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UMR 944 / 7212 – Génétique des virus et pathogenèse des
UMR 944 / 7212 – Génétique des virus et pathogenèse des maladies virales Equipe 5 - Génôme et cancer Chef d'Equipe : Pr Jean SOULIER Email: [email protected] Assistante : Christine Glosek Tél. : 33 (0)1 42 49 99 49 Email: [email protected] THEMES DE RECHERCHE La thématique générale du laboratoire est « Evolution clonale, progression tumorale et rechute dans les leucémies aiguës ». Deux situations cliniques sont particulièrement étudiées dans l’équipe de recherche : Oncogenèse des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) Les leucémies aiguës lymphoblastiques, particulièrement les LAL-T, résultent de processus multi-étapes complexes aboutissant à la transformation de progéniteurs lymphoïdes et ultérieurement à la rechute. A l’aide de criblages moléculaires pangénomes et d’expression de cohortes de leucémies humaines, de nouveaux soustypes oncogéniques ont été identifiés. La comparaison des profils d’expression des cellules leucémiques et de sous-populations thymiques normales montre l’activation oncogénique de voies biologiques, thymiques ou ectopiques des LAL-T. Des modèles in vitro et in vivo, murins et humains, sont développés dans le laboratoire pour modéliser l’oncogenèse T multi-étape, notamment l’architecture clonale et les rechutes après traitement. Oncogenèse dans la maladie de Fanconi, un syndrome d’instabilité génétique La maladie de Fanconi est une prédisposition génétique aux insuffisances médullaires, syndromes myélodysplasiques et leucémies aiguës liée à l’inactivation constitutionnelle de la voie FA/BRCA. L’hôpital Saint-Louis est le centre français de référence pour le diagnostic et la prise en charge de cette pathologie. Les échantillons biologiques des patients sont collectés dans notre laboratoire et des analyses génétiques et fonctionnelles longitudinales sont effectuées afin d’appréhender les mécanismes à l’origine de l’évolution clonale hématopoïétique et de la transformation en MDS/AML dans un contexte d’instabilité génétique. Des modèles murins (génétiquement modifiés et xénogreffes) de la maladie sont développés. L'EQUIPE Jean Soulier, Dominique Bluteau, Emmanuelle Clappier, Raphael Itzykson, Stéphanie Gachet Laetitia Laurent Olivier Bluteau, Carèle Fedronie Samuel Quentin, Nadia Vasquez, Lucie Hernandez Danielle Vecchione Marie Sebert, Justine Penneroux, Carine Torset MD PhD, Team Leader PhD, EPHE researcher PharmD, PhD MD PhD, PI PhD, Post-Doc PhD, Post-Doc PhD, Post-Doc Ingenior in mouse model Ingenior in bioinformatics PhD, scientific officer Fanconi anemia diagnosis lab Technician Genomics UP7 Technician Cytogenetics UP7 MD, PhD Student M2 Student M1 Student SELECTION DE PUBLICATIONS Peffault de Latour R, Soulier J. How we diagnose and treat MDS and AML in Fanconi anemia. Blood. 2016 Mar 28. Zhang H, Kozono DE, O'Connor KW, Vidal-Cardenas S, Rousseau A, Hamilton A, Moreau L, Gaudiano EF, Greenberger J, Bagby G, Soulier J, Grompe M, Parmar K, D'Andrea AD. TGF-β Inhibition Rescues Hematopoietic Stem Cell Defects and Bone Marrow Failure in Fanconi Anemia. Cell Stem Cell. 2016 Mar 22. Vicente C, Schwab C, Broux M, Geerdens E, Degryse S, Demeyer S, Lahortiga I, Elliott A, Chilton L, La Starza R, Mecucci C, Vandenberghe P, Goulden N, Vora A, Moorman AV, Soulier J, Harrison CJ, Clappier E, Cools J. Targeted sequencing identifies associations between IL7R-JAK mutations and epigenetic modulators in T-cell acute lymphoblastic leukemia. Haematologica. 