2. Literatursuche und kritisches Lesen von Publikationen

2. Literatursuche und kritisches Lesen von Publikationen

Thema
2. Literatursuche und kritisches
Lesen von Publikationen
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76 Angebote zu Lexika und Datenbaken sind zu finden (Stand 08/04)
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Pubmed ein Weg zur Literatur (seit 1996)
MEDLINE is the NLM's (National Libary of Medicine) premier bibliographic database
covering the fields of medicine, nursing, dentistry, veterinary medicine, the health
care system, and the preclinical sciences.
Literaturflut:
26.10.05: 15.851.529 (Dif:363.823)
es gibt ca. 20.000 med. Zeitschriften mit 2 Mio Artikel pro Jahr
nur 4300 Zeitschriften sind in Medline erfasst, mit insgesamt 15.487.706
Mio Literaturstellen bis in die 1960er zurück (Stand Mai 19.4.05)
Neuzugang 2003:579.183 2004: 612.665 (Abfrage: 2004[dp])
z.B.:
im Jahr 2000 ca. 490.000 neue Artikel, 20.140 klinische Studien
2003 ca. 573.208
21.708
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wichtige Attribute einer Literaturstelle (spez. PubMed)
nach denen man in Literatursystemen suchen kann
Titel
Autor
Zeitschrift (beachte verbindliche Abkürzungen für Zeitschriften)
Erscheinungsdatum, Volume, Seite
Schlagwörter (MeSH: medical subject headings, ein gepflegter
Thesaurus)
Publikationstyp wie klin. Studie, Review artice, Editorial
Abstract
und andere mehr
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Literatursuche in PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi)
Eine Literaturstelle wird durch verschiedene Felder beschrieben, die in Suchanfragen
spezifisch angesprochen werden können. Zusätzlich können Limits für alle
Suchanfragen definiert werden. Beispiele sind:
Search Field Descriptions and Tags - eine Auswahl
All Fields [ALL] Includes all searchable PubMed fields.
Author Name [AU] Various limits on the number of author names included in the
MEDLINE citation have existed over the years. MEDLINE does not list the full name. The
format to search for an author name is: last name followed by a space and up to the first two
initials(o'brien j [au] will retrieve o'brien ja, o'brien jb, o'brien jc jr, as well as o'brien j.)
Journal Title [TA] The journal title abbreviation, full journal name, or ISSN number (e.g., J
Biol Chem, Journal of Biological Chemistry, 0021-9258). s. Journal Browser
MeSH Terms [MH] NLM's Medical Subject Headings controlled vocabulary of biomedical
terms siehe MESH - Browser
Publication Date [DP] The date that the article was published. Dates or date ranges must be
searched using the format YYYY/MM/DD [dp], e.g. 1998/03/06 [dp] . The month and day
are optional (e.g., 1998 [dp] or 1998/03 [dp]). To enter a date range, insert a colon (:)
between each date (e.g., 1996:1998 [dp] or 1998/01:1998/04 [dp]).
Publication Type [PT] Describes the type of material the article represents (e.g., Review,
Clinical Trial, Retracted Publication, Letter
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Text Words [TW] Includes all words and numbers in the title and abstract, and MeSH
terms, subheadings, chemical substance names, personal name as subject, and MEDLINE
Secondary Source (SI) field. The Personal Name of Subject field can also be searched
directly using the search field tag [ps], e.g., nightingale f [ps].
Title Words [TI] Words and numbers included in the title of a citation.
Title/Abstract Words [TIAB] Words and numbers included in the title and abstract of a
citation.
Volume [vi] und Seite [pg] in der Regel präziser als der Name eines Autors
Truncation (finding all terms that begin with a given text string) Place an asterisk at the end
of a term to search for all terms that begin with that word; for instance bacter* will find all
terms that begin with the letters bacter, e.g., bacteria, bacterium, bacteriophage, etc.
Beispiele:
2001:2003[dp]
JAMA[ta] AND 271[vi] AND 1593[pg]
breast AND cancer AND (micromet* OR (disseminat* AND cancer AND cell)))
Fisher B[au]
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Search Rules and Syntax
1.Boolean operators, AND, OR, NOT must be entered in upper case, e.g., vitamin c OR zinc.
