installation ...................................27 4.1 Systemvoraussetzungen.................................................................... 28 4.2 Installation........................................................................................ 29 4.2.1 Vorbemerkungen ..................................................................... 29 4.2.2 Schritt 1 – Installation des SVM ............................................. 30 4.2.3 Schritt 2 – Start des Installationsprogramms ........................... 31 4.2.4 Schritt 3 – Willkommen im Setup-Programm ......................... 33 4.2.5 Schritt 4 – Zustimmung zu Lizenzbestimmungen ................... 34 4.2.6 Schritt 5 – Auswahl der Installationsart................................... 35 4.3 Die Erst-Einrichtung von PLA ......................................................... 38 4.3.1 Der erste Aufruf von PLA ....................................................... 39 4.3.2 Anmelden im System............................................................... 41 4.3.3 PLA Registration Wizard ........................................................ 42 5 Einrichtung von PLA...................................................................45 5.1 Die Benutzerverwaltung................................................................... 46 5.1.1 Einrichtung einer neuen Kennung ........................................... 47 5.1.2 Änderung einer existierenden Benutzerkennung ..................... 50 5.1.3 Löschen einer Benutzerkennung.............................................. 51 5.2 Änderung des Passworts................................................................... 52 5.3 Einstellung der Programm-Optionen................................................ 53 5.3.1 Einstellung der Report-Ausgabe.............................................. 53 5.3.2 Einstellung der Applikationspfade .......................................... 56 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de xi Inhalt 6 Begriffe und Zusammenhänge.................................................... 59 6.1 Objekte............................................................................................. 60 6.2 Hierarchie......................................................................................... 62 6.3 Vererbung ........................................................................................ 65 6.4 Eigenschaften der Objekte................................................................ 66 6.4.1 Allgemeine Eigenschaften (General) ...................................... 66 6.4.2 Reagenzien (Reagents) ............................................................ 67 6.4.3 Allgemeine Definitionen (Definitions) .................................... 68 6.4.4 Analyse-Eigenschaften (Analysis) ........................................... 69 6.4.5 Selektion des linearen Bereichs (Range Selection).................. 71 6.4.6 Anmerkungen (Annotations) ................................................... 72 6.4.7 GLP/GMP-Einstellungen (GLP) ............................................. 73 6.4.8 Dosis- und Messwert- Eingabe................................................ 74 7 Ein erstes Parallel-Line Assay .................................................... 77 7.1 7.2 7.3 7.4 7.5 8 Ausgangssituation ............................................................................ 78 Anlegen des Projekts........................................................................ 80 Anlegen des Assays.......................................................................... 87 Anlegen der Proben und des Standards............................................ 88 Die Auswertung ............................................................................... 91 Referenz........................................................................................ 97 8.1 Allgemeines...................................................................................... 98 8.2 Menü-Funktionen............................................................................. 99 8.2.1 Menü „File“............................................................................. 99 8.2.2 Menü „Action“ ...................................................................... 100 8.2.3 Menü „Preferences“ .............................................................. 100 8.2.4 Menü „Help“ ......................................................................... 101 8.3 Navigator........................................................................................ 102 8.3.1 Objekt öffnen......................................................................... 103 8.3.2 Objekt löschen....................................................................... 104 8.3.3 Anzeige abgeschlossener Objekte ......................................... 104 8.4 Objekt-Erzeugung .......................................................................... 105 8.5 Der Objekt-Dialog.......................................................................... 108 8.5.1 Allgemeine Eigenschaften ..................................................... 108 8.5.2 Reagenzien ............................................................................ 113 8.5.3 Allgemeine Objekt-Definitionen ........................................... 116 8.5.4 Analyse-Eigenschaften .......................................................... 118 8.5.5 Lineare Selektion................................................................... 122 8.5.6 Anmerkungen ........................................................................ 126 8.5.7 GLP/GMP-Einstellungen ...................................................... 127 8.6 Der Dateneditor.............................................................................. 128 8.7 Check-Funktion.............................................................................. 130 8.8 Calculate-Funktion......................................................................... 132 xii © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Inhalt 8.9 Info-Funktion ................................................................................. 135 8.10 Apply-Funktion .............................................................................. 137 8.11 Export-Funktion ............................................................................. 140 8.12 Import-Funktion ............................................................................. 144 8.12.1 Import von PNF-Dateien ....................................................... 145 8.12.2 Import von externen Dateien ................................................. 151 8.13 About.............................................................................................. 166 9 GLP/GMP-Einstellungen in PLA .............................................167 9.1 Die Schemen .................................................................................. 168 9.1.1 Beispiel zur Verwendung von Schemen ................................ 171 9.2 Die GLP/GMP-Einstellungen der Objekt-Definitionen.................. 174 9.3 Globale GLP/GMP-Optionen......................................................... 177 10 Der Statistikkern von PLA ....................................................179 10.1 Statistische Berechnungen.............................................................. 181 10.1.1 Transformation der Werte...................................................... 183 10.1.2 Dixon-Test............................................................................. 184 10.1.3 Lineare Regression ................................................................ 185 10.1.4 Berechnung der relative potency nach Fieller ....................... 187 10.2 Automatische Detektion ................................................................. 189 11 Anhänge ..................................................................................193 11.1 Kontrolle A - Linder....................................................................... 194 11.1.1 Ausgabe von PLA (PLA Short Report) ................................. 196 11.1.2 Ausgabe von PLA (PLA Complete Statistics Report) ........... 201 11.2 Kontrolle B - European Pharmacopoeia......................................... 209 11.2.1 Ausgabe von PLA (PLA Short Report) ................................. 210 11.2.2 Ausgabe von PLA (PLA Complete Statistics Report) ........... 218 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de xiii Inhalt xiv © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 2 Wie lese ich dieses Handbuch? Sie benötigen eine allgemeine Einführung in das Programm? Lesen Sie Kapitel 3 – Einleitung Kapitel 6 – Begriffe und Zusammenhänge und falls Sie auch einen praktischen Einblick benötigen Kapitel 7 – Ein erstes Parallel-Line Assay. Sie wollen PLA installieren und einrichten? Lesen Sie Kapitel 4 – Systemvoraussetzungen und Installation Kapitel 5 – Einrichtung von PLA. Sie arbeiten das erste Mal mit PLA? Erarbeiten Sie Kapitel 6 – Begriffe und Zusammenhänge Kapitel 7 – Ein erstes Parallel-Line Assay und anschließend, nachdem Sie erste Erfahrungen haben, Kapitel 8 – Referenz Sie wollen mit PLA unter GLP/GMP-Bedingungen arbeiten? Lesen Sie Kapitel 9 – GLP/GMP-Einstellungen in PLA. Sie interessiert der statistische Hintergrund und die Arbeitsweise von PLA? Lesen Sie Kapitel 10 – Der Statistikkern von PLA. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 15 Wie lese ich dieses Handbuch? 16 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 3 Einleitung © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 17 Einleitung 3.1 Parallel-Line Assays Parallel-Line Assays werden in der biologischen/pharmazeutischen Forschung zunehmend wichtiger. Ziel eines Parallel-Line Assays ist es, die Wirksamkeit einer Probe im Verhältnis zu einem Standard mit der definierten Wirksamkeit 1,0 zu bestimmen. Das Resultat einer solchen Bestimmung ist die ‘relative potency’ – die relative Wirksamkeit, der relative Gehalt – der Probe im Vergleich zu einem Standard. Dieser zu bestimmende Faktor ist einheitenlos und kann in Prozenten angegeben werden. Eine Probe mit einer relative potency von 2,0 hat demnach die doppelte Wirksamkeit des Standards. Bestimmungen der relative potency basieren darauf, eine messbare Größe (Observable), die mit der zu untersuchenden Wirksamkeit korreliert, als Funktion des Logarithmus der Konzentration zu bestimmen. Steht die Observable mit dieser Funktion in einem linearen Zusammenhang, kann der relative Gehalt mit Hilfe eines Parallel-Line Assays bestimmt werden. Dies ist in Abbildung 3-1 schematisch aufgetragen: Die relative potency kann nun aus dem Abstand der Ausgleichgeraden bei einem konstanten Wert der Observable bestimmt werden. Zur Abschätzung können uns die folgenden Formeln dienen. Sind beide Geraden parallel d.h. ist die Steigung m beider Geraden identisch, so gilt für jeden Punkt y der Ausgleichsgeraden y = mx Probe + bProbe = mxStandard + bStandard wobei die Werte x den Logarithmus der Konzentration beschreiben. Die relative potency RP ergibt sich aus dem logarithmischen Zusammenhang als log 2 ( RP ) = ∆x = xStandard − xProbe = bProbe − bStandard m Im Beispiel hat der Achsenabschnitt b der Probe den Wert 5,5 und der des Standards den Wert 6,0. Die gemeinsame Steigung beträgt 2,0. Durch Lösung der obigen Gleichung ergibt sich für Probe eine relative potency von 0,84. 18 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Einleitung In der Praxis der biologischen und insbesondere pharmazeutischen Entwicklung und Qualitätskontrolle, ist die Bestimmung des relativen Gehalts selbstverständlich nicht so trivial, wie im angeführten Beispiel. Eine Reihe von denkbaren Fehlerquellen erfordert eine statistisch valide Auswertung von Messresultaten zur Bestimmung des relativen Gehalts. Auch der Gesetzgeber verlangt einen Validitätsnachweis. Die wichtigsten Fragestellungen, die sich hieraus ergeben und die bei der Auswertung berücksichtigt werden müssen, sind • der Nachweis der Linearität der Messwerte 6.0 Response Standard 4.5 3.0 Probe 1.5 0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 Dose [ -log(x) ] Abbildung 3-1: Schematische Auswertung eines Parallel-Line Assays • der Nachweis der Parallelität der Messwerte und • die Angabe eines Vertrauensintervalls bei der Berechnung des relativen Gehalts. Die European Pharmacopoeia beschreibt in Ihrem Anhang die notwendigen Voraussetzungen zur validen Bestimmung der relativen Gehalts mit Hilfe eines Parallel-Line Assays. Die Bestimmungen reichen von der Erstellung eines Versuchsdesign bis zur mathematischen Auswertung des Parallel-Line Assays. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 19 Einleitung PLA 1.2 realisiert die mathematischen Methoden zur Auswertung von Parallel-Line Assays gemäß der European Pharmacopoeia. Es arbeitet auf der Basis der Messung von Verdünnungsserien oder frei definierten Dosen und kann für beliebige Messmethoden verwendet werden. Beispiele sind die Messung mit Hilfe von ELISA oder DurchflussZytometrie. Darüber hinaus enthält es eine Reihe von zusätzlichen Funktionen, die sowohl den praktischen Umgang mit Messergebnissen als auch die Entwicklung von validen Parallel-Line Assays fokussieren. Ein Beispiel sind die Methoden zur automatischen Detektion linearer und paralleler Bereiche in den Messwerten. Typisch für Messungen biologischer Systeme sind Sättigungsbereiche bei sehr hohen oder sehr niedrigen Konzentrationen des zu messenden Wirkstoffs. Diese Bereiche können nicht zur Auswertung herangezogen werden. Gerade in Entwicklungsabteilungen ist dennoch eine effiziente Auswertung der Messkurven notwendig. Die automatische Lokalisierung der validen Messbereiche ist möglich. 20 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Einleitung 3.2 PLA 1.2 PLA ist die erste kommerziell verfügbare Standardlösung zur Auswertung von Parallel-Line Assays, die nunmehr in der dritten Version vorliegt. Bis zum Erscheinen von PLA mussten Auswertungen dieser Form biologischer Assays mit Hilfe überaus umfangreicher Statistikpakete oder eigenentwickelter Programme durchgeführt werden. Diese Statistikanwendungen hatten den großen Nachteil, nicht speziell auf die Erfordernisse der Auswertung biologischer Assays optimiert zu sein, und waren damit zu schwerfällig und unflexibel, um im Alltagsgeschehen in Entwicklungsabteilungen oder auch im Bereich der Qualitätskontrolle effizient eingesetzt werden zu können. Darüber hinaus bestand ein Druck von Seiten der Mitarbeiter, den Einsatz von Computern in ihren Laboren mit modernen Programmsystemen und benutzerfreundlichen Oberflächen zu vereinfachen. Weitere Schwächen, die nicht durch den Einsatz von allgemeiner Statistiksoftware zu bewältigen waren, sind die elektronische Archivierung der Messergebnisse. Gerade in Entwicklungsabteilungen ist der Zugriff auf ältere Messungen und Auswertungen notwendig, um neue Ansätze, Ideen oder auch Vorschriften schnell umsetzen zu können. Bei der Entwicklung von Standardvorschriften für ein Parallel-Line Assay, das später in der Qualitätskontrolle verwendet werden soll, müssen beispielsweise oft Parameter der statistischen Auswertung variiert werden. Dies war in den alten Systemen nicht oder nur schwer zu bewältigen. PLA 1.2 bietet Ihnen die Funktionen, diese Probleme zu lösen. Die wichtigsten Funktionen und Eigenschaften im Überblick: Statistische Auswertung gemäß European Pharmacopoeia Grafische Benutzeroberfläche mit benutzerfreundlicher, moderner Gestaltung. Wer schon einmal mit Windows-Applikationen gearbeitet hat, findet sich schnell zurecht. Datenbankbasierter Ansatz: Sie haben den vollen Zugriff auf alle Messdaten. Es ist kein zeitaufwendiges Suchen nach Daten notwendig. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 21 Einleitung Zugriff auf Messungen über den „Navigator“, ein dem WindowsDateimanager nachempfundener Ansatz. Die einzelnen Assays werden in Projekten strukturiert verwaltet. Multi-Document-Interface (MDI) – gleichzeitige Bearbeitung mehrerer Messungen. Erweiterte Auswertungs-Funktionen. Das Programm lokalisiert in nichtlinearen Zusammenhängen, lineare und parallele Bereiche automatisch. Umfangreiche Bewertungskriterien erlauben eine feine Steuerung dieses Mechanismus. Verwaltung von Zusatzinformationen - sie können Messungen papierlos verwalten. Berichte werden im RTF-Format (inklusive Grafiken) erzeugt. Sie können daher auf jedem Drucker, der von Windows unterstützt wird, ausgegeben werden. Die Berichtsformate sind änderbar. Die erzeugten Berichte können in Standardtextverarbeitungen, die das RTF-Format unterstützen (z.B. Microsoft Word für Windows), geladen und weiterverarbeitet werden. Den Einsatz von Microsoft Word für Windows unterstützt das System direkt. Check-Funktion: Auf Knopfdruck kann das System eine vorläufige Auswertung Ihres Assays erzeugen. Diese Funktion benötigt meist nur wenige Sekunden. Geschwindigkeit: Der Statistikkern von PLA ist hochoptimiert. Je nach Größe der Assays benötigt PLA zur Auswertung von Assays meist nur wenige Sekunden. Zum Beispiel benötigt die Auswertung des LindnerStandardbeispiels (Probe und Standard mit je drei Messpunkten in Dreifachbestimmung insgesamt 18 Messpunkte) auf einem StandardPC (Pentium/133 MHz - PC mit 32 MB RAM, Windows NT 4.0) weniger als eine Sekunde. GLP/GMP: PLA 1.2 besitzt umfangreiche Funktionen, die ein GLP/GMP-konformes Arbeiten ermöglichen. Import/Export: PLA 1.2 besitzt ein Interface um Daten aus anderen Anwendungen zu übernehmen und anderen Anwendungen zur Verfügung zu stellen. Dieses Interface kann grundsätzlich für jedes Format erworben werden. 22 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Einleitung Für Anregungen oder Kritik an PLA 1.2 sind wir jederzeit sehr dankbar. Bitte wenden Sie sich an die Stegmann Systemberatung Auestraße 31 D-63110 Rodgau Telefon ++49 (0) 61 06 - 82 61 90 Telefax ++49 (0) 61 06 - 82 61 92 www.rs-system.de [email protected] © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 23 Einleitung 3.3 Neuerungen PLA 1.2 weist gegenüber früheren Versionen eine Reihe wichtiger und produktivitätssteigernder Erweiterungen auf, die hier nur kurz umrissen werden sollen: 1. Die Neugestaltung der Benutzeroberfläche ist das sofort sichtbare Element der neuen Version. Sie orientiert sich nunmehr an den derzeit üblichen Standard für die Gestaltung von Oberflächen. Neu ist die intensive Nutzung der Menüs und die Verlagerung der Funktionsaufrufe von den einzelnen Fenster weg in die Werkzeugleiste – das sogenannte Framebar, aus dem die wichtigsten Funktionen aufrufbar sind. 2. Deutlich erweitert wurden die Funktionen zur automatischen Selektion linearer und paralleler Bereiche, in denen es nun möglich ist, den Suchbereich einzuschränken, die Anzahl zu findender Punkte exakt zu definieren oder den 50%-Wert der Dosis zwingend in den zu selektierenden Bereich einzuschließen. 3. Die Berechnung des 50%-Wertes wie auch die Berechnung der 50%Konzentration des Standards (EC50) gehören ebenso zu den Neuerungen, wie die Möglichkeit der Ausgabe von Mittelwerten, Standardabweichung und Variationskoeffizienten der Messwerte in den Berichten. 4. Als Bestandteil der Assays können in PLA 1.2 nun auch Kontrollwerte zur Beschreibung der Assays aufgenommen werden. Sie haben die Möglichkeit, Positiv- und Negativkontrollen wie auch Leerwerte innerhalb der Assays zu dokumentieren. 5. Die Eingabe von individuellen Verdünnungsstufen (direct dose input) wurde verbessert. Sie können nun die Dosen bereits auf der Ebene der Projekte oder Assays angeben. Diese werden dann zu den Standards und Proben vererbt. 6. Eine wesentliche Neuerung ist die Möglichkeit, Daten zu importieren und zu exportieren. 24 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Einleitung Die Import-Schnittstelle wurde so gestaltet, dass es möglich ist, für jedes denkbare Datenformat eine Datenübernahme zu gestalten. Um Messgeräte an PLA anzubinden, können Sie nunmehr für jedes beliebige Format Import-Konverter erwerben und so PLA an jedes Messsystem anpassen. Sollte Ihr System noch nicht unter den verfügbaren Konvertern sein, wird ein Import-Konverter erstellt, sofern Sie uns das Datenformat Ihres Systems überlassen. Bitte zögern Sie nicht, uns zu diesem Thema zu kontaktieren! 7. GLP/GMP-Unterstützung: PLA besitzt stark verbesserte Funktionen, um Sie bei der Umsetzung GLP/GMP-konformen Arbeitens im Labor zu unterstützten. Aus diesem Grund können Benutzern von PLA nunmehr Rollen zugeteilt werden, die den Rollen im GLP/GMPkonformen Prozessen entsprechen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 25 Einleitung 26 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 4 Systemvoraussetzungen und Installation © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 27 Systemvoraussetzungen und Installation 4.1 Systemvoraussetzungen PLA verfolgt einen datenbankorientierten Ansatz zur Verwaltung der Daten sowie zur Erzeugung von Grafiken und Berichten. Daneben benötigt der Statistikkern von PLA zur effizienten Auswertung der Assays ein gewisses Hauptspeichermaß. Dieser Hintergrund führt zu den folgenden Minimalvoraussetzungen für einen PC: 486-Prozessor mit 66 MHz Taktfrequenz 32 MB Hauptspeicher ca. 30 MB freier Speicherplatz auf der Festplatte Bildschirmauflösung 800 x 600 Punkte Microsoft Windows 95™, Windows 98™, Windows NT 4.0™ (SP4) oder höher Die Auswertungs- und Anwendungsgeschwindigkeit wird bei der folgenden empfohlenen Konfiguration deutlich erhöht: Intel Pentium ® Prozessor mit 133 MHz Taktfrequenz 64 MB Hauptspeicher ca. 30 MB freier Speicherplatz auf der Festplatte Bildschirmauflösung 800 x 600 Punkte Microsoft Windows NT 4.0 Workstation ™ (SP4) Technischer Hinweis: Das Installationsprogramm installiert neben der eigentlichen Anwendung die folgenden, erforderlichen Komponenten: - Runtime-Module für Powersoft Powerbuilder 6.5 – Applikationen, - Runtime-Module für Heiler Graphics Server 5.0 OCX-Control, - Desktop-Version von Sybase SQL Anywhere 5.5 Die jeweiligen Module sind geschützte Produkte der einzelnen Hersteller Powersoft, Sybase, Heiler Software und Microsoft, die nur zusammen mit PLA 1.2 vertrieben und verwendet werden dürfen. 28 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Systemvoraussetzungen und Installation 4.2 Installation PLA wird auf CD-ROM oder auf Wunsch auch auf Disketten ausgeliefert. Die Installation des Systems wird mit Hilfe des Installationsprogramms auf der CD-ROM bzw. der ersten Diskette durchgeführt. Das Installationsprogramm installiert PLA, sofern Sie es nicht anders angeben, auf Laufwerk C:. Hinweis: Bitte beachten Sie, dass PLA nach der Installation noch angepasst werden muss. Siehe hierzu Abschnitt 4.3. 4.2.1 Vorbemerkungen Die Installation von PLA besteht aus mehreren Phasen: 1. Installation des Softwarevalidierungs-Moduls (SVM), falls Sie ein solches erhalten haben. 