2015 Oct;100(10):1301-10. Goossens S, Radaelli E, Blanchet O, Durinck K, Van der Meulen J, Peirs S, Taghon T, Tremblay CS, Costa M, Farhang Ghahremani M, De Medts J, Bartunkova S, Haigh K, Schwab C, Farla N, Pieters T, Matthijssens F, Van Roy N, Best JA, Deswarte K, Bogaert P, Carmichael C, Rickard A, Suryani S, Bracken LS, Alserihi R, Canté-Barrett K, Haenebalcke L, Clappier E, Rondou P, Slowicka K, Huylebroeck D, Goldrath AW, Janzen V, McCormack MP, Lock RB, Curtis DJ, Harrison C, Berx G, Speleman F, Meijerink JP, Soulier J, Van Vlierberghe P, Haigh JJ. ZEB2 drives immature T-cell lymphoblastic leukaemia development via enhanced tumourinitiating potential and IL-7 receptor signalling.Nat Commun. 2015 Jan 7;6:5794. Peirs S, Matthijssens F, Goossens S, Van de Walle I, Ruggero K, de Bock CE, Degryse S, Canté-Barrett K, Briot D, Clappier E, Lammens T, De Moerloose B, Benoit Y, Poppe B, Meijerink JP, Cools J, Soulier J, Rabbitts TH, Taghon T, Speleman F, Van Vlierberghe P. ABT-199 mediated inhibition of BCL-2 as a novel therapeutic strategy in T-cell acute lymphoblastic leukemia. Blood. 2014 Dec 11;124(25):3738-47. Soulier J. When old hematopoietic stem cells get damAged. Cell Stem Cell. 2014 Oct 2;15(4):399-400. Herranz D, Ambesi-Impiombato A, Palomero T, Schnell SA, Belver L, Wendorff AA, Xu L, Castillo-Martin M, Llobet-Navás D, Cordon-Cardo C, Clappier E, Soulier J, Ferrando AA. A NOTCH1-driven MYC enhancer promotes T cell development, transformation and acute lymphoblastic leukemia. Nat Med.2014 Oct;20(10):1130-7. Clappier E, Auclerc MF, Rapion J, Bakkus M, Caye A, Khemiri A, Giroux C, Hernandez L, Kabongo E, Savola S, Leblanc T, Yakouben K, Plat G, Costa V, Ferster A, Girard S, Fenneteau O, Cayuela JM, Sigaux F, Dastugue N, Suciu S, Benoit Y, Bertrand Y, Soulier J*, Cavé H*. An intragenic ERG deletion is a marker of an oncogenic subtype of B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia with a favorable outcome despite frequent IKZF1 deletions. Leukemia. 2014; 28(1):70-7. Epub 2013 Sep 25. De Keersmaecker K, Atak ZK, Li N, Vicente C, Patchett S, Girardi T, Gianfelici V, Geerdens E, Clappier E, Porcu M, Lahortiga I, Lucà R, Yan J, Hulselmans G, Vranckx H, Vandepoel R, Sweron B, Jacobs K, Mentens N, Wlodarska I, Cauwelier B, Cloos J, Soulier J, Uyttebroeck A, Bagni C, Hassan BA, Vandenberghe P, Johnson AW, Aerts S, Cools J. Exome sequencing identifies mutation in CNOT3 and ribosomal genes RPL5 and RPL10 in T-cell acute lymphoblastic leukemia. Nat Genet. 2013; 45(2):186-90. Ceccaldi R*, Parmar K*, Mouly, Delord M, Kim JM, Regairaz M, Pla M, Vasquez N, Zhang QS, Pondarre C, Peffault de Latour R, Gluckman E, Cavazzana-Calvo M, Leblanc T, Larghero T, Grompe M, Socié G, D'Andrea AD, Soulier J. Bonne marrow failure in Fanconi anemia is triggered by an exacerbated p53/p21 DNA damage response that impairs hematopoietic stem and progenitor cells. Cell Stem Cell 2012; 11(1):36-49. Homminga I, Pieters R, Langerak AW, de Rooi JJ, Stubbs A, Verstegen M, Vuerhard M, BuijsGladdines J, Kooi C, Klous P, van Vlierberghe P, Ferrando AA, Cayuela JM, Verhaaf B, Beverloo HB, Horstmann M, de Haas V, Wiekmeijer AS, Pike-Overzet K, Staal FJ, de Laat W, Soulier J, Sigaux F*, Meijerink JP*. Integrated Transcript and Genome Analyses Reveal NKX2-1 and MEF2C as Potential Oncogenes in T Cell Acute Lymphoblastic Leukemia. Cancer Cell 2011; 19(4):484-97. Clappier E, Gerby B, Sigaux F, Delord M, Touzri F, Hernandez L, Ballerini P, Baruchel A, Pflumio F*, Soulier J*. Clonal selection in xenografted human T cell