2.PubMed processes all Boolean connectors in a left-to-right sequence. You can change the
order that PubMed processes a search statement by enclosing individual concepts in
parentheses. The terms inside the set of parentheses will be processed as a unit and then
incorporated into the overall strategy, e.g., common cold AND (vitamin c OR zinc).
3.If PubMed finds a phrase within a search strategy string that uses unqualified terms it will automatically search the
terms as a phrase rather than simply combining the individual words. For example, if you enter air bladder fistula in
the PubMed query box, PubMed will search "air bladder" as a phrase. If you do not want this automatic phrase parsing
enter each term separated by the Boolean operator AND,
e.g., air AND bladder AND fistula. Click Details to see how PubMed translated your search strategy.
4.Follow PubMed's search and syntax rules to enter search terms, specify the search field to be searched, and the
Boolean operators in your search statement:
search term [tag] BOOLEAN OPERATOR search term [tag]
Examples of Boolean Search Statements:
Find citations on DNA that were authored by Dr. Crick in 1993.
dna [mh] AND crick [au] AND 1993 [dp]
Find articles that deal with the effects of heat or humidity on multiple sclerosis, where these words appear in all
fields in the citation.
(heat OR humidity) AND multiple sclerosis
Find English language review articles that discuss the treatment of asthma in preschool children.
asthma/therapy [mh] AND review [pt] AND child, preschool [mh] AND
english [la]
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Beispiele für Abfragevarianten in PubMed - üben, üben.....
#9 search #7 and #8
#8 search outcom*[tiab] OR survival*[tiab]
#7 search #1 AND #5 AND #6
#6 search advanced[ti] OR progres*[ti] OR metast*[ti]
#5 search review[pT]
#4 search n engl j med[ta] AND 2000[dp]ANDjournal article[pt]
#3 search n engl j med[ta] AND 2000[dp]
#2 search 1950:2003[dp]
#1 search „breast neoplasm“[mh]
n=234
n=420.620
n=976
n=118.339
n=873.004
n=534
n=1.310
n=11.975.679
n=111.809
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Steinbrook R: searching for the right search – reaching the medical literature. N Engl J Med 2006; 354:4
L4482 13
Steinbrook R: searching for the right search – reaching the medical literature. N Engl J Med 2006; 354:4
L4482
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Maßzahlen für die Literatursuche
Anzahl der Literaturstellen für die
Recherche
relevant
nicht relevant
Summe
Anzahl der
Literaturstellen
gefunden
a
b
a+b
bei der Recherche
nicht
gefunden
c
d
c+d
a+c
b+d
a+b+c+d
Summe
Präzision =
(precision)
a
-----a+b
Vollzähligkeit =
(recall)
a
-----a+c
=
Anzahl der gefundenen und relevanten Literaturstellen
------------------------------------------------------------------------Anzahl der gefundenen Literaturstellen
=
Anzahl der gefundenen und relevanten Literaturstellen
------------------------------------------------------------------------Anzahl der relevanten Dokumente
Abfragebedingungen sind zu testen, inwieweit die relevante Literatur auch gefunden wird
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(ausgewählte Lit.Stellen identifizieren). Die Abfrage z.B. in der Dissertation angeben!