2. Installation der Software 3. Erst-Einrichtung Hinweis: Unter Windows NT 4.0 oder Windows 2000 muss die Installation von einem Systemadministrator durchgeführt werden. Voraussetzung für die Installation von PLA 1.2 unter Windows 95 ist die Systemkomponente DCOM 95. Diese Komponente ist bereits auf Ihrem System installiert, wenn Sie den Internet Explorer 4 oder höher verwenden. Andernfalls müssen Sie diese Komponente vor PLA 1.2 installieren. Sie befindet Sich auf unserer CD-ROM im Unterverzeichnis DCOM95 PLA ist sogenannte „Node-locked Software“. Das heißt, PLA kann nur an einem Arbeitsplatz eingesetzt werden. Dieses wird alternativ durch die Verwendung eines SVM, der an die parallele Schnittstelle des Computers angeschlossen wird, oder durch eine Lizenznummer, die individuell für den jeweiligen PC errechnet wird, erreicht. Sollten Sie ein SVM erhalten haben, findet sich in Abschnitt 4.2.2 die Anleitung zur Installation. Haben Sie keinen SVM erhalten, können Sie mit Abschnitt 4.2.3 fortfahren. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 29 Systemvoraussetzungen und Installation 4.2.2 Schritt 1 – Installation des SVM Das SVM ist eine kleines Gerät, das an die parallele Schnittstelle Ihres Systems angeschlossen wird. Falls Sie keinen SVM erhalten haben, überspringen Sie dieses Kapitel einfach. Bitte bringen Sie das SV-Modul an der parallelen Schnittstelle Ihres Systems an. Sofern Sie an Ihrem System einen Drucker betreiben, lösen Sie hierzu zunächst das Druckerkabel, stecken das SVM mit der Seite, die die Aufschrift PARALLEL trägt an die Druckerschnittstelle Ihres Systems und befestigen anschließend das Druckerkabel an der gegenüberliegenden Seite des SVM (Aufschrift SERIAL). Das SVM stört die Nutzung Ihres Druckers nicht. 30 SVM SERIAL Computer PARALLEL Schematische Darstellung: Druckerkabel Drucker © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Systemvoraussetzungen und Installation 4.2.3 Schritt 2 – Start des Installationsprogramms 4.2.3.1 Installation von Diskette Auf der ersten Diskette bzw. auf der CD-ROM befindet sich das Programm Setup. Dieses Installationsprogramm richtet PLA auf Ihrem System ein. Legen Sie bitte die Diskette mit der Aufschrift PLA 1.2 – Disk 1 in das Laufwerk A: ein! Wählen Sie im Start-Menü die Funktion Ausführen! Geben Sie in die geöffnete Dialogbox den Befehl A:SETUP ein! © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 31 Systemvoraussetzungen und Installation 4.2.3.2 Installation von CD-ROM Legen Sie die CD-ROM in das CD-Laufwerk ein, das Setup-Programm startet anschließend automatisch. Alternativ können Sie im Start-Menü unter der Funktion „Ausführen“ den Befehl D:SETUP eingeben, wobei D: für den Laufwerksbuchstaben Ihres CD-Laufwerks steht. 32 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Systemvoraussetzungen und Installation 4.2.4 Schritt 3 – Willkommen im Setup-Programm Nachdem das Setup-Programm vollständig gestartet ist, sehen Sie den folgenden Bildschirm: Dies ist der Start-Bildschirm des Installationsprogramms. Auf jedem der nun folgenden Bildschirme finden Sie folgende Auswahlmöglichkeiten: Next Cancel Back Gehe zum nächsten Schritt Breche das Installationsprogramm ab Gehe zurück zum vorigen Schritt Der Bildschirm führt Sie auf kurze Weise in das Installationsprogramm ein. Wählen Sie Next! © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 33 Systemvoraussetzungen und Installation 4.2.5 Schritt 4 – Zustimmung zu Lizenzbestimmungen Lesen Sie diesen Abschnitt bitte sehr sorgfältig. Durch Ihre Zustimmung wird ein gültiger Vertrag zwischen Ihnen und der Stegmann Systemberatung geschlossen! Um PLA installieren zu können, müssen Sie den Lizenzbestimmungen zum Einsatz von PLA zustimmen. Das Installationsprogramm zeigt Ihnen diese Lizenzrechte an. Wenn Sie die Rechte und Bestimmungen akzeptieren, wählen Sie den I accept the terms in the license agreement Knopf und wechseln in den nächsten Dialog. Ansonsten wird das Installationsprogramm abgebrochen. Wesentliche Teile der Lizenzbestimmungen sind das Verbot der Installation einer Lizenz von PLA auf mehreren Computern und die Gewährleistungsausschlüsse über alle Folgeschäden und Schäden, die durch den Einsatz von PLA verursacht werden könnten. 34 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Systemvoraussetzungen und Installation 4.2.6 Schritt 5 – Auswahl der Installationsart Im folgenden Bildschirm wählen Sie die Installationsart für PLA. Wenn Sie hier die Option Complete wählen, werden alle PLA Dateien in das Standard-Installationsverzeichnis installiert. Dies ist je nach Landessprache des Betriebsystems C:\Programme\PLA\ oder C:\Program Files\PLA\ Wenn Sie jedoch das Zielverzeichnis ändern wollen, müssen Sie die Option Custom wählen und mit Next bestätigen. Sie gelangen in den folgenden Bildschirmdialog: © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 35 Systemvoraussetzungen und Installation In diesem Dialog können Sie durch die Auswahl von Change... einen anderen Installationsort bestimmen. Nach der Auswahl des Installationsortes sind alle Variablen zur Installation definiert. Drücken Sie daher Next und Sie gelangen zu dem folgenden Dialog: 36 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Systemvoraussetzungen und Installation Wenn Sie nun Next drücken, beginnt das Installationsprogramm die Dateien zu kopieren. Falls Sie mit Disketten installieren, werden Sie gelegentlich aufgefordert, eine andere Diskette einzulegen. Den Abschluss der Installation erkennen Sie an dem folgenden Bildschirm: Anschließend ist PLA einsatzbereit. Lesen Sie im folgenden Abschnitt die notwendigen Schritte der Erst-Einrichtung von PLA! © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 37 Systemvoraussetzungen und Installation 4.3 Die Erst-Einrichtung von PLA Nachdem Sie nun PLA erfolgreich auf Ihrem System installiert haben, sind einige wenige Bemerkungen zur Erst-Einrichtung von PLA notwendig. Diese Schritte sind: • der erste Aufruf von PLA und sofern notwendig • 38 die Freischaltung von PLA mit Hilfe des PLA Registration Wizard (nur falls Sie kein SV-Modul verwenden) © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Systemvoraussetzungen und Installation 4.3.1 Der erste Aufruf von PLA Sie sind nun bereit, PLA das erste Mal zu starten. Aus dem Menü wählen Sie PLA aus, PLA startet. Beim ersten Aufruf wird PLA ggf. eine Konvertierung des vorhandenen Datenbestands durchführen. Diese Konvertierung ist nicht destruktiv und kann gefahrlos durchgeführt werden. Nach erfolgreicher Konvertierung wird PLA einen Warnhinweis ausgeben, dass das Benutzermanagement gegenüber älteren PLA-Versionen deutlich verstärkt wurde und nun ein „PLA Administrator“ die Einrichtung weiterer Benutzerkonten durchführt1. Hierzu wird nun automatisch eine Benutzerkennung „PLA Administrator“ angelegt. Sie werden zur Eingabe eines Passwortes aufgefordert, dass den Zugang zu dieser Kennung absichert. 1 In PLA 1.0 und PLA 1.1 konnte ein Nutzer ein solches Konto ohne die Mitwirkung eines Administrators anlegen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 39 Systemvoraussetzungen und Installation ACHTUNG: Merken Sie sich dieses Passwort gut! Ohne dieses Passwort ist kein Zugang zu PLA möglich. Nachdem Sie diesen Account eingerichtet haben, können Sie sich in PLA anmelden. 40 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Systemvoraussetzungen und Installation 4.3.2 Anmelden im System Um Zugang zu PLA zu erlangen, müssen Sie sich nach dem Start des Programms identifizieren. Wählen Sie mit der Maus Ihren symbolisch dargestellten Namen – in diesem Fall: PLA Administrator – aus. Das Feld Enter your password wird aktiv. Geben Sie dort Ihr Passwort ein! (Beachten Sie die korrekte Groß- und Kleinschreibung.) Das Passwort wird nicht in Klarschrift angezeigt. Ist Ihr Passwort eingegeben, wählen Sie die Funktion Logon oder drücken einfach die Enter-Taste. War das Passwort korrekt, gelangen Sie in das System... © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 41 Systemvoraussetzungen und Installation 4.3.3 PLA Registration Wizard Achtung: Falls Sie PLA mit Hilfe eines SV-Moduls betreiben, können Sie diesen Abschnitt überspringen! Als Alternative zur Installation eines SVM unterstützt PLA die Verwendung einer Lizenznummern-Logik. Diese Lizenzierungstechnik wird mit Hilfe des PLA Registration Wizard durchgeführt. Nach dem ersten erfolgreichen Versuch sich am System anzumelden, meldet sich nun der PLA Registration Wizard. Er bietet Ihnen zunächst die Möglichkeit, den Programmaufruf fortzusetzen (Auswahl von OK) oder abzubrechen (Cancel). Bei der Auswahl von Cancel wird PLA sofort beendet. Bei Auswahl von OK beginnt eine 14-tägige Versuchszeit. Innerhalb dieser 14 Tage müssen Sie PLA registrieren (siehe unten). 42 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Systemvoraussetzungen und Installation Nachdem Sie sich entschlossen haben, PLA zu verwenden wird in Zukunft bis zur Durchführung Ihrer Registrierung der folgende Bildschirm angezeigt, den Sie um das Programm zu starten, mit OK bestätigen: Die angezeigte Nummer ist Ihr Registrierungs-Code, den Sie bitte auf dem mitgelieferten Formular der Stegmann Systemberatung mitteilen. Sie erhalten dann von der Stegmann Systemberatung einen Unlock-Code, den Sie wie unten beschrieben, in PLA eintragen müssen. Achtung Bitte installieren Sie PLA auf dem Computer, auf dem PLA endgültig eingesetzt werden soll, bevor Sie der Stegmann Systemberatung diesen Registrierungs-Code mitteilen. Der Code ist von dem verwendeten Computersystem abhängig und kann nicht an anderen Systemen verwendet werden! © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 43 Systemvoraussetzungen und Installation Nachdem Sie von der Stegmann Systemberatung den Unlock-Code erhalten haben, wählen Sie in diesem Dialog die Funktion Next. Sie können den erhaltenen Unlock-Code dann unterhalb des RegistrierungsCodes eintragen. Anschließend wird Sie der Wizard nicht weiter “belästigen”. 44 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 5 Einrichtung von PLA Dieser Abschnitt beschreibt die weitergehende Einrichtung von PLA. Sie lernen, wie das Account Management verwendet wird und wo und in welcher Weise Programmoptionen eingestellt werden können. Alle diese Einstellungen können nur von einem Anwender mit AdministratorRechten (PLA Administrator) durchgeführt werden. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 45 Einrichtung von PLA 1.15.1 Die Benutzerverwaltung Eine wichtige Funktion bei der Verwendung von PLA 1.2 nimmt die völlig überarbeitete Benutzerverwaltung (Account Management) ein. Um Zugang zu PLA 1.2 zu erlangen, müssen Sie sich gegenüber dem Programm mit Hilfe einer Benutzerkennung und eines Passworts identifizieren. Dieser Identifikationsprozess dient drei Hintergründen: • Für die Umsetzung von GLP/GMP-Anforderungen müssen die Anwender in verschiedene Gruppen eingeteilt werden können, die innerhalb des Systems unterschiedliche Rechte erhalten. Die Benutzerverwaltung ermöglicht Ihnen diese Einteilung. • Für die korrekte Verwaltung von Messdaten ist zweifellos die Speicherung des Namen des jeweiligen Anwenders notwendig. Durch die Anmeldung ist dem System Ihr Name bereits bekannt. Er wird bei jeder Änderung, die Sie an den Daten vornehmen, gespeichert. • Die Anmeldung verhindert keine Manipulation der Daten. Sie können jedoch auf einfache Weise eine solche (sei sie gewollt oder ungewollt) an den Daten erkennen. Hinweis: Der Identifikationsmechanismus stellt keine absolute Sicherung Ihrer Daten dar. Ist eine Sicherung der gespeicherten Daten notwendig, so muss die Sicherung mit Hilfe Ihres Betriebssystems vorgenommen werden (z.B. Windows NT). Falls Sie die Manipulation Ihrer Daten befürchten, müssen Sie PLA beenden und den Zugang zur Maschine sperren, sobald Sie Ihren Arbeitsplatz unbeaufsichtigt lassen. Die folgenden Abschnitte zeigen Ihnen den Umgang mit der Benutzerverwaltung von PLA. Zugriff auf die Benutzerverwaltung hat nur der bei der Installation angelegte Administrator. 46 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Einrichtung von PLA 1.1.15.1.1 Einrichtung einer neuen Kennung Die Benutzerverwaltung von PLA versucht die Organisation eines analytischen Labors abzubilden. Wie Sie in Abbildung 5-1 erkennen, unterscheidet PLA vier Typen von Anwendern: 1. 2. 3. 4. Normale Anwender (Standard User) PLA Administratoren (System Administrator) PLA Inspektoren (System Inspector) Deaktivierte Anwender (Deactivated User) Die Funktion des PLA Administrators übernimmt im allgemeinen der Labor- oder Gruppenleiter. Er nimmt in der Hierarchie der Benutzerverwaltung die höchste Stellung ein. Er verfügt über sämtliche Rechte, die auch dem normalen Anwender zur Verfügung stehen, hat aber zusätzlich die Aufgabe, das Account Management zu organisieren (Einrichtung neuer Accounts, Änderung von Kennwörtern, Deaktivierung von Accounts usw.). Weiterhin stehen dem PLA Administrator die erweiterten Funktionen des GLP/GMP-Managements zur Verfügung. Er hat damit die Möglichkeit, die Arbeitsweise eines normalen Anwenders zu definieren. Für die Umsetzung der GLP/GMP-Funktionen lesen Sie bitte Kapitel 9 GLP/GMP-Einstellungen in PLA. Das Laborpersonal, das die biologischen Tests durchführt und auswertet, erhält einen PLA-Zugang als Standardnutzer (Gruppe: Standard Users). Dem Standardnutzer stehen alle Funktionen von PLA zur Verfügung. Diese Funktionen können allerdings durch die Vorgaben eines PLA Administrators gezielt eingeschränkt werden. Der PLA Administrator kann auf diese Weise den Anwender zu einer definierten Vorgehensweise zwingen und damit bestimmte Arbeitsabläufe erreichen. Der PLA Inspektor nimmt den untersten Rang in der Hierarchie ein. Er kann alle Einstellungen und Werte innerhalb von PLA einsehen, hat aber nicht die Befugnis, diese zu ändern. Um einen neuen Benutzer in PLA anzulegen, müssen Sie über das Menü Preferences den Menüpunkt Account Management aufrufen. Es öffnet sich der folgende Dialog: © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 47 Einrichtung von PLA Abbildung 5-1 Die Benutzerverwaltung von PLA In der oberen Auswahlliste existiert bislang nur eine Kennung „Administrator“. Um eine neue Benutzerkennung anzulegen, müssen Sie die Aktion Create auswählen. Durch diese Auswahl aktivieren sich automatisch die Eingabefelder, die Sie benötigen: Geben Sie im Feld Enter Account Name den Namen der einzurichtenden Kennung ein. Geben Sie im Feld Enter Account Password das gewünschte Passwort ein. Beachten Sie bitte, dass das Passwort mindestens fünf Zeichen lang sein muss. Dieses Passwort müssen Sie im Feld Retype Password exakt wiederholen. Dies ist eine Vorsichtsmaßnahme, die vor Eingabefehlern schützen soll. Merken Sie sich dieses Passwort und teilen Sie es dem Anwender mit. Dieser hat später die Gelegenheit, sich ein individuelles Passwort einzurichten. Lesen Sie hierzu Kapitel 5.2 - Änderung des Passworts. 48 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Einrichtung von PLA Wichtiger Hinweis: Beachten Sie die korrekte Schreibweise des Passworts. PLA unterscheidet Klein- und Großbuchstaben. Das Passwort „Test“ ist also nicht identisch mit „test“! Im unteren Auswahlfeld müssen Sie nun noch die Zugehörigkeit des anzulegenden Benutzers zu einem der drei Gruppen Standard User, PLA Administrator oder PLA Inspector festlegen, da Sie im allgemeinen keine deaktivierte Benutzerkennung einrichten werden. In diesem Fall soll der anzulegende Anwender zu der Gruppe Standard User gehören. Wählen Sie Create um die Kennung zu speichern oder Cancel um den Vorgang abzubrechen. Beim nächsten Einloggen in das System wird die erzeugte Benutzerkennung in dem Anmeldebildschirm dargestellt. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 49 Einrichtung von PLA 5.1.2 Änderung einer existierenden Benutzerkennung Wenn Sie eine bestehende Benutzerkennung ändern wollen, müssen Sie wieder das Account Management aufrufen. Aktivieren Sie anschließend die Benutzerkennung, an der Sie eine Änderung vornehmen wollen. Sie werden sehen, dass nun die beiden Aktionsknöpfe Modify und Delete freigegeben werden. Durch den Aufruf der Funktion Modify können Sie sowohl die Bezeichnung der Benutzerkennung als auch das Passwort verändern. Diese Option wird hauptsächlich dann benötigt, wenn ein Anwender sein Passwort vergessen hat. Weiterhin haben Sie die Möglichkeit den Anwender in eine andere Benutzergruppe einzugliedern. Haben Sie Ihre Änderungen angebracht, speichern Sie diese durch Aufruf von Save, andernfalls brechen Sie den Vorgang mit Cancel ab. 50 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Einrichtung von PLA 5.1.3 Löschen einer Benutzerkennung Wollen Sie eine Benutzerkennung aus dem Account Management löschen müssen Sie sich als Administrator am System anmelden. Anschließend führen Sie folgende Schritte durch: 1. Rufen Sie das Account Management auf 2. Markeiern Sie die Benutzerkennung, die gelöscht werden soll. 3. Wählen Sie dann die Funktion Delete. Es erscheint der folgende Bildschirm: Wenn Sie die Benutzerkennung tatsächlich löschen wollen, bestätigen Sie den Dialog mit Ja, ansonsten mit Nein. Sie gelangen anschließend wieder in den Dialog der Benutzerverwaltung. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 51 Einrichtung von PLA 5.2 Änderung des Passworts PLA bietet zwei Methoden zur Änderung eines Passwortes an. Die erste Möglichkeit ist dem Administrator vorbehalten und kommt vor allem dann zum Einsatz, wenn Sie Ihr Passwort vergessen haben, bzw. Ihr Account neu angelegt wurde. Die zweite Möglichkeit steht Ihnen als Nicht-Administrator offen. Rufen Sie dazu im Menü Preferences die Funktion Change your Password.... auf. Es erscheint der folgende Bildschirm : 1. Geben Sie im Feld Current Password Ihr bisheriges Passwort und in den Feldern New Password und Retype New Password Ihr neues Kennwort ein. 2. Wählen Sie OK um das neue Passwort zu speichern oder Cancel, um den Vorgang abzubrechen. 52 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Einrichtung von PLA 5.3 Einstellung der ProgrammOptionen Nachdem Sie Ihre Benutzerverwaltung organisiert haben, sollten Sie zunächst die Programm-Optionen korrekt einstellen. Dies sind einige wenige Funktionen, die insbesondere die Ausgabe der Ergebnisberichte und die Einstellung der Applikationspfade betreffen. Auch für die Einstellung dieser Optionen müssen Sie als PLA Administrator am System angemeldet sein. 5.3.1 Einstellung der Report-Ausgabe Öffnen Sie das Menü Preferences und wählen Sie den Menüpunkt Options. Es öffnet sich der folgende Dialog: © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 53 Einrichtung von PLA Auf der ersten Indexzunge des Optionen-Dialogs werden die Einstellungen zur Berichtsausgabe (Reporting) vorgenommen. PLA erzeugt Berichte im RTF-Format, die von verschiedenen Textprogrammen verarbeitet werden können. Aus diesem Grund muss definiert werden, mit welchem Programm die Berichte angezeigt und gedruckt werden sollen. Als Voreinstellung ist der Knopf read RTF file type association from registry aktiviert. Dies hat zur Folge, dass PLA automatisch in der Registrierung nach dem Programm sucht, das mit dem RTF-Format verknüpft ist. Sie brauchen keine weiteren Einstellungen vorzunehmen. Wenn Sie diesen Knopf deaktivieren, können Sie die Pfade und eventuelle DDE-Kommandos1 für die Ansicht (Preview) und das Drucken (Print) der RTF-Files manuell eingeben. Diese Einstellung sollte allerdings nur von einem erfahrenen Anwender vorgenommen werden. Mit Hilfe von Load from registry können Sie die Felder mit den aktuellen Werten vorbelegen. Wollen Sie z.B. das Programm WordView zum Betrachten der Ergebnisberichte verwenden, müssen Sie in der Zeile Preview den exakten Pfad von WordView eingeben. Alternativ hierzu können Sie durch einen Klick auf den Knopf neben dem Eingabefeld WordView über einen StandardDialog suchen. Die Übergabe des RTF-Files an WordView erfolgt durch den nachgestellten Parameter "%1". 1 Die Angabe von DDE-Kommandos erfolgt in der Syntax {Application/Topic}[Befehl 1][Befehl 2]..., z.B. {WinWord/System}[FileOpen "%1"] 54 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Einrichtung von PLA In den Feldern unter den RTF Preview and Printing sind noch folgende Informationen einzugeben: 1. Default reports: In dieser Auswahlliste können Sie einen oder mehrere Berichte aktivieren. Bei der Durchführung von Berechnungen sind diese Berichte dann im entsprechenden Dialog bereits aktiviert. Zusammen mit der Funktion Print immediately after calculation können Sie so den Aufwand bei der Durchführung einer Berechnung minimieren. (Hinweis: Die Liste der Berichte kann in jeder Installation von PLA unterschiedlich sein.) Zur Auswahl klicken Sie auf den gewünschten Bericht. Wollen Sie mehrere Berichte aktivieren, so halten Sie während der Auswahl mit der Maus die Strg- bzw. Ctrl-Taste gedrückt. 2. Print immediately after calculation: Dieses Kästchen stellt die Standard-Einstellung für die Funktion Print immediate dar. Diese Funktion wird Ihnen später bei der Durchführung von Berechnungen begegnen. Wählen Sie Save um Ihre geänderten Einstellungen zu speichern, oder Cancel um den Dialog abzubrechen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 55 Einrichtung von PLA 5.3.2 Einstellung der Applikationspfade Auf der nächsten Seite des Optionen-Dialogs werden die PLAApplikationspfade definiert. Hierbei sind fünf Pfade einzustellen. Sie können jeweils durch einen Klick auf das Feld neben der Pfadangabe klicken, um diesen mit einem Standard Dialog auszuwählen. Es sind folgende Pfade einzustellen: 1. Report Output Path: Geben Sie hier ein Verzeichnis ein, in dem die Berichte gespeichert werden sollen. Die Standard-Einstellung ist das Unterverzeichnis Report des PLA Installationsverzeichnis. 2. Standard Import Path: Geben Sie hier einen Verzeichnis ein, aus dem standardmäßig importiert werden soll. Wählen Sie hier z.B. das Diskettenlaufwerk a: aus, wenn Sie standardmäßig Ihre Messdaten von Diskette importieren. Die Standard-Einstellung ist das Unterverzeichnis Import des PLA Installationsverzeichnis. 3. Standard Export Path: Geben Sie hier ein Verzeichnis ein, in das Sie standardmäßig exportieren wollen. Die Standard-Einstellung ist das Unterverzeichnis Export des PLA Installationsverzeichnis. 56 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Einrichtung von PLA 4. PTD/IDS Path: Diese Pfadangabe definiert das Verzeichnis der Import-Filter. Die Standard-Einstellung ist das Unterverzeichnis Converter des PLA Installationsverzeichnis, das Sie auch nicht ändern sollten. 