acute lymphoblastic leukemia recapitulates gain of malignancy at relapse. J Exp Med 2011;208(4):653-61. Quentin S, Cuccuini W, Ceccaldi R, Nibourel O, Pondarre C, Pagès MP, Vasquez N, Dubois d'Enghien C, Larghero J, Peffault de Latour R, Rocha V, Dalle JH, Schneider P, Michallet M, Michel G, Baruchel A, Sigaux F, Gluckman E, Leblanc T, Stoppa-Lyonnet D, Preudhomme C, Socié G, Soulier J. Myelodysplasia and leukemia of Fanconi anemia are associated with a specific pattern of genomic abnormalities that includes cryptic RUNX1/AML1 lesions. Blood 2011; 117(15):e161-70. Ceccaldi R, Briot D, Larghero J, Vasquez N, Dubois d’Enghien C, Chamousset D, Noguera ME, Waisfisz, Hermine O, Pondarre C, Leblanc T, Gluckman E, Joenje H, Stoppa-Lyonnet D, Socié G, Soulier J. Spontaneous abrogation of a DNA damage checkpoint has clinical benefit but promotes leukemogenesis in Fanconi anemia. J Clin Invest 2011; 121:184-94. Soulier J. Fanconi anemia. Hematology Am Soc Hematol Educ Program 2011: 492-7 (review for ASH meeting Educational book). De Keersmaecker K, Real PJ, Gatta GD, Palomero T, Sulis ML, Tosello V, Van Vlierberghe P, Barnes K, Castillo M, Sole X, Hadler M, Lenz J, Aplan PD, Kelliher M, Kee BL, Pandolfi PP, Kappes D, Gounari F, Petrie H, Van der Meulen J, Speleman F, Paietta E, Racevskis J, Wiernik PH, Rowe JM, Soulier J, Avran D, Cavé H, Dastugue N, Raimondi S, Meijerink JP, Cordon-Cardo C, Califano A, Ferrando AA. Nat Med 2010; 16(11):1321-7. Kleppe M, Lahortiga I, El Chaar T, De Keersmaecker K, Mentens N, Graux C, Van Roosbroeck K, Ferrando AA, Langerak AW, Meijerink JP, Sigaux F, Haferlach T, Wlodarska I, Vandenberghe P, Soulier J*, Cools J*. Deletion of the protein tyrosine phosphatase gene PTPN2 in T-cell acute lymphoblastic leukaemia, Nat Genet 2010;42(6):530-5. *co-corresponding authors Cavazzana-Calvo M, Payen E, Negre O, Wang G, Hehir K, Fusil F, Down J, Denaro M, Brady T, Westerman K, Cavallesco R, Gillet-Legrand B, Caccavelli L, Sgarra R, Maouche-Chrétien L, Bernaudin F, Girot R, Dorazio R, Mulder GJ, Polack A, Bank A, Soulier J, Larghero J, Kabbara N, Dalle B, Gourmel B, Socie G, Chrétien S, Cartier N, Aubourg P, Fischer A, Cornetta K, Galacteros F, Beuzard Y, Gluckman E, Bushman F, Hacein-Bey-Abina S, Leboulch P. Transfusion independence and HMGA2 activation after gene therapy of human β-thalassaemia. Nature 2010;467(7313):318-22. Nibourel O, Kosmider O, Cheok M, Boissel N, Renneville A, Philippe N, Dombret H, Dreyfus F, Quesnel B, Geffroy S, Quentin S, Roche-Lestienne C, Cayuela JM, Roumier C, Fenaux P, Vainchenker W, Bernard OA, Soulier J, Fontenay M, Preudhomme C. Incidence and prognostic value of TET2 alterations in de novo acute myeloid leukemia (AML) achieving complete remission. Blood 2010;116(7):1132-5. Van Vlierberghe P, Palomero T, Khiabanian H, Van der Meulen J, Castillo M, Van Roy N, De Moerloose B, Philippé J, González-García S, Toribio ML, Taghon T, Zuurbier L, Cauwelier B, Harrison CJ, Schwab C, Pisecker M, Strehl S, Langerak AW, Gecz J, Sonneveld E, Pieters R, Paietta E, Rowe JM, Wiernik PH, Benoit Y, Soulier J, Poppe B, Yao X, Cordon-Cardo C, Meijerink J, Rabadan R, Speleman F, Ferrando A. PHF6 mutations in T-cell acute lymphoblastic leukemia. Nat Genet 2010;42(4):338-42. Lecourt S, Vanneaux V, Leblanc T, Leroux G, Ternaux B, Benbunan M, Chomienne C, Baruchel A, Marolleau JP, Gluckman E, Socié G, Soulier J, Larghero J. Bone marrow microenvironment in Fanconi Anemia: a prospective functional study in a cohort of Fanconi Anemia patients. Stem Cells Dev 2010;19:203-208.