zur Literaturbesprechung I
Aufbau einer wissenschaftlichen Arbeit
(Originalarbeit)
Hinweis auf Express Publikation (nicht obligat, auch im Inhaltsverzeichnis)
Art des Beitrags (Originalarbeit, Review Letter, Editorial,
jeweils andere Struktur)
Quelle (standardisierte Abkürzung für jede Zeitschrift einschließlich Erscheinungstag)
Titel (prägnant und relevant für Literatursuche,…)
Autoren (bei größeren Studien eine Arbeitsgruppe, mit Hinweisen auf writing Komitee,
Studienleitung)
Arbeitgeber der Autoren und Adresse, heute e-mail (Klinik,
Pharmafirma,…)
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zur Literaturbesprechung II
Aufbau einer wissenschaftlichen Arbeit
(Originalarbeit)
Abstract (Gliederung abhängig von Zeitschrift, siehe BMJ, JAMA, Lancet, N Engl J
Med, Hintergrund, Methodik, Ergebnisse, Schlußfolgerung)
Einleitung (fast alle Literatur zitieren, um die Studie zu begründen, am Ende ist die
präzise Fragestellung zu finden)
Patienten und Methodik (mit mehreren Unterpunkten, Patienten, Behandlung,
Studienabbruch, Fallzahlschätzung, statistische Analyse)
Ergebnisse (mehrere Unterpunkte, Basisdaten, Outcome, Sicherheit – Nebenwirkungen)
Tabellen und Abbildungen (z.T. mit ausführlichen Legenden, es gibt Standards
für klinische Studien: Consort Statement)
Diskussion (Vergleiche zu anderen Studien, was ist neu?, Begründung der
Schlußfolgerung)
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zur Literaturbesprechung III
Aufbau einer wissenschaftlichen Arbeit
(Originalarbeit)
Ehrenerklärung (Arbeit kann Milliarden Umsatz bedeuten, gedruckte nicht gedruckte
Erklärung bei Einreichung der Papers)
Danksagung (viele tragen bei, nur wenige können mit veröffentlichen)
Literaturverzeichnis (unterschiedliche Formen z.B.Sciene, Reihefolge entsprechend
Zitate anders als in Dissertation (alphabetisch)!) )
z.T. Hinweis auf elektronische Publikation (zusätzliche Daten, über e-mail
vom Autor anfordern? versuchen)
(Lesen Sie 5- 10 gute Arbeiten, bevor Sie eine Dissertation
annehmen, und dann skizzieren Sie den ersten Entwurf vor der
Datenerhebung oder vor dem 1. Experiment)
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Beispiele zu unterschiedlich aufgebauten Abstracts
aktueller Publikationen
und 1 Tabelle einer randomisierten Studie
und eine Kaplan-Meier-Kurve (gut mit Patient at risk)
Beispiele für die Gliederung der Zusammenfassung einer Dissertation
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Herbst AL et al: Adenocarcinoma of the
vagina - association of maternal stilbestrol
therapy with tumor appearance in young
women. N Engl J Med 1971;284:878
Fall-Kontroll-Studie
Ursache
Wirkung
Schlussrichtung
!
Im Tumorregister München sind Patientinnen mit Vaginalkarzinom im Mittel 64 Jahre alt!
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CHILDHOOD LEUKEMIA AND ROAD TRAFFIC: A POPULATION-BASED
CASE-CONTROL STUDY
Paolo CROSIGNANI, et al.
Int. J. Cancer: 108, 596–599 (2004).
To assess the effect of road traffic exhaust on the risk of childhood leukemia, we carried
out a population-based casecontrol study in the Province of Varese, northern Italy,
covered by a population-based cancer registry. All 120 incident cases from 1978–97
were included in the study. Four controls per case, matched by age and gender, were
sampled from population files. As index of exposure to traffic exhaust we estimated the
annual mean concentration of benzene outside the home using a Gaussian diffusion
model. This model uses traffic density (vehicles/day) on nearby main roads, distance
between roads and residence, and information on vehicle emissions and weather
conditions to estimate benzene concentration. Compared to children whose homes was
not exposed to road traffic emissions (<0.1 ug/m3 of benzene as
estimated by the model), the risk of childhood leukemia was significantly higher (relative
risk [RR] 3.91; 95% confidence interval [CI] 1.36–11.27) for heavily exposed children
(over 10 g/m3 estimated annual average). For the intermediate exposure group (0.1–10
g/m3) the relative risk was 1.51 (95% CI 0.91–2.51). These data, considered with other
available evidence, suggest that motor traffic emissions can be involved in the etiology
of childhood leukemia.
© 2003 Wiley-Liss, Inc.
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eine prospektive Studie, die in den 70er Jahren zu Ereignissen im 1.