5. Report XTF-Path: Diese Pfadangabe definiert das Verzeichnis der Reportvorlagen. Die Standard-Einstellung ist das Unterverzeichnis Report Templates des PLA Installationsverzeichnis, das Sie auch nicht ändern sollten. Haben Sie alle Pfade definiert, wählen Sie Save um Ihre Einstellungen zu speichern, oder Cancel um den Dialog abzubrechen. Auf der letzten Seite des Optionen Dialogs sind die sogenannten GLP/GMP Settings zu definieren. Da diese Einstellungen nicht mehr zur Einrichtung von PLA gehören, werden sie in einem gesonderten Abschnitt (Kapitel 9 - GLP/GMP-Einstellungen in PLA) besprochen. Die Einrichtung von PLA ist hiermit abgeschlossen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 57 Einrichtung von PLA 58 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 6 Begriffe und Zusammenhänge Dieser Abschnitt führt Sie in die Begriffswelt von PLA ein. Sie lernen die Organisation und die Eigenschaften der Objekte von PLA kennen. Das Verständnis dieses Abschnitts wird Ihnen die Arbeit mit PLA erleichtern und Ihnen zeigen, wie sie zu einem effektiven Umgang mit PLA gelangen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 59 Begriffe und Zusammenhänge 1.16.1 Objekte PLA kennt fünf verschiedene Objekt-Typen, die innerhalb des Programms bestimmte Funktionen erfüllen. Die fünf Objekte sind das Projekt (project), das Assay (assay), der Standard (standard), die Probe (preparation) und die Kontrolle (control). Diese fünf Objekt-Arten sind von zentraler Bedeutung. Die folgende Übersicht erläutert Ihnen die Funktion der Objekte: Assay (assay) Entspricht dem Begriff eines ‘Assays’ aus der biostatistischen Literatur. Ein Assay besteht aus den Messwerten eines Standards und mindestens einer Probe. Optional kann das Assay auch eine Kontrolle (s.u.) enthalten. Die Messwerte von Standard und dazugehörigen Proben und Kontrollen werden gemeinsam ausgewertet. Im Fall des Parallel-Line Assays wird der relative Gehalt (relative potency) von Proben im Vergleich zu einem Standard bestimmt. Per Defintionem ist der relative Gehalt eines Standards immer gleich 1,0 (100%). Standard (standard) Bezeichnet die Messwerte und Eigenschaften der Standard-Kurve eines Assays. Der Standard besteht aus mindestens zwei Messpunkten in Mehrfachbestimmung. Probe (preparation) Bezeichnet die Messwerte und Eigenschaften der Proben eines Assays. Auch Sie bestehen aus mindestens zwei Messpunkten in Mehrfachbestimmung. Aufgabe des Programms ist es, den relativen Gehalt einer jeden Probe gegenüber dem entsprechenden Standard des Assays zu bestimmen. Kontrolle (control) Bezeichnet die Messwerte und Eigenschaften der Kontrollen eines Assays. Man unterscheidet drei Arten von Kontrollen: PositivKontrolle (positive control), Negativ-Kontrolle (negative control) und Leerwert-Kontrolle (blank). Die 60 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Begriffe und Zusammenhänge Messwerte und Eigenschaften aller drei Typen von Kontrollen werden innerhalb eines Objekts verwaltet. Im Sprachgebrauch von PLA sind daher mit dem Bergriff Kontrolle immer alle drei Typen gemeint. Kontrollen werden nicht zwingend für die Berechnung des relativen Gehalts benötigt. Sie dienen der Überprüfung des jeweiligen Testsystems und sind grundsätzlich anders konzipiert als Standards und Proben (Kontrollen werden nur als Wiederholungen und nicht als Verdünnungsserien vermessen). Projekt (project) Der Begriff Projekt stellt lediglich eine organisatorische Ebene zur Verwaltung mehrerer Assays dar. Die Organisation Ihrer Assays in Projekten erlaubt Ihnen, bei einer Vielzahl von Assays die Übersicht zu wahren. Beispiele: Projekt „Lagerversuche“ enthält alle Assays, die im Rahmen Ihrer Lagerungsversuche ausgewertet werden. Projekt „Messungen am 1. April“ enthält alle Assays, die Sie am 1. April aufgenommen haben. PLA zwingt Sie, alle Assays in Projekten zu verwalten. Wie Sie sehen werden, erlaubt diese Organisationsform eine erhebliche Erleichterung Ihrer Arbeit, sofern Sie die weiter unten beschriebenen Eigenschaften der Hierarchie beachten. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 61 Begriffe und Zusammenhänge 6.2 Hierarchie Projekte, Assays und Standards/Proben/Kontrollen sind in PLA hierarchisch organisiert. Die oberste Ebene der Hierarchie bilden die Projekte. In Abbildung 6-1 sehen Sie ein Ausschnitt des Navigators von PLA. Sie erkennen eine Reihe von Einträgen. Abbildung 6-1: Navigator - Projekte Öffnen wir das Projekt Beispiel Nr. 2 durch einen Klick auf das + - Zeichen links neben dem Symbol, so bekommen wir Einblick in die zweite Ebene, die Ebene der Assays. In Abbildung 6-2 können Sie erkennen, dass das Projekt Beispiel Nr. 2 drei Assays enthält. Sie sind bezeichnet mit Assay 1, Assay 2 und Assay 3. Abbildung 6-2: Navigator - Assays 62 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Begriffe und Zusammenhänge Jedes dieser Assays enthält für sich wiederum die dritte Ebene: die Standards, Proben und Kontrollen. Die Standards, Proben und Kontrollen stellen damit die dritte Hierarchie-Ebene dar. In Abbildung 6-3 sehen sie den geöffneten Assay 2. In diesem Fall besitzt Assay 2 je eine Messung für Standard, Probe und Kontrolle. Abbildung 6-3: Navigator - Standards/Proben/Kontrollen Die Bezeichnungen der fünf Objekte können frei gewählt werden, sie sind in unserem Beispiel nur zum besseren Verständnis mit Standard, Probe und Kontrolle benannt. Zur besseren Unterscheidung der verschiedenen Objekt-Arten besitzen alle fünf Typen unterschiedliche Symbole. So wird der Standard mit Hilfe eines orangen Messzylinders, die Kontrolle mit Hilfe eines blaugrünen Messzylinders und die Probe durch ein grünes Gefäß dargestellt. Was nutzt Ihnen diese Hierarchie? Zwei Aspekte sind hier zu nennen: 1. Im Laufe der Zeit werden Sie eine Vielzahl von Messungen mit Hilfe von PLA durchführen. Sie können diese Messungen natürlich aus dem System löschen, jedoch ist gerade in Entwicklungsabteilungen ein Zugriff auch auf ältere Daten notwendig. Mit Hilfe der hierarchischen Organisation können Sie innerhalb von PLA Ihre Daten sortieren und strukturieren. Das Projekt ist hierbei als eine Art Aktenordner zu verstehen, in den Sie die Daten Ihrer Assays ablegen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 63 Begriffe und Zusammenhänge 2. 64 Sie können alle notwendigen Eingaben über die Art Ihrer Messungen und Analysen, Zusatzinformationen usw. bereits auf der Projektebene speichern. Erzeugen Sie anschließend einen Assay innerhalb dieses Projekts, werden alle Daten automatisch zum Assay kopiert und brauchen nicht erneut eingegeben werden. Dies stellt eine erhebliche Verringerung Ihres Arbeitsaufwands dar. Aber Achtung: Ändern Sie, nachdem Sie bereits Assays erzeugt haben, die Definition des Projekts, werden diese Daten nicht automatisch auf die bereits vorhandenen Assays übertragen. Die Definitionen auf der Ebene der Projekte und Assays werden nur bei der Neuanlage von Assays bzw. Standards/Proben/Kontrollen automatisch kopiert. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Begriffe und Zusammenhänge 6.3 Vererbung Ein zentrales Element bei der Verwendung von PLA ist das Konzept der Vererbung. Sucht man eine Analogie, um dieses Konzept zu beschreiben, so eignet sich der Vorgang der genetischen Vererbung: „Eine Vorfahre vererbt seine genetische Information an seine Nachkommen.“ Innerhalb von PLA stellt sich diese Art der Vererbung wie folgt dar: Die erste Generation (technisch: die oberste Hierarchieebene) ist immer das Projekt. Die zweite Generation (zweite Hierarchieebene) ist immer das Assay. Die dritte Ebene teilen sich die Standards, Proben und Kontrollen. Wird ein Assay erzeugt, so ‘erbt’ es die Informationen des Projekts, zu dem es gehört. Analog dazu erben Standards Proben und Kontrollen die Informationen von ihrem Eltern-Assay. Auf diese Weise brauchen gemeinsame Informationen zu Assays oder zu Standards/Proben/Kontrollen nur einmal auf der nächst höheren Ebene der Hierarchie definiert zu werden. Werden anschließend die Standards/Proben/Kontrollen angelegt, wird die Information der nächst höheren Ebene, in diesem Fall also von den Assays, automatisch kopiert. Wichtig ist es zu verstehen, dass sich die Analogie auf den genetischen Ursprung, d.h. den Ursprung zum Zeitpunkt der Erzeugung bezieht. Wird das Objekt der höheren Ebene später modifiziert, so werden die dort neu eingegebenen Information nicht an schon existente ‘Nachfahren’ weitergegeben. Sie werden lediglich bei der Neuanlage von untergeordneten Objekten kopiert. Allerdings können Sie bei der Erzeugung eines neuen Objekts (auch auf der höchsten Ebene) Einfluss auf die Vererbung nehmen und angeben, von welchem Objekt anstelle des übergeordneten Objekts die anfängliche Information bezogen werden soll. Auch können Sie zu einem späteren Zeitpunkt mit Hilfe der Apply-Funktion eine Übertragung von Informationen von übergeordneten Objekten aus erzwingen, etwa um andere Analyse-Definitionen zu kopieren. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 65 Begriffe und Zusammenhänge 6.4 Eigenschaften der Objekte Alle Objekte (Projekt, Assay, Standard und Proben) besitzen in PLA dieselben Möglichkeiten zur Definition von Eigenschaften. Die Programm-Dialoge für die Eingabe solcher Informationen sind daher für alle Objekt-Typen identisch. Eine Ausnahme bilden hierbei die Kontrollen, da sie durch einen deutlich reduzierten Satz an Informationen beschrieben werden. Auf den folgenden Seiten werden Ihnen alle Eigenschaften vorgestellt. Sie lassen sich in sieben Kategorien einteilen und spiegeln damit die Gliederung innerhalb des Programms wider. Eigenschaften, die mit einem Stern (*) gekennzeichnet sind, sind optional und nicht zwingend für die Durchführung einer Berechnung. 6.4.1 Allgemeine Eigenschaften (General) Eigenschaft Beschreibung Code Abkürzung für den vollständigen Namen des Objekts. Diese Bezeichnung wird hauptsächlich bei der Bildschirmdarstellung (z.B. im Navigator) verwendet. Title Vollständiger Name des Objekts. Diese Bezeichnung wird bei der Ausgabe der Analysenergebnisse verwendet. Measured Substance Bezeichnung der untersuchten Substanz Batch identification of the Substance Chargennummer der untersuchten Substanz Status finished Ist dieses Kontrollfeld aktiviert, so ist die Bearbeitung des Objekts abgeschlossen. Das Objekt wird nicht mehr im Navigatorfenster angezeigt, jedoch auch nicht aus der Datenbank gelöscht. 66 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Begriffe und Zusammenhänge Eigenschaft Beschreibung Date of measurement Datum der Messung. Das hier angegebene Datum stellt den Zeitpunkt der Objekterzeugung dar und kann nicht editiert werden. Switch Object Type Option die nur bei Standards und Proben aktiviert ist: Änderung der Objekt-Art vom Typ Standard nach Typ Probe und umgekehrt. History In diesem Feld werden die Informationen zur Objekt-Erzeugung und der letzten Modifikation gespeichert (Anwender und Datum). Weiterhin sind die Eltern Objekte aufgeführt, aus denen das Objekt erzeugt wurde. 6.4.2 Reagenzien (Reagents) Die folgende Indexzunge der Objekt-Definitionen gibt eine Liste der in einem Assay verwendeten Reagenzien an. Auf diese Weise haben Sie die Möglichkeit, die Aufbereitung Ihres Assays zu dokumentieren. Die Liste kann beliebig viele Reagenzien aufnehmen. Die Verwendung dieser Objekt-Einstellungen ist optional, wird also nicht für die Auswertung eines Assays benötigt. Eigenschaft Beschreibung Reagents* Name des eingesetzten Reagenzes Batch* Chargenbezeichnung des jeweiligen Reagenzes Concentration* Konzentration des jeweiligen Reagenzes. In diesem Feld ist nur die Eingabe eines Zahlenwertes möglich. Die Dimension der Konzentration sollten Sie daher bereits bei dem Namen des Reagenzes nennen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 67 Begriffe und Zusammenhänge 6.4.3 Allgemeine Definitionen (Definitions) Eigenschaft Beschreibung Concentration of the undiluted standard* Angabe der Originalkonzentration des Standards (wird für die Auswertung den ObjektDefinitionen des Standards entnommen). in units* Angabe der Konzentrationseinheit (Dimension) des Standards. Predilution factor of the standard Vorverdünnungsfaktor des Standards (wird für die Auswertung den Objekt-Definitionen des Standards entnommen) Predilution factor of the Preparation Vorverdünnungsfaktor der Probe (wird für die Auswertung den Objekt-Definitionen der Probe entnommen) Number of dilution steps in a data series Anzahl der Messpunkte (z.B. Titrationspunkte) in einer Verdünnungsserie Number of data series Anzahl der Messserien stimmung = 2) (z.B. Doppelbe- Additional predilution Angabe eines zusätzlichen Vorverdünnungsfactor for the first step faktors, der z.B. durch die Einbringung des vorverdünnten Objekts in das Messmedium entsteht. Hier sind die Werte von 1:1 bis 1:10 möglich. Dilution scale 68 Ermöglicht die Umschaltung von der Berechnung von 1:2-Verdünnungsserien auf eine direkte Dosiseingabe. Die Eingabe der Dosiswerte kann bereits auf der Ebene der Projekte erfolgen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Begriffe und Zusammenhänge 6.4.4 Analyse-Eigenschaften (Analysis) Eigenschaft Beschreibung Analysis according to Europ. Pharmacopoeia 97 Alle Analyse-Eigenschaften werden auf die in der European Pharmacopoeia 97 vorgegebenen Werte eingestellt und deren Änderung verhindert. Dixon test for data outliers. (Up to 25 series.) Aktivierung des Dixon-Tests auf statistische Ausreißer. Dieser Test kann nur im Bereich von 3- bis 25-fach Bestimmungen eingesetzt werden.. Regression model Auswahl des Regressionsmodells (lin/log oder log/log). Reverse responseeffect relation Durch die Aktivierung dieser Funktion wird die korrekte relative potency bei einer umgekehrten Antwort-Wirkungs-Beziehung berechnet. Diese Einstellung wird z.B. bei Inhibitionsassays verwendet. Dixon-test contamination (alpha) α-Wert für den Dixon-Test. Siehe hierzu Kapitel 1 – Fehler! Kein gültiges Resultat für Tabelle. Significance of the slope (%) Niveauangabe für den F-Test auf eine signifikante Steigung der Ausgleichsgeraden. Significance of devia- Niveauangabe für den F-Test auf signifikante tions from linearity Abweichungen von der Linearität der Mess(%) werte im Bereich der Ausgleichsgeraden. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 69 Begriffe und Zusammenhänge Eigenschaft Beschreibung Significance of devia- Niveauangabe für den F-Test auf signifikante tions from parallelity Abweichungen von der Parallelität im Bereich (%) der Ausgleichsgeraden des Standards und der Probe. Dieser Wert wird immer dem Objekt entnommen, dessen relative potency bestimmt wird, im Normalfall also den Definitionen der Probe. Fiducial limit of the potency estimation (%) Vertrauensintervall für die Angabe des relativen Gehalts der Probe. Dieser Wert wird immer dem Objekt entnommen, dessen relative potency bestimmt wird, im Normalfall also den Definitionen der Probe. Rejection criteria Das Assay wird abgelehnt, wenn die Kriterien für Steigung, Linearität oder Parallelität nicht erfüllt werden. EC50 Calculation Method Auswahl der Methode zur Berechnung der effektiven Konzentration bei halber Signalhöhe (EC50). Hier bietet PLA folgende Möglichkeiten: 1. 2. 3. Calculate EC50 by using 70 Keine Berechnung der EC50. Berechnung der EC50 durch lineare Regression des Standards. Berechnung der EC50 durch gemeinsame Regression des Assays. Auswahl eines Objekts, aus dessen 50% Response-Wert die EC50 berechnet wird. Folgende Objekte können hier gewählt werden: this object, standard, control und all objects © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Begriffe und Zusammenhänge 6.4.5 Selektion des linearen Bereichs (Range Selection) Auf dieser Indexzunge der Objekt-Definitionen wird die Methode zur Selektion des linearen und parallelen Bereichs festgelegt. Sie können zwischen einer automatischen und einer manuellen Methode wählen. Die Auswahl der einen Methode sperrt die Eingabefelder der jeweils anderen Methode. Eigenschaft Linear Range Beschreibung Auswahl einer von vier möglichen Methoden zur Festlegung des linearen und parallelen Bereichs. Folgende Methoden können gewählt werden. Siehe hierzu Kapitel 10.2 Automatische Detektion: 1. 2. 3. 4. Fixed Range Automatic Detection (individual range) Automatic Detection (common range for standard/individual for preparations) Automatic Detection (common range for standard/identical for preparations) Fixed Range Manuelle Eingabe des linearen und parallelen Bereichs (dieses Feld ist bei den automatischen Detektionsmethoden inaktiviert). Allocation strategy Bewertungskriterium für die automatischen Selektionsmethoden (dieses Feld ist bei der manuellen Methode inaktiviert). Folgende Methoden stehen zur Verfügung: 1. 2. 3. Minimal # of steps Exact # of steps Best Range Maximum Range Exact Range Gibt je nach gewählter Allocation strategy entweder die minimal zu verwendende oder die genaue Anzahl von Messpunkten an (dieses Feld ist bei der manuellen Methode inaktiviert). © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 71 Begriffe und Zusammenhänge Eigenschaft Beschreibung Allocation Region Durch die Eingabe von Werten, kann der Bereich, in dem die automatische Detektion erfolgt, eingeschränkt werden. Hierzu muss allerdings der Knopf Maximal Allocation Range deaktiviert sein (dieses Feld ist bei der manuellen Methode inaktiviert). Maximal Allocation Range Ist dieser Knopf aktiviert, so wird der gesamte Konzentrationsbereich für die automatische Detektion verwendet (dieses Feld ist bei der manuellen Methode inaktiviert). Inclusion of 50% response Über diese Funktion kann definiert werden, ob die 50% Response eines Objekts, bei der automatischen Bestimmung des linearen und parallelen Bereichs berücksichtigt werden soll oder nicht (dieses Feld ist bei der manuellen Methode inaktiviert). Folgende Methoden stehen zur Verfügung: 1. 2. 3. Calculate the 50% response by using 6.4.6 Auswahl eines Objekts, dessen 50% Response für die automatische Selektion des linearen und parallelen Bereichs verwendet wird (dieses Feld ist bei der manuellen Methode inaktiviert). Folgende Objekte können hier gewählt werden: this object, standard, control und all objects. Anmerkungen (Annotations) Eigenschaft Annotations* 72 ignore inclusion if possible inclusion is mandatory Beschreibung Anmerkungen und Hinweise zum Objekt. (Diese Information wird nicht vererbt). © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Begriffe und Zusammenhänge 6.4.7 GLP/GMP-Einstellungen (GLP) Auf dieser Seite der Objekt-Definitionen können Sie die Einstellungen zum Schutz des jeweiligen Objekts auswählen oder überprüfen. Diese Funktionen dienen hauptsächlich der Arbeit unter GLP/GMPBedingungen, wo man sich an definierte Arbeitsvorschriften halten muss. Eine detaillierte Beschreibung der GLP/GMP-Funktionen findet sich in Kapitel 9 - GLP/GMP-Einstellungen in PLA. Eigenschaft Beschreibung Object uses the following scheme* Gibt an, ob das Objekt auf den Definitionen einer Vorlage (scheme) beruht. Enable GLP/SOP Protection (Mandatory) Ist dieser Knopf aktiviert, so sind die unten ausgewählten Felder (protection levels) für den Anwender gesperrt. Dieser Schutz kann nur durch einen PLA Administrator aktiviert bzw. aufgehoben werden. Enable GLP/SOP Protection (User Level) Ist dieser Knopf aktiviert, so sind die unten ausgewählten protection levels für den Anwender gesperrt. Dieser Schutz kann sowohl von einem Administrator, als auch durch einen normalen Anwender aktiviert bzw. aufgehoben werden. Substance information protected Durch die Aktivierung dieses Knopfs wird der Zugang zu den Substanzinformationen gesperrt und damit eine Änderung verhindert. Reagent information protected Durch die Aktivierung dieses Knopfs wird der Zugang zu den Reagenzieninformationen gesperrt und damit eine Änderung verhindert. Object definitions protected Durch die Aktivierung dieses Knopfs wird der Zugang zu den allgemeinen ObjektDefinitionen gesperrt und damit eine Änderung verhindert. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 73 Begriffe und Zusammenhänge Eigenschaft Beschreibung Analysis settings protected Durch die Aktivierung dieses Knopfs wird der Zugang zu den Analyse-Einstellungen gesperrt und damit eine Änderung verhindert. Range selection settings protected Durch die Aktivierung dieses Knopfs wird der Zugang zu den Einstellungen der linearen Selektion gesperrt und damit eine Änderung verhindert. Direct dose values protected Durch die Aktivierung dieses Knopfs wird der Zugang zu den vorgegeben Dosis-Werten gesperrt und damit eine Änderung verhindert. Data values not editable Durch die Aktivierung dieses Knopfs wird der Zugang zu den Messwerten gesperrt und damit eine Änderung verhindert. 6.4.8 Dosis- und Messwert- Eingabe Für die Eingabe der Dosis- und Messwerte ist in PLA die gleiche Eingabemaske vorgesehen. Während die Dosiswerte auf allen hierarchischen Ebenen eingegeben werden können, ist die Eingabe der Messwerte nur auf der dritten Ebene der Hierarchie (Standards, Proben und Kontrollen) möglich. Für jeden Messpunkt einer Serie sind folgende Eigenschaften vorhanden: Eigenschaft Beschreibung Concentration Angabe der Konzentration in der jeweiligen Verdünnungsstufe. Bei der Auswahl von 1:2Verdünnungsserien wird dieses Feld automatisch vorbelegt und kann nicht editiert werden. Series No Eingabe des eigentlichen Messwerts. 74 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Begriffe und Zusammenhänge Eigenschaft status indicator Beschreibung Ausschluss des Messpunkts von der Berechnung aus technischen Gründen (Ausreißer) © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 75 Begriffe und Zusammenhänge 76 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 7 Ein erstes Parallel-Line Assay Dieses Kapitel zeigt Ihnen die vollständige Durchführung einer ParallelLine Auswertung mit PLA 1.2. Sie können die einzelnen Schritte mit Hilfe des Systems nachvollziehen, und sollten anschließend in der Lage sein, Parallel-Line Auswertungen mit PLA 1.2 durchzuführen. Dieser Abschnitt stellt jedoch nicht den vollständigen Satz von Funktionen vor, sondern zeigt Ihnen nur den üblichen Weg. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 77 Ein erstes Parallel-Line Assay 1.17.1 Ausgangssituation Sie haben eine Messung von fünf Proben und einem Standard durchgeführt. Der vermessene Konzentrationsbereich erstreckt sich über sieben Verdünnungsstufen von einer Verdünnung von 1:1 bis 1:64. Alle Messungen wurden in Doppelbestimmung durchgeführt. Die einzelnen Messwerte befinden sich in Tabelle 7-1. Nr. Verdünnung Serie 1 Serie 2 Serie 1 Standard 1 2 3 4 5 6 7 1:1 1:2 1:4 1:8 1:16 1:32 1:64 704 641 575 512 450 394 338 719 645 578 514 450 384 339 Probe 1 701 637 566 502 439 383 334 Probe 2 1 2 3 4 5 6 7 1:1 1:2 1:4 1:8 1:16 1:32 1:64 652 582 512 447 394 336 294 1:1 1:2 1:4 1:8 1:16 1:32 1:64 674 585 514 454 396 333 294 710 668 649 593 522 463 417 704 632 565 505 438 380 333 Probe 3 675 603 530 470 412 350 307 Probe 4 1 2 3 4 5 6 7 Serie 2 677 602 529 474 412 354 310 Probe 5 707 659 645 587 521 459 416 768 732 693 628 569 502 456 771 739 696 647 572 517 466 Tabelle 7-1: Messwerte des Beispiels 78 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Ein erstes Parallel-Line Assay Ihre Aufgabe ist es, den relativen Gehalt der Proben im Verhältnis zum Standard zu bestimmen. Die Proben können aufgrund eines Sättigungseffekts nicht über den gesamten Bereich der Verdünnungsschritte, sondern nur über einen Teilbereich analysiert werden. Dieser Teilbereich ist Ihnen nicht bekannt. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 79 Ein erstes Parallel-Line Assay 7.2 Anlegen des Projekts Sie entscheiden sich, für die Auswertung dieses Beispiel zunächst ein neues Projekt anzulegen. Der Hintergrund ist, dass Sie vielleicht noch weitere Tests durchführen wollen. Sie können diese Tests dann diesem Projekt hinzufügen. Erinnern Sie sich an das Kapitel 6.2 - Hierarchie und an das Kapitel 6.3 Vererbung? Dort finden Sie die wesentliche Information über die Erzeugung von Objekten und deren Verhalten zueinander. Die Vererbung führt dazu, dass die Einstellungen eines höheren Objekts an die Einstellungen eines untergeordneten Objekts vererbt werden. Das können Sie sich hier sofort zunutze machen. Überlegen Sie sich einen Augenblick welche Objekte Sie brauchen werden! Zum Einen werden in PLA alle Assays, die Sie erzeugen, als Teil von Projekten gesehen. Sie benötigen also ein Projekt. Zum Anderen sind alle fünf Proben und der Standard Teil eines einzelnen Assays. Neben dem Projekt benötigen Sie also einen Assay. Dann sind da ja noch die sechs Gruppen von Messwerten: eine Gruppe für die Messwerte des Standards und jeweils eine Gruppe für die fünf verschiedenen Proben: also benötigen Sie fünf Proben-Objekte und ein Standard-Objekt. Im Überblick sieht das Ganze dann wie folgt aus: Projekt Assay Standard Probe 1 Probe 2 Probe 3 Probe 4 Probe 5 Sie erinnern sich an die Funktionsweise der Vererbung? Wenn Sie Einstellungen, die für alle nachgeordneten Objekte identisch sind bereits auf einer höheren Ebene eingeben, werden diese Einstellungen auf die Ebene von neu erzeugten Objekten kopiert. Das können Sie jetzt nutzen. 80 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Ein erstes Parallel-Line Assay Sie starten PLA und melden sich im System an. Der Navigator erscheint. Wählen Sie die Funktion New bzw. Create Object um ein neues Objekt zu erzeugen. Der folgende Dialog öffnet sich: 3. 1. Wählen Sie hier New Project, um ein neues Projekt zu erzeugen. 2. Geben Sie hier einen Kurztitel ein (Code). Der Titel wird dann automatisch gesetzt. Drücken Sie den Create Knopf um das Projekt zu erzeugen Nachdem Sie die drei Aktionen durchgeführt haben, wird das Projekt angelegt. Es erscheint zunächst folgendes Informationsfenster, indem die Erzeugung des Objekts bestätigt wird. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 81 Ein erstes Parallel-Line Assay Zusätzlich erhalten Sie hier die Information aus welchem Objekt die Definitionen kopiert wurden (Eltern-Objekt oder Vorlage). Nach der Bestätigung des OK-Buttons, erscheint der Objekt-Dialog. Sie sehen zunächst die Seite mit den allgemeinen Informationen (General). Viele der Einstellungen, die Sie im Objekt-Dialog finden, haben keine Auswirkungen auf die Berechnungen. Wir werden uns in den folgenden Schritten, nur auf wichtige Einstellungen konzentrieren. Hierzu gehört vor allem, die Definition der Verdünnungsschritte und Serien, sowie die Einstellungen zur Analyse. 1. Gehen Sie zu den Allgemeinen Definitionen durch einen Mausklick auf Definitions Nachdem Sie auf die Indexzunge Definitions geklickt haben, ändert sich das Aussehen des geöffneten Fensters. Auf der geöffneten Seite können die allgemeinen Einstellungen eingegeben werden. Erinnern Sie sich, dass diese Einstellungen auf der Projekt-Ebene, auf der wir uns zur Zeit befinden, nicht zur Berechnung herangezogen werden. 82 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Ein erstes Parallel-Line Assay Sie dienen lediglich als Vorlage für die Objekte, die wir in den nächsten Schritten erzeugen wollen. 1. Stellen Sie die Anzahl der Verdünnungsschritte (Number of dilution steps) auf 7. 2. Stellen Sie die Anzahl der Serien (number of series) auf 2. 3. Wechseln Sie durch einen Mausklick auf Analysis zu den Analyse-Einstellungen Allen Messungen, die im Beispiel vorliegen, sind folgende Einstellungen gemeinsam: Die Anzahl der Verdünnungsstufen ist in jedem Fall sieben, die Anzahl der Serien ist immer zwei (wir haben eine Doppelbestimmung). Wenn wir diese Werte hier eintragen, werden Sie bei der Erzeugung des Assays und der Proben sowie des Standards kopiert. Auch haben wir keine unterschiedlichen Vorverdünnungen der Proben und Standards. Daher können wir die obigen Eingabefelder unverändert auf 1,0000 lassen. (Anmerkung: Sind alle Vorverdünnungen der Proben eines © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 83 Ein erstes Parallel-Line Assay Assays identisch, so hat die korrekte Eingabe des Vorverdünnungsfaktors keinen Einfluss auf das Resultat der Berechnung.) Nachdem Sie die Analyse-Seite aufgerufen haben, müssen wir uns zunächst Gedanken über die Einstellung der statistischen Parameter der Auswertung machen. Für die Bewertung der Tests auf Steigung, Linearität und Parallelität entscheiden Sie sich, grundsätzlich auf einem Konfidenzniveau von 98% zu arbeiten. Ebenso soll das Vertrauensintervall über den relativen Gehalt mit 95% angegeben werden. Wird einer der Tests nicht erfüllt, soll die Berechnung der Relative Potency verweigert werden. Um dies zu erreichen müssen Sie auf der Analyse-Seite folgende Einstellungen vornehmen: 1. Wählen Sie in den folgenden 3 Feldern den Wert 98,0 und markieren Sie das anschließende Feld rejection criterion. 3. Wechseln Sie auf die Seite Range Selection. 84 2. Wählen Sie in dem Feld Fiducial limit den Wert 95,0. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Ein erstes Parallel-Line Assay Alle weiteren Einstellungen können Sie so belassen. Auf der Seite Range Selection bestimmen Sie die Methode zur Selektion des linearen und parallelen Bereichs. In diesem Fall entscheiden Sie sich für Folgendes: Der lineare und parallele Bereich der Proben und Standards soll automatisch so bestimmt werden, dass 1. der lineare Bereich für jede einzelne Probe in unterschiedlichen Bereichen gefunden werden kann. 2. für den Standard immer der gleiche Bereich verwendet wird (Bei der Auswertung wird jede Probe einzeln mit dem Standard verglichen. Durch diese Einschränkung verhindern Sie, dass im Standard beim Vergleich mit den einzelnen Proben unterschiedliche Bereiche ausgewählt werden). 3. sich grundsätzlich mindestens drei Verdünnungsstufen im linearen Bereich befinden sollen. 4. der Bereich möglichst groß sein soll, d.h. über möglichst viele Verdünnungsstufen reichen soll. Um diese Einstellungen zu erreichen müssen Sie auf der Range Selection Seite folgende Einstellungen vornehmen: © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 85 Ein erstes Parallel-Line Assay 1. Stellen Sie hier den Wert Automatic Detection (common range for standard; individual range for preparations) ein, indem Sie die Liste öffnen, und den entsprechenden Eintrag selektieren 2. Wählen Sie hier Maximum range um den größten Bereich zu selektieren. 3. Wählen Sie die Zahl 3, um Bereiche mit mindestens drei Stufen zu finden. Nachdem Sie diese Werte eingetragen haben, ist die Definition des Projekts abgeschlossen. Schließen Sie nun das Fenster und sichern Sie Ihre Einstellungen. Das neu erzeugte Projekt wird im Navigator angezeigt. Sie können nun mit dem Anlegen des Assays fortfahren. 86 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Ein erstes Parallel-Line Assay 7.3 Anlegen des Assays Sie können jetzt die zweite Ebene Ihrer Definition anlegen: Das Assay. Es strukturiert Ihr Projekt. Sie werden später von dieser Ebene die Berechnungen starten. Die Vorgehensweise hierzu ist einfach. Wählen Sie im Navigator das eben erzeugte Projekt aus. Drücken Sie dann erneut New. 3. 1. Wählen Sie New Assay as member of project. In den Anführungszeichen wird der Kurztitel des übergeordneten Projekts angezeigt. 2. Geben Sie den Kurztitel (code) des anzulegenden Assays ein. Wählen Sie Create, um das Assay anzulegen! Nachdem Sie Create ausgeführt haben, erscheint der Objekt-Dialog des Assays. Dort sind jetzt keine weiteren Einstellungen notwendig. Sie können aber kontrollieren, ob die Einstellungen des Projekts zum Assay vererbt worden sind. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 87 Ein erstes Parallel-Line Assay 7.4 Anlegen der Proben und des Standards Sie müssen als nächstes die Proben und den Standard anlegen. Beginnen Sie mit dem Standard. Zunächst schließen Sie den noch offenen ObjektDialog des Assays (falls Sie dies noch nicht getan haben). Wählen Sie dann das eben erzeugte Assay im Navigator aus und wählen Sie erneut New oder Create Object. Sie haben jetzt die Möglichkeit, mit dem Create-Dialog auch Proben (preparations) und Standards anzulegen. Erzeugen Sie als erstes den Standard. Achten Sie immer sorgfältig darauf, den korrekten Objekt-Typ auszuwählen. Wählen Sie für die fünf Proben jeweils New Preparation as member of assay 'Messung 1' und beim Standard New Standard as member of assay 'Messung 1'! Nachdem Sie Create für den Standard ausgeführt haben, erscheint der Objekt-Dialog des Standards. Alle Einstellungen, die Sie auf der Projekt-Ebene gemacht haben, sind wie Sie kontrolliert haben - im vorigen Schritt zu den Assays kopiert worden. Jetzt sind sie auch auf der Ebene des Standards verfügbar. Wollen Sie das kontrollieren? Als nächstes starten Sie den Dateneditor mit Edit Data, um jetzt die Messwerte des Standards einzutragen. Durch die Auswahl von Edit Data schließt sich der Objekt-Dialog und Sie erhalten den folgenden Bildschirm: 88 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Ein erstes Parallel-Line Assay Dies ist die leere Eingabemaske für Messwerte. Tragen Sie nun die Messwerte ein. Das Kästchen rechts neben den Messwerten, aktiviert sich automatisch, sobald Sie in das dazugehörige Eingabefeld Werte eingetragen haben. Dieses Feld, der sogenannte status indicator, gibt Ihnen Aufschluss darüber, ob der Messwert bei der Berechnung berücksichtigt werden soll. Näheres dazu finden Sie im Referenzteil. Von Feld zu Feld können Sie sich mit Hilfe der Tabulator-Taste bewegen. Nach der Eingabe sieht der Bildschirm wie folgt aus: © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 89 Ein erstes Parallel-Line Assay Schließen Sie nun das Eingabefenster und beantworten Sie die folgende Frage, ob die Werte gespeichert werden sollen, mit Ja. Sie gelangen wieder zum Navigator. Legen Sie nun die fünf Proben in entsprechender Weise an. Beachten Sie, dass Sie nun im Create-Dialog den Wert preparations eingeben müssen, um Proben zu erzeugen. Geben Sie alle Messwerte ein! Sind Sie mit der Eingabe der fünften Probe fertig, sollte der Navigator Ihnen folgendes Bild zeigen: Die Bezeichnungen im Navigator entsprechen den Namen, die Sie den einzelnen Objekten gegeben haben. Sie haben die Eingabe der Daten erfolgreich beendet. Als nächstes kann das Assay ausgewertet werden. 90 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Ein erstes Parallel-Line Assay 7.5 Die Auswertung In diesem Abschnitt werden Sie eine erste PLA-Auswertung vornehmen. Die Einstellungen zur Analyse sind in allen Objekten, die Sie erzeugt haben, identisch. Das heißt, Sie können die Auswertung nun sofort starten. Vielleicht sollten wir jedoch erst einmal einen kurzen Blick auf die Daten nehmen? Markieren Sie das soeben erzeugte Assay im Navigator. Um eine grafische Darstellung der Daten zu erhalten, können Sie die Funktion Info verwenden. Wenn Sie diese Funktion auswählen, erhalten Sie eine grafische Auftragung der Proben und des Standards. Sie erhalten folgendes Bild: © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 91 Ein erstes Parallel-Line Assay Dieser Bildschirm dient dazu, sich schnell einen Überblick über die Güte der Daten zu verschaffen. Für den Augenblick reicht uns der Eindruck. Schließen Sie den Dialog mit Close. Sie gelangen wieder zum Navigator. Wählen Sie nun die Funktion Calculate, um eine Berechnung zu starten. Es erscheint der folgende Dialog: Drücken Sie Calculate, um die Berechnung zu starten. Nachdem Sie die Berechnung gestartet haben, müssen Sie sich einen Augenblick gedulden. PLA führt jetzt die automatische Detektion der linearen Bereiche durch und wertet anschließend das Assay aus. Nachdem die Berechnung beendet ist, wandelt sich der Dialog etwas. Die Print-, Saveund Preview-Funktionen werden aktiv. Sie können nun einen oder mehrere Berichte aus dem Fenster wählen (die angezeigten Berichte variieren von Installation zu Installation) und ihn anschließend durch Auswahl von Preview anzeigen. 92 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Ein erstes Parallel-Line Assay Wählen Sie z.B. den PLA Condensed Report erhalten Sie das folgende Resultat: © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 93 Ein erstes Parallel-Line Assay 94 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Ein erstes Parallel-Line Assay PLA 1.2 hat das Assay also erfolgreich analysiert. Es konnten lineare und parallele Bereich gefunden werden. Abschließende Bemerkung: PLA verfügt über eine große Anzahl von Funktionen und Einstellungen, die die Auswertung von Parallel-Line Assays modifizieren. Sie können diese Parameter in großem Umfang variieren. Viele der Einstellungsmöglichkeiten richten sich ausdrücklich an den Bereich der Entwicklung. Dort müssen diese Parameter schnell und in großer Zahl geändert werden, um Standardvorschriften zur Auswertung von Messungen mittels Parallel-Line Assays zu entwickeln. Nicht jedes Parallel-Line Assay, das mit solchen veränderten Parametern ausgewertet wurde, ist automatisch valide. Die veränderten Einstellungen müssen im Rahmen der Entwicklungsarbeiten geprüft und bewertet werden. Nur Auswertungen, die anschließend mit diesen geprüften Parametern innerhalb von PLA durchgeführt werden, sind als statistisch valide zu bezeichnen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 95 Ein erstes Parallel-Line Assay 96 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 8 Referenz © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 97 Referenz 8.1 Allgemeines PLA 1.2 orientiert sich in seinem Erscheinungsbild an herkömmlichen Windows-Anwendungen. Wenn Sie schon einmal mit WindowsAnwendungen gearbeitet haben, werden Sie sich daher schnell zurecht finden. Alle PLA-Funktionen können Sie über das Menü erreichen. Zusätzlich bietet Ihnen die Symbolleiste einen schnellen Zugriff auf die wesentlichen Funktionen. Im nachfolgenden Abschnitt finden Sie Beschreibungen aller Dialoge und Dialogelemente. Ausnahme sind die Benutzerverwaltung und der Optionen-Dialog, die bereits in Kapitel5 – Einrichtung von PLA vorgestellt wurden. Grundsätzlich können Sie PLA sowohl mit der Maus als auch mit der Tastatur bedienen. Mit der Tastatur können Sie sich innerhalb der Dialoge mit Hilfe der Tabulator-Taste bewegen. Nahezu jeder Bildschirm-Dialog bietet Ihnen folgende Möglichkeiten: Fenster minimieren Fenster maximieren bzw. Originalgröße wiederherstellen Fenster / Programm schließen Haben Sie innerhalb eines Fensters eine Änderung vorgenommen, werden Sie beim Schließen des Fensters gefragt, ob Sie die Änderungen speichern wollen. 98 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz 8.2 Menü-Funktionen Über das Menü erreichen Sie alle Funktionen von PLA. Viele dieser Funktionen können Sie auch durch eine Tastenkombination (Shortcut) oder über die Symbolleiste aufrufen. Manche Einstellungen erreichen Sie aber nur über das Menü. In der folgenden Tabelle werden Ihnen alle Funktionen kurz aufgelistet. Eine detailliertere Beschreibung der Funktionen finden Sie im Anschluss. 1.1.18.2.1 Menü „File“ Menüpunkt Navigator Shortcut F2 Aktion Öffnet ein Navigatorfenster Create Object Ctrl+N Öffnet den Create-Dialog Open Object Definitions Ctrl+O Öffnet die Objekt-Definitionen des markierten Objekts. Edit Object Data Ctrl+D Öffnet den Dateneditor Open Substance Database Öffnet die Substanz-Datenbank Open Reagent Database Öffnet die Reagenzien-Datenbank Close Window Ctrl+F4 Schließt das aktive Fenster Save Object Ctrl+S Speichert die Einstellungen des geöffneten Objekts, ohne den Dialog zu verlassen. Delete Object Tree Löscht das markierte Objekt inklusive der zugeordneten Unterobjekte © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 99 Referenz Menüpunkt Apply... Shortcut Ctrl+A Aktion Öffnet die Apply-Funktion Import Aufruf des Import-Moduls Export Aufruf des Export-Moduls Logout Abmelden vom System Exit Alt+F4 Beendet das Programm 1.1.28.2.2 Menü „Action“ Menüpunkt Short Cut Aktion Calculate & Report Ctrl+C Öffnet den Calculate-Dialog, in dem die Berechnungen gestartet werden. Check Ctrl+K Kurzauswertung zu Übersichtszwecken Display Graphical Info Ctrl+I Öffnet ein Diagrammfenster mit einer grafischen Darstellung des markierten Assays. 1.1.38.2.3 Menü „Preferences“ Menüpunkt Short Cut Aktion Customize Toolbars... Menü zur optischen Anpassung von PLA Options Menüpunkt zur Einstellung der Applikationspfade und der GLP/GMP-Eigenschaften von PLA Account Management Öffnet das Benutzermanagement. 100 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Menüpunkt Short Cut Aktion Change your Password Öffnet einen Dialog zur Änderung des persönlichen Kennworts. Check Database Consistency Überprüfung der Datenbankkonsistenz. 1.1.48.2.4 Menü „Help“ Menüpunkt About Short Cut Aktion Öffnet den About-Dialog mit Informationen über PLA und den Lizenznehmer. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 101 Referenz 8.3 Navigator Zentrales Element in der Bedienung von PLA ist der Navigator. Er steuert den Zugriff auf alle Objekte. Der Navigator besteht aus einer hierarchischen Liste der verschiedenen Objekt-Typen. Zum Verständnis der hierarchischen Organisation beachten Sie bitte Kapitel 6.2 - Hierarchie. Auswahlbox zum Wechsel zwischen Daten und Schemen-Objekten. Anzeige der hierarchie. Objekt- Anzeige abgeschlossener Objekte Kurze Erläuterung der grafischen Objektsymbole Die hierarchische Liste zeigt alle in PLA vorhandenen Objekte an. Dabei besteht die erste Ebene aus den Projekten. Durch das Öffnen eines Projekts mit einem einfachen Maus-Klick auf das +-Zeichen, wird die zu dem jeweiligen Projekt gehörige Assay-Ebene angezeigt. Analog hierzu können Sie auch die Assays öffnen, um auf die dritte Ebene (Ebene der Standards, Proben und Kontrollen) zu gelangen. Im oberen Bereich des Navigators befindet sich eine Auswahlbox. Hier kann man zwischen der normalen hierarchischen Liste der Daten-Objekte 102 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz und der Liste der Schemen-Objekte wechseln. Die Schemen spielen bei der Erzeugung neuer Objekte eine Rolle und werden vor allem für die Umsetzung der GLP/GMP-Anforderungen eingesetzt. Für eine detailliertere Beschreibung der Handhabung von Schemen lesen Sie bitte Kapitel 9.1. 8.3.1 Objekt öffnen Wollen Sie den Objekt-Dialog eines Objektes öffnen, markieren Sie dieses mittels eines einfachen Mausklicks oder mit Hilfe der Cursor-Tasten. Das Objekt wird farbig hinterlegt. Sie können das ausgewählte Objekt nun auf vier verschieden Arten öffnen: 1. 2. 3. 4. Über das Menü File -> Open -> Object Definitions Durch einen Klick auf den Button Definitions in der Symbolleiste Durch die Tastenkombination Ctrl+O Mit Hilfe eines doppelten Maus-Klicks auf das entsprechende Objekt. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 103 Referenz 8.3.2 Objekt löschen Wählen Sie das zu löschende Objekt durch einen einfachen Mausklick. ACHTUNG: Bei Auswahl eines Projekts bzw. Assays werden alle untergeordneten Objekte ebenfalls gelöscht. Der Löschvorgang kann nicht rückgängig gemacht werden! Haben Sie das zu löschende Objekt ausgewählt, selektieren Sie über das Menü File -> Delete Object Tree oder betätigen Sie den Knopf Delete aus der Symbolleiste. Sie werden aufgefordert, den Löschvorgang zu bestätigen: Wählen Sie Ja1, um den Löschvorgang durchzuführen! Ein zweiter Bestätigungsbildschirm erscheint. Wählen Sie dort ebenfalls Ja, um den Löschvorgang abzuschließen. 8.3.3 Anzeige abgeschlossener Objekte Durch die Auswahl dieser Funktion, können Sie die Anzeige von Objekten steuern, die als abgeschlossen deklariert wurden. Ist die Checkbox deaktiviert werden nur aktive Objekte angezeigt. Wird Sie aktiviert, werden alle in der Datenbank vorhandenen Objekte aufgeführt. 1 Bestätigungsmeldungen werden in der Landessprache des installierten Betriebssystems angezeigt. 104 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz 8.4 Objekt-Erzeugung Möchten Sie ein neues Objekt erzeugen, wählen Sie zunächst in der hierarchischen Liste das gewünschte Eltern-Objekt aus. Wenn Sie z.B. im vorigen Bild eine weitere Probe zum Assay Messung 1 des Projekts Beispiel Nr. 1 hinzufügen wollen, so markieren Sie das Assay und wählen anschließend die Aktion New aus der Symbolleiste. Alternativ hierzu können Sie auch den Menüpunkt Create Object... oder die Tastenkombination Ctrl+N aufrufen. Es öffnet sich folgender Dialog: Objekt erzeugen Dialog abbrechen Auswahl des Objekttyps Kurztitel (Code) Vollständiger Name (Title) Vorlage (Scheme) © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 105 Referenz In diesem Dialog müssen Sie einige wesentliche Eigenschaften eines neu zu erzeugenden Objekts eingeben. Unter Punkt 1 ist der gewünschte Objekt-Typ zu wählen. Je nach Auswahl des Eltern-Objekts im Navigator sind hier eventuell nicht alle Auswahlmöglichkeiten vorhanden. Haben Sie im Navigator kein Objekt ausgewählt, so können Sie nur Projekte erzeugen; wurde im Navigator ein Projekt gewählt, können Sie nur neue Projekte oder zum ausgewählten Projekt gehörige Assays erzeugen. Ist das gewählte Eltern-Objekt ein Assay, steht Ihnen die volle Auswahl zur Verfügung. Dies gilt nicht, wenn innerhalb des Assays bereits ein Standard oder eine Kontrolle existieren, da zu einem Assay maximal eine Kontrolle (im Sinne des PLA Sprachgebrauchs) und ein Standard gehören. Generell gilt für die korrekte Auswahl: Zu erzeugendes Objekt Notwendige Auswahl Neues Projekt beliebig. Neues Assay Das Eltern-Projekt selbst. Neue Probe / Neuer Standard / Neue Kontrolle Das Eltern-Assay. Geben Sie unter Punkt 2 den Kurztitel (Code) ein. Die Angabe wird beim Verlassen des Feldes in den Eingabebereich für den vollständigen Objekt-Namen (Title) übertragen. Sie können diesen Eintrag auch ändern. Die Eingabe von Kurztitel und vollständigem Namen sind notwendig. Unter Punkt 3 haben Sie die Möglichkeit eine Vorlage (Creation Scheme) auszuwählen, die zur Erzeugung des Objekts verwendet wird. Unter einem Schema versteht man Objekt-Einstellungen, die bei der Erzeugung eines Objekts vorgenommen werden. Bei Auswahl von None werden die Einstellungen des Eltern-Objekts übernommen. Haben Sie bereits SchemenObjekte erzeugt, können Sie diese in der Auswahlliste aktivieren. Drücken Sie dazu den abwärts gerichteten Pfeil an der Auswahlliste. Eine detailliertere Beschreibung zur Verwendung von Schemen befindet sich in Kapitel 9.1 - Die Schemen. 106 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Wenn Sie alle Eingaben abgeschlossen haben, können Sie das Objekt durch die Auswahl von Create erzeugen. Es öffnet sich folgendes Fenster, in dem die Erzeugung des Objekts bestätigt wird. Zusätzlich wird die Information eingeblendet, woher die Objekt-Einstellungen des erzeugten Objekts stammen. Nachdem Sie auf OK geklickt haben öffnet sich der Objekt-Dialog des erzeugten Objekts. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 107 Referenz 8.5 Der Objekt-Dialog Jedes Objekt in PLA, mit Ausnahme der Kontrollen, verfügt über einen vollständigen Satz von Eigenschaften. Diese Eigenschaften, die bereits in Kapitel 6.4 -Eigenschaften der Objekte vorgestellt wurden, werden über den Objekt-Dialog bearbeitet. Er besteht aus sieben Indexzungen, die die unterschiedlichen Einstellungen strukturiert enthalten. Falls Sie Einstellungen geändert haben, werden Sie vom Programm vor dem Schließen des Fensters zum Speichern aufgefordert. Auf den folgenden Seiten werden die möglichen Einstellungen zu den Objekten beschrieben. Die einzelnen Einstellungsseiten lassen sich durch Anwahl der am oberen Rand des Dialogs befindlichen Seitennamen aufrufen. 8.5.1 Allgemeine Eigenschaften Die erste Seite der siebenseitigen Einstellungen zu einem Objekt beziehen sich auf grundsätzliche Angaben. Neben den Eingabefeldern für den Kurztitel und den Namen des Objekts, die hier geändert werden können, kann das Objekt als abgeschlossen (finished) deklariert werden. Diese Markierung führt dazu, dass das Objekt inklusive der untergeordneten Objekte normalerweise nicht weiter im Navigator angezeigt werden. Sie können erst dann auf das Objekt zugreifen, wenn im Navigator die Einstellung include finished items vorgenommen wurde. Das Messdatum wird bei der Erzeugung des Objekts vorbelegt. Im Dialog-Feld Date of Measurement können Sie ein abweichendes Datum kombiniert mit einer Uhrzeit im Format dd.mm.yy hh.mm.ss eingeben. D steht hierbei für Tag, m für Monat, y für Jahr, h für Stunde, m für Minute und s für Sekunde. Als z. B. für den dritten Dezember 1996 kurz nach 20 Uhr. 108 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Für Proben und Standards (dritte Hierarchie-Ebene) ist eine gegenseitige Umschaltung des Objekt-Typs möglich. Über Switch Object Type kann ein Standard zur Probe und eine Probe zum Standard geändert werden. Hierdurch wird es möglich, beispielsweise verschiedene Standards gegeneinander zu berechnen. Kurztitel Vollständiger Name Angabe der untersuchten Substanz Auswahl der Substanz Chargenbezeichnung der Substanz Objektart (Standards/Proben) Messungszeitpunkt Objektbearbeitung abgeschlossen Objekthistorie © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 109 Referenz 1.1.1.18.5.1.1 Die Substanz-Datenbank Für die Angabe der untersuchten Substanz steht Ihnen eine Datenbankunterstützung zur Verfügung. PLA führt eine Liste aller bereits eingegebenen Subtanzen, so dass Sie aus der Liste lediglich die entsprechende Substanz auswählen bzw. eingeben müssen. Der Hintergrund ist vor allem die praktische Arbeitsweise. Viele untersuchte Substanzen haben lange, aufwendige Bezeichnungen. In PLA müssen Sie diese Bezeichnungen nur einmal eingeben. Um eine Substanz auszuwählen, öffnen Sie den Select Substance-Dialog durch einen Maus-Klick auf das entsprechende Feld. In das Feld Measured Substance können Sie nicht direkt eine Bezeichnung eingeben. Es öffnet sich der folgende Dialog: Eingabefeld für den Substanz-Code Eingabefeld für den Substanz-Namen Erzeugen einer neuen Substanz Bearbeiten einer Substanz Löschen einer Substanz Dialog abbrechen Auswahl übernehmen 110 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Auch bei den Substanzen arbeitet PLA mit einer internen SubstanzBezeichnung (code) und einer Bezeichnung, die für die Ausgabe bestimmt ist (name). So können Sie innerhalb von PLA mit den in Ihrem Labor gängigen Bezeichnung arbeiten (z.B. Identifikationsnummern), für Berichte jedoch den korrekten, ausführlichen Namen verwenden. Meist werden Sie aus der Substanz-Datenbank lediglich eine Substanz, die bereits bekannt ist, auswählen. Selektieren Sie hierzu in der Auswahlliste den gewünschten Substanz-Code und bestätigen Sie mit Select. Sie gelangen dann wieder in die Objekt-Einstellungen. Um eine neue Substanz in die Datenbank einzufügen, klicken Sie auf das Feld New und geben Sie einen neuen bisher nicht verwendeten Code und die vollständige Bezeichnung der neuen Substanz ein. Nach der Betätigung des Feldes Save wird die neue Substanz in der Auswahlliste angezeigt. Wenn Sie eines der beiden Felder nicht ausfüllen, erhalten Sie folgendes Warnungsfenster. Um eine bereits vorhandene Substanzbezeichnung zu ändern, wählen Sie diese zunächst in der Auswahlliste aus und bearbeiten Sie diese dann mit Hilfe von Edit. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 111 Referenz Die Eingabefelder Code und Name werden freigegeben. Sie können die Bezeichnungen nun ändern. Um die geänderten Einstellungen zu speichern wählen Sie Save. Um einen Eintrag aus der Liste zu löschen, wählen Sie die entsprechende Substanz in der Auswahlliste und betätigen dann die Delete-Funktion. Falls die Substanz bereits in einem anderen Objekt verwendet wird, erhalten Sie die folgende Meldung und der Löschvorgang wird abgebrochen. Sie können grundsätzlich nur Substanzen löschen, die nicht verwendet werden. Beachten Sie dabei, dass sich die Verwendung immer nur auf schon gespeicherte Objekte bezieht. 112 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz 8.5.2 Reagenzien Die zweite Seite der Objekt-Einstellungen hat ausschließlich informativen Charakter. Sie können auf dieser Seite die Reagenzien, die Sie zur Zubereitung Ihrer Proben, Standards und Kontrollen verwenden, angeben. Die gespeicherten Informationen umfassen den Namen des verwendeten Reagenzes, die Chargennummer des Reagenzes und eine Konzentrationsangabe. Auch hier finden Sie wieder die Unterscheidung von code und name. Sie können in diese Datenbank beliebig viele Reagenzien eingeben. Eintrag bearbeiten Reagenz löschen Reagenz hinzufügen Die Liste kann dabei nicht direkt bearbeitet werden. Sie verwenden hierzu die drei Aktionsknöpfe am unteren Rand. Um ein Reagenz zur Liste hinzuzufügen wählen Sie Add.... Sie gelangen in die Reagenzien-Datenbank. Mit Hilfe von Delete können Sie den in der Liste ausgewählten Eintrag löschen. Um den ausgewählten Eintrag zu bearbeiten, wählen Sie Edit. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 113 Referenz Die Reagenzien-Datenbank ist vergleichbar mit der Substanz-Datenbank. Durch die Anwahl von Add... oder Edit erhalten Sie folgenden Dialog: Eingabefeld f. Code Auswahlliste für vorhand. Reagenzien Chargenbezeichnung Konzentration Editieren v. Reagenzien Löschen v. Reagenzien Dialog abbrechen Auswahl übernehmen In diesem Dialog können Sie Reagenzien hinzufügen, löschen (Delete) oder bearbeiten (Edit description). Prinzipiell wird jedes Reagenz durch seinen Namen, die Chargenbezeichnung und die Konzentrationsangabe charakterisiert. Wollen Sie ein neues Reagenz in der Datenbank erzeugen, geben Sie einfach in das Eingabefeld für Codes, einen bisher nicht verwendeten Code ein und bestätigen mit Ok. PLA fordert Sie anschließend mit folgendem Dialog auf, eine vollständige Bezeichnung für das neue Reagenz einzugeben. 114 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Anschließend wird das neue Reagenz in die Objekt-Definitionen eingetragen und ist beim nächsten Aufruf der Reagenzien-Datenbank in der Auswahlliste verfügbar. Wollen Sie ein bereits vorhandenes Reagenz bearbeiten, markieren Sie dieses und klicken auf Edit description. Es erscheint ebenfalls der obige Dialog, in dem Sie sowohl den Code als auch die vollständige Bezeichnung des Reagenzes ändern können. Um ein Reagenz aus der Liste zu löschen, wählen Sie den entsprechenden Code aus der Auswahlliste und betätigen dann die Delete-Funktion. Sie erhalten folgende Meldung, die Sie mit Ja1 bestätigen müssen. Wird das Reagenz von keinem anderen Objekt verwendet, so wird es aus der Liste entfernt, andernfalls wird der Löschvorgang abgebrochen. 1 Bestätigungsmeldungen werden in der Landessprache des installierten Betriebssystems angezeigt. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 115 Referenz 8.5.3 Allgemeine Objekt-Definitionen Die dritte Seite des Objekt-Dialogs enthält die grundsätzlichen Einstellungen zu den Daten. Hier werden Verdünnungen und Anzahl der Messpunkte eingegeben. Konzentration Standard Konzentrationseinheit Vorverdünnung Standard Vorverdünnung Probe Anzahl Messpunkte Anzahl Messserien Messungsbedingte Vorverdünnung Dosis-Eingabe 116 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Die ersten drei Dialog-Felder betreffen Einstellungen, die Sie für den Standard einzugeben haben. Unter Concentration of the undiluted standard können Sie die Konzentration des nicht verdünnten Standards eingeben. Diese Eingabe ist optional. Die Einheiten der Konzentration sollten Sie auf derselben Seite unter Units angeben. Im dritten Feld wird nach dem Vorverdünnungsfaktor des Standards gefragt (predilution factor of the standard). Die Eingabe hier ist zwingend. Die Vorverdünnung wird dabei als Quotient eingetragen. Haben Sie den Standard um 1:100 vorverdünnt, geben Sie dort die Zahl 100 ein. Analog wird der Vorverdünnungsfaktor für die Probe (predilution factor of the sample) eingegeben. Auch diese Angabe ist zwingend. In den folgenden Eingabefeldern auf dieser Seite geben Sie die Anzahl der Verdünnungsschritte (Number of dilution steps in a data series) und die Anzahl der Messserien (Number of data series, z.B. Dreifachbestimmung: 3) ein. Zusätzlich zur angegebenen Vorverdünnung können Sie unter Additional predilution factor for the first step eine weitere Vorverdünnung eingeben, da viele Messverfahren aufgrund der Einbringung in ein Messmedium einen zusätzlichen Verdünnungsschritt nach der ursprünglichen Probenzubereitung enthalten. Hier können Sie jedoch nur die Auswahl 1:1, 1:2 bis 1:10 eingeben. Die letzte Einstellung betrifft die Angabe der Dosis-Werte. Standard in PLA ist die Auswertung von 1:2-Verdünnungsserien. Hierzu ist im Feld Dilution scale der Wert 1 in 2 series voreingestellt. Wollen Sie abweichende Messwerte mit PLA auswerten, wählen Sie in diesem Feld den Eintrag direct dose input. Durch diese Auswahl erhalten Sie im DatenEditor die Möglichkeit, Dosis-Werte direkt einzustellen. Achtung: Durch ein Änderung der Dosis-Angabe von direct dose input zu einer 1:2-Verdünnungsserie, überschreiben Sie bereits eingegebene Dosiswerte. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 117 Referenz 8.5.4 Analyse-Eigenschaften Die Einstellungen der vierten Seite des Objekt-Dialogs betreffen ausschließlich die Analyse-Definitionen und teilen sich in drei Bereiche: Dixon-p-Wert Steigungs-Hypothese Linearitäts-Hypothese Parallelitäts-Hypoth. Vertrauensintervall Steigungs-Kriterium Linearitäts-Kriterium Parallelitäts-Kriterium 118 Analyse nach EP 1997 Dixon-Test ausführen Regressionsmodell Umgekehrte DosisWirkungsbeziehung Verwendetes Objekt zur EC50 Berechnung Verwendete Methode zur EC50 Berechnung © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Der allgemeine Bereich erlaubt Ihnen zunächst durch die Auswahl von Analysis according to Europ. Pharmacopoeia 1997 sämtliche Einstellungen der Seite auf die Standard-Werte der EP zu setzen und zu deaktivieren. Diese Funktion erleichtert Ihnen die Kontrolle der Objekte. Zum allgemeinen Bereich gehört auch die Auswahl Perform Dixon test for data outliers, mit der die Prüfung auf statistische Ausreißer gemäß Dixon (siehe Kapitel 1 Der Statistikkern von PLA) aktiviert werden kann. PLA ist in der Lage, Parallel-Line Assays auf der Basis zweier verschiedener Regressionsmodelle auszuwerten. Diese können über Regression Model ausgewählt werden. Standard-Einstellung ist die einfachlogarithmische Auswertung (lin/log), in der nur die Dosiswerte logarithmisch behandelt werden. Alternativ kann die doppelt-logarithmische Auswertung ausgewählt werden (log/log); hier werden auch die Messwerte logarithmisch transformiert. Die Logarithmierung wird in jedem Fall zur Basis 2 vorgenommen. Achten Sie darauf, keine unterschiedlichen Regressionsmodelle innerhalb eines Assays zu verwenden. Ein weiteres Feature schließt den allgemeinen Teil der AnalyseEinstellungen ab. Durch die Aktivierung des Knopfes Reverse ResponseEffect Correlation können Sie Assays auswerten, bei denen eine umgekehrte Dosis-Wirkungs-Beziehung besteht. Hier sind vor allem Inhibitionsassays zu erwähnen, bei denen eine Erhöhung der Konzentration des Analyten eine Erniedrigung des Messsignals liefert. PLA liefert durch die Aktivierung dieser Funktion automatisch den richtigen Wert für die relative potency. Dieser entspricht dem Kehrwert der relative potency eines „normalen“ Assays. Der zweite Abschnitt dieser Seite steuert die statistische Auswertung der Assays. Sie enthält die notwendigen statistischen Parameter und Abbruchkriterien für die Berechnung eines Assays. Der Wert Dixon test - contamination (alpha) gibt das Konfidenzniveau für den Dixon-Test an. Hier können Werte zwischen 0,005 und 0,3 eingestellt werden. Die Angabe dieses Werts hat keinen Einfluss, falls die Funktion Perform Dixon test for data outliers nicht aktiviert ist. In den folgenden drei Feldern (Significance of the slope, Significance of deviations from linearity und Significance of deviations from parallelity) stellen Sie die Wahrscheinlichkeitswerte für den F-Test auf Erfüllung der jeweiligen Hypothese (Steigungs-, Linearitäts- und Parallelitätshypo© 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 119 Referenz these) ein. Ihnen steht hierbei der Wertebereich zwischen 90% und 99,99% zur Verfügung. Wollen Sie die Berechnung der relative potency eines Assays verhindern, bei dem eine der Hypothesen nicht erfüllt wurde, so müssen Sie die darauffolgenden Felder rejection criterion aktivieren. Im aktivierten Fall, wird die Berechnung des Assays bei Nicht-Erfüllung einer der Hypothesen sofort abgebrochen. Das Assay ist damit als „nicht valide“ abgelehnt. Sind die Felder deaktiviert, führt PLA die Berechnung auch im Falle nicht erfüllter Hypothesen durch. Durch die Aktivierung der Funktion Analysis according to Europ. Pharmacopoeia 1997 werden diese Felder automatisch angeschaltet. Mit der Angabe des Wertes für Fiducial limit of potency estimation legen Sie das Vertrauensintervall zur Berechnung der relative potency nach Fieller’s Theorem fest und schätzen den Vertrauensbereich des relativen Gehalts ab. Hier stehen Ihnen die Werte 90%, 95%, 99% und 99,9% zur Verfügung. Im letzten Abschnitt auf dieser Seite, dem Bereich EC50 Calculation, werden die Parameter zur Berechnung des EC50-Wertes eingestellt. Dieser Wert gibt die effektive Konzentration eines Analyten bei der halben Signalhöhe (50%-Response) wieder. Die Berechnung des Wertes erfolgt über die lineare Regression. Hierzu sind zwei Variablen notwendig, die Steigung und die 50%-Response. Über das Feld Method wird die Methode festgelegt, wie die Berechnung der Steigung erfolgt. Hier bietet PLA folgende Methoden an: Auswahl Wirkung Do not calculate Der EC50-Wert wird nicht bestimmt.. Linear regression of the standard Der EC50-Wert wird ausschließlich aus der linearen Regression des Standards bestimmt. Common regression of the assay Der EC50-Wert wird mit Hilfe einer linearen Regression des gesamten Assays berechnet. Hierbei wird zur Berechnung der EC50 die gemeinsame Steigung von Standard und Proben verwendet, die auch zur Berechnung der relative potency eingesetzt wird. 120 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz In dem Feld Calculate 50% Response by wird festgelegt, mit welchem Objekt der 50%-Response-Wert berechnet wird. Dieser Wert ergibt sich prinzipiell aus der Addition des maximalen und minimalen Messwertes eines Objekts und der anschließenden Division durch zwei. Folgende Objekte können gewählt werden: Auswahl Wirkung This object Berechnet den 50%-Response-Wert des jeweiligen Objekts Standard Berechnet den 50%-Response-Wert des Standards Control Berechnet den 50%-Response-Wert aus Positiv- und Negativ-Kontrolle All objects Berechnet den 50% Response-Wert aus allen Objekten © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 121 Referenz 8.5.5 Lineare Selektion Die fünfte Seite der Objekt-Definitionen (Range Selection) steuert die Optionen zur Selektion des linearen und parallelen Bereichs in den Messwerten. Linearer Bereich Ende Linearer Bereich Anfang Selektionsmethode 50%-Response des folgenden Objekts Allokationsbereich Anfang Verwendung des maximalen Allokationsbereichs Allokationsbereich Ende 122 Minimale Anzahl der verwendeten Messpunkte Allokationsstrategie Einbeziehung der 50%Response © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Zunächst stellen Sie über die Auswahlliste der Selektionsmethoden die gewünschte Methode ein. Es stehen Ihnen vier Methoden zur Verfügung, wobei drei automatische und eine manuelle Methode angeboten werden. Durch die Selektion einer automatischen Methode werden die Eingabefelder der manuellen Methode gesperrt und umgekehrt. Auswahl Fixed range Wirkung Manuelle Methode. Angabe eines festen Bereichs, in dem die relative potency berechnet wird Automatic detection (individual range) Automatische Methode. Automatic detection (common range for standard/ individual for preparations) Automatische Methode. Automatic detection (common range for standard/ identical for preparations) Automatische Methode. Proben und Standard werden in jeder Konstellation ideal bestimmt. Proben und Standard werden so bestimmt, dass der selektierte lineare Bereich für den Standard einheitlich und der selektierte Bereich jeder einzelnen Probe hierzu optimiert wird. Proben und Standard werden so bestimmt, dass der selektierte lineare Bereich für den Standard und alle Proben einheitlich ist. Näheres zur Auswahl der idealen Methoden lesen Sie bitte in Kapitel 10.2 - Automatische Detektion. Für die manuelle Methode werden die Manual Selection Options freigegeben, in der Sie in den beiden Eingabefeldern den linearen Bereich vorgeben. Bei der Auswahl einer der drei automatischen Methoden, werden die Felder Automatic Selection Options freigegeben. Hier können Sie eine Reihe von Suchkriterien definieren. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 123 Referenz Zunächst wählen Sie unter Allocation strategy eine von drei Selektionsmethoden aus. Auswahl Wirkung Best Range Diese Methode sucht nach dem besten linearen und parallelen Bereich. Maximum Range Diese Methode sucht nach dem größten linearen und parallelen Bereich, bei dem die verschiedenen Hypothesen noch erfüllt sind. Exact Range Diese Methode sucht nach dem besten Bereich mit der vorgegeben Anzahl an Messpunkten Durch die Angabe der minimalen Anzahl von Messpunkten (minimum # of points) können Sie die Größe des linearen Bereichs definieren. Hinweis: je größer der dort eingegebene Wert ist, desto schneller ist die automatische Methode; Sie sollten den Wert im Normalfall auf 3 belassen. Bei der Auswahl der dritten Methode (Exact Range) stellen Sie hier die Anzahl der zu verwendenden Messpunkte ein. Mit den Feldern zur Angabe des Allokationsbereichs (Allocation Region) können Sie den Suchbereich gezielt einschränken. Deaktivieren Sie hierzu das Feld Maximal Allocation Region und geben in den daraufhin freigegebenen Feldern darüber den gewünschten Bereich ein. Eine weitere Option der automatischen Methoden liegt in der möglichen Einbeziehung des 50%-Response-Bereichs eines Objekts. Hier stehen Ihnen wieder drei Methoden zur Verfügung. Auswahl Wirkung ignore Der 50%-Response-Wert wird nicht in die Selektion des linearen Bereichs einbezogen. include if possible Der 50%-Response-Wert wird in die Selektion des linearen Bereichs einbezogen, sofern sich ein valider Bereich ergibt. 124 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Auswahl inclusion is mandatory Wirkung Der 50%-Response-Wert wird in die Selektion des linearen Bereichs einbezogen, auch wenn kein lineare und paralleler Bereich gefunden und das Assay damit abgelehnt wird. In dem Feld Calculate the 50% Response by using wird festgelegt, mit welchem Objekt der 50%-Response-Wert berechnet wird. Dieser Wert ergibt sich prinzipiell aus der Addition des maximalen und minimalen Messwertes eines Objekts und der anschließenden Division durch zwei. Folgende Objekte können gewählt werden: Auswahl Wirkung This object Berechnet den 50%-Response-Wert des jeweiligen Objekts Standard Berechnet den 50%-Response-Wert des Standards Control Berechnet den 50%-Response-Wert aus Positiv- und Negativ-Kontrolle All objects Berechnet den 50%-Response-Wert aus allen Objekten © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 125 Referenz 8.5.6 Anmerkungen Die sechste Seite der Objekt-Eigenschaften erlaubt Ihnen die Eingabe von beliebigen Text. Geben Sie hier falls erforderlich Kommentare, Wertungen etc. ein. 126 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz 8.5.7 GLP/GMP-Einstellungen Auf der letzten Seite der Objekt-Definitionen (GLP) werden die Einstellungen zum Schutz des jeweiligen Objekts eingegeben. Da der Beschreibung des Einsatzes von PLA unter GLP/GMP-Bedingungen ein eigenes Kapitel gewidmet wurde, soll an dieser Stelle nur auf Kapitel 9.2 - Die GLP/GMP-Einstellungen der Objekt-Definitionen verwiesen werden. Dort werden alle Funktionen dieses Dialogs erläutert. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 127 Referenz 8.6 Der Dateneditor Der Dateneditor ist das zentrale Element zur Dateneingabe in PLA. Hier werden sowohl die Messwerte, als auch die Dosis-Werte eingegeben (nur bei der Auswahl von Direct Dose Input). Während die Messwerteingabe nur auf der dritten Ebene der Hierarchie möglich ist, können die Dosiswerte auf allen Ebenen eingegeben werden. Wenn Sie bei Dilution Scale eine 1:2-Verdünnungsserie (1 in 2 series)gewählt haben, sind die Dosiswerte, wie in der Abbildung zu sehen, bereits vorbelegt. Dosis Serienangabe Eingabefeld für den Messwert Status des Messwerts Grafische Erläuterung Status des jeweiligen Messwertes ändern 128 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Sie öffnen dieses Fenster durch die Tastenkombination Ctrl+D, über den Aktionsknopf Edit Data aus der Symbolleiste oder über das Menü File -> Open -> Edit Object Data. Die Dimension des Dateneditors wird durch die im Objekt-Dialog eingegebenen Werte für die Anzahl der Verdünnungsschritte (number of dilution steps) und die Anzahl der Messserien (number of data series) bestimmt. Die Messwerteingabe erfolgt in dem Eingabefeld des jeweiligen Verdünnungsschritts und bei Wiederholungen der jeweiligen Messserie. Bei Verlassen des Feldes wird das Kästchen des Messwertstatus aktiviert. Dieses Kästchen steuert die Berücksichtigung eines Punktes während der Auswertung (technischer Ausreißer). Haben Sie beispielsweise einen technischen Fehler bei einem Messwert festgestellt, können Sie diesen durch Deaktivierung des Kästchen von der Auswertung ausschließen. Die Deaktivierung kann nur über die Auswahl des Kommandos Toggle status indicator erfolgen! Hinweis: Sie können die Return- und die Tabulator-Taste verwenden, um sich von Eingabefeld zu Eingabefeld zu bewegen. Um Ihre eingegebenen Werte zu speichern müssen Sie das Eingabefenster schließen, den Knopf Save aus der Symbolleiste betätigen oder in den Objekt-Dialog zurückkehren. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 129 Referenz 8.7 Check-Funktion Die Check-Funktion von PLA erreichen Sie über die Symbolleiste oder über das Menü. Sie kann nur auf der Ebene der Standards und Proben angewendet werden und soll einen schnellen Überblick über ein einzelnes Objekt liefern. Markieren Sie zunächst im Navigator das Objekt, das Sie überprüfen wollen und rufen die Funktion auf. Bei Auswahl von Check wird die Berechnung sofort gestartet. Ist die Berechnung beendet, sehen Sie in Übersichtsform die Resultate der Hypothesen und die errechnete relative Wirksamkeit. In der Grafik werden Ihnen die Messwerte und die linearen Bereiche angezeigt. Die Mittelwertskurve ist in dem linearen Bereich durchgängig gezeichnet. Mit Close schließen Sie den Dialog. ACHTUNG: Bei Auswahl von automatischen Methoden für die Selektion linearer Bereiche können die Ergebnisse der Check-Funktion von den 130 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Ergebnissen der Calculate-Funktion abweichen! Die Check-Funktion prüft nur eine Probe gegen einen Standard. Bei Prüfung aller Proben gegen den Standard, kann daher ein anderes Resultat gefunden werden. Letzteres ist Aufgabe der Calculate-Funktion. Sie sollten Check daher nur zum schnellen Prüfen verwenden und müssen die eigentliche Berechnung immer mit Calculate durchführen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 131 Referenz 8.8 Calculate-Funktion Der Calculate-Dialog dient der Steuerung der Berechnung. Um eine Berechnung durchzuführen, öffnen Sie das gewünschte Objekt im Navigator und wählen anschließend die Funktion Calculate. Der obige Bildschirm öffnet sich. Auswahl der Berichte Sofortiger Ausdruck nach durchgeführter Berechnung Status der Berechnung Fenster schließen Vorschau der Berichte Drucken der Berichte Berichte speichern Start der Berechnung Bitte beachten Sie, dass es bei Auswahl der automatischen Methoden zur Selektion linearer Bereiche wichtig ist, von welchem Objekt Sie die Be132 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz rechnung starten. Falls Sie eine Berechnung ausgehend von einem ProbenObjekt starten und sich im Assay weitere Proben befinden, kann sich der gefundene lineare Bereich im Fall der Einstellung Automatic Detection. Common Range for the standard, von dem Bereich unterscheiden, der bei der Berechnung beginnend auf der Assay-Ebene gefunden wird. Wohlgemerkt, die Berechnungsergebnisse sind auch in diesem Fall korrekt und valide; es kann lediglich geschehen, dass der gefundene Bereich nicht optimal ist. PLA warnt Sie vor dieser Situation mit dem folgenden Hinweis: Beachten Sie die folgende Tabelle, um die durchgeführten Berechnungen zu verstehen: Aufruf von Calculate auf führt zur Berechnung Projekt-Ebene von allen Assays im Projekt Assay-Ebene des kompletten Assays Standard-Ebene des kompletten Assays Proben-Ebene der gewählten Probe gegenüber dem Standard. Der Aufruf der Calculate-Funktion von der Kontroll-Ebene ist nicht möglich. Die Calculate-Funktion arbeitet in zwei Schritten: Zunächst wird nach Auswahl des Kommandos Calculate die Berechung durchgeführt. Die Berechnungszeiten sind stark von den gewählten Methoden, der Leistungsfähigkeit Ihres Computers und der Komplexität Ihrer Assays abhängig. Die Rechenergebnisse werden im Hauptspeicher des Rechners gehalten. Vor der Ausführung von Calculate sind die Save-, © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 133 Referenz Print- und Preview-Funktionen deaktiviert; sie aktivieren sich nach der Berechnung, während die Calculate-Funktion deaktiviert wird. Nach dem Ende des Rechenvorgangs, werden die in der Auswahlliste angegebenen Berichte sofort gedruckt, falls Sie die Funktion print immediately when calculation finished ausgewählt haben. Danach können Sie einen oder mehrere Berichte auswählen und mit Print sofort auf dem Standarddrucker ausdrucken oder sich diese Berichte zunächst mit Preview ansehen. Dieser Vorgang ist beliebig oft wiederholbar, ohne dass Sie die Berechnung neu starten müssen. Eine weitere Möglichkeit ist die Auswahl von Save..., die es Ihnen erlaubt, Berichte auf der Festplatte zu speichern. Wählen Sie diese Funktion aus, werden Sie mit folgendem Dialog zur Eingabe eines Dateinamens für die Berichte aufgefordert: 134 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz 8.9 Info-Funktion Dieser Dialog zeigt Ihnen eine grafische Darstellung des Assays. Sie können die Info-Funktion nutzen, um sich einen Überblick über Ihre Messwerte zu verschaffen. Grafische Anzeige Auswahl der Objekte zur Anzeige Anzeige aller Objekte Fenster schließen In der Auswahlliste zur Anzeige Include the following objects können Sie ein oder mehrere Objekte auswählen, die angezeigt werden sollen. Halten © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 135 Referenz Sie bei der Auswahl von mehreren Objekten die Strg-/Ctrl- Taste gedrückt und aktivieren Sie die gewünschten Objekte mit der Maus. Wenn Sie alle Objekte sehen wollen, können Sie auch das Feld include all aktivieren. Hinweis: Lineare Bereiche werden in der Mittelwertskurve mit einem durchgängigen Strich dargestellt. Nicht-Lineare Bereiche sind in dieser Kurve gestrichelt. 136 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz 8.10 Apply-Funktion Es können Situationen auftreten, in denen Sie bestimmte Informationen, von einer höheren auf die unteren Ebenen kopieren wollen. Zu diesem Zweck steht Ihnen auf der Projekt- und der Assay-Ebene die ApplyFunktion zur Verfügung. Diese Funktion rufen Sie über das Menü File -> Apply.. oder die Tastenkombination Ctrl+A auf. Die Anwendung von Apply sollte mit Vorsicht erfolgen, da Apply Informationen ohne Validierung vom höheren Objekt zum nächsten kopiert werden. Wenn Sie beispielsweise Assay-Definitionen kopieren, kopiert Apply u.a. die Anzahl der Verdünnungsschritte und die Anzahl der Messserien zu den untergeordneten Objekten. Normalerweise werden Sie Apply verwenden, um geänderte Analyse- oder lineare Selektions-Einstellungen zu kopieren. Die Anwendung von Apply erfordert zwei Eingaben: 1. 2. Welche Informationen sollen kopiert werden? Wohin sollen die Informationen kopiert werden? Die Auswahl der Informationen, die kopiert werden sollen, erfolgt in dem Feld Apply what?. Hier können Sie folgende sechs verschiedene Informationsstufen selektieren: • Kopieren der Substanz-Information (siehe 8.5.1.1- Die Substanz-Datenbank) • Kopieren der Reagenzien-Information (siehe 8.5.2 - Reagenzien) • Kopieren der Assay-Definitionen (siehe 8.5.3 - Allgemeine Objekt-Definitionen). Achtung: sehr vorsichtig verwenden! • Kopieren der Analyse-Definitionen (siehe 8.5.4 - Analyse-Eigenschaften). • Kopieren der Definitionen für die lineare Selektion (siehe 8.5.5 - Lineare Selektion) • Kopieren der GLP/GMP-Definitionen (siehe 9.2 - Die GLP/GMP-Einstellungen der ObjektDefinitionen) © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 137 Referenz Kopieren der Substanz-Information Kopieren der Reagenzien-Information Kopieren der Assay-Definitionen Kopieren der Analyse-Definitionen Kopieren der Definitionen für die lineare Selektion Kopieren der GLP/GMP-Definitionen Zu den Assays kopieren Zu den Standards kopieren Zu den Proben kopieren Zu den Kontrollen kopieren Dialog schließen Kopieren durchführen Nachdem Sie Ihre Auswahl getroffen haben, müssen Sie das Ziel Ihrer Kopier-Aktion definieren. Diese Einstellung nehmen Sie in dem Feld Select Destination Objects vor. Die Apply-Funktion kopiert die ObjektEinstellungen grundsätzlich nur zu untergeordneten Objekten. Haben Sie Apply auf der Ebene eines Projekts aktiviert, ist standardmäßig das Kopieren nur bis zur Ebene der Assays aktiviert. Diese Voreinstellung 138 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz dient als Sicherheitsmaßnahme. Da zur Auswertung der Assays grundsätzlich nur Einstellungen auf der Ebene der Proben und Standards herangezogen werden, können durch diese Einstellung noch keine „Schäden“ entstehen. Durch die Aktivierung der Felder Standard, Preparation oder Control können Sie allerdings auch die Informationen von der ProjektEbene auf die unterste Ebene kopieren. Haben Sie Apply auf der Ebene eines Assays aktiviert, können Sie den Kopiervorgang durch die Auswahl der Ziel-Objekte unter Select Destination Objects gezielt steuern. Standardmäßig sind alle drei Objekt-Typen aktiviert. Um die Kopieraktion zu starten, wählen Sie Apply. Der Dialog schließt sich nicht automatisch. Wählen Sie daher Close , um den Dialog zu beenden. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 139 Referenz 8.11 Export-Funktion PLA bietet Ihnen in seiner neuen Version zwei sehr hilfreiche Funktionen, die Import- und Export-Schnittstelle. Diese Funktionen ermöglichen den unkomplizierten Datenaustausch zwischen PLA und anderen Anwendungen. Die Export-Funktion bietet vor allem die Möglichkeit der Datensicherung, da sowohl die komplette Datenbank, als auch einzelne Objekte exportiert werden können. Wenn Sie die Funktion Export über die Symbolleiste oder das Menü aufrufen erhalten Sie folgenden Dialog: Dieser sogenannte PLA Export Wizard führt Sie schrittweise durch den gesamten Export-Vorgang. Auf der linken Seite des Dialogs können Sie anhand des blau hinterlegten Vierecks erkennen, auf welcher Stufe des Exports Sie sich befinden. Der Export-Wizard beginnt mit der Auswahl, des Export-Typs. Hier können Sie festlegen, ob Sie die gesamte Datenbank (Complete Database Backup) oder nur ein bestimmtes Objekt (Export the selected object) exportieren wollen. Wollen Sie nur ein bestimmtes Objekt exportieren, müssen Sie dieses vor dem Aufruf des Export-Wizards im Navigator durch einen einfachen Mausklick markiert haben. 140 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Haben Sie Ihre Auswahl getroffen, betätigen Sie den Next-Knopf, um in das nächste Dialog-Feld zu gelangen. Im Schritt zwei des Export-Wizards müssen Sie das Format, den Name und das Verzeichnis des zu erzeugenden Output-Files spezifizieren. Wählen Sie zunächst in der obigen Liste das Format des zu exportierenden Files. Standardmäßig steht Ihnen hier nur das PNF-Format zur Verfügung. Anschließend gelangen Sie über das Feld Select in den folgenden Dialog: Geben Sie hier einen Dateinamen an und verlassen den Dialog durch einen Klick auf Speichern. Sie gelangen wieder in das Fenster des Export© 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 141 Referenz Wizards, nur sind jetzt Name und Verzeichnis eingetragen. Setzen Sie den Export-Vorgang durch die Betätigung des Next-Buttons fort. Sie erreichen Schritt drei des Export-Wizards (Specify detailed settings). Im oberen Auswahlfensters können Sie nochmals das zu exportierende Objekt festlegen. Hier stehen Ihnen allerdings nur zwei Möglichkeiten zur Verfügung. Entweder Sie belassen die Auswahl bei dem markierten Objekt oder Sie wählen all Objects. Die Auswahl von all objects entspricht im wesentlichen dem Complete Database Backup, beinhaltet aber keine Benutzerinformationen. In den beiden Feldern darunter geben Sie an, ob die Hierarchieebenen unter dem gewählten Objekt und bereits abgeschlossene Objekte mit exportiert werden. Im zweiten Bereich dieser Seite können Sie die verschiedenen zu exportierenden Bereiche eines Objekts definieren. Diesen Ansatz kennen Sie bereits aus der Apply-Funktion. Wollen Sie z.B. nur die Messdaten eines Objekts exportieren, müssen Sie alle anderen Felder deaktivieren. Verwenden Sie wieder den Next-Knopf um auf die nächste Seite des Export-Wizards zu gelangen. In dieser vierten Stufe wird nur eine Zusammenfassung der von Ihnen gewählten Einstellungen angezeigt. Sie haben noch einmal die Möglichkeit Ihre Auswahl zu überprüfen. 142 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Sind die Einstellungen alle korrekt, können Sie den Export-Vorgang mit dem Finish!-Knopf starten. Der blaue Laufbalken zeigt Ihnen an, wie weit der Export-Vorgang bereits fortgeschritten ist. Nachdem die Export-Datei erzeugt wurde, verlassen Sie den Dialog durch Betätigung der Close-Knopfes. Der Daten-Export ist damit beendet. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 143 Referenz 8.12 Import-Funktion Die Import-Schnittstelle stellt ebenfalls eine neue Funktion von PLA 1.2 dar, mit deren Hilfe externe Daten eingelesen werden können. Diese Daten können verschiedenen Ursprungs sein. Zum Einen liest PLA sogenannte PNF-Dateien ein, die mit Hilfe des PLA Export Wizards erzeugt wurden. Auf diese Weise ist ein problemloser Datenaustausch zwischen verschiedenen PLA-Installationen möglich. Weiterhin können Daten von jedem beliebigen Messsystem eingelesen werden, die in digitaler Form (also als Datei) abgelegt sind. Für den Import solcher Daten sind sogenannte Import-Module notwendig, die Sie bei der Stegmann Systemberatung erwerben können. In der Standardauslieferung von PLA befindet sich ein Import-Modul, das die Daten einer 96-well-Platte im CSV-Format einliest. Je nach Typ des zu importierenden Objekts unterscheiden sich die Schritte des PLA Import Wizards und werden daher in getrennten Kapiteln vorgestellt. 144 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz 1.1.18.12.1 Import von PNF-Dateien In diesem Abschnitt soll der Import einer bestehenden PNF-Datei beschrieben werden. Wählen Sie dazu zunächst im ersten Abschnitt den Typ des zu importierenden Objekts aus, also in diesem Fall PLA Native Format. Im zweiten Abschnitt können Sie das Verzeichnis und den Namen des Objekts angeben. Durch den Aufruf der Funktion Select File gelangen Sie in das normale Dateioperationsfenster und wählen dort bequem den gewünschten Import-File aus. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 145 Referenz Nach der Bestätigung mit der Aktion Öffnen gelangen Sie wieder in das Select Input File Fenster des PLA Import Wizards. Sie erhalten im Feld Analysation Results eine Zusammenfassung des ausgewählten Objekts. Ist Ihre Auswahl korrekt, können Sie durch Betätigung des Knopfes Next in das nächste Dialog-Fenster des Import-Wizards wechseln. In diesem Fenster müssen Sie angeben, wohin das ausgewählte Objekt importiert werden soll. Hier kommt es natürlich darauf an, welcher Objekt-Typ importiert werden soll. 146 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Handelt es sich bei dem zu importierenden Objekt um ein Projekt, so wird zunächst geprüft ob sich dieses bereits in der Datenbank befindet. Ist dies der Fall werden sämtliche untergeordnete Objekte (Assay, Proben, Standards und Kontrollen) verglichen. Sind einige dieser Objekte identisch, erhalten Sie ein Fehlermeldung, andernfalls gelangen Sie auf die nächste Seite des Import-Wizards. Im oberen Bereich des Fensters bekommen Sie das gewählte Objekt in einer Baumstruktur dargestellt. Diese Darstellung kennen Sie bereits aus dem Navigator-Fenster. Neben den verschiedenen Objekt-Typen (Assays, Standards, Proben und Kontrollen) können unterschiedliche Symbole dargestellt sein. Diese haben folgende Bedeutung: Anzeige Kreuz Wirkung Das Objekt existiert bereits in der PLA Datenbank. Für die Fortsetzung des Imports muss das Objekt umbenannt werden. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 147 Referenz Anzeige Wirkung geschwungener Pfeil Das Objekt existiert bereits, es können aber untergeordnete Objekte hinzugefügt werden. Dieses Symbol existiert nur bei Projekten und Assays. Rechteck Das Objekt existiert nicht und kann daher ohne Änderung in die PLA Datenbank aufgenommen werden. Sind alle Objekte, wie im obigen Beispiel, mit einem Rechteck markiert, können Sie den Import-Vorgang ohne Änderungen fortsetzen. Sie haben aber auch die Möglichkeit, den Namen des Projekts zu ändern. Markieren Sie dazu in dem Verzeichnisbaum das Projekt und geben in dem Feld Create the object with this code einen neuen Namen ein. Wenn Sie diesen Namen mit Rename bestätigen, wird er in der Liste geändert. Weiterhin können Sie gezielt Objekte vom Import ausschließen, indem Sie diese im Verzeichnisbaum markieren und anschließend den Knopf Import this object deaktivieren. An die Stelle des weißen Rechtecks tritt dann ein schwarzes Kreuz, das Ihnen anzeigt, dass das betreffende Objekt nicht importiert wird. Wählen Sie diese Funktion auf der Ebene eines Assays oder Projekts, werden alle untergeordneten Objekte ebenfalls vom Import ausgeschlossen. 148 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Handelt es sich bei dem zu importierenden Objekt um einen Assay, erhalten Sie zunächst folgenden Dialog In dem Objekt-Baum wird das Assay angezeigt, jedoch wird auf Projektebene ein rotes Kreuz eingetragen. Dies ist verständlich, da das Assay noch keinem Projekt zugeordnet ist. Sie haben zwei Möglichkeiten den Import-Vorgang fortzusetzen. Entweder erzeugen Sie ein neues Projekt, oder Sie ordnen das Assay einem bereits vorhandenen Projekt zu. Wählen Sie hierzu in der Auswahlbox Select a target where the childs will be appended ein Projekt aus, in das das Assay aufgenommen wird. In dieser Auswahlbox werden alle in der Datenbank vorkommenden Projekte angezeigt. Nach der Auswahl wird überprüft, ob das Assay oder die untergeordneten Objekte bereits Bestandteil des Projektes sind. Wenn dies nicht der Fall ist, werden Sie die Freigabe des Import-Vorgangs an den geänderten Symbolen in der Baumstruktur erkennen. Haben Sie dieses Dialog-Feld vollständig bearbeitet und die Position des zu importierenden Objekts definiert, können Sie den Import-Vorgang durch die Betätigung des Feldes Next fortsetzen. Sie erhalten eine Zusammenfassung der von Ihnen gewählten Einstellungen und können noch etwaige Korrekturen durch die Betätigung des Previous-Knopfes einfügen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 149 Referenz Ansonsten wählen Sie Finish! um den Import-Vorgang zu beenden und den Import-Wizard zu verlassen. Den Fortgang des Imports können Sie an dem Laufbalken ablesen. 150 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz 1.1.28.12.2 Import von externen Dateien Durch die Möglichkeit des Imports externer Daten, wird die Funktionalität von PLA enorm erweitert. Das Import-Modul ermöglicht Ihnen Messdaten von anderen Systemen in Ihre PLA-Datenbank zu übernehmen. Da die Messdaten in sehr verschiedenen Formaten vorliegen können, muss für jedes Daten-Format ein entsprechendes Import-Modul installiert sein. Standardmäßig wird PLA mit einem Import-Modul ausgeliefert, das für Messdaten einer 96-well-Platte im CSV-Format konzipiert ist. Das folgende Beispiel zeigt eine Datei, die der Spezifikation entspricht. Die Messwerte sind bei diesem Format in einer 8x12 Matrix angeordnet und durch ein Semikolon voneinander separiert. Bei dem dargestellten Beispiel handelt es sich um die Messwerte einer Mikrotiter-Platte, auf die die Proben nach folgenden Pipettierschema aufgebracht wurden: NK NK NK NK NK NK NK NK S1 S2 S3 S4 S5 S6 S7 S8 P1 P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8 S1 S2 S3 S4 S5 S6 S7 S8 P1 P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8 S1 S2 S3 S4 S5 S6 S7 S8 P1 P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8 S1 S2 S3 S4 S5 S6 S7 S8 P1 P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8 S1 S2 S3 S4 S5 S6 S7 S8 P1 P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8 PK PK PK PK PK PK PK PK Hierbei bedeuten: NK PK S1 - S8 P1 - P8 Negativ-Kontrolle Positiv-Kontrolle Standard in der Verdünnungstufe 1 -Verdünnungstufe 8 Probe in der Verdünnungstufe 1 -Verdünnungstufe 8 d.h. es wurde eine Probe und ein Standard in einer 5-fach Bestimmung über acht Verdünnungsstufen aufgetragen. Zusätzlich wurden eine Positiv© 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 151 Referenz und Negativ-Kontrolle mitgeführt, die ebenfalls acht mal bestimmt wurden. Lassen Sie uns nun anhand dieses Beispiels die einzelnen Schritte des Import-Wizards nachvollziehen. Der Import beginnt wie schon bei den PNF-Dateien mit der Auswahl des zu importierenden Dateityps und der Auswahl des entsprechenden Files. Wählen Sie hier den Dateityp 96-Well-Plate und über den Button Select File das Verzeichnis und den Namen der zu importierenden Datei. Beachten Sie bitte, dass Sie nur Dateien mit der Dateierweiterung *.96 importieren können, die obiges Datei-Format haben. Im Feld Analysation Results wird eine Zusammenfassung des selektierten Objekts ausgegeben. Hier wird vor allem angezeigt, ob in der Datei Daten des entsprechenden Formats vorliegen. Ist Ihre Auswahl korrekt, gehen Sie über Next in das folgende Dialog-Fenster. In diesem können Sie ein sogenanntes Import Definition Scheme auswählen. Hierbei handelt es sich um eine Vorlage, in der bereits alle Angaben bezüglich des durchzuführenden Imports gespeichert sind. Falls Sie das erste Mal eine Datei importieren wollen, ist dieses Feld noch leer. Die Import Definition Schemes werden von dem Benutzer am Ende des Importvorgangs erzeugt, nachdem alle Angaben zum Import eines bestimmten Datei-Formates angegeben wurden. 152 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Da zu Beginn noch keine Import Definition Schemes existieren, können Sie direkt in das nächste Dialog-Feld wechseln. Hier müssen Sie Angaben über das Zielobjekt der zu importierenden Datei machen. Diese tragen Sie in dem Feld Select the Destination Project ein. Voreingestellt ist hier, dass Sie für das zu importierende Objekt ein neues Projekt anlegen (New Project). Sie können aber auch alle bereits bestehenden Projekte als Eltern-Objekte auswählen. Mit der zweiten Funktion (Default Scheme for Creation of Objects) können Sie dem zu importierenden Objekt bereits Objekt-Definitionen aus einer Vorlage zuweisen. Damit erhält das importierte Objekt sämtliche gewünschte Einstellungen, was gerade bei der Umsetzung des GLP/GMPGedankens eine Rolle spielt. Genauere Informationen zu der Verwendung von Schemen erhalten Sie im Kapitel 9.1 - Die Schemen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 153 Referenz Wechseln Sie nun in das nächste Dialog-Feld (Define Objects), in dem Sie allgemeine Angaben zu der Anzahl und dem Typ der zu importierenden Objekte machen müssen. Lassen Sie uns dieses Dialog-Feld anhand unseres Beispiels besprechen. In dem ersten Abschnitt (Raw data Objects) müssen Sie die Anzahl der zu 154 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz importierenden Objekte angeben. In unserem Beispiel haben wir drei Objekte: eine Probe, einen Standard und eine Kontrolle, da die Kontrollen (Positiv- und Negativ-Kontrolle) innerhalb von PLA als ein Objekt betrachtet werden. Geben Sie daher in das Feld Number of objects die Zahl 3 ein. Mit den beiden Auswahlboxen neben diesem Feld können Sie definieren, dass die Anzahl der Wiederholungen bzw. der Verdünnungsschritte aller Objekte gleich ist. Dies trifft in unserem Beispiel für Standard und Probe zu, für die Kontrollen1 allerdings nicht. Lassen Sie uns trotzdem die beiden Felder aktivieren. Um den Vorgang abzuschließen betätigen Sie den Knopf Apply general settings. Sie erkennen, dass in der Auswahlliste automatisch drei Objekte eingetragen werden (Standard A, Preparation B und C). Die Anzahl der Steps und Series ist bei allen Objekten identisch. Da die Angaben so noch nicht 1 Die Kontrollen nehmen eine Sonderstellung ein, da im Prinzip drei Objekte (Positiv-, Negativ-Kontrolle und Blank) innerhalb eines Kontrollobjekts abgelegt werden. Daher ist zu beachten, dass die Anzahl der Wiederholungen über die Anzahl der Series eingegeben wird. Die Anzahl der Steps ist vorgegeben und ist immer gleich 3. Der erste Step ist für die Positiv-Kontrollen reserviert, der zweite Step für NegativKontrollen und der dritte Step für die Leerwerte (blanks). © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 155 Referenz stimmen, müssen wir nun die Einträge bearbeiten. Wenn Sie nun ein Objekt aus der Liste markieren, werden Sie sehen, dass die unteren Felder freigegeben werden. Geben Sie nun in das erste Feld den gewünschten Namen ein (hier: Standard) und passen Sie die Anzahl der steps (hier: 8) und series (hier: 5) auf unser Beispiel an. Bestätigen Sie die Eingabe mit Apply. Sie werden sehen, dass die Werte in die obere Liste übernommen werden. Wenn wir anschließend die Probe Preparation B bearbeiten, sind die Anzahl der Verdünnungstufen und Serien bereits richtig eingestellt. Sie müssen hier also nur noch den Namen anpassen. Als letztes müssen wir nun das dritte Objekt (Preparation C) bearbeiten. Hier handelt es sich nicht wie durch PLA vorbelegt um eine Probe, sondern um eine Kontrolle. Daher müssen wir neben dem Namen und der Anzahl der Wiederholungen auch den Objekt-Typ ändern. Wählen Sie hierzu in dem Feld Type of Object das bekannte Kontroll-Symol aus. Anschließend wird sofort das Feld # steps ausgegraut, so dass man es nicht mehr bearbeiten kann. Erinnern Sie sich? Bei Kontrollen ist dieses Feld vorbelegt. Wir haben nur noch die Anzahl der Serien einzugeben, die bei Kontrollen der Anzahl der Wiederholungen entspricht. Wir geben hier also den Wert 8 ein1. Bevor wir abschließend die Apply-Funktion aufrufen, müssen wir noch die zwei Felder number of step/series identical for all objects deaktivieren, da sonst bei den beiden ersten Objekten die 1 Haben Sie die verschiedenen Kontrolltypen unterschiedlich oft durchgeführt, müssen Sie in dieses Feld die maximale Anzahl durchgeführter Wiederholungen eingeben. 156 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Anzahl der Serien ebenfalls auf 8 eingestellt würde. Nun können wir die Apply-Funktion aufrufen und erhalten in der Auswahlliste folgende Zusammenfassung: Damit haben wir alle Einstellungen auf dieser Seite erledigt und können in das folgende Dialog-Fenster des Import-Wizards wechseln. Auf dieser Seite wird die Zuordnung der Datenobjekte zu der jeweiligen Position auf der Mikrotiterplatte durchgeführt. Um eine grafische Orientierung zu erhalten, ist in diesem Beispiel im oberen Bereich schematisch eine 96well-Platte dargestellt. Das Ziel dieses Dialogs ist die Zuordnung jedes Näpfchens zu dem korrekten Objekt und der entsprechenden Verdünnungsstufe. Prinzipiell ist die Bearbeitung dieser Datentabelle vergleichbar mit der Arbeitsweise unter Microsoft Excel. Um eine ganze Reihe zu markieren klicken Sie auf die entsprechende Nummer links vor der ersten Zelle. Entsprechend kann man natürlich auch Spalten markieren. Wenn Sie ein beliebiges Feld auf der Platte markieren, werden die unteren Dialog-Felder freigegeben. Das linke Dialog-Feld betrifft die eigentliche © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 157 Referenz Zuordnung der Daten-Objekte. Zusätzlich erhalten Sie eine Information über den Messwert in dem entsprechenden Napf. Um die Zuordnung der Messwerte unseres Beispiels durchzuführen, markieren wir am sinnvollsten zunächst die Spalte 1 und ordnen ihr über das Feld Selected Datapoint das Objekt Control zu. Alternativ hierzu können wir auch einfach den Buchstaben C eingeben, da die Kontrolle auf der Seite zuvor als drittes Objekt eingegeben wurde. Analog ordnen wir die Spalten 2, 4, 6, 8 und 10 dem Standard (über die Taste A) und die Spalten 3, 5, 7, 9 und 11 der Probe (über die Taste B) zu. Nach diesen Eingaben sieht die obere Tabelle folgendermaßen aus. Sie erkennen, dass die unterschiedlichen Objekt-Typen jeweils andersfarbig hinterlegt wurden. Die rote Fehlermeldung unter der Tabelle und der nicht freigegebene Next-Button weisen allerdings daraufhin, dass die Eingabe damit noch nicht beendet ist. Jeder Messwert wird durch den Objekt-Typen und die entsprechende Verdünnungsstufe charakterisiert. Daher müssen wir in dem zweiten Schritt die Verdünnungsstufen 158 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz zuweisen. Markieren Sie dazu mit der Maus die Felder, die denselben Verdünnungsschritt haben, also z.B. die Reihe 1 der Spalten 2 bis 11. In dieser Reihe liegt überall die höchste Konzentration von Standard und Probe vor. Um die Stufe zuzuweisen geben Sie entweder direkt über die Tastatur eine 1 ein oder wählen im Dialog-Feld Selected data Point unter Dilution step den Wert 1. Verfahren Sie analog für die Verdünnungsstufen 2 bis 8. Ihre Wertetabelle sieht anschließend folgendermaßen aus: Sie müssen nun nur noch die Kontrollen an den beiden Rändern zuweisen. Da die Kontroll-Objekte von der Logik etwas anders behandelt werden, wollen wir dies hier noch mal kurz beschreiben. In der Spalte 1 wurde die Negativ-Kontrolle vorgelegt, in der Spalte 12 die Positiv-Kontrolle. Nach der PLA-Logik muss der Positiv-Kontrolle die Verdünnungsstufe 1 zugewiesen werden und der Negativ-Kontrolle die Verdünnungsstufe 2. Leerwerte oder sogenannte Blanks erhalten in PLA die Verdünnungsstufe 3. In unserem Beispiel können wir also die komplette Reihe 1 auswählen und durch die Eingabe des Wertes zwei als Negativ-Kontrolle deklarieren. Analog verfährt man mit der Spalte 12, nur weist man dieser den Wert 1 zu und deklariert sie damit als Positiv Kontrolle. Damit ist die Zuordnung der einzelnen Felder abgeschlossen (Der Next-Button ist freigegeben und es erscheint keine Fehlermeldung mehr). © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 159 Referenz Bislang haben wir das Dialog-Feld Grid display options noch nicht erläutert. In diesem Feld haben Sie verschiedene Möglichkeiten, die eine Änderung der Anzeige des Tabellenfeldes darüber herbeiführen. Am besten lernen Sie die einzelnen Optionen kennen, indem Sie die verschiedenen Felder variieren und die Änderung beobachten. Im Folgenden seien die Funktionen nur kurz beschrieben: Funktion Wirkung display by ... Auswahl einer von 3 möglichen Darstellungen der Daten-Anordnung display point # Zeigt den Zähler des jeweiligen Daten-Feldes an. 160 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Funktion Wirkung display data Zeigt den Messwert des jeweiligen Feldes an. color the grid Mit dieser Option kann man die farbige Darstellung der verschiedenen Objekt-Typen ausschalten #of columns Begrenzt die Anzahl der dargestellten Spalten auf den dort eingegebenen Wert. Da diese Funktionen im Allgemeinen selten verwendet werden, wechseln wir in das nächste Dialog-Feld des Import-Wizards. Diesen Dialog kennen Sie bereits aus dem Kapitel 8.12.1 - Import von PNF-Dateien. Hier haben Sie wieder das Ziel und die Bezeichnung der zu importierenden Objekte zu definieren. Da wir in Schritt 3 (Select Destination/Scheme) New Project ausgewählt haben, müssen wir in diesem Dialog zunächst ein neues Projekt erzeugen, oder den Assay einem bestehenden Projekt zuweisen. Orden wir z.B. das © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 161 Referenz zu importierende Assay dem Beispiel Nr. 2 zu, so wird der Import freigegeben. Eine Besonderheit existiert auf der Ebene der Assays. Hier stehen Ihnen sogenannte Makros zur Verfügung, die den automatisierten Import unterstützen. Diese Makros werden anstelle eines festen Namens als Bezeichnung für das zu importierende Assay vergeben. Folgende Makros stehen Ihnen zur Verfügung: Makro Wirkung @U trägt in die Assay-Bezeichnung den Namen des Benutzers ein @D trägt in die Assay-Bezeichnung automatisch das aktuelle Datum ein @T trägt in die Assay-Bezeichnung automatisch die aktuelle Uhrzeit ein @F trägt in die Assay-Bezeichnung automatisch den Namen und das Verzeichnis des zu importierenden Files ein. Es besteht natürlich auch die Möglichkeit diese Makros zu kombinieren, so dass Sie sehr leicht zu einer eindeutigen Bezeichnung Ihrer Assays gelangen. Verwenden Sie z.B. „@F vom @D“ erhalten Sie eine Bezeichnung, die den Namen der Datei mit einer Datumserweiterung ausgibt. 162 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Der Einsatz von Makros macht allerdings nur bei der Verwendung von Import Definition Schemes einen Sinn, da diese den automatisierten Import unterstützen. Wechseln Sie daher auf die nächste Seite, auf der Sie Ihre Einstellungen innerhalb eines Import Definition Schemes ablegen können. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 163 Referenz Der Hintergrund der Import Definition Schemes ist folgender: Insgesamt sind die Angaben, die Sie während des Import-Vorgangs zu machen haben, sehr umfangreich. Da Sie aber im Laboralltag Ihre Assays häufig nach dem gleichen Schema durchführen (z.B. gleiche Belegung der 96well-Platte), würden sich die Angaben, die Sie beim Import machen müssen, stets wiederholen. Aus diesem Grund bietet Ihnen PLA die Möglichkeit, diese Angaben in sogenannten Import Definition Schemes abzuspeichern. Diese Vorgehensweise bringt Ihnen eine enorme Zeitersparnis, da Sie beim nächsten Import einfach die entsprechende Vorlage auswählen können und sich dadurch die Eingabe aller Variablen ersparen. Geben Sie daher in dem oben dargestellten Dialog-Feld für häufig nach dem gleichen Schema zu importierenden Dateien Yes ein. Daraufhin wird das Feld Name of the Scheme freigegeben und Sie können hier einen eindeutigen Namen für diese Import-Vorlage vergeben. Bei nächsten Aufruf der Import-Funktion steht Ihnen diese Import-Vorlage dann zur Verfügung. Sie können natürlich auch den Import-Vorgang fortsetzen, ohne die Vorlage zu speichern. Auf der folgenden Dialogseite erhalten Sie abschließend eine Zusammenfassung der von Ihnen eingegebenen Daten. Fällt Ihnen auf dieser Seite noch ein Fehler auf, können Sie sich mit dem Previous-Knopf auf die gewünschte Seite begeben und dort Ihre Änderung anbringen. 164 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Referenz Sind Sie mit den Einstellungen einverstanden können Sie den ImportVorgang durch die Funktion Finish! starten und anschließend durch den Close-Knopf beenden. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 165 Referenz 8.13 About 166 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 9 GLP/GMPEinstellungen in PLA Bei der Entwicklung der vorliegenden Version von PLA wurde ein besonderes Augenmerk auf die Umsetzung der von Zulassungsbehörden geforderten GLP/GMP-Konformität gelegt. Hierzu wurde das Account Management in der Weise überarbeitet, dass die PLA Anwender verschiedenen Nutzergruppen zugeordnet werden können (siehe Kapitel 5.1 - Die Benutzerverwaltung). In diesem Kapitel stellen wir Ihnen weitere Funktionen vor, die den Umgang mit PLA unter GLP/GMP-Bedingungen ermöglichen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 167 GLP/GMP-Einstellungen in PLA 9.1 Die Schemen Ein wichtiges Werkzeug zur Umsetzung der GLP/GMP-Anforderungen stellen die sogenannten Schemen dar. Schemen wurden ursprünglich entwickelt, um Arbeitsabläufe, die sich ständig wiederholen, zu erleichtern. Diese Funktion erfüllen sie auch weiterhin. Ein neuer Aspekt im Umgang mit Schemen ist ihre Eignung, bestimmte Arbeitsabläufe innerhalb des Programms zu definieren. Schemen dienen bei der Erzeugung neuer Objekte (Projekt, Assay, Standard, Probe oder Kontrolle) als Vorlagen. Sie sind im Vergleich zu den Daten-Objekten durch denselben Satz von Objekt-Definitionen charakterisiert, enthalten aber keine Messwerte. Wenn Sie den Create ObjectDialog aufrufen, haben Sie unter Punkt 3 (siehe Abbildung 9-1) die Möglichkeit, ein Schema aus der Liste auszuwählen. Durch die Anwendung eines Schemas umgehen Sie die Hierarchie der normalen Vererbung. Das erzeugte Objekt basiert nicht mehr auf den Definitionen des Elternobjekts, sondern auf den Einstellungen des ausgewählten Schemas. Abbildung 9-1 Der Create Object-Dialog. 168 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de GLP/GMP-Einstellungen in PLA Beim Umgang mit PLA ist es sinnvoll, sich für jedes Assay ein definiertes Schema anzulegen. In diesem Schema werden alle Informationen, wie die Anzahl der Verdünnungsschritte und Messserien, sowie die statistischen Parameter und die Auswertemethode gespeichert. Zur Erzeugung eines neuen Schemas wechseln Sie bitte durch einen Maus-Klick in die obere Auswahlbox des Navigators in die SchemenAnsicht (vgl. Abbildung 9-2). Durch einen Klick auf diese Auswahlbox gelangen Sie auf die Seite der Schemen Abbildung 9-2 Die Schemen-Ansicht in PLA Auf dieser Seite existieren zwei Objekte: 1. Zum einen sind da die Protected Schemes, die nur von einem PLA Administrator angelegt und verändert werden können. Diese Schemen werden für die Umsetzung der GLP/GMP-Vorgaben verwendet. 2. Zum anderen stehen die User Defined Schemes für jeden Anwender zur Verfügung. Diese Schemen dienen Ihnen als Vorlage bei der Erzeugung neuer Objekte. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 169 GLP/GMP-Einstellungen in PLA Administratoren können sowohl im Bereich Protected Schemes, als auch im Bereich User Defined Schemes Schemen erstellen. Der Unterschied dieser beiden Typen besteht nur im Zugriffsrecht. Zur Erzeugung eines neuen Schemas gehen Sie analog zu den DatenObjekten vor. Sie gelangen über den Create Object-Dialog nach der Eingabe eines Titels zu den Objekt-Definitionen, die Sie dann entsprechend den gewünschten Vorgaben einstellen können. Eine wichtige Neuerung gegenüber der Vorgängerversion von PLA ist der Aspekt, dass die bekannte Objekt-Hierarchie auch auf die Schemen übertragen wurde. Es existieren nun Unter-Schemen für Standard, Probe und Kontrolle, die es ermöglichen, spezielle Einstellungen dieser Objekte vorzugeben. Diese Erweiterung ist sinnvoll, da die Einstellungen für Standard, Probe und Kontrolle innerhalb eines Assays nicht zwingend identisch sein müssen. Erzeugen Sie ein neues Daten-Objekt auf der Basis eines Schemas, wird zunächst überprüft, ob das Schema Unterobjekte enthält. Ist dies der Fall, werden die Definitionen des bzw. der Unterobjekte berücksichtigt, wenn nicht kommen die Einstellungen des Schemas zum Tragen. 170 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de GLP/GMP-Einstellungen in PLA 9.1.1 Beispiel zur Verwendung von Schemen Lassen Sie uns die Verwendung von Schemen am Beispiel aus Kapitel 8.12.2 - Import von externen Dateien erläutern. Es handelt sich um die Messwerte einer 96-well-Platte, die je einen Standard, eine Probe und eine Kontrolle (Positiv- und Negativ-Kontrolle) enthält. Probe und Standard sind bezüglich der Objekt-Definitionen identisch, da beide über 8 Verdünnungsstufen in einer 5-fach Bestimmung vorliegen. Die Kontrolle weicht hiervon ab, da Positiv- und Negativ-Kontrolle 8-fach bestimmt wurden. Da die Anzahl der Wiederholungen bei Standard/Probe und Kontrolle nicht identisch ist, ist es sinnvoll zwei Schemen-Objekte anzulegen. Man wird daher folgendermaßen vorgehen: 1. Zunächst erstellt man ein Schema, dass die Objekt-Definitionen von Standard und Probe wiederspiegelt. 2. Diesem Schema ordnet man ein spezifisches Kontroll-Schema als Unterobjekt zu, dass die etwas abweichenden Einstellungen des Kontroll-Objekts berücksichtigt (abweichende Anzahl Messserien). Legen wir also zunächst das übergeordnete Schema an. Dazu rufen wir die Funktion Create Object auf. Es öffnet sich der folgende Dialog: © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 171 GLP/GMP-Einstellungen in PLA Sie erkennen unter Punkt 1, dass wir ein Protected Scheme erstellen. Dies setzt voraus, dass wir als Administrator am System angemeldet sind. Gehören Sie zu der Anwendergruppe Standard User, können sie an dieser Stelle nur User Defined Schemes erstellen. Diese sind allerdings nicht zur Umsetzung von GLP/GMP-Funktionen geeignet. Unter Punkt 2 müssen wir einen Namen für das zu erstellende Schema eingeben und mit Create bestätigen. Wir gelangen, wie auch bei den Daten-Objekten, in den Objekt-Dialog. Hier können wir jetzt die gewünschten Einstellungen vornehmen. Wir wechseln dazu auf die Indexzunge Definitions und geben die Anzahl der Messserien und Verdünnungsstufen von Standard und Probe ein, also 5 bzw. 8. Damit ist in unserem Beispiel die Konfiguration des Schemas bereits abgeschlossen. Lassen Sie uns nun das spezifische Schema für die Kontrolle erzeugen. Dazu markieren wir im Navigator das soeben erzeugte Schema und rufen erneut die Funktion New aus der Symbolleiste aus. Da wir nun eine Kontroll-Schema erzeugen wollen, müssen wir in Schritt 1 das Feld Special Control Scheme as Part of Protected Scheme auswählen. Nach der Eingabe eines Namens gelangen wir in den Objekt-Dialog der Kontrolle. 172 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de GLP/GMP-Einstellungen in PLA Hier müssen wir nur auf der Indexzunge Definition & Analysis die Anzahl der Wiederholungen in das entsprechende Feld eintragen. Damit ist auch die Definition der Kontrolle abgeschlossen. In der Navigator-Ansicht ergibt sich folgende Hierarchie: Erzeugen wir nun ein neues Objekt, dass auf den Vorgaben dieses Schemas beruht, werden standardmäßig die Objekt-Definitionen des Schemas „Beispiel Schema“ verwendet. Legen wir aber ein neues Kontroll-Objekt an, so werden automatisch die Einstellungen des zugeordneten KontrollSchemas kopiert. Man muss also nicht für jedes Objekt ein eigenes Schema erzeugen, sondern nur für die Objekte, die vom Standard abweichen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 173 GLP/GMP-Einstellungen in PLA 9.2 Die GLP/GMP-Einstellungen der Objekt-Definitionen In diesem Kapitel wollen wir Ihnen den eigentlichen Zugriffsschutz erläutern, der direkt an den Objekten erfolgt. Wechseln Sie daher auf die letzte Indexzunge der Objekt-Definitionen (siehe Abbildung 9-3). Hierbei ist es egal, ob Sie ein Daten-Objekt oder ein Schema geöffnet haben, da die Eingabemaske bei beiden identisch ist. Abbildung 9-3 Die GLP/GMP-Einstellungen innerhalb der ObjektDefinitionen 174 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de GLP/GMP-Einstellungen in PLA Der Schutz eines Objekts vollzieht sich in zwei Schritten. 1. Zunächst wählen Sie unter Protection Level die Felder aus, die Sie schützen möchten. Wollen Sie z.B. den Zugriff auf die AnalyseEigenschaften verhindern, müssen Sie das Feld analysis settings protected aktivieren. Für die Aktivierung des Zugriffsschutzes auf die Messdaten, markieren Sie entsprechend das Feld data values not editable. Beachten Sie jedoch, das durch die Aktivierung dieser Felder der Schutz noch nicht ausgelöst wird. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 175 GLP/GMP-Einstellungen in PLA 2. Um den Schutz tatsächlich zu aktivieren, müssen Sie den Knopf Enable GLP/SOP protection aktivieren. Wechseln Sie nun auf eine der gesperrten Seiten. Sie werden erkennen, dass eine Änderung der dort eingegebenen Werte nicht mehr möglich ist. Auch für die Aktivierung des GLP/GMP-Schutzes ist es entscheidend, ob Sie als Standardbenutzer oder als Administrator angemeldet sind. Als Standardbenutzer können Sie nur den Schutz auf dem User Level auslösen. Dieser Schutz kann von jedem Anwender rückgängig gemacht werden. Aktivieren Sie den Schutz allerdings als Administrator (mandatory), haben normale Anwender keine Möglichkeit diesen zurückzunehmen. Für die Umsetzung der GLP/GMP-Aspekte spielt daher vor allem der Schutz auf dem Administrator-Level eine Rolle. 176 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de GLP/GMP-Einstellungen in PLA 9.3 Globale GLP/GMP-Optionen In den vorangegangenen Kapiteln haben Sie erfahren, wie Sie bestimmte Teile eines Objekts schützen oder wie Sie mit Hilfe von Schemen neue Objekte erzeugen können. Diese Funktionen stellen innerhalb von PLA die Grundlage zur Umsetzung einer GLP/GMP-Funktionalität dar. Wie können Sie nun aber als Administrator Ihre Mitarbeiter dazu veranlassen, einen Parallel-Line Assay nach einer bestimmten Arbeitsvorschrift (SOP = standard operating procedure) auszuwerten. Hierzu bietet PLA verschiedene Möglichkeiten, die Sie über die globalen GLP/GMP-Einstellungen erreichen. Wechseln Sie dazu in das Menü Preferences -> Options und anschließend auf die Indexzunge GLP/SOP Settings. Abbildung 9-4 Die GLP/GMP-Einstellungen im Optionen-Dialog. Diese Einstellungen sind nur für den PLA Administrator zugänglich. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 177 GLP/GMP-Einstellungen in PLA In Abbildung 9-4 sind die globalen GLP/GMP-Einstellungen dargestellt. Der Zugriff auf diese Einstellungen ist auf Anwender mit AdministratorRechten beschränkt. Folgende Optionen bieten sich: 1. GLP/SOP-Master protection active. Durch die Aktivierung dieser Funktion, wird bei allen in der PLA Datenbank abgelegten Objekten das Feld Enable GLP/SOP Protection (mandatory) auf der Indexzunge GLP aktiviert. Der Standardbenutzer hat keine Möglichkeit, diese Sperre zu entfernen und ist damit an die Einstellungen gebunden. 2. Durch die Aktivierung der Funktion Projects may be created by Administrators only legen Sie fest, dass nur Anwender mit Administrator-Rechten neue Projekte erzeugen dürfen. Da der StandardAnwender keine Projekte erzeugen kann, muss er seine durchgeführten Assays einem bereits vorhandenen Projekt zuordnen. Dies eröffnet dem Administrator die Möglichkeit, bereits auf der Projekt-Ebene die GLP/GMP-Einstellungen (Schutz der ausgewählter ObjektDefinitionen) vorzunehmen. Jeder in dem Projekt erzeugte Assay erbt die Informationen des Projekts und damit auch die dort geschützten Definitionen. 3. Über den Menüpunkt Default Scheme for the creation of Projects haben Sie als Administrator die Möglichkeit, dem Anwender ein bestimmtes Schema vorzugeben, sofern keine Hierarchie wirkt. Hier wählen Sie ein Schema aus, auf dessen Basis der Anwender neue Projekte und Assays anlegen kann. Durch die GLP/GMP-Einstellungen des ausgewählten Schemas sind die zu schützenden Objekte bereits vordefiniert. Aber Vorsicht: Bei einem so erzeugten Objekt ist der eigentliche Schutz noch nicht aktiviert. Dies müssen Sie entweder manuell ausführen oder durch die Aktivierung der Funktion GLP/SOPMaster protection active automatisch erledigen. Wie Sie erkennen werden, stehen Ihnen als Administrator verschiedene Möglichkeiten zur Verfügung, die Zugriffsrechte eines Anwenders gezielt einzuschränken. PLA eignet sich durch die flexible Auslegung der GLP/GMPRestriktionen sowohl für den Einsatz in einer Entwicklungsabteilung, wie auch für den vollkommen GLP/GMP-konformen Einsatz in der Qualitätskontrolle. 