Weltkrieg durchgeführt wurde
J Natl Cancer Inst 1975 Feb;54(2):311-7
Kohorten-Studie
Ursache
Wirkung
Schlussrichtung
Norman JE Jr.: Lung cancer mortality in World War I veterans with
mustard-gas injury:1919-1965.
A study of the mortality experience of three samples of World War I veterans totaling
7,151 U.S. white males was extended from 1956 through 1965 to learn whether a single
exposure to mustard gas with respiratory injury was associated with increased risk of lung
cancer in later life. Rosters of men born between 1889 and 1893 [2,718 exposed to
mustard gas, 1,855 hospitalized with pneumonia in 1918, and 2,578 with wounds of the
extremities (controls)] were traced via the Veterans Administration's death records. The
4,136 deaths reported were 95% of that expected. The conclusions of the original study
were not altered by the additional 10 years of follow-up. Observed deaths from lung
cancer numbered 69, or 2.5% for the mustard-gas group as compared to 33, or 1.8%, for
the pneumonia group and 50, or 1.9%, for the controls. The risk of death from lung cancer
among men gassed relative to that for the controls was estimated as 1.3, with 95%
confidence limits of 0.9-1.9. These figures failed to make a strong case for a carcinogenic
effect, apparently because a suffcient dose of mustard gas was not received,
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Coffee Consumption and Risk of Type 2
Diabetes Mellitus Among Middle-aged Finnish Men and Women
Jaakko Tuomilehto, MD, PhD Gang Hu, MD, PhD Siamak Bidel, MD
Jaana Lindstro¨m, MSc Pekka Jousilahti, MD, PhD
Gliederung auch für
Dissertation übernehmen
Context Only a few studies of coffee consumption and diabetes mellitus (DM) have been reported, even though coffee is the
most consumed beverage in the world.
Objective To determine the relationship between coffee consumption and the incidence of type 2 DM among Finnish
individuals, who have the highest coffee consumption in the world.
Design, Setting, and Participants A prospective study from combined surveys conducted in 1982, 1987, and 1992 of 6974
Finnish men and 7655 women aged 35 to 64 years without history of stroke, coronary heart disease, or DM at baseline, with
175682 person-years of follow-up. Coffee consumption and other study parameters were determined at baseline using
standardized measurements.
Main Outcome Measures Hazard ratios (HRs) for the incidence of type 2 DM were estimated for different levels of daily
coffee consumption.
Results During a mean follow-up of 12 years, there were 381 incident cases of type 2 DM. After adjustment for confounding
factors (age, study year, body mass index, systolic blood pressure, education, occupational, commuting and leisure-time
physical activity, alcohol and tea consumption, and smoking), the HRs of DM associated with the amount of coffee consumed
daily (0-2, 3-4, 5-6, 7-9, 10 cups) were 1.00, 0.71 (95% confidence interval [CI], 0.48-1.05), 0.39 (95% CI, 0.25-0.60), 0.39
(95% CI, 0.20-0.74), and 0.21 (95% CI, 0.06-0.69) (P for trend.001) in women, and 1.00, 0.73 (95% CI, 0.47-1.13), 0.70 (95%
CI, 0.45-1.05), 0.67 (95% CI, 0.40-1.12), and 0.45 (95% CI, 0.25-0.81) (P for trend=.12) in men, respectively. In both sexes
combined, the multivariate-adjusted inverse association was significant (P for trend.001) and persisted when stratified by
younger and older than 50 years; smokers and never smokers; healthy weight, overweight, and obese participants; alcohol
drinker and nondrinker; and participants drinking filtered and nonfiltered coffee. (alle Gruppen sign. unterschiedlich)
Conclusion Coffee drinking has a graded inverse association with the risk of type 2 DM; however, the reasons for this risk
reduction associated with coffee remain unclear.
JAMA. 2004;291:1213-1219 www.jama.com
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Intensive versus Moderate Lipid Lowering with Statins
after Acute Coronary Syndromes
Christopher P. Cannon, M.D. et al.
randomisierte Studie
Background
N Engl J Med 2004;350:1495-504
Lipid-lowering therapy with statins reduces the risk of cardiovascular events, but the
optimal level of low-density lipoprotein (LDL) cholesterol is unclear.