178 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 10 Der Statistikkern von PLA Die statistischen Methoden und Berechnungen von PLA sind das Thema dieses Kapitels. Im ersten Abschnitt wird Ihnen ein Überblick über den Ablauf der Berechnungen gegeben. Dieser Ablauf orientiert sich an dem Start Automatische Detektionsmethode gewählt? Ja Automatische Detektion gemäß Abschnitt 10.2 Nein Statistische Auswertung gemäß Abschnitt 10.1 Stop Abbildung 10-1 Schematischer Ablauf © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 179 Der Statistikkern von PLA vorgegebenen Schema aus der European Pharmacopoeia 1997. Beachten Sie bitte, dass einige Forderungen der European Pharmacopoeia durch das Design des jeweiligen Versuchs zu erfüllen sind. Bestehen Zweifel am korrekten Versuchsdesign, so sind die entsprechenden Punkte außerhalb von PLA separat zu untersuchen. Sind die Vorgaben an das Test-Design (wie z.B. die Forderung der Normalverteilung der Messwerte) erfüllt, so erhalten Sie mit PLA, sofern Sie die korrekten Validitätsparameter eingestellt haben, korrekte und valide Auswertungen Ihrer Assays. Die folgenden Unterkapitel gliedern sich in zwei Abschnitte. Abschnitt 10.1 beschreibt die Auswertung eines Parallel-Line Assays innerhalb des Systems gemäß European Pharmacopoeia, mit festen Vorgaben für die linearen und parallelen Bereiche Ihrer Messwerte. Haben Sie automatische Detektionsmethoden gewählt, so wird zunächst die in Abschnitt 10.2 beschriebene Selektion der linearen und parallelen Bereiche durchgeführt. Als Ergebnis werden für alle Proben und Standards lineare und parallele Bereiche erhalten, die dann gemäß Abschnitt 10.1 statistisch ausgewertet werden. Die Methoden zur automatischen Detektion bedienen sich dabei eines Teils der in Abschnitt 10.1 beschriebenen Funktionalität, die technische Realisierung innerhalb PLA‘s trennt jedoch diese Methoden vollständig von der statistischen Berechnung, so dass die Auswertungen unabhängig von einer automatischen oder manuellen Detektionsmethode immer einwandfrei nach den Vorgaben der European Pharmacopoeia erfolgen. 180 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Der Statistikkern von PLA 10.1 Statistische Berechnungen In den Abbildungen 10-2 und 10-3 ist der Ablauf einer Auswertung in PLA grafisch dargestellt. Die Einstellungen aus dem Bereich AnalyseDefinitionen beeinflussen den Ablauf der Berechnung etwas. Die Auswertung entspricht dem Auswertungsablauf der EP, ist jedoch aus technischen A: Statistische Auswertung der einzelnen Objekte Mit allen Objekten Start Dixon-Test aktiviert? Ja Dixon-Test durchführen Nein Ablehnung bei Nichterfüllung? Nein Lineare Regression Ja Signifikante Steigung? Ja Nein Lineare Regression Signifikante Nicht-Linearität? Ja Ablehnung bei Nichterfüllung? Nein Nein Weitere Objekte? B Nein Ja Objekt abgelehnt! Abbildung 10-2 Statistische Auswertung (Teil A) © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 181 Der Statistikkern von PLA Gründen in der Reihenfolge der Abarbeitung leicht geändert. In PLA werden zunächst alle Objekte, die für die Berechnung notwendig sind, einzeln inspiziert. Für jedes Objekt wird der Dixon-Test durchgeführt, sofern er aktiviert wurde, und anschließend werden die Messwerte innerhalb des als linear bestimmten Bereichs auf eine signifikante Steigung und eine nicht signifikante Abweichung von der Linearität geprüft. Die NichtErfüllung eines dieser Kriterien führt zur Ablehnung des Objekts (und damit zur Ablehnung des Assays). Abhängig von den Einstellungen zur Analyse, führt PLA die weiteren Berechnungen mit diesem Objekt dennoch durch (siehe rejection creterion in den Analyse-Einstellungen). Ein Assay ist jedoch grundsätzlich abgelehnt, sobald eine der Hypothesen nicht erfüllt ist. 182 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Der Statistikkern von PLA B: Gemeinsame Auswertung aller Probe/ Standard-Kombinationen A Mit jeder Kombination Standard bzw. Probe abgelehnt? Nein Gemeinsame Lineare Regression Signifikante Abweichung von Parallelität? Ja Ja Nein Assay abgelehnt! Ja Abschätzung der relative potency Weitere Kombination ? Nein Stop Abbildung 10-3 Statistische Auswertung (Teil B) 10.1.1 Transformation der Werte PLA unterstützt zwei verschiedene Regressionsmodelle zur Auswertung von Parallel-Line Assays. Die Standardmethode basiert auf einer einfachlogarithmischen Transformation der Werte. Dabei werden die Dosiswerte logarithmiert, während die Messwerte (Response) nicht transformiert werden. Als Alternative kann PLA auch die Messwerte vor der Auswertung transformieren. Grundsätzlich arbeitet PLA konform zur European © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 183 Der Statistikkern von PLA Pharmacopoeia und der gängigen biostatistischen Literatur mit der logarithmischen Transformation zur Basis 2. 10.1.2 Dixon-Test Um statistische Messfehler auszuschließen, kann bei Proben mit mehr als zwei Wiederholungsmessungen der sogenannte ‘Dixon Test’1 durchgeführt werden. Er wird auf die Messwerte jeder Verdünnungsstufe angewendet. In PLA ist der Dixon-Test in seiner ‘two-sided’-Variante realisiert. PLA unterstützt dabei Kontaminationsgrade (α) von 0.3, 0.2, 0.1, 0.05, 0.02, 0.01 und 0.005. Diese Werte können in den AnalyseDefinitionen für jedes Objekt separat eingestellt werden. Je kleiner der vermutete Kontaminationsgrad gewählt wird, desto strenger wird der einzelne Messpunkt gewertet. PLA kann bis zu 25 Messwertwiederholungen im Dixon-Test prüfen. Zur Durchführung des Dixon-Tests werden die Messwerte zunächst nach Ihrer Größe sortiert. Im zweiten Schritt wird der Extremwert, das ist derjenige Wert, der die größte Abweichung vom Mittelwert der noch verbliebenen Messwerte dieser Verdünnungsstufe besitzt, bestimmt. Zu diesem Wert wird der r-Quotient bestimmt und mit den kritischen r-Quotienten aus der angegebenen Literatur verglichen. Ist der bestimmte r-Quotient größer als der kritische r-Wert, wird der Messpunkt als statistischer Ausreißer von der weiteren Berechnung ausgeschlossen. Dieses Verfahren wird mit den verbliebenen Punkten solange wiederholt, bis die Anzahl der verbliebenen Messpunkte zwei ist oder der Extremwert akzeptiert wurde. Der r-Quotient wird wie folgt bestimmt: 1 W.J. Dixon, Processing Data For Outliers, Biometrics, 1953, 9, 74-89 184 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Der Statistikkern von PLA Anzahl der Messpunkte N Extremwert ist der größte Wert 3-7 8-10 11-13 14-25 Extremwert ist der kleinste Wert r= x N − x N −1 x N − x1 r= x N − x N −1 x N − x2 r= x 2 − x1 x N −1 − x1 r= x N − x N −2 x N − x2 r= x 3 − x1 x N −1 − x1 r= x N − x N −2 x N − x3 r= x 3 − x1 x N − 2 − x1 r= x 2 − x1 x N − x1 wobei x die der Größe nach geordneten Messwerte sind; xN ist demnach der größte und x1 der kleinste Messwert. 10.1.3 Lineare Regression Um eine valide Berechnung der realative potency durchführen zu können, müssen mehrere Kriterien erfüllt werden. Diese Kriterien werden als Varianzanalyse über die Objekte (Standards und Proben) und als gemeinsame Varianzanalyse über jede Kombination von Standard und Probe, für die die relative potency bestimmt werden soll, durchgeführt. Die einzelnen Kriterien sind Die Ausgleichgeraden der einzelnen Objekte müssen eine signifikante Steigung besitzen. Die Abweichung von der Linearität dürfen bei keinem Objekt signifikant sein. Die Abweichungen von der Parallelität beim Vergleich eines Standards mit einer Probe dürfen nicht signifikant sein. Die Überprüfung dieser Kriterien erfolgt mit Hilfe einer Reihe von FTests. PLA unterstützt in allen F-Tests die statischen Sicherheiten (1-α) von 90%, 95%, 98%, 99%, 99.5%, 99.8%, 99.9%, 99.95%, 99.98% und © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 185 Der Statistikkern von PLA 99.99% entsprechend den Signifikanzniveaus (α) von 0.1, 0.05, 0.02, 0.01, 0.005, 0.002, 0.001, 0.0005, 0.0002 und 0.0001. Die kritischen FWerte (Quantile) werden innerhalb von PLA berechnet. 1.1.1.110.1.3.1 Signifikanz der Steigung Um die Signifikanz der Steigung zu belegen führt PLA mit einem Objekt eine Varianzanalyse (ANOVA) durch. Dabei werden die Parameter einer linearen Regression über y = a + bx bestimmt, wobei y der (ggf. transformierte) Messwert, x die logarithmische Konzentration, a der Achsenabschnitt der Regressionsgeraden und b die Steigung der Regressionsgeraden ist. PLA arbeitet bei der Berechnung der logarithmischen Konzentration grundsätzlich mit dem Logarithmus zur Basis 2. Um die Signifikanz der Steigung zu belegen, führt PLA einen F-Test durch, in dem der F-Wert des Models ( y = a + bx ) größer dem kritischen F-Wert gefunden werden muss. Ist dieser F-Wert größer, so besitzt die Ausgleichs-Funktion eine signifikante Steigung und erfüllt das Validitätskriterium. 1.1.1.210.1.3.2 Signifikante Abweichungen von der Linearität Um signifikante Abweichungen der Messwerte von einem linearen Zusammenhang auszuschließen, führt PLA bei Objekten mit mehr als zwei Verdünnungsstufen eine Varianzanalyse (ANOVA) über das folgende Modell aus: y = a + bx + cx 2 y entspricht den (ggf. transformierten) Messwerten, x der logarithmischen Konzentration, a, b und c sind die Regressionskoeffizienten. Die Abweichung von der Linearität wird überprüft, indem der F-Wert des quadratischen Regressionskoeffizienten c gegen den kritischen F-Wert geprüft wird. Ist der gefundene F-Wert kleiner dem kritischen F-Wert, so kann angenommen werden, dass die Messwerte keine signifikanten Linearitätsabweichungen besitzen, und sie damit das Validitätskriterium erfüllen. 186 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Der Statistikkern von PLA 1.1.1.310.1.3.3 Signifikante Abweichungen von der Parallelität Der Nachweis der Parallelität wird auf der Basis zweier Varianzanalysen über die Messwerte der beiden beteiligten Objekte geführt. Die erste Analyse wird über das Model y = a n + bx n (mit n = 1 für den Standard und n = 2 für die Probe) geführt und dient damit zur Berechnung einer gemeinsamen Steigung für beide Ausgleichskurven. Die zweite Analyse wird über das Model y = a n + bn x n geführt. Es handelt sich also um eine gemeinsame Abschätzung beider Ausgleichsgeraden in einer Varianzanalyse. Die Abweichung von der Parallelität wird nun über den F-Wert der Differenz der Quadratsummen beider Modelle bestimmt. Ist dieser F-Wert kleiner als der entsprechende kritische F-Wert, so können die gewählten Bereiche als parallel angesehen werden. 10.1.4 Berechnung der relative potency nach Fieller Die Abschätzung der relative potency und ihrer Vertrauensgrenzen erfolgt mit Hilfe von Fiellers Theorem. Dieses Theorem geht in seiner Güte über das in der European Pharmacopoeia geforderte Maß hinaus und ist allgemein anerkannt. Die Berechnung kann auf den Signifikanzniveaus 90.0%, 95.0%, 99.0% und 99.9% durchgeführt werden. Betrachtet man den Ausdruck für den Logarithmus der relative potency so ergibt sich M= YP − YS b wobei YP und YS die Achsenabschnitte der Regressionsgerade von Probe bzw. Standard am Punkt x = 0 und b die gemeinsame Steigung ist, so ergibt sich nach Fieller1 das Vertrauensintervall bei einer definierten Irrtumswahrscheinlichkeit zu 1 gemäß D. J. Finney, Statistical Method in Biological Assay, London, 1978 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 187 Der Statistikkern von PLA M − xS − x P ± M u/ l = xS − x P + g= ( M − xS + x P ) 2 1 1 t ( f , p) s (1 − g )( + ) + b nS n P ∑ S xx 1− g t (2f , p ) s 2 b 2 ∑ S xx wobei gilt: xS Mittlere log2 Dosis des Standards xP Mittlere log2 Dosis der Probe 2 s Mittlere Fehlerquadrate (MSE) Sxx Summe der Abweichungsquadrate t(f,p) Wert der Student-t-Verteilung für f Freiheitsgrade und ein Konfidenzniveau p ns Anzahl der Messpunkte des Standards np Anzahl der Messpunkte der Probe Die Werte der Student-t-Verteilung werden innerhalb PLA's berechnet. 188 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Der Statistikkern von PLA 10.2 Automatische Detektion Eine entscheidende Innovation in PLA ist die Möglichkeit zur automatischen Detektion linearer und paralleler Bereiche in den Assays. Diese Funktionen geben Ihnen die Möglichkeit, die validen Bereiche innerhalb Ihrer Messwerte schnell und effizient zu finden. Dabei ist der Hintergrund, dass Messungen biologischer Systeme oft zu Messkurven mit Sättigungsbereichen in Gegenden hoher oder niedriger Konzentration führen. Diese Bereiche können für eine Parallel-Line Auswertung nicht herangezogen werden. Um die Auswertung solcher Messkurven zu vereinfachen wurden die Methoden zur automatischen Detektion entwickelt. Dieses Kapitel soll nicht dazu dienen, den aufwendigen Algorithmus, der diese Detektionen ermöglicht, näher zu erläutern, sondern soll das Verständnis dieser Methoden vertiefen, um Ihnen bei der effizienten Anwendung zu helfen. PLA unterscheidet insgesamt vier Methoden zur Festlegung des linearen und parallelen Bereichs. Davon ist eine Methode (fixed range) manueller und die drei restlichen Methoden automatischer Natur. Diese Methoden können frei kombiniert werden. Es ist also möglich, beispielsweise den linearen Bereich des Standards mit Hilfe der manuellen Methode festzulegen, und die Bereiche der Proben mit Hilfe der automatischen Methoden gegen diesen fixierten Bereich des Standards zu optimieren. Die automatischen Methoden lassen sich für Standards und Proben jeweils in zwei Gruppen zusammenfassen. Dabei müssen Sie berücksichtigen, dass die Auswertung mit PLA auf der Ebene des Assays durchgeführt wird. D.h. das Programm fokussiert immer den Standard und alle Proben des Assays zugleich. Daraus ergibt sich das Problem, dass die automatische Optimierung des linearen Bereich des Standards auf alle Proben oder auf jede individuelle Probe geschehen kann. Für Standards ist es also möglich, den Bereich so zu optimieren, dass er für alle Proben gleichermaßen verwendet wird (automatic detection. Common range for standards) oder individuell auf jede Probe des Assays bestimmt wird (Automatic detection. Individual Range). © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 189 Der Statistikkern von PLA Analog können für die Proben ebenfalls zwei Möglichkeiten herausgestellt werden. Die Probe kann frei optimiert werden (Automatic detection. Individual Range) oder identisch zu den Werten des Standards gesetzt werden (Automatic detection. Identical Range). Es ergibt sich so eine Matrix, mit deren Hilfe Sie die Möglichkeiten der Suche abschätzen können: Preparation individual Preparation identical Preparation fixed Standard fixed Standard common Standard individual Keine Optimierung Der Standard wird Der Standard wird so optimiert, dass für jede Probe er für alle Proben optimal bestimmt denselben Bereich einnimmt Die Proben werden auf denselben Bereich des Standards eingestellt Der Standard wird so optimiert, dass er für alle Proben identisch ist. Die Proben werden so gesetzt, dass sie diesem Bereich entsprechen Es wird für jede Probe/Standard Kombination der ideale Bereich gefunden, für den die Bereiche identisch sind Jede Probe wird individuell auf den eingestellten Bereich des Standards optimiert Die Proben werden ideal gegen den idealen gemeinsamen Bereich Standards optimiert Proben und Standards werden ohne jede Restriktion frei optimiert. Durch diese Matrix haben Sie die Möglichkeit neun verschiedene Optimierungsstufen zu wählen, die unterschiedlich starke Freiheiten in der Wahl der Bereiche haben. Ist Ihnen beispielsweise der valide Bereich des Standards bekannt, sollten Sie diesen in den Definitionen des Standards fest einstellen. Je nachdem, ob sie eine freie Wahl der Bereiche der Proben zulassen wollen oder nicht, könnten Sie die Proben auf Automatic Detection. Invidual Range oder Automatic Detection. Identical Range einstellen. 190 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Der Statistikkern von PLA Sie haben neben der Methodenwahl auch die Möglichkeit die Bewertungsergebnisse zu beeinflussen bzw. die Bewertungskriterien festzulegen. Über die Allocation Strategy können Sie PLA vorgeben, den Bereich der besten Übereinstimmung (meist ein kleiner Bereich) (Best Range), der Übereinstimmung innerhalb einer möglichst großen Region (Maximum Range) oder einen Bereich mit einer festen Anzahl von Punkten zu suchen. Neben diesem Kriterium können Sie die minimale Zahl der zu berücksichtigenden Verdünnungsstufen vorgeben (Minimum # of points). Weiterhin können Sie über die Allocation Region den Suchbereich eingrenzen und PLA über die Inclusion of 50%-Response anweisen, die 50%-Response in den selektierten Bereich aufzunehmen. Letzteres kann zwingend (mandatory) oder nur bevorzugt (if possible), d.h. falls der gewählte Bereich dann noch ein valides Assay liefert, erfolgen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 191 Der Statistikkern von PLA 192 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 11 Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 193 Anhänge 11.1 Kontrolle A - Linder Das Standardwerk über Statische Methoden in den Naturwissenschaften von A. Linder1 enthält eine komplette Auswertung eines Parallel-Line Assays. Zur Kontrolle von PLA wurde dieses Assay mittels PLA ausgewertet. Die Ergebnisse von Linder und von PLA sind in der folgenden Tabelle 11-1 verglichen. Die Werte von PLA wurden für die Aufstellung gerundet. Sie finden geringfügige Abweichungen für den F-Wert der Steigung von Probe 2 und für das obere Limit des Vertrauensintervalls der relative potency von PLA. Beide beruhen auf Rundungsfehlern bei Linder. Während Linder sämtliche Quadratsummen und Mittlere Quadratsummen auf ganze Zahlen rundet, arbeitet PLA an dieser Stelle mit einer Genauigkeit von 18 Stellen (Double-Zahlenformat mit IEEE 8 Byte Speicherung). Die Möglichkeit der Abweichung von Computer-Ergebnissen beschreibt Linder selbst. Aus der Tabelle kann entnommen werden, dass PLA die Literaturwerte reproduziert. Anmerkungen zur Tabelle: Linders Probe 2 wird in PLA als Standard, Linders Probe 1 als Probe verwendet. SS steht für Sum of Squares (Quadratsummen), MS für Mean Squares (Mittlere Quadratsummen). Aufgetragen sind jeweils die Quadratsummen und mittleren Quadratsummen, die für die Hypothesen verwendet werden. Dabei beschreiben SS Error und MS Error den verbliebenen Fehler, SS Quadratic und MS Quadratic die Quadratischen Anteile der Regression, SS Model und MS Model, die Quadratsummen der Regression und SS Difference und MS Difference, die Quadratsummen der Differenz der Modelle bei der Parallelitätsbewertung. 1 A. Linder, Statistische Methoden, Basel und Stuttgart, 1964, 4. Auflage, S. 162-169 194 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge Bereich Größe Lindner PLA Standard (Probe 2) SS Quadratic 35.363 35.363 Linearität MS Quadratic 35.363 35.363 SS Error 113.848 113.848 MS Error 9.487 9.487 F-Wert 3,73 3,73 SS Model 475.240 475.240 Steigung MS Model 475.240 475.240 SS Error 149.211 149.211 MS Error 11.478 11.478 F Wert 41,40 41,41 Probe (Probe 1) SS Quadratic 832 832 Linearität MS Quadratic 832 832 SS Error 116.620 116.620 MS Error 9.718 9.718 F-Wert 0,09 0,09 SS Model 670.810 670.810 Steigung MS Model 670.810 670.810 SS Error 117.453 117.453 MS Error 9.035 9.035 F Wert 74,25 74,25 Parallelität von Probe 1 und Probe 2 SS Difference 8.405 8.405 MS Difference 8.405 8.405 SS Error 266.664 266.664 MS Error 10.256 10.256 F-Wert 0,82 0,82 Relative Potency von Probe 1 im Vergleich zu Probe 2 RP 2,04 2,04 RP upper limit 1,63 1,63 RP lower limit 2,56 2,57 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 195 Anhänge 1.1.111.1.1 Ausgabe von PLA (PLA Short Report) Die folgende Ausgabe wird von PLA als sogenannter PLA Short Report erzeugt. Er enthält auf der ersten Seite die verwendeten Werte. 196 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 197 Anhänge 198 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 199 Anhänge 200 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge 1.1.211.1.2 Ausgabe von PLA (PLA Complete Statistics Report) Der PLA Complete Statistics Report enthält die kompletten Varianzanalysen. Er wird zum Vergleich mit den Werten Linders herangezogen. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 201 Anhänge 202 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 203 Anhänge 204 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 205 Anhänge 206 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 207 Anhänge 208 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge 1.211.2 Kontrolle B - European Pharmacopoeia In einer zweiten Kontrolle werden die Beispiele aus der European Pharmacopoeia 1997 Abschnitt 5.3 Statistical Analysis, Beispiel 3.2.8.1 mit PLA ausgewertet. Da die EP keine Verdünnungsserie vorsieht, sondern in dem Beispiel nur die Messungen 1:1 (1.0 unit per 100g of body mass) und 1:4 (0.25 units per 100g of body mass) wird der Test für den Standard S und die Probe U mit drei Verdünnungsschritten definiert. Alle Werte des Verdünnungsschritts zwei werden jedoch von der Auswertung ausgeschlossen. Ein Test auf Linearität ist nicht möglich, da das Beispiel nur über zwei Konzentrationsschritte verfügt. Steigung und Parallelität werden in der EP auf Basis einer etwas anderen Form der Varianzanalyse getestet, daher ist ein direkter Vergleich der Zahlenwerte nur teilweise sinnvoll. Zu beachten ist weiter, dass PLA mit Fieller’s Theorem zur Abschätzung der Vertrauensgrenzen arbeitet. Die Zahlenwerte für die Vertrauensgrenzen in PLA weichen daher leicht von denen in der EP ab. Aus der Tabelle kann entnommen werden, dass PLA die Literaturwerte reproduziert. Anmerkungen zur Tabelle: SS steht für Sum of Squares (Quadratsummen), MS für Mean Squares (Mittlere Quadratsummen). Aufgetragen sind jeweils die Quadratsummen und mittleren Quadratsummen, die für die Hypothesen verwendet werden. Dabei beschreiben SS Error und MS Error den verbliebene Fehler, und SS Difference und MS Difference, die Quadratsummen der Differenz der Modelle bei der Parallelitätsbewertung. © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 209 Anhänge Bereich Größe EP 1997 PLA Parallelität von Probe U und Standard S SS Difference MS Difference SS Error MS Error F-Wert 34,2 34,2 34,2 34,2 26587,3 26587,3 738,5 738,5 0,05 0,05 Relative Potency von Probe U im Vergleich zu Standard S RP 1,11 1,11 RP upper limit 0,82 0,83 RP lower limit 1,51 1,50 1.1.111.2.1 Ausgabe von PLA (PLA Short Report) Die folgende Ausgabe wird von PLA als sogenannter PLA Short Report erzeugt. Er enthält auf der ersten Seite die verwendeten Werte: 210 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 211 Anhänge 212 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 213 Anhänge 214 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 215 Anhänge 216 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 217 Anhänge 1.1.211.2.2 Ausgabe von PLA (PLA Complete Statistics Report) Der PLA Complete Statistics Report enthält die kompletten Varianzanalysen. Er wird zum Vergleich mit den Werten der EP herangezogen. 218 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 219 Anhänge 220 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 221 Anhänge 222 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 223 Anhänge 224 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 225 Anhänge 226 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 227 Anhänge 228 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 229 Anhänge 230 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de Anhänge © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de 231 Anhänge 232 © 2000 Stegmann Systemberatung – www.rs-system.de