Methods
We enrolled 4162 patients who had been hospitalized for an acute coronary syndrome within the
preceding 10 days and compared 40 mg of pravastatin daily (standard therapy) with 80 mg of
atorvastatin daily (intensive therapy). The primary end point was a composite of death from any
cause, myocardial infarction, documented unstable angina requiring rehospitalization,
revascularization (performed at least 30 days after randomization), and stroke. The study was
designed to establish the noninferiority of pravastatin as compared with atorvastatin with respect
to the time to an end-point event. Follow-up lasted 18 to 36 months (mean, 24).
Results
The median LDL cholesterol level achieved during treatment was 95 mg per deciliter (2.46 mmol
per liter) in the standard-dose pravastatin group and 62 mg per deciliter (1.60 mmol per liter) in the
high-dose atorvastatin group (P<0.001). Kaplan–Meier estimates of the rates of the primary end
point at two years were 26.3 percent in the pravastatin group and 22.4 percent in the atorvastatin
group, reflecting a 16 percent reduction in the hazard ratio in favor of atorvastatin (P=0.005; 95
percent confidence interval, 5 to 26 percent). The study did not meet the prespecified criterion for
equivalence but did identify the superiority of the more intensive regimen.
Conclusions
Among patients who have recently had an acute coronary syndrome, an intensive lipidlowering
statin regimen provides greater protection against death or major cardiovascular events than does
a standard regimen. These findings indicate that such patients benefit from early and continued
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lowering of LDL cholesterol to levels substantially below current target levels.
Strukturgleichheit wird durch Randomisierung erreicht
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Einfache Fragen beim Lesen von Publikationen:
Einleitende Fragen:
Warum lese ich die Publikation? (aktuelle wichtige Studie)
Welches Informationsbedürfnis habe ich?
Gibt es für mich relevantere Publikationen (eine Review Artikel,
siehe PubMed)?
Lese ich eine anerkannte Zeitschrift? (etwas mehr vertrauen, aber
schützt vor Fehler nicht!)
Warum wurde sie publiziert? (Introduction)
Wie wurde sie durchgeführt? (Methods)
Welche Ergebnisse hat sie (Results)
Was sind die Folgerungen? (Diskussion)
Was ist sonst dazu von Interesse? (Literatur, Leserbriefe, Editorial)
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Einfache Fragen beim Lesen von Publikationen:
Bestimmung des Studientyps (Art des Studiendesign)
Survey (Stichworte: Querschnittsstudie, Selektion,
Vergleichsgruppen)
Kohortenstudie (Stichworte: Definition der Kohorte, prospektiv,
follow-up)
Kontrollierte klinische Prüfung (Stichworte: Randomisierung,
Therapie, endpoints, „per protocol“ oder „intention to treat Analyse“)
Fall-Kontroll-Studie (Stichworte: Definition der Fälle und
Kontrollen, retrospektiv, Bias)
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Einfache Standardfragen bei allen Studientypen
Ist die Fragestellung gut begründet?
Sind die Ziele der Studie klar formuliert?
Ist die Fallzahl sinnvoll und gerechtfertigt?
Sind die wesentlichen Merkmale valide und reliabel bestimmt worden?
Wurden die statistischen Methoden hinreichend beschrieben?
Traten unerwartete Entwicklungen oder Ereignisse während der Studie auf?
Sind die Basisdaten adäquat beschrieben? (sind z.B. Studien- und
Kontrollgruppe vergleichbar?)
Stimmen die Zahlen in der Publikation überein? Widersprüche?
Was bedeuten die wichtigsten Ergebnisse?
Wie sind Null-Ergebnisse (negative Ergebnisse) zu interpretieren? Wurden
wichtige Effekte übersehen?
Wie verhalten sich die Ergebnisse zum bisherigen Stand des Wissens?
Welche Bedeutung hat die Studie für Ihre praktische Tätigkeit?
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für die 3. Literaturbesprechung kommende Woche:
sorgfältig lesen